### R code from vignette source 'D3_Visualization.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: Gviz ################################################### library(Gviz) data(cpgIslands) chr <- "chr7" genome <- "hg19" ################################################### ### code chunk number 2: AnnotationTrack ################################################### atrack <- AnnotationTrack(cpgIslands, name="CpG") plotTracks(atrack) ################################################### ### code chunk number 3: GenomeAxisTrack ################################################### gtrack <- GenomeAxisTrack() plotTracks(list(gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 4: IdeogramTrack ################################################### itrack <- IdeogramTrack(genome=genome, chromosome=chr) plotTracks(list(itrack, gtrack, atrack)) ################################################### ### code chunk number 5: GeneRegionTrack ################################################### data(geneModels) grtrack <- GeneRegionTrack(geneModels, genome=genome, chromosome=chr, name="Gene Model") tracks <- list(itrack, gtrack, atrack, grtrack) plotTracks(tracks) ################################################### ### code chunk number 6: Gviz-zoom ################################################### plotTracks(tracks, from=2.5e7, to=2.8e7) ################################################### ### code chunk number 7: Gviz-sequence ################################################### library(BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19) strack <- SequenceTrack(Hsapiens, chromosome=chr) plotTracks(c(tracks, strack), from=26450430, to=26450490, cex=.8) ################################################### ### code chunk number 8: Gviz-data ################################################### ## some data lim <- c(26700000, 26900000) coords <- seq(lim[1], lim[2], 101) dat <- runif(length(coords) - 1, min=-10, max=10) ## DataTrack dtrack <- DataTrack(data=dat, start=coords[-length(coords)], end= coords[-1], chromosome=chr, genome=genome, name="Uniform Random") plotTracks(c(tracks, dtrack)) ################################################### ### code chunk number 9: Gviz-figure ################################################### pdf("GvizFigure.pdf") plotTracks(c(tracks, dtrack)) xx <- capture.output(dev.off()) ################################################### ### code chunk number 10: shiny-loc (eval = FALSE) ################################################### ## system.file(package="Morgan2013", "shiny") ################################################### ### code chunk number 11: shiny-server (eval = FALSE) ################################################### ## library(shiny) ## runApp("~/shiny/se-app0")