### R code from vignette source 'RTCAtransformation.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: lib ################################################### library(xtable) library(RTCA) ################################################### ### code chunk number 2: dataset ################################################### ofile <- system.file("extdata/testOutput.csv", package="RTCA") pfile <- system.file("extdata/testOutputPhenoData.csv", package="RTCA") pData <- read.csv(pfile, sep="\t", row.names="Well") metaData <- data.frame(labelDescription=c( "Rack number", "siRNA catalogue number", "siRNA gene symbol", "siRNA EntrezGene ID", "siRNA targeting accession" )) phData <- new("AnnotatedDataFrame", data=pData, varMetadata=metaData) x <- parseRTCA(ofile, phenoData=phData) ################################################### ### code chunk number 3: dims ################################################### xTimePointNo <- dim(x)[[1]] xSampleNo <- dim(x)[[2]] ################################################### ### code chunk number 4: smoothTransform ################################################### xSmooth <- smoothTransform(x) ################################################### ### code chunk number 5: interpolationTranform ################################################### xInter <- interpolationTransform(x) ################################################### ### code chunk number 6: derivTransform ################################################### xDeriv <- derivativeTransform(x) ################################################### ### code chunk number 7: rgrTransform ################################################### xRgr <- rgrTransform(x) ################################################### ### code chunk number 8: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())