### R code from vignette source 'CCl4.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: loadlibs ################################################### library("Biobase") library("limma") library("CCl4") ################################################### ### code chunk number 2: datapath ################################################### datapath = system.file("extdata", package="CCl4") ################################################### ### code chunk number 3: RGList ################################################### p = read.AnnotatedDataFrame("samplesInfo.txt", path=datapath) CCl4_RGList = read.maimages(files=sampleNames(p), path = datapath, source = "genepix", columns = list(R = "F635 Median", Rb = "B635 Median", G = "F532 Median", Gb = "B532 Median")) ################################################### ### code chunk number 4: outdir ################################################### outdir = file.path("..", "..", "data") if(!isTRUE(file.info(outdir)$isdir)) outdir = tempdir() save(CCl4_RGList, file = file.path(outdir, "CCl4_RGList.RData")) ################################################### ### code chunk number 5: tempdir ################################################### outdir ################################################### ### code chunk number 6: CCl4-NChannelSet ################################################### featureData = new("AnnotatedDataFrame", data = CCl4_RGList$genes) assayData = with(CCl4_RGList, assayDataNew(R=R, G=G, Rb=Rb, Gb=Gb)) varMetadata(p)$channel=factor(c("G", "R", "G", "R"), levels=c(ls(assayData), "_ALL_")) CCl4 <- new("NChannelSet", assayData = assayData, featureData = featureData, phenoData = p) save(CCl4, file = file.path(outdir, "CCl4.RData")) ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### sessionInfo()