### R code from vignette source 'ROTS.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: load ################################################### library(ROTS) data(upsSpikeIn) input = upsSpikeIn ################################################### ### code chunk number 2: ROTS.Rnw:118-120 ################################################### groups = c(rep(0,3), rep(1,3)) groups ################################################### ### code chunk number 3: ROTS ################################################### results = ROTS(data = input, groups = groups , B = 100 , K = 500 , seed = 1234) names(results) ################################################### ### code chunk number 4: summary ################################################### summary(results, fdr = 0.05) ################################################### ### code chunk number 5: volcano ################################################### plot(results, fdr = 0.05, type = "volcano") ################################################### ### code chunk number 6: heatmap ################################################### plot(results, fdr = 0.05, type = "heatmap")