See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Tue. 01 Jul 2025.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (61971) 26 Rhdf5lib (22969) 51 preprocessCore (14410)
2 BiocGenerics (59091) 27 ggtree (22964) 52 BiocSingular (12692)
3 S4Vectors (56488) 28 GenomicAlignments (22402) 53 ScaledMatrix (12464)
4 IRanges (56458) 29 DESeq2 (22334) 54 multtest (11556)
5 GenomeInfoDb (55153) 30 fgsea (22144) 55 genefilter (11322)
6 XVector (51000) 31 clusterProfiler (22133) 56 VariantAnnotation (11108)
7 Biobase (50966) 32 DOSE (21668) 57 ProtGenerics (11059)
8 zlibbioc (48098) 33 rhdf5 (21574) 58 AnnotationHub (10977)
9 Biostrings (47820) 34 enrichplot (21494) 59 BiocNeighbors (10937)
10 BiocParallel (46637) 35 biomaRt (21484) 60 AnnotationFilter (10618)
11 GenomicRanges (45758) 36 rhdf5filters (21095) 61 impute (10543)
12 DelayedArray (42918) 37 rtracklayer (20014) 62 GEOquery (10072)
13 MatrixGenerics (42857) 38 GOSemSim (19924) 63 ensembldb (9432)
14 SparseArray (42825) 39 qvalue (19870) 64 scuttle (9076)
15 SummarizedExperiment (41607) 40 graph (19450) 65 Rgraphviz (8885)
16 S4Arrays (41045) 41 BiocIO (19236) 66 RBGL (8790)
17 UCSC.utils (40065) 42 GenomicFeatures (17197) 67 GSEABase (8644)
18 AnnotationDbi (37029) 43 annotate (16823) 68 assorthead (8089)
19 KEGGREST (36912) 44 ComplexHeatmap (16611) 69 affyio (7768)
20 limma (35582) 45 SingleCellExperiment (16572) 70 ExperimentHub (7706)
21 BiocFileCache (24857) 46 DelayedMatrixStats (15958) 71 affy (7635)
22 edgeR (24038) 47 beachmat (15592) 72 sva (7321)
23 Rhtslib (23507) 48 sparseMatrixStats (15376) 73 GSVA (7256)
24 Rsamtools (23282) 49 BSgenome (14909) 74 scater (7150)
25 treeio (23137) 50 HDF5Array (14873) 75 BiocBaseUtils (6719)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (179)

a4Base (193)

a4Classif (166)

a4Core (198)

a4Preproc (187)

a4Reporting (167)

ABAEnrichment (48)

ABarray (181)

abseqR (140)

ABSSeq (205)

acde (168)

ACE (160)

aCGH (241)

ACME (224)

ADaCGH2 (174)

ADAM (203)

ADAMgui (136)

ADAPT (44)

adaptest (17)

adductomicsR (131)

ADImpute (146)

adSplit (166)

adverSCarial (97)

AffiXcan (137)

affxparser (1622)

affy (7635)

affycomp (213)

AffyCompatible (85)

affyContam (188)

affycoretools (411)

AffyExpress (58)

affyILM (163)

affyio (7768)

affylmGUI (206)

affyPara (58)

affypdnn (73)

affyPLM (927)

affyQCReport (60)

AffyRNADegradation (155)

AffyTiling (42)

AGDEX (155)

aggregateBioVar (142)

Agi4x44PreProcess (30)

agilp (161)

AgiMicroRna (248)

AHMassBank (104)

AIMS (354)

airpart (133)

alabaster (115)

alabaster.base (3597)

alabaster.bumpy (115)

alabaster.files (93)

alabaster.mae (118)

alabaster.matrix (3558)

alabaster.ranges (3423)

alabaster.sce (1146)

alabaster.schemas (3266)

alabaster.se (3355)

alabaster.sfe (28)

alabaster.spatial (117)

alabaster.string (113)

alabaster.vcf (114)

ALDEx2 (1262)

alevinQC (149)

AllelicImbalance (173)

AlphaBeta (136)

AlphaMissenseR (116)

alpine (39)

ALPS (16)

AlpsNMR (160)

alsace (51)

altcdfenvs (173)

AMARETTO (222)

AMOUNTAIN (152)

amplican (156)

ampliQueso (43)

AnalysisPageServer (40)

anamiR (17)

Anaquin (127)

ANCOMBC (1331)

AneuFinder (159)

ANF (131)

animalcules (261)

annaffy (304)

AnnBuilder (11)

annmap (155)

annotate (16823)

AnnotationDbi (37029)

AnnotationFilter (10618)

AnnotationForge (1817)

AnnotationFuncs (45)

AnnotationHub (10977)

AnnotationHubData (318)

annotationTools (178)

annotatr (487)

anota (159)

anota2seq (158)

antiProfiles (143)

AnVIL (518)

AnVILAz (86)

AnVILBase (257)

AnVILBilling (115)

AnVILGCP (97)

AnVILPublish (120)

AnVILWorkflow (104)

APAlyzer (153)

apComplex (165)

apeglm (3844)

APL (186)

applera (3)

appreci8R (135)

aroma.light (1737)

ArrayExpress (423)

ArrayExpressHTS (47)

arrayMagic (14)

arrayMvout (151)

arrayQCplot (6)

arrayQuality (255)

arrayQualityMetrics (460)

ArrayTools (54)

ArrayTV (50)

ARRmNormalization (157)

artMS (154)

ASAFE (118)

ASEB (142)

ASGSCA (148)

ASICS (168)

asmn (5)

ASpediaFI (32)

ASpli (170)

AssessORF (214)

ASSET (166)

ASSIGN (186)

assorthead (8089)

ASURAT (130)

ATACCoGAPS (39)

ATACseqQC (401)

ATACseqTFEA (121)

atena (132)

AtlasRDF (21)

atSNP (145)

attract (188)

AUCell (2731)

autonomics (132)

Autotuner (15)

AWFisher (137)

awst (115)

B

BaalChIP (168)

BAC (58)

bacon (210)

BADER (148)

BadRegionFinder (125)

BAGS (153)

ballgown (573)

bambu (336)

bamsignals (944)

BANDITS (148)

bandle (123)

Banksy (296)

banocc (142)

barbieQ (33)

barcodetrackR (129)

basecallQC (151)

BaseSpaceR (149)

Basic4Cseq (153)

BASiCS (184)

BASiCStan (126)

BasicSTARRseq (125)

basilisk (3323)

basilisk.utils (3219)

batchelor (4013)

BatchQC (193)

BatchSVG (49)

BayesKnockdown (125)

BayesPeak (63)

BayesSpace (327)

bayNorm (153)

baySeq (439)

BBCAnalyzer (159)

BCRANK (198)

bcSeq (125)

BDMMAcorrect (34)

beachmat (15592)

beachmat.hdf5 (167)

beachmat.tiledb (48)

beadarray (646)

beadarraySNP (78)

BeadDataPackR (528)

BeadExplorer (9)

BEARscc (56)

BEAT (164)

BEclear (154)

bedbaser (37)

beer (117)

benchdamic (109)

BERT (94)

betaHMM (96)

betr (45)

bettr (98)

BG2 (110)

bgafun (49)

BgeeCall (134)

BgeeDB (155)

BGmix (52)

bgx (121)

BHC (68)

BicARE (178)

BiFET (134)

BiGGR (149)

bigmelon (151)

bigmemoryExtras (38)

bigPint (39)

bim (4)

BindingSiteFinder (126)

bioassayR (151)

Biobase (50966)

biobroom (258)

biobtreeR (102)

bioCancer (148)

BioCartaImage (104)

BiocBaseUtils (6719)

BiocBook (122)

BiocCaseStudies (54)

BiocCheck (1573)

biocDatasets (10)

BiocDockerManager (16)

BiocFHIR (117)

BiocFileCache (24857)

BiocGenerics (59091)

biocGraph (274)

BiocHail (63)

BiocHubsShiny (137)

BiocInstaller (149)

BiocIO (19236)

biocmake (137)

BiocNeighbors (10937)

BiocOncoTK (64)

BioCor (153)

BiocParallel (46637)

BiocPkgTools (203)

biocroxytest (89)

BiocSet (407)

BiocSingular (12692)

BiocSklearn (181)

BiocStyle (5383)

biocthis (258)

BiocVersion (61971)

biocViews (4311)

BiocWorkflowTools (203)

biodb (166)

biodbChebi (121)

biodbExpasy (41)

biodbHmdb (123)

biodbKegg (61)

biodbLipidmaps (27)

biodbMirbase (15)

biodbNcbi (118)

biodbNci (117)

biodbUniprot (107)

bioDist (282)

BioGA (81)

biomaRt (21484)

BioMedR (6)

biomformat (5615)

BioMM (35)

BioMVCClass (169)

biomvRCNS (156)

BioNAR (136)

BioNERO (260)

BioNet (297)

BioNetStat (57)

BioQC (196)

BioSeqClass (66)

biosigner (163)

Biostrings (47820)

biosvd (46)

BioTIP (153)

biotmle (134)

biovizBase (4873)

BiRewire (238)

birta (46)

birte (27)

biscuiteer (140)

BiSeq (180)

BitSeq (75)

blacksheepr (146)

blima (145)

BLMA (142)

BloodGen3Module (155)

bluster (5750)

bnbc (218)

bnem (119)

BOBaFIT (120)

borealis (103)

BPRMeth (163)

BRAIN (215)

brainflowprobes (41)

brainImageR (9)

BrainSABER (22)

BrainStars (42)

branchpointer (164)

breakpointR (131)

BreastSubtypeR (46)

brendaDb (124)

BREW3R.r (96)

BRGenomics (55)

bridge (57)

BridgeDbR (165)

broadSeq (90)

BrowserViz (181)

BrowserVizDemo (15)

BSgenome (14909)

BSgenomeForge (206)

bsseq (1384)

BubbleTree (174)

BufferedMatrix (151)

BufferedMatrixMethods (158)

bugsigdbr (410)

BulkSignalR (52)

BUMHMM (140)

bumphunter (2484)

BumpyMatrix (389)

BUS (179)

BUScorrect (138)

BUSpaRse (239)

BUSseq (129)

C

CaDrA (103)

CAEN (114)

CAFE (160)

CAGEfightR (281)

cageminer (124)

CAGEr (306)

CALIB (73)

calm (102)

CAMERA (482)

CAMTHC (15)

CaMutQC (95)

canceR (174)

cancerclass (451)

CancerInSilico (41)

CancerMutationAnalysis (63)

CancerSubtypes (88)

CAnD (35)

caOmicsV (35)

cardelino (126)

Cardinal (304)

CardinalIO (206)

CARDspa (57)

CARNIVAL (206)

casper (149)

CATALYST (539)

Category (1296)

categoryCompare (169)

CatsCradle (83)

CausalR (142)

cbaf (126)

CBEA (78)

cBioPortalData (383)

CBNplot (152)

cbpManager (124)

CCAFE (47)

ccfindR (141)

ccImpute (118)

ccmap (147)

CCPlotR (126)

CCPROMISE (138)

ccrepe (194)

CDI (103)

celaref (138)

celda (790)

CellaRepertorium (35)

CellBarcode (134)

cellbaseR (135)

CellBench (188)

cellGrowth (38)

cellHTS (63)

cellHTS2 (144)

CelliD (253)

cellity (141)

CellMapper (122)

cellmigRation (118)

CellMixS (150)

CellNOptR (204)

cellscape (117)

CellScore (129)

CellTrails (146)

cellTree (41)

cellxgenedp (134)

CEMiTool (209)

censcyt (106)

Cepo (177)

ceRNAnetsim (109)

CeTF (140)

CexoR (167)

CFAssay (125)

cfdnakit (111)

cfDNAPro (148)

cfTools (107)

CGEN (152)

CGHbase (374)

CGHcall (342)

cghMCR (211)

CGHnormaliter (171)

CGHregions (161)

ChAMP (769)

CHARGE (15)

charm (53)

ChemmineOB (341)

ChemmineR (803)

CHETAH (175)

chevreulPlot (46)

chevreulProcess (46)

chevreulShiny (35)

ChIC (29)

Chicago (168)

chihaya (194)

chimera (57)

chimeraviz (173)

ChIPanalyser (151)

ChIPComp (136)

chipenrich (184)

ChIPexoQual (142)

ChIPpeakAnno (930)

ChIPQC (371)

ChIPseeker (2024)

chipseq (571)

ChIPseqR (190)

ChIPSeqSpike (25)

ChIPsim (162)

ChIPXpress (128)

chopsticks (181)

chroGPS (60)

chromDraw (153)

ChromHeatMap (166)

ChromoViz (8)

chromPlot (247)

ChromSCape (127)

chromstaR (102)

chromswitch (45)

chromVAR (1169)

CHRONOS (142)

cicero (293)

CIMICE (119)

CINdex (149)

circRNAprofiler (147)

CircSeqAlignTk (101)

cisPath (128)

CiteFuse (148)

ClassifyR (358)

cleanUpdTSeq (169)

CleanUpRNAseq (86)

cleaver (263)

clevRvis (124)

clippda (172)

clipper (163)

cliProfiler (113)

cliqueMS (154)

Clomial (145)

Clonality (62)

clonotypeR (41)

clst (171)

clstutils (170)

CluMSID (118)

ClustAll (105)

clustComp (135)

clusterExperiment (331)

ClusterFoldSimilarity (102)

ClusterJudge (138)

clusterProfiler (22133)

clusterSeq (143)

ClusterSignificance (139)

clusterStab (170)

clustifyr (221)

ClustIRR (112)

clustSIGNAL (43)

CMA (234)

cmapR (476)

cn.farms (162)

cn.mops (243)

CNAnorm (160)

CNEr (2972)

CNORdt (142)

CNORfeeder (159)

CNORfuzzy (155)

CNORode (153)

CNPBayes (31)

CNTools (208)

CNVfilteR (103)

CNVgears (39)

cnvGSA (148)

CNViz (96)

CNVMetrics (123)

CNVPanelizer (136)

CNVRanger (155)

CNVrd2 (158)

CNVtools (46)

cobindR (55)

CoCiteStats (155)

COCOA (147)

codelink (205)

CODEX (189)

coexnet (32)

CoGAPS (351)

cogena (178)

cogeqc (136)

Cogito (121)

coGPS (169)

COHCAP (47)

cola (191)

comapr (112)

combi (136)

coMET (95)

coMethDMR (136)

compartmap (49)

COMPASS (179)

compcodeR (178)

compEpiTools (148)

CompGO (33)

ComplexHeatmap (16611)

CompoundDb (277)

ComPrAn (115)

compSPOT (89)

conclus (17)

concordexR (124)

condcomp (5)

condiments (157)

CONFESS (147)

consensus (126)

ConsensusClusterPlus (2874)

consensusDE (125)

consensusOV (150)

consensusSeekeR (136)

consICA (186)

CONSTANd (122)

contiBAIT (49)

conumee (241)

convert (193)

copa (162)

COPDSexualDimorphism (6)

copynumber (134)

CopyNumber450k (22)

CopyNumberPlots (149)

CopywriteR (46)

Coralysis (21)

coRdon (252)

CoRegFlux (12)

CoRegNet (70)

CoreGx (263)

Cormotif (160)

CorMut (39)

coRNAi (52)

corral (143)

CORREP (47)

coseq (195)

CoSIA (95)

cosmiq (201)

cosmo (20)

cosmoGUI (16)

cosmosR (158)

COSNet (136)

COTAN (160)

CountClust (35)

countsimQC (286)

covEB (128)

CoverageView (156)

covRNA (119)

CPSM (39)

cpvSNP (158)

cqn (323)

CRImage (186)

CRISPRball (106)

crisprBase (170)

crisprBowtie (147)

crisprBwa (98)

crisprDesign (159)

crisprScore (173)

CRISPRseek (192)

crisprseekplus (33)

crisprShiny (96)

CrispRVariants (176)

crisprVerse (133)

crisprViz (135)

crlmm (305)

CrossICC (8)

crossmeta (101)

crumblr (38)

crupR (36)

CSAR (168)

csaw (472)

csdR (112)

CSSP (38)

CSSQ (108)

ctc (279)

CTdata (106)

CTDquerier (136)

CTexploreR (94)

ctgGEM (15)

cTRAP (145)

ctsGE (138)

CTSV (114)

cummeRbund (303)

CuratedAtlasQueryR (111)

customCMPdb (122)

customProDB (163)

CVE (23)

cyanoFilter (119)

cycle (158)

cydar (158)

cypress (99)

CytoDx (135)

cytofast (16)

cytofkit (41)

CyTOFpower (49)

cytofQC (115)

CytoGLMM (114)

cytoKernel (132)

cytolib (2382)

cytomapper (362)

CytoMDS (94)

cytoMEM (153)

CytoML (456)

CytoPipeline (128)

CytoPipelineGUI (97)

CytoTree (19)

cytoviewer (142)

D

dada2 (2434)

dagLogo (168)

daMA (176)

DAMEfinder (130)

DaMiRseq (156)

Damsel (97)

dandelionR (57)

DAPAR (186)

dar (84)

DART (176)

DASC (3)

DASiR (27)

dasper (23)

DAVIDQuery (32)

DBChIP (62)

dcanr (232)

DCATS (130)

dce (85)

dcGSA (128)

DChIPRep (39)

ddCt (194)

ddgraph (37)

ddPCRclust (156)

dearseq (229)

debCAM (139)

debrowser (181)

DECIPHER (2788)

deco (30)

DEComplexDisease (40)

decompTumor2Sig (155)

DeconRNASeq (351)

decontam (1592)

decontX (339)

DeconvoBuddies (36)

deconvR (135)

decoupleR (1395)

DEDS (66)

DeepBlueR (47)

DeepPINCS (120)

deepSNV (210)

DeepTarget (85)

DEFormats (250)

DegCre (90)

DegNorm (128)

DEGraph (125)

DEGreport (623)

DEGseq (265)

DelayedArray (42918)

DelayedDataFrame (114)

DelayedMatrixStats (15958)

DelayedRandomArray (116)

DelayedTensor (122)

DELocal (121)

deltaCaptureC (110)

deltaGseg (146)

DeMAND (123)

DeMixT (151)

demuxmix (260)

demuxSNP (101)

densvis (1101)

DEP (655)

DepecheR (151)

DepInfeR (117)

DeProViR (35)

DEqMS (317)

derfinder (510)

derfinderHelper (496)

derfinderPlot (170)

DEScan2 (136)

DESeq (195)

DESeq2 (22334)

DEsingle (297)

DESpace (122)

destiny (746)

DEsubs (140)

DEWSeq (134)

DExMA (118)

DEXSeq (1368)

dexus (61)

DFP (159)

DFplyr (68)

DIAlignR (55)

DiffBind (1083)

diffcoexp (170)

diffcyt (420)

DifferentialRegulation (124)

diffGeneAnalysis (147)

diffHic (190)

DiffLogo (157)

diffloop (47)

diffuStats (151)

diffUTR (105)

diggit (133)

Dino (120)

dinoR (97)

dir.expiry (3400)

Director (85)

DirichletMultinomial (4395)

discordant (155)

DiscoRhythm (148)

distinct (261)

dittoSeq (1294)

divergence (127)

dks (131)

DMCFB (132)

DMCHMM (121)

dmGsea (3)

DMRcaller (180)

DMRcate (1091)

DMRforPairs (68)

DMRScan (120)

dmrseq (222)

DNABarcodeCompatibility (103)

DNABarcodes (215)

DNAcopy (4522)

DNAcycP2 (43)

DNAfusion (122)

DNaseR (8)

DNAshapeR (170)

DNEA (13)

domainsignatures (40)

DominoEffect (118)

dominoSignal (79)

doppelgangR (206)

DOQTL (36)

Doscheda (140)

DOSE (21668)

doseR (136)

doubletrouble (130)

dpeak (25)

drawProteins (233)

dreamlet (147)

DRIMSeq (312)

DriverNet (152)

DropletUtils (2366)

drugTargetInteractions (114)

DrugVsDisease (159)

dSimer (18)

DSS (711)

dStruct (104)

DTA (158)

dualKS (53)

Dune (109)

DupChecker (24)

DuplexDiscovereR (70)

dupRadar (198)

dyebias (184)

DynDoc (1434)

E

easier (152)

EasyCellType (140)

easylift (103)

EasyqpcR (59)

easyreporting (126)

easyRNASeq (207)

EBarrays (214)

EBcoexpress (168)

EBImage (2781)

EBSEA (129)

EBSeq (405)

EBSeqHMM (70)

ecolitk (193)

EDASeq (1566)

edd (21)

EDDA (49)

edge (182)

edgeR (24038)

EDIRquery (105)

eds (363)

eegc (58)

EGAD (155)

EGSEA (267)

eiR (138)

eisa (72)

eisaR (169)

ELBOW (47)

ELMER (267)

ELViS (48)

EMDomics (160)

EmpiricalBrownsMethod (157)

ENCODExplorer (47)

EnhancedVolcano (5922)

enhancerHomologSearch (112)

EnMCB (125)

ENmix (348)

EnrichDO (80)

EnrichedHeatmap (634)

EnrichmentBrowser (525)

enrichplot (21494)

enrichTF (42)

enrichViewNet (109)

ensembldb (9432)

ensemblVEP (92)

ENVISIONQuery (43)

epialleleR (132)

EpiCompare (96)

epidecodeR (118)

EpiDISH (687)

epigenomix (150)

epigraHMM (117)

epihet (19)

EpiMix (117)

epimutacions (117)

epiNEM (146)

EpipwR (79)

epiregulon (96)

epiregulon.extra (105)

epistack (124)

epistasisGA (113)

EpiTxDb (128)

epivizr (178)

epivizrChart (140)

epivizrData (133)

epivizrServer (125)

epivizrStandalone (129)

erccdashboard (182)

erma (167)

ERSSA (139)

esATAC (148)

escape (440)

escheR (141)

esetVis (148)

eudysbiome (154)

evaluomeR (121)

EventPointer (156)

EWCE (293)

ExCluster (110)

ExiMiR (174)

exomeCopy (154)

exomePeak (54)

exomePeak2 (85)

exonmap (14)

ExperimentHub (7706)

ExperimentHubData (271)

ExperimentSubset (133)

explorase (56)

ExploreModelMatrix (258)

ExpressionAtlas (229)

ExpressionView (68)

exprExternal (2)

externalVector (16)

extraChIPs (141)

F

fabia (234)

facopy (25)

factDesign (163)

factR (117)

faers (128)

FamAgg (159)

famat (125)

farms (64)

fastLiquidAssociation (137)

FastqCleaner (152)

fastreeR (139)

fastseg (774)

fbat (12)

FCBF (52)

fCCAC (142)

fCI (148)

fcoex (31)

fcScan (132)

fdrame (156)

FEAST (192)

FeatSeekR (99)

fedup (120)

FELLA (203)

FEM (48)

fenr (107)

ffpe (152)

fgga (118)

FGNet (174)

fgsea (22144)

FilterFFPE (131)

findIPs (99)

FindIT2 (129)

FindMyFriends (45)

FISHalyseR (128)

fishpond (288)

FitHiC (160)

flagme (138)

FLAMES (137)

flipflop (36)

flowAI (552)

flowBeads (150)

flowBin (132)

flowcatchR (173)

flowCHIC (157)

flowCL (40)

flowClean (271)

flowClust (719)

flowCore (2431)

flowCut (174)

flowCyBar (121)

flowDensity (312)

flowFit (36)

flowFlowJo (37)

flowFP (210)

flowGate (137)

flowGraph (119)

flowMap (61)

flowMatch (160)

flowMeans (198)

flowMerge (172)

flowPeaks (226)

flowPhyto (27)

flowPloidy (136)

flowPlots (131)

flowQ (53)

flowQB (41)

FlowRepositoryR (32)

FlowSOM (997)

flowSpecs (147)

flowSpy (12)

flowStats (472)

flowTime (148)

flowTrans (168)

flowType (57)

flowUtils (66)

flowViz (889)

flowVS (190)

flowWorkspace (1088)

fmcsR (268)

fmrs (154)

fobitools (131)

focalCall (31)

FoldGO (42)

FourCSeq (46)

FRASER (182)

frenchFISH (96)

FRGEpistasis (123)

frma (176)

frmaTools (160)

FScanR (14)

FunChIP (56)

FunciSNP (57)

funOmics (90)

funtooNorm (138)

FuseSOM (125)

G

G4SNVHunter (74)

GA4GHclient (123)

GA4GHshiny (116)

gaga (164)

gage (825)

gaggle (68)

gaia (49)

GAPGOM (25)

GAprediction (117)

garfield (121)

GARS (120)

GateFinder (117)

gatom (127)

gaucho (26)

GBScleanR (135)

gcapc (148)

gcatest (164)

gCMAP (51)

gCMAPWeb (47)

gCrisprTools (153)

gcrma (1056)

GCSConnection (12)

GCSFilesystem (9)

GCSscore (35)

GDCRNATools (249)

gDNAx (106)

gDR (89)

gDRcore (101)

gDRimport (101)

gDRstyle (102)

gDRutils (98)

GDSArray (231)

gdsfmt (2144)

GeDi (95)

geecc (47)

GEM (120)

gemini (112)

gemma.R (140)

genArise (150)

genbankr (74)

GENE.E (29)

gene2pathway (20)

GeneAccord (36)

GeneAnswers (77)

geneAttribution (160)

GeneBreak (150)

geneClassifiers (140)

GeneExpressionSignature (191)

genefilter (11322)

genefu (343)

GeneGA (124)

GeneGeneInteR (121)

GeneGroupAnalysis (14)

GeneMeta (201)

GeneNetworkBuilder (174)

GeneOverlap (688)

geneplast (167)

geneplotter (4114)

GeneR (19)

geneRecommender (162)

GeneRegionScan (191)

GeneRfold (7)

geneRxCluster (148)

GeneSelectMMD (154)

GeneSelector (50)

GENESIS (418)

GeneSpring (13)

GeneStructureTools (144)

geNetClassifier (191)

GeneticsBase (16)

GeneticsDesign (45)

GeneticsPed (172)

GeneTonic (300)

GeneTraffic (12)

GeneTS (8)

geneXtendeR (142)

GENIE3 (1414)

genoCN (127)

GenoGAM (33)

genomation (658)

GenomAutomorphism (116)

GenomeBase (2)

GenomeGraphs (67)

GenomeInfoDb (55153)

genomeIntervals (193)

genomes (162)

GenomicAlignments (22402)

GenomicDataCommons (972)

GenomicDistributions (173)

GenomicFeatures (17197)

GenomicFiles (1035)

genomicInstability (138)

GenomicInteractionNodes (112)

GenomicInteractions (399)

GenomicOZone (135)

GenomicPlot (131)

GenomicRanges (45758)

GenomicScores (590)

GenomicSuperSignature (140)

GenomicTuples (147)

Genominator (64)

genoset (56)

genotypeeval (39)

GenoView (19)

genphen (22)

GenProSeq (108)

GenRank (17)

GenVisR (318)

GeoDiff (121)

GEOexplorer (136)

GEOfastq (138)

GEOmetadb (294)

geomeTriD (76)

GeomxTools (386)

GEOquery (10072)

GEOsearch (16)

GEOsubmission (164)

GeoTcgaData (213)

gep2pep (125)

gespeR (84)

getDEE2 (119)

geva (125)

GEWIST (124)

geyser (59)

gff3Plotter (3)

gg4way (104)

GGBase (66)

ggbio (1746)

ggcyto (805)

ggkegg (525)

ggmanh (271)

ggmsa (563)

GGPA (120)

ggsc (153)

ggseqalign (78)

ggspavis (261)

GGtools (83)

ggtree (22964)

ggtreeDendro (116)

ggtreeExtra (1217)

ggtreeSpace (92)

GIGSEA (134)

ginmappeR (95)

gINTomics (89)

girafe (190)

GISPA (38)

GLAD (247)

GladiaTOX (122)

Glimma (1007)

glmGamPoi (5121)

glmSparseNet (250)

GlobalAncova (937)

globalSeq (126)

globaltest (1660)

GloScope (111)

gmapR (188)

GmicR (131)

gmoviz (127)

GMRP (121)

GNET2 (112)

GNOSIS (102)

goCluster (4)

GOexpress (179)

GOfuncR (353)

GOFunction (52)

GoogleGenomics (22)

GOpro (178)

goProfiles (180)

GOSemSim (19924)

goseq (1494)

GOSim (81)

goSorensen (119)

goSTAG (160)

GOstats (1234)

GOsummaries (72)

GOTHiC (166)

goTools (167)

GPA (112)

gpart (30)

gpls (257)

gprege (49)

gpuMagic (107)

gQTLBase (32)

gQTLstats (46)

GrafGen (93)

gramm4R (9)

GRaNIE (125)

granulator (179)

graper (115)

graph (19450)

GraphAlignment (135)

GraphAT (194)

graphite (3342)

GraphPAC (85)

GRENITS (135)

GreyListChIP (978)

GRmetrics (171)

groHMM (146)

GRridge (44)

GSALightning (119)

GSAR (193)

GSCA (156)

gscreend (135)

GSEABase (8644)

GSEABenchmarkeR (139)

GSEAlm (179)

GSEAmining (136)

gsean (141)

GSgalgoR (127)

GSReg (144)

GSRI (151)

GSVA (7256)

gtrellis (199)

GUIDEseq (165)

Guitar (229)

Gviz (3149)

GWAS.BAYES (130)

gwascat (609)

GWASTools (660)

gwasurvivr (151)

GWENA (264)

gypsum (3215)

H

h5mread (1849)

h5vc (177)

hapFabia (173)

Harman (210)

HarmonizR (115)

Harshlight (149)

hca (110)

HCABrowser (9)

HCAExplorer (7)

HCAMatrixBrowser (2)

HCsnip (43)

HDF5Array (14873)

HDTD (124)

hdxmsqc (91)

heatmaps (284)

Heatplus (447)

HelloRanges (148)

HELP (163)

HEM (163)

hermes (285)

HERON (101)

Herper (170)

hexbin (61)

HGC (112)

hiAnnotator (157)

HIBAG (208)

HicAggR (96)

HiCBricks (194)

HiCcompare (278)

HiCDCPlus (155)

HiCDOC (124)

HiCExperiment (183)

HiContacts (176)

HiCool (106)

HiCParser (37)

hicrep (11)

hicVennDiagram (113)

hierGWAS (136)

hierinf (103)

HilbertCurve (173)

HilbertVis (211)

HilbertVisGUI (105)

HiLDA (138)

hipathia (236)

HIPPO (118)

hiReadsProcessor (163)

HIREewas (118)

HiTC (234)

hmdbQuery (139)

HMMcopy (398)

HoloFoodR (83)

hoodscanR (147)

hopach (323)

HPAanalyze (224)

hpar (305)

HPAStainR (13)

HPiP (128)

HTqPCR (151)

HTSanalyzeR (63)

HTSeqGenie (51)

htSeqTools (57)

HTSFilter (233)

HuBMAPR (72)

HubPub (162)

HumanTranscriptomeCompendium (55)

hummingbird (107)

HVP (2)

HybridExpress (111)

HybridMTest (179)

hypeR (164)

hyperdraw (164)

hypergraph (191)

I

iASeq (127)

iasva (144)

iBBiG (175)

ibh (143)

iBMQ (124)

iCARE (180)

Icens (396)

icetea (125)

iCheck (134)

iChip (179)

iClusterPlus (443)

iCNV (139)

iCOBRA (324)

ideal (160)

IdeoViz (161)

idiogram (181)

IdMappingAnalysis (58)

IdMappingRetrieval (43)

idpr (134)

idr2d (134)

IFAA (102)

iFlow (12)

igblastr (6)

iGC (152)

IgGeneUsage (125)

igvR (180)

igvShiny (117)

IHW (684)

illuminaio (2651)

ILoReg (133)

imageHTS (80)

imageTCGA (31)

IMAS (117)

imcRtools (262)

Imetagene (42)

IMMAN (124)

immApex (79)

ImmuneSpaceR (47)

immunoClust (151)

immunogenViewer (67)

immunotation (131)

IMPCdata (119)

ImpulseDE (12)

ImpulseDE2 (21)

impute (10543)

INDEED (104)

iNETgrate (108)

infercnv (1259)

infinityFlow (140)

Informeasure (109)

InPAS (165)

INPower (159)

inSilicoDb (32)

inSilicoMerging (34)

INSPEcT (151)

INTACT (102)

InTAD (134)

intansv (159)

interacCircos (111)

InteractionSet (1686)

InteractiveComplexHeatmap (440)

interactiveDisplay (182)

interactiveDisplayBase (3735)

InterCellar (141)

IntEREst (134)

InterMineR (78)

IntOMICS (13)

IntramiRExploreR (135)

inveRsion (40)

IONiseR (168)

iontree (32)

iPAC (89)

iPath (110)

ipdDb (191)

IPO (223)

IPPD (55)

IRanges (56458)

IRISFGM (27)

IrisSpatialFeatures (8)

ISAnalytics (104)

iSEE (503)

iSEEde (112)

iSEEfier (97)

iSEEhex (135)

iSEEhub (195)

iSEEindex (105)

iSEEpathways (106)

iSEEtree (116)

iSEEu (166)

iSeq (148)

ISLET (122)

islify (30)

iSNetwork (6)

isobar (194)

IsoBayes (109)

IsoCorrectoR (167)

IsoCorrectoRGUI (109)

IsoformSwitchAnalyzeR (329)

IsoGeneGUI (73)

ISoLDE (119)

isomiRs (184)

iSPlot (9)

ITALICS (148)

iterativeBMA (158)

iterativeBMAsurv (138)

iterClust (31)

iteremoval (19)

IVAS (141)

ivygapSE (142)

IWTomics (162)

J

jazzPanda (39)

jmosaics (34)

joda (45)

JunctionSeq (29)

K

karyoploteR (801)

katdetectr (117)

KBoost (99)

KCsmart (175)

kebabs (192)

KEGGgraph (5295)

KEGGlincs (145)

keggorth (8)

keggorthology (247)

KEGGprofile (51)

KEGGREST (36912)

KEGGSOAP (25)

kimod (19)

KinSwingR (117)

kissDE (117)

kmcut (85)

KnowSeq (143)

knowYourCG (100)

koinar (78)

L

LACE (195)

lapmix (103)

LBE (230)

ldblock (180)

LEA (695)

LedPred (135)

lefser (556)

lemur (125)

les (151)

levi (113)

lfa (317)

Lheuristic (29)

limma (35582)

limmaGUI (188)

limpa (37)

limpca (95)

LimROTS (37)

LINC (23)

LineagePulse (31)

lineagespot (103)

LinkHD (142)

Linnorm (205)

LinTInd (111)

lionessR (142)

lipidr (187)

LipidTrend (9)

LiquidAssociation (149)

lisaClust (193)

lmdme (149)

LMGene (52)

LOBSTAHS (152)

loci2path (125)

logicFS (168)

logitT (61)

Logolas (20)

lol (33)

LOLA (246)

LoomExperiment (625)

LowMACA (39)

LPE (162)

LPEadj (81)

lpNet (140)

lpsymphony (856)

LRBaseDbi (122)

LRcell (116)

lumi (1216)

lute (94)

LVSmiRNA (43)

LymphoSeq (154)

M

M3C (581)

M3D (31)

M3Drop (534)

m6Aboost (103)

maanova (93)

Maaslin2 (932)

maaslin3 (86)

Macarron (130)

macat (88)

maCorrPlot (159)

MACPET (24)

MACSQuantifyR (108)

MACSr (146)

maDB (26)

made4 (306)

MADSEQ (132)

maftools (2531)

MAGAR (112)

MAGeCKFlute (311)

magpie (108)

magrene (119)

MAI (116)

maigesPack (96)

MAIT (206)

makecdfenv (254)

makePlatformDesign (10)

MANOR (177)

manta (56)

MantelCorr (136)

MAPFX (97)

mAPKL (58)

maPredictDSC (139)

mapscape (118)

mariner (108)

marr (116)

marray (1710)

martini (131)

maser (185)

maSigPro (385)

maskBAD (159)

MassArray (135)

massiR (164)

MassSpecWavelet (1583)

MAST (2077)

mastR (193)

matchBox (128)

matchprobes (19)

MatrixGenerics (42857)

MatrixQCvis (208)

MatrixRider (130)

matter (277)

MaxContrastProjection (22)

MBAmethyl (120)

MBASED (146)

MBCB (143)

MBECS (118)

mbkmeans (364)

mbOmic (9)

mBPCR (158)

MBQN (115)

mbQTL (96)

MBttest (143)

mcaGUI (58)

MCbiclust (151)

MCRestimate (52)

mCSEA (163)

mdgsa (45)

mdp (143)

mdqc (162)

MDTS (121)

MEAL (171)

MeasurementError.cor (147)

MEAT (130)

MEB (127)

MEDIPS (199)

MEDME (149)

megadepth (186)

MEIGOR (159)

Melissa (129)

memes (268)

MergeMaid (59)

Mergeomics (152)

MeSHDbi (221)

meshes (211)

meshr (172)

MeSHSim (22)

MesKit (151)

messina (137)

metaArray (59)

Metab (139)

metabCombiner (186)

metabinR (107)

MetaboAnnotation (285)

MetaboCoreUtils (1767)

MetaboDynamics (55)

metabolomicsWorkbenchR (143)

metabomxtr (132)

MetaboSignal (180)

metaCCA (143)

MetaCyto (138)

metagene (64)

metagene2 (150)

metagenomeFeatures (41)

metagenomeSeq (1597)

metahdep (143)

metaMS (242)

MetaNeighbor (181)

MetaPhOR (122)

metapod (4723)

metapone (121)

metaSeq (166)

metaseqR (53)

metaseqR2 (144)

metavizr (35)

MetaVolcanoR (57)

metaX (16)

MetCirc (154)

MethCP (24)

methimpute (140)

methInheritSim (131)

methodical (81)

MethPed (142)

MethReg (118)

methrix (154)

MethTargetedNGS (133)

methVisual (44)

methyAnalysis (64)

MethylAid (174)

methylCC (142)

methylclock (226)

methylGSA (188)

methyLImp2 (107)

methylInheritance (140)

methylKit (713)

MethylMix (188)

methylMnM (170)

methylPipe (162)

methylscaper (141)

MethylSeekR (233)

methylSig (131)

methylumi (1486)

methyvim (15)

MetID (135)

MetMashR (58)

MetNet (144)

mfa (150)

Mfuzz (1426)

MGFM (149)

MGFR (138)

MGnifyR (130)

mgsa (178)

mia (1386)

miaDash (43)

miaSim (130)

miaViz (330)

MiChip (148)

microbiome (1885)

microbiomeDASim (120)

microbiomeExplorer (132)

microbiomeMarker (381)

MicrobiomeProfiler (175)

MicrobiotaProcess (499)

microRNA (265)

microSTASIS (112)

MICSQTL (103)

midasHLA (122)

MIGSA (36)

miloR (520)

mimager (124)

MIMOSA (51)

mina (102)

MineICA (169)

minet (660)

minfi (2253)

MinimumDistance (185)

MiPP (161)

miQC (175)

MIRA (142)

MiRaGE (166)

miRBaseConverter (223)

miRcomp (157)

mirIntegrator (152)

MIRit (108)

miRLAB (145)

miRmine (60)

miRNAmeConverter (134)

miRNApath (141)

miRNAtap (204)

miRSM (126)

miRsponge (10)

miRspongeR (118)

Mirsynergy (34)

mirTarRnaSeq (131)

missMethyl (1120)

missRows (121)

mist (32)

mistyR (183)

mitch (122)

mitoClone2 (138)

mitology (51)

mitoODE (32)

mixOmics (3004)

MLInterfaces (423)

mlm4omics (7)

MLP (198)

MLSeq (191)

MMAPPR2 (23)

MMDiff (38)

MMDiff2 (147)

mmgmos (3)

mmnet (34)

MmPalateMiRNA (59)

MMUPHin (225)

mnem (147)

moanin (194)

mobileRNA (96)

MobilityTransformR (50)

MODA (129)

ModCon (110)

Modstrings (142)

MOFA (14)

MOFA2 (657)

MOGAMUN (111)

mogsa (285)

MoleculeExperiment (129)

MOMA (137)

monaLisa (212)

monocle (3310)

Moonlight2R (106)

MoonlightR (160)

MoPS (34)

mosaics (240)

mosbi (121)

MOSClip (72)

mosdef (268)

MOSim (142)

Motif2Site (123)

motifbreakR (224)

motifcounter (123)

MotifDb (566)

motifmatchr (1263)

MotifPeeker (58)

motifRG (56)

motifStack (646)

motifTestR (115)

MotIV (69)

MouseFM (188)

MPAC (80)

MPFE (120)

mpra (156)

MPRAnalyze (134)

MQmetrics (21)

mQTL.NMR (39)

msa (2059)

MSA2dist (147)

MsBackendMassbank (120)

MsBackendMetaboLights (78)

MsBackendMgf (460)

MsBackendMsp (367)

MsBackendRawFileReader (125)

MsBackendSql (117)

MsCoreUtils (3380)

MsDataHub (143)

MSEADbi (5)

MsExperiment (1213)

MsFeatures (1255)

msgbsR (133)

MSGFgui (50)

MSGFplus (35)

msImpute (223)

mslp (94)

msmsEDA (267)

msmsTests (278)

MSnbase (2978)

MSnID (333)

mspms (63)

MSPrep (187)

msPurity (157)

msqrob2 (209)

MsQuality (114)

MSstats (549)

MSstatsBig (107)

MSstatsBioNet (42)

MSstatsConvert (464)

MSstatsLiP (133)

MSstatsLOBD (109)

MSstatsPTM (226)

MSstatsQC (145)

MSstatsQCgui (116)

MSstatsSampleSize (36)

MSstatsShiny (151)

MSstatsTMT (295)

MSstatsTMTPTM (6)

MTseeker (9)

MuData (136)

Mulcom (174)

MultiAssayExperiment (6114)

MultiBaC (142)

multiClust (155)

multicrispr (116)

MultiDataSet (1165)

multiGSEA (174)

multiHiCcompare (182)

MultiMed (135)

multiMiR (375)

MultimodalExperiment (107)

multiOmicsViz (57)

MultiRNAflow (123)

multiscan (147)

multiSight (23)

multistateQTL (88)

multiWGCNA (147)

multtest (11556)

mumosa (118)

MungeSumstats (831)

muscat (554)

muscle (412)

musicatk (140)

MutationalPatterns (336)

MVCClass (194)

mvGST (35)

MWASTools (177)

mygene (361)

myvariant (147)

mzID (2849)

mzR (3106)

N

NADfinder (136)

NanoMethViz (156)

NanoStringDiff (159)

NanoStringNCTools (369)

NanoStringQCPro (49)

nanotatoR (29)

NanoTube (150)

NarrowPeaks (41)

NBAMSeq (192)

NBSplice (21)

ncdfFlow (1035)

ncGTW (190)

NCIgraph (109)

ncRNAtools (115)

ndexr (126)

neaGUI (27)

nearBynding (125)

Nebulosa (1243)

NeighborNet (41)

nem (83)

nempi (108)

NetActivity (104)

netbenchmark (28)

netbiov (73)

netboost (122)

netboxr (27)

netDx (45)

nethet (154)

netOmics (28)

NetPathMiner (149)

netprioR (111)

netReg (22)

netresponse (170)

NetSAM (169)

netSmooth (146)

networkBMA (67)

netZooR (95)

NeuCA (49)

NewWave (127)

NGScopy (38)

ngsReports (152)

nipalsMCIA (118)

nnNorm (180)

nnSVG (199)

NOISeq (596)

nondetects (80)

NoRCE (119)

normalize450K (135)

NormalyzerDE (226)

NormqPCR (222)

normr (193)

NPARC (143)

npGSEA (137)

NTW (137)

nucleoSim (128)

nucleR (186)

nuCpos (128)

nudge (54)

nullranges (214)

NuPoP (177)

NxtIRFcore (21)

O

occugene (144)

OCplus (183)

octad (111)

ODER (15)

odseq (123)

OGRE (117)

OGSA (36)

oligo (2071)

oligoClasses (1618)

OLIN (194)

OLINgui (158)

omada (105)

OmaDB (226)

omicade4 (201)

OmicCircos (261)

omicplotR (141)

omicRexposome (144)

OmicsLonDA (36)

OmicsMarkeR (27)

OmicsMLRepoR (64)

OMICsPCA (139)

omicsPrint (146)

omicsViewer (126)

Omixer (129)

OmnipathR (858)

ompBAM (159)

omXplore (75)

Onassis (32)

oncomix (137)

oncoscanR (121)

OncoScore (126)

OncoSimulR (156)

oneChannelGUI (71)

oneSENSE (41)

onlineFDR (103)

ontoCAT (49)

ontoProc (243)

ontoTools (31)

openCyto (621)

openPrimeR (172)

openPrimeRui (60)

OpenStats (98)

OperaMate (21)

oposSOM (191)

oppar (147)

oppti (97)

optimalFlow (125)

OPWeight (123)

OrderedList (167)

ORFhunteR (125)

ORFik (222)

Organism.dplyr (381)

OrganismDbi (2491)

orthogene (421)

orthos (118)

OSAT (172)

Oscope (153)

OSTA.data (40)

OTUbase (147)

OutlierD (53)

OUTRIDER (240)

OutSplice (108)

OVESEG (135)

P

PAA (170)

packFinder (139)

padma (138)

PADOG (306)

pageRank (119)

PAIRADISE (159)

paircompviz (139)

pairedGSEA (90)

pairkat (129)

pairseqsim (3)

pamr (32)

pandaR (189)

panelcn.mops (127)

PAnnBuilder (51)

PanomiR (116)

panp (183)

PANR (164)

PanViz (44)

PanVizGenerator (36)

PAPi (40)

pareg (49)

parglms (130)

parody (158)

partCNV (102)

PAST (121)

Path2PPI (156)

pathifier (162)

pathlinkR (134)

pathMED (24)

PathNet (149)

PathoStat (198)

pathprint (20)

pathRender (157)

pathVar (47)

pathview (4700)

pathwayPCA (149)

PathwaySplice (19)

PatientGeneSets (10)

paxtoolsr (111)

Pbase (40)

pbcmc (13)

pcaExplorer (367)

pcaGoPromoter (37)

pcaMethods (4968)

PCAN (150)

PCAtools (1225)

pcot2 (79)

PCpheno (63)

pcxn (40)

PDATK (180)

pdInfoBuilder (188)

pdmclass (50)

PeacoQC (270)

peakPantheR (120)

PECA (162)

peco (127)

Pedixplorer (97)

pengls (108)

PepSetTest (79)

PepsNMR (163)

pepStat (134)

pepXMLTab (140)

PERFect (26)

periodicDNA (124)

perturbatr (23)

pfamAnalyzeR (285)

PFP (20)

PGA (38)

pgca (110)

PGSEA (105)

pgUtils (16)

pgxRpi (103)

phantasus (232)

phantasusLite (113)

PharmacoGx (270)

phemd (35)

phenoDist (35)

PhenoGeneRanker (107)

phenomis (121)

phenopath (157)

phenoTest (184)

PhenStat (156)

philr (206)

PhIPData (131)

phosphonormalizer (116)

PhosR (182)

PhyloProfile (140)

phyloseq (5577)

Pi (57)

piano (385)

PICB (48)

pickgene (136)

PICS (165)

Pigengene (164)

PING (155)

pint (39)

pipeComp (130)

pipeFrame (168)

PIPETS (96)

Pirat (75)

PIUMA (95)

pkgDepTools (72)

planet (241)

planttfhunter (115)

plasmut (99)

plateCore (61)

plethy (62)

plgem (183)

plier (200)

PloGO2 (36)

plotgardener (243)

plotGrouper (111)

PLPE (154)

plrs (42)

PLSDAbatch (118)

plw (59)

plyinteractions (110)

plyranges (1046)

plyxp (70)

pmm (125)

pmp (173)

PoDCall (97)

podkat (163)

poem (38)

pogos (165)

polyester (125)

Polyfit (33)

PolySTest (78)

Polytect (66)

POMA (225)

POST (16)

PoTRA (15)

PowerExplorer (17)

powerTCR (299)

POWSC (122)

ppcseq (128)

PPInfer (222)

ppiStats (85)

pqsfinder (183)

prada (64)

pram (136)

prebs (144)

preciseTAD (129)

PrecisionTrialDrawer (24)

PREDA (175)

predictionet (59)

preprocessCore (14410)

primirTSS (124)

PrInCE (133)

Prize (26)

proActiv (143)

proBAMr (133)

proBatch (36)

PROcess (187)

procoil (172)

ProCoNA (39)

proDA (265)

proFIA (41)

profileplyr (278)

profileScoreDist (116)

progeny (520)

projectR (144)

pRoloc (304)

pRolocGUI (190)

PROMISE (164)

PRONE (82)

PROPER (181)

PROPS (130)

Prostar (167)

prot2D (26)

proteasy (29)

proteinProfiles (119)

ProteoDisco (105)

ProteomicsAnnotationHubData (28)

ProteoMM (137)

proteoQC (43)

protGear (120)

ProtGenerics (11059)

PSEA (62)

psichomics (147)

PSICQUIC (45)

PSMatch (2201)

psygenet2r (94)

ptairMS (110)

PubScore (19)

pulsedSilac (21)

puma (196)

PureCN (239)

pvac (153)

pvca (316)

Pviz (134)

pwalign (6708)

PWMEnrich (244)

pwOmics (149)

pwrEWAS (25)

Q

qckitfastq (125)

qcmetrics (166)

QDNAseq (345)

QFeatures (2633)

qmtools (123)

qpcrNorm (157)

qpgraph (227)

qPLEXanalyzer (132)

qrqc (54)

QRscore (47)

qsea (137)

qsmooth (192)

QSutils (212)

qsvaR (193)

QTLExperiment (105)

Qtlizer (122)

QUALIFIER (48)

quantiseqr (622)

quantro (257)

quantsmooth (643)

QuartPAC (69)

QuasR (364)

QuaternaryProd (142)

QUBIC (182)

qusage (416)

qvalue (19870)

R

R3CPET (134)

r3Cseq (184)

R453Plus1Toolbox (181)

R4RNA (655)

RadioGx (126)

raer (105)

RaggedExperiment (735)

RAIDS (103)

rain (177)

rama (54)

RamiGO (33)

ramr (123)

ramwas (163)

RandomWalkRestartMH (51)

randPack (141)

randRotation (109)

RankProd (289)

RAREsim (104)

RareVariantVis (160)

Rariant (54)

Rarr (204)

rawDiag (105)

rawrr (214)

RbcBook1 (229)

Rbec (111)

RBGL (8790)

RBioFormats (277)

RBioinf (172)

rBiopaxParser (207)

rBLAST (241)

RBM (141)

Rbowtie (435)

Rbowtie2 (288)

RbowtieCuda (21)

rbsurv (168)

Rbwa (109)

Rcade (72)

RCAS (171)

RCASPAR (124)

rcellminer (175)

rCGH (169)

Rchemcpp (39)

RchyOptimyx (48)

RcisTarget (1289)

RCM (135)

Rcollectl (62)

Rcpi (202)

RCSL (125)

Rcwl (119)

RcwlPipelines (120)

RCX (124)

RCy3 (802)

RCyjs (149)

RCytoscape (36)

RDAVIDWebService (73)

Rdbi (19)

RdbiPgSQL (13)

rDGIdb (63)

Rdisop (478)

RDRToolbox (199)

ReactomeContentService4R (80)

ReactomeGraph4R (36)

ReactomeGSA (269)

ReactomePA (3066)

readat (22)

ReadqPCR (243)

reb (56)

REBET (121)

rebook (180)

receptLoss (108)

reconsi (108)

recount (405)

recount3 (335)

recountmethylation (137)

recoup (146)

RedeR (313)

RedisParam (108)

REDseq (164)

ReducedExperiment (58)

RefNet (31)

RefPlus (93)

RegEnrich (137)

regionalpcs (110)

RegionalST (85)

regioneR (1725)

regioneReloaded (119)

regionReport (196)

regsplice (118)

regutools (125)

REMP (132)

Repitools (323)

ReportingTools (547)

reposTools (2)

RepViz (115)

ReQON (76)

ResidualMatrix (3857)

RESOLVE (103)

Resourcerer (25)

restfulSE (108)

retrofit (105)

ReUseData (99)

rexposome (167)

rfaRm (113)

Rfastp (203)

RFLOMICS (33)

rflowcyt (27)

rfPred (160)

rGADEM (352)

RGalaxy (45)

rGenomeTracks (118)

Rgin (23)

RGMQL (46)

RgnTX (112)

rgoslin (174)

RGraph2js (143)

Rgraphviz (8885)

rGREAT (634)

RGSEA (167)

rgsepd (150)

rhdf5 (21574)

rhdf5client (157)

rhdf5filters (21095)

Rhdf5lib (22969)

rhinotypeR (70)

Rhisat2 (221)

Rhtslib (23507)

rHVDM (68)

RiboCrypt (100)

RiboDiPA (128)

RiboProfiling (176)

ribor (131)

riboSeqR (167)

ribosomeProfilingQC (145)

rifi (109)

rifiComparative (103)

Rigraphlib (146)

rigvf (40)

RImmPort (117)

Ringo (151)

Rintact (12)

RIPAT (33)

RIPSeeker (62)

Risa (196)

RITAN (117)

RIVER (145)

RJMCMCNucleosomes (129)

RLassoCox (119)

RLMM (147)

RLSeq (25)

RMAGEML (14)

Rmagpie (160)

RMAPPER (17)

RMassBank (201)

rMAT (47)

rmelting (128)

RmiR (48)

Rmmquant (129)

rmspc (113)

RNAAgeCalc (154)

RNAdecay (115)

rnaEditr (129)

RNAinteract (68)

RNAither (68)

RNAmodR (122)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (114)

RNAmodR.ML (128)

RNAmodR.RiboMethSeq (117)

RNAprobR (33)

RNAsense (111)

rnaseqcomp (161)

RNAseqCovarImpute (92)

rnaSeqMap (51)

RNASeqPower (255)

RNASeqR (23)

RnaSeqSampleSize (172)

RnBeads (332)

Rnits (137)

roar (155)

roastgsa (105)

ROC (1103)

ROCpAI (102)

RolDE (125)

Roleswitch (40)

Rolexa (32)

rols (408)

ROntoTools (221)

ropls (1197)

ROSeq (140)

ROTS (266)

RPA (146)

rprimer (136)

RProtoBufLib (2307)

RpsiXML (80)

rpx (324)

Rqc (331)

rqt (103)

rqubic (158)

rRDP (159)

Rredland (13)

RRHO (160)

rrvgo (550)

Rsamtools (23282)

rsbml (191)

rScudo (122)

rsemmed (114)

RSeqAn (161)

rSFFreader (43)

RSNPper (11)

Rsubread (2037)

RSVSim (147)

rSWeeP (126)

rTANDEM (53)

RTCA (152)

RTCGA (458)

RTCGAToolbox (476)

RTN (239)

RTNduals (131)

RTNsurvival (125)

RTools4TB (7)

RTopper (175)

Rtpca (137)

rtracklayer (20014)

Rtreemix (159)

rTRM (185)

rTRMui (147)

RUCova (45)

runibic (119)

Ruuid (19)

RUVcorr (139)

RUVnormalize (146)

RUVSeq (869)

Rvisdiff (99)

RVS (118)

RWebServices (31)

rWikiPathways (390)

S

S4Arrays (41045)

S4Vectors (56488)

safe (586)

SAGElyzer (8)

sagenhaft (170)

SAGx (60)

SAIGEgds (158)

samExploreR (15)

sampleClassifier (130)

SamSPECTRAL (195)

sangeranalyseR (272)

sangerseqR (749)

SANTA (152)

sapFinder (47)

saps (16)

SARC (109)

sarks (111)

saseR (89)

satuRn (321)

savR (39)

SBGNview (215)

sbgr (11)

SBMLR (153)

SC3 (374)

Scale4C (159)

ScaledMatrix (12464)

scAlign (16)

SCAN.UPC (158)

scanMiR (131)

scanMiRApp (115)

scAnnotatR (212)

SCANVIS (133)

SCArray (137)

SCArray.sat (108)

SCATE (19)

scater (7150)

scatterHatch (113)

scBFA (130)

SCBN (121)

scBubbletree (123)

scCB2 (111)

scClassifR (7)

scClassify (190)

sccomp (163)

scDataviz (141)

scDblFinder (1828)

scDD (186)

scDDboost (108)

scde (454)

scDesign3 (128)

scDiagnostics (78)

scDotPlot (108)

scds (475)

SCFA (125)

scFeatureFilter (134)

scFeatures (116)

scfind (18)

scGPS (143)

schex (181)

scHiCcompare (48)

scHOT (135)

scider (106)

scifer (114)

ScISI (79)

scMAGeCK (17)

scmap (286)

scMerge (460)

scMET (115)

scmeth (121)

scMitoMut (97)

scMultiSim (113)

SCnorm (177)

scone (175)

Sconify (132)

SCOPE (132)

scoreInvHap (138)

scoup (68)

scp (256)

scPCA (145)

scPipe (163)

scQTLtools (46)

scran (4729)

scrapper (192)

scReClassify (134)

scRecover (140)

screenCounter (101)

ScreenR (108)

scRepertoire (696)

scRNAseqApp (115)

scruff (138)

scry (322)

scShapes (106)

scsR (45)

scTensor (122)

scTGIF (209)

scTHI (110)

scTreeViz (115)

scuttle (9076)

scviR (96)

SDAMS (131)

seahtrue (81)

sechm (225)

segmenter (119)

segmentSeq (184)

selectKSigs (109)

SELEX (160)

SemDist (159)

semisup (121)

SemSim (5)

SEPA (23)

SEPIRA (42)

seq.hotSPOT (101)

seq2pathway (237)

seqArchR (111)

seqArchRplus (105)

SeqArray (901)

seqbias (66)

seqCAT (142)

seqCNA (73)

seqcombo (111)

SeqGate (116)

SeqGSEA (259)

Seqinfo (100)

seqLogo (3501)

seqPattern (724)

seqplots (52)

seqsetvis (154)

SeqSQC (211)

seqTools (161)

SeqVarTools (472)

SEraster (41)

sesame (830)

SEtools (209)

sevenbridges (153)

sevenC (136)

SGCP (181)

SGSeq (333)

SharedObject (151)

shiny.gosling (107)

shinyDSP (46)

shinyepico (125)

shinyMethyl (190)

shinyTANDEM (36)

ShortRead (5918)

SIAMCAT (199)

SICtools (143)

sigaR (41)

SigCheck (125)

sigFeature (328)

SigFuge (163)

siggenes (2988)

sights (147)

signatureSearch (218)

signeR (151)

signet (10)

signifinder (97)

sigPathway (73)

SigsPack (112)

sigsquared (135)

SIM (160)

SIMAT (152)

SimBindProfiles (73)

SimBu (198)

SIMD (112)

SimFFPE (106)

similaRpeak (156)

SIMLR (211)

simona (462)

simPIC (95)

simpleaffy (99)

simpleSeg (154)

simplifyEnrichment (1089)

simulatorAPMS (14)

simulatorZ (33)

sincell (166)

single (38)

SingleCellAlleleExperiment (107)

SingleCellExperiment (16572)

SingleCellSignalR (259)

singleCellTK (339)

SingleMoleculeFootprinting (118)

SingleR (4436)

singscore (1547)

SiPSiC (106)

SISPA (42)

sitadela (107)

Site2Target (30)

sitePath (136)

sizepower (151)

SJava (25)

sketchR (105)

skewr (131)

slalom (152)

SLGI (80)

slingshot (1701)

slinky (26)

SLqPCR (153)

SMAD (112)

SMAP (85)

smartid (106)

SMITE (141)

smoothclust (107)

smoppix (47)

SNAGEE (151)

snapCGH (88)

snapcount (119)

snifter (182)

snm (181)

SNPchip (62)

SNPediaR (111)

SNPhood (159)

snpMatrix (20)

SNPRelate (1759)

snpStats (2029)

soGGi (378)

sojourner (28)

SomatiCA (35)

SomaticSignatures (217)

SOMNiBUS (99)

sosta (54)

SpaceMarkers (96)

SpacePAC (107)

spacexr (74)

spade (38)

Spaniel (145)

SpaNorm (84)

sparrow (440)

SparseArray (42825)

sparseDOSSA (33)

sparseMatrixStats (15376)

sparsenetgls (107)

SparseSignatures (146)

spaSim (118)

SpatialCPie (150)

spatialDE (154)

SpatialDecon (238)

SpatialExperiment (5388)

SpatialExperimentIO (56)

spatialFDA (72)

SpatialFeatureExperiment (265)

spatialHeatmap (253)

SpatialOmicsOverlay (109)

spatialSimGP (64)

spatzie (113)

speckle (293)

specL (160)

SpeCond (187)

Spectra (1890)

SpectralTAD (150)

SpectraQL (72)

SPEM (155)

SPIA (588)

SPIAT (187)

spicyR (235)

SpidermiR (41)

spikeLI (132)

spiky (116)

spillR (97)

spkTools (152)

splatter (459)

splicegear (52)

spliceR (30)

spliceSites (43)

SpliceWiz (185)

SplicingFactory (107)

SplicingGraphs (201)

SplineDV (62)

splineTCDiffExpr (1)

splineTimeR (157)

SPLINTER (120)

splots (192)

SPONGE (140)

spoon (94)

SpotClean (152)

SPOTlight (337)

spotSegmentation (44)

SpotSweeper (115)

spqn (124)

SPsimSeq (191)

SQLDataFrame (113)

SQUADD (51)

squallms (77)

sRACIPE (135)

SRAdb (457)

sRAP (55)

SRGnet (17)

srnadiff (114)

sscore (66)

sscu (137)

sSeq (220)

ssize (175)

sSNAPPY (199)

SSPA (123)

ssPATHS (125)

ssrch (126)

ssviz (155)

StabMap (70)

stageR (254)

stam (13)

STAN (53)

standR (191)

staRank (77)

StarBioTrek (48)

Starr (66)

STATegRa (162)

Statial (140)

statTarget (166)

STdeconvolve (127)

stepNorm (161)

stepwiseCM (45)

stJoincount (124)

strandCheckR (133)

Streamer (150)

STRINGdb (1561)

STROMA4 (29)

struct (187)

Structstrings (129)

structToolbox (185)

StructuralVariantAnnotation (228)

SubCellBarCode (137)

subSeq (163)

SUITOR (102)

SummarizedBenchmark (47)

SummarizedExperiment (41607)

Summix (112)

supersigs (198)

supraHex (317)

surfaltr (118)

SurfR (88)

survClust (83)

survcomp (1448)

survtype (116)

Sushi (87)

sva (7321)

svaNUMT (98)

SVAPLSseq (12)

svaRetro (114)

SVM2CRM (25)

SVMDO (120)

SVP (46)

SWATH2stats (144)

SwathXtend (134)

swfdr (150)

SwimR (41)

switchBox (154)

switchde (129)

synapsis (116)

synapter (185)

synergyfinder (291)

SynExtend (132)

synlet (144)

SynMut (115)

syntenet (155)

systemPipeR (1204)

systemPipeShiny (134)

systemPipeTools (113)

T

tadar (108)

TADCompare (149)

tanggle (140)

TAPseq (136)

target (135)

TargetDecoy (139)

TargetScore (162)

TargetSearch (169)

TarSeqQC (52)

TaxSEA (30)

TBSignatureProfiler (115)

TCC (294)

TCGAbiolinks (4975)

TCGAbiolinksGUI (44)

TCGAutils (632)

TCseq (709)

TDARACNE (49)

TDbasedUFE (112)

TDbasedUFEadv (113)

TEKRABber (194)

TENET (34)

TENxIO (128)

tenXplore (133)

TEQC (167)

terapadog (49)

ternarynet (137)

terraTCGAdata (114)

TFARM (118)

TFBSTools (3213)

TFEA.ChIP (171)

TFHAZ (134)

TFutils (157)

tidybulk (337)

tidyCoverage (96)

tidyFlowCore (79)

tidyomics (123)

tidysbml (76)

tidySingleCellExperiment (267)

tidySpatialExperiment (118)

tidySummarizedExperiment (336)

tidytof (82)

tigre (173)

TileDBArray (131)

tilingArray (207)

timecourse (175)

timeOmics (159)

timescape (127)

TimeSeriesExperiment (27)

TimiRGeN (29)

TIN (156)

TissueEnrich (286)

TitanCNA (163)

tkWidgets (1432)

tLOH (116)

TMixClust (135)

TMSig (73)

TNBC.CMS (39)

TnT (113)

TOAST (485)

tofsims (24)

tomoda (127)

tomoseqr (114)

TOP (94)

ToPASeq (40)

topconfects (210)

topdownr (139)

topGO (2552)

ToxicoGx (132)

TPP (191)

TPP2D (131)

tpSVG (95)

tracktables (215)

trackViewer (637)

tradeSeq (624)

TrajectoryGeometry (103)

TrajectoryUtils (1967)

transcriptogramer (130)

transcriptR (156)

transformGamPoi (118)

transite (137)

tRanslatome (225)

transmogR (89)

transomics2cytoscape (141)

TransView (115)

TraRe (19)

traseR (155)

Travel (4)

traviz (69)

TreeAndLeaf (170)

treeclimbR (93)

treeio (23137)

treekoR (139)

TreeSummarizedExperiment (2132)

TREG (122)

trena (43)

TReNA (3)

Trendy (126)

TRESS (120)

tricycle (288)

TrIdent (49)

triform (46)

trigger (160)

trio (191)

triplex (167)

tripr (119)

tRNA (135)

tRNAdbImport (123)

tRNAscanImport (118)

TRONCO (167)

TSAR (94)

TSCAN (592)

tscR (23)

tspair (60)

TSRchitect (33)

TSSi (39)

ttgsea (106)

TTMap (139)

TurboNorm (169)

TVTB (132)

tweeDEseq (197)

twilight (190)

twoddpcr (143)

txcutr (104)

txdbmaker (4496)

tximeta (1016)

tximport (3516)

TxRegInfra (14)

TypeInfo (92)

U

UCell (1625)

UCSC.utils (40065)

Ularcirc (133)

UMI4Cats (123)

uncoverappLib (121)

UNDO (157)

unifiedWMWqPCR (117)

UniProt.ws (535)

Uniquorn (148)

universalmotif (983)

updateObject (113)

UPDhmm (84)

uSORT (142)

V

VAExprs (106)

VanillaICE (264)

VarCon (125)

variancePartition (970)

VariantAnnotation (11108)

VariantExperiment (89)

VariantFiltering (166)

VariantTools (195)

vasp (8)

VaSP (125)

vbmp (203)

VCFArray (120)

VDJdive (118)

Vega (37)

VegaMC (170)

velociraptor (189)

veloviz (108)

VennDetail (283)

VERSO (106)

vidger (183)

viper (761)

virtualArray (15)

ViSEAGO (152)

VisiumIO (126)

visiumStitched (53)

vissE (171)

vmrseq (25)

Voyager (238)

VplotR (140)

vsclust (114)

vsn (4844)

vtpnet (164)

vulcan (111)

W

waddR (96)

wateRmelon (890)

wavClusteR (138)

waveTiling (44)

weaver (154)

webbioc (161)

weitrix (136)

widgetInvoke (7)

widgetTools (1429)

wiggleplotr (196)

wpm (134)

wppi (98)

Wrench (1580)

X

XAItest (32)

XBSeq (40)

xCell2 (56)

XCIR (10)

xcms (1472)

xcore (112)

XDE (190)

XeniumIO (40)

xenLite (72)

Xeva (173)

XINA (137)

xmapbridge (156)

xmapcore (10)

XNAString (117)

xps (60)

XVector (51000)

Y

y2hStat (4)

yamss (125)

YAPSA (162)

yaqcaffy (49)

yarn (172)

Z

zellkonverter (1806)

zenith (159)

zFPKM (169)

zinbwave (785)

zitools (73)

zlibbioc (48098)

ZygosityPredictor (99)