### R code from vignette source 'SPEM-package.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: libPackage ################################################### library("Biobase") ################################################### ### code chunk number 2: setPara ################################################### toy_expression_data<-matrix(data=abs(rnorm(12)),nrow=3,ncol=4, dimnames=list(paste("G",c(1:3),sep=''), paste("tp",c(0,2,4,6),sep="_"))) ################################################### ### code chunk number 3: setPara ################################################### toy_timepoints_data<-data.frame(index=c(1:4), label=paste("tp",c(0,2,4,6),sep='_'), time=c(0,2,4,6),row.names=paste("tp",c(0,2,4,6),sep='_')) ################################################### ### code chunk number 4: setPara ################################################### toy_varMetadata<-data.frame(labelDescription=c("Index number","Label Detail", "Time points values"),row.names=c("index","label","time")) toy_varMetadata ################################################### ### code chunk number 5: setPara ################################################### toy_phenoData<-new("AnnotatedDataFrame", data=toy_timepoints_data,varMetadata=toy_varMetadata) ################################################### ### code chunk number 6: setPara ################################################### toy_ExpressionSet<-new("ExpressionSet", exprs=toy_expression_data,phenoData=toy_phenoData) ################################################### ### code chunk number 7: libPackage ################################################### library(SPEM) library(Rsolnp) library(Biobase) ################################################### ### code chunk number 8: loadData ################################################### data(sos) ################################################### ### code chunk number 9: setPara ################################################### n<- 1 sparsity<- 0.2 lbH<- -3 ubH<- 3 lbB<- 0 ubB<- 10 ################################################### ### code chunk number 10: setPara ################################################### Slope<- s_diff(sos) S<-Slope[1,] sparsity<- 0.2 lbH<- -3 ubH<- 3 lbB<- 0 ubB<- 10 beta<-runif(n=1,min=lbB,max=ubB)