### R code from vignette source 'SCAN.vignette.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: setup ################################################### ## do work in temporary directory pwd <- setwd(tempdir()) ################################################### ### code chunk number 2: download-geo-direct (eval = FALSE) ################################################### ## library(GEOquery) ## tmpDir = tempdir() ## library(GEOquery) ## getGEOSuppFiles("GSM555237", makeDirectory=FALSE, baseDir=tmpDir) ## celFilePath = file.path(tmpDir, "GSM555237.CEL.gz") ################################################### ### code chunk number 3: download-normalize (eval = FALSE) ################################################### ## library(SCAN.UPC) ## normalized = SCAN(celFilePath) ################################################### ### code chunk number 4: scan-geo (eval = FALSE) ################################################### ## normalized = SCAN("GSM555237") ################################################### ### code chunk number 5: download-normalize2 (eval = FALSE) ################################################### ## normalized = SCAN(celFilePath, outFilePath="output_file.txt") ################################################### ### code chunk number 6: download-brainarray (eval = FALSE) ################################################### ## install.packages("hgu95ahsentrezgprobe_15.0.0.tar.gz", repos=NULL, type="source") ################################################### ### code chunk number 7: install-brainarray (eval = FALSE) ################################################### ## pkgName = InstallBrainArrayPackage(celFilePath, "15.0.0", "hs", "entrezg") ################################################### ### code chunk number 8: scan-brainarray (eval = FALSE) ################################################### ## normalized = SCAN(celFilePath, probeSummaryPackage=pkgName) ################################################### ### code chunk number 9: scan-twocolor-main (eval = FALSE) ################################################### ## SCAN_TwoColor("GSM1072833", "output_file.txt") ################################################### ### code chunk number 10: upc-microarray (eval = FALSE) ################################################### ## upc1 = UPC("GSM555237") ## ## upc2 = UPC_TwoColor("GSM1072833") ################################################### ### code chunk number 11: upc-rnaseq (eval = FALSE) ################################################### ## upc3 = UPC_RNASeq("ReadCounts.txt", "Annotation.txt") ################################################### ### code chunk number 12: scan-parallel (eval = FALSE) ################################################### ## library(doParallel) ## registerDoParallel(cores=2) ## result = SCAN("GSE22309")