### R code from vignette source 'affydata.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: affydata.Rnw:42-44 ################################################### library(affydata) data(Dilution) ################################################### ### code chunk number 2: affydata.Rnw:56-57 ################################################### Dilution ################################################### ### code chunk number 3: affydata.Rnw:64-66 ################################################### phenoData(Dilution) pData(Dilution) ################################################### ### code chunk number 4: affydata.Rnw:78-79 ################################################### pData(Dilution) ##notice the scanner covariate ################################################### ### code chunk number 5: affydata.Rnw:89-91 ################################################### par(mfrow=c(1,1)) boxplot(Dilution,col=c(2,2,3,3)) ################################################### ### code chunk number 6: affydata.Rnw:112-113 ################################################### options(warn=-1) ################################################### ### code chunk number 7: affydata.Rnw:117-120 ################################################### gn <- sample(geneNames(Dilution),100) ##pick only a few genes pms <- pm(Dilution[,3:4], gn) mva.pairs(pms) ################################################### ### code chunk number 8: affydata.Rnw:129-131 ################################################### normalized.Dilution <- Biobase::combine(normalize(Dilution[, 1:2]), normalize(Dilution[, 3:4])) ################################################### ### code chunk number 9: affydata.Rnw:140-141 ################################################### normalize.methods(Dilution) ################################################### ### code chunk number 10: affydata.Rnw:153-154 ################################################### boxplot(normalized.Dilution, col=c(2,2,3,3), main="Normalized Arrays") ################################################### ### code chunk number 11: affydata.Rnw:164-166 ################################################### pms <- pm(normalized.Dilution[, 3:4],gn) mva.pairs(pms)