### R code from vignette source 'ChIPQC.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: summaryExp (eval = FALSE) ################################################### ## experiment = ChIPQC(samples) ## experiment ## ChIPQCreport(experiment) ################################################### ### code chunk number 3: summarySamp (eval = FALSE) ################################################### ## sample = ChIPQCsample("chip.bam") ## sample ## ChIPQCreport(sample) ################################################### ### code chunk number 4: ex1Samples ################################################### library(ChIPQC) samples = read.csv(file.path(system.file("extdata", package="ChIPQC"), "example_QCexperiment.csv")) samples ################################################### ### code chunk number 5: ex1Construct (eval = FALSE) ################################################### ## ## exampleExp = ChIPQC(samples,annotaiton="hg19") ## exampleExp ################################################### ### code chunk number 6: ex1Load ################################################### data(example_QCexperiment) exampleExp ################################################### ### code chunk number 7: ex1Report (eval = FALSE) ################################################### ## ChIPQCreport(exampleExp) ################################################### ### code chunk number 8: tamSamples ################################################### library(ChIPQC) samples = read.csv(file.path(system.file("extdata", package="ChIPQC"), "tamoxifenQC.csv")) samples ################################################### ### code chunk number 9: tamConstruct (eval = FALSE) ################################################### ## data(blacklist_hg19) ## tamoxifen = ChIPQC(samples, consensus=TRUE, bCount=TRUE, summits=250, ## annotation="hg19", chromosomes="chr18", ## blacklist = blacklist.hg19) ## tamoxifen ################################################### ### code chunk number 10: tamLoad ################################################### data(tamoxifen_QC) tamoxifen ################################################### ### code chunk number 11: tam1Report (eval = FALSE) ################################################### ## ChIPQCreport(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 12: figCoverageHist ################################################### plotCoverageHist(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 13: figCC ################################################### plotCC(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 14: figRegi ################################################### plotRegi(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 15: figPeakProfile ################################################### plotPeakProfile(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 16: figRap ################################################### plotRap(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 17: figFribl ################################################### plotFribl(tamoxifen,facetBy=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 18: figCorHeatmap ################################################### plotCorHeatmap(tamoxifen,attributes=c("Tissue","Factor","Condition","Replicate")) ################################################### ### code chunk number 19: figPrincomp ################################################### plotPrincomp(tamoxifen,attributes=c("Tissue","Condition")) ################################################### ### code chunk number 20: sampConstruct (eval = FALSE) ################################################### ## CTCF1 = ChIPQCsample("reads/SRR568129.bam", peaks="peaks/SRR568129_chr22_peaks.bed") ################################################### ### code chunk number 21: sampLoad ################################################### CTCF1 = QCsample(exampleExp,1) ################################################### ### code chunk number 22: sampShow ################################################### CTCF1 ################################################### ### code chunk number 23: sampMetrics ################################################### QCmetrics(CTCF1) ################################################### ### code chunk number 24: figSampCC ################################################### plotCC(CTCF1) ################################################### ### code chunk number 25: sampList ################################################### sampleList = QCsample(tamoxifen) class(sampleList) length(sampleList) names(sampleList) class(sampleList[[1]]) ################################################### ### code chunk number 26: sampSheet ################################################### sampleSheet = read.csv(file.path(system.file("extdata", package="ChIPQC"), "tamoxifenQC.csv")) sampleSheet ################################################### ### code chunk number 27: sampExp (eval = FALSE) ################################################### ## tamoxifen = ChIPQC(sampleSheet, samples=sampleList) ## tamoxifen ################################################### ### code chunk number 28: sampExp2 (eval = FALSE) ################################################### ## BT474s = ChIPQC(sampleSheet[1:2,], samples=sampleList) ################################################### ### code chunk number 29: figCCBySample ################################################### plotCC(exampleExp,facetBy="Sample") ################################################### ### code chunk number 30: figCCColourByFlineByTissue ################################################### plotCC(exampleExp,facetBy="Sample",colourBy="Factor",lineBy="Tissue") ################################################### ### code chunk number 31: extraMetadata ################################################### extraMetadata <- data.frame(Sample = rownames(QCmetrics(exampleExp)), FRiBL = QCmetrics(exampleExp)[,("RiBL%")], SSD =QCmetrics(exampleExp)[,("SSD")] ) ################################################### ### code chunk number 32: figCCaddMetadata ################################################### plotCC(exampleExp,facetBy="Sample",lineBy="Tissue",addMetaData=extraMetadata,colourBy="SSD") ################################################### ### code chunk number 33: extraMetadataGGextra (eval = FALSE) ################################################### ## ## plotCC(exampleExp,facetBy="Sample",lineBy="Tissue",addMetaData=extraMetadata,colourBy="SSD") ## + scale_color_gradient2(high="red",mid="black",low="white",midpoint=1.5) ################################################### ### code chunk number 34: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())