### R code from vignette source 'muscle-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: muscle-vignette.Rnw:64-65 ################################################### library(muscle) ################################################### ### code chunk number 2: muscle-vignette.Rnw:70-71 ################################################### umax ################################################### ### code chunk number 3: muscle-vignette.Rnw:76-77 ################################################### aln <- muscle(umax) ################################################### ### code chunk number 4: muscle-vignette.Rnw:82-83 ################################################### aln ################################################### ### code chunk number 5: muscle-vignette.Rnw:88-90 ################################################### file.path <- system.file("extdata", "someORF.fa", package = "Biostrings") orf <- readDNAStringSet(file.path, format = "fasta") ################################################### ### code chunk number 6: muscle-vignette.Rnw:95-96 ################################################### orf ################################################### ### code chunk number 7: muscle-vignette.Rnw:109-110 ################################################### aln <- muscle(umax, diags = TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: muscle-vignette.Rnw:115-116 ################################################### aln <- muscle(umax, gapopen = -30) ################################################### ### code chunk number 9: muscle-vignette.Rnw:121-122 ################################################### aln <- muscle(umax, quiet = TRUE) ################################################### ### code chunk number 10: muscle-vignette.Rnw:127-128 ################################################### aln <- muscle(umax, maxhours = 24.0) ################################################### ### code chunk number 11: muscle-vignette.Rnw:139-140 ################################################### sessionInfo()