### R code from vignette source 'geneClassifiers.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: geneClassifiers.Rnw:43-44 ################################################### library(geneClassifiers) ################################################### ### code chunk number 2: geneClassifiers.Rnw:70-71 ################################################### showClassifierList() ################################################### ### code chunk number 3: geneClassifiers.Rnw:75-80 ################################################### EMC92Classifier<-getClassifier("EMC92") EMC92Classifier HM19Classifier<-getClassifier("HM19") HM19Classifier ################################################### ### code chunk number 4: geneClassifiers.Rnw:92-93 ################################################### getWeights(EMC92Classifier)[1:10] ################################################### ### code chunk number 5: geneClassifiers.Rnw:97-98 ################################################### getDecisionBoundaries(HM19Classifier) ################################################### ### code chunk number 6: geneClassifiers.Rnw:101-102 ################################################### getEventChain(EMC92Classifier) ################################################### ### code chunk number 7: geneClassifiers.Rnw:112-117 ################################################### library(Biobase) data(exampleMAS5) class(exampleMAS5) #an object of class ExpressionSet dim(exampleMAS5) preproc(experimentData(exampleMAS5)) ################################################### ### code chunk number 8: geneClassifiers.Rnw:122-124 ################################################### fixedData <- setNormalizationMethod( exampleMAS5, method="MAS5.0", targetValue = 500 ) fixedData ################################################### ### code chunk number 9: geneClassifiers.Rnw:149-154 ################################################### resultsEMC92 <- runClassifier( "EMC92" , fixedData ) resultsUAMS70 <- runClassifier( "UAMS70", fixedData ) resultsEMC92 resultsUAMS70 ################################################### ### code chunk number 10: geneClassifiers.Rnw:160-166 ################################################### data.frame( "score_EMC92" = getScores( resultsEMC92 ), "class_EMC92" = getClassifications( resultsEMC92 ), "score_UAMS70" = getScores( resultsUAMS70 ), "class_UAMS70" = getClassifications( resultsUAMS70 ) ) ################################################### ### code chunk number 11: geneClassifiers.Rnw:192-215 ################################################### resultsEMC92.reWeighted <- runClassifier( "EMC92" , fixedData[1:70,] , allow.reweighted=TRUE ) resultsEMC92.reWeighted plot( x = getScores(resultsEMC92), y = getScores(resultsEMC92.reWeighted), xlab = "complete", ylab = "reweighted", main = "EMC92 scores", pch = 21, bg ='black' ) lines(c(-10,10),c(-10,10),col=2,lty=2) abline( v = getDecisionBoundaries( getClassifier( resultsEMC92 )), h = getDecisionBoundaries( getClassifier( resultsEMC92.reWeighted)), col='red' ) ################################################### ### code chunk number 12: geneClassifiers.Rnw:218-219 ################################################### sessionInfo()