See download stats for:    Bioconductor software packages    Bioconductor annotation packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor experiment packages

This page was generated on 2021-12-04 12:18:22 -0500 (Sat, 04 Dec 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1ALL (2899)
2HSMMSingleCell (2042)
3TCGAbiolinksGUI.data (1697)
4airway (1614)
5geneLenDataBase (1357)
6scRNAseq (1070)
7celldex (1020)
8pasilla (985)
9tximportData (649)
10ChAMPdata (527)
11Illumina450ProbeVariants.db (479)
12bladderbatch (457)
13GSVAdata (437)
14msdata (372)
15sesameData (328)

All experiment packages

All experiment package stats in one file: experiment_pkg_stats.tab

All experiment package download scores in one file: experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

a4Core (0)
a4Reporting (0)
ABAData (58)
adductData (36)
affxparser (0)
affy (0)
affycompData (24)
affycoretools (0)
affydata (270)
Affyhgu133A2Expr (27)
Affyhgu133aExpr (29)
Affyhgu133Plus2Expr (37)
affyio (0)
AffymetrixDataTestFiles (47)
Affymoe4302Expr (30)
Affymoe430Expr (0)
affyPLM (0)
AIMS (0)
airway (1614)
ALL (2899)
all (0)
allenpvc (3)
ALLMLL (66)
alpineData (30)
AmpAffyExample (25)
AneuFinderData (66)
annotate (0)
AnnotationDbi (0)
AnnotationForge (0)
AnnotationHub (0)
antiProfilesData (38)
aracne.networks (56)
aroma.light (0)
arrayQualityMetrics (0)
ARRmData (44)
AshkenazimSonChr21 (19)
ASICSdata (29)
AssessORFData (22)
ASSET (0)

B

BADER (0)
ballgown (0)
bcellViper (293)
beadarray (0)
beadarrayExampleData (45)
BeadArrayUseCases (31)
BeadDataPackR (0)
BeadSorted.Saliva.EPIC (10)
benchmarkfdrData2019 (20)
BentoBoxData (1)
beta7 (20)
Biobase (0)
BiocGenerics (0)
BiocInstaller (0)
BiocParallel (0)
BiocStyle (0)
BioImageDbs (13)
biomaRt (0)
Biostrings (0)
biotmleData (26)
biovizBase (0)
BiRewire (0)
birta (0)
biscuiteerData (40)
bladderbatch (457)
blimaTestingData (23)
BloodCancerMultiOmics2017 (36)
bodymapRat (24)
brainImageRdata (17)
breakpointRdata (46)
breastCancerMAINZ (66)
breastCancerNKI (72)
breastCancerTRANSBIG (47)
breastcancertransbig (0)
breastCancerUNT (43)
breastCancerUPP (47)
breastCancerVDX (87)
brgedata (41)
bronchialIL13 (17)
BSgenome (0)
bsseqData (49)
bumphunter (0)

C

CAMERA (0)
cancerdata (33)
CardinalWorkflows (33)
Category (0)
ccdata (69)
CCl4 (38)
ccTutorial (18)
celarefData (23)
celldex (1020)
CellMapperData (23)
ceu1kg (9)
ceu1kgv (8)
ceuhm3 (7)
cgdv17 (26)
cghMCR (0)
ChAMPdata (527)
charmData (2)
cheung2010 (1)
ChIC.data (45)
chimera (0)
ChimpHumanBrainData (22)
ChIPComp (0)
chipenrich (0)
chipenrich.data (75)
ChIPexoQualExample (22)
ChIPQC (0)
chipseq (0)
chipseqDBData (35)
ChIPseqR (0)
ChIPsim (0)
ChIPXpressData (38)
chopsticks (0)
chroGPS (0)
chromDraw (0)
ChromHeatMap (0)
chromstaRData (69)
cisPath (0)
cleanUpdTSeq (0)
cleaver (0)
clippda (0)
clipper (0)
CLL (251)
CLLmethylation (19)
Clomial (0)
Clonality (0)
clonotypeR (0)
clst (0)
clstutils (0)
CluMSIDdata (24)
clusterStab (0)
clustifyrdatahub (20)
CMA (0)
cMap2data (49)
cn.farms (0)
cn.mops (0)
CNAnorm (0)
CNEr (0)
CNORdt (0)
CNORfeeder (0)
CNORfuzzy (0)
CNORode (0)
CNPBayes (0)
CNTools (0)
cnvGSA (0)
cnvGSAdata (20)
CNVPanelizer (0)
CNVrd2 (0)
CNVtools (0)
cobindR (0)
CoCiteStats (0)
codelink (0)
CODEX (0)
CoGAPS (0)
cogena (0)
coGPS (0)
COHCAP (0)
COHCAPanno (52)
colonCA (28)
coMET (0)
COMPASS (0)
compcodeR (0)
CompGO (0)
ComplexHeatmap (0)
CONFESSdata (19)
ConnectivityMap (26)
ConsensusClusterPlus (0)
conumee (0)
convert (0)
copa (0)
COPDSexualDimorphism.data (63)
CopyhelpeR (65)
CopyNeutralIMA (21)
copynumber (0)
CopyNumber450k (0)
CopyNumber450kData (1)
CopywriteR (0)
CoRegNet (0)
Cormotif (0)
CorMut (0)
coRNAi (0)
CORREP (0)
COSMIC.67 (50)
cosmiq (0)
COSNet (0)
cpvSNP (0)
cqn (0)
CRCL18 (16)
CRImage (0)
crlmm (0)
csaw (0)
CSSP (0)
ctc (0)
cummeRbund (0)
curatedAdipoArray (15)
curatedAdipoChIP (17)
curatedAdipoRNA (18)
curatedBladderData (27)
curatedBreastData (31)
curatedCRCData (23)
curatedMetagenomicData (225)
curatedOvarianData (65)
curatedTBData (2)
curatedTCGAData (227)
customProDB (0)
cycle (0)
cytofkit (0)

D

dagLogo (0)
daMA (0)
DAPAR (0)
DAPARdata (68)
DART (0)
DASiR (0)
DAVIDQuery (0)
davidTiling (20)
DBChIP (0)
ddCt (0)
ddgraph (0)
DECIPHER (0)
DeconRNASeq (0)
DEDS (0)
deepSNV (0)
DEGraph (0)
DEGseq (0)
depmap (102)
derfinderData (41)
DESeq (0)
DESeq2 (0)
DeSousa2013 (18)
destiny (0)
DExMAdata (17)
dexus (0)
DFP (0)
DiffBind (0)
diffGeneAnalysis (0)
diffHic (0)
DiffLogo (0)
diffloopdata (28)
diggit (0)
diggitdata (23)
DirichletMultinomial (0)
dks (0)
DLBCL (81)
DmelSGI (18)
DMRcaller (0)
DMRcatedata (252)
DMRforPairs (0)
DNABarcodes (0)
DNAcopy (0)
domainsignatures (0)
DonaPLLP2013 (14)
DOQTL (0)
dorothea (294)
DREAM4 (22)
dressCheck (16)
DriverNet (0)
DropletTestFiles (80)
DrugVsDisease (0)
DrugVsDiseasedata (50)
dsQTL (10)
DSS (0)
DTA (0)
dualKS (0)
DuoClustering2018 (45)
DupChecker (0)
DvDdata (15)
dyebias (0)
dyebiasexamples (22)
DynDoc (0)

E

easierData (5)
EasyqpcR (0)
EatonEtAlChIPseq (18)
eatonetalchipseq (0)
EBarrays (0)
EBcoexpress (0)
EBImage (0)
EBSeq (0)
EBSeqHMM (0)
ecoliLeucine (30)
ecolitk (0)
EDASeq (0)
EDDA (0)
edge (0)
edgeR (0)
EGSEAdata (170)
eisa (0)
ELBOW (0)
ELMER (0)
ELMER.data (230)
EMDomics (0)
emtdata (17)
ENCODEFig4Band4D (0)
encoDnaseI (1)
encodnasei (0)
EnrichedHeatmap (0)
ensemblVEP (0)
ENVISIONQuery (0)
epigenomix (0)
erccdashboard (0)
erma (0)
ESNSTCC (0)
estrogen (80)
etec16s (22)
eudysbiome (0)
ewceData (46)
ExiMiR (0)
exomeCopy (0)
explorase (0)
ExpressionView (0)

F

faahKO (275)
fabia (0)
fabiaData (17)
facopy.annot (3)
facsDorit (10)
factDesign (0)
FANTOM3and4CAGE (30)
farms (0)
fastseg (0)
fCI (0)
fdrame (0)
FEM (0)
ffpe (0)
ffpeExampleData (19)
FGNet (0)
fibroEset (46)
FieldEffectCrc (18)
FindMyFriends (0)
FIs (67)
FISHalyseR (0)
fission (303)
flagme (0)
Fletcher2013a (33)
Fletcher2013b (31)
flipflop (0)
flowBeads (0)
flowBin (0)
flowcatchR (0)
flowCHIC (0)
flowCL (0)
flowClean (0)
flowClust (0)
flowCore (0)
flowCyBar (0)
flowDensity (0)
flowFit (0)
flowFitExampleData (9)
flowFP (0)
flowMap (0)
flowMatch (0)
flowMeans (0)
flowMerge (0)
flowPeaks (0)
flowPloidyData (22)
flowPlots (0)
flowQB (0)
flowQBData (2)
FlowRepositoryR (0)
FlowSOM (0)
FlowSorted.Blood.450k (229)
FlowSorted.Blood.EPIC (140)
FlowSorted.CordBlood.450k (39)
FlowSorted.CordBloodCombined.450k (53)
FlowSorted.CordBloodNorway.450k (27)
FlowSorted.DLPFC.450k (32)
flowStats (0)
flowTrans (0)
flowType (0)
flowUtils (0)
flowViz (0)
flowVS (0)
flowWorkspace (0)
flowWorkspaceData (102)
fmcsR (0)
focalCall (0)
FourCSeq (0)
FRGEpistasis (0)
frma (0)
frmaExampleData (23)
frmaTools (0)
fucci (0)
FunciSNP (0)
FunciSNP.data (6)
furrowSeg (15)

G

gaga (0)
gage (0)
gageData (293)
gaggle (0)
gaia (0)
gaschYHS (16)
gatingMLData (22)
gaucho (0)
gcatest (0)
gCMAP (0)
gCMAPWeb (0)
gcrma (0)
gcspikelite (58)
gdsfmt (0)
geecc (0)
genArise (0)
GENE.E (0)
GeneAnswers (0)
GeneBreak (0)
GeneExpressionSignature (0)
genefilter (0)
genefu (0)
geneLenDataBase (1357)
GeneMeta (0)
GeneNetworkBuilder (0)
GeneOverlap (0)
geneplotter (0)
geneRecommender (0)
GeneRegionScan (0)
geneRxCluster (0)
GeneSelectMMD (0)
GeneSelector (0)
GENESIS (0)
geNetClassifier (0)
GeneticsDesign (0)
GeneticsPed (0)
genoCN (0)
genomationData (50)
GenomeGraphs (0)
genomeIntervals (0)
GenomicAlignments (0)
GenomicDistributionsData (14)
GenomicFeatures (0)
GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (0)
GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (0)
GenomicRanges (0)
GenomicTuples (0)
Genominator (0)
genoset (0)
genotypeeval (0)
GenoView (0)
GEOmetadb (0)
GEOquery (0)
GEOsubmission (0)
gespeR (0)
GeuvadisTranscriptExpr (38)
geuvPack (12)
geuvStore (1)
geuvStore2 (13)
GEWIST (0)
GGBase (0)
ggbio (0)
GGdata (17)
ggtut (1)
GIGSEAdata (15)
globaltest (0)
GOFunction (0)
golubEsets (243)
GOSemSim (0)
goseq (0)
GOstats (0)
gpaExample (18)
graph (0)
graphite (0)
grndata (38)
GSBenchMark (19)
GSE103322 (4)
GSE13015 (14)
GSE159526 (2)
GSE62944 (37)
GSEABase (0)
gskb (58)
GSVAdata (437)
gsvadata (0)
Gviz (0)
GWASdata (49)
GWASTools (0)

H

h5vcData (71)
hapmap100khind (14)
hapmap100kxba (29)
hapmap500knsp (14)
hapmap500ksty (13)
hapmapsnp5 (25)
hapmapsnp6 (33)
harbChIP (20)
HarmanData (26)
HarmonizedTCGAData (21)
HCAData (57)
HD2013SGI (21)
HDCytoData (129)
healthyFlowData (20)
HEEBOdata (20)
HelloRangesData (32)
hgu133abarcodevecs (15)
hgu133afrmavecs (0)
hgu133plus2barcodevecs (15)
hgu133plus2CellScore (21)
hgu133plus2frmavecs (0)
hgu2beta7 (13)
HiCDataHumanIMR90 (29)
HiCDataLymphoblast (22)
HighlyReplicatedRNASeq (16)
Hiiragi2013 (96)
HIVcDNAvantWout03 (16)
HMP16SData (47)
HMP2Data (28)
hmyriB36 (8)
HSMMSingleCell (2042)
HumanAffyData (20)
humanStemCell (90)

I

IHW (1)
IHWpaper (19)
Illumina450ProbeVariants.db (479)
IlluminaDataTestFiles (48)
IlluminaHumanMethylation450kmanifest (0)
illuminaio (0)
imcdatasets (13)
impute (0)
ind1KG (1)
intansv (0)
interactiveDisplayBase (0)
iontreeData (1)
IRanges (0)
ITALICSData (41)
Iyer517 (16)

J

JASPAR2014 (40)
JASPAR2016 (107)
JctSeqData (13)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (47)
KEGGdzPathwaysGEO (205)
KEGGgraph (0)
keggorthology (0)
KEGGprofile (0)
KEGGREST (0)
kidpack (17)
KOdata (52)

L

leeBamViews (53)
leukemiasEset (130)
LiebermanAidenHiC2009 (21)
limma (0)
ListerEtAlBSseq (16)
LRcellTypeMarkers (12)
lumi (0)
lumiBarnes (25)
LungCancerACvsSCCGEO (43)
LungCancerLines (25)
lungExpression (36)
lydata (27)
lymphoma (0)

M

M3DExampleData (32)
macrophage (123)
MACSdata (11)
MafDb.ALL.wgs.phase1.release.v3.20101123 (0)
MafDb.ESP6500SI.V2.SSA137.dbSNP138 (0)
MAIT (0)
makecdfenv (0)
mammaPrintData (17)
mAPKLData (21)
maqcExpression4plex (33)
MAQCsubset (20)
MAQCsubsetAFX (16)
MAQCsubsetILM (16)
marray (0)
mCSEAdata (53)
mcsurvdata (17)
MEALData (1)
MEDIPSData (34)
MEEBOdata (18)
Metab (0)
MetaGxBreast (29)
MetaGxOvarian (25)
MetaGxPancreas (22)
metaMS (0)
metaMSdata (29)
methyAnalysis (0)
MethylAidData (24)
methylclockData (18)
MethylMix (0)
MethylSeqData (15)
methylumi (0)
methyvimData (8)
Mfuzz (0)
microbiomeDataSets (46)
microRNAome (19)
MIGSAdata (21)
minet (0)
minfi (0)
minfiData (325)
minfiDataEPIC (54)
minionSummaryData (26)
miRcompData (40)
miRNATarget (21)
mitoODEdata (10)
MMAPPR2data (20)
MMDiffBamSubset (19)
MOFAdata (62)
mosaicsExample (64)
mouse4302barcodevecs (14)
mouse4302frmavecs (0)
MouseGastrulationData (108)
MouseThymusAgeing (9)
MSBdata (1)
msd16s (30)
msdata (372)
msigdb (66)
MSMB (63)
MSnbase (0)
msPurityData (34)
msqc1 (16)
MSstatsBioData (24)
MSstatsQC (0)
mtbls2 (32)
MTseekerData (3)
MUGAExampleData (15)
Mulder2012 (3)
multtest (0)
muscData (77)
mvoutData (19)
mygene (0)
mzID (0)
mzR (0)

N

NanoporeRNASeq (34)
nanotubes (22)
ncdfFlow (0)
NCIgraphData (15)
NestLink (16)
netDx.examples (2)
Neve2006 (15)
neve2006 (0)
NGScopyData (36)
NOISeq (0)
nullrangesData (3)
NxtIRFdata (4)

O

ObMiTi (8)
oct4 (15)
oligo (0)
oligoClasses (0)
OmicCircos (0)
OMICsPCAdata (37)
OnassisJavaLibs (38)
oneChannelGUI (0)
optimalFlowData (37)
OrderedList (0)
OrganismDbi (0)

P

PAA (0)
parathyroid (0)
parathyroidSE (253)
pasilla (985)
pasillaBamSubset (212)
PasillaTranscriptExpr (43)
pathifier (0)
PathNetData (22)
pathprintGEOData (8)
pcaGoPromoter.Hs.hg19 (16)
pcaGoPromoter.Mm.mm9 (14)
pcaGoPromoter.Rn.rn4 (11)
pcaMethods (0)
PCHiCdata (28)
pcxnData (40)
pd.atdschip.tiling (16)
pepDat (22)
PepsNMRData (26)
PGPC (1)
PGSEA (0)
phastCons100way.UCSC.hg19 (0)
PhyloProfileData (15)
phyloseq (0)
plasFIA (19)
plier (0)
plotgardenerData (8)
polyester (0)
ppiData (41)
prebsdata (20)
preciseTADhub (11)
PREDAsampledata (47)
preprocessCore (0)
ProData (21)
pRolocdata (198)
prostateCancerCamcap (18)
prostateCancerGrasso (17)
prostateCancerStockholm (16)
prostateCancerTaylor (14)
prostateCancerVarambally (14)
ProtGenerics (0)
ptairData (12)
PtH2O2lipids (23)
pumadata (21)
PWMEnrich.Dmelanogaster.background (25)
PWMEnrich.Hsapiens.background (32)
PWMEnrich.Mmusculus.background (25)
pwrEWAS.data (46)

Q

QDNAseq.hg19 (97)
QDNAseq.mm10 (53)
qPLEXdata (19)
quantsmooth (0)
QUBICdata (35)
qvalue (0)

R

RamiGO (0)
RankProd (0)
RBGL (0)
rcellminerData (49)
RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (35)
RDAVIDWebService (0)
ReactomeGSA.data (62)
RegParallel (60)
ReportingTools (0)
restfulSEData (21)
rfcdmin (0)
RforProteomics (164)
RGMQLlib (39)
Rgraphviz (0)
rhdf5 (0)
rheumaticConditionWOLLBOLD (15)
RIPSeekerData (8)
RITANdata (48)
RLHub (3)
RMassBankData (26)
RNAinteractMAPK (16)
rnainteractmapk (0)
RNAmodR.Data (38)
RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (0)
RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (215)
RNASeqDataSubset (0)
RNASeqRData (24)
RnaSeqSampleSizeData (84)
RnaSeqTutorial (1)
RnBeads (0)
RnBeads.hg19 (170)
RnBeads.hg38 (137)
RnBeads.mm10 (124)
RnBeads.mm9 (96)
RnBeads.rn5 (14)
ROC (0)
Rqc (0)
RRBSdata (15)
rRDPData (20)
Rsamtools (0)
rsbml (0)
RTCGA.clinical (295)
RTCGA.CNV (44)
RTCGA.methylation (45)
RTCGA.miRNASeq (84)
RTCGA.mRNA (169)
RTCGA.mutations (84)
RTCGA.PANCAN12 (34)
RTCGA.rnaseq (157)
RTCGA.RPPA (39)
RTCGAToolbox (0)
rtracklayer (0)
RUVnormalizeData (49)

S

S4Vectors (1)
sampleClassifierData (21)
SBGNview.data (53)
scanMiRData (6)
scATAC.Explorer (2)
SCATE (0)
SCATEData (30)
SCLCBam (23)
scpdata (18)
scRNAseq (1070)
scTHI.data (19)
seq2pathway (0)
seq2pathway.data (47)
seqc (23)
seqCNA.annot (54)
seqLogo (0)
serumStimulation (14)
sesameData (328)
seventyGeneData (17)
shinyMethylData (24)
ShortRead (0)
siggenes (0)
signatureSearchData (48)
sigPathway (0)
SimBenchData (11)
simpIntLists (51)
simpleaffy (0)
Single.mTEC.Transcriptomes (16)
SingleCellMultiModal (30)
SingleMoleculeFootprintingData (11)
SNAData (17)
snadata (0)
SNAGEEdata (42)
SNPhoodData (20)
SNPRelate (0)
snpStats (0)
SomatiCAData (14)
SomaticCancerAlterations (48)
spade (0)
spatialDmelxsim (3)
spatialLIBD (84)
SPIA (0)
SpikeIn (26)
SpikeInSubset (84)
spliceR (0)
spqnData (18)
stemHypoxia (50)
STexampleData (26)
stjudem (19)
SummarizedExperiment (0)
supraHex (0)
survcomp (0)
sva (0)
SVM2CRMdata (17)
synapterdata (58)
systemPipeRdata (243)

T

TabulaMurisData (24)
TabulaMurisSenisData (3)
TargetScoreData (21)
TargetSearchData (20)
tartare (36)
TBX20BamSubset (47)
TCGAbiolinksGUI.data (1697)
TCGAcrcmiRNA (14)
TCGAcrcmRNA (16)
TCGAMethylation450k (29)
tcgaWGBSData.hg19 (16)
TCGAWorkflowData (115)
TENxBrainData (70)
TENxBUSData (28)
TENxPBMCData (325)
TENxVisiumData (17)
TFBSTools (0)
timecoursedata (25)
TimerQuant (15)
tinesath1cdf (15)
tinesath1probe (13)
tissueTreg (24)
TitanCNA (0)
tkWidgets (0)
TMExplorer (21)
tofsimsData (21)
topdownrdata (19)
topGO (0)
Trendy (0)
TSSi (0)
tuberculosis (2)
tweeDEseqCountData (116)
twilight (0)
tximportData (649)

V

VariantAnnotation (0)
VariantToolsData (15)
vsn (0)
vulcandata (18)

W

wateRmelon (0)
waveTilingData (8)
weaver (0)
WES.1KG.WUGSC (51)
WGSmapp (27)
widgetTools (0)

X

xcms (0)
XhybCasneuf (16)
XVector (1)

Y

yeastCC (57)
yeastExpData (80)
yeastGSData (13)
yeastNagalakshmi (38)
yeastRNASeq (52)
yri1kgv (13)
yriMulti (7)

Z

zebrafishRNASeq (138)
zlibbioc (1)