################################################### ### chunk number 1: loadlib ################################################### library("RbcBook1") library("reposTools") library("annaffy") library("annotate") library("hgu95av2") data(aafExpr) ################################################### ### chunk number 2: getData ################################################### library("annaffy") data(aafExpr) gN <- geneNames(aafExpr)[41:50] syms <- unlist(mget(gN, hgu95av2SYMBOL)) lls <- unlist(mget(gN, hgu95av2LOCUSID)) syms ################################################### ### chunk number 3: makeTable ################################################### gl <- list(gN, lls) repository <- list("affy", "ll") othernames<-list(syms) head <- c("Probe ID", "Symbol", "LocusLink") fName <- "out.html" htmlpage(gl, fName, title="My Interesting Genes", othernames, head, repository=repository) ################################################### ### chunk number 4: ################################################### probeids <- geneNames(aafExpr) symbols <- aafSymbol(probeids, "hgu95av2") symbols[55:57] ################################################### ### chunk number 5: ################################################### getText(symbols[55:57]) ################################################### ### chunk number 6: ################################################### gos <- aafGO(probeids, "hgu95av2") gos[[3]] ################################################### ### chunk number 7: Genbank1 eval=FALSE ################################################### ## gbs <- aafGenBank(probeids, "hgu95av2") ## getURL(gbs[[1]]) ################################################### ### chunk number 8: Genbank2 ################################################### gbs <- aafGenBank(probeids, "hgu95av2") url <- getURL(gbs[[1]]) cat(strbreak(url)) ################################################### ### chunk number 9: Locuslink1 eval=FALSE ################################################### ## lls <- aafLocusLink(probeids, "hgu95av2") ## getURL(lls[[2]]) ################################################### ### chunk number 10: Locuslink2 eval=FALSE ################################################### ## lls <- aafLocusLink(probeids, "hgu95av2") ## url <- getURL(lls[[2]]) ## cat(strbreak(url)) ################################################### ### chunk number 11: Cytobands1 eval=FALSE ################################################### ## bands <- aafCytoband(probeids, "hgu95av2") ## getURL(bands[[2]]) ################################################### ### chunk number 12: Cytobands2 eval=FALSE ################################################### ## bands <- aafCytoband(probeids, "hgu95av2") ## url <- getURL(bands[[2]]) ## cat(strbreak(url)) ################################################### ### chunk number 13: Pubmed1 eval=FALSE ################################################### ## pmids <- aafPubMed(probeids, "hgu95av2") ## getURL(pmids[[2]]) ################################################### ### chunk number 14: Pubmed2 eval=FALSE ################################################### ## pmids <- aafPubMed(probeids, "hgu95av2") ## url <- getURL(pmids[[2]]) ## cat(strbreak(url)) ################################################### ### chunk number 15: GO1 eval=FALSE ################################################### ## getURL(getURL(gos[[1]])) ################################################### ### chunk number 16: GO2 eval=FALSE ################################################### ## cat(strbreak(getURL(gos[[1]]))) ################################################### ### chunk number 17: GOB1 eval=FALSE ################################################### ## getURL(gos[[1]][[4]]) ################################################### ### chunk number 18: GOB2 ################################################### cat(strbreak(getURL(gos[[1]][[4]]))) ################################################### ### chunk number 19: KEGG1 eval=FALSE ################################################### ## paths <- aafPathway(probeids, "hgu95av2") ## getURL(paths[[5]]) ################################################### ### chunk number 20: KEGG2 eval=FALSE ################################################### ## paths <- aafPathway(probeids, "hgu95av2") ## url <- getURL(paths[[5]]) ## cat(strbreak(url)) ################################################### ### chunk number 21: loadmulttest ################################################### library("multtest") ################################################### ### chunk number 22: ################################################### class <- as.integer(pData(aafExpr)$covar1) - 1 ################################################### ### chunk number 23: ################################################### teststat <- mt.teststat(exprs(aafExpr), class) index <- order(abs(teststat), decreasing = TRUE) probeids <- geneNames(aafExpr)[index] ################################################### ### chunk number 24: ################################################### aaf.handler() ################################################### ### chunk number 25: ################################################### anncols <- aaf.handler()[c(1:3,8:9,11:13)] ################################################### ### chunk number 26: ################################################### anntable <- aafTableAnn(probeids[1:50], "hgu95av2", anncols) ################################################### ### chunk number 27: ################################################### saveHTML(anntable, "ex1.html", title = "Example Table without Data") ################################################### ### chunk number 28: ################################################### testtable <- aafTable("t-statistic" = teststat[index[1:50]], signed = TRUE) table <- merge(anntable, testtable) ################################################### ### chunk number 29: ################################################### exprtable <- aafTableInt(aafExpr, probeids = probeids[1:50]) table <- merge(table, exprtable) saveHTML(table, "example2.html", title = "Example Table with Data") ################################################### ### chunk number 30: ################################################### saveText(table, "example2.txt") ################################################### ### chunk number 31: kinasen ################################################### kinases <- aafSearchText("hgu95av2", "Description", "kinase") kinases[1:5] length(kinases) ################################################### ### chunk number 32: ################################################### probes <- aafSearchText("hgu95av2", c("Description", "Pathway"), c("ribosome", "polymerase")) print(length(probes)) ################################################### ### chunk number 33: ################################################### probes <- aafSearchText("hgu95av2", "Description", c("DNA", "polymerase"), logic = "AND") print(length(probes)) ################################################### ### chunk number 34: ################################################### gbs <- c("AF035121", "AL021546", "AJ006123", "AL080082", "AI289489") aafSearchText("hgu95av2", "GenBank", gbs)