See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Wed. 10 Sep 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (4763) 6 airway (1859) 11 bcellViper (779)
2 celldex (4079) 7 scRNAseq (1564) 12 ChAMPdata (756)
3 ALL (3279) 8 pasilla (953) 13 dorothea (746)
4 HSMMSingleCell (3142) 9 tximportData (859) 14 msigdb (722)
5 geneLenDataBase (2086) 10 sesameData (824) 15 GSVAdata (671)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (28)

adductData (98)

affycompData (135)

affydata (483)

Affyhgu133A2Expr (120)

Affyhgu133aExpr (129)

Affyhgu133Plus2Expr (159)

AffymetrixDataTestFiles (191)

Affymoe4302Expr (134)

Affymoe430Expr (0)

airway (1859)

ALL (3279)

allenpvc (2)

ALLMLL (271)

alpineData (11)

AmpAffyExample (144)

AneuFinderData (149)

antiProfilesData (131)

aracne.networks (125)

ARRmData (127)

AshkenazimSonChr21 (103)

ASICSdata (107)

AssessORFData (108)

AWAggregatorData (1)

B

bcellViper (779)

beadarrayExampleData (191)

BeadArrayUseCases (135)

BeadSorted.Saliva.EPIC (108)

benchmarkfdrData2019 (62)

beta7 (145)

BioImageDbs (96)

BioPlex (79)

biotmleData (113)

biscuiteerData (100)

bladderbatch (462)

blimaTestingData (115)

BloodCancerMultiOmics2017 (139)

bodymapRat (93)

brainImageRdata (4)

breakpointRdata (128)

breastCancerMAINZ (187)

breastCancerNKI (175)

breastCancerTRANSBIG (183)

breastCancerUNT (167)

breastCancerUPP (187)

breastCancerVDX (218)

brgedata (133)

bronchialIL13 (140)

bsseqData (172)

bugphyzz (61)

C

cancerdata (145)

CardinalWorkflows (146)

ccdata (156)

CCl4 (158)

ccTutorial (63)

celarefData (78)

celldex (4079)

CellMapperData (89)

CENTREprecomputed (6)

ceu1kg (51)

ceu1kgv (33)

ceuhm3 (48)

cfToolsData (88)

cgdv17 (40)

ChAMPdata (756)

charmData (45)

cheung2010 (42)

ChIC.data (16)

ChimpHumanBrainData (119)

chipenrich.data (162)

ChIPexoQualExample (101)

chipseqDBData (93)

ChIPXpressData (153)

chromstaRData (125)

CLL (278)

CLLmethylation (80)

CluMSIDdata (99)

clustifyrdatahub (86)

cMap2data (145)

cnvGSAdata (121)

COHCAPanno (110)

colonCA (127)

CONFESSdata (94)

ConnectivityMap (141)

COPDSexualDimorphism.data (135)

CopyhelpeR (122)

CopyNeutralIMA (83)

CopyNumber450kData (21)

CoSIAdata (63)

COSMIC.67 (137)

CRCL18 (101)

crisprScoreData (160)

curatedAdipoArray (77)

curatedAdipoChIP (78)

curatedAdipoRNA (86)

curatedBladderData (153)

curatedBreastData (136)

curatedCRCData (41)

curatedMetagenomicData (387)

curatedOvarianData (213)

curatedPCaData (76)

curatedTBData (78)

curatedTCGAData (315)

CytoMethIC (82)

D

DAPARdata (167)

davidTiling (138)

depmap (530)

derfinderData (155)

DeSousa2013 (130)

DExMAdata (98)

diffloopdata (94)

diggitdata (112)

DLBCL (178)

DmelSGI (53)

DMRcatedata (325)

DNAZooData (89)

DonaPLLP2013 (117)

dorothea (746)

DREAM4 (40)

dressCheck (146)

DropletTestFiles (188)

DrugVsDiseasedata (128)

dsQTL (39)

DuoClustering2018 (131)

DvDdata (117)

dyebiasexamples (139)

E

easierData (128)

EatonEtAlChIPseq (132)

ecoliLeucine (146)

EGSEAdata (209)

ELMER.data (232)

emtdata (77)

ENCODEFig4Band4D (3)

encoDnaseI (47)

eoPredData (60)

EpiMix.data (98)

epimutacionsData (99)

EpipwR.data (69)

estrogen (192)

etec16s (79)

ewceData (223)

F

faahKO (366)

fabiaData (118)

facopy.annot (22)

facsDorit (56)

FANTOM3and4CAGE (128)

ffpeExampleData (126)

fibroEset (184)

FieldEffectCrc (77)

FIs (105)

fission (239)

Fletcher2013a (139)

Fletcher2013b (157)

flowFitExampleData (30)

flowPloidyData (100)

flowQBData (7)

FlowSorted.Blood.450k (346)

FlowSorted.Blood.EPIC (275)

FlowSorted.CordBlood.450k (114)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (115)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (95)

FlowSorted.DLPFC.450k (132)

flowWorkspaceData (234)

fourDNData (89)

frmaExampleData (139)

FunciSNP.data (41)

furrowSeg (103)

G

gageData (321)

gaschYHS (135)

gatingMLData (58)

gcspikelite (165)

gDNAinRNAseqData (82)

gDRtestData (87)

geneLenDataBase (2086)

genomationData (158)

GenomicDistributionsData (104)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (7)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (6)

GeuvadisTranscriptExpr (111)

geuvPack (22)

geuvStore (12)

geuvStore2 (12)

GGdata (58)

ggtut (36)

GIGSEAdata (88)

golubEsets (328)

gpaExample (86)

grndata (138)

GSBenchMark (142)

GSE103322 (77)

GSE13015 (78)

GSE159526 (76)

GSE62944 (105)

gskb (21)

GSVAdata (671)

GWASdata (158)

H

h5vcData (184)

hapmap100khind (147)

hapmap100kxba (187)

hapmap500knsp (139)

hapmap500ksty (141)

hapmapsnp5 (187)

hapmapsnp6 (209)

harbChIP (143)

HarmanData (100)

HarmonizedTCGAData (80)

HCAData (139)

HCATonsilData (97)

HD2013SGI (135)

HDCytoData (224)

healthyControlsPresenceChecker (72)

healthyFlowData (116)

HEEBOdata (139)

HelloRangesData (120)

hgu133abarcodevecs (96)

hgu133plus2barcodevecs (109)

hgu133plus2CellScore (110)

hgu2beta7 (122)

HiBED (72)

HiCDataHumanIMR90 (138)

HiCDataLymphoblast (113)

HiContactsData (122)

HighlyReplicatedRNASeq (77)

Hiiragi2013 (170)

HIVcDNAvantWout03 (120)

HMP16SData (112)

HMP2Data (104)

hmyriB36 (54)

homosapienDEE2CellScore (69)

HSMMSingleCell (3142)

HumanAffyData (85)

humanHippocampus2024 (54)

humanStemCell (243)

I

IHWpaper (106)

Illumina450ProbeVariants.db (621)

IlluminaDataTestFiles (162)

imcdatasets (142)

ind1KG (42)

iontreeData (33)

ITALICSData (148)

Iyer517 (115)

J

JASPAR2014 (179)

JASPAR2016 (182)

JctSeqData (12)

JohnsonKinaseData (70)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (143)

KEGGdzPathwaysGEO (309)

kidpack (136)

KOdata (117)

L

leeBamViews (157)

LegATo (60)

leukemiasEset (176)

LiebermanAidenHiC2009 (120)

ListerEtAlBSseq (111)

LRcellTypeMarkers (79)

lumiBarnes (147)

LungCancerACvsSCCGEO (130)

LungCancerLines (134)

lungExpression (157)

lydata (125)

lymphoma (2)

M

M3DExampleData (143)

macrophage (273)

MACSdata (84)

mammaPrintData (142)

mAPKLData (34)

maqcExpression4plex (168)

MAQCsubset (149)

MAQCsubsetAFX (55)

MAQCsubsetILM (62)

marinerData (81)

mCSEAdata (139)

mcsurvdata (79)

MEALData (16)

MEDIPSData (146)

MEEBOdata (140)

MerfishData (112)

MetaGxBreast (91)

MetaGxOvarian (66)

MetaGxPancreas (72)

metaMSdata (175)

MetaScope (74)

MethylAidData (112)

methylclockData (204)

MethylSeqData (77)

methyvimData (8)

MicrobiomeBenchmarkData (89)

microbiomeDataSets (184)

microRNAome (91)

MIGSAdata (18)

minfiData (530)

minfiDataEPIC (175)

minionSummaryData (125)

miRcompData (111)

miRNATarget (145)

mitoODEdata (28)

MMAPPR2data (11)

MMDiffBamSubset (118)

MOFAdata (220)

mosaicsExample (170)

mouse4302barcodevecs (100)

MouseAgingData (73)

MouseGastrulationData (190)

MouseThymusAgeing (93)

MSBdata (22)

msd16s (113)

msdata (600)

msigdb (722)

MSMB (122)

msPurityData (109)

msqc1 (93)

MSstatsBioData (10)

mtbls2 (151)

MTseekerData (6)

MUGAExampleData (100)

Mulder2012 (37)

muleaData (73)

multiWGCNAdata (79)

muscData (183)

muSpaData (37)

mvoutData (139)

N

NanoporeRNASeq (106)

nanotubes (93)

NCIgraphData (118)

NestLink (87)

NetActivityData (91)

netDx.examples (0)

Neve2006 (153)

NGScopyData (112)

nullrangesData (126)

NxtIRFdata (137)

O

ObMiTi (75)

oct4 (91)

octad.db (89)

OMICsPCAdata (107)

OnassisJavaLibs (100)

optimalFlowData (101)

orthosData (105)

P

parathyroid (17)

parathyroidSE (261)

pasilla (953)

pasillaBamSubset (432)

PasillaTranscriptExpr (112)

PathNetData (116)

pathprintGEOData (10)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (42)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (43)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (41)

PCHiCdata (110)

pcxnData (22)

pd.atdschip.tiling (122)

pepDat (113)

PepsNMRData (111)

PGPC (6)

PhyloProfileData (78)

plasFIA (17)

plotgardenerData (116)

ppiData (66)

prebsdata (130)

preciseTADhub (74)

PREDAsampledata (132)

ProData (142)

pRolocdata (286)

prostateCancerCamcap (111)

prostateCancerGrasso (109)

prostateCancerStockholm (92)

prostateCancerTaylor (96)

prostateCancerVarambally (93)

ProteinGymR (61)

ptairData (103)

PtH2O2lipids (88)

pumadata (146)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (138)

PWMEnrich.Hsapiens.background (130)

PWMEnrich.Mmusculus.background (117)

pwrEWAS.data (15)

Q

QDNAseq.hg19 (207)

QDNAseq.mm10 (127)

qPLEXdata (93)

QUBICdata (95)

R

raerdata (78)

rcellminerData (156)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (177)

ReactomeGSA.data (126)

RegParallel (117)

restfulSEData (50)

rfcdmin (22)

RforProteomics (204)

RGMQLlib (95)

rheumaticConditionWOLLBOLD (122)

RIPSeekerData (37)

RITANdata (110)

RLHub (10)

RMassBankData (142)

RNAinteractMAPK (69)

RNAmodR.Data (85)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (6)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (519)

RNASeqDataSubset (6)

RNASeqRData (13)

RnaSeqSampleSizeData (148)

RnaSeqTutorial (37)

RnBeads.hg19 (204)

RnBeads.hg38 (248)

RnBeads.mm10 (156)

RnBeads.mm9 (154)

RnBeads.rn5 (121)

RRBSdata (110)

rRDPData (125)

RTCGA.clinical (287)

RTCGA.CNV (118)

RTCGA.methylation (115)

RTCGA.miRNASeq (149)

RTCGA.mRNA (199)

RTCGA.mutations (156)

RTCGA.PANCAN12 (110)

RTCGA.rnaseq (209)

RTCGA.RPPA (111)

RUVnormalizeData (125)

S

sampleClassifierData (97)

SBGNview.data (157)

scaeData (79)

scanMiRData (93)

scATAC.Explorer (77)

SCATEData (11)

SCLCBam (115)

scMultiome (100)

scpdata (89)

scRNAseq (1564)

scTHI.data (99)

seq2pathway.data (156)

seqc (132)

seqCNA.annot (39)

serumStimulation (114)

sesameData (824)

seventyGeneData (129)

SFEData (175)

shinyMethylData (133)

signatureSearchData (151)

SimBenchData (78)

simpIntLists (142)

Single.mTEC.Transcriptomes (110)

SingleCellMultiModal (117)

SingleMoleculeFootprintingData (80)

smokingMouse (74)

SNAData (113)

SNAGEEdata (141)

SNPhoodData (108)

SomatiCAData (122)

SomaticCancerAlterations (136)

SpatialDatasets (103)

spatialDmelxsim (73)

spatialLIBD (325)

SpikeIn (169)

SpikeInSubset (235)

spqnData (89)

stemHypoxia (131)

STexampleData (312)

stjudem (68)

SubcellularSpatialData (92)

SVM2CRMdata (99)

synapterdata (112)

systemPipeRdata (276)

T

TabulaMurisData (117)

TabulaMurisSenisData (125)

TargetScoreData (122)

TargetSearchData (136)

tartare (97)

TBX20BamSubset (149)

TCGAbiolinksGUI.data (4763)

TCGAcrcmiRNA (91)

TCGAcrcmRNA (111)

TCGAMethylation450k (147)

tcgaWGBSData.hg19 (5)

TCGAWorkflowData (137)

TENET.ExperimentHub (36)

TENxBrainData (165)

TENxBUSData (85)

TENxPBMCData (547)

TENxVisiumData (118)

TENxXeniumData (79)

timecoursedata (165)

TimerQuant (98)

tinesath1cdf (128)

tinesath1probe (129)

tissueTreg (99)

TMExplorer (81)

tofsimsData (92)

topdownrdata (106)

TransOmicsData (70)

tuberculosis (73)

TumourMethData (79)

tweeDEseqCountData (203)

tximportData (859)

V

VariantToolsData (97)

VectraPolarisData (81)

vulcandata (104)

W

waveTilingData (42)

WeberDivechaLCdata (82)

WES.1KG.WUGSC (127)

WGSmapp (112)

X

xcoredata (84)

XhybCasneuf (132)

Y

yeastCC (165)

yeastExpData (191)

yeastGSData (122)

yeastNagalakshmi (167)

yeastRNASeq (178)

yri1kgv (38)

yriMulti (11)

Z

zebrafishRNASeq (227)