### R code from vignette source 'samplesize.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: premable ################################################### options(width=60, continue=" ") options(SweaveHooks=list(fig=function() par(mar=c(5.1, 4.1, .3, 1.1)))) latex.list <- function(mat, digits=2, label= TRUE, ...) { dname <- dimnames(mat) if (length(dname[[2]]) & label) cat('&', paste(dname[[2]], collapse=' &'), '\\\\\n') temp <- format(mat, digits=digits, trim=TRUE, ...) temp <- ifelse(temp=='NA', ' ', temp) rname <- dname[[1]] for (i in 1:nrow(mat)) { if (length(rname) && label) cat(rname[i,], ' & ', paste(temp[i], collapse=' & '), '\\\\\n') else cat(paste(temp[i,], collapse=' & '), '\\\\\n') } invisible(NULL) } ################################################### ### code chunk number 2: samplesize.Rnw:116-119 ################################################### library(RNASeqPower) rnapower(depth=20, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), alpha= .05, power=c(.8, .9)) ################################################### ### code chunk number 3: samplesize.Rnw:127-135 ################################################### rnapower(depth=100, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), alpha= .05, power=c(.8, .9)) rnapower(depth=1000, cv=.4, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), alpha= .05, power=c(.8, .9)) rnapower(depth=20, cv=.3, effect=c(1.25, 1.5, 1.75, 2), alpha= .05, power=c(.8, .9)) ################################################### ### code chunk number 4: samplesize.Rnw:148-150 ################################################### rnapower(depth=8, n=10, cv=0.1, effect=c(1.5, 1.75, 2), alpha=.05)