### R code from vignette source 'PSEA_RNAmixtures.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: PSEA_RNAmixtures.Rnw:30-33 ################################################### library(PSEA) library(GEOquery) library(affy) ################################################### ### code chunk number 3: PSEA_RNAmixtures.Rnw:38-42 (eval = FALSE) ################################################### ## dataset<-getGEO(GEO="GSE19380",destdir=".") ## information<-pData(phenoData(dataset[["GSE19380_series_matrix.txt.gz"]])) ## sample_IDs<-as.character(information[,"geo_accession"]) ## datafiles<-sapply(sample_IDs,function(x){rownames(getGEOSuppFiles(x))}) ################################################### ### code chunk number 4: PSEA_RNAmixtures.Rnw:47-52 (eval = FALSE) ################################################### ## dataset<-getGEO(GEO="GSE19380",filename="GSE19380_series_matrix.txt.gz") ## dataset<-list("GSE19380_series_matrix.txt.gz"=dataset) ## information<-pData(phenoData(dataset[["GSE19380_series_matrix.txt.gz"]])) ## sample_IDs<-as.character(information[,"geo_accession"]) ## datafiles<-file.path(sample_IDs,paste(sample_IDs,".CEL.gz",sep="")) ################################################### ### code chunk number 5: PSEA_RNAmixtures.Rnw:57-59 (eval = FALSE) ################################################### ## raw_data<-ReadAffy(filenames=datafiles,compress=TRUE) ## expression_GSE19380<-2^exprs(rma(raw_data)) ################################################### ### code chunk number 6: PSEA_RNAmixtures.Rnw:64-65 ################################################### data(expression_GSE19380) ################################################### ### code chunk number 7: PSEA_RNAmixtures.Rnw:70-71 ################################################### expression<-expression_GSE19380[1:31042,] ################################################### ### code chunk number 8: PSEA_RNAmixtures.Rnw:76-79 ################################################### neuron_probesets<-list(c("1370058_at","1370059_at"),"1387073_at","1367845_at") astro_probesets<-list("1372190_at","1386903_at",c("1375120_at","1375183_at","1385923_at")) oligo_probesets<-list("1398257_at","1368861_a_at",c("1368263_a_at","1370434_a_at","1370500_a_at")) ################################################### ### code chunk number 9: PSEA_RNAmixtures.Rnw:84-88 ################################################### mixedsamples<-c(17:24) neuron_reference<-marker(expression,neuron_probesets,sampleSubset=mixedsamples,targetMean=100) astro_reference<-marker(expression,astro_probesets,sampleSubset=mixedsamples,targetMean=100) oligo_reference<-marker(expression,oligo_probesets,sampleSubset=mixedsamples,targetMean=100) ################################################### ### code chunk number 10: figNeuronalReferenceSignal ################################################### par(cex=0.7) plot(neuron_reference,type="l") ################################################### ### code chunk number 11: PSEA_RNAmixtures.Rnw:100-102 ################################################### model1<-lm(expression["1367660_at",]~neuron_reference+astro_reference+ oligo_reference,subset=mixedsamples) ################################################### ### code chunk number 12: fig1367660_at_NAO ################################################### par(mfrow=c(1,3),cex=0.7) crplot(model1,"neuron_reference",newplot=FALSE) crplot(model1,"astro_reference",newplot=FALSE,ylim=c(-250,250)) crplot(model1,"oligo_reference",newplot=FALSE,ylim=c(-250,250)) ################################################### ### code chunk number 13: PSEA_RNAmixtures.Rnw:116-117 ################################################### summary(model1) ################################################### ### code chunk number 14: PSEA_RNAmixtures.Rnw:122-123 ################################################### model_matrix<-cbind(intercept=1,neuron_reference,astro_reference,oligo_reference) ################################################### ### code chunk number 15: PSEA_RNAmixtures.Rnw:128-129 ################################################### model_subset<-em_quantvg(c(2,3,4), tnv=3, ng=1) ################################################### ### code chunk number 16: PSEA_RNAmixtures.Rnw:134-135 ################################################### models<-lmfitst(t(expression), model_matrix, model_subset, subset=mixedsamples) ################################################### ### code chunk number 17: PSEA_RNAmixtures.Rnw:140-145 ################################################### regressor_names<-as.character(1:4) coefficients<-coefmat(models[[2]], regressor_names) pvalues<-pvalmat(models[[2]], regressor_names) models_summary<-lapply(models[[2]], summary) adjusted_R2<-slt(models_summary, 'adj.r.squared') ################################################### ### code chunk number 18: PSEA_RNAmixtures.Rnw:150-153 ################################################### negativecoefficient<-apply(coefficients[,-1]<0 & pvalues[,-1]<0.05,1,function(x){any(x,na.rm=TRUE)}) average_expression<-apply(expression[,mixedsamples], 1, mean) filter<-!negativecoefficient & (coefficients[,1] / average_expression) < 0.5 & adjusted_R2 > 0.6 ################################################### ### code chunk number 19: PSEA_RNAmixtures.Rnw:159-160 ################################################### sum(!negativecoefficient) ################################################### ### code chunk number 20: PSEA_RNAmixtures.Rnw:164-165 ################################################### sum(coefficients[,1] / average_expression < 0.5) ################################################### ### code chunk number 21: PSEA_RNAmixtures.Rnw:169-170 ################################################### sum(adjusted_R2 > 0.6) ################################################### ### code chunk number 22: PSEA_RNAmixtures.Rnw:174-175 ################################################### sum(filter) ################################################### ### code chunk number 23: PSEA_RNAmixtures.Rnw:180-182 ################################################### selectedpsname<-"1370431_at" selectedps<-which(rownames(expression)==selectedpsname) ################################################### ### code chunk number 24: PSEA_RNAmixtures.Rnw:187-188 ################################################### coefficients[selectedps,2] ################################################### ### code chunk number 25: PSEA_RNAmixtures.Rnw:193-194 ################################################### pvalues[selectedps,2] ################################################### ### code chunk number 26: PSEA_RNAmixtures.Rnw:199-200 (eval = FALSE) ################################################### ## crplot(models[[2]][[selectedps]],"2",ylim=c(0,950)) ################################################### ### code chunk number 27: fig1370431 ################################################### par(cex=0.7) crplot(models[[2]][[selectedps]],"2",ylim=c(0,950),newplot=FALSE) ################################################### ### code chunk number 28: PSEA_RNAmixtures.Rnw:213-214 ################################################### sessionInfo()