### R code from vignette source 'snm.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load.library ################################################### library(snm) ################################################### ### code chunk number 2: load.simulated.example.1 ################################################### singleChannel <- sim.singleChannel(12345) str(singleChannel) ################################################### ### code chunk number 3: normalize.simulated.example.1 ################################################### snm.obj1 <- snm(singleChannel$raw.data, singleChannel$bio.var, singleChannel$adj.var, singleChannel$int.var) ################################################### ### code chunk number 4: check.pvalues.1 ################################################### ks.test(snm.obj1$pval[singleChannel$true.nulls],"punif")