See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Thu. 02 Apr 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (69916) 26 zlibbioc (27223) 51 preprocessCore (16363)
2 BiocGenerics (68441) 27 edgeR (27219) 52 assorthead (15594)
3 S4Vectors (63223) 28 Rhdf5lib (26519) 53 BiocSingular (15043)
4 IRanges (62532) 29 Rhtslib (26024) 54 ScaledMatrix (14356)
5 BiocParallel (61017) 30 rhdf5 (25825) 55 BSgenome (13692)
6 XVector (58518) 31 enrichplot (25734) 56 genefilter (13553)
7 Biobase (57965) 32 DOSE (25307) 57 AnnotationHub (13376)
8 GenomeInfoDb (52913) 33 clusterProfiler (25224) 58 BiocNeighbors (12856)
9 Biostrings (52758) 34 GenomicAlignments (24847) 59 multtest (12811)
10 SparseArray (52642) 35 rhdf5filters (24444) 60 GEOquery (12643)
11 GenomicRanges (51682) 36 qvalue (24003) 61 ProtGenerics (12457)
12 DelayedArray (48766) 37 rtracklayer (23427) 62 impute (12416)
13 S4Arrays (48418) 38 biomaRt (23331) 63 AnnotationFilter (12210)
14 SummarizedExperiment (48122) 39 GOSemSim (23296) 64 GSEABase (11004)
15 MatrixGenerics (47773) 40 graph (22855) 65 h5mread (10806)
16 AnnotationDbi (42347) 41 BiocIO (21220) 66 scuttle (10701)
17 KEGGREST (42181) 42 Seqinfo (21040) 67 ensembldb (10380)
18 limma (39438) 43 ComplexHeatmap (20637) 68 Rgraphviz (10315)
19 UCSC.utils (37412) 44 SingleCellExperiment (20115) 69 BiocBaseUtils (10302)
20 ggtree (29961) 45 annotate (19764) 70 RBGL (9826)
21 BiocFileCache (28803) 46 beachmat (18645) 71 VariantAnnotation (9603)
22 DESeq2 (28651) 47 GenomicFeatures (18628) 72 GSVA (9531)
23 Rsamtools (28385) 48 sparseMatrixStats (17636) 73 ExperimentHub (9316)
24 fgsea (28314) 49 DelayedMatrixStats (17171) 74 sva (9261)
25 treeio (27829) 50 HDF5Array (16811) 75 affyio (9189)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (303)

a4Base (358)

a4Classif (299)

a4Core (344)

a4Preproc (441)

a4Reporting (254)

ABAEnrichment (109)

ABarray (349)

abseqR (233)

ABSSeq (369)

acde (316)

ACE (260)

aCGH (523)

ACME (518)

ADaCGH2 (355)

ADAM (238)

ADAMgui (216)

ADAPT (100)

adaptest (35)

adductomicsR (213)

ADImpute (237)

adSplit (377)

adverSCarial (150)

Aerith (31)

AffiXcan (228)

affxparser (2308)

affy (8997)

affycomp (378)

AffyCompatible (161)

affyContam (315)

affycoretools (658)

AffyExpress (137)

affyILM (308)

affyio (9189)

affylmGUI (416)

affyPara (169)

affypdnn (182)

affyPLM (1414)

affyQCReport (128)

AffyRNADegradation (264)

AffyTiling (80)

AGDEX (294)

aggregateBioVar (245)

Agi4x44PreProcess (55)

agilp (231)

AgiMicroRna (401)

AHMassBank (160)

AIMS (659)

airpart (199)

alabaster (166)

alabaster.base (4801)

alabaster.bumpy (165)

alabaster.files (159)

alabaster.mae (177)

alabaster.matrix (4476)

alabaster.ranges (4426)

alabaster.sce (1374)

alabaster.schemas (4333)

alabaster.se (4397)

alabaster.sfe (97)

alabaster.spatial (178)

alabaster.string (177)

alabaster.vcf (164)

ALDEx2 (1690)

alevinQC (242)

AllelicImbalance (322)

AlphaBeta (239)

AlphaMissenseR (185)

alpine (164)

ALPS (33)

AlpsNMR (265)

alsace (97)

altcdfenvs (386)

AMARETTO (254)

AMOUNTAIN (255)

amplican (319)

ampliQueso (92)

AnalysisPageServer (57)

anamiR (45)

anansi (56)

Anaquin (235)

ANCOMBC (1946)

AneuFinder (274)

ANF (219)

anglemania (65)

animalcules (354)

annaffy (527)

AnnBuilder (35)

anndataR (401)

annmap (292)

annoLinker (17)

annotate (19764)

AnnotationDbi (42347)

AnnotationFilter (12210)

AnnotationForge (2203)

AnnotationFuncs (91)

AnnotationHub (13376)

AnnotationHubData (666)

annotationTools (338)

annotatr (863)

anota (294)

anota2seq (323)

antiProfiles (232)

AnVIL (801)

AnVILAz (147)

AnVILBase (605)

AnVILBilling (184)

AnVILGCP (165)

AnVILPublish (181)

AnVILWorkflow (159)

APAlyzer (207)

apComplex (362)

apeglm (5645)

APL (188)

applera (16)

appreci8R (255)

aroma.light (1988)

ArrayExpress (606)

ArrayExpressHTS (102)

arrayMagic (92)

arrayMvout (341)

arrayQCplot (15)

arrayQuality (440)

arrayQualityMetrics (673)

ArrayTools (156)

ArrayTV (123)

ARRmNormalization (233)

artMS (294)

ASAFE (189)

ASEB (211)

ASGSCA (239)

ASICS (341)

asmn (11)

ASpediaFI (63)

ASpli (378)

AssessORF (259)

ASSET (305)

ASSIGN (371)

assorthead (15594)

ASURAT (229)

asuri (29)

ATACCoGAPS (36)

ATACseqQC (642)

ATACseqTFEA (205)

atena (214)

AtlasRDF (33)

atSNP (286)

attract (374)

AUCell (3559)

autonomics (239)

Autotuner (36)

AWAggregator (69)

AWFisher (217)

awst (200)

B

BaalChIP (280)

BAC (137)

bacon (381)

BADER (252)

BadRegionFinder (243)

BAGS (249)

ballgown (1673)

bambu (483)

bamsignals (1378)

BANDITS (248)

bandle (220)

Banksy (491)

banocc (197)

barbieQ (138)

barcodetrackR (162)

basecallQC (265)

BaseSpaceR (257)

Basic4Cseq (296)

BASiCS (436)

BASiCStan (171)

BasicSTARRseq (222)

basilisk (4312)

basilisk.utils (3514)

batchCorr (86)

batchelor (4636)

BatchQC (331)

BatchSVG (162)

Battlefield (3)

BayesKnockdown (214)

BayesPeak (119)

BayesSpace (578)

bayNorm (265)

baySeq (764)

BBCAnalyzer (294)

BCRANK (453)

bcSeq (200)

BDMMAcorrect (71)

beachmat (18645)

beachmat.hdf5 (277)

beachmat.tiledb (115)

beadarray (845)

beadarraySNP (179)

BeadDataPackR (740)

BeadExplorer (20)

BEARscc (107)

BEAT (353)

BEclear (243)

bedbaser (161)

beer (205)

benchdamic (132)

BERT (144)

betaHMM (149)

betr (99)

bettr (156)

BG2 (161)

bgafun (134)

BgeeCall (249)

BgeeDB (276)

BGmix (154)

bgx (238)

BHC (157)

BicARE (350)

BiFET (210)

BiGGR (207)

bigmelon (310)

bigmemoryExtras (72)

bigPint (97)

bim (18)

BindingSiteFinder (222)

bioassayR (304)

Biobase (57965)

biobroom (427)

biobtreeR (166)

Bioc.gff (65)

bioCancer (278)

BioCartaImage (149)

BiocBaseUtils (10302)

BiocBook (188)

BiocBuildReporter (2)

BiocCaseStudies (158)

BiocCheck (2023)

biocDatasets (9)

BiocDockerManager (43)

BiocFHIR (181)

BiocFileCache (28803)

BiocGenerics (68441)

biocGraph (394)

BiocHail (106)

BiocHubsShiny (182)

BiocInstaller (163)

BiocIO (21220)

BiocMaintainerApp (4)

biocmake (1109)

BiocNeighbors (12856)

BiocOncoTK (127)

BioCor (291)

BiocParallel (61017)

BiocPkgDash (1)

BiocPkgTools (408)

biocroxytest (134)

BiocSet (591)

BiocSingular (15043)

BiocSklearn (267)

BiocStyle (7050)

biocthis (626)

BiocVersion (69916)

biocViews (4876)

BiocWorkflowTools (286)

biodb (294)

biodbChebi (175)

biodbExpasy (36)

biodbHmdb (136)

biodbKegg (66)

biodbLipidmaps (43)

biodbMirbase (29)

biodbNcbi (132)

biodbNci (120)

biodbUniprot (121)

bioDist (464)

BioGA (131)

biomaRt (23331)

BioMedR (15)

biomformat (6878)

BioMM (75)

BioMVCClass (291)

biomvRCNS (289)

BioNAR (204)

BioNERO (382)

BioNet (573)

BioNetStat (93)

BioQC (358)

BioSeqClass (113)

biosigner (275)

Biostrings (52758)

biosvd (88)

BioTIP (215)

biotmle (244)

biovizBase (6094)

BiRewire (326)

birta (101)

birte (71)

biscuiteer (240)

BiSeq (400)

BitSeq (238)

blacksheepr (224)

blase (60)

blima (260)

BLMA (313)

BloodGen3Module (217)

bluster (7659)

bnbc (252)

bnem (198)

BOBaFIT (196)

borealis (182)

BPRMeth (313)

BRAIN (375)

brainflowprobes (78)

brainImageR (16)

BrainSABER (57)

BrainStars (91)

branchpointer (251)

breakpointR (254)

BreastSubtypeR (155)

brendaDb (218)

BREW3R.r (157)

BRGenomics (168)

bridge (147)

BridgeDbR (281)

broadSeq (109)

BrowserViz (295)

BrowserVizDemo (16)

BSgenome (13692)

BSgenomeForge (309)

bsseq (1785)

BubbleTree (260)

BufferedMatrix (235)

BufferedMatrixMethods (262)

bugsigdbr (693)

BulkSignalR (231)

BUMHMM (246)

bumphunter (2861)

BumpyMatrix (725)

BUS (301)

BUScorrect (239)

BUSpaRse (408)

BUSseq (249)

C

CaDrA (151)

CAEN (182)

CAFE (356)

CAGEfightR (387)

cageminer (208)

CAGEr (505)

CALIB (133)

CalibraCurve (60)

calm (162)

CAMERA (819)

CAMTHC (30)

CaMutQC (150)

canceR (295)

cancerclass (563)

CancerInSilico (87)

CancerMutationAnalysis (116)

CancerSubtypes (172)

CAnD (102)

caOmicsV (157)

cardelino (214)

Cardinal (556)

CardinalIO (288)

CARDspa (186)

carnation (6)

CARNIVAL (336)

casper (341)

CATALYST (715)

Category (1595)

categoryCompare (349)

CatsCradle (152)

CausalR (251)

cbaf (231)

CBEA (65)

cBioPortalData (667)

CBN2Path (55)

CBNplot (220)

cbpManager (214)

CCAFE (163)

ccfindR (229)

ccImpute (192)

ccmap (194)

CCPlotR (201)

CCPROMISE (234)

ccrepe (303)

CDI (168)

celaref (264)

celda (1106)

CellaRepertorium (77)

CellBarcode (228)

cellbaseR (283)

CellBench (310)

cellGrowth (102)

cellHTS (159)

cellHTS2 (302)

CelliD (371)

cellity (275)

CellMapper (236)

CellMentor (19)

cellmig (75)

cellmigRation (192)

CellMixS (376)

CellNOptR (410)

cellscape (181)

CellScore (146)

CellTrails (261)

cellTree (189)

cellxgenedp (208)

CEMiTool (351)

censcyt (186)

Cepo (321)

ceRNAnetsim (178)

CeTF (267)

CexoR (329)

CFAssay (195)

cfdnakit (203)

cfDNAPro (251)

cfTools (151)

CGEN (236)

CGHbase (699)

CGHcall (659)

cghMCR (375)

CGHnormaliter (297)

CGHregions (304)

ChAMP (951)

CHARGE (29)

charm (129)

ChemmineOB (539)

ChemmineR (1128)

CHETAH (259)

chevreulPlot (144)

chevreulProcess (151)

chevreulShiny (123)

ChIC (61)

Chicago (306)

chihaya (223)

chimera (148)

chimeraviz (343)

ChIPanalyser (277)

ChIPComp (256)

chipenrich (348)

ChIPexoQual (273)

ChIPpeakAnno (1295)

ChIPQC (546)

ChIPseeker (2781)

chipseq (912)

ChIPseqR (383)

ChIPSeqSpike (50)

ChIPsim (337)

ChIPXpress (265)

chopsticks (274)

chroGPS (138)

Chromatograms (75)

chromDraw (240)

ChromHeatMap (305)

ChromoViz (40)

chromPlot (322)

ChromSCape (220)

chromstaR (251)

chromswitch (99)

chromVAR (1466)

CHRONOS (253)

cicero (519)

cigarillo (6406)

CIMICE (185)

CINdex (231)

circRNAprofiler (284)

CircSeqAlignTk (168)

cisPath (154)

CiteFuse (238)

ClassifyR (521)

cleanUpdTSeq (368)

CleanUpRNAseq (162)

cleaver (470)

clevRvis (164)

clippda (282)

clipper (413)

cliProfiler (183)

cliqueMS (242)

Clomial (232)

Clonality (132)

clonotypeR (88)

clst (283)

clstutils (275)

CluMSID (237)

ClustAll (154)

clustComp (234)

clusterExperiment (554)

ClusterFoldSimilarity (154)

ClusterGVis (29)

ClusterJudge (222)

clusterProfiler (25224)

clusterSeq (228)

ClusterSignificance (240)

clusterStab (300)

clustifyr (362)

ClustIRR (159)

clustSIGNAL (152)

CMA (378)

cmapR (671)

cn.farms (324)

cn.mops (523)

CNAnorm (261)

CNEr (2301)

CNORdt (240)

CNORfeeder (298)

CNORfuzzy (293)

CNORode (282)

CNPBayes (92)

CNTools (354)

CNVfilteR (201)

CNVgears (63)

cnvGSA (248)

CNViz (153)

CNVMetrics (191)

CNVPanelizer (278)

CNVRanger (267)

CNVrd2 (304)

CNVtools (70)

cobindR (115)

CoCiteStats (252)

COCOA (302)

codelink (427)

CODEX (380)

coexnet (85)

CoGAPS (442)

cogena (350)

cogeqc (219)

Cogito (199)

coGPS (262)

COHCAP (132)

cola (449)

comapr (156)

combi (203)

coMET (222)

coMethDMR (199)

compartmap (105)

COMPASS (345)

compcodeR (422)

CompensAID (18)

compEpiTools (285)

CompGO (96)

ComplexHeatmap (20637)

CompoundDb (513)

ComPrAn (162)

compSPOT (138)

conclus (44)

concordexR (174)

condcomp (9)

condiments (281)

CONFESS (299)

consensus (208)

ConsensusClusterPlus (3251)

consensusDE (229)

consensusOV (273)

consensusSeekeR (268)

consICA (191)

CONSTANd (189)

contiBAIT (193)

conumee (416)

convert (412)

copa (308)

COPDSexualDimorphism (12)

copynumber (304)

CopyNumber450k (50)

CopyNumberPlots (241)

CopywriteR (172)

Coralysis (113)

coRdon (428)

CoRegFlux (25)

CoRegNet (158)

CoreGx (553)

Cormotif (288)

CorMut (68)

coRNAi (87)

corral (237)

CORREP (123)

coseq (347)

CoSIA (161)

cosmiq (266)

cosmo (81)

cosmoGUI (33)

cosmosR (273)

COSNet (231)

COTAN (229)

CountClust (86)

countsimQC (380)

covEB (236)

CoverageView (311)

covRNA (227)

CPSM (137)

cpvSNP (290)

cqn (516)

CRImage (379)

CRISPRball (123)

crisprBase (275)

crisprBowtie (254)

crisprBwa (156)

crisprDesign (272)

crisprScore (285)

CRISPRseek (398)

crisprseekplus (92)

crisprShiny (125)

CrispRVariants (359)

crisprVerse (194)

crisprViz (259)

crlmm (561)

CrossICC (15)

crossmeta (182)

crumblr (148)

crupR (143)

CSAR (348)

csaw (743)

csdR (169)

CSOA (64)

CSSP (80)

CSSQ (206)

ctc (490)

CTdata (172)

CTDquerier (374)

CTexploreR (155)

ctgGEM (34)

cTRAP (259)

ctsGE (244)

CTSV (168)

cummeRbund (465)

CuratedAtlasQueryR (181)

customCMPdb (204)

customProDB (274)

CVE (46)

cyanoFilter (194)

cycle (319)

cydar (321)

cypress (169)

CytoDx (203)

cytofast (36)

cytofkit (74)

CyTOFpower (140)

cytofQC (137)

CytoGLMM (190)

cytoKernel (188)

cytolib (2909)

cytomapper (535)

CytoMDS (155)

cytoMEM (212)

CytoML (798)

CytoPipeline (191)

CytoPipelineGUI (150)

CytoTree (50)

cytoviewer (203)

D

dada2 (3126)

dagLogo (384)

daMA (313)

DAMEfinder (273)

damidBind (26)

DaMiRseq (310)

Damsel (160)

dandelionR (141)

DAPAR (354)

dar (156)

DART (306)

DASC (4)

DASiR (52)

dasper (62)

DAVIDQuery (46)

DBChIP (128)

dcanr (376)

DCATS (169)

dce (144)

dcGSA (203)

DChIPRep (118)

ddCt (356)

ddgraph (76)

ddPCRclust (242)

dearseq (273)

debCAM (190)

debrowser (353)

decemedip (19)

DECIPHER (3570)

deco (81)

DEComplexDisease (86)

decompTumor2Sig (233)

DeconRNASeq (436)

decontam (1977)

decontX (515)

DeconvoBuddies (150)

deconvR (222)

decoupleR (2171)

DEDS (168)

DeeDeeExperiment (68)

DeepBlueR (128)

DeepPINCS (192)

deepSNV (459)

DeepTarget (142)

DEFormats (487)

DegCre (175)

DegNorm (228)

DEGraph (238)

DEGreport (790)

DEGseq (438)

DelayedArray (48766)

DelayedDataFrame (235)

DelayedMatrixStats (17171)

DelayedRandomArray (187)

DelayedTensor (191)

DELocal (147)

deltaCaptureC (183)

deltaGseg (232)

DeMAND (187)

DeMixT (263)

demuxmix (237)

demuxSNP (176)

DenoIST (11)

densvis (785)

DEP (973)

DepecheR (247)

DepInfeR (176)

DeProViR (19)

DEqMS (487)

derfinder (835)

derfinderHelper (725)

derfinderPlot (362)

DEScan2 (274)

DESeq (337)

DESeq2 (28651)

DEsingle (392)

DESpace (228)

destiny (1161)

DEsubs (288)

DEWSeq (249)

DExMA (214)

DEXSeq (1960)

dexus (111)

DFP (287)

DFplyr (145)

DIAlignR (85)

DiffBind (1511)

diffcoexp (255)

diffcyt (565)

DifferentialRegulation (192)

diffGeneAnalysis (232)

diffHic (391)

DiffLogo (264)

diffloop (213)

diffuStats (264)

diffUTR (216)

diggit (228)

Dino (206)

dinoR (157)

dir.expiry (5921)

Director (96)

DirichletMultinomial (4936)

discordant (270)

DiscoRhythm (259)

distinct (296)

dittoSeq (1479)

divergence (193)

dks (212)

DMCFB (219)

DMCHMM (219)

dmGsea (110)

DMRcaller (351)

DMRcate (1248)

DMRforPairs (134)

DMRScan (290)

dmrseq (445)

DNABarcodeCompatibility (167)

DNABarcodes (319)

DNAcopy (4358)

DNAcycP2 (144)

DNAfusion (197)

DNaseR (21)

DNAshapeR (406)

DNEA (98)

domainsignatures (73)

dominatR (32)

DominoEffect (205)

dominoSignal (162)

doppelgangR (270)

DOQTL (110)

Doscheda (249)

DOSE (25307)

doseR (262)

DOtools (44)

DOTSeq (19)

doubletrouble (228)

dpeak (62)

drawProteins (312)

dreamlet (307)

DRIMSeq (586)

DriverNet (245)

DropletUtils (2821)

drugfindR (18)

drugTargetInteractions (198)

DrugVsDisease (279)

dSimer (68)

DspikeIn (64)

DSS (958)

dStruct (178)

DTA (232)

dualKS (150)

Dune (194)

DupChecker (52)

DuplexDiscovereR (143)

dupRadar (310)

dyebias (333)

DynDoc (1790)

E

easier (280)

EasyCellType (203)

easylift (163)

EasyqpcR (105)

easyreporting (212)

easyRNASeq (377)

EBarrays (511)

EBcoexpress (284)

EBImage (3290)

EBSEA (213)

EBSeq (665)

EBSeqHMM (133)

ecolitk (367)

EDASeq (1887)

edd (72)

EDDA (100)

edge (322)

edgeR (27219)

EDIRquery (165)

eds (342)

eegc (116)

EGAD (316)

EGSEA (409)

eiR (272)

eisa (207)

eisaR (307)

ELBOW (106)

ELMER (472)

ELViS (146)

EMDomics (310)

EmpiricalBrownsMethod (266)

ENCODExplorer (79)

EnhancedVolcano (7150)

enhancerHomologSearch (207)

EnMCB (202)

ENmix (535)

EnrichDO (160)

EnrichedHeatmap (1189)

EnrichmentBrowser (705)

enrichplot (25734)

enrichTF (87)

enrichViewNet (182)

ensembldb (10380)

ensemblVEP (183)

ENVISIONQuery (62)

epialleleR (236)

EpiCompare (205)

epidecodeR (191)

EpiDISH (991)

epigenomix (280)

epigraHMM (272)

epihet (49)

EpiMix (204)

epimutacions (213)

epiNEM (280)

EpipwR (144)

epiregulon (154)

epiregulon.extra (163)

epiSeeker (8)

epistack (215)

epistasisGA (172)

EpiTxDb (264)

epivizr (403)

epivizrChart (259)

epivizrData (286)

epivizrServer (249)

epivizrStandalone (280)

erccdashboard (285)

erma (248)

ERSSA (236)

esATAC (241)

escape (586)

escheR (268)

esetVis (279)

eudysbiome (307)

evaluomeR (238)

EventPointer (306)

EWCE (344)

ExCluster (193)

ExiMiR (327)

exomeCopy (389)

exomePeak (135)

exomePeak2 (138)

exonmap (47)

ExperimentHub (9316)

ExperimentHubData (543)

ExperimentSubset (212)

explorase (72)

ExploreModelMatrix (380)

ExpressionAtlas (292)

ExpressionView (119)

exprExternal (18)

externalVector (23)

extraChIPs (246)

F

fabia (377)

facopy (136)

factDesign (322)

factR (146)

faers (215)

FamAgg (282)

famat (229)

farms (182)

fastLiquidAssociation (241)

FastqCleaner (266)

fastreeR (199)

fastseg (1168)

fbat (46)

FCBF (106)

fCCAC (290)

fCI (245)

fcoex (101)

fcScan (271)

fdrame (255)

FEAST (342)

FeatSeekR (153)

fedup (195)

FELLA (349)

FEM (94)

fenr (169)

ffpe (311)

fgga (191)

FGNet (314)

fgsea (28314)

FilterFFPE (228)

findIPs (147)

FindIT2 (237)

FindMyFriends (89)

FinfoMDS (61)

FISHalyseR (208)

fishpond (649)

FitHiC (218)

flagme (256)

FLAMES (225)

flipflop (80)

flowAI (696)

flowBeads (295)

flowBin (250)

flowcatchR (323)

flowCHIC (260)

flowCL (90)

flowClean (391)

flowClust (1258)

flowCore (3240)

flowCut (281)

flowCyBar (194)

flowDensity (515)

flowFit (84)

flowFlowJo (63)

flowFP (461)

flowGate (211)

flowGraph (193)

flowMap (183)

flowMatch (304)

flowMeans (447)

flowMerge (325)

flowPeaks (354)

flowPhyto (55)

flowPloidy (222)

flowPlots (209)

flowQ (130)

flowQB (96)

FlowRepositoryR (84)

FlowSOM (1340)

flowSpecs (249)

flowSpy (32)

flowStats (956)

flowTime (270)

flowTrans (317)

flowType (144)

flowUtils (214)

flowViz (1442)

flowVS (332)

flowWorkspace (1721)

fmcsR (490)

fmrs (197)

fobitools (209)

focalCall (67)

FoldGO (144)

FourCSeq (137)

fourSynergy (5)

fRagmentomics (4)

fraq (2)

FRASER (322)

frenchFISH (148)

FRGEpistasis (188)

frma (410)

frmaTools (333)

FScanR (37)

FunChIP (142)

FunciSNP (140)

funOmics (140)

funtooNorm (257)

FuseSOM (199)

G

G4SNVHunter (159)

GA4GHclient (228)

GA4GHshiny (214)

gaga (353)

gage (1114)

gaggle (174)

gaia (106)

GAPGOM (51)

GAprediction (183)

garfield (185)

GARS (216)

GateFinder (204)

gatom (202)

gaucho (57)

GBScleanR (184)

gcapc (322)

gcatest (221)

gCMAP (119)

gCMAPWeb (121)

GCPtools (177)

gCrisprTools (308)

gcrma (1517)

GCSConnection (25)

GCSFilesystem (22)

GCSscore (80)

GDCRNATools (383)

gDNAx (174)

gDR (142)

gDRcore (169)

gDRimport (177)

gDRstyle (161)

gDRutils (163)

GDSArray (241)

gdsfmt (2673)

GeDi (168)

geecc (79)

GEM (207)

gemini (186)

gemma.R (229)

genArise (285)

genbankr (258)

GENE.E (40)

gene2pathway (25)

GeneAccord (65)

GeneAnswers (171)

geneAttribution (262)

GeneBreak (281)

geneClassifiers (234)

GeneExpressionSignature (315)

genefilter (13553)

genefu (705)

GeneGA (191)

GeneGeneInteR (157)

GeneGroupAnalysis (18)

GeneMeta (467)

GeneNetworkBuilder (335)

GeneOverlap (1029)

geneplast (302)

geneplotter (4070)

GeneR (56)

geneRecommender (269)

GeneRegionScan (337)

GeneRfold (16)

geneRxCluster (251)

GeneSelectMMD (307)

GeneSelector (105)

GENESIS (695)

GeneSpring (50)

GeneStructureTools (274)

geNetClassifier (331)

GeneticsBase (42)

GeneticsDesign (70)

GeneticsPed (271)

GeneTonic (338)

GeneTraffic (39)

GeneTS (34)

geneXtendeR (281)

GENIE3 (1774)

genoCN (146)

GenoGAM (107)

genomation (1044)

GenomAutomorphism (193)

GenomeBase (12)

GenomeGraphs (132)

GenomeInfoDb (52913)

genomeIntervals (372)

genomes (263)

GenomicAlignments (24847)

GenomicDataCommons (1151)

GenomicDistributions (269)

GenomicFeatures (18628)

GenomicFiles (1193)

genomicInstability (200)

GenomicInteractionNodes (177)

GenomicInteractions (625)

GenomicOZone (197)

GenomicPlot (211)

GenomicRanges (51682)

GenomicScores (887)

GenomicSuperSignature (242)

GenomicTuples (269)

Genominator (125)

genoset (139)

genotypeeval (99)

GenoView (25)

genphen (123)

GenProSeq (169)

GenRank (38)

GenVisR (475)

GeoDiff (196)

GEOexplorer (158)

GEOfastq (183)

GEOmetadb (491)

geomeTriD (174)

GeomxTools (570)

GEOquery (12643)

GEOsearch (38)

GEOsubmission (267)

GeoTcgaData (218)

gep2pep (205)

gespeR (167)

getDEE2 (201)

geva (195)

GEWIST (205)

geyser (142)

gff3Plotter (17)

gg4way (171)

GGBase (183)

ggbio (2852)

ggcyto (1275)

ggkegg (548)

ggmanh (244)

ggmsa (792)

GGPA (195)

ggsc (214)

ggseqalign (121)

ggspavis (462)

GGtools (251)

ggtree (29961)

ggtreeDendro (173)

ggtreeExtra (1982)

ggtreeSpace (140)

GIGSEA (209)

ginmappeR (134)

gINTomics (135)

girafe (342)

GISPA (128)

GLAD (501)

GladiaTOX (215)

Glimma (1159)

glmGamPoi (6404)

glmSparseNet (284)

GlobalAncova (1340)

globalSeq (224)

globaltest (2061)

GloScope (167)

glycoTraitR (11)

gmapR (312)

GmicR (209)

gmoviz (237)

GMRP (270)

GNET2 (199)

GNOSIS (155)

goatea (19)

goCluster (16)

GOexpress (392)

GOfan (7)

GOfuncR (404)

GOFunction (135)

GoogleGenomics (64)

GOpro (303)

goProfiles (425)

GOSemSim (23296)

goseq (1677)

GOSim (181)

goSorensen (172)

goSTAG (308)

GOstats (1616)

GOsummaries (150)

GOTHiC (442)

goTools (316)

GPA (174)

gpart (108)

gpls (420)

gprege (107)

gpuMagic (171)

gQTLBase (91)

gQTLstats (114)

GrafGen (155)

gramm4R (20)

GRaNIE (229)

granulator (189)

graper (202)

graph (22855)

GraphAlignment (223)

GraphAT (344)

graphite (4979)

GraphPAC (160)

GRENITS (231)

GreyListChIP (1325)

GRmetrics (291)

groHMM (330)

GRridge (120)

GSALightning (199)

GSAR (321)

GSCA (264)

gscreend (208)

GSEABase (11004)

GSEABenchmarkeR (271)

GSEAlm (374)

GSEAmining (224)

gsean (244)

GSgalgoR (209)

GSReg (253)

GSRI (295)

GSVA (9531)

gtrellis (367)

GUIDEseq (359)

Guitar (387)

gVenn (76)

Gviz (3664)

GWAS.BAYES (208)

gwascat (807)

GWASTools (920)

gwasurvivr (235)

GWENA (249)

gypsum (4263)

H

h5mread (10806)

h5vc (421)

hapFabia (291)

Harman (395)

HarmonizR (201)

Harshlight (260)

hca (144)

HCABrowser (38)

HCAExplorer (19)

HCAMatrixBrowser (11)

HCsnip (86)

HDF5Array (16811)

HDTD (194)

hdxmsqc (150)

heatmaps (468)

Heatplus (518)

HelloRanges (404)

HELP (298)

HEM (303)

hermes (288)

HERON (170)

Herper (201)

hexbin (97)

HGC (182)

hiAnnotator (272)

HIBAG (349)

HicAggR (154)

HiCaptuRe (68)

HiCBricks (321)

HiCcompare (517)

HiCDCPlus (224)

HiCDOC (211)

HiCExperiment (255)

HiContacts (257)

HiCool (117)

HiCParser (124)

HiCPotts (71)

hicrep (31)

hicVennDiagram (169)

hierGWAS (247)

hierinf (167)

HilbertCurve (333)

HilbertVis (383)

HilbertVisGUI (145)

HiLDA (247)

hipathia (269)

HIPPO (186)

hiReadsProcessor (222)

HIREewas (239)

HiSpaR (2)

HiTC (443)

hmdbQuery (234)

HMMcopy (558)

HoloFoodR (145)

hoodscanR (219)

hopach (659)

HPAanalyze (355)

hpar (581)

HPAStainR (33)

HPiP (180)

HTqPCR (434)

HTSanalyzeR (128)

HTSeqGenie (75)

htSeqTools (134)

HTSFilter (507)

HuBMAPR (137)

HubPub (534)

HumanTranscriptomeCompendium (99)

hummingbird (189)

HVP (87)

HybridExpress (154)

HybridMTest (284)

hypeR (244)

hyperdraw (334)

hypergraph (382)

I

iASeq (197)

iasva (248)

iBBiG (276)

Ibex (48)

ibh (256)

iBMQ (190)

iCARE (235)

Icens (581)

icetea (236)

iCheck (259)

iChip (302)

iClusterPlus (544)

iCNV (202)

iCOBRA (527)

ideal (348)

IdeoViz (291)

idiogram (367)

IdMappingAnalysis (100)

IdMappingRetrieval (72)

idpr (220)

idr2d (270)

IFAA (167)

iFlow (29)

igblastr (119)

iGC (239)

IgGeneUsage (209)

igvR (284)

igvShiny (208)

IHW (1178)

illuminaio (3144)

ILoReg (229)

imageHTS (183)

imageTCGA (126)

IMAS (186)

imcRtools (372)

Imetagene (85)

IMMAN (203)

immApex (355)

immReferent (30)

ImmuneSpaceR (138)

immunoClust (254)

immunogenViewer (113)

immunotation (221)

iModMix (59)

IMPCdata (184)

ImpulseDE (28)

ImpulseDE2 (52)

impute (12416)

INDEED (172)

iNETgrate (148)

infercnv (1860)

infinityFlow (197)

Informeasure (165)

InPAS (359)

INPower (263)

inSilicoDb (94)

inSilicoMerging (44)

INSPEcT (365)

INTACT (161)

InTAD (241)

intansv (317)

interacCircos (158)

InteractionSet (1926)

InteractiveComplexHeatmap (653)

interactiveDisplay (448)

interactiveDisplayBase (2991)

InterCellar (238)

IntEREst (273)

InterMineR (151)

IntOMICS (30)

IntramiRExploreR (227)

inveRsion (76)

IONiseR (421)

iontree (54)

iPAC (190)

iPath (157)

ipdDb (211)

IPO (308)

IPPD (98)

IRanges (62532)

IRISFGM (50)

IrisSpatialFeatures (14)

ISAnalytics (216)

iscream (62)

iSEE (697)

iSEEde (187)

iSEEfier (159)

iSEEhex (206)

iSEEhub (201)

iSEEindex (173)

iSEEpathways (173)

iSEEtree (152)

iSEEu (291)

iSeq (231)

ISLET (182)

islify (135)

iSNetwork (19)

isobar (388)

IsoBayes (168)

IsoCorrectoR (238)

IsoCorrectoRGUI (171)

IsoformSwitchAnalyzeR (606)

IsoGeneGUI (179)

ISoLDE (193)

isomiRs (296)

iSPlot (25)

ITALICS (306)

iterativeBMA (269)

iterativeBMAsurv (211)

iterClust (71)

iteremoval (57)

IVAS (272)

ivygapSE (233)

IWTomics (280)

J

jazzPanda (147)

jmosaics (50)

joda (101)

JunctionSeq (75)

K

karyoploteR (1235)

katdetectr (194)

KBoost (151)

KCsmart (322)

kebabs (386)

KEGGgraph (6485)

KEGGlincs (268)

keggorth (23)

keggorthology (379)

KEGGprofile (105)

KEGGREST (42181)

KEGGSOAP (55)

kimod (44)

KinSwingR (219)

kissDE (219)

kmcut (134)

KnowSeq (263)

knowYourCG (160)

koinar (156)

L

LACE (260)

LACHESIS (32)

lapmix (164)

LBE (375)

lcmsPlot (11)

ldblock (279)

LEA (907)

leapR (5)

LedPred (203)

lefser (669)

lemur (193)

les (303)

levi (189)

lfa (384)

Lheuristic (118)

limma (39438)

limmaGUI (328)

limpa (191)

limpca (148)

LimROTS (145)

LINC (55)

LineagePulse (75)

lineagespot (182)

LinkHD (220)

linkSet (68)

Linnorm (413)

LinTInd (212)

lionessR (245)

lipidr (320)

LipidTrend (90)

LiquidAssociation (256)

lisaClust (296)

lmdme (267)

LMGene (164)

LOBSTAHS (233)

loci2path (209)

logicFS (317)

logitT (137)

Logolas (52)

lol (60)

LOLA (469)

looking4clusters (58)

LoomExperiment (710)

LowMACA (116)

LPE (324)

LPEadj (137)

lpNet (231)

lpsymphony (1355)

LRBaseDbi (201)

LRcell (197)

lumi (1447)

lute (105)

LVSmiRNA (107)

LymphoSeq (281)

M

M3C (695)

M3D (99)

M3Drop (612)

m6Aboost (178)

maanova (200)

Maaslin2 (1092)

maaslin3 (365)

Macarron (126)

macat (224)

maCorrPlot (282)

MACPET (88)

MACSQuantifyR (178)

MACSr (217)

maDB (79)

made4 (539)

MADSEQ (195)

maftools (2990)

MAGAR (202)

MAGeCKFlute (281)

magpie (202)

magrene (174)

MAI (194)

maigesPack (233)

MAIT (265)

makecdfenv (471)

makePlatformDesign (19)

MANOR (308)

manta (144)

MantelCorr (244)

MAPFX (149)

mAPKL (124)

maPredictDSC (240)

mapscape (199)

mariner (182)

markeR (59)

marr (223)

marray (2217)

martini (237)

maser (302)

maSigPro (628)

maskBAD (288)

MassArray (216)

massiR (313)

MassSpecWavelet (2148)

MAST (2591)

mastR (217)

matchBox (219)

matchprobes (43)

MatrixGenerics (47773)

MatrixQCvis (208)

MatrixRider (272)

matter (486)

MaxContrastProjection (44)

MBAmethyl (192)

MBASED (330)

MBCB (243)

MBECS (193)

mbkmeans (691)

mbOmic (23)

mBPCR (309)

MBQN (232)

mbQTL (128)

MBttest (262)

mcaGUI (98)

MCbiclust (285)

MCRestimate (102)

mCSEA (288)

mdgsa (107)

mdp (267)

mdqc (310)

MDSvis (4)

MDTS (210)

MEAL (335)

MeasurementError.cor (227)

MEAT (251)

MEB (229)

MEDIPS (424)

MEDME (297)

megadepth (260)

MEIGOR (273)

Melissa (177)

memes (374)

MergeMaid (170)

Mergeomics (260)

MeSHDbi (417)

meshes (363)

meshr (357)

MeSHSim (26)

MesKit (283)

messina (290)

metaArray (137)

Metab (124)

metabCombiner (252)

metabinR (176)

MetaboAnnotation (336)

MetaboCoreUtils (3101)

MetaboDynamics (153)

metabolomicsWorkbenchR (260)

metabomxtr (244)

MetaboSignal (332)

metaCCA (204)

MetaCyto (233)

MetaDICT (62)

metagene (220)

metagene2 (294)

metagenomeFeatures (78)

metagenomeSeq (2116)

metahdep (253)

metaMS (343)

MetaNeighbor (296)

MetaPhOR (189)

metapod (6319)

metapone (199)

MetaProViz (3)

metaSeq (284)

metaseqR (143)

metaseqR2 (272)

metavizr (101)

MetaVolcanoR (98)

metaX (24)

MetCirc (263)

MethCP (73)

methimpute (256)

methInheritSim (221)

methodical (142)

MethPed (272)

MethReg (238)

methrix (329)

MethTargetedNGS (216)

methVisual (118)

methyAnalysis (140)

MethylAid (319)

methylCC (263)

methylclock (376)

methylGSA (311)

methyLImp2 (160)

methylInheritance (260)

methylKit (1086)

MethylMix (330)

methylMnM (298)

methylPipe (350)

methylscaper (203)

MethylSeekR (445)

methylSig (279)

methylumi (1772)

methyvim (43)

MetID (218)

MetMashR (113)

MetNet (280)

mfa (261)

Mfuzz (1571)

MGFM (271)

MGFR (238)

MGnifyR (166)

mgsa (303)

mia (1806)

miaDash (139)

miaSim (213)

miaTime (84)

miaViz (482)

MiChip (278)

microbiome (2475)

microbiomeDASim (175)

microbiomeExplorer (196)

microbiomeMarker (456)

MicrobiomeProfiler (227)

MicrobiotaProcess (617)

microRNA (742)

microSTASIS (115)

MICSQTL (166)

midasHLA (186)

MIGSA (118)

miloR (1046)

mimager (243)

MIMOSA (143)

mina (164)

MineICA (397)

minet (951)

minfi (2672)

MinimumDistance (338)

MiPP (308)

miQC (302)

MIRA (278)

MiRaGE (380)

miRBaseConverter (395)

miRcomp (275)

mirIntegrator (267)

MIRit (174)

miRLAB (287)

miRmine (153)

miRNAmeConverter (209)

miRNApath (221)

miRNAtap (325)

miRSM (243)

miRsponge (23)

miRspongeR (237)

Mirsynergy (62)

mirTarRnaSeq (219)

missMethyl (1305)

missRows (208)

mist (119)

mistyR (297)

mitch (286)

mitoClone2 (197)

mitology (167)

mitoODE (60)

mixOmics (4119)

MLInterfaces (751)

mlm4omics (14)

MLP (445)

MLSeq (351)

MMAPPR2 (45)

MMDiff (88)

MMDiff2 (302)

mmgmos (18)

mmnet (58)

MmPalateMiRNA (120)

MMUPHin (310)

mnem (275)

moanin (200)

mobileRNA (158)

MobilityTransformR (35)

MODA (219)

ModCon (166)

Modstrings (289)

MOFA (35)

MOFA2 (1181)

MOGAMUN (197)

mogsa (431)

MoleculeExperiment (189)

MOMA (227)

monaLisa (333)

monocle (3830)

Moonlight2R (176)

MoonlightR (282)

MoPS (73)

mosaics (439)

mosbi (208)

MOSClip (148)

mosdef (375)

MOSim (240)

Motif2Site (195)

motifbreakR (455)

motifcounter (223)

MotifDb (1052)

motifmatchr (1730)

MotifPeeker (136)

motifRG (124)

motifStack (1107)

motifTestR (175)

MotIV (148)

MouseFM (177)

MPAC (131)

MPFE (188)

mpra (297)

MPRAnalyze (228)

MQmetrics (47)

mQTL.NMR (82)

msa (2563)

MSA2dist (216)

MsBackendMassbank (216)

MsBackendMetaboLights (166)

MsBackendMgf (735)

MsBackendMsp (409)

MsBackendRawFileReader (234)

MsBackendSql (207)

MsCoreUtils (4219)

MsDataHub (258)

MSEADbi (8)

MsExperiment (1571)

MsFeatures (1796)

msgbsR (252)

MSGFgui (115)

MSGFplus (85)

msImpute (230)

mslp (129)

msmsEDA (417)

msmsTests (441)

MSnbase (4104)

MSnID (502)

mspms (170)

MSPrep (174)

msPurity (326)

msqrob2 (324)

MsQuality (184)

MSstats (881)

MSstatsBig (171)

MSstatsBioNet (152)

MSstatsConvert (744)

MSstatsLiP (266)

MSstatsLOBD (156)

MSstatsPTM (391)

MSstatsQC (250)

MSstatsQCgui (170)

MSstatsResponse (63)

MSstatsSampleSize (71)

MSstatsShiny (234)

MSstatsTMT (501)

MSstatsTMTPTM (15)

MTseeker (23)

MuData (213)

Mulcom (300)

MultiAssayExperiment (7360)

MultiBaC (223)

multiClust (287)

multicrispr (220)

MultiDataSet (1830)

multiGSEA (302)

multiHiCcompare (325)

MultiMed (248)

multiMiR (752)

MultimodalExperiment (179)

multiOmicsViz (110)

MultiRNAflow (176)

multiscan (275)

multiSight (48)

multistateQTL (143)

multiWGCNA (191)

multtest (12811)

mumosa (225)

MungeSumstats (799)

muscat (895)

muscle (574)

musicatk (237)

MutationalPatterns (578)

mutscan (68)

MutSeqR (20)

MVCClass (293)

mvGST (60)

MWASTools (321)

mygene (580)

myvariant (334)

mzID (3746)

mzR (4254)

N

NADfinder (274)

NanoMethViz (257)

NanoStringDiff (260)

NanoStringNCTools (578)

NanoStringQCPro (120)

nanotatoR (67)

NanoTube (249)

NarrowPeaks (104)

NBAMSeq (200)

NBSplice (69)

ncdfFlow (1590)

ncGTW (193)

NCIgraph (205)

ncRNAtools (202)

ndexr (218)

neaGUI (55)

nearBynding (226)

Nebulosa (1491)

NeighborNet (67)

nem (233)

nempi (202)

NetActivity (172)

netbenchmark (52)

netbiov (139)

netboost (200)

netboxr (52)

netDx (76)

nethet (256)

netOmics (73)

NetPathMiner (269)

netprioR (191)

netReg (37)

netresponse (294)

NetSAM (269)

netSmooth (265)

networkBMA (114)

netZooR (118)

NeuCA (86)

NewWave (230)

NGScopy (69)

ngsReports (272)

nipalsMCIA (183)

nnNorm (311)

nnSVG (247)

NOISeq (765)

nondetects (274)

NoRCE (233)

normalize450K (231)

NormalyzerDE (411)

NormqPCR (364)

normr (339)

notame (80)

notameStats (55)

notameViz (73)

NPARC (232)

npGSEA (297)

NTW (215)

nucleoSim (247)

nucleR (392)

nuCpos (212)

nudge (99)

nullranges (344)

NuPoP (299)

NxtIRFcore (66)

O

OAtools (3)

occugene (222)

OCplus (306)

octad (213)

ODER (45)

odseq (226)

OGRE (182)

OGSA (73)

oligo (3320)

oligoClasses (2287)

OLIN (379)

OLINgui (316)

omada (138)

OmaDB (326)

omicade4 (376)

OmicCircos (373)

omicplotR (207)

omicRexposome (250)

omicsGMF (57)

OmicsLonDA (75)

OmicsMarkeR (73)

OmicsMLRepoR (90)

OMICsPCA (281)

omicsPrint (266)

omicsViewer (212)

Omixer (201)

OmnipathR (1389)

ompBAM (211)

omXplore (193)

Onassis (68)

oncomix (221)

oncoscanR (187)

OncoScore (233)

OncoSimulR (295)

oneChannelGUI (127)

oneSENSE (75)

onlineFDR (167)

ontoCAT (78)

ontoProc (374)

ontoTools (76)

openCyto (1095)

openPrimeR (281)

openPrimeRui (89)

OpenStats (157)

OperaMate (34)

oposSOM (327)

oppar (272)

oppti (99)

optimalFlow (190)

OPWeight (234)

OrderedList (303)

ORFhunteR (208)

ORFik (466)

Organism.dplyr (428)

OrganismDbi (3285)

orthogene (773)

orthos (170)

OSAT (272)

Oscope (324)

OSTA.data (203)

OTUbase (331)

OutlierD (131)

OUTRIDER (421)

OutSplice (182)

OVESEG (214)

P

PAA (317)

packFinder (235)

padma (229)

PADOG (441)

pageRank (193)

PAIRADISE (245)

paircompviz (239)

pairedGSEA (163)

pairkat (190)

pairseqsim (10)

pamr (78)

pandaR (316)

panelcn.mops (299)

PAnnBuilder (82)

PanomiR (195)

panp (392)

PANR (270)

PanViz (95)

PanVizGenerator (85)

PAPi (115)

pareg (45)

parglms (274)

parody (323)

partCNV (156)

PAST (251)

Path2PPI (265)

pathifier (265)

pathlinkR (180)

pathMED (97)

PathNet (261)

PathoStat (259)

pathprint (44)

pathRender (319)

pathVar (136)

pathview (5504)

pathwayPCA (274)

PathwaySplice (86)

PatientGeneSets (24)

paxtoolsr (170)

Pbase (100)

pbcmc (53)

pcaExplorer (510)

pcaGoPromoter (82)

pcaMethods (6155)

PCAN (290)

PCAtools (1361)

pcot2 (185)

PCpheno (197)

pcxn (72)

PDATK (218)

pdInfoBuilder (428)

pdmclass (159)

PeacoQC (452)

peakCombiner (61)

peakPantheR (213)

PECA (309)

peco (221)

Pedixplorer (173)

pengls (166)

PepSetTest (139)

PepsNMR (279)

pepStat (311)

pepXMLTab (239)

PERFect (73)

periodicDNA (266)

perturbatr (44)

pfamAnalyzeR (368)

PFP (45)

PGA (158)

pgca (170)

PGSEA (254)

pgUtils (42)

pgxRpi (142)

phantasus (262)

phantasusLite (163)

PharmacoGx (581)

phemd (112)

phenoDist (84)

PhenoGeneRanker (158)

phenomis (177)

phenopath (391)

phenoTest (396)

PhenStat (230)

philr (446)

PhIPData (218)

phosphonormalizer (191)

PhosR (354)

PhyloProfile (284)

phyloseq (7063)

Pi (130)

piano (732)

PICB (141)

pickgene (247)

PICS (292)

Pigengene (267)

PING (259)

pint (68)

pipeComp (250)

pipeFrame (269)

PIPETS (147)

Pirat (124)

PIUMA (133)

pkgDepTools (181)

plaid (19)

planet (348)

planttfhunter (166)

plasmut (146)

plateCore (162)

plethy (151)

plgem (417)

plier (414)

PloGO2 (81)

plotgardener (394)

plotGrouper (199)

PLPE (271)

plrs (138)

PLSDAbatch (156)

plw (129)

plyinteractions (175)

plyranges (1451)

plyxp (186)

pmm (175)

pmp (309)

PMScanR (64)

PoDCall (172)

podkat (368)

poem (141)

pogos (226)

polyester (254)

Polyfit (77)

PolySTest (137)

Polytect (145)

POMA (311)

posDemux (6)

POST (45)

PoTRA (46)

PowerExplorer (33)

powerTCR (448)

POWSC (192)

ppcseq (200)

PPInfer (290)

ppiStats (242)

pqsfinder (417)

prada (170)

pram (227)

prebs (313)

preciseTAD (287)

PrecisionTrialDrawer (48)

PREDA (356)

predictionet (98)

preprocessCore (16363)

primirTSS (230)

PrInCE (222)

Prize (35)

proActiv (292)

proBAMr (258)

proBatch (117)

PROcess (327)

procoil (367)

ProCoNA (84)

proDA (395)

proFIA (103)

profileplyr (372)

profileScoreDist (214)

progeny (938)

projectR (257)

pRoloc (723)

pRolocGUI (336)

PROMISE (285)

PRONE (164)

PROPER (326)

PROPS (232)

Prostar (274)

prot2D (99)

proteasy (47)

proteinProfiles (188)

ProteoDisco (231)

ProteomicsAnnotationHubData (76)

ProteoMM (243)

proteoQC (81)

protGear (204)

ProtGenerics (12457)

PSEA (147)

psichomics (290)

PSICQUIC (118)

PSMatch (3096)

psygenet2r (145)

ptairMS (261)

PTMods (7)

PubScore (47)

pulsedSilac (41)

puma (387)

PureCN (458)

pvac (283)

pvca (532)

Pviz (285)

pwalign (8346)

PWMEnrich (539)

pwOmics (238)

pwrEWAS (51)

Q

qckitfastq (130)

qcmetrics (357)

QDNAseq (686)

QFeatures (3567)

qmtools (203)

qpcrNorm (274)

qpgraph (529)

qPLEXanalyzer (248)

qrqc (167)

QRscore (149)

qsea (284)

qsmooth (281)

QSutils (284)

qsvaR (187)

QTLExperiment (166)

Qtlizer (218)

QUALIFIER (126)

quantiseqr (963)

quantro (493)

quantsmooth (843)

QuartPAC (130)

QuasR (716)

QuaternaryProd (209)

QUBIC (289)

qusage (598)

qvalue (24003)

R

R3CPET (290)

r3Cseq (362)

R453Plus1Toolbox (293)

R4RNA (890)

RadioGx (239)

raer (198)

RaggedExperiment (1085)

RAIDS (142)

rain (317)

rama (162)

RamiGO (63)

ramr (203)

ramwas (321)

RandomWalkRestartMH (104)

randPack (263)

randRotation (172)

RankProd (550)

RAREsim (163)

RareVariantVis (296)

Rariant (157)

Rarr (398)

rawDiag (146)

rawrr (319)

RbcBook1 (508)

Rbec (142)

RBedMethyl (7)

RBGL (9826)

RBioFormats (388)

RBioinf (244)

rBiopaxParser (610)

rBLAST (292)

RBM (245)

Rbowtie (631)

Rbowtie2 (490)

RbowtieCuda (84)

rbsurv (278)

Rbwa (158)

Rcade (237)

RCAS (334)

RCASPAR (194)

rcellminer (323)

rCGH (470)

Rchemcpp (125)

RchyOptimyx (86)

RcisTarget (1630)

RCM (262)

Rcollectl (88)

Rcpi (355)

RCSL (186)

Rcwl (248)

RcwlPipelines (190)

RCX (192)

RCy3 (1151)

RCyjs (292)

RCytoscape (69)

RDAVIDWebService (131)

Rdbi (57)

RdbiPgSQL (21)

rDGIdb (107)

Rdisop (872)

RDRToolbox (333)

ReactomeContentService4R (69)

ReactomeGraph4R (38)

ReactomeGSA (363)

ReactomePA (4787)

readat (59)

ReadqPCR (364)

reb (182)

REBET (197)

rebook (262)

receptLoss (121)

reconsi (171)

recount (636)

recount3 (772)

recountmethylation (244)

recoup (379)

RedeR (507)

RedisParam (158)

REDseq (299)

ReducedExperiment (155)

RefNet (97)

RefPlus (258)

RegEnrich (319)

regionalpcs (124)

RegionalST (152)

regioneR (2309)

regioneReloaded (186)

regionReport (413)

regsplice (238)

regutools (230)

REMP (271)

Repitools (464)

ReportingTools (897)

reposTools (17)

RepViz (182)

ReQON (183)

ResidualMatrix (4561)

RESOLVE (162)

Resourcerer (59)

restfulSE (141)

retrofit (168)

ReUseData (147)

rexposome (324)

rfaRm (206)

Rfastp (245)

RFLOMICS (140)

rflowcyt (92)

rfPred (308)

rGADEM (452)

RGalaxy (115)

rGenomeTracks (175)

Rgin (45)

RGMQL (65)

RgnTX (156)

rgoslin (261)

RGraph2js (263)

Rgraphviz (10315)

rGREAT (952)

RGSEA (280)

rgsepd (283)

rhdf5 (25825)

rhdf5client (289)

rhdf5filters (24444)

Rhdf5lib (26519)

rhinotypeR (139)

Rhisat2 (307)

Rhtslib (26024)

rHVDM (167)

RiboCrypt (215)

RiboDiPA (222)

RiboProfiling (295)

ribor (211)

riboSeqR (323)

ribosomeProfilingQC (252)

rifi (163)

rifiComparative (154)

Rigraphlib (1124)

rigvf (135)

RImmPort (204)

Ringo (375)

Rintact (34)

RIPAT (67)

RIPSeeker (134)

Risa (242)

RITAN (196)

RIVER (269)

RJMCMCNucleosomes (243)

RLassoCox (171)

RLMM (245)

RLSeq (56)

RMAGEML (22)

Rmagpie (265)

RMAPPER (41)

RMassBank (436)

rMAT (105)

rmelting (210)

RmiR (111)

Rmmquant (225)

rmspc (206)

RNAAgeCalc (273)

RNAdecay (165)

rnaEditr (205)

RNAinteract (137)

RNAither (158)

RNAmodR (239)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (207)

RNAmodR.ML (242)

RNAmodR.RiboMethSeq (197)

RNAprobR (75)

RNAsense (204)

rnaseqcomp (279)

RNAseqCovarImpute (153)

rnaSeqMap (187)

RNASeqPower (374)

RNASeqR (56)

RnaSeqSampleSize (308)

RnBeads (597)

Rnits (266)

roar (313)

roastgsa (165)

ROC (1453)

ROCpAI (181)

RolDE (182)

Roleswitch (90)

Rolexa (83)

rols (733)

ROntoTools (434)

ropls (1876)

ROSeq (236)

ROTS (472)

RPA (336)

rprimer (207)

RProtoBufLib (2836)

RpsiXML (245)

rpx (696)

Rqc (518)

rqt (202)

rqubic (264)

rRDP (269)

Rredland (27)

RRHO (279)

rrvgo (820)

Rsamtools (28385)

rsbml (334)

rScudo (235)

rsemmed (180)

RSeqAn (210)

rSFFreader (104)

RSNPper (33)

Rsubread (2363)

RSVSim (323)

rSWeeP (219)

rTANDEM (113)

RTCA (251)

RTCGA (694)

RTCGAToolbox (745)

RTN (441)

RTNduals (231)

RTNsurvival (244)

RTools4TB (10)

RTopper (351)

Rtpca (225)

rtracklayer (23427)

Rtreemix (219)

rTRM (393)

rTRMui (272)

RUCova (162)

runibic (182)

Ruuid (54)

RUVcorr (237)

RUVnormalize (293)

RUVSeq (1169)

Rvisdiff (169)

RVS (217)

RWebServices (27)

rWikiPathways (581)

S

S4Arrays (48418)

S4Vectors (63223)

safe (811)

SAGElyzer (24)

sagenhaft (283)

SAGx (166)

SAIGEgds (225)

samExploreR (39)

sampleClassifier (202)

SamSPECTRAL (331)

sangeranalyseR (377)

sangerseqR (809)

SanityR (71)

SANTA (272)

sapFinder (100)

saps (22)

SARC (126)

sarks (194)

saseR (153)

satuRn (502)

savR (67)

SBGNview (282)

sbgr (8)

SBMLR (290)

SC3 (654)

scafari (88)

Scale4C (249)

ScaledMatrix (14356)

scAlign (84)

SCAN.UPC (383)

scanMiR (224)

scanMiRApp (196)

scAnnotatR (215)

SCANVIS (216)

SCArray (225)

SCArray.sat (148)

SCATE (46)

scater (8703)

scatterHatch (157)

scBFA (217)

SCBN (186)

scBubbletree (194)

scCB2 (199)

scClassifR (26)

scClassify (294)

sccomp (257)

scDataviz (225)

scDblFinder (2993)

scDD (416)

scDDboost (180)

scde (644)

scDesign3 (197)

scDiagnostics (155)

scDotPlot (184)

scds (714)

SCFA (202)

scFeatureFilter (227)

scFeatures (194)

scfind (33)

scGPS (234)

scGraphVerse (55)

schex (288)

scHiCcompare (150)

scHOT (248)

scider (189)

scifer (189)

ScISI (226)

scLANE (56)

scMAGeCK (37)

scmap (557)

scMerge (553)

scMET (190)

scmeth (249)

scMitoMut (149)

scMultiSim (187)

SCnorm (326)

scone (383)

Sconify (210)

SCOPE (248)

scoreInvHap (237)

scoup (135)

scp (353)

scPCA (267)

scPipe (327)

scQTLtools (108)

scran (6526)

scrapper (1197)

scReClassify (238)

scRecover (247)

screenCounter (167)

ScreenR (145)

scRepertoire (885)

scRNAseqApp (197)

scruff (259)

scry (512)

scShapes (155)

scsR (98)

scTensor (231)

scTGIF (254)

scTHI (198)

scTreeViz (190)

scuttle (10701)

scviR (137)

SDAMS (204)

seahtrue (170)

sechm (280)

segmenter (193)

segmentSeq (380)

selectKSigs (173)

SELEX (273)

SemDist (283)

semisup (187)

SEMPLR (5)

SemSim (29)

SEPA (41)

SEPIRA (119)

seq.hotSPOT (148)

seq2pathway (230)

seqArchR (171)

seqArchRplus (139)

SeqArray (1213)

seqbias (183)

seqCAT (241)

seqCNA (121)

seqcombo (178)

SeqGate (192)

SeqGSEA (345)

Seqinfo (21040)

seqLogo (3808)

seqPattern (1075)

seqplots (125)

seqsetvis (313)

SeqSQC (285)

Seqtometry (1)

seqTools (236)

SeqVarTools (742)

SEraster (147)

sesame (1024)

SETA (60)

SEtools (226)

sevenbridges (285)

sevenC (274)

sfi (2)

SGCP (201)

SGSeq (551)

SharedObject (305)

shiny.gosling (118)

shinybiocloader (66)

shinyDSP (156)

shinyepico (219)

shinyMethyl (336)

shinyTANDEM (70)

ShortRead (6902)

SIAMCAT (322)

SICtools (269)

sigaR (110)

SigCheck (267)

sigFeature (436)

SigFuge (273)

siggenes (3558)

sights (225)

signatureSearch (324)

signeR (301)

signet (25)

signifinder (196)

sigPathway (167)

SigsPack (221)

sigsquared (230)

SIM (294)

SIMAT (245)

SimBindProfiles (150)

SimBu (203)

SIMD (186)

SimFFPE (182)

similaRpeak (277)

SIMLR (397)

simona (885)

simPIC (146)

simpleaffy (213)

simpleSeg (302)

simplifyEnrichment (1357)

simulatorAPMS (27)

simulatorZ (113)

sincell (304)

singIST (7)

single (96)

SingleCellAlleleExperiment (162)

SingleCellExperiment (20115)

SingleCellSignalR (413)

singleCellTK (487)

SingleMoleculeFootprinting (194)

SingleR (5495)

singscore (1957)

SiPSiC (149)

SISPA (92)

sitadela (192)

Site2Target (129)

sitePath (247)

sizepower (270)

SJava (23)

sketchR (156)

skewr (254)

slalom (192)

SLGI (185)

slingshot (2735)

slinky (67)

SLqPCR (243)

SMAD (178)

SMAP (163)

smartid (145)

SmartPhos (28)

SMITE (279)

smoothclust (144)

smoppix (129)

SMTrackR (4)

SNAGEE (266)

snapCGH (253)

snapcount (205)

snifter (516)

snm (324)

SNPchip (204)

SNPediaR (204)

SNPhood (343)

snpMatrix (34)

SNPRelate (2301)

snpStats (2600)

soGGi (527)

sojourner (57)

SomatiCA (67)

SomaticSignatures (365)

SOMNiBUS (173)

sosta (170)

SpaceMarkers (151)

SpacePAC (202)

SpaceTrooper (107)

spacexr (411)

spade (57)

Spaniel (235)

SpaNorm (188)

spARI (67)

sparrow (480)

SparseArray (52642)

sparseDOSSA (79)

sparseMatrixStats (17636)

sparsenetgls (177)

SparseSignatures (264)

spaSim (189)

SpatialCPie (223)

spatialDE (244)

SpatialDecon (323)

SpatialExperiment (7612)

SpatialExperimentIO (197)

spatialFDA (179)

SpatialFeatureExperiment (361)

spatialHeatmap (231)

SpatialOmicsOverlay (177)

spatialSimGP (130)

spatzie (152)

speckle (441)

specL (293)

SpeCond (294)

Spectra (3439)

SpectralTAD (261)

SpectraQL (137)

SpectriPy (67)

SPEM (250)

SPIA (972)

SPIAT (252)

SPICEY (64)

spicyR (386)

SpidermiR (115)

spikeLI (273)

spiky (201)

spillR (142)

spkTools (269)

splatter (708)

splicegear (134)

spliceR (112)

spliceSites (80)

SpliceWiz (269)

SplicingFactory (172)

SplicingGraphs (359)

SplineDV (151)

splineTCDiffExpr (5)

splineTimeR (268)

SPLINTER (256)

splots (344)

SPONGE (266)

spoon (138)

SpotClean (222)

SPOTlight (485)

spotSegmentation (70)

SpotSweeper (254)

spqn (221)

SPsimSeq (236)

SQLDataFrame (168)

SQUADD (101)

squallms (137)

sRACIPE (255)

SRAdb (628)

sRAP (79)

SRGnet (44)

srnadiff (237)

sscore (204)

sscu (248)

sSeq (336)

ssize (286)

sSNAPPY (210)

SSPA (237)

ssPATHS (206)

ssrch (200)

ssviz (261)

StabMap (148)

STADyUM (62)

stageR (467)

stam (37)

STAN (133)

standR (314)

staRank (127)

StarBioTrek (111)

staRgate (21)

Starr (169)

STATegRa (364)

StatescopeR (5)

Statial (251)

statTarget (331)

STdeconvolve (94)

stepNorm (277)

stepwiseCM (63)

stJoincount (184)

stPipe (74)

strandCheckR (229)

Streamer (276)

STRINGdb (2949)

STROMA4 (152)

struct (348)

Structstrings (252)

structToolbox (271)

StructuralVariantAnnotation (375)

SubCellBarCode (217)

subSeq (316)

SUITOR (163)

SummarizedBenchmark (154)

SummarizedExperiment (48122)

Summix (157)

SuperCellCyto (67)

supersigs (247)

supraHex (338)

surfaltr (227)

SurfR (154)

survClust (134)

survcomp (1913)

survtype (200)

Sushi (208)

sva (9261)

svaNUMT (183)

SVAPLSseq (70)

svaRetro (181)

SVM2CRM (76)

SVMDO (175)

SVP (162)

SWATH2stats (246)

SwathXtend (196)

swfdr (280)

SwimR (81)

switchBox (248)

switchde (244)

synapsis (192)

synapter (279)

synergyfinder (388)

SynExtend (241)

synlet (221)

SynMut (197)

syntenet (287)

systemPipeR (1664)

systemPipeShiny (217)

systemPipeTools (193)

T

tadar (169)

TADCompare (247)

tanggle (229)

TAPseq (229)

target (241)

TargetDecoy (208)

TargetScore (258)

TargetSearch (265)

TarSeqQC (134)

TaxSEA (143)

TBSignatureProfiler (257)

TCC (526)

TCGAbiolinks (5844)

TCGAbiolinksGUI (76)

TCGAutils (880)

TCseq (747)

TDARACNE (121)

TDbasedUFE (171)

TDbasedUFEadv (209)

TEKRABber (187)

TENET (136)

TENxIO (295)

tenXplore (250)

TEQC (341)

terapadog (151)

ternarynet (220)

terraTCGAdata (168)

TFARM (207)

TFBSTools (3722)

TFEA.ChIP (320)

TFHAZ (275)

TFutils (276)

tidybulk (449)

tidyCoverage (168)

tidyexposomics (18)

tidyFlowCore (128)

tidyomics (166)

tidyprint (8)

tidysbml (142)

tidySingleCellExperiment (471)

tidySpatialExperiment (198)

tidySummarizedExperiment (379)

tidytof (89)

tigre (321)

TileDBArray (200)

tilingArray (425)

timecourse (431)

timeOmics (253)

timescape (193)

TimeSeriesExperiment (77)

TimiRGeN (70)

TIN (307)

TissueEnrich (377)

TitanCNA (236)

tkWidgets (1876)

tLOH (186)

TMixClust (225)

TMSig (142)

TNBC.CMS (70)

TnT (260)

TOAST (726)

tofsims (78)

tomoda (185)

tomoseqr (184)

TOP (165)

ToPASeq (80)

topconfects (323)

topdownr (273)

topGO (2687)

toppgene (1)

ToxicoGx (243)

TPP (363)

TPP2D (214)

tpSVG (145)

tracktables (423)

trackViewer (929)

tradeSeq (1141)

TrajectoryGeometry (158)

TrajectoryUtils (2861)

transcriptogramer (272)

transcriptR (298)

transformGamPoi (210)

transite (231)

tRanslatome (312)

transmogR (147)

transomics2cytoscape (201)

TransView (312)

TraRe (38)

traseR (308)

Travel (7)

traviz (86)

TreeAndLeaf (265)

treeclimbR (153)

treeio (27829)

treekoR (240)

TreeSummarizedExperiment (2595)

TREG (205)

trena (145)

TReNA (5)

Trendy (258)

TRESS (220)

tricycle (473)

TrIdent (126)

triform (83)

trigger (198)

trio (322)

triplex (376)

tripr (210)

tRNA (292)

tRNAdbImport (239)

tRNAscanImport (236)

TRONCO (395)

TSAR (136)

TSCAN (719)

tscR (54)

tspair (130)

TSRchitect (136)

TSSi (93)

ttgsea (167)

TTMap (267)

TurboNorm (327)

TVTB (321)

tweeDEseq (327)

twilight (398)

twoddpcr (253)

txcutr (187)

txdbmaker (5967)

tximeta (1675)

tximport (4724)

TxRegInfra (32)

TypeInfo (152)

U

UCell (1999)

UCSC.utils (37412)

Ularcirc (272)

UMI4Cats (243)

uncoverappLib (206)

UNDO (279)

unifiedWMWqPCR (233)

UniProt.ws (992)

Uniquorn (281)

universalmotif (1436)

updateObject (186)

UPDhmm (145)

uSORT (294)

V

VAExprs (176)

VanillaICE (495)

VarCon (221)

variancePartition (1745)

VariantAnnotation (9603)

VariantExperiment (135)

VariantFiltering (348)

VariantTools (345)

vasp (19)

VaSP (251)

vbmp (338)

VCFArray (263)

VDJdive (175)

Vega (80)

VegaMC (328)

velociraptor (296)

veloviz (163)

VennDetail (359)

VERSO (178)

vidger (263)

viper (1266)

virtualArray (23)

ViSEAGO (324)

VisiumIO (263)

visiumStitched (145)

vissE (260)

vmrseq (129)

Voyager (313)

VplotR (246)

vsclust (187)

vsn (6319)

vtpnet (293)

vulcan (190)

W

waddR (145)

wateRmelon (1054)

wavClusteR (281)

waveTiling (125)

weaver (257)

webbioc (353)

weitrix (265)

widgetInvoke (18)

widgetTools (1820)

wiggleplotr (321)

wpm (212)

wppi (155)

Wrench (2070)

X

XAItest (130)

XBSeq (164)

xCell2 (224)

XCIR (18)

xcms (2248)

xcore (193)

XDE (405)

XeniumIO (137)

xenLite (137)

Xeva (233)

XINA (219)

xmapbridge (248)

xmapcore (20)

XNAString (134)

xps (124)

XVector (58518)

Y

y2hStat (23)

yamss (319)

YAPSA (332)

yaqcaffy (221)

yarn (331)

Z

zellkonverter (3087)

zenith (273)

zFPKM (239)

zinbwave (956)

zitools (137)

zlibbioc (27223)

ZygosityPredictor (170)