Download stats for Bioconductor software packages    Download stats for Bioconductor annotation packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2018-01-16 16:09:22 -0500 (Tue, 16 Jan 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (1887)
2airway (817)
3geneLenDataBase (773)
4pasilla (652)
5HSMMSingleCell (521)
6golubEsets (389)
7affydata (350)
8bladderbatch (345)
9DMRcatedata (328)
10fission (313)
11tximportData (293)
12ChAMPdata (293)
13gageData (282)
14faahKO (256)
15Illumina450ProbeVariants.db (250)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor experiment repository

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (89)
affxparser (1)
affy (1)
affycompData (24)
affycoretools (0)
affydata (350)
Affyhgu133A2Expr (19)
Affyhgu133aExpr (21)
Affyhgu133Plus2Expr (23)
affyio (1)
AffymetrixDataTestFiles (37)
Affymoe4302Expr (21)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (817)
all (0)
ALL (1887)
ALLMLL (94)
alpineData (18)
AmpAffyExample (29)
AneuFinderData (76)
annotate (1)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (34)
aracne.networks (25)
aroma.light (1)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (70)
AshkenazimSonChr21 (11)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (1)
bcellViper (42)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (43)
BeadArrayUseCases (49)
BeadDataPackR (0)
beta7 (27)
Biobase (1)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
biomaRt (0)
Biostrings (1)
biotmleData (39)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
bladderbatch (345)
blimaTestingData (17)
breastcancermainz (0)
breastCancerMAINZ (55)
breastCancerNKI (69)
breastcancertransbig (0)
breastCancerTRANSBIG (44)
breastCancerUNT (42)
breastCancerUPP (45)
breastCancerVDX (102)
brgedata (0)
bronchialIL13 (14)
BSgenome (0)
bsseqData (57)
bumphunter (1)

C

CAMERA (0)
cancerdata (22)
CardinalWorkflows (23)
Category (1)
ccdata (63)
CCl4 (35)
ccTutorial (14)
CellMapperData (16)
ceu1kg (11)
ceu1kgv (9)
ceuhm3 (10)
cgdv17 (46)
cghMCR (1)
ChAMPdata (293)
charmData (19)
cheung2010 (10)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (18)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (92)
ChIPexoQualExample (11)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (65)
chopsticks (1)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (59)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (228)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
clusterStab (0)
CMA (0)
cMap2data (70)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (1)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (16)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (83)
colonCA (36)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (13)
ConnectivityMap (19)
ConsensusClusterPlus (1)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (55)
CopyhelpeR (100)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (30)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (23)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (10)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedBladderData (21)
curatedBreastData (22)
curatedCRCData (14)
curatedMetagenomicData (58)
curatedOvarianData (54)
curatedTCGAData (5)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (81)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (14)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
derfinderData (25)
DESeq (1)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (18)
destiny (0)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (17)
diggit (0)
diggitdata (17)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (53)
DmelSGI (12)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (328)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (1)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (10)
DOQTL (0)
DREAM4 (13)
dressCheck (10)
DriverNet (0)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (67)
dsQTL (22)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DupChecker (0)
DvDdata (10)
dyebias (0)
dyebiasexamples (15)
DynDoc (0)

E

EasyqpcR (0)
eatonetalchipseq (0)
EatonEtAlChIPseq (16)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecolileucine (0)
ecoliLeucine (33)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (1)
EGSEAdata (136)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (157)
EMDomics (0)
ENCODEFig4Band4D (1)
encodnasei (0)
encoDnaseI (4)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (117)
etec16s (18)
eudysbiome (0)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (256)
fabia (0)
fabiaData (15)
facopy.annot (59)
facsDorit (21)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (18)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (13)
FGNet (0)
fibroEset (94)
FindMyFriends (0)
FIs (54)
FISHalyseR (0)
fission (313)
flagme (0)
Fletcher2013a (20)
Fletcher2013b (20)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (16)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (16)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (11)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (129)
FlowSorted.CordBlood.450k (23)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (11)
FlowSorted.DLPFC.450k (14)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (58)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (79)
furrowSeg (9)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (282)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (11)
gatingMLData (15)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (1)
gcspikelite (78)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (1)
genefu (0)
geneLenDataBase (773)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (1)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (58)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (1)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (1)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (1)
GenomicRanges (1)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (1)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (15)
geuvPack (35)
geuvStore (1)
geuvStore2 (24)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (39)
ggtut (3)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (389)
GOSemSim (1)
goseq (1)
GOstats (1)
graph (1)
grndata (69)
GSBenchMark (16)
GSE62944 (19)
GSEABase (1)
gskb (40)
GSVAdata (130)
Gviz (0)
GWASdata (42)
GWASTools (1)

H

h5vcData (77)
hapmap100khind (13)
hapmap100kxba (29)
hapmap500knsp (11)
hapmap500ksty (12)
hapmapsnp5 (23)
hapmapsnp6 (37)
harbChIP (19)
HarmanData (16)
HarmonizedTCGAData (2)
HD2013SGI (14)
healthyFlowData (15)
HEEBOdata (17)
HelloRangesData (17)
hgu133abarcodevecs (9)
hgu133afrmavecs (2)
hgu133plus2barcodevecs (11)
hgu133plus2frmavecs (2)
hgu2beta7 (17)
HiCDataHumanIMR90 (28)
HiCDataLymphoblast (18)
Hiiragi2013 (52)
HIVcDNAvantWout03 (13)
HMP16SData (1)
hmyriB36 (11)
HSMMSingleCell (521)
HumanAffyData (13)
humanStemCell (49)

I

IHW (0)
IHWpaper (10)
Illumina450ProbeVariants.db (250)
IlluminaDataTestFiles (34)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (1)
illuminaio (1)
impute (1)
ind1KG (4)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (15)
IRanges (2)
ITALICSData (64)
Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (53)
JASPAR2016 (105)
JctSeqData (19)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (13)
KEGGdzPathwaysGEO (153)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (23)
KOdata (55)

L

leeBamViews (75)
leukemiasEset (75)
LiebermanAidenHiC2009 (13)
limma (1)
ListerEtAlBSseq (11)
lumi (0)
lumiBarnes (28)
LungCancerACvsSCCGEO (62)
LungCancerLines (24)
lungExpression (36)
lydata (16)
lymphoma (1)

M

M3DExampleData (17)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (1)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (1)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (14)
mAPKLData (14)
maqcExpression4plex (30)
MAQCsubset (15)
MAQCsubsetAFX (18)
MAQCsubsetILM (11)
marray (0)
MEALData (15)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (15)
Metab (0)
metaMS (0)
metaMSdata (21)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (16)
MethylMix (0)
methylumi (0)
methyvimData (3)
Mfuzz (0)
microRNAome (2)
MIGSAdata (10)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (247)
minfiDataEPIC (46)
minionSummaryData (19)
miRcompData (56)
miRNATarget (16)
mitoODEdata (57)
MMDiffBamSubset (18)
mosaicsExample (23)
mouse4302barcodevecs (8)
mouse4302frmavecs (1)
MSBdata (14)
msd16s (25)
msdata (198)
MSnbase (0)
msPurityData (22)
msqc1 (16)
MSstatsBioData (2)
mtbls2 (27)
MUGAExampleData (20)
Mulder2012 (10)
multtest (1)
mvoutData (15)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

ncdfFlow (0)
NCIgraphData (10)
Neve2006 (12)
neve2006 (0)
NGScopyData (15)
NOISeq (0)

O

oligo (1)
oligoClasses (1)
OmicCircos (0)
OnassisJavaLibs (6)
oneChannelGUI (0)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (2)
parathyroidSE (136)
pasilla (652)
pasillaBamSubset (143)
PasillaTranscriptExpr (16)
pathifier (0)
PathNetData (19)
pathprintGEOData (11)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (19)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (19)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (16)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (24)
pcxnData (6)
pd.atdschip.tiling (15)
pepDat (16)
PGPC (9)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (1)
phyloseq (0)
plasFIA (17)
plier (1)
polyester (0)
ppiData (76)
prebsdata (15)
PREDAsampledata (18)
preprocessCore (2)
ProData (24)
pRolocdata (124)
prostateCancerCamcap (13)
prostateCancerGrasso (9)
prostateCancerStockholm (8)
prostateCancerTaylor (10)
prostateCancerVarambally (8)
ProtGenerics (0)
PtH2O2lipids (18)
pumadata (21)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (29)
PWMEnrich.Mmusculus.background (19)

Q

QDNAseq.hg19 (17)
QDNAseq.mm10 (13)
quantsmooth (0)
QUBICdata (13)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (1)
rcellminerData (78)
RDAVIDWebService (0)
ReportingTools (0)
restfulSEData (4)
rfcdmin (2)
RforProteomics (149)
RGMQLlib (0)
Rgraphviz (1)
rhdf5 (1)
rheumaticConditionWOLLBOLD (12)
RIPSeekerData (16)
RITANdata (27)
RMassBankData (28)
RNAinteractMAPK (12)
rnainteractmapk (0)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (1)
rnaseqdata.hnrnpc.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (202)
RNASeqDataSubset (1)
RnaSeqSampleSizeData (88)
RnaSeqTutorial (67)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (108)
RnBeads.hg38 (31)
RnBeads.mm10 (18)
RnBeads.mm9 (21)
RnBeads.rn5 (12)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (9)
rRDPData (14)
Rsamtools (1)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (207)
RTCGA.CNV (25)
RTCGA.methylation (26)
RTCGA.miRNASeq (25)
RTCGA.mRNA (77)
RTCGA.mutations (32)
RTCGA.PANCAN12 (24)
RTCGA.rnaseq (59)
RTCGA.RPPA (23)
rtracklayer (1)
RUVnormalizeData (74)

S

S4Vectors (2)
sampleClassifierData (11)
SCLCBam (19)
scRNAseq (64)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (65)
seqc (25)
seqCNA.annot (68)
seqLogo (0)
serumStimulation (15)
seventyGeneData (11)
shinyMethylData (30)
ShortRead (1)
siggenes (1)
sigPathway (0)
simpIntLists (70)
simpleaffy (1)
Single.mTEC.Transcriptomes (11)
SNAData (21)
SNAGEEdata (59)
SNPhoodData (13)
SNPRelate (1)
snpStats (1)
SomatiCAData (9)
SomaticCancerAlterations (67)
spade (0)
SPIA (0)
SpikeIn (32)
SpikeInSubset (96)
spliceR (0)
stemHypoxia (67)
stjudem (17)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (1)
survcomp (0)
sva (1)
SVM2CRMdata (55)
synapterdata (76)
systemPipeRdata (86)

T

TargetScoreData (14)
TargetSearchData (17)
TBX20BamSubset (8)
TCGAbiolinksGUI.data (0)
TCGAcrcmiRNA (13)
TCGAcrcmRNA (13)
TCGAMethylation450k (38)
TCGAWorkflowData (29)
TFBSTools (0)
TimerQuant (8)
tinesath1cdf (10)
tinesath1probe (10)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
tofsimsData (13)
topdownrdata (3)
topGO (1)
TSSi (0)
tweeDEseqCountData (99)
twilight (0)
tximportData (293)

V

VariantAnnotation (1)
VariantToolsData (6)
vsn (1)
vulcandata (2)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (13)
WES.1KG.WUGSC (34)
widgetTools (1)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (9)
XVector (2)

Y

yeastCC (107)
yeastExpData (127)
yeastGSData (10)
yeastNagalakshmi (30)
yeastRNASeq (70)
yri1kgv (16)
yriMulti (18)

Z

zebrafishRNASeq (121)
zlibbioc (2)