### R code from vignette source 'DriverNet-Overview.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: preliminaries ################################################### library(DriverNet) data(samplePatientMutationMatrix) data(samplePatientOutlierMatrix) data(sampleInfluenceGraph) data(sampleGeneNames) ################################################### ### code chunk number 3: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 4: preliminaries ################################################### # The main function to compute drivers driversList = computeDrivers(samplePatientMutationMatrix, samplePatientOutlierMatrix,sampleInfluenceGraph, outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE) drivers(driversList)[1:10] ################################################### ### code chunk number 5: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 6: preliminaries ################################################### # random permute the gene labels to compute p-values randomDriversResult = computeRandomizedResult( patMutMatrix=samplePatientMutationMatrix, patOutMatrix=samplePatientOutlierMatrix, influenceGraph=sampleInfluenceGraph, geneNameList= sampleGeneNames, outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE,numberOfRandomTests=20, weight=FALSE, purturbGraph=FALSE, purturbData=TRUE) ################################################### ### code chunk number 7: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 8: preliminaries ################################################### # Summarize the results res = resultSummary(driversList, randomDriversResult, samplePatientMutationMatrix,sampleInfluenceGraph, outputFolder=NULL, printToConsole=FALSE) res[1:2,]