### R code from vignette source 'Clonal_decomposition_by_Clomial.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: example ################################################### library(Clomial) set.seed(1) data(breastCancer) Dc <- breastCancer$Dc Dt <- breastCancer$Dt Clomial2 <-Clomial(Dc=Dc,Dt=Dt,maxIt=20,C=4,binomTryNum=2) ################################################### ### code chunk number 2: model1 ################################################### model1 <- Clomial2$models[[1]] ## The clonal frequencies: round(model1$P,digits=2) ## Similarly, the genotypes is given by round(model1$Mu). ################################################### ### code chunk number 3: model1 ################################################### data(Clomial1000) models <- Clomial1000$models ## Number of trained models: length(models) ################################################### ### code chunk number 4: model1 ################################################### chosen <- choose.best(models=models, doTalk=TRUE) M1 <- chosen$bestModel print("Genotypes according to the best model:") round(M1$Mu) print("Clone frequencies in the first sample:") round(M1$P[,1],digits=2)