See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Sun. 05 Jul 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (72199) 26 edgeR (28503) 51 preprocessCore (17192)
2 BiocGenerics (70429) 27 fgsea (28393) 52 assorthead (17191)
3 S4Vectors (67471) 28 enrichplot (27830) 53 BiocSingular (16378)
4 IRanges (64398) 29 Rhdf5lib (27250) 54 ScaledMatrix (15557)
5 XVector (60070) 30 clusterProfiler (26799) 55 AnnotationHub (14309)
6 Biobase (60057) 31 Rhtslib (26476) 56 genefilter (14263)
7 BiocParallel (60014) 32 rhdf5 (26199) 57 BiocNeighbors (14051)
8 SparseArray (56040) 33 DOSE (26161) 58 BSgenome (13854)
9 Biostrings (54515) 34 qvalue (25412) 59 GEOquery (13796)
10 GenomicRanges (53269) 35 GenomicAlignments (25334) 60 multtest (13309)
11 DelayedArray (52695) 36 GOSemSim (24754) 61 impute (13179)
12 SummarizedExperiment (49732) 37 rhdf5filters (24543) 62 ProtGenerics (12784)
13 S4Arrays (49641) 38 biomaRt (24179) 63 h5mread (12632)
14 MatrixGenerics (49337) 39 rtracklayer (24092) 64 BiocBaseUtils (12616)
15 GenomeInfoDb (46893) 40 graph (24071) 65 AnnotationFilter (12493)
16 AnnotationDbi (44337) 41 zlibbioc (23170) 66 GSEABase (12108)
17 KEGGREST (43458) 42 ComplexHeatmap (22017) 67 scuttle (11779)
18 limma (41278) 43 BiocIO (21631) 68 cigarillo (10785)
19 Seqinfo (32764) 44 SingleCellExperiment (21620) 69 GSVA (10725)
20 ggtree (32322) 45 annotate (20860) 70 ensembldb (10616)
21 UCSC.utils (31507) 46 beachmat (19988) 71 Rgraphviz (10527)
22 DESeq2 (29936) 47 sparseMatrixStats (19096) 72 RBGL (10165)
23 BiocFileCache (29387) 48 GenomicFeatures (18749) 73 sva (10130)
24 Rsamtools (29371) 49 DelayedMatrixStats (18063) 74 ExperimentHub (9981)
25 treeio (29329) 50 HDF5Array (17989) 75 scater (9799)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (377)

a4Base (442)

a4Classif (348)

a4Core (397)

a4Preproc (515)

a4Reporting (296)

ABAEnrichment (143)

ABarray (430)

abseqR (280)

ABSSeq (421)

acde (363)

ACE (312)

aCGH (621)

ACME (583)

ADaCGH2 (416)

ADAM (282)

ADAMgui (245)

ADAPT (107)

adaptest (43)

adductomicsR (244)

ADImpute (286)

adSplit (470)

adverSCarial (176)

Aerith (65)

AffiXcan (278)

affxparser (2499)

affy (9351)

affycomp (467)

AffyCompatible (206)

affyContam (376)

affycoretools (738)

AffyExpress (188)

affyILM (374)

affyio (9549)

affylmGUI (509)

affyPara (214)

affypdnn (202)

affyPLM (1577)

affyQCReport (170)

AffyRNADegradation (311)

AffyTiling (101)

AGDEX (366)

aggregateBioVar (292)

Agi4x44PreProcess (68)

agilp (275)

AgiMicroRna (469)

AHMassBank (173)

AIMS (731)

airpart (234)

alabaster (191)

alabaster.base (5207)

alabaster.bumpy (184)

alabaster.files (186)

alabaster.mae (198)

alabaster.matrix (4855)

alabaster.ranges (4798)

alabaster.sce (1459)

alabaster.schemas (4686)

alabaster.se (4767)

alabaster.sfe (104)

alabaster.spatial (215)

alabaster.string (199)

alabaster.vcf (190)

ALDEx2 (1777)

alevinQC (294)

AllelicImbalance (429)

AlphaBeta (279)

AlphaMissenseR (215)

alpine (222)

ALPS (37)

AlpsNMR (317)

alsace (113)

altcdfenvs (476)

AMARETTO (312)

AMOUNTAIN (281)

amplican (416)

ampliQueso (108)

AnalysisPageServer (67)

anamiR (58)

anansi (107)

Anaquin (283)

ANCOMBC (2152)

AneuFinder (328)

ANF (282)

anglemania (126)

animalcules (411)

annaffy (611)

AnnBuilder (49)

anndataR (788)

annmap (347)

annoLinker (56)

annotate (20860)

AnnotationDbi (44337)

AnnotationFilter (12493)

AnnotationForge (2386)

AnnotationFuncs (130)

AnnotationHub (14309)

AnnotationHubData (864)

annotationTools (411)

annotatr (943)

anota (356)

anota2seq (387)

antiProfiles (276)

AnVIL (879)

AnVILAz (159)

AnVILBase (648)

AnVILBilling (208)

AnVILGCP (175)

AnVILPublish (203)

AnVILVRS (11)

AnVILWorkflow (164)

APAlyzer (251)

apComplex (446)

apeglm (6105)

APL (232)

applera (27)

appreci8R (315)

aroma.light (2025)

ArrayExpress (694)

ArrayExpressHTS (141)

arrayMagic (108)

arrayMvout (432)

arrayQCplot (17)

arrayQuality (474)

arrayQualityMetrics (750)

ArrayTools (208)

ArrayTV (144)

ARRmNormalization (273)

artMS (333)

ASAFE (219)

ASEB (269)

ASGSCA (285)

ASICS (399)

asmn (22)

ASpediaFI (87)

ASpli (476)

AssessORF (313)

ASSET (351)

ASSIGN (419)

assorthead (17191)

ASURAT (277)

asuri (73)

ATACCoGAPS (57)

atacInferCnv (30)

ATACseqQC (689)

ATACseqTFEA (258)

atena (252)

AtlasRDF (46)

atSNP (325)

attract (461)

AUCell (3842)

augere.core (11)

augere.de (12)

augere.gsea (12)

augere.screen (11)

augere.solo (11)

autonomics (297)

Autotuner (47)

AWAggregator (105)

AWFisher (255)

awst (233)

B

BaalChIP (319)

BAC (176)

bacon (436)

BADER (290)

BadRegionFinder (317)

BAGS (296)

ballgown (1905)

bambu (549)

BamScale (7)

bamsignals (1546)

BANDITS (291)

bandle (259)

Banksy (579)

banocc (219)

barbieQ (153)

barcodetrackR (152)

basecallQC (288)

BaseSpaceR (315)

Basic4Cseq (362)

BASiCS (529)

BASiCStan (190)

BasicSTARRseq (286)

basilisk (4808)

basilisk.utils (3385)

batchCorr (134)

BatChef (24)

batchelor (4987)

BatchQC (378)

BatchSVG (158)

Battlefield (41)

BayesKnockdown (243)

BayesPeak (139)

BayesSpace (715)

bayNorm (312)

baySeq (808)

BBCAnalyzer (363)

BCRANK (512)

bcSeq (239)

BDMMAcorrect (105)

beachmat (19988)

beachmat.hdf5 (308)

beachmat.tiledb (127)

beadarray (967)

beadarraySNP (255)

BeadDataPackR (766)

BeadExplorer (24)

BEARscc (147)

BEAT (426)

BEclear (291)

bedbaser (180)

beer (231)

benchdamic (183)

BenchHub (4)

BERT (163)

betaHMM (172)

betr (126)

betterChromVAR (41)

bettr (179)

BG2 (183)

bgafun (169)

BgeeCall (313)

BgeeDB (351)

BGmix (184)

bgx (305)

BHC (194)

BicARE (425)

BiFET (245)

BiGGR (208)

bigmelon (368)

bigmemoryExtras (95)

bigPint (124)

bim (23)

BindingSiteFinder (281)

bioassayR (365)

Biobase (60057)

biobroom (496)

biobtreeR (200)

Bioc.gff (109)

bioCancer (349)

BioCartaImage (167)

BiocAzul (20)

BiocBaseUtils (12616)

BiocBook (208)

BiocBuildReporter (39)

BiocCaseStudies (213)

BiocCheck (2389)

biocDatasets (13)

BiocDockerManager (66)

BiocFHIR (212)

BiocFileCache (29387)

BiocGenerics (70429)

biocGraph (476)

BiocHail (130)

BiocHubsShiny (199)

BiocInstaller (211)

BiocIO (21631)

BiocMaintainerApp (35)

biocmake (3160)

BiocNeighbors (14051)

BiocOncoTK (182)

BioCor (345)

BiocParallel (60014)

BiocPkgDash (40)

BiocPkgTools (494)

biocroxytest (149)

BiocSet (630)

BiocSingular (16378)

BiocSklearn (281)

BiocStyle (7675)

biocthis (769)

BiocVersion (72199)

biocViews (5337)

BiocWorkflowTools (330)

biodb (372)

biodbChebi (201)

biodbExpasy (55)

biodbHmdb (136)

biodbKegg (83)

biodbLipidmaps (60)

biodbMirbase (44)

biodbNcbi (126)

biodbNci (115)

biodbUniprot (120)

bioDist (522)

BioGA (146)

biomaRt (24179)

BioMedR (19)

biomformat (7218)

BioMM (99)

BioMVCClass (357)

biomvRCNS (364)

BioNAR (230)

BioNERO (411)

BioNet (661)

BioNetStat (118)

BioQC (413)

BioSeqClass (143)

biosigner (328)

Biostrings (54515)

biosvd (108)

BioTIP (265)

biotmle (308)

biovizBase (6266)

BiRewire (350)

birta (133)

birte (89)

biscuiteer (317)

BiSeq (475)

BitSeq (276)

blacksheepr (263)

blase (112)

blima (337)

BLMA (374)

BloodGen3Module (237)

bluster (8565)

bnbc (327)

bnem (255)

BOBaFIT (225)

borealis (228)

BPRMeth (332)

BRAIN (427)

brainflowprobes (102)

brainImageR (20)

BrainSABER (73)

BrainStars (130)

branchpointer (328)

breakpointR (314)

BreastSubtypeR (161)

brendaDb (266)

BREW3R.r (178)

BRGenomics (208)

bridge (206)

BridgeDbR (332)

broadSeq (137)

BrowserViz (363)

BrowserVizDemo (23)

BSgenome (13854)

BSgenomeForge (340)

bsseq (1941)

BubbleTree (265)

BufferedMatrix (300)

BufferedMatrixMethods (302)

bugsigdbr (633)

BulkSignalR (273)

BUMHMM (301)

bumphunter (3083)

BumpyMatrix (838)

BUS (349)

BUScorrect (282)

BUSpaRse (466)

BUSseq (280)

C

CaDrA (168)

CAEN (208)

CAFE (455)

CAGEfightR (472)

cageminer (250)

CAGEr (581)

CALIB (169)

CalibraCurve (107)

calm (190)

CAMERA (909)

CAMTHC (46)

CaMutQC (177)

canceR (334)

cancerclass (606)

CancerInSilico (115)

CancerMutationAnalysis (155)

CancerSubtypes (200)

CAnD (131)

caOmicsV (186)

cardelino (260)

Cardinal (641)

CardinalIO (318)

CARDspa (226)

carnation (46)

CARNIVAL (379)

casper (419)

CATALYST (779)

Category (1754)

categoryCompare (450)

CatsCradle (172)

CausalR (300)

cbaf (292)

CBEA (84)

cBioPortalData (774)

CBN2Path (95)

CBNplot (258)

cbpManager (245)

CCAFE (169)

ccfindR (264)

ccImpute (221)

ccmap (209)

CCPlotR (222)

CCPROMISE (275)

ccrepe (361)

CDI (204)

celaref (331)

celda (1347)

CellaRepertorium (109)

CellBarcode (275)

cellbaseR (341)

CellBench (377)

cellGrowth (128)

cellHTS (190)

cellHTS2 (376)

CelliD (397)

cellity (334)

CellMapper (285)

CellMentor (58)

cellmig (126)

cellmigRation (218)

CellMixS (432)

cellNexus (3)

CellNOptR (473)

cellscape (210)

CellScore (154)

CellTrails (319)

cellTree (213)

cellxgenedp (245)

CEMiTool (402)

censcyt (233)

Cepo (371)

ceRNAnetsim (210)

CeTF (332)

CexoR (403)

CFAssay (226)

cfdnakit (237)

cfDNAPro (300)

cfTools (160)

CGEN (290)

CGHbase (755)

CGHcall (728)

cghMCR (425)

CGHnormaliter (354)

CGHregions (372)

CGRphylo2 (1)

ChAMP (1024)

CHARGE (39)

charm (173)

ChemmineOB (604)

ChemmineR (1237)

CHETAH (299)

chevreulPlot (146)

chevreulProcess (161)

chevreulShiny (146)

ChIC (81)

Chicago (354)

chihaya (264)

chimera (191)

chimeraviz (421)

ChIPanalyser (343)

ChIPComp (326)

chipenrich (442)

ChIPexoQual (348)

ChIPpeakAnno (1360)

ChIPQC (593)

ChIPseeker (3017)

chipseq (965)

ChIPseqR (450)

ChIPSeqSpike (60)

ChIPsim (416)

ChIPXpress (315)

chopsticks (325)

chroGPS (167)

Chromatograms (126)

chromDraw (277)

ChromHeatMap (383)

ChromoViz (57)

chromPlot (370)

ChromSCape (295)

chromstaR (301)

chromswitch (133)

chromVAR (1578)

CHRONOS (303)

cicero (582)

cigarillo (10785)

CIMICE (215)

CINdex (240)

circRNAprofiler (362)

CircSeqAlignTk (198)

cisPath (168)

CiteFuse (297)

CLAMP (1)

ClassifyR (602)

cleanUpdTSeq (451)

CleanUpRNAseq (198)

cleaver (547)

clevRvis (178)

clippda (358)

clipper (514)

cliProfiler (224)

cliqueMS (283)

Clomial (269)

Clonality (172)

ClonalSim (28)

clonotypeR (122)

clst (320)

clstutils (309)

CluMSID (275)

ClustAll (172)

clustComp (277)

clusterExperiment (636)

ClusterFoldSimilarity (179)

ClusterGVis (89)

ClusterJudge (258)

clusterProfiler (26799)

clusterSeq (281)

ClusterSignificance (266)

clusterStab (363)

clustifyr (413)

ClustIRR (181)

clustSIGNAL (155)

CMA (445)

cmapR (728)

cn.farms (419)

cn.mops (609)

CNAnorm (317)

CNEr (2144)

CNORdt (285)

CNORfeeder (367)

CNORfuzzy (350)

CNORode (333)

CNPBayes (105)

CNTools (398)

CNVfilteR (275)

CNVgears (76)

cnvGSA (312)

CNViz (192)

CNVMetrics (229)

CNVPanelizer (350)

CNVRanger (335)

CNVrd2 (377)

CNVtools (97)

cobindR (138)

CoCiteStats (314)

COCOA (359)

codelink (525)

CODEX (427)

coexnet (105)

CoGAPS (494)

cogena (405)

cogeqc (259)

Cogito (228)

coGPS (303)

COHCAP (173)

cola (520)

comapr (192)

combi (248)

coMET (263)

coMethDMR (235)

compartmap (151)

COMPASS (388)

compcodeR (502)

CompensAID (55)

compEpiTools (380)

CompGO (130)

ComplexHeatmap (22017)

CompoundDb (615)

ComPrAn (190)

compSPOT (158)

conclus (59)

concordexR (209)

condcomp (14)

condiments (326)

CONFESS (361)

consensus (243)

ConsensusClusterPlus (3388)

consensusDE (267)

consensusOV (326)

consensusSeekeR (344)

consICA (241)

CONSTANd (220)

contiBAIT (244)

conumee (464)

convert (481)

copa (373)

COPDSexualDimorphism (22)

copynumber (346)

CopyNumber450k (62)

CopyNumberPlots (301)

CopywriteR (215)

Coralysis (181)

coRdon (481)

CoRegFlux (34)

CoRegNet (200)

CoreGx (643)

Cormotif (349)

CorMut (89)

coRNAi (99)

corral (274)

CORREP (180)

coseq (412)

CoSIA (191)

cosmiq (329)

cosmo (92)

cosmoGUI (44)

cosmosR (316)

COSNet (278)

COTAN (249)

CountClust (110)

countsimQC (502)

covEB (274)

CoverageView (370)

covRNA (289)

CPSM (159)

cpvSNP (358)

cqn (576)

CrcBiomeScreen (37)

CRImage (440)

CRISPRball (147)

crisprBase (312)

crisprBowtie (299)

crisprBwa (185)

crisprDesign (314)

crisprScore (336)

CRISPRseek (459)

crisprseekplus (139)

crisprShiny (150)

CrispRVariants (440)

crisprVerse (218)

crisprViz (310)

crlmm (686)

CrossICC (23)

crossmeta (232)

crumblr (153)

crupR (162)

CSAR (419)

csaw (863)

csdR (185)

CSOA (108)

CSSP (128)

CSSQ (275)

ctc (547)

CTdata (207)

CTDquerier (436)

CTexploreR (189)

ctgGEM (49)

cTRAP (313)

ctsGE (297)

CTSV (194)

cummeRbund (486)

CuratedAtlasQueryR (200)

customCMPdb (245)

customProDB (367)

CVE (61)

cyanoFilter (232)

cycle (370)

cydar (382)

cypress (190)

CytoDx (250)

cytofast (45)

cytofkit (83)

CyTOFpower (196)

cytofQC (164)

CytoGLMM (223)

cytoKernel (219)

cytolib (3137)

cytomapper (606)

CytoMDS (187)

cytoMEM (233)

CytoML (932)

CytoPipeline (229)

CytoPipelineGUI (178)

CytoTree (65)

cytoviewer (247)

D

dada2 (3324)

dagLogo (448)

daMA (377)

DAMEfinder (331)

damidBind (72)

DaMiRseq (386)

Damsel (185)

dandelionR (142)

DAPAR (416)

DaparToolshed (11)

dar (193)

DART (360)

DASC (5)

DASiR (71)

dasper (79)

DAVIDQuery (64)

daVis (4)

DBChIP (158)

dcanr (428)

DCATS (188)

dce (166)

dcGSA (227)

DChIPRep (139)

ddCt (422)

ddgraph (93)

ddPCRclust (277)

dearseq (330)

debCAM (201)

debrowser (412)

decemedip (66)

DECIPHER (3888)

deco (119)

DEComplexDisease (111)

decompTumor2Sig (273)

DeconRNASeq (457)

decontam (2260)

decontX (617)

DeconvoBuddies (176)

deconvR (270)

decoupleR (2567)

DEDS (207)

DeeDeeExperiment (126)

DeepBlueR (160)

DeepPINCS (215)

deepSNV (561)

DeepTarget (166)

DEFormats (547)

DegCre (201)

DegNorm (282)

DEGraph (279)

DEGreport (842)

DEGseq (509)

DelayedArray (52695)

DelayedDataFrame (298)

DelayedMatrixStats (18063)

DelayedRandomArray (218)

DelayedTensor (227)

DELocal (177)

deltaCaptureC (222)

deltaGseg (275)

DeMAND (217)

DeMixT (312)

demuxmix (252)

demuxSNP (216)

DenoIST (51)

densvis (781)

DEP (951)

DepecheR (266)

DepInfeR (203)

DeProViR (25)

DEqMS (570)

derfinder (916)

derfinderHelper (765)

derfinderPlot (464)

DEScan2 (351)

DESeq (539)

DESeq2 (29936)

DEsingle (421)

DESpace (273)

destiny (1354)

DEsubs (360)

DEWSeq (315)

DExMA (257)

DEXSeq (2144)

dexus (135)

DFP (365)

DFplyr (173)

DIAlignR (105)

DiffBind (1639)

diffcoexp (282)

diffcyt (638)

DifferentialRegulation (214)

diffGeneAnalysis (276)

diffHic (494)

DiffLogo (299)

diffloop (247)

diffuStats (290)

diffUTR (263)

diggit (287)

Dino (248)

dinoR (182)

dir.expiry (8620)

Director (112)

DirichletMultinomial (5318)

discordant (317)

DiscoRhythm (309)

distinct (343)

dittoSeq (1473)

divergence (221)

dks (251)

DMCFB (268)

DMCHMM (286)

dmGsea (155)

DMRcaller (418)

DMRcate (1328)

DMRforPairs (178)

DMRScan (349)

dmrseq (540)

DNABarcodeCompatibility (200)

DNABarcodes (347)

DNAcopy (4469)

DNAcycP2 (151)

dnaEPICO (11)

DNAfusion (232)

DNaseR (31)

DNAshapeR (456)

DNEA (135)

domainsignatures (100)

dominatR (69)

DominoEffect (272)

dominoSignal (185)

doppelgangR (349)

DOQTL (135)

Doscheda (307)

DOSE (26161)

doseR (302)

DOtools (91)

DOTSeq (62)

doubletrouble (265)

dpeak (84)

drawProteins (337)

dreamlet (366)

DRIMSeq (670)

DriverNet (274)

DropletUtils (3094)

drugfindR (56)

drugTargetInteractions (240)

DrugVsDisease (349)

dSimer (78)

DspikeIn (125)

DSS (1083)

dStruct (217)

DTA (262)

dualKS (194)

Dune (231)

DupChecker (72)

DuplexDiscovereR (159)

dupRadar (347)

dyebias (408)

DynDoc (1944)

E

easier (358)

EasyCellType (239)

easylift (195)

EasyqpcR (126)

easyreporting (248)

easyRNASeq (461)

EBarrays (666)

EBcoexpress (336)

EBImage (3352)

EBSEA (244)

EBSeq (717)

EBSeqHMM (158)

ecolitk (448)

EDASeq (1984)

edd (94)

EDDA (118)

edge (384)

edgeR (28503)

EDIRquery (180)

eds (361)

eegc (155)

EGAD (351)

EGSEA (510)

eiR (334)

eisa (253)

eisaR (370)

ELBOW (123)

ELMER (497)

ELViS (161)

EMDomics (362)

EMMA (3)

EmpiricalBrownsMethod (295)

ENCODExplorer (96)

EnhancedVolcano (7199)

enhancerHomologSearch (248)

EnMCB (253)

ENmix (603)

EnrichDO (183)

EnrichedHeatmap (1356)

EnrichmentBrowser (806)

enrichplot (27830)

enrichTF (122)

enrichViewNet (206)

ensembldb (10616)

ensemblVEP (225)

ENVISIONQuery (94)

epialleleR (273)

EpiCompare (250)

epidecodeR (229)

EpiDISH (1102)

epigenomix (366)

epigraHMM (328)

epihet (72)

EpiMix (250)

epimutacions (269)

epiNEM (336)

EpipwR (140)

epiregulon (189)

epiregulon.extra (186)

epiRomics (30)

epiSeeker (47)

epistack (254)

epistasisGA (196)

EpiTxDb (307)

epivizr (492)

epivizrChart (328)

epivizrData (371)

epivizrServer (301)

epivizrStandalone (344)

erccdashboard (348)

erma (287)

ERSSA (280)

esATAC (336)

escape (649)

escheR (333)

esetVis (332)

eudysbiome (368)

evaluomeR (284)

EventPointer (373)

EWCE (414)

ExCluster (222)

ExiMiR (393)

exomeCopy (454)

exomePeak (178)

exomePeak2 (169)

exonmap (59)

ExperimentHub (9981)

ExperimentHubData (709)

ExperimentSubset (255)

explorase (89)

ExploreModelMatrix (422)

ExpoRiskR (33)

ExpressionAtlas (355)

ExpressionView (146)

exprExternal (21)

externalVector (37)

extraChIPs (302)

F

fabia (431)

facopy (158)

factDesign (401)

factR (180)

faers (264)

FamAgg (320)

famat (275)

farms (236)

fastLiquidAssociation (300)

FastqCleaner (329)

fastRanges (36)

fastreeR (215)

fastseg (1330)

fbat (59)

FCBF (136)

fCCAC (351)

fCI (284)

fcoex (121)

fcScan (299)

fdrame (315)

FEAST (393)

FeatSeekR (174)

fedup (232)

FELLA (410)

FEM (113)

fenr (196)

ffpe (378)

fgga (232)

FGNet (380)

fgsea (28393)

FilterFFPE (274)

findIPs (169)

FindIT2 (283)

FindMyFriends (116)

FinfoMDS (95)

FISHalyseR (255)

fishpond (796)

FitHiC (225)

flagme (324)

FLAMES (280)

flipflop (105)

flowAI (741)

flowBeads (360)

flowBin (322)

flowcatchR (386)

flowCHIC (309)

flowCL (131)

flowClean (430)

flowClust (1501)

flowCore (3560)

flowCut (331)

flowCyBar (239)

flowDensity (554)

flowFit (108)

flowFlowJo (69)

flowFP (539)

flowGate (233)

flowGraph (207)

flowMap (226)

flowMatch (372)

flowMeans (518)

flowMerge (398)

flowPeaks (387)

flowPhyto (66)

flowPloidy (260)

flowPlots (259)

flowQ (155)

flowQB (117)

FlowRepositoryR (109)

FlowSOM (1436)

flowSpecs (304)

flowSpy (42)

flowStats (1117)

flowTime (312)

flowTrans (372)

flowType (162)

flowUtils (263)

flowViz (1657)

flowVS (391)

flowWorkspace (1940)

fmcsR (569)

fmrs (215)

fobitools (242)

focalCall (87)

FoldGO (159)

FourCSeq (172)

fourSynergy (46)

fRagmentomics (45)

fraq (40)

FRASER (395)

frenchFISH (167)

FRGEpistasis (225)

frma (504)

frmaTools (389)

FScanR (56)

FunChIP (164)

FunciSNP (174)

funOmics (139)

funtooNorm (297)

FuseSOM (236)

G

G4SNVHunter (171)

GA4GHclient (287)

GA4GHshiny (279)

gaga (438)

gage (1231)

gaggle (237)

gaia (146)

GAPGOM (73)

GAprediction (222)

garfield (218)

GARS (267)

GateFinder (248)

gatom (231)

gaucho (78)

GBScleanR (203)

gcapc (395)

gcatest (261)

gCMAP (150)

gCMAPWeb (146)

GCPtools (303)

gCrisprTools (373)

gcrma (1655)

GCSConnection (37)

GCSFilesystem (30)

GCSscore (107)

GDCRNATools (453)

gDNAx (211)

gDR (167)

gDRcore (197)

gDRimport (204)

gDRstyle (189)

gDRutils (187)

GDSArray (298)

gdsfmt (2755)

GeDi (207)

geecc (92)

GEM (252)

gemini (219)

gemma.R (263)

genArise (333)

genbankr (295)

GENE.E (49)

gene2pathway (32)

GeneAccord (83)

GeneAnswers (208)

geneAttribution (289)

GeneBreak (337)

geneClassifiers (273)

GeneExpressionSignature (393)

genefilter (14263)

genefu (805)

GeneGA (213)

GeneGeneInteR (186)

GeneGroupAnalysis (21)

GeneMeta (556)

GeneNetworkBuilder (419)

GeneOverlap (1144)

geneplast (350)

geneplotter (4119)

GeneR (73)

geneRecommender (322)

GeneRegionScan (427)

GeneRfold (21)

geneRxCluster (303)

GeneSelectMMD (370)

GeneSelector (140)

GENESIS (744)

GeneSpring (59)

GeneStructureTools (327)

geNetClassifier (391)

GeneticsBase (48)

GeneticsDesign (103)

GeneticsPed (317)

GeneTonic (396)

GeneTraffic (52)

GeneTS (45)

geneXtendeR (350)

GENIE3 (1852)

genoCN (182)

GenoGAM (138)

genomation (1147)

GenomAutomorphism (230)

GenomeBase (17)

GenomeGraphs (169)

GenomeInfoDb (46893)

genomeIntervals (454)

genomes (298)

GenomicAlignments (25334)

GenomicCoordinates (36)

GenomicDataCommons (1283)

GenomicDistributions (306)

GenomicFeatures (18749)

GenomicFiles (1247)

genomicInstability (222)

GenomicInteractionNodes (204)

GenomicInteractions (725)

GenomicOZone (256)

GenomicPlot (235)

GenomicRanges (53269)

GenomicScores (929)

GenomicSuperSignature (289)

GenomicTuples (343)

Genominator (152)

genoset (177)

genotypeeval (144)

GenoView (31)

genphen (146)

GenProSeq (181)

GenRank (49)

GenVisR (545)

GeoDiff (242)

GEOexplorer (150)

GEOfastq (188)

GEOmetadb (561)

geomeTriD (199)

GeomxTools (631)

GEOquery (13796)

GEOsearch (54)

GEOsubmission (312)

GeoTcgaData (244)

gep2pep (238)

gesel (3)

gespeR (209)

getDEE2 (222)

geva (224)

GEWIST (252)

geyser (146)

gff3Plotter (23)

gg4way (203)

GGBase (234)

ggbio (3053)

ggcyto (1436)

ggkegg (565)

ggmanh (275)

ggmsa (847)

GGPA (222)

ggsc (242)

ggseqalign (140)

ggspavis (533)

GGtools (296)

ggtree (32322)

ggtreeDendro (191)

ggtreeExtra (2163)

ggtreeSpace (154)

GIGSEA (226)

ginmappeR (151)

gINTomics (153)

girafe (408)

GISPA (160)

GLAD (561)

GladiaTOX (249)

Glimma (1177)

glmGamPoi (6568)

glmSparseNet (343)

GlobalAncova (1530)

globalSeq (273)

globaltest (2330)

GloScope (193)

glycoTraitR (47)

gmapR (354)

GmicR (253)

gmoviz (306)

GMRP (329)

GNET2 (236)

GNOSIS (191)

GOaGO (34)

goatea (81)

goCluster (19)

GOexpress (453)

GOfan (43)

GOfuncR (440)

GOFunction (173)

GoogleGenomics (84)

GOpro (361)

goProfiles (505)

GOSemSim (24754)

goseq (1759)

GOSim (246)

goSorensen (198)

goSTAG (345)

GOstats (1784)

GOsummaries (189)

GOTHiC (527)

goTools (371)

GPA (201)

gpart (124)

gpls (548)

gprege (135)

gpuMagic (181)

gQTLBase (131)

gQTLstats (141)

GrafGen (184)

gramm4R (28)

GRaNIE (302)

granulator (166)

graper (246)

graph (24071)

GraphAlignment (278)

GraphAT (412)

GraphExperiment (33)

graphite (5620)

GraphPAC (208)

GRENITS (275)

GreyListChIP (1422)

GRmetrics (334)

groHMM (420)

GRridge (142)

GSABenchmark (37)

GSALightning (239)

GSAR (394)

GSCA (313)

gscreend (250)

GSEABase (12108)

GSEABenchmarkeR (343)

GSEAlm (452)

GSEAmining (241)

gsean (278)

GSgalgoR (238)

GSReg (317)

GSRI (379)

GSVA (10725)

gtrellis (425)

GUIDEseq (463)

Guitar (437)

gVenn (128)

Gviz (3841)

GWAS.BAYES (245)

gwascat (947)

GWASTools (952)

gwasurvivr (281)

GWENA (281)

gypsum (4612)

H

h5mread (12632)

h5vc (602)

hammers (36)

hapFabia (344)

Harman (447)

HarmonizR (219)

Harshlight (303)

hca (148)

HCABrowser (53)

HCAExplorer (27)

HCAMatrixBrowser (16)

HCsnip (101)

HDF5Array (17989)

HDTD (230)

hdxmsqc (184)

heatmaps (518)

Heatplus (600)

HelloRanges (483)

HELP (365)

HEM (381)

hermes (322)

HERON (197)

Herper (205)

hexbin (105)

HGC (210)

hiAnnotator (303)

HIBAG (390)

HicAggR (187)

HiCaptuRe (112)

HiCBricks (356)

HiCcompare (584)

HiCDCPlus (278)

HiCDOC (261)

HiCExperiment (291)

HiContacts (304)

HiCool (132)

HiCParser (142)

HiCPotts (117)

hicrep (41)

hicVennDiagram (185)

hierGWAS (301)

hierinf (198)

HilbertCurve (400)

HilbertVis (453)

HilbertVisGUI (174)

HiLDA (301)

hipathia (338)

HIPPO (216)

hiReadsProcessor (236)

HIREewas (269)

HiSpaR (36)

HistoImagePlot (42)

HiTC (529)

hmdbQuery (280)

HMMcopy (602)

HoloFoodR (169)

hoodscanR (243)

hopach (726)

HPAanalyze (396)

hpar (724)

HPAStainR (44)

HPiP (208)

HTqPCR (500)

HTSanalyzeR (156)

HTSeqGenie (99)

htSeqTools (162)

HTSFilter (607)

HuBMAPR (153)

HubPub (679)

HumanTranscriptomeCompendium (137)

hummingbird (234)

HVP (129)

HybridExpress (177)

HybridMTest (334)

hypeR (277)

hyperdraw (389)

hypergraph (449)

I

iASeq (235)

iasva (286)

iBBiG (310)

Ibex (92)

ibh (296)

iBMQ (228)

iCARE (275)

Icens (721)

icetea (303)

iCheck (324)

iChip (357)

iClusterPlus (560)

iCNV (236)

iCOBRA (650)

ideal (456)

IdeoViz (364)

idiogram (469)

IdMappingAnalysis (123)

IdMappingRetrieval (103)

idpr (262)

idr2d (308)

IFAA (188)

iFlow (32)

igblastr (190)

iGC (280)

IgGeneUsage (244)

igvR (363)

igvShiny (247)

IHW (1323)

illuminaio (3415)

ILoReg (262)

ImageArray (36)

imageFeatureTCGA (33)

imageHTS (223)

imageTCGA (140)

imageTCGAutils (40)

IMAS (253)

imcRtools (422)

Imetagene (101)

IMMAN (228)

immApex (463)

immGLIPH (6)

immLynx (28)

immReferent (103)

ImmuneSpaceR (168)

immunoClust (315)

immunogenViewer (134)

immunotation (238)

iModMix (104)

IMPCdata (215)

ImpulseDE (41)

ImpulseDE2 (67)

impute (13179)

INDEED (199)

iNETgrate (183)

infercnv (2008)

infinityFlow (240)

Informeasure (186)

InPAS (460)

INPower (281)

inSilicoDb (112)

inSilicoMerging (65)

INSPEcT (467)

INTACT (178)

InTAD (301)

intansv (382)

interacCircos (181)

InteractionSet (2004)

InteractiveComplexHeatmap (691)

interactiveDisplay (520)

interactiveDisplayBase (2849)

InterCellar (274)

IntEREst (348)

InterMineR (202)

IntOMICS (38)

IntramiRExploreR (254)

inveRsion (114)

IONiseR (485)

iontree (77)

iPAC (242)

iPath (185)

ipdDb (264)

IPO (363)

IPPD (119)

IRanges (64398)

IRISFGM (73)

IrisSpatialFeatures (20)

ISAnalytics (249)

iscream (112)

iSEE (745)

iSEEde (221)

iSEEfier (182)

iSEEhex (248)

iSEEhub (239)

iSEEid (4)

iSEEindex (200)

iSEEpathways (208)

iSEEtree (176)

iSEEu (350)

iSeq (267)

ISLET (210)

islify (151)

iSNetwork (29)

isobar (462)

IsoBayes (183)

IsoCorrectoR (259)

IsoCorrectoRGUI (205)

IsoformSwitchAnalyzeR (702)

IsoGeneGUI (216)

ISoLDE (218)

isomiRs (373)

iSPlot (30)

ITALICS (377)

iterativeBMA (318)

iterativeBMAsurv (257)

iterClust (103)

iteremoval (77)

IVAS (358)

ivygapSE (258)

IWTomics (319)

J

jazzPanda (178)

jmosaics (59)

joda (134)

JunctionSeq (100)

jvecfor (34)

K

karyoploteR (1417)

katdetectr (239)

KBoost (176)

KCsmart (395)

kebabs (465)

KEGGemUP (3)

KEGGgraph (6605)

KEGGlincs (324)

keggorth (30)

keggorthology (534)

KEGGprofile (138)

KEGGREST (43458)

KEGGSOAP (72)

kimod (60)

KinSwingR (261)

kissDE (284)

kmcut (146)

KnowSeq (299)

knowYourCG (175)

koinar (165)

L

LACE (323)

LACHESIS (72)

lapmix (230)

LBE (442)

lcmsPlot (50)

ldblock (329)

LEA (955)

leapR (48)

LedPred (230)

lefser (767)

lemur (213)

les (366)

levi (225)

lfa (413)

Lheuristic (130)

limma (41278)

limmaGUI (418)

limpa (237)

limpca (172)

LimROTS (165)

LINC (71)

LineagePulse (111)

lineagespot (220)

LinkHD (253)

linkSet (96)

Linnorm (478)

LinTInd (209)

lionessR (291)

lipidr (363)

LipidTrend (121)

LiquidAssociation (318)

lisaClust (342)

lmdme (334)

LMGene (213)

lncRna (31)

LOBSTAHS (278)

loci2path (265)

logicFS (383)

logitT (185)

Logolas (64)

lol (85)

LOLA (523)

looking4clusters (103)

LoomExperiment (726)

LowMACA (154)

LPE (392)

LPEadj (175)

lpNet (279)

lpsymphony (1495)

LRBaseDbi (259)

LRcell (237)

LRDE (24)

lumi (1566)

lute (85)

LVSmiRNA (146)

LymphoSeq (323)

M

M3C (775)

M3D (131)

M3Drop (622)

m6Aboost (222)

maanova (246)

Maaslin2 (1192)

maaslin3 (436)

Macarron (158)

macat (299)

maCorrPlot (334)

MACPET (112)

MACSQuantifyR (204)

MACSr (249)

maDB (105)

made4 (645)

MADSEQ (247)

maftools (3131)

MAGAR (238)

MAGeCKFlute (272)

magpie (240)

magrene (201)

MAI (251)

maigesPack (299)

MAIT (302)

makecdfenv (578)

makePlatformDesign (29)

MANOR (371)

manta (167)

MantelCorr (306)

MAPFX (187)

mAPKL (168)

maPredictDSC (294)

mapscape (235)

mariner (212)

markeR (109)

marr (261)

marray (2416)

martini (287)

maser (378)

maSigPro (703)

maskBAD (339)

MassArray (261)

massiR (369)

MassSpecWavelet (2416)

MAST (2874)

mastR (254)

matchBox (268)

matchprobes (60)

MatrixGenerics (49337)

MatrixQCvis (249)

MatrixRider (339)

matter (557)

MaxContrastProjection (52)

MBAmethyl (220)

MBASED (399)

MBCB (298)

MBECS (234)

mbkmeans (863)

mbOmic (32)

mBPCR (383)

MBQN (278)

mbQTL (145)

MBttest (305)

mcaGUI (123)

MCbiclust (348)

MCRestimate (138)

mCSEA (358)

mdgsa (139)

mdp (296)

mdqc (359)

MDSvis (34)

MDTS (245)

MEAL (407)

MeasurementError.cor (263)

MEAT (310)

MEB (274)

MEDIPS (522)

MEDME (366)

megadepth (293)

MEIGOR (318)

Melissa (195)

MeLSI (31)

memes (400)

MergeMaid (212)

Mergeomics (295)

MeSHDbi (504)

meshes (404)

meshr (434)

MeSHSim (30)

MesKit (343)

messina (359)

metaArray (185)

Metab (159)

metabCombiner (261)

metabinR (208)

MetaboAnnotation (383)

MetaboAnnotatoR (31)

MetaboCoreUtils (3467)

MetaboDynamics (164)

metabolomicsWorkbenchR (301)

metabom8 (36)

metabomxtr (302)

MetaboSignal (402)

metaCCA (237)

MetaCyto (278)

MetaDICT (104)

metagene (294)

metagene2 (362)

metagenomeFeatures (101)

metagenomeSeq (2231)

metahdep (299)

metaMS (399)

MetaNeighbor (305)

MetaPhOR (223)

metapod (7107)

metapone (238)

MetaProViz (42)

metaSeq (331)

metaseqR (177)

metaseqR2 (336)

metavizr (130)

MetaVolcanoR (114)

metaX (27)

MetCirc (306)

MethCP (90)

methimpute (310)

methInheritSim (285)

methodical (173)

MethPed (333)

MethReg (298)

methrix (402)

MethTargetedNGS (262)

methVisual (151)

methyAnalysis (187)

MethylAid (406)

methylCC (329)

methylclock (428)

methylGSA (376)

methyLImp2 (178)

methylInheritance (326)

methylKit (1236)

MethylMix (390)

methylMnM (344)

methylPipe (423)

methylscaper (248)

MethylSeekR (514)

methylSig (345)

methylumi (1881)

methyvim (68)

MetID (244)

MetMashR (146)

MetNet (350)

mfa (284)

Mfuzz (1683)

MGFM (343)

MGFR (273)

MGnifyR (190)

mgsa (365)

mia (2163)

miaDash (143)

miaSim (238)

miaTime (146)

miaViz (558)

MiChip (337)

microbiome (2585)

microbiomeDASim (206)

microbiomeExplorer (245)

microbiomeMarker (447)

MicrobiomeProfiler (253)

MicrobiotaProcess (656)

microRNA (905)

microSTASIS (91)

MICSQTL (190)

midasHLA (204)

MIGSA (149)

miloR (1252)

mimager (309)

MIMOSA (182)

mina (202)

MineICA (444)

minet (1043)

minfi (2913)

MinimumDistance (437)

MiPP (387)

miQC (371)

MIRA (329)

MiRaGE (479)

miRBaseConverter (436)

miRcomp (334)

mirIntegrator (330)

MIRit (207)

miRLAB (351)

miRmine (180)

miRNAmeConverter (256)

miRNApath (273)

miRNAtap (391)

miRSM (320)

miRsponge (35)

miRspongeR (293)

Mirsynergy (90)

mirTarRnaSeq (251)

missMethyl (1379)

missRows (254)

mist (141)

mistyR (325)

mitch (322)

mitoClone2 (221)

mitology (177)

mitoODE (90)

mixOmics (4638)

MLInterfaces (924)

mlm4omics (20)

MLP (525)

MLSeq (415)

MMAPPR2 (65)

MMDiff (102)

MMDiff2 (374)

mmgmos (27)

mmnet (65)

MmPalateMiRNA (145)

MMUPHin (350)

mnem (340)

moanin (253)

mobileRNA (189)

MobilityTransformR (56)

MODA (264)

ModCon (185)

Modstrings (351)

MOFA (45)

MOFA2 (1371)

MOGAMUN (228)

mogsa (500)

MoleculeExperiment (205)

MOMA (274)

monaLisa (410)

monocle (3979)

Moonlight2R (207)

MoonlightR (347)

MoPS (90)

mosaics (528)

mosbi (227)

MOSClip (169)

mosdef (415)

MOSim (307)

Motif2Site (225)

motifbreakR (505)

motifcounter (262)

MotifDb (1150)

motifmatchr (1924)

MotifPeeker (148)

motifRG (143)

motifStack (1159)

motifTestR (205)

MotIV (182)

MouseFM (224)

MPAC (145)

MPFE (217)

mpra (368)

MPRAnalyze (281)

MQmetrics (68)

mQTL.NMR (94)

msa (2531)

MSA2dist (250)

MsBackendMassbank (263)

MsBackendMetaboLights (197)

MsBackendMgf (884)

MsBackendMsp (476)

MsBackendRawFileReader (267)

MsBackendSql (251)

MsCoreUtils (4567)

MsDataHub (315)

MSEADbi (16)

MsExperiment (1802)

MsFeatures (2045)

msgbsR (309)

MSGFgui (133)

MSGFplus (115)

msImpute (271)

mslp (150)

msmsEDA (472)

msmsTests (499)

MSnbase (4495)

MSnID (597)

mspms (200)

MSPrep (212)

msPurity (359)

msqrob2 (387)

MsQuality (214)

MSstats (983)

MSstatsBig (192)

MSstatsBioNet (180)

MSstatsConvert (788)

MSstatsLiP (302)

MSstatsLOBD (182)

MSstatsPTM (442)

MSstatsQC (276)

MSstatsQCgui (192)

MSstatsResponse (122)

MSstatsSampleSize (95)

MSstatsShiny (257)

MSstatsTMT (568)

MSstatsTMTPTM (24)

MSTree (8)

MTseeker (35)

MuData (245)

Mulcom (356)

MultiAssayExperiment (8388)

MultiBaC (254)

multiClust (329)

multicrispr (282)

MultiDataSet (2128)

multiGSEA (345)

multiHiCcompare (392)

MultiMed (295)

multiMiR (909)

MultimodalExperiment (211)

multiOmicsViz (138)

MultipleAlignment (5)

MultiRNAflow (198)

multiscan (350)

multiSight (70)

multistateQTL (168)

multiWGCNA (212)

multtest (13309)

mumosa (279)

MungeSumstats (825)

muscat (1097)

muscle (619)

musicatk (302)

MutationalPatterns (689)

mutscan (121)

MutSeqR (65)

MVCClass (342)

mvGST (76)

MWASTools (380)

mygene (633)

myvariant (400)

mzID (4053)

mzR (4728)

N

NADfinder (362)

NanoMethViz (315)

NanoStringDiff (308)

NanoStringNCTools (669)

NanoStringQCPro (170)

nanotatoR (109)

NanoTube (283)

NarrowPeaks (141)

NBAMSeq (253)

NBSplice (103)

ncdfFlow (1806)

ncGTW (232)

NCIgraph (244)

ncRNAtools (246)

ndexr (256)

neaGUI (67)

nearBynding (261)

Nebulosa (1569)

NeighborNet (94)

nem (292)

nempi (235)

NetActivity (213)

netbenchmark (71)

netbiov (174)

netboost (223)

netboxr (67)

netDx (96)

nethet (323)

netOmics (92)

NetPathMiner (309)

netprioR (232)

netReg (50)

netresponse (363)

NetSAM (330)

netSmooth (316)

networkBMA (136)

netZooR (147)

NeuCA (100)

NewWave (258)

NGScopy (83)

ngsReports (313)

nipalsMCIA (216)

nnNorm (357)

nnSVG (318)

NOISeq (815)

nondetects (343)

NoRCE (294)

normalize450K (282)

NormalyzerDE (456)

NormqPCR (426)

normr (412)

notame (129)

notameStats (96)

notameViz (116)

NPARC (271)

npGSEA (386)

NTW (269)

nucleoSim (308)

nucleR (494)

nuCpos (241)

nudge (124)

nullranges (390)

NuPoP (339)

NxtIRFcore (88)

O

OAtools (39)

occugene (265)

OCplus (389)

octad (250)

ODER (62)

odseq (269)

OGRE (228)

OGSA (88)

oligo (3422)

oligoClasses (2560)

OLIN (458)

OLINgui (377)

omada (145)

OmaDB (382)

omicade4 (473)

OmicCircos (421)

omicplotR (233)

omicRexposome (310)

omicsGMF (106)

OmicsLonDA (98)

OmicsMarkeR (93)

OmicsMLRepoR (115)

OMICsPCA (340)

omicsPrint (339)

omicsViewer (249)

Omixer (219)

OmnipathR (1720)

ompBAM (238)

omXplore (207)

Onassis (87)

oncomix (258)

oncoscanR (211)

OncoScore (299)

OncoSimulR (352)

oneChannelGUI (165)

oneSENSE (91)

onlineFDR (196)

ontoCAT (92)

ontoProc (446)

ontoTools (90)

openCyto (1302)

openPrimeR (357)

openPrimeRui (111)

OpenStats (187)

OperaMate (43)

oposSOM (371)

oppar (351)

oppti (119)

optimalFlow (217)

OPWeight (283)

OrderedList (379)

ORFhunteR (245)

ORFik (541)

Organism.dplyr (429)

OrganismDbi (3420)

orthogene (858)

orthos (203)

OSAT (326)

Oscope (372)

OSTA.data (225)

OTUbase (416)

OutlierD (175)

OUTRIDER (485)

OutSplice (206)

OVESEG (265)

P

PAA (400)

packFinder (275)

padma (261)

PADOG (523)

pageRank (208)

PAIRADISE (288)

paircompviz (297)

pairedGSEA (195)

pairkat (224)

pairseqsim (15)

pamr (90)

pandaR (377)

panelcn.mops (361)

PAnnBuilder (106)

PanomiR (233)

panoramic (11)

panp (490)

PANR (330)

PanViz (100)

PanVizGenerator (97)

PAPi (137)

parati (35)

pareg (62)

parglms (335)

parody (386)

partCNV (165)

PAST (308)

Path2PPI (304)

pathifier (304)

pathlinkR (202)

pathMED (106)

PathNet (303)

PathoStat (310)

pathprint (56)

pathRender (386)

pathVar (162)

pathview (5442)

pathwayPCA (310)

PathwaySplice (106)

PatientGeneSets (27)

paxtoolsr (187)

Pbase (129)

pbcmc (63)

pcaExplorer (572)

pcaGoPromoter (111)

pcaMethods (6674)

PCAN (348)

PCAtools (1374)

pcot2 (234)

PCpheno (252)

pcxn (101)

PDATK (265)

pdInfoBuilder (536)

pdmclass (189)

PeacoQC (515)

peakCombiner (102)

peakPantheR (257)

PECA (354)

peco (262)

Pedixplorer (201)

pengls (179)

PepSetTest (154)

PepsNMR (319)

pepStat (380)

pepXMLTab (280)

PERFect (101)

periodicDNA (321)

perturbatr (59)

pfamAnalyzeR (397)

PFP (56)

PGA (197)

pgca (192)

pgen2gds (2)

PGSEA (305)

pgUtils (52)

pgxRpi (156)

phantasus (328)

phantasusLite (179)

PharmacoGx (681)

phemd (143)

phenoDist (104)

PhenoGeneRanker (157)

phenomis (213)

phenopath (450)

phenoTest (485)

PhenStat (246)

philr (512)

PhIPData (259)

phosphonormalizer (230)

PhosR (437)

phylobar (13)

PhyloProfile (331)

phyloseq (7416)

Pi (180)

piano (860)

PICB (163)

pickgene (307)

PICS (351)

Pigengene (338)

PING (315)

PinPath (9)

pint (96)

pipeComp (302)

pipeFrame (303)

PIPETS (165)

Pirat (156)

PIUMA (163)

pkgDepTools (240)

plaid (54)

planet (394)

planttfhunter (192)

plasmut (156)

plateCore (186)

plethy (197)

plgem (497)

plier (470)

PlinkMatrix (33)

PloGO2 (96)

plotgardener (440)

plotGrouper (237)

PLPE (331)

plrs (169)

PLSDAbatch (181)

plw (170)

plyinteractions (218)

plyranges (1477)

plyxp (275)

pmm (218)

pmp (352)

PMScanR (108)

PoDCall (200)

podkat (465)

poem (168)

pogos (281)

polyester (308)

Polyfit (104)

PolySTest (155)

Polytect (143)

POMA (360)

posDemux (42)

POST (59)

PostChicago (3)

postNet (46)

PoTRA (66)

PowerExplorer (46)

powerTCR (482)

POWSC (239)

ppcseq (232)

PPInfer (321)

ppiStats (282)

pqsfinder (487)

prada (221)

pram (296)

prebs (381)

preciseTAD (342)

PrecisionTrialDrawer (65)

PREDA (451)

predictionet (115)

preprocessCore (17192)

primirTSS (306)

PrInCE (251)

Prize (55)

proActiv (355)

proBAMr (342)

proBatch (186)

PROcess (385)

procoil (425)

ProCoNA (105)

proDA (458)

proFIA (128)

profileplyr (384)

profileScoreDist (262)

progeny (1122)

projectR (313)

pRoloc (892)

pRolocGUI (402)

PROMISE (325)

PRONE (182)

PROPER (376)

PROPS (284)

Prostar (313)

prot2D (128)

proteasy (57)

proteinProfiles (228)

ProteoDisco (296)

ProteomicsAnnotationHubData (106)

ProteoMM (302)

proteoQC (96)

protGear (246)

ProtGenerics (12784)

PSEA (192)

psichomics (370)

PSICQUIC (162)

PSMatch (3361)

psygenet2r (196)

ptairMS (291)

PTMods (352)

PubScore (60)

pulsedSilac (60)

puma (503)

PureCN (558)

pvac (345)

pvca (575)

Pviz (356)

pwalign (8592)

PWMEnrich (605)

pwOmics (285)

pwrEWAS (74)

Q

qckitfastq (131)

qcmetrics (451)

QDNAseq (743)

QFeatures (3940)

qmtools (232)

qpcrNorm (356)

qpgraph (683)

qPLEXanalyzer (306)

qrqc (221)

QRscore (147)

qsea (379)

qsmooth (327)

QSutils (313)

qsvaR (225)

QTLExperiment (186)

Qtlizer (243)

QUALIFIER (150)

quantiseqr (1118)

quantro (584)

quantsmooth (855)

QuartPAC (175)

QuasR (829)

QuaternaryProd (230)

QUBIC (318)

queeems (27)

qusage (666)

qvalue (25412)

R

R3CPET (365)

r3Cseq (454)

R453Plus1Toolbox (392)

R4RNA (962)

RadioGx (292)

raer (242)

RaggedExperiment (1256)

RAIDS (177)

rain (396)

rama (217)

RamiGO (82)

ramr (252)

ramwas (382)

RandomWalkRestartMH (127)

randPack (319)

randRotation (193)

RankMap (33)

RankProd (626)

RAREsim (178)

RareVariantVis (376)

Rariant (188)

Rarr (540)

rawDiag (168)

rawrr (339)

RbcBook1 (596)

Rbec (161)

RBedMethyl (45)

RBGL (10165)

RBioFormats (442)

RBioinf (284)

rBiopaxParser (786)

rBLAST (273)

RBM (295)

Rbowtie (680)

Rbowtie2 (509)

RbowtieCuda (86)

rbsurv (347)

Rbwa (168)

Rcade (281)

RCAS (419)

RCASPAR (235)

rcellminer (401)

rCGH (563)

Rchemcpp (146)

RchyOptimyx (120)

RcisTarget (1646)

RCM (309)

Rcollectl (94)

Rcpi (412)

RCSL (219)

Rcwl (281)

RcwlPipelines (223)

RCX (223)

RCy3 (1213)

RCyjs (355)

RCytoscape (89)

RDAVIDWebService (147)

Rdbi (69)

RdbiPgSQL (27)

rDGIdb (138)

Rdisop (991)

RDRToolbox (371)

ReactomeContentService4R (78)

ReactomeGraph4R (54)

ReactomeGSA (401)

ReactomePA (5440)

readat (72)

ReadqPCR (422)

reb (234)

REBET (221)

rebook (291)

receptLoss (123)

reconsi (196)

recount (732)

recount3 (977)

recountmethylation (312)

recoup (457)

RedeR (573)

RedisParam (177)

REDseq (385)

ReducedExperiment (167)

RefNet (131)

RefPlus (322)

Rega (32)

RegEnrich (360)

regionalpcs (141)

RegionalST (199)

regioneR (2446)

regioneReloaded (210)

regionReport (486)

regsplice (299)

regutools (299)

REMP (340)

Repitools (489)

ReportingTools (1020)

reposTools (28)

RepViz (225)

ReQON (214)

ResidualMatrix (4947)

RESOLVE (197)

Resourcerer (75)

restfulSE (194)

retrofit (189)

ReUseData (163)

rexposome (401)

rfaRm (256)

Rfastp (295)

RFGeneRank (23)

RFLOMICS (160)

rflowcyt (104)

rfPred (366)

rGADEM (475)

RGalaxy (161)

rGenomeTracks (195)

Rgin (58)

RGMQL (81)

RgnTX (157)

rgoslin (288)

RGraph2js (314)

Rgraphviz (10527)

rGREAT (1047)

RGSEA (329)

rgsepd (359)

rhdf5 (26199)

rhdf5client (336)

rhdf5filters (24543)

Rhdf5lib (27250)

rhinotypeR (161)

Rhisat2 (344)

Rhtslib (26476)

rHVDM (209)

RiboCrypt (279)

RiboDiPA (263)

RiboProfiling (362)

ribor (249)

riboSeqR (398)

ribosomeProfilingQC (320)

rifi (188)

rifiComparative (177)

Rigraphlib (1482)

rigvf (138)

RImmPort (238)

Ringo (437)

Rintact (43)

RIPAT (94)

RIPSeeker (165)

Risa (282)

RITAN (254)

RIVER (304)

RJMCMCNucleosomes (313)

RLassoCox (190)

RLMM (298)

RLSeq (71)

RMAGEML (29)

Rmagpie (332)

RMAPPER (55)

RMassBank (508)

rMAT (134)

rmelting (236)

RmiR (147)

Rmmquant (269)

rmspc (228)

RNAAgeCalc (315)

RNAdecay (198)

rnaEditr (244)

RNAinteract (204)

RNAither (196)

RNAmodR (312)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (266)

RNAmodR.ML (301)

RNAmodR.RiboMethSeq (248)

RNAprobR (114)

RNAsense (251)

rnaseqcomp (323)

RNAseqCovarImpute (179)

rnaSeqMap (231)

RNASeqPower (386)

RNASeqR (79)

RnaSeqSampleSize (364)

RNAshapeQC (41)

RnBeads (691)

Rnits (340)

roar (394)

roastgsa (194)

ROC (1654)

ROCpAI (224)

RolDE (205)

Roleswitch (127)

Rolexa (100)

rols (889)

ROntoTools (499)

ropls (2179)

ROSeq (276)

ROTS (514)

RPA (420)

rprimer (255)

RProtoBufLib (3068)

RpsiXML (306)

rpx (855)

Rqc (586)

rqt (257)

rqubic (320)

rRDP (293)

Rredland (34)

RRHO (331)

rrvgo (932)

Rsamtools (29371)

rsbml (379)

rScudo (291)

rsemmed (211)

RSeqAn (231)

rSFFreader (122)

RSNPper (45)

Rsubread (2384)

RSVSim (399)

rSWeeP (251)

rTANDEM (139)

RTCA (314)

RTCGA (804)

RTCGAToolbox (877)

RTN (506)

RTNduals (277)

RTNsurvival (295)

RTools4TB (17)

RTopper (409)

Rtpca (260)

rtracklayer (24092)

Rtreemix (273)

rTRM (469)

rTRMui (314)

RUCova (178)

runibic (205)

Ruuid (69)

RUVcorr (292)

RUVnormalize (338)

RUVSeq (1257)

Rvisdiff (197)

RVS (260)

RWebServices (33)

rWikiPathways (614)

S

S4Arrays (49641)

S4Vectors (67471)

safe (938)

SAGElyzer (34)

sagenhaft (339)

SAGx (221)

SAIGEgds (262)

samExploreR (54)

sampleClassifier (241)

SamSPECTRAL (373)

sangeranalyseR (407)

sangerseqR (834)

SanityR (114)

SANTA (327)

sapFinder (120)

saps (27)

SARC (101)

sarks (238)

saseR (175)

satuRn (577)

savR (98)

SBGNview (325)

sbgr (9)

SBMLR (361)

SC3 (722)

scafari (145)

Scale4C (297)

ScaledMatrix (15557)

scAlign (97)

SCAN.UPC (479)

scanMiR (261)

scanMiRApp (246)

scAnnotatR (244)

SCANVIS (244)

SCArray (267)

SCArray.sat (184)

SCATE (75)

scater (9799)

scatterHatch (175)

scBatchQC (1)

scBFA (260)

SCBN (226)

scBubbletree (224)

scCB2 (263)

scClassifR (36)

scClassify (346)

sccomp (318)

scConform (34)

scDataviz (272)

scDblFinder (3661)

scDD (488)

scDDboost (213)

scde (693)

scDesign3 (230)

scDiagnostics (184)

scDotPlot (201)

scds (908)

scECODA (38)

SCFA (232)

scFastDE (1)

scFeatureFilter (273)

scFeatures (231)

scfind (41)

scGPS (296)

scGraphVerse (101)

schex (339)

scHiCcompare (146)

scHOT (294)

scider (218)

scifer (220)

ScISI (277)

scLANE (113)

scLang (40)

scMAGeCK (48)

scmap (661)

scMerge (607)

scMET (227)

scmeth (320)

scMitoMut (161)

scMultiSim (207)

SCnorm (386)

scone (439)

Sconify (250)

SCOPE (300)

scoreInvHap (293)

scoup (154)

scp (406)

scPassport (33)

scPCA (320)

scPipe (400)

scQTLtools (124)

scran (7569)

scrapper (1613)

scReClassify (272)

scRecover (273)

screenCounter (196)

ScreenR (176)

scRepertoire (947)

scRNAseqApp (243)

scruff (330)

scry (558)

scShapes (171)

scsR (116)

scTensor (297)

scTGIF (316)

scTHI (234)

scToppR (39)

scTreeViz (239)

scTypeEval (33)

scuttle (11779)

scviR (158)

SDAMS (246)

seahtrue (186)

sechm (304)

segmenter (246)

segmentSeq (469)

selectKSigs (202)

SELEX (324)

SemDist (342)

semisup (226)

SEMPLR (46)

SemSim (42)

SEPA (58)

SEPIRA (144)

seq.hotSPOT (160)

seq2pathway (282)

seqArchR (161)

seqArchRplus (139)

SeqArray (1262)

seqbias (239)

seqCAT (312)

seqCNA (154)

seqcombo (219)

SeqGate (229)

SeqGSEA (418)

Seqinfo (32764)

seqLogo (3866)

seqPattern (1146)

seqplots (164)

seqsetvis (377)

SeqSQC (359)

Seqtometry (37)

seqTools (266)

SeqVarTools (797)

SEraster (153)

sesame (1136)

SETA (108)

SEtools (268)

sevenbridges (336)

sevenC (348)

sfi (42)

SGCP (203)

SGSeq (622)

SharedObject (323)

shiny.gosling (122)

shinybiocloader (102)

shinyDSP (158)

shinyepico (262)

shinyMethyl (414)

shinyTANDEM (97)

ShortRead (7131)

SIAMCAT (351)

SICtools (301)

sigaR (141)

SigCheck (344)

sigFeature (457)

SigFuge (292)

siggenes (3873)

sights (270)

signatureSearch (397)

signeR (384)

signet (36)

signifinder (229)

sigPathway (230)

SigsPack (270)

sigsquared (286)

SIM (358)

SIMAT (287)

SimBindProfiles (184)

SimBu (223)

SIMD (225)

SimFFPE (237)

similaRpeak (334)

SIMLR (450)

simona (991)

simPIC (171)

simpleaffy (267)

simpleSeg (349)

simplifyEnrichment (1428)

simulatorAPMS (39)

simulatorZ (145)

sincell (342)

singIST (39)

single (114)

SingleCellAlleleExperiment (191)

SingleCellExperiment (21620)

SingleCellSignalR (457)

singleCellTK (578)

SingleMoleculeFootprinting (223)

SingleR (5936)

singscore (2157)

SiPSiC (169)

SISPA (125)

sitadela (250)

Site2Target (139)

sitePath (273)

sizepower (324)

SJava (27)

sketchR (187)

skewr (326)

slalom (216)

SLGI (248)

slingshot (3271)

slinky (88)

SLqPCR (287)

SMAD (208)

SMAP (207)

smartid (172)

SmartPhos (64)

SMITE (359)

smoothclust (160)

smoppix (161)

SMTrackR (44)

SNAGEE (295)

snapCGH (321)

snapcount (252)

snifter (646)

snm (369)

SNPchip (249)

SNPediaR (232)

SNPhood (428)

snpMatrix (41)

SNPRelate (2285)

snpStats (2707)

soGGi (531)

sojourner (71)

SomatiCA (78)

SomaticSignatures (444)

SOMNiBUS (220)

sosta (207)

SpaceMarkers (174)

SpacePAC (244)

SpaceTrooper (169)

spacexr (495)

spade (65)

Spaniel (288)

SpaNorm (237)

spARI (110)

sparrow (521)

SparseArray (56040)

sparseDOSSA (120)

sparseMatrixStats (19096)

sparsenetgls (213)

SparseSignatures (324)

spaSim (215)

SpatialArtifacts (42)

SpatialCPie (253)

spatialDE (292)

SpatialDecon (384)

SpatialExperiment (8694)

SpatialExperimentIO (227)

spatialFDA (192)

SpatialFeatureExperiment (391)

spatialHeatmap (257)

SpatialOmicsOverlay (221)

spatialSimGP (145)

spatzie (150)

speckle (562)

specL (349)

SpeCond (347)

Spectra (3907)

SpectralTAD (311)

SpectraQL (150)

SpectriPy (103)

SPEM (314)

SPIA (1126)

SPIAT (281)

SPICEY (109)

spicyR (442)

SpidermiR (148)

SpiecEasi (91)

spikeLI (324)

spiky (236)

spillR (160)

spkTools (341)

splatter (806)

splicegear (178)

SpliceImpactR (35)

splicelogic (31)

spliceR (149)

spliceSites (106)

SpliceWiz (331)

SplicingFactory (208)

SplicingGraphs (428)

SplineDV (164)

splineTCDiffExpr (5)

splineTimeR (318)

SPLINTER (325)

splots (403)

SpNeigh (45)

SPONGE (326)

spoon (160)

SpotClean (250)

SPOTlight (550)

spotSegmentation (106)

SpotSweeper (293)

spqn (258)

SPsimSeq (288)

SQLDataFrame (174)

SQUADD (141)

squallms (150)

sRACIPE (300)

SRAdb (754)

sRAP (94)

SRGnet (65)

srnadiff (297)

sscore (268)

sscu (300)

sSeq (361)

ssize (344)

sSNAPPY (249)

SSPA (278)

ssPATHS (240)

ssrch (221)

ssviz (319)

StabMap (176)

STADyUM (115)

stageR (526)

stam (49)

STAN (183)

standR (353)

staRank (165)

StarBioTrek (147)

staRgate (64)

Starr (194)

STATegRa (446)

StatescopeR (43)

Statial (280)

statTarget (447)

STdeconvolve (102)

stepNorm (339)

stepwiseCM (78)

stJoincount (198)

stPipe (124)

strandCheckR (285)

Streamer (319)

STRINGdb (3526)

STROMA4 (187)

struct (389)

Structstrings (319)

structToolbox (303)

StructuralVariantAnnotation (438)

SubCellBarCode (253)

subSeq (380)

SUITOR (185)

SummarizedBenchmark (190)

SummarizedExperiment (49732)

Summix (172)

SuperCellCyto (116)

supersigs (275)

supraHex (367)

surfaltr (265)

SurfR (180)

survClust (144)

survcomp (1962)

survtype (245)

Sushi (232)

sva (10130)

svaNUMT (241)

SVAPLSseq (88)

svaRetro (236)

SVM2CRM (97)

SVMDO (189)

SVP (186)

SWATH2stats (293)

SwathXtend (212)

swfdr (319)

SwimR (100)

switchBox (293)

switchde (295)

synapsis (220)

synapter (344)

synergyfinder (430)

SynExtend (291)

synlet (253)

SynMut (235)

syntenet (319)

systemPipeR (1782)

systemPipeShiny (253)

systemPipeTools (237)

T

tadar (194)

TADCompare (277)

tanggle (269)

TAPseq (284)

target (289)

TargetDecoy (234)

TargetScore (310)

TargetSearch (315)

TarSeqQC (166)

TaxSEA (160)

TBSignatureProfiler (321)

TCC (598)

TCGAbiolinks (6110)

TCGAbiolinksGUI (89)

TCGAutils (1070)

TCseq (703)

TDARACNE (162)

TDbasedUFE (190)

TDbasedUFEadv (228)

TEKRABber (225)

TENET (163)

TENxIO (376)

tenXplore (312)

TEQC (423)

terapadog (155)

ternarynet (276)

terraTCGAdata (193)

TFARM (249)

TFBSTools (3868)

TFEA.ChIP (399)

TFHAZ (342)

TFutils (365)

tidybulk (536)

tidyCoverage (203)

tidyexposomics (63)

tidyFlowCore (147)

tidyomics (174)

tidyprint (45)

tidysbml (147)

tidySingleCellExperiment (523)

tidySpatialExperiment (240)

tidySummarizedExperiment (460)

tidytof (68)

tigre (420)

TileDBArray (249)

tilingArray (510)

timecourse (526)

timeOmics (278)

timescape (226)

TimeSeriesExperiment (98)

TimiRGeN (97)

TIN (360)

TissueEnrich (423)

TitanCNA (283)

tkWidgets (2076)

tLOH (215)

TMixClust (282)

TMSig (162)

TNBC.CMS (93)

TnT (313)

TOAST (803)

tofsims (102)

tomoda (225)

tomoseqr (215)

TOP (203)

ToPASeq (105)

topconfects (371)

topdownr (337)

topGO (2736)

toppgene (24)

ToxicoGx (305)

TPP (455)

TPP2D (261)

tpSVG (168)

tracktables (478)

trackViewer (1023)

tradeSeq (1367)

TrajectoryGeometry (176)

TrajectoryUtils (3364)

transcriptogramer (351)

transcriptR (375)

transformGamPoi (253)

transite (269)

tRanslatome (393)

transmogR (177)

transomics2cytoscape (224)

TransView (368)

TraRe (50)

traseR (394)

Travel (14)

traviz (108)

TreeAndLeaf (292)

treeclimbR (176)

treeio (29329)

treekoR (280)

TreeSummarizedExperiment (2774)

TREG (230)

trena (192)

TReNA (7)

Trendy (311)

TRESS (261)

tricycle (576)

TrIdent (136)

triform (110)

trigger (228)

trio (381)

triplex (457)

tripr (241)

tRNA (349)

tRNAdbImport (293)

tRNAscanImport (308)

TRONCO (460)

TSAR (160)

TSCAN (780)

tscR (70)

TSENAT (6)

tspair (173)

TSRchitect (163)

TSSi (125)

ttgsea (197)

TTMap (312)

TurboNorm (395)

TVTB (390)

tweeDEseq (384)

twilight (464)

twoddpcr (300)

txcutr (225)

txdbmaker (5897)

tximeta (1896)

tximport (5003)

TxRegInfra (48)

TypeInfo (208)

U

UCell (2417)

UCSC.utils (31507)

Ularcirc (329)

UMI4Cats (307)

uncoverappLib (256)

UNDO (334)

unifiedWMWqPCR (284)

UniProt.ws (1104)

Uniquorn (340)

universalmotif (1543)

updateObject (219)

UPDhmm (171)

uSORT (350)

V

VAExprs (208)

VanillaICE (596)

VarCon (258)

variancePartition (2097)

VariantAnnotation (9595)

VariantExperiment (171)

VariantFiltering (460)

VariantTools (444)

vasp (23)

VaSP (301)

vbmp (402)

VCFArray (318)

VDJdive (208)

Vega (107)

VegaMC (383)

velociraptor (363)

veloviz (192)

VennDetail (423)

VERSO (214)

vidger (323)

viper (1457)

virtualArray (28)

ViSEAGO (382)

VisiumIO (313)

visiumStitched (173)

vissE (296)

VISTA (34)

vmrseq (164)

Voyager (352)

VplotR (292)

vsclust (221)

vsn (6686)

vtpnet (339)

vulcan (250)

W

waddR (165)

wateRmelon (1113)

wavClusteR (369)

waveTiling (160)

wavFeatExt (29)

weaver (313)

webbioc (444)

weitrix (334)

widgetInvoke (22)

widgetTools (1995)

wiggleplotr (379)

wpm (250)

wppi (166)

Wrench (2164)

X

XAItest (146)

XBSeq (185)

xCell2 (272)

XCIR (32)

xcms (2655)

xcore (239)

XDE (488)

XeniumIO (147)

xenLite (164)

Xeva (275)

XINA (255)

xmapbridge (296)

xmapcore (27)

XNAString (147)

xps (164)

XVector (60070)

Y

y2hStat (29)

yamss (398)

YAPSA (407)

yaqcaffy (264)

yarn (387)

Z

ZarrArray (94)

zellkonverter (3509)

zenith (330)

zFPKM (286)

zinbwave (1086)

zitools (157)

zlibbioc (23170)

ZygosityPredictor (196)