### R code from vignette source 'lmdme-vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: General R options for Sweave ################################################### options(prompt="R> ", continue="+ ", width=70, useFancyQuotes=FALSE, digits=4) ################################################### ### code chunk number 2: Loading stemHypoxia ################################################### library("stemHypoxia") data("stemHypoxia") ################################################### ### code chunk number 3: Filtering stemHypoxia ################################################### timeIndex<-design$time %in% c(0.5, 1, 5) oxygenIndex<-design$oxygen %in% c(1, 5, 21) design<-design[timeIndex & oxygenIndex, ] design$time<-as.factor(design$time) design$oxygen<-as.factor(design$oxygen) rownames(M)<-M$Gene_ID M<-M[, colnames(M) %in% design$samplename] ################################################### ### code chunk number 4: Exploring M and design objects ################################################### head(design) head(M)[, 1:3] ################################################### ### code chunk number 5: ANOVA decomposition for PradoLopez data ################################################### library("lmdme") fit<-lmdme(model=~time*oxygen, data=M, design=design) fit ################################################### ### code chunk number 6: ASCA and PLSR decomposition ################################################### id<-F.p.values(fit, term="time:oxygen")<0.001 decomposition(fit, decomposition="pca", type="coefficient", term="time:oxygen", subset=id, scale="row") fit.plsr<-fit decomposition(fit.plsr, decomposition="plsr", type="coefficient", term="time:oxygen", subset=id, scale="row") ################################################### ### code chunk number 7: ASCA and PLSR biplots ################################################### biplot(fit, xlabs="o", expand=0.7) biplot(fit.plsr, which="loadings", xlabs="o", ylabs=colnames(coefficients(fit.plsr, term="time:oxygen")), var.axes=TRUE) ################################################### ### code chunk number 8: ASCA_biplot ################################################### biplot(fit,xlabs="o", mfcol=NULL, expand=0.7) ################################################### ### code chunk number 9: PLSR_biplot ################################################### biplot(fit.plsr, which="loadings", xlabs="o", ylabs=colnames(coefficients(fit.plsr,term="time:oxygen")), var.axes=TRUE, mfcol=NULL) ################################################### ### code chunk number 10: Loadingplot ################################################### loadingplot(fit, term.x="time", term.y="oxygen") ################################################### ### code chunk number 11: Session Info ################################################### sessionInfo()