### R code from vignette source 'CAFE-manual.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: CAFE-manual.Rnw:83-84 ################################################### library(CAFE) ################################################### ### code chunk number 3: CAFE-manual.Rnw:88-89 (eval = FALSE) ################################################### ## setwd("~/some/path") ################################################### ### code chunk number 4: CAFE-manual.Rnw:93-94 (eval = FALSE) ################################################### ## datalist <- ProcessCels() ################################################### ### code chunk number 5: CAFE-manual.Rnw:107-109 ################################################### data("CAFE_data") #will put object named {\bf CAFE}_data in your global environment ################################################### ### code chunk number 6: CAFE-manual.Rnw:127-133 ################################################### #we first have to decide which samples we want to use. names(CAFE_data[[2]]) #to see which samples we got sam <- c(1,3) #so we use sample numbers 1, and 3 to compare against the rest chromosomeStats(CAFE_data,chromNum=17,samples=sam, test="fisher",bonferroni=FALSE,enrichment="greater") # we are only testing 1 chromosome ################################################### ### code chunk number 7: CAFE-manual.Rnw:138-140 ################################################### chromosomeStats(CAFE_data,chromNum=17,samples=sam, test="chisqr",bonferroni=FALSE,enrichment="greater") ################################################### ### code chunk number 8: CAFE-manual.Rnw:147-149 ################################################### chromosomeStats(CAFE_data,chromNum="ALL",samples=sam, test="fisher",bonferroni=TRUE,enrichment="greater") ################################################### ### code chunk number 9: CAFE-manual.Rnw:157-160 ################################################### bandStats(CAFE_data,chromNum=17,samples=sam,test="fisher", bonferroni=TRUE,enrichment="greater") #multiple bands per chromosome, so need bonferroni! ################################################### ### code chunk number 10: CAFE-manual.Rnw:178-179 ################################################### p <- rawPlot(CAFE_data,samples=c(1,3,10),chromNum=17) ################################################### ### code chunk number 11: rawplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 12: rawplot1 ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 13: CAFE-manual.Rnw:200-201 ################################################### p <- slidPlot(CAFE_data,samples=c(1,3,10),chromNum=17,k=100) ################################################### ### code chunk number 14: slidplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 15: slidplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 16: CAFE-manual.Rnw:228-229 ################################################### p <- discontPlot(CAFE_data,samples=c(1,3,10),chromNum=17,gamma=100) ################################################### ### code chunk number 17: discontplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 18: discontplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 19: CAFE-manual.Rnw:246-247 ################################################### p <- facetPlot(CAFE_data,samples=c(1,3,10),slid=TRUE,combine=TRUE,k=100) ################################################### ### code chunk number 20: facetplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 21: facetplot ################################################### print(p) ################################################### ### code chunk number 22: CAFE-manual.Rnw:271-274 (eval = FALSE) ################################################### ## data <- ProcessCels() ## chromosomeStats(data,samples=c(1,3),chromNum="ALL") ## discontPlot(data,samples=c(1,3),chromNum="ALL",gamma=100) ################################################### ### code chunk number 23: CAFE-manual.Rnw:393-394 ################################################### str(CAFE_data$whole[[1]]) ################################################### ### code chunk number 24: CAFE-manual.Rnw:403-404 ################################################### print(names(CAFE_data$whole))