### R code from vignette source 'MatrixRider.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: style-Sweave ################################################### BiocStyle::latex() ################################################### ### code chunk number 2: ObtainSinglePFMGetSeqOccupancy ################################################### library(MatrixRider) library(JASPAR2014) library(TFBSTools) library(Biostrings) pfm <- getMatrixByID(JASPAR2014,"MA0004.1") ## The following sequence has a single perfect match ## thus it gives the same results with all cutoff values. sequence <- DNAString("CACGTG") getSeqOccupancy(sequence, pfm, 0.1) getSeqOccupancy(sequence, pfm, 1) ################################################### ### code chunk number 3: ObtainMultiplePFMGetSeqOccupancy ################################################### pfm2 <- getMatrixByID(JASPAR2014,"MA0005.1") pfms <- PFMatrixList(pfm, pfm2) names(pfms) <- c(name(pfm), name(pfm2)) ## This calculates total affinity for both the PFMatrixes. getSeqOccupancy(sequence, pfms, 0)