### R code from vignette source 'affycomp.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: affycomp.Rnw:30-32 ################################################### library(affycomp) library(affycompData) ################################################### ### code chunk number 2: affycomp.Rnw:135-137 ################################################### data(mas5.assessment) data(rma.assessment) ################################################### ### code chunk number 3: affycomp.Rnw:140-141 ################################################### names(mas5.assessment) ################################################### ### code chunk number 4: affycomp.Rnw:175-176 ################################################### affycompPlot(mas5.assessment$MA) ################################################### ### code chunk number 5: affycomp.Rnw:193-194 ################################################### affycomp.figure2(mas5.assessment$Dilution) ################################################### ### code chunk number 6: affycomp.Rnw:207-208 ################################################### affycomp.figure3(mas5.assessment$Dilution) ################################################### ### code chunk number 7: affycomp.Rnw:223-226 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycomp.figure4a(mas5.assessment$Signal) affycomp.figure4b(mas5.assessment$Dilution) ################################################### ### code chunk number 8: affycomp.Rnw:240-243 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycomp.figure5a(mas5.assessment$FC) affycomp.figure5b(mas5.assessment$FC) ################################################### ### code chunk number 9: affycomp.Rnw:258-261 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycomp.figure6a(mas5.assessment$FC) affycomp.figure6b(mas5.assessment$FC) ################################################### ### code chunk number 10: affycomp.Rnw:282-284 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycompPlot(mas5.assessment$MA, rma.assessment$MA) ################################################### ### code chunk number 11: affycomp.Rnw:301-303 ################################################### affycomp.compfig2(list(mas5.assessment$Dilution, rma.assessment$Dilution), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) ################################################### ### code chunk number 12: affycomp.Rnw:316-318 ################################################### affycomp.compfig3(list(mas5.assessment$Dilution, rma.assessment$Dilution), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) ################################################### ### code chunk number 13: affycomp.Rnw:333-338 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycomp.compfig4a(list(mas5.assessment$Signal, rma.assessment$Signal), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) affycomp.compfig4b(list(mas5.assessment$Dilution, rma.assessment$Dilution), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) ################################################### ### code chunk number 14: affycomp.Rnw:352-357 ################################################### par(mfrow=c(2,1)) affycomp.compfig5a(list(mas5.assessment$FC, rma.assessment$FC), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) affycomp.compfig5b(list(mas5.assessment$FC2, rma.assessment$FC2), method.names=c("MAS 5.0","RMA")) ################################################### ### code chunk number 15: affycomp.Rnw:372-377 ################################################### par(mfrow=c(2,2)) affycomp.figure6a(mas5.assessment$FC, main="a) MAS 5.0", ylim=c(-12,12)) affycomp.figure6a(rma.assessment$FC, main="a) RMA", ylim=c(-12,12)) affycomp.figure6b(mas5.assessment$FC, main="b) MAS 5.0", ylim=c(-6,6)) affycomp.figure6b(rma.assessment$FC, main="b) RMA", ylim=c(-6,6)) ################################################### ### code chunk number 16: affycomp.Rnw:395-398 ################################################### data(rma.assessment) data(mas5.assessment) tableAll(rma.assessment, mas5.assessment) ################################################### ### code chunk number 17: affycomp.Rnw:406-407 ################################################### affycompTable(rma.assessment, mas5.assessment) ################################################### ### code chunk number 18: affycomp.Rnw:417-420 ################################################### data(rma.sd.assessment) data(lw.sd.assessment) tableAll(rma.sd.assessment, lw.sd.assessment) ################################################### ### code chunk number 19: affycomp.Rnw:430-431 ################################################### affycompPlot(lw.sd.assessment, rma.sd.assessment) ################################################### ### code chunk number 20: affycomp.Rnw:445-446 ################################################### affycompPlot(lw.sd.assessment)