### R code from vignette source 'occugene.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: momments ################################################### library("occugene") n <- 60 p <- c(seq(10,1,-1),seq(10,1,-1),18)/124 p <- p/sum(p) eMult(n,p) varMult(n,p) ################################################### ### code chunk number 2: approx momments ################################################### eMult(n,p,iter=100,seed=4) varMult(n,p,iter=100,seed=4) ################################################### ### code chunk number 3: load ################################################### data(sampleAnnotation) data(sampleInsertions) print(sampleAnnotation) print(sampleInsertions) a.data <- sampleAnnotation experiment <- sampleInsertions ################################################### ### code chunk number 4: et ################################################### orf <- cbind(a.data$first,a.data$last) clone <- experiment$position etDelta(10,orf,clone) ################################################### ### code chunk number 5: wj next ################################################### orf <- cbind(a.data$first,a.data$last) clone <- experiment$position fFit(orf,clone,FALSE) unbiasDelta0(10,orf,clone,iter=10,seed=4,alpha=0.05,TR=F) ################################################### ### code chunk number 6: number essential will ################################################### unbiasB0(orf,clone,iter=10,seed=4,alpha=0.05,TR=F) ################################################### ### code chunk number 7: conversion ################################################### newOrf <- occup2Negenes(orf,clone) print(newOrf)