### R code from vignette source 'DrugVsDisease.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: DrugVsDisease.Rnw:29-30 ################################################### options(width=60) ################################################### ### code chunk number 2: DrugVsDisease.Rnw:37-39 (eval = FALSE) ################################################### ## library(DrugVsDisease) ## profileAE<-generateprofiles(input="AE",accession="E-GEOD-22528") ################################################### ### code chunk number 3: DrugVsDisease.Rnw:44-45 (eval = FALSE) ################################################### ## names(profileAE) ################################################### ### code chunk number 4: DrugVsDisease.Rnw:50-51 (eval = FALSE) ################################################### ## colnames(profileAE$ranklist) ################################################### ### code chunk number 5: DrugVsDisease.Rnw:56-57 (eval = FALSE) ################################################### ## selprofiles<-selectrankedlists(profileAE,1) ################################################### ### code chunk number 6: DrugVsDisease.Rnw:63-64 (eval = FALSE) ################################################### ## default<-classifyprofile(data=selprofiles$ranklist, signif.fdr=1.1) ################################################### ### code chunk number 7: DrugVsDisease.Rnw:66-69 (eval = FALSE) ################################################### ## library(xtable) ## default<-as.data.frame(default[[1]]) ## xtable(default[,2:4]) ################################################### ### code chunk number 8: AEx (eval = FALSE) ################################################### ## profileAE<-generateprofiles(input="AE",accession="E-GEOD-22528") ################################################### ### code chunk number 9: GEO (eval = FALSE) ################################################### ## gds1479<-generateprofiles("GEO",accession="GDS1479", ## annotation="hgu133a",factorvalue="specimen",case="disease") ################################################### ### code chunk number 10: DrugVsDisease.Rnw:120-121 (eval = FALSE) ################################################### ## sel1479<-selectrankedlists(gds1479,c(3,18)) ################################################### ### code chunk number 11: DrugVsDisease.Rnw:123-124 (eval = FALSE) ################################################### ## sel22528<-selectrankedlists(profileAE,1) ################################################### ### code chunk number 12: DrugVsDisease.Rnw:137-138 (eval = FALSE) ################################################### ## default<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist, signif.fdr=1.1) ################################################### ### code chunk number 13: DrugVsDisease.Rnw:153-155 (eval = FALSE) ################################################### ## c1<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,type="fixed",lengthtest=100, ## cytoout=FALSE,noperm=100) ################################################### ### code chunk number 14: DrugVsDisease.Rnw:160-162 (eval = FALSE) ################################################### ## c2<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,type="range",range=c(100,200), ## cytoout=FALSE,noperm=100) ################################################### ### code chunk number 15: DrugVsDisease.Rnw:166-168 (eval = FALSE) ################################################### ## c3<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,pvalues=sel22528$pvalues, ## cytoout=FALSE,type="dynamic",dynamic.fdr=0.5,adj="BH") ################################################### ### code chunk number 16: DrugVsDisease.Rnw:177-179 (eval = FALSE) ################################################### ## dynamicfdr<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,pvalues=sel22528$pvalues, ## cytoout=FALSE,type="dynamic",dynamic.fdr=0.5,signif.fdr=0.15,adj="BH") ################################################### ### code chunk number 17: DrugVsDisease.Rnw:187-189 (eval = FALSE) ################################################### ## clusteraverage<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,cytoout=FALSE, ## clustermethod="average",avgstat="median") ################################################### ### code chunk number 18: DrugVsDisease.Rnw:196-203 (eval = FALSE) ################################################### ## data(customDB,package="DrugVsDisease") ## data(customClust,package="DrugVsDisease") ## data(customedge,package="DrugVsDisease") ## data(customsif,package="DrugVsDisease") ## customRefData<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist, lengthtest=100, ## customRefDB=customDB, customClusters=customClust, ## customedge=customedge, customsif=customsif, cytoout=FALSE,signif.fdr=1.1) ################################################### ### code chunk number 19: DrugVsDisease.Rnw:209-211 (eval = FALSE) ################################################### ## CytoOut<-classifyprofile(data=sel22528$ranklist,cytoout=TRUE, ## cytofile="CytoscapeOutput",adj="BH")