See download stats for:     Bioconductor software packages     Bioconductor annotation packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor experiment packages

Data as of Sun. 05 Jul 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 15

1 TCGAbiolinksGUI.data (5584) 6 geneLenDataBase (2161) 11 tximportData (1214)
2 celldex (5282) 7 scRNAseq (2021) 12 affydata (1036)
3 ALL (3845) 8 bcellViper (1600) 13 RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1025)
4 HSMMSingleCell (3580) 9 dorothea (1554) 14 sesameData (1007)
5 airway (2464) 10 pasilla (1231) 15 msdata (976)

All experiment packages

All experiment package stats in one file:  experiment_pkg_stats.tab

All experiment download scores in one file:  experiment_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor experiment repository (all packages combined)

A

ABAData (62)

adductData (117)

affycompData (156)

affydata (1036)

Affyhgu133A2Expr (157)

Affyhgu133aExpr (136)

Affyhgu133Plus2Expr (130)

AffymetrixDataTestFiles (249)

Affymoe4302Expr (137)

Affymoe430Expr (0)

airway (2464)

ALL (3845)

allenpvc (8)

ALLMLL (409)

alpineData (53)

AmpAffyExample (224)

AneuFinderData (137)

antiProfilesData (198)

aracne.networks (154)

ARRmData (147)

AshkenazimSonChr21 (131)

ASICSdata (131)

AssessORFData (116)

AWAggregatorData (70)

B

bcellViper (1600)

beadarrayExampleData (152)

BeadArrayUseCases (149)

BeadSorted.Saliva.EPIC (108)

benchmarkfdrData2019 (31)

beta7 (221)

BioImageDbs (126)

BioPlex (101)

biotmleData (132)

biscuiteerData (124)

bladderbatch (758)

blimaTestingData (134)

BloodCancerMultiOmics2017 (147)

bodymapRat (134)

brainImageRdata (12)

breakpointRdata (174)

breastCancerMAINZ (285)

breastCancerNKI (282)

breastCancerTRANSBIG (252)

breastCancerUNT (255)

breastCancerUPP (288)

breastCancerVDX (282)

brgedata (144)

bronchialIL13 (180)

bsseqData (234)

bugphyzz (90)

C

cancerdata (168)

CardinalWorkflows (151)

ccdata (151)

CCl4 (304)

ccTutorial (136)

celarefData (101)

celldex (5282)

CellMapperData (114)

CENTREprecomputed (68)

ceu1kg (81)

ceu1kgv (57)

ceuhm3 (83)

cfToolsData (103)

cgdv17 (75)

ChAMPdata (753)

charmData (75)

cheung2010 (88)

ChIC.data (26)

ChimpHumanBrainData (130)

ChIPDBData (64)

chipenrich.data (250)

ChIPexoQualExample (118)

chipseqDBData (151)

ChIPXpressData (150)

chromstaRData (118)

CLAMPData (1)

CLL (338)

CLLmethylation (112)

CluMSIDdata (118)

clustifyrdatahub (109)

cMap2data (151)

cnvGSAdata (158)

COHCAPanno (161)

colonCA (220)

CONFESSdata (129)

ConnectivityMap (153)

COPDSexualDimorphism.data (127)

CopyhelpeR (150)

CopyNeutralIMA (125)

CopyNumber450kData (25)

CoSIAdata (97)

COSMIC.67 (159)

CRCL18 (132)

crisprScoreData (205)

curatedAdipoArray (100)

curatedAdipoChIP (109)

curatedAdipoRNA (131)

curatedBladderData (161)

curatedBreastData (152)

curatedCRCData (82)

curatedMetagenomicData (666)

curatedOvarianData (245)

curatedPCaData (103)

curatedTBData (107)

curatedTCGAData (452)

CytoMethIC (103)

D

DAPARdata (184)

davidTiling (208)

depmap (635)

derfinderData (185)

DeSousa2013 (149)

DExMAdata (132)

diffloopdata (108)

diggitdata (126)

DLBCL (307)

DmelSGI (64)

DMRcatedata (385)

DMRsegaldata (20)

DNAZooData (108)

dominatRData (48)

DonaPLLP2013 (128)

DoReMiTra (64)

dorothea (1554)

DREAM4 (91)

dressCheck (164)

DropletTestFiles (463)

DrugVsDiseasedata (149)

dsQTL (74)

DuoClustering2018 (212)

DvDdata (133)

dyebiasexamples (189)

E

easierData (254)

EatonEtAlChIPseq (154)

ecoliLeucine (232)

EGSEAdata (236)

ELMER.data (278)

emtdata (109)

EMTscoreData (31)

ENCODEFig4Band4D (5)

encoDnaseI (96)

eoPredData (85)

EpiMix.data (107)

epimutacionsData (105)

EpipwR.data (93)

estrogen (268)

etec16s (121)

ewceData (256)

F

faahKO (815)

fabiaData (177)

facopy.annot (31)

facsDorit (102)

FANTOM3and4CAGE (184)

ffpeExampleData (191)

fibroEset (452)

FieldEffectCrc (106)

FIs (146)

fission (261)

Fletcher2013a (158)

Fletcher2013b (155)

flowFitExampleData (50)

flowPloidyData (132)

flowQBData (11)

FlowSorted.Blood.450k (475)

FlowSorted.Blood.EPIC (402)

FlowSorted.CordBlood.450k (144)

FlowSorted.CordBloodCombined.450k (160)

FlowSorted.CordBloodNorway.450k (156)

FlowSorted.DLPFC.450k (146)

flowWorkspaceData (562)

fourDNData (110)

frmaExampleData (176)

FunciSNP.data (67)

furrowSeg (123)

G

gageData (526)

gaschYHS (255)

gatingMLData (109)

gcspikelite (187)

gDNAinRNAseqData (97)

gDRtestData (107)

geneLenDataBase (2161)

genomationData (224)

GenomicDistributionsData (149)

GenomicFeatures.Hsapiens.UCSC.hg18 (7)

GenomicFeatures.Mmusculus.UCSC.mm9 (9)

GeuvadisTranscriptExpr (176)

geuvPack (27)

geuvStore (12)

geuvStore2 (24)

GGdata (129)

ggtut (47)

GIGSEAdata (115)

golubEsets (851)

gpaExample (102)

grndata (138)

GSBenchMark (118)

GSE103322 (118)

GSE13015 (106)

GSE159526 (97)

GSE62944 (156)

gskb (33)

GSVAdata (789)

GWASdata (247)

H

h5vcData (426)

hapmap100khind (178)

hapmap100kxba (295)

hapmap500knsp (171)

hapmap500ksty (167)

hapmapsnp5 (259)

hapmapsnp6 (282)

harbChIP (253)

HarmanData (151)

HarmonizedTCGAData (113)

HCAData (193)

HCATonsilData (128)

HD2013SGI (170)

HDCytoData (304)

healthyControlsPresenceChecker (94)

healthyFlowData (128)

HEEBOdata (227)

HelloRangesData (262)

hgu133abarcodevecs (131)

hgu133plus2barcodevecs (132)

hgu133plus2CellScore (104)

hgu2beta7 (195)

HiBED (93)

HiCDataHumanIMR90 (136)

HiCDataLymphoblast (132)

HiContactsData (131)

HighlyReplicatedRNASeq (110)

Hiiragi2013 (218)

HIVcDNAvantWout03 (170)

HMP16SData (185)

HMP2Data (173)

hmyriB36 (93)

homosapienDEE2CellScore (47)

HSMMSingleCell (3580)

HumanAffyData (121)

humanHippocampus2024 (97)

HumanRetinaLRSData (14)

humanStemCell (628)

I

IHWpaper (151)

Illumina450ProbeVariants.db (624)

IlluminaDataTestFiles (338)

imcdatasets (189)

iModMixData (71)

ind1KG (66)

iontreeData (55)

ITALICSData (178)

Iyer517 (317)

J

JASPAR2014 (318)

JASPAR2016 (345)

JctSeqData (48)

JohnsonKinaseData (87)

K

KEGGandMetacoreDzPathwaysGEO (191)

KEGGdzPathwaysGEO (328)

kidpack (194)

KOdata (120)

L

leeBamViews (267)

LegATo (97)

leukemiasEset (237)

LiebermanAidenHiC2009 (133)

ListerEtAlBSseq (121)

LRcellTypeMarkers (102)

lumiBarnes (297)

LungCancerACvsSCCGEO (128)

LungCancerLines (183)

lungExpression (394)

lydata (113)

lymphoma (5)

M

M3DExampleData (197)

macrophage (432)

MACSdata (98)

mammaPrintData (143)

mAPKLData (61)

maqcExpression4plex (309)

MAQCsubset (220)

MAQCsubsetAFX (93)

MAQCsubsetILM (113)

marinerData (94)

mCSEAdata (160)

mcsurvdata (111)

MEALData (13)

MEDIPSData (171)

MEEBOdata (216)

MerfishData (115)

MetaGxBreast (129)

MetaGxOvarian (64)

MetaGxPancreas (119)

metaMSdata (148)

MetaScope (112)

MethylAidData (125)

methylclockData (307)

MethylSeqData (111)

methyvimData (20)

MicrobiomeBenchmarkData (102)

microbiomeDataSets (284)

microRNAome (125)

MIGSAdata (30)

minfiData (639)

minfiDataEPIC (292)

minionSummaryData (138)

miRcompData (130)

miRNATarget (166)

mitoODEdata (37)

MMAPPR2data (28)

MMDiffBamSubset (143)

MOFAdata (289)

mosaicsExample (165)

mouse4302barcodevecs (124)

MouseAgingData (90)

MouseGastrulationData (319)

MouseThymusAgeing (149)

MSBdata (27)

msd16s (162)

msdata (976)

msigdb (780)

MSMB (139)

msPurityData (126)

msqc1 (140)

MSstatsBioData (19)

mtbls2 (171)

MTseekerData (11)

MUGAExampleData (113)

Mulder2012 (64)

muleaData (85)

multiWGCNAdata (90)

muscData (515)

muSpaData (96)

MutSeqRData (36)

mvoutData (209)

N

NanoporeRNASeq (149)

nanotubes (115)

NCIgraphData (162)

NestLink (131)

NetActivityData (106)

netDx.examples (1)

Neve2006 (209)

NGScopyData (119)

nmrdata (56)

nullrangesData (124)

NxtIRFdata (157)

O

ObMiTi (97)

oct4 (107)

octad.db (104)

OMICsPCAdata (133)

OnassisJavaLibs (108)

optimalFlowData (105)

orthosData (103)

P

parathyroid (29)

parathyroidSE (361)

pasilla (1231)

pasillaBamSubset (858)

PasillaTranscriptExpr (163)

PathNetData (154)

pathprintGEOData (15)

pcaGoPromoter.Hs.hg19 (42)

pcaGoPromoter.Mm.mm9 (42)

pcaGoPromoter.Rn.rn4 (49)

PCHiCdata (128)

pcxnData (27)

pd.atdschip.tiling (177)

pepDat (171)

PepsNMRData (112)

PGPC (13)

PhyloProfileData (102)

plasFIA (20)

plotgardenerData (144)

ppiData (170)

prebsdata (145)

preciseTADhub (95)

PREDAsampledata (179)

ProData (214)

pRolocdata (591)

prostateCancerCamcap (111)

prostateCancerGrasso (110)

prostateCancerStockholm (105)

prostateCancerTaylor (110)

prostateCancerVarambally (117)

ProteinGymR (91)

ptairData (119)

PtH2O2lipids (115)

pumadata (219)

PWMEnrich.Dmelanogaster.background (155)

PWMEnrich.Hsapiens.background (159)

PWMEnrich.Mmusculus.background (140)

pwrEWAS.data (21)

Q

QDNAseq.hg19 (263)

QDNAseq.mm10 (179)

qPLEXdata (67)

QUBICdata (130)

R

raerdata (95)

rcellminerData (198)

RcisTarget.hg19.motifDBs.cisbpOnly.500bp (154)

ReactomeGSA.data (133)

RegParallel (151)

restfulSEData (32)

rfcdmin (46)

RforProteomics (287)

RGMQLlib (101)

rheumaticConditionWOLLBOLD (140)

RIPSeekerData (54)

RITANdata (131)

RLHub (51)

RMassBankData (163)

RNAinteractMAPK (103)

RNAmodR.Data (120)

RNAseqData.HeLa.bam.chr14 (12)

RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 (1025)

RNASeqDataSubset (4)

RNASeqRData (14)

RnaSeqSampleSizeData (209)

RnaSeqTutorial (59)

RnBeads.hg19 (246)

RnBeads.hg38 (193)

RnBeads.mm10 (159)

RnBeads.mm9 (191)

RnBeads.rn5 (129)

RRBSdata (120)

rRDPData (101)

RTCGA.clinical (456)

RTCGA.CNV (303)

RTCGA.methylation (305)

RTCGA.miRNASeq (324)

RTCGA.mRNA (369)

RTCGA.mutations (309)

RTCGA.PANCAN12 (296)

RTCGA.rnaseq (360)

RTCGA.RPPA (308)

RUVnormalizeData (188)

S

sampleClassifierData (110)

SBGNview.data (184)

scaeData (90)

scanMiRData (114)

scATAC.Explorer (102)

SCATEData (20)

SCLCBam (139)

scMultiome (114)

scpdata (185)

scRNAseq (2021)

scTHI.data (96)

seq2pathway.data (123)

seqc (134)

seqCNA.annot (44)

serumStimulation (144)

sesameData (1007)

seventyGeneData (150)

SFEData (155)

shinyMethylData (122)

signatureSearchData (170)

SimBenchData (100)

simpIntLists (163)

Single.mTEC.Transcriptomes (135)

SingleCellMultiModal (191)

SingleMoleculeFootprintingData (91)

smokingMouse (96)

SNAData (189)

SNAGEEdata (163)

SNPhoodData (118)

SomatiCAData (123)

SomaticCancerAlterations (172)

SpatialDatasets (112)

spatialDmelxsim (95)

spatialLIBD (445)

SpikeIn (224)

SpikeInSubset (357)

spqnData (103)

stemHypoxia (157)

STexampleData (345)

stjudem (108)

SubcellularSpatialData (96)

SVM2CRMdata (109)

synapterdata (77)

systemPipeRdata (310)

T

TabulaMurisData (159)

TabulaMurisSenisData (177)

TargetScoreData (134)

TargetSearchData (153)

tartare (133)

TBX20BamSubset (153)

TCGAbiolinksGUI.data (5584)

TCGAcrcmiRNA (122)

TCGAcrcmRNA (123)

TCGAMethylation450k (155)

tcgaWGBSData.hg19 (13)

TCGAWorkflowData (133)

TENET.ExperimentHub (83)

TENxBrainData (488)

TENxBUSData (112)

TENxPBMCData (865)

TENxVisiumData (188)

TENxXeniumData (93)

timecoursedata (112)

TimerQuant (73)

tinesath1cdf (168)

tinesath1probe (190)

tissueTreg (168)

TMExplorer (109)

tofsimsData (105)

topdownrdata (109)

TransOmicsData (87)

tuberculosis (100)

TumourMethData (87)

tweeDEseqCountData (247)

tximportData (1214)

V

VariantToolsData (124)

VectraPolarisData (98)

vulcandata (109)

W

waveTilingData (44)

WeberDivechaLCdata (100)

WES.1KG.WUGSC (124)

WGSmapp (118)

X

xcoredata (103)

XhybCasneuf (206)

Y

yeastCC (259)

yeastExpData (263)

yeastGSData (184)

yeastNagalakshmi (470)

yeastRNASeq (272)

yri1kgv (54)

yriMulti (45)

Z

zebrafishRNASeq (557)