### R code from vignette source 'marrayInput.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: marrayInput.Rnw:120-122 ################################################### library(marray) data(swirl) ################################################### ### code chunk number 2: marrayInput.Rnw:153-155 ################################################### datadir <- system.file("swirldata", package="marray") dir(datadir) ################################################### ### code chunk number 3: marrayInput.Rnw:183-185 ################################################### swirlTargets <- read.marrayInfo(file.path(datadir, "SwirlSample.txt")) summary(swirlTargets) ################################################### ### code chunk number 4: marrayInput.Rnw:203-205 ################################################### galinfo <- read.Galfile("fish.gal", path=datadir) names(galinfo) ################################################### ### code chunk number 5: marrayInput.Rnw:245-248 ################################################### swirl.gnames <- read.marrayInfo(file.path(datadir, "fish.gal"), info.id=4:5, labels=5, skip=21) summary(swirl.gnames) ################################################### ### code chunk number 6: marrayInput.Rnw:255-262 ################################################### swirl.layout <- read.marrayLayout(fname=file.path(datadir, "fish.gal"), ngr=4, ngc=4, nsr=22, nsc=24, skip=21,ctl.col=4) ctl<-rep("Control",maNspots(swirl.layout)) ctl[maControls(swirl.layout)!="control"] <- "probes" maControls(swirl.layout)<-factor(ctl) summary(swirl.layout) ################################################### ### code chunk number 7: marrayInput.Rnw:278-283 ################################################### mraw <- read.Spot(path=datadir, layout=galinfo$layout, gnames=galinfo$gnames, target=swirlTargets) summary(mraw)