See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Thu. 02 Apr 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5342) 6 geneLenDataBase (2190) 11 pasilla (1161)
2 celldex (4901) 7 scRNAseq (1885) 12 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (998)
3 ALL (3703) 8 bcellViper (1319) 13 sesameData (949)
4 HSMMSingleCell (3486) 9 dorothea (1255) 14 affydata (930)
5 airway (2343) 10 tximportData (1180) 15 msdata (867)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (61)

adductData (110)

affycompData (153)

affydata (930)

Affyhgu133A2Expr (139)

Affyhgu133aExpr (136)

Affyhgu133Plus2Expr (150)

AffymetrixDataTestFiles (265)

Affymoe4302Expr (149)

Affymoe430Expr (0)

airway (2343)

ALL (3703)

allenpvc (4)

ALLMLL (416)

alpineData (45)

AmpAffyExample (205)

AneuFinderData (160)

antiProfilesData (190)

aracne.networks (151)

ARRmData (144)

AshkenazimSonChr21 (121)

ASICSdata (131)

AssessORFData (113)

AWAggregatorData (49)

B

bcellViper (1319)

beadarrayExampleData (155)

BeadArrayUseCases (141)

BeadSorted.Saliva.EPIC (108)

benchmarkfdrData2019 (40)

beta7 (212)

BioImageDbs (127)

BioPlex (92)

biotmleData (130)

biscuiteerData (116)

bladderbatch (677)

blimaTestingData (131)

BloodCancerMultiOmics2017 (156)

bodymapRat (122)

brainImageRdata (7)

breakpointRdata (170)

breastCancerMAINZ (288)

breastCancerNKI (274)

breastCancerTRANSBIG (265)

breastCancerUNT (254)

breastCancerUPP (279)

breastCancerVDX (283)

brgedata (154)

bronchialIL13 (172)

bsseqData (235)

bugphyzz (86)

C

cancerdata (167)

CardinalWorkflows (160)

ccdata (169)

CCl4 (289)

ccTutorial (125)

celarefData (92)

celldex (4901)

CellMapperData (106)

CENTREprecomputed (52)

ceu1kg (76)

ceu1kgv (52)

ceuhm3 (78)

cfToolsData (102)

cgdv17 (66)

ChAMPdata (784)

charmData (74)

cheung2010 (85)

ChIC.data (23)

ChimpHumanBrainData (133)

ChIPDBData (41)

chipenrich.data (225)

ChIPexoQualExample (117)

chipseqDBData (136)

ChIPXpressData (160)

chromstaRData (136)

CLL (335)

CLLmethylation (98)

CluMSIDdata (117)

clustifyrdatahub (101)

cMap2data (156)

cnvGSAdata (144)

COHCAPanno (147)

colonCA (185)

CONFESSdata (120)

ConnectivityMap (160)

COPDSexualDimorphism.data (142)

CopyhelpeR (148)

CopyNeutralIMA (114)

CopyNumber450kData (23)

CoSIAdata (89)

COSMIC.67 (157)

CRCL18 (120)

crisprScoreData (196)

curatedAdipoArray (93)

curatedAdipoChIP (100)

curatedAdipoRNA (112)

curatedBladderData (167)

curatedBreastData (155)

curatedCRCData (53)

curatedMetagenomicData (566)

curatedOvarianData (241)

curatedPCaData (94)

curatedTBData (96)

curatedTCGAData (405)

CytoMethIC (98)

D

DAPARdata (201)

davidTiling (195)

depmap (568)

derfinderData (191)

DeSousa2013 (147)

DExMAdata (119)

diffloopdata (106)

diggitdata (122)

DLBCL (290)

DmelSGI (57)

DMRcatedata (377)

DNAZooData (102)

dominatRData (26)

DonaPLLP2013 (125)

DoReMiTra (40)

dorothea (1255)

DREAM4 (77)

dressCheck (167)

DropletTestFiles (378)

DrugVsDiseasedata (146)

dsQTL (67)

DuoClustering2018 (205)

DvDdata (134)

dyebiasexamples (185)

E

easierData (214)

EatonEtAlChIPseq (150)

ecoliLeucine (213)

EGSEAdata (226)

ELMER.data (292)

emtdata (95)

EMTscoreData (10)

ENCODEFig4Band4D (6)

encoDnaseI (89)

eoPredData (80)

EpiMix.data (105)

epimutacionsData (106)

EpipwR.data (92)

estrogen (267)

etec16s (105)

ewceData (248)

F

faahKO (691)

fabiaData (166)

facopy.annot (26)

facsDorit (98)

FANTOM3and4CAGE (179)

ffpeExampleData (177)

fibroEset (359)

FieldEffectCrc (97)

FIs (135)

fission (250)

Fletcher2013a (151)

Fletcher2013b (170)

flowFitExampleData (47)

flowPloidyData (121)

flowQBData (11)

FlowSorted.Blood.450k (489)

FlowSorted.Blood.EPIC (392)

FlowSorted.CordBlood.450k (149)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (154)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (157)

FlowSorted.DLPFC.450k (154)

flowWorkspaceData (477)

fourDNData (104)

frmaExampleData (176)

FunciSNP.data (61)

furrowSeg (126)

G

gageData (502)

gaschYHS (232)

gatingMLData (102)

gcspikelite (190)

gDNAinRNAseqData (95)

gDRtestData (99)

geneLenDataBase (2190)

genomationData (229)

GenomicDistributionsData (144)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (9)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (11)

GeuvadisTranscriptExpr (174)

geuvPack (23)

geuvStore (8)

geuvStore2 (22)

GGdata (117)

ggtut (41)

GIGSEAdata (107)

golubEsets (719)

gpaExample (100)

grndata (146)

GSBenchMark (130)

GSE103322 (103)

GSE13015 (96)

GSE159526 (88)

GSE62944 (142)

gskb (25)

GSVAdata (774)

GWASdata (233)

H

h5vcData (345)

hapmap100khind (180)

hapmap100kxba (297)

hapmap500knsp (164)

hapmap500ksty (158)

hapmapsnp5 (237)

hapmapsnp6 (275)

harbChIP (225)

HarmanData (142)

HarmonizedTCGAData (102)

HCAData (176)

HCATonsilData (118)

HD2013SGI (166)

HDCytoData (275)

healthyControlsPresenceChecker (92)

healthyFlowData (129)

HEEBOdata (205)

HelloRangesData (250)

hgu133abarcodevecs (115)

hgu133plus2barcodevecs (137)

hgu133plus2CellScore (120)

hgu2beta7 (175)

HiBED (87)

HiCDataHumanIMR90 (146)

HiCDataLymphoblast (130)

HiContactsData (127)

HighlyReplicatedRNASeq (101)

Hiiragi2013 (200)

HIVcDNAvantWout03 (162)

HMP16SData (169)

HMP2Data (153)

hmyriB36 (87)

homosapienDEE2CellScore (64)

HSMMSingleCell (3486)

HumanAffyData (110)

humanHippocampus2024 (92)

humanStemCell (544)

I

IHWpaper (142)

Illumina450ProbeVariants.db (653)

IlluminaDataTestFiles (289)

imcdatasets (176)

iModMixData (47)

ind1KG (60)

iontreeData (53)

ITALICSData (174)

Iyer517 (205)

J

JASPAR2014 (318)

JASPAR2016 (327)

JctSeqData (46)

JohnsonKinaseData (82)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (202)

KEGGdzPathwaysGEO (336)

kidpack (184)

KOdata (124)

L

leeBamViews (260)

LegATo (89)

leukemiasEset (221)

LiebermanAidenHiC2009 (138)

ListerEtAlBSseq (119)

LRcellTypeMarkers (96)

lumiBarnes (268)

LungCancerACvsSCCGEO (133)

LungCancerLines (172)

lungExpression (309)

lydata (128)

lymphoma (6)

M

M3DExampleData (186)

macrophage (367)

MACSdata (94)

mammaPrintData (155)

mAPKLData (49)

maqcExpression4plex (304)

MAQCsubset (210)

MAQCsubsetAFX (85)

MAQCsubsetILM (99)

marinerData (91)

mCSEAdata (158)

mcsurvdata (95)

MEALData (13)

MEDIPSData (176)

MEEBOdata (197)

MerfishData (123)

MetaGxBreast (116)

MetaGxOvarian (46)

MetaGxPancreas (96)

metaMSdata (159)

MetaScope (101)

MethylAidData (123)

methylclockData (277)

MethylSeqData (98)

methyvimData (16)

MicrobiomeBenchmarkData (101)

microbiomeDataSets (253)

microRNAome (113)

MIGSAdata (27)

minfiData (678)

minfiDataEPIC (290)

minionSummaryData (138)

miRcompData (120)

miRNATarget (167)

mitoODEdata (33)

MMAPPR2data (17)

MMDiffBamSubset (137)

MOFAdata (298)

mosaicsExample (165)

mouse4302barcodevecs (118)

MouseAgingData (86)

MouseGastrulationData (298)

MouseThymusAgeing (129)

MSBdata (24)

msd16s (145)

msdata (867)

msigdb (806)

MSMB (131)

msPurityData (122)

msqc1 (126)

MSstatsBioData (17)

mtbls2 (158)

MTseekerData (8)

MUGAExampleData (109)

Mulder2012 (61)

muleaData (83)

multiWGCNAdata (88)

muscData (390)

muSpaData (91)

MutSeqRData (15)

mvoutData (201)

N

NanoporeRNASeq (128)

nanotubes (108)

NCIgraphData (151)

NestLink (112)

NetActivityData (101)

netDx.examples (1)

Neve2006 (204)

NGScopyData (115)

nmrdata (34)

nullrangesData (115)

NxtIRFdata (154)

O

ObMiTi (90)

oct4 (97)

octad.db (99)

OMICsPCAdata (134)

OnassisJavaLibs (105)

optimalFlowData (105)

orthosData (113)

P

parathyroid (28)

parathyroidSE (317)

pasilla (1161)

pasillaBamSubset (765)

PasillaTranscriptExpr (160)

PathNetData (147)

pathprintGEOData (13)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (47)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (45)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (51)

PCHiCdata (126)

pcxnData (24)

pd.atdschip.tiling (154)

pepDat (162)

PepsNMRData (122)

PGPC (11)

PhyloProfileData (95)

plasFIA (20)

plotgardenerData (142)

ppiData (150)

prebsdata (148)

preciseTADhub (89)

PREDAsampledata (172)

ProData (204)

pRolocdata (520)

prostateCancerCamcap (123)

prostateCancerGrasso (123)

prostateCancerStockholm (110)

prostateCancerTaylor (110)

prostateCancerVarambally (119)

ProteinGymR (86)

ptairData (125)

PtH2O2lipids (106)

pumadata (208)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (165)

PWMEnrich.Hsapiens.background (168)

PWMEnrich.Mmusculus.background (146)

pwrEWAS.data (16)

Q

QDNAseq.hg19 (268)

QDNAseq.mm10 (171)

qPLEXdata (82)

QUBICdata (117)

R

raerdata (89)

rcellminerData (200)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (163)

ReactomeGSA.data (131)

RegParallel (137)

restfulSEData (22)

rfcdmin (45)

RforProteomics (263)

RGMQLlib (115)

rheumaticConditionWOLLBOLD (146)

RIPSeekerData (48)

RITANdata (129)

RLHub (43)

RMassBankData (168)

RNAinteractMAPK (92)

RNAmodR.Data (110)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (11)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (998)

RNASeqDataSubset (6)

RNASeqRData (13)

RnaSeqSampleSizeData (215)

RnaSeqTutorial (52)

RnBeads.hg19 (251)

RnBeads.hg38 (212)

RnBeads.mm10 (162)

RnBeads.mm9 (194)

RnBeads.rn5 (129)

RRBSdata (119)

rRDPData (129)

RTCGA.clinical (398)

RTCGA.CNV (236)

RTCGA.methylation (236)

RTCGA.miRNASeq (257)

RTCGA.mRNA (302)

RTCGA.mutations (255)

RTCGA.PANCAN12 (228)

RTCGA.rnaseq (309)

RTCGA.RPPA (238)

RUVnormalizeData (182)

S

sampleClassifierData (115)

SBGNview.data (178)

scaeData (86)

scanMiRData (110)

scATAC.Explorer (95)

SCATEData (16)

SCLCBam (141)

scMultiome (107)

scpdata (157)

scRNAseq (1885)

scTHI.data (104)

seq2pathway.data (124)

seqc (143)

seqCNA.annot (43)

serumStimulation (135)

sesameData (949)

seventyGeneData (141)

SFEData (164)

shinyMethylData (129)

signatureSearchData (158)

SimBenchData (91)

simpIntLists (164)

Single.mTEC.Transcriptomes (142)

SingleCellMultiModal (158)

SingleMoleculeFootprintingData (92)

smokingMouse (90)

SNAData (168)

SNAGEEdata (170)

SNPhoodData (113)

SomatiCAData (119)

SomaticCancerAlterations (179)

SpatialDatasets (109)

spatialDmelxsim (87)

spatialLIBD (433)

SpikeIn (215)

SpikeInSubset (352)

spqnData (102)

stemHypoxia (153)

STexampleData (337)

stjudem (97)

SubcellularSpatialData (102)

SVM2CRMdata (105)

synapterdata (88)

systemPipeRdata (330)

T

TabulaMurisData (150)

TabulaMurisSenisData (169)

TargetScoreData (129)

TargetSearchData (153)

tartare (124)

TBX20BamSubset (163)

TCGAbiolinksGUI.data (5342)

TCGAcrcmiRNA (104)

TCGAcrcmRNA (119)

TCGAMethylation450k (171)

tcgaWGBSData.hg19 (9)

TCGAWorkflowData (137)

TENET.ExperimentHub (83)

TENxBrainData (394)

TENxBUSData (104)

TENxPBMCData (733)

TENxVisiumData (157)

TENxXeniumData (92)

timecoursedata (126)

TimerQuant (87)

tinesath1cdf (161)

tinesath1probe (176)

tissueTreg (150)

TMExplorer (100)

tofsimsData (104)

topdownrdata (118)

TransOmicsData (83)

tuberculosis (90)

TumourMethData (91)

tweeDEseqCountData (258)

tximportData (1180)

V

VariantToolsData (117)

VectraPolarisData (92)

vulcandata (109)

W

waveTilingData (45)

WeberDivechaLCdata (97)

WES.1KG.WUGSC (126)

WGSmapp (120)

X

xcoredata (97)

XhybCasneuf (188)

Y

yeastCC (243)

yeastExpData (228)

yeastGSData (162)

yeastNagalakshmi (397)

yeastRNASeq (265)

yri1kgv (49)

yriMulti (39)

Z

zebrafishRNASeq (464)