See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 05 May 2024.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 ALL (2177) 6 scRNAseq (1052) 11 ChAMPdata (426)
2 TCGAbiolinksGUI.data (2052) 7 geneLenDataBase (988) 12 TENxPBMCData (413)
3 celldex (2000) 8 pasilla (601) 13 GSVAdata (404)
4 HSMMSingleCell (1836) 9 tximportData (523) 14 depmap (403)
5 airway (1277) 10 sesameData (487) 15 bladderbatch (393)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (3)

adductData (58)

affycompData (31)

affydata (273)

Affyhgu133A2Expr (23)

Affyhgu133aExpr (35)

Affyhgu133Plus2Expr (36)

AffymetrixDataTestFiles (41)

Affymoe4302Expr (30)

Affymoe430Expr (0)

airway (1277)

ALL (2177)

allenpvc (0)

ALLMLL (62)

alpineData (14)

AmpAffyExample (19)

AneuFinderData (73)

antiProfilesData (43)

aracne.networks (34)

ARRmData (61)

AshkenazimSonChr21 (12)

ASICSdata (24)

AssessORFData (24)

B

bcellViper (368)

beadarrayExampleData (71)

BeadArrayUseCases (20)

BeadSorted.Saliva.EPIC (11)

benchmarkfdrData2019 (12)

beta7 (14)

BioImageDbs (14)

BioPlex (16)

biotmleData (34)

biscuiteerData (57)

bladderbatch (393)

blimaTestingData (18)

BloodCancerMultiOmics2017 (29)

bodymapRat (47)

brainImageRdata (1)

breakpointRdata (135)

breastCancerMAINZ (57)

breastCancerNKI (53)

breastCancerTRANSBIG (50)

breastCancerUNT (38)

breastCancerUPP (55)

breastCancerVDX (113)

brgedata (38)

bronchialIL13 (16)

bsseqData (58)

C

cancerdata (26)

CardinalWorkflows (49)

ccdata (79)

CCl4 (34)

ccTutorial (18)

celarefData (17)

celldex (2000)

CellMapperData (19)

ceu1kg (1)

ceu1kgv (1)

ceuhm3 (1)

cfToolsData (36)

cgdv17 (1)

ChAMPdata (426)

charmData (1)

cheung2010 (1)

ChIC.data (18)

ChimpHumanBrainData (10)

chipenrich.data (107)

ChIPexoQualExample (22)

chipseqDBData (21)

ChIPXpressData (93)

chromstaRData (77)

CLL (138)

CLLmethylation (11)

CluMSIDdata (25)

clustifyrdatahub (20)

cMap2data (64)

cnvGSAdata (17)

COHCAPanno (56)

colonCA (24)

CONFESSdata (17)

ConnectivityMap (18)

COPDSexualDimorphism.data (30)

CopyhelpeR (27)

CopyNeutralIMA (12)

CopyNumber450kData (1)

CoSIAdata (18)

COSMIC.67 (92)

CRCL18 (10)

crisprScoreData (93)

curatedAdipoArray (11)

curatedAdipoChIP (11)

curatedAdipoRNA (12)

curatedBladderData (23)

curatedBreastData (28)

curatedCRCData (17)

curatedMetagenomicData (210)

curatedOvarianData (71)

curatedTBData (15)

curatedTCGAData (286)

D

DAPARdata (88)

davidTiling (12)

depmap (403)

derfinderData (39)

DeSousa2013 (16)

DExMAdata (56)

diffloopdata (16)

diggitdata (19)

DLBCL (57)

DmelSGI (35)

DMRcatedata (134)

DNAZooData (24)

DonaPLLP2013 (18)

dorothea (329)

DREAM4 (2)

dressCheck (14)

DropletTestFiles (115)

DrugVsDiseasedata (57)

dsQTL (1)

DuoClustering2018 (55)

DvDdata (14)

dyebiasexamples (19)

E

easierData (105)

EatonEtAlChIPseq (22)

ecoliLeucine (20)

EGSEAdata (95)

ELMER.data (140)

emtdata (14)

ENCODEFig4Band4D (0)

encoDnaseI (1)

EpiMix.data (52)

epimutacionsData (57)

estrogen (47)

etec16s (12)

ewceData (121)

F

faahKO (176)

fabiaData (11)

facopy.annot (0)

facsDorit (1)

FANTOM3and4CAGE (25)

ffpeExampleData (19)

fibroEset (52)

FieldEffectCrc (11)

FIs (44)

fission (163)

Fletcher2013a (47)

Fletcher2013b (35)

flowFitExampleData (1)

flowPloidyData (24)

flowQBData (0)

FlowSorted.Blood.450k (197)

FlowSorted.Blood.EPIC (110)

FlowSorted.CordBlood.450k (25)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (28)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (15)

FlowSorted.DLPFC.450k (102)

flowWorkspaceData (95)

fourDNData (23)

frmaExampleData (25)

FunciSNP.data (1)

furrowSeg (13)

G

gageData (204)

gaschYHS (10)

gatingMLData (3)

gcspikelite (71)

gDNAinRNAseqData (14)

gDRtestData (8)

geneLenDataBase (988)

genomationData (45)

GenomicDistributionsData (38)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)

GeuvadisTranscriptExpr (20)

geuvPack (0)

geuvStore (0)

geuvStore2 (0)

GGdata (1)

ggtut (1)

GIGSEAdata (9)

golubEsets (152)

gpaExample (18)

grndata (23)

GSBenchMark (31)

GSE103322 (22)

GSE13015 (20)

GSE159526 (10)

GSE62944 (32)

gskb (1)

GSVAdata (404)

GWASdata (51)

H

h5vcData (85)

hapmap100khind (13)

hapmap100kxba (26)

hapmap500knsp (13)

hapmap500ksty (21)

hapmapsnp5 (65)

hapmapsnp6 (82)

harbChIP (13)

HarmanData (22)

HarmonizedTCGAData (16)

HCAData (56)

HCATonsilData (5)

HD2013SGI (23)

HDCytoData (102)

healthyControlsPresenceChecker (9)

healthyFlowData (17)

HEEBOdata (18)

HelloRangesData (33)

hgu133abarcodevecs (9)

hgu133plus2barcodevecs (8)

hgu133plus2CellScore (17)

hgu2beta7 (8)

HiBED (4)

HiCDataHumanIMR90 (32)

HiCDataLymphoblast (16)

HiContactsData (68)

HighlyReplicatedRNASeq (11)

Hiiragi2013 (70)

HIVcDNAvantWout03 (9)

HMP16SData (22)

HMP2Data (20)

hmyriB36 (1)

HSMMSingleCell (1836)

HumanAffyData (17)

humanStemCell (76)

I

IHWpaper (12)

Illumina450ProbeVariants.db (367)

IlluminaDataTestFiles (46)

imcdatasets (38)

ind1KG (1)

iontreeData (1)

ITALICSData (33)

Iyer517 (10)

J

JASPAR2014 (39)

JASPAR2016 (114)

JctSeqData (1)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (58)

KEGGdzPathwaysGEO (170)

kidpack (12)

KOdata (61)

L

leeBamViews (31)

leukemiasEset (72)

LiebermanAidenHiC2009 (11)

ListerEtAlBSseq (13)

LRcellTypeMarkers (29)

lumiBarnes (27)

LungCancerACvsSCCGEO (41)

LungCancerLines (33)

lungExpression (33)

lydata (57)

lymphoma (0)

M

M3DExampleData (42)

macrophage (135)

MACSdata (25)

mammaPrintData (15)

mAPKLData (12)

maqcExpression4plex (24)

MAQCsubset (21)

MAQCsubsetAFX (1)

MAQCsubsetILM (9)

marinerData (28)

mCSEAdata (78)

mcsurvdata (10)

MEALData (0)

MEDIPSData (35)

MEEBOdata (19)

MerfishData (16)

MetaGxBreast (17)

MetaGxOvarian (16)

MetaGxPancreas (13)

metaMSdata (45)

MetaScope (12)

MethylAidData (23)

methylclockData (105)

MethylSeqData (10)

methyvimData (1)

MicrobiomeBenchmarkData (11)

microbiomeDataSets (93)

microRNAome (13)

MIGSAdata (9)

minfiData (262)

minfiDataEPIC (54)

minionSummaryData (25)

miRcompData (45)

miRNATarget (24)

mitoODEdata (1)

MMAPPR2data (30)

MMDiffBamSubset (25)

MOFAdata (102)

mosaicsExample (53)

mouse4302barcodevecs (8)

MouseGastrulationData (98)

MouseThymusAgeing (35)

MSBdata (0)

msd16s (23)

msdata (334)

msigdb (315)

MSMB (43)

msPurityData (25)

msqc1 (10)

MSstatsBioData (0)

mtbls2 (42)

MTseekerData (0)

MUGAExampleData (21)

Mulder2012 (1)

muscData (90)

mvoutData (19)

N

NanoporeRNASeq (34)

nanotubes (17)

NCIgraphData (10)

NestLink (13)

NetActivityData (38)

netDx.examples (0)

Neve2006 (20)

NGScopyData (33)

nullrangesData (92)

NxtIRFdata (56)

O

ObMiTi (9)

oct4 (22)

octad.db (28)

OMICsPCAdata (53)

OnassisJavaLibs (22)

optimalFlowData (30)

orthosData (33)

P

parathyroid (0)

parathyroidSE (183)

pasilla (601)

pasillaBamSubset (188)

PasillaTranscriptExpr (23)

PathNetData (22)

pathprintGEOData (1)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (1)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (1)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (1)

PCHiCdata (25)

pcxnData (38)

pd.atdschip.tiling (16)

pepDat (22)

PepsNMRData (26)

PGPC (0)

PhyloProfileData (10)

plasFIA (2)

plotgardenerData (50)

ppiData (3)

prebsdata (24)

preciseTADhub (10)

PREDAsampledata (37)

ProData (11)

pRolocdata (151)

prostateCancerCamcap (12)

prostateCancerGrasso (13)

prostateCancerStockholm (9)

prostateCancerTaylor (12)

prostateCancerVarambally (10)

ptairData (28)

PtH2O2lipids (22)

pumadata (20)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (18)

PWMEnrich.Hsapiens.background (20)

PWMEnrich.Mmusculus.background (16)

pwrEWAS.data (21)

Q

QDNAseq.hg19 (81)

QDNAseq.mm10 (36)

qPLEXdata (19)

QUBICdata (23)

R

raerdata (7)

rcellminerData (49)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (38)

ReactomeGSA.data (38)

RegParallel (41)

restfulSEData (35)

rfcdmin (0)

RforProteomics (82)

RGMQLlib (30)

rheumaticConditionWOLLBOLD (12)

RIPSeekerData (4)

RITANdata (33)

RLHub (16)

RMassBankData (25)

RNAinteractMAPK (17)

RNAmodR.Data (33)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (176)

RNASeqDataSubset (0)

RNASeqRData (3)

RnaSeqSampleSizeData (62)

RnaSeqTutorial (2)

RnBeads.hg19 (121)

RnBeads.hg38 (60)

RnBeads.mm10 (45)

RnBeads.mm9 (49)

RnBeads.rn5 (12)

RRBSdata (13)

rRDPData (21)

RTCGA.clinical (190)

RTCGA.CNV (36)

RTCGA.methylation (33)

RTCGA.miRNASeq (67)

RTCGA.mRNA (112)

RTCGA.mutations (46)

RTCGA.PANCAN12 (61)

RTCGA.rnaseq (86)

RTCGA.RPPA (30)

RUVnormalizeData (39)

S

sampleClassifierData (20)

SBGNview.data (103)

scanMiRData (43)

scATAC.Explorer (13)

SCATEData (51)

SCLCBam (16)

scMultiome (15)

scpdata (30)

scRNAseq (1052)

scTHI.data (20)

seq2pathway.data (68)

seqc (16)

seqCNA.annot (40)

serumStimulation (8)

sesameData (487)

seventyGeneData (11)

SFEData (53)

shinyMethylData (24)

signatureSearchData (106)

SimBenchData (14)

simpIntLists (65)

Single.mTEC.Transcriptomes (12)

SingleCellMultiModal (52)

SingleMoleculeFootprintingData (20)

smokingMouse (4)

SNAData (11)

SNAGEEdata (33)

SNPhoodData (18)

SomatiCAData (10)

SomaticCancerAlterations (39)

SpatialDatasets (7)

spatialDmelxsim (9)

spatialLIBD (146)

SpikeIn (23)

SpikeInSubset (64)

spqnData (24)

stemHypoxia (47)

STexampleData (122)

stjudem (32)

SVM2CRMdata (18)

synapterdata (23)

systemPipeRdata (136)

T

TabulaMurisData (41)

TabulaMurisSenisData (45)

TargetScoreData (22)

TargetSearchData (25)

tartare (33)

TBX20BamSubset (53)

TCGAbiolinksGUI.data (2052)

TCGAcrcmiRNA (9)

TCGAcrcmRNA (16)

TCGAMethylation450k (31)

tcgaWGBSData.hg19 (1)

TCGAWorkflowData (55)

TENxBrainData (63)

TENxBUSData (24)

TENxPBMCData (413)

TENxVisiumData (48)

timecoursedata (76)

TimerQuant (10)

tinesath1cdf (15)

tinesath1probe (8)

tissueTreg (20)

TMExplorer (19)

tofsimsData (9)

topdownrdata (21)

tuberculosis (10)

TumourMethData (3)

tweeDEseqCountData (91)

tximportData (523)

V

VariantToolsData (10)

VectraPolarisData (13)

vulcandata (24)

W

waveTilingData (1)

WeberDivechaLCdata (24)

WES.1KG.WUGSC (26)

WGSmapp (30)

X

xcoredata (24)

XhybCasneuf (9)

Y

yeastCC (66)

yeastExpData (79)

yeastGSData (9)

yeastNagalakshmi (45)

yeastRNASeq (39)

yri1kgv (1)

yriMulti (0)

Z

zebrafishRNASeq (97)