### R code from vignette source 'FilterFFPE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 3: findArtifactChimericReads ################################################### library(FilterFFPE) # Find artifact chimeric reads file <- system.file("extdata", "example.bam", package = "FilterFFPE") outFolder <- tempdir() FFPEReadsFile <- paste0(outFolder, "/example.FFPEReads.txt") dupChimFile <- paste0(outFolder, "/example.dupChim.txt") artifactReads <- findArtifactChimericReads(file = file, threads = 2, FFPEReadsFile = FFPEReadsFile, dupChimFile = dupChimFile) head(artifactReads) ################################################### ### code chunk number 4: filterBamByReadNames ################################################### # Filter artifact chimeric reads and PCR or optical duplicates of chimeric reads dupChim <- readLines(dupChimFile) readsToFilter <- c(artifactReads, dupChim) destination <- paste0(outFolder, "/example.FilterFFPE.bam") filterBamByReadNames(file = file, readsToFilter = readsToFilter, destination = destination, overwrite=TRUE) ################################################### ### code chunk number 5: FFPEReadFilter ################################################### # Perform finding and filtering with one function file <- system.file("extdata", "example.bam", package = "FilterFFPE") outFolder <- tempdir() FFPEReadsFile <- paste0(outFolder, "/example.FFPEReads.txt") dupChimFile <- paste0(outFolder, "/example.dupChim.txt") destination <- paste0(outFolder, "/example.FilterFFPE.bam") FFPEReadFilter(file = file, threads=2, destination = destination, overwrite=TRUE, FFPEReadsFile = FFPEReadsFile, dupChimFile = dupChimFile) ################################################### ### code chunk number 6: scanBAM ################################################### # load Bam file with scanBAM newBam <- Rsamtools::scanBam(destination) head(newBam[[1]]$seq) ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### packageDescription("FilterFFPE") sessionInfo()