### R code from vignette source 'genArise.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: genArise.Rnw:43-44 ################################################### library(genArise) ################################################### ### code chunk number 2: genArise.Rnw:65-67 ################################################### data(Simon) ls() ################################################### ### code chunk number 3: genArise.Rnw:83-87 ################################################### data(Simon) datos <- attr(Simon, "spotData") M <- log(datos$Cy3, 2) - log(datos$Cy5, 2) imageLimma(M, 23, 24, 2, 2) ################################################### ### code chunk number 4: genArise.Rnw:109-113 ################################################### data(Simon) datos <- attr(Simon, "spotData") R <- log(datos$BgCy3, 2) imageLimma(R, 23, 24, 2, 2, high = "red", low = "white") ################################################### ### code chunk number 5: genArise.Rnw:132-136 ################################################### data(Simon) datos <- attr(Simon, "spotData") G <- log(datos$BgCy5, 2) imageLimma(G, 23, 24, 2, 2, low = "white", high = "green") ################################################### ### code chunk number 6: genArise.Rnw:158-160 ################################################### data(Simon) ri.plot(Simon) ################################################### ### code chunk number 7: genArise.Rnw:174-176 ################################################### data(Simon) ma.plot(Simon) ################################################### ### code chunk number 8: genArise.Rnw:190-192 ################################################### data(Simon) cys.plot(Simon) ################################################### ### code chunk number 9: genArise.Rnw:215-218 ################################################### data(Simon) c.spot <- bg.correct(Simon) ri.plot(c.spot) ################################################### ### code chunk number 10: genArise.Rnw:243-246 ################################################### data(Simon) n.spot <- grid.norm(mySpot = Simon, nr = 23, nc = 24) ri.plot(n.spot) ################################################### ### code chunk number 11: genArise.Rnw:268-271 ################################################### data(Simon) n.spot <- global.norm(mySpot = Simon) ri.plot(n.spot) ################################################### ### code chunk number 12: genArise.Rnw:296-299 ################################################### data(Simon) f.spot <- filter.spot(mySpot = Simon) ri.plot(f.spot) ################################################### ### code chunk number 13: genArise.Rnw:322-325 ################################################### data(Simon) u.spot <- spotUnique(mySpot = Simon) ri.plot(u.spot) ################################################### ### code chunk number 14: genArise.Rnw:345-348 ################################################### data(Simon) u.spot <- alter.unique(mySpot = Simon) ri.plot(u.spot) ################################################### ### code chunk number 15: genArise.Rnw:368-371 ################################################### data(Simon) u.spot <- meanUnique(mySpot = Simon) ri.plot(u.spot) ################################################### ### code chunk number 16: genArise.Rnw:423-425 ################################################### data(WT.dataset) Zscore.plot(WT.dataset, Zscore.min=1)