Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2017-11-17 16:08:23 -0500 (Fri, 17 Nov 2017).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1800)
2airway (780)
3geneLenDataBase (716)
4pasilla (601)
5HSMMSingleCell (462)
6golubEsets (380)
7affydata (356)
8bladderbatch (325)
9DMRcatedata (317)
10fission (302)
11ChAMPdata (284)
12gageData (279)
13tximportData (255)
14minfiData (251)
15faahKO (250)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (93)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (26)
affycoretools (0)
affydata (356)
Affyhgu133A2Expr (20)
Affyhgu133aExpr (22)
Affyhgu133Plus2Expr (23)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (38)
Affymoe4302Expr (21)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (780)
all (0)
ALL (1800)
ALLMLL (96)
alpineData (20)
AmpAffyExample (31)
AneuFinderData (76)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (1)
antiProfilesData (34)
aracne.networks (26)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (74)
AshkenazimSonChr21 (13)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (43)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (43)
BeadArrayUseCases (46)
BeadDataPackR (0)
beta7 (31)
Biobase (2)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (31)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (325)
blimaTestingData (18)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (56)
breastCancerNKI (69)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (45)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (46)
breastCancerVDX (105)
bronchialIL13 (16)
BSgenome (1)
bsseqData (56)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (25)
CardinalWorkflows (21)
Category (1)
ccdata (64)
CCl4 (34)
ccTutorial (14)
CellMapperData (16)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (10)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (48)
cghMCR (1)
ChAMPdata (284)
charmData (19)
cheung2010 (10)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (17)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (94)
ChIPexoQualExample (9)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (68)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (60)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (237)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (75)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (17)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (85)
colonCA (38)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (1)
CONFESSdata (14)
ConnectivityMap (18)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (52)
CopyhelpeR (103)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (34)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (23)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (20)
curatedBreastData (21)
curatedCRCData (13)
curatedMetagenomicData (46)
curatedOvarianData (54)
curatedTCGAData (0)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (79)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (15)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (26)
DESeq (1)
DESeq2 (1)
DeSousa2013 (19)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (17)
diggit (0)
diggitdata (18)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (56)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (317)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (14)
dressCheck (10)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (71)
dsQTL (23)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (16)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (15)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (33)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (126)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (139)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (5)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (116)
etec16s (17)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (250)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (63)
facsDorit (21)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (19)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (13)
FGNet (0)
fibroEset (95)
FindMyFriends (0)
FIs (56)
FISHalyseR (0)
fission (302)
flagme (0)
Fletcher2013a (20)
Fletcher2013b (19)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (1)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (17)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (15)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (12)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (125)
FlowSorted.CordBlood.450k (23)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (10)
FlowSorted.DLPFC.450k (15)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (56)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (83)
furrowSeg (9)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (279)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (12)
gatingMLData (14)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (81)
gdsfmt (1)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (716)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (54)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (16)
geuvPack (34)
geuvStore (2)
geuvStore2 (23)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (37)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (380)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (1)
grndata (72)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (19)
GSEABase (1)
gskb (36)
GSVAdata (118)
Gviz (0)
GWASdata (43)
GWASTools (1)

H

h5vcData (78)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (29)
hapmap500knsp (11)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (23)
hapmapsnp6 (36)
harbChIP (20)
HarmanData (16)
HarmonizedTCGAData (1)
HD2013SGI (15)
healthyFlowData (16)
HEEBOdata (18)
HelloRangesData (14)
hgu133abarcodevecs (10)
hgu133afrmavecs (2)
hgu133plus2barcodevecs (12)
hgu133plus2frmavecs (2)
hgu2beta7 (18)
HiCDataHumanIMR90 (27)
HiCDataLymphoblast (18)
Hiiragi2013 (48)
HIVcDNAvantWout03 (14)
hmyriB36 (11)
HSMMSingleCell (462)
HumanAffyData (13)
humanStemCell (49)

I

IHW (0)
IHWpaper (11)
Illumina450ProbeVariants.db (243)
IlluminaDataTestFiles (32)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
impute (1)
ind1KG (5)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (1)
iontreeData (15)
IRanges (3)
ITALICSData (68)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (54)
JASPAR2016 (91)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (12)
KEGGdzPathwaysGEO (143)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (24)
KOdata (56)

L

leeBamViews (74)
leukemiasEset (73)
LiebermanAidenHiC2009 (14)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (10)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (66)
LungCancerLines (23)
lungExpression (26)
lydata (17)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (16)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (14)
maqcExpression4plex (31)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (18)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
MEALData (16)
MEDIPSData (35)
MEEBOdata (17)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (22)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (17)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (1)
Mfuzz (0)
microRNAome (1)
MIGSAdata (8)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (251)
minfiDataEPIC (47)
minionSummaryData (20)
miRcompData (58)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (61)
MMDiffBamSubset (19)
mosaicsExample (23)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (13)
msd16s (25)
msdata (195)
MSnbase (0)
msPurityData (21)
msqc1 (17)
MSstatsBioData (1)
mtbls2 (28)
MUGAExampleData (20)
Mulder2012 (11)
multtest (1)
mvoutData (14)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (11)
Neve2006 (13)
neve2006 (0)
NGScopyData (15)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (2)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (128)
pasilla (601)
pasillaBamSubset (142)
PasillaTranscriptExpr (16)
pathifier (1)
PathNetData (20)
pathprintGEOData (9)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (18)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (19)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (15)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (24)
pcxnData (1)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (18)
PGPC (10)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (79)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (17)
preprocessCore (2)
ProData (24)
pRolocdata (124)
prostateCancerCamcap (12)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (9)
prostateCancerTaylor (10)
prostateCancerVarambally (8)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (18)
pumadata (22)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (29)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)

Q

QDNAseq.hg19 (17)
QDNAseq.mm10 (12)
quantsmooth (0)
QUBICdata (13)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (82)
RDAVIDWebService (1)
ReportingTools (0)
restfulSEData (1)
rfcdmin (3)
RforProteomics (150)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (15)
RITANdata (21)
RMassBankData (29)
RNAinteractMAPK (12)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (196)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (91)
RnaSeqTutorial (72)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (111)
RnBeads.hg38 (28)
RnBeads.mm10 (18)
RnBeads.mm9 (22)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (10)
rRDPData (14)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (195)
RTCGA.CNV (24)
RTCGA.methylation (25)
RTCGA.miRNASeq (25)
RTCGA.mRNA (64)
RTCGA.mutations (31)
RTCGA.PANCAN12 (24)
RTCGA.rnaseq (57)
RTCGA.RPPA (22)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (78)

S

S4Vectors (3)
sampleClassifierData (8)
SCLCBam (19)
scRNAseq (43)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (68)
seqc (26)
seqCNA.annot (70)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (32)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (72)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (10)
SNAData (21)
SNAGEEdata (62)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (68)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (32)
SpikeInSubset (95)
spliceR (0)
stemHypoxia (70)
stjudem (18)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (58)
synapterdata (73)
systemPipeRdata (86)

T

TargetScoreData (14)
TargetSearchData (18)
TBX20BamSubset (8)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (12)
TCGAMethylation450k (36)
TCGAWorkflowData (19)
TFBSTools (0)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (11)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (14)
topdownrdata (1)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (91)
twilight (0)
tximportData (255)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (5)
vsn (1)
vulcandata (1)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
WES.1KG.WUGSC (32)
widgetTools (1)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (9)
XVector (2)

Y

yeastCC (113)
yeastExpData (119)
yeastGSData (11)
yeastNagalakshmi (34)
yeastRNASeq (67)
yri1kgv (15)
yriMulti (16)

Z

zebrafishRNASeq (110)
zlibbioc (2)