### R code from vignette source 'PROMISE.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: options ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: Load PROMISE package and data ################################################### library(PROMISE) data(sampExprSet) data(sampGeneSet) data(phPatt) ################################################### ### code chunk number 3: Extract ArrayData and Endpoint Data from sampExprSet ################################################### arrayData<-exprs(sampExprSet) ptData<- pData(phenoData(sampExprSet)) head(arrayData[, 1:4]) head(ptData) all(colnames(arrayData)==rownames(ptData)) ################################################### ### code chunk number 4: Extract sampGeneSet to a data frame ################################################### GS.data<-NULL for (i in 1:length(sampGeneSet)){ tt<-sampGeneSet[i][[1]] this.name<-unlist(geneIds(tt)) this.set<-setName(tt) this.data<- cbind.data.frame(featureID=as.character(this.name), setID=rep(as.character(this.set), length(this.name))) GS.data<-rbind.data.frame(GS.data, this.data) } sum(!is.element(GS.data[,1], rownames(arrayData)))==0 ################################################### ### code chunk number 5: Display phPatt ################################################### phPatt ################################################### ### code chunk number 6: PROMISE without GSEA ################################################### test1 <- PROMISE(exprSet=sampExprSet, geneSet=NULL, promise.pattern=phPatt, strat.var=NULL, proj0=FALSE, nbperm=FALSE, max.ntail=10, seed=13, nperms=100) ################################################### ### code chunk number 7: Gene Level Result ################################################### gene.res<-test1$generes head(gene.res) ################################################### ### code chunk number 8: Gene Set Result ################################################### set.res<-test1$setres head(set.res) ################################################### ### code chunk number 9: PROMISE with GSEA ################################################### test2 <- PROMISE(exprSet=sampExprSet, geneSet=sampGeneSet, promise.pattern=phPatt, strat.var=NULL, proj0=FALSE, nbperm=TRUE, max.ntail=10, seed=13, nperms=100) ################################################### ### code chunk number 10: Gene Level Result ################################################### gene.res2<-test2$generes head(gene.res2) ################################################### ### code chunk number 11: Gene Set Result ################################################### set.res2<-test2$setres head(set.res2) ################################################### ### code chunk number 12: PROMISE with GSEA ################################################### test3 <- PROMISE(exprSet=sampExprSet, geneSet=sampGeneSet, promise.pattern=phPatt, strat.var=NULL, proj0=TRUE, nbperm=TRUE, max.ntail=10, seed=13, nperms=100) ################################################### ### code chunk number 13: Gene Level Result ################################################### gene.res3<-test3$generes head(gene.res3) ################################################### ### code chunk number 14: Gene Set Result ################################################### set.res3<-test3$setres head(set.res3)