### R code from vignette source 'MGFM.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: MGFM.Rnw:52-54 ################################################### library("MGFM") ls("package:MGFM") ################################################### ### code chunk number 2: MGFM.Rnw:84-85 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 3: MGFM.Rnw:87-90 ################################################### data("ds2.mat") dim(ds2.mat) colnames(ds2.mat) ################################################### ### code chunk number 4: MGFM.Rnw:123-124 ################################################### library(MGFM) ################################################### ### code chunk number 5: DS1 ################################################### data("ds2.mat") require(hgu133a.db) marker.list2 <- getMarkerGenes(ds2.mat, samples2compare="all", annotate=TRUE, chip="hgu133a",score.cutoff=1) names(marker.list2) # show the first 20 markers of liver marker.list2[["liver_markers"]][1:20] ################################################### ### code chunk number 6: DS2 ################################################### data("ds2.mat") # If no annotation (mapping of probe sets to genes) is desired, no chip name is needed. marker.list2 <- getMarkerGenes(ds2.mat, samples2compare="all", annotate=FALSE, score.cutoff=1) names(marker.list2) # show the first 20 markers of lung marker.list2[["lung_markers"]][1:20] ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### sessionInfo()