### R code from vignette source 'BSgenomeForge.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: BSgenomeForge.Rnw:195-198 ################################################### library(Biostrings) file <- system.file("extdata", "ce2chrM.fa.gz", package="BSgenome") fasta.seqlengths(file) ################################################### ### code chunk number 2: BSgenomeForge.Rnw:431-442 ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") tail(list.files(seed_files, pattern="-seed$")) ## Display seed file for musFur1: musFur1_seed <- list.files(seed_files, pattern="\\.musFur1-seed$", full.names=TRUE) cat(readLines(musFur1_seed), sep="\n") ## Display seed file for rn4: rn4_seed <- list.files(seed_files, pattern="\\.rn4-seed$", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_seed), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 3: BSgenomeForge.Rnw:455-457 (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome) ## forgeBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### code chunk number 4: BSgenomeForge.Rnw:680-685 ################################################### library(BSgenome) seed_files <- system.file("extdata", "GentlemanLab", package="BSgenome") tail(list.files(seed_files, pattern="\\.masked-seed$")) rn4_masked_seed <- list.files(seed_files, pattern="\\.rn4\\.masked-seed$", full.names=TRUE) cat(readLines(rn4_masked_seed), sep="\n") ################################################### ### code chunk number 5: BSgenomeForge.Rnw:700-702 (eval = FALSE) ################################################### ## library(BSgenome) ## forgeMaskedBSgenomeDataPkg("path/to/my/seed") ################################################### ### code chunk number 6: BSgenomeForge.Rnw:744-745 ################################################### sessionInfo()