### R code from vignette source 'flowClean.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: flowClean.Rnw:9-10 ################################################### options(width=70) ################################################### ### code chunk number 2: load ################################################### library(flowClean) library(flowViz) library(grid) library(gridExtra) ################################################### ### code chunk number 3: data1 ################################################### data(synPerturbed) synPerturbed ################################################### ### code chunk number 4: cleancall ################################################### synPerturbed.c <- clean(synPerturbed, vectMarkers=c(5:16), filePrefixWithDir="sample_out", ext="fcs", diagnostic=TRUE) synPerturbed.c ################################################### ### code chunk number 5: fig1plot ################################################### lgcl <- estimateLogicle(synPerturbed.c, unname(parameters(synPerturbed.c)$name[5:16])) synPerturbed.cl <- transform(synPerturbed.c, lgcl) p1 <- xyplot(`` ~ `Time`, data=synPerturbed.cl, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100)) p2 <- xyplot(`GoodVsBad` ~ `Time`, data=synPerturbed.cl, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100), ylim=c(0, 20000)) rg <- rectangleGate(filterId="gvb", list("GoodVsBad"=c(0, 9999))) idx <- filter(synPerturbed.cl, rg) synPerturbed.clean <- Subset(synPerturbed.cl, idx) p3 <- xyplot(`` ~ `Time`, data=synPerturbed.clean, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100)) grid.arrange(p1, p2, p3, ncol=3) ################################################### ### code chunk number 6: fig1 ################################################### lgcl <- estimateLogicle(synPerturbed.c, unname(parameters(synPerturbed.c)$name[5:16])) synPerturbed.cl <- transform(synPerturbed.c, lgcl) p1 <- xyplot(`` ~ `Time`, data=synPerturbed.cl, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100)) p2 <- xyplot(`GoodVsBad` ~ `Time`, data=synPerturbed.cl, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100), ylim=c(0, 20000)) rg <- rectangleGate(filterId="gvb", list("GoodVsBad"=c(0, 9999))) idx <- filter(synPerturbed.cl, rg) synPerturbed.clean <- Subset(synPerturbed.cl, idx) p3 <- xyplot(`` ~ `Time`, data=synPerturbed.clean, abs=TRUE, smooth=FALSE, alpha=0.5, xlim=c(0, 100)) grid.arrange(p1, p2, p3, ncol=3) ################################################### ### code chunk number 7: sessionInfo ################################################### toLatex(sessionInfo())