### R code from vignette source 'kidpack.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: start1 ################################################### library(kidpack) ################################################### ### code chunk number 2: start2 ################################################### data(eset) data(cloneanno) ################################################### ### code chunk number 3: kidpack.Rnw:66-69 ################################################### unique(pData(eset)$type) cols <- c("red", "blue", "darkgreen") names(cols) <- c("ccRCC", "pRCC", "chRCC") ################################################### ### code chunk number 4: fn1 ################################################### sel <- grep("fibronectin 1", cloneanno$description) cloneanno[sel, ] ################################################### ### code chunk number 5: fn2 ################################################### eo <- eset[sel, order(pData(eset)$type)] x <- exprs(eo) plot(c(1, ncol(x)), range(x), type="n") for(i in 1:nrow(x)) points(x[i, ], col=cols[pData(eo)$type], pch=16) ################################################### ### code chunk number 6: kidpack.Rnw:91-99 ################################################### data(qua) data(hybanno) data(spotanno) s1 <- cloneanno$spot1[sel] s2 <- cloneanno$spot2[sel] s1 qua[s1, "fg.green", 1:3] hybanno[1:3,]