### R code from vignette source 'SpeCond.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: SpeCond.Rnw:53-56 ################################################### d=tempdir() oldir=getwd() setwd(d) ################################################### ### code chunk number 2: SpeCond.Rnw:59-67 ################################################### library(SpeCond) data(expSetSpeCondExample) expSetSpeCondExample class(expSetSpeCondExample) data(expressionSpeCondExample) Mexp=expressionSpeCondExample class(Mexp) dim(Mexp) ################################################### ### code chunk number 3: SpeCond.Rnw:71-75 ################################################### generalResult=SpeCond(Mexp, param.detection=NULL, multitest.correction.method="BY", prefix.file="E", print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL, fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL) names(generalResult) specificResult=generalResult$specificResult ################################################### ### code chunk number 4: SpeCond.Rnw:79-83 (eval = FALSE) ################################################### ## generalResult=SpeCond(expSetSpeCondExample, param.detection=NULL, ## multitest.correction.method="BY", prefix.file="E", print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL, ## fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL, condition.factor=expSetSpeCondExample$Tissue, ## condition.method="mean") ################################################### ### code chunk number 5: SpeCond.Rnw:86-88 (eval = FALSE) ################################################### ## MexpS=getMatrixFromExpressionSet(expSetSpeCondExample, ## condition.factor=expSetSpeCondExample$Tissue,condition.method="mean") ################################################### ### code chunk number 6: SpeCond.Rnw:104-108 ################################################### getFullHtmlSpeCondResult(SpeCondResult=generalResult, param.detection= specificResult$param.detection, page.name="Example_SpeCond_results", page.title="Tissue specific results", sort.condition="all", heatmap.profile=TRUE, heatmap.expression=FALSE, heatmap.unique.profile=FALSE, expressionMatrix=Mexp) ################################################### ### code chunk number 7: SpeCond.Rnw:125-127 ################################################### genePageInfo=getGeneHtmlPage(Mexp, specificResult, name.index.html= "index_example_SpeCond_Results.html", gene.html.ids=c(1:20)) ################################################### ### code chunk number 8: SpeCond.Rnw:157-159 ################################################### param.detection=getDefaultParameter() param.detection ################################################### ### code chunk number 9: SpeCond.Rnw:162-167 ################################################### param.detection2=createParameterMatrix(mlk.1=10) param.detection2 param.detection2B=createParameterMatrix(param.detection=param.detection2, mlk.1=15, rsd.2=0.2) param.detection2B ################################################### ### code chunk number 10: SpeCond.Rnw:189-195 ################################################### param.detection2=createParameterMatrix(param.detection, mlk.1=10) param.detection2 generalResult2=SpeCond(Mexp, param.detection=param.detection2, multitest.correction.method="BY", prefix.file="E2", print.hist.pv=TRUE, fit1=generalResult$fit1, fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL) ################################################### ### code chunk number 11: SpeCond.Rnw:198-204 ################################################### param.detection3=createParameterMatrix(param.detection, rsd.2=0.2, per.2=0.2) param.detection3 generalResult3=SpeCond(Mexp, param.detection=param.detection3, multitest.correction.method="BY", prefix.file="E3", print.hist.pv=TRUE, fit1=generalResult$fit1, fit2=generalResult$fit2, specificOutlierStep1=generalResult$specificOutliersStep1) ################################################### ### code chunk number 12: SpeCond.Rnw:219-221 ################################################### param.detection fit1=fitPrior(Mexp, param.detection=param.detection) ################################################### ### code chunk number 13: SpeCond.Rnw:224-225 (eval = FALSE) ################################################### ## fit1=fitPrior(Mexp, lambda=param.detection[1,"lambda"], beta=param.detection[1,"beta"]) ################################################### ### code chunk number 14: SpeCond.Rnw:228-231 ################################################### specificOutlierStep1=getSpecificOutliersStep1(Mexp, fit=fit1$fit1,param.detection, multitest.correction.method="BY", prefix.file="run1_Step1", print.hist.pv=FALSE) ################################################### ### code chunk number 15: SpeCond.Rnw:234-236 ################################################### fit2=fitNoPriorWithExclusion(Mexp, specificOutlierStep1=specificOutlierStep1, param.detection=param.detection) ################################################### ### code chunk number 16: SpeCond.Rnw:239-241 (eval = FALSE) ################################################### ## fit2=fitNoPriorWithExclusion(Mexp, specificOutlierStep1=specificOutlierStep1, ## lambda=param.detection[2,"lambda"], beta=param.detection[2,"beta"]) ################################################### ### code chunk number 17: SpeCond.Rnw:244-248 ################################################### specificResult=getSpecificResult(Mexp, fit=fit2, specificOutlierStep1=specificOutlierStep1, param.detection, multitest.correction.method="BY", prefix.file="run1_Step2", print.hist.pv=FALSE) ################################################### ### code chunk number 18: SpeCond.Rnw:297-304 ################################################### names(generalResult) specificResult=generalResult$specificResult names(specificResult) names(specificResult$L.specific.result) dim(specificResult$L.specific.result$M.specific.all) dim(specificResult$L.specific.result$M.specific) specificResult ################################################### ### code chunk number 19: SpeCond.Rnw:321-329 ################################################### L.specific.result.profile=getProfile(specificResult$L.specific.result$M.specific) writeSpeCondResult(specificResult$L.specific.result,file.name.profile= "Example_specific_profile.txt", file.specific.gene="Example_list_specific_gene.txt", file.name.unique.profile="Example_specific_unique_profile.txt") writeUniqueProfileSpecificResult(L.specific.result=specificResult$L.specific.result, file.name.unique.profile="Example_specific_unique_profile.txt", full.list.gene=FALSE) writeGeneResult(specificResult$L.specific.result, file.name.result.gene= "Example_gene_gummary_result.txt", gene.names=rownames(Mexp)[1:10]) ################################################### ### code chunk number 20: SpeCond.Rnw:369-370 ################################################### data(simulatedSpeCondData) ################################################### ### code chunk number 21: SpeCond.Rnw:373-384 ################################################### generalResult_S1=SpeCond(simulatedSpeCondData, param.detection=NULL, multitest.correction.method="BY", prefix.file="S1", print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL, fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL) specificResult_S1=generalResult_S1$specificResult getFullHtmlSpeCondResult(L.specific.result=specificResult_S1$L.specific.result, page.name="simulatedSpeCondData_results", page.title="Condition specific results mlk 25 default", prefix.file="S1", sort.condition="all") genePageInfo_S1=getGeneHtmlPage(simulatedSpeCondData, specificResult_S1, name.index.html="index_simulatedSpeCondData.html", prefix.file="S1", gene.html.ids=c(1:20)) ################################################### ### code chunk number 22: SpeCond.Rnw:390-392 ################################################### param.detection10=createParameterMatrix(param.detection=param.detection, mlk.2=10) param.detection10 ################################################### ### code chunk number 23: SpeCond.Rnw:395-410 ################################################### generalResult_S2=SpeCond(simulatedSpeCondData, param.detection=param.detection10, multitest.correction.method="BY", prefix.file="S2", print.hist.pv=TRUE, fit1=generalResult_S1$fit1, fit2=generalResult_S1$fit2, specificOutlierStep1=generalResult_S1$specificOutliersStep1) specificResult_S2=generalResult_S2$specificResult genePageInfo_S2=getGeneHtmlPage(simulatedSpeCondData, specificResult_S2, name.index.html="index_simulatedSpeCondData.html", prefix.file="S2", gene.html.ids=c(1:20,200:250)) getFullHtmlSpeCondResult(L.specific.result=specificResult_S2$L.specific.result, param.detection=param.detection10, page.name="simulatedSpeCondData_results", page.title="Condition specific results mlk 10",prefix.file="S2", sort.condition="all", gene.page.info=genePageInfo_S2) ################################################### ### code chunk number 24: SpeCond.Rnw:415-418 ################################################### param.detection8_0.3=createParameterMatrix(param.detection=param.detection, mlk.2=8, rsd.2=0.3) param.detection8_0.3 ################################################### ### code chunk number 25: SpeCond.Rnw:421-434 ################################################### generalResult_S3=SpeCond(simulatedSpeCondData, param.detection=param.detection8_0.3, multitest.correction.method="BY", prefix.file="S3", print.hist.pv=TRUE, fit1=generalResult_S1$fit1, fit2=generalResult_S1$fit2, specificOutlierStep1=generalResult_S1$specificOutliersStep1) specificResult_S3=generalResult_S3$specificResult genePageInfo_S3=getGeneHtmlPage(simulatedSpeCondData, specificResult_S3, name.index.html="index_simulatedSpeCondData.html", prefix.file="S3", gene.html.ids=c(1:20,195:310)) getFullHtmlSpeCondResult(L.specific.result=specificResult_S3$L.specific.result, param.detection=param.detection8_0.3, page.name="simulatedSpeCondData_results", page.title="Condition specific results mlk 8, rsd 0.3", prefix.file="S3", sort.condition="all",gene.page.info=genePageInfo_S3) ################################################### ### code chunk number 26: SpeCond.Rnw:436-437 ################################################### setwd(oldir) ################################################### ### code chunk number 27: SpeCond.Rnw:444-446 ################################################### save(fit1,file="fit1.RData") ## load("fit1.RData") ################################################### ### code chunk number 28: SpeCond.Rnw:449-454 ################################################### save(specificOutlierStep1,file="specificOutlierStep1.RData") ## load("specificStep1.RData") save(fit2,file="fit2.RData") ## load("fit2.Rdata") save(specificResult,file="specificResult.RData") ################################################### ### code chunk number 29: pkgs ################################################### toLatex(sessionInfo())