See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2021-10-26 09:54:54 -0400 (Tue, 26 Oct 2021).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (45547)
2BiocVersion (43225)
3S4Vectors (39946)
4IRanges (38819)
5Biobase (37942)
6GenomeInfoDb (35502)
7zlibbioc (34578)
8XVector (33184)
9DelayedArray (31671)
10BiocParallel (29763)
11GenomicRanges (29282)
12SummarizedExperiment (28645)
13AnnotationDbi (28126)
14limma (26642)
15Biostrings (26495)
16MatrixGenerics (24565)
17biomaRt (19127)
18annotate (18197)
19genefilter (17860)
20rtracklayer (17226)
21Rsamtools (16556)
22BiocFileCache (16553)
23graph (16502)
24edgeR (16281)
25GenomicAlignments (15938)
26Rhdf5lib (15880)
27Rhtslib (15751)
28DESeq2 (14852)
29GenomicFeatures (14238)
30geneplotter (13612)
31rhdf5 (13501)
32preprocessCore (11779)
33KEGGREST (11431)
34qvalue (10614)
35rhdf5filters (10512)
36Rgraphviz (9671)
37clusterProfiler (9550)
38RBGL (9418)
39fgsea (9375)
40enrichplot (9021)
41GOSemSim (9003)
42DOSE (8924)
43DelayedMatrixStats (8857)
44multtest (8809)
45BSgenome (8354)
46HDF5Array (8146)
47ProtGenerics (8008)
48impute (7577)
49GEOquery (7472)
50SingleCellExperiment (7471)
51beachmat (7444)
52affyio (7441)
53ensembldb (7296)
54affy (7268)
55ComplexHeatmap (7213)
56AnnotationHub (6755)
57sparseMatrixStats (6717)
58AnnotationFilter (6585)
59VariantAnnotation (6301)
60GSEABase (6115)
61interactiveDisplayBase (5928)
62BiocSingular (5798)
63ggtree (5711)
64treeio (5354)
65BiocNeighbors (5181)
66sva (5146)
67BiocStyle (5021)
68ShortRead (4994)
69scater (4272)
70scuttle (4261)
71biovizBase (4202)
72KEGGgraph (4112)
73vsn (4049)
74pathview (3915)
75pcaMethods (3909)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (77)
a4Base (101)
a4Classif (78)
a4Core (114)
a4Preproc (114)
a4Reporting (79)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (71)
ABarray (60)
abseqR (61)
ABSSeq (77)
acde (73)
ACE (70)
aCGH (132)
ACME (74)
ADaCGH2 (55)
ADAM (53)
ADAMgui (52)
adaptest (7)
adductomicsR (49)
ADImpute (42)
adSplit (58)
AffiXcan (51)
affxparser (1570)
affy (7268)
affycomp (84)
AffyCompatible (83)
affyContam (67)
affycoretools (340)
affydata (0)
AffyExpress (38)
affyILM (52)
affyio (7441)
affylmGUI (85)
affyPara (58)
affypdnn (9)
affyPLM (1193)
affyQCReport (125)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (58)
AffyTiling (1)
AGDEX (56)
aggregateBioVar (45)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (144)
AgiMicroRna (141)
agimicrorna (0)
AIMS (367)
airpart (19)
ALDEx2 (431)
alevinQC (73)
AllelicImbalance (80)
AlphaBeta (53)
alpine (81)
ALPS (56)
AlpsNMR (46)
alsace (71)
altcdfenvs (63)
AMARETTO (56)
AMOUNTAIN (70)
amplican (71)
ampliQueso (3)
AnalysisPageServer (9)
anamiR (7)
Anaquin (57)
ANCOMBC (229)
AneuFinder (85)
ANF (57)
animalcules (69)
annaffy (283)
AnnBuilder (0)
annmap (49)
annotate (18197)
AnnotationDbi (28126)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6585)
AnnotationForge (2865)
AnnotationFuncs (60)
AnnotationHub (6755)
AnnotationHubData (143)
annotationTools (96)
annotatr (356)
anota (68)
anota2seq (65)
antiProfiles (58)
AnVIL (245)
AnVILBilling (39)
AnVILPublish (45)
APAlyzer (61)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (2554)
applera (0)
appreci8R (52)
aroma.light (1919)
ArrayExpress (555)
ArrayExpressHTS (42)
arrayMagic (0)
arrayMvout (49)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (69)
arrayQualityMetrics (499)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (72)
ArrayTV (11)
ARRmNormalization (60)
artMS (89)
ASAFE (55)
ASEB (55)
ASGSCA (56)
ASICS (69)
asmn (1)
ASpediaFI (49)
ASpli (91)
AssessORF (50)
ASSET (70)
ASSIGN (66)
ATACseqQC (270)
atena (0)
AtlasRDF (2)
atSNP (39)
attract (60)
AUCell (876)
autonomics (21)
Autotuner (67)
AWFisher (54)
awst (17)

B

BaalChIP (61)
BAC (55)
bacon (101)
BADER (59)
BadRegionFinder (50)
BAGS (56)
ballgown (633)
bambu (55)
bamsignals (763)
BANDITS (56)
banocc (50)
barcodetrackR (17)
basecallQC (67)
BaseSpaceR (63)
Basic4Cseq (60)
BASiCS (109)
BasicSTARRseq (56)
basilisk (498)
basilisk.utils (508)
batchelor (2116)
BatchQC (139)
BayesKnockdown (50)
BayesPeak (16)
BayesSpace (112)
bayNorm (80)
baySeq (537)
BBCAnalyzer (51)
BCRANK (69)
bcSeq (56)
BDMMAcorrect (54)
beachmat (7444)
beadarray (636)
beadarraySNP (60)
BeadDataPackR (623)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (52)
BEAT (54)
BEclear (69)
benchdamic (0)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (9)
BgeeCall (50)
BgeeDB (92)
BGmix (54)
bgx (69)
BHC (146)
BicARE (96)
BiFET (63)
BiGGR (61)
BigMatrix (0)
bigmelon (70)
bigmemoryExtras (50)
bigPint (90)
bim (0)
BindingSiteFinder (4)
bioassayR (74)
Biobase (37942)
biobase (0)
biobroom (169)
biobtreeR (56)
bioCancer (66)
BiocCaseStudies (39)
BiocCheck (2153)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (57)
BiocFileCache (16553)
BiocGenerics (45547)
biocGraph (168)
BiocInstaller (2023)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (3558)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5181)
BiocOncoTK (64)
Bioconductor (0)
BioCor (69)
BiocParallel (29763)
BiocPkgTools (96)
BiocSet (78)
BiocSingular (5798)
BiocSklearn (63)
BiocStyle (5021)
biocthis (93)
BiocVersion (43225)
biocViews (3643)
BiocWorkflowTools (155)
biodb (19)
biodbChebi (0)
biodbHmdb (0)
biodbKegg (0)
biodbLipidmaps (0)
biodbUniprot (0)
bioDist (218)
biomaRt (19127)
BioMedR (1)
biomformat (3666)
BioMM (56)
BioMVCClass (53)
biomvRCNS (53)
BioNERO (28)
BioNet (195)
bionet (0)
BioNetStat (59)
BioPlex (1)
BioQC (130)
BioSeqClass (15)
biosigner (76)
Biostrings (26495)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (10)
BioTIP (53)
biotmle (59)
biovizBase (4202)
BiRewire (83)
birta (14)
birte (3)
biscuiteer (53)
BiSeq (89)
BitSeq (69)
blacksheepr (51)
blima (60)
BLMA (67)
BloodGen3Module (18)
bluster (2099)
bnbc (53)
bnem (24)
BPRMeth (67)
BRAIN (139)
brainflowprobes (46)
brainImageR (1)
BrainSABER (43)
BrainStars (38)
branchpointer (63)
breakpointR (54)
brendaDb (56)
BRGenomics (76)
bridge (55)
BridgeDbR (75)
BrowserViz (98)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8354)
bsseq (1064)
BubbleTree (56)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (58)
bugsigdbr (2)
BUMHMM (53)
bumphunter (2065)
BumpyMatrix (86)
BUS (56)
BUScorrect (52)
BUSpaRse (197)
BUSseq (4)
BuxcoR (0)

C

CAEN (21)
CAFE (52)
CAGEfightR (75)
cageminer (3)
CAGEr (99)
CALIB (5)
calm (47)
CAMERA (432)
CAMTHC (8)
canceR (61)
cancerclass (63)
CancerInSilico (57)
CancerMutationAnalysis (43)
CancerSubtypes (172)
CAnD (52)
caOmicsV (57)
Cardinal (111)
CARNIVAL (97)
casper (63)
CATALYST (336)
Category (2702)
categoryCompare (54)
CausalR (63)
cbaf (55)
cBioPortalData (170)
cbpManager (18)
ccfindR (83)
ccmap (82)
CCPROMISE (51)
ccrepe (104)
celaref (87)
celda (192)
CellaRepertorium (44)
CellBarcode (0)
cellbaseR (58)
CellBench (71)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (126)
CelliD (42)
cellity (56)
CellMapper (55)
cellmigRation (17)
CellMixS (67)
CellNOptR (88)
cellscape (64)
CellScore (55)
CellTrails (55)
cellTree (60)
CEMiTool (182)
censcyt (22)
Cepo (0)
ceRNAnetsim (47)
CeTF (60)
CexoR (33)
CFAssay (68)
cfDNAPro (30)
CGEN (36)
CGHbase (269)
CGHcall (240)
cghMCR (69)
CGHnormaliter (52)
CGHregions (65)
ChAMP (564)
CHARGE (9)
charm (4)
ChemmineOB (189)
ChemmineR (456)
chemminer (0)
CHETAH (108)
ChIC (58)
Chicago (86)
chimera (35)
chimeraviz (79)
ChIPanalyser (52)
ChIPComp (64)
chipenrich (99)
ChIPexoQual (54)
ChIPpeakAnno (958)
ChIPQC (317)
ChIPseeker (1357)
chipseq (486)
ChIPseqR (117)
ChIPSeqSpike (40)
ChIPsim (121)
ChIPXpress (45)
chopsticks (102)
chroGPS (6)
chromDraw (57)
ChromHeatMap (67)
ChromoViz (0)
chromPlot (94)
ChromSCape (46)
chromstaR (82)
chromswitch (52)
chromVAR (575)
CHRONOS (60)
cicero (188)
CIMICE (19)
CINdex (60)
cindex (0)
circRNAprofiler (68)
cisPath (54)
CiteFuse (67)
ClassifyR (62)
cleanUpdTSeq (54)
cleaver (167)
clippda (57)
clipper (73)
cliProfiler (0)
cliqueMS (61)
Clomial (58)
Clonality (65)
clonotypeR (62)
clst (62)
clstutils (59)
CluMSID (59)
clustComp (56)
clusterExperiment (451)
ClusterJudge (51)
clusterProfiler (9550)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (51)
ClusterSignificance (59)
clusterStab (119)
clustifyr (113)
CMA (148)
cmapR (181)
cn.farms (53)
cn.mops (194)
CNAnorm (67)
cnanorm (0)
CNEr (950)
CNORdt (54)
CNORfeeder (55)
CNORfuzzy (53)
CNORode (74)
CNPBayes (2)
CNTools (111)
CNVfilteR (51)
CNVgears (26)
cnvGSA (55)
CNViz (16)
CNVPanelizer (66)
CNVRanger (82)
CNVrd2 (52)
CNVtools (11)
cnvtools (0)
cobindR (11)
CoCiteStats (50)
COCOA (50)
codelink (61)
CODEX (103)
coexnet (67)
CoGAPS (116)
cogena (94)
Cogito (0)
coGPS (53)
COHCAP (62)
cola (97)
combi (48)
coMET (73)
compartmap (50)
COMPASS (67)
compcodeR (90)
compEpiTools (70)
CompGO (63)
ComplexHeatmap (7213)
ComPrAn (19)
conclus (15)
condcomp (1)
condiments (28)
CONFESS (50)
consensus (49)
ConsensusClusterPlus (2310)
consensusDE (52)
consensusOV (59)
consensusSeekeR (55)
CONSTANd (24)
contiBAIT (51)
conumee (126)
convert (120)
copa (54)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (382)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (85)
CopywriteR (80)
coRdon (114)
CoRegFlux (30)
CoRegNet (74)
CoreGx (172)
Cormotif (50)
CorMut (11)
coRNAi (2)
corral (70)
CORREP (57)
coseq (89)
cosmiq (52)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (21)
COSNet (56)
CountClust (85)
countsimQC (60)
covEB (48)
CoverageView (82)
covRNA (54)
cpvSNP (54)
cqn (238)
CRImage (77)
CRISPRseek (98)
crisprseekplus (49)
CrispRVariants (84)
crlmm (124)
CrossICC (10)
crossmeta (81)
CSAR (123)
csaw (331)
csawBook (2)
csdR (3)
CSSP (58)
CSSQ (46)
ctc (286)
CTDquerier (24)
ctgGEM (44)
cTRAP (54)
ctsGE (58)
cummeRbund (361)
cummerbund (0)
customCMPdb (40)
customProDB (79)
CVE (5)
cyanoFilter (18)
cycle (53)
cydar (85)
CytoDx (61)
cytofast (42)
cytofkit (38)
CyTOFpower (0)
CytoGLMM (18)
cytoKernel (0)
cytolib (1789)
cytomapper (76)
CytoML (998)
CytoTree (57)

D

dada2 (1697)
dagLogo (59)
daMA (51)
DAMEfinder (52)
DaMiRseq (84)
DAPAR (81)
DART (58)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (49)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (54)
dcanr (67)
dce (35)
dcGSA (51)
DChIPRep (9)
ddCt (108)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (51)
dearseq (53)
debCAM (50)
debrowser (188)
DECIPHER (1382)
deco (53)
DEComplexDisease (51)
decompTumor2Sig (67)
DeconRNASeq (198)
decontam (304)
deconvR (0)
decoupleR (17)
DEDS (6)
DeepBlueR (66)
DeepPINCS (16)
deepSNV (97)
DEFormats (228)
DegNorm (44)
DEGraph (56)
DEGreport (444)
DEGseq (242)
DelayedArray (31671)
DelayedDataFrame (51)
DelayedMatrixStats (8857)
DelayedRandomArray (16)
DelayedTensor (4)
deltaCaptureC (46)
deltaGseg (51)
DeMAND (56)
DeMixT (67)
densvis (56)
DEP (325)
DepecheR (56)
DEqMS (114)
derfinder (508)
derfinderHelper (506)
derfinderPlot (97)
DEScan2 (51)
DESeq (1314)
deseq (0)
DESeq2 (14852)
DEsingle (237)
destiny (552)
DEsubs (49)
DEWSeq (49)
DExMA (18)
DEXSeq (685)
dexus (37)
DFP (54)
DIAlignR (50)
DiffBind (1072)
diffcoexp (69)
diffcyt (210)
diffGeneAnalysis (54)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (101)
DiffLogo (66)
diffloop (118)
diffuStats (69)
diffUTR (17)
diggit (54)
Dino (4)
dir.expiry (176)
Director (46)
DirichletMultinomial (1143)
discordant (90)
DiscoRhythm (60)
distinct (54)
dittoSeq (403)
divergence (48)
dks (55)
DMCFB (47)
DMCHMM (51)
DMRcaller (88)
DMRcate (774)
DMRforPairs (53)
DMRScan (49)
dmrseq (111)
DNABarcodeCompatibility (50)
DNABarcodes (123)
DNAcopy (2053)
DNaseR (0)
DNAshapeR (83)
domainsignatures (2)
DominoEffect (47)
doppelgangR (58)
DOQTL (6)
Doscheda (51)
DOSE (8924)
doseR (49)
dpeak (51)
drawProteins (117)
DRIMSeq (321)
DriverNet (59)
DropletUtils (1402)
drugTargetInteractions (18)
DrugVsDisease (58)
dSimer (3)
DSS (887)
dStruct (4)
DTA (54)
dualKS (52)
Dune (53)
DupChecker (9)
dupRadar (100)
dyebias (56)
DynDoc (578)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (79)
easyreporting (46)
easyRNASeq (55)
easyrnaseq (0)
EBarrays (120)
EBcoexpress (62)
EBImage (2224)
EBSEA (49)
EBSeq (383)
EBSeqHMM (70)
ecolitk (55)
EDASeq (1770)
edd (0)
EDDA (34)
edge (111)
edgeR (16281)
edger (0)
eegc (51)
EGAD (71)
EGSEA (187)
eiR (51)
eisa (42)
eisaR (81)
ELBOW (34)
ELMER (253)
EMDomics (61)
EmpiricalBrownsMethod (79)
ENCODExplorer (56)
EnhancedVolcano (2404)
enhancerHomologSearch (3)
EnMCB (48)
ENmix (153)
EnrichedHeatmap (247)
EnrichmentBrowser (298)
enrichplot (9021)
enrichTF (63)
ensembldb (7296)
ensemblVEP (124)
ENVISIONQuery (25)
epialleleR (17)
EpiCluster (0)
epidecodeR (17)
EpiDISH (159)
epigenomix (54)
epigraHMM (15)
epihet (48)
epiNEM (81)
epistack (0)
EpiTxDb (50)
epivizr (75)
epivizrChart (48)
epivizrData (74)
epivizrServer (79)
epivizrStandalone (63)
erccdashboard (72)
erma (99)
ERSSA (46)
esATAC (99)
escape (113)
esetVis (73)
eudysbiome (51)
evaluomeR (48)
EventPointer (60)
EWCE (30)
ExCluster (47)
ExiMiR (55)
exomeCopy (247)
exomecopy (0)
exomePeak (16)
exomePeak2 (80)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (3785)
ExperimentHubData (105)
ExperimentSubset (38)
explorase (20)
ExploreModelMatrix (79)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (34)
exprExternal (0)
externalVector (0)

F

fabia (114)
facopy (3)
factDesign (52)
FamAgg (72)
famat (40)
farms (63)
fastLiquidAssociation (52)
FastqCleaner (100)
fastseg (639)
fbat (0)
FCBF (79)
fCCAC (51)
fCI (52)
fcoex (59)
fcScan (46)
fdrame (57)
FEAST (23)
fedup (19)
FELLA (147)
FEM (129)
ffpe (70)
fgga (19)
FGNet (89)
fgsea (9375)
FilterFFPE (42)
FindIT2 (4)
FindMyFriends (81)
FISHalyseR (52)
fishpond (162)
FitHiC (72)
flagme (55)
FLAMES (3)
flipflop (3)
flowAI (419)
flowBeads (54)
flowBin (52)
flowcatchR (58)
flowCHIC (58)
flowCL (70)
flowClean (226)
flowClust (1074)
flowCore (1903)
flowCut (56)
flowCyBar (57)
flowDensity (152)
flowFit (13)
flowFlowJo (0)
flowFP (76)
flowGraph (24)
flowMap (57)
flowMatch (58)
flowMeans (140)
flowMerge (67)
flowPeaks (113)
flowPhyto (0)
flowPloidy (55)
flowPlots (58)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (3)
FlowRepositoryR (65)
FlowSOM (906)
flowSpecs (53)
flowSpy (36)
flowStats (1058)
flowTime (57)
flowTrans (74)
flowType (12)
flowUtils (195)
flowViz (1244)
flowVS (51)
flowWorkspace (1251)
flowworkspace (0)
fmcsR (189)
fmrs (44)
fobitools (20)
focalCall (8)
FoldGO (53)
FourCSeq (42)
FRASER (73)
frenchFISH (45)
FRGEpistasis (60)
frma (112)
frmaTools (58)
FScanR (39)
FunChIP (51)
FunciSNP (23)
funtooNorm (51)

G

GA4GHclient (55)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (47)
gaga (65)
gage (973)
gaggle (53)
gaia (160)
GAPGOM (49)
GAprediction (64)
garfield (60)
GARS (51)
GateFinder (48)
gaucho (2)
gcapc (56)
gcatest (56)
gCMAP (13)
gCMAPWeb (5)
gCrisprTools (56)
gcrma (1570)
GCSConnection (46)
GCSFilesystem (41)
GCSscore (49)
GDCRNATools (414)
GDSArray (93)
gdsfmt (1492)
geecc (8)
GEM (54)
gemini (48)
genArise (57)
genbankr (197)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (49)
GeneAnswers (73)
geneAttribution (51)
GeneBreak (52)
geneClassifiers (53)
GeneExpressionSignature (59)
genefilter (17860)
genefu (405)
GeneGA (53)
GeneGeneInteR (55)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (76)
GeneNetworkBuilder (71)
GeneOverlap (226)
geneplast (51)
geneplotter (13612)
GeneR (0)
geneRecommender (54)
GeneRegionScan (56)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (51)
GeneSelectMMD (57)
GeneSelector (3)
GENESIS (258)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (65)
geNetClassifier (86)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (13)
GeneticsPed (108)
GeneTonic (76)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (56)
GENIE3 (604)
genoCN (60)
GenoGAM (57)
genomation (443)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (30)
GenomeInfoDb (35502)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (171)
genomeintervals (0)
genomes (67)
GenomicAlignments (15938)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (878)
GenomicDistributions (28)
GenomicFeatures (14238)
GenomicFiles (843)
genomicInstability (1)
GenomicInteractions (171)
GenomicOZone (46)
GenomicRanges (29282)
GenomicScores (342)
GenomicSuperSignature (17)
GenomicTuples (51)
Genominator (6)
genoset (99)
genotypeeval (50)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (8)
GenVisR (385)
GeoDiff (0)
GEOexplorer (2)
GEOfastq (23)
GEOmetadb (211)
GeomxTools (35)
GEOquery (7472)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (56)
gep2pep (53)
gespeR (63)
getDEE2 (43)
geva (19)
GEWIST (51)
gff3Plotter (0)
GGBase (62)
ggbio (2018)
ggcyto (1110)
ggmsa (0)
GGPA (46)
ggspavis (2)
GGtools (57)
ggtree (5711)
ggtreeExtra (193)
GIGSEA (48)
girafe (122)
GISPA (59)
GLAD (290)
GladiaTOX (48)
Glimma (1270)
glmGamPoi (515)
glmSparseNet (75)
GlobalAncova (456)
globalSeq (54)
globaltest (1120)
gmapR (84)
GmicR (53)
gmoviz (44)
GMRP (54)
GNET2 (55)
goCluster (0)
GOexpress (119)
GOfuncR (137)
GOFunction (15)
GoogleGenomics (2)
GOpro (57)
goProfiles (97)
goprofiles (0)
GOSemSim (9003)
gosemsim (0)
goseq (1263)
GOSim (138)
goSTAG (63)
GOstats (2595)
gostats (0)
GOsummaries (84)
GOTHiC (61)
goTools (66)
gotools (0)
GPA (47)
gpart (62)
gpls (92)
gprege (67)
gpuMagic (48)
gQTLBase (57)
gQTLstats (49)
gramm4R (31)
granulator (18)
graper (52)
graph (16502)
GraphAlignment (59)
GraphAT (53)
graphite (1677)
GraphPAC (54)
GRENITS (58)
GreyListChIP (557)
GRmetrics (106)
groHMM (78)
GRridge (65)
GSALightning (57)
GSAR (139)
GSCA (56)
gscreend (50)
GSEABase (6115)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (59)
GSEAlm (84)
GSEAmining (44)
gsean (53)
GSgalgoR (45)
GSReg (55)
GSRI (52)
GSVA (2863)
gtrellis (126)
GUIDEseq (62)
Guitar (110)
Gviz (3047)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (400)
GWASTools (435)
gwasurvivr (73)
GWENA (69)

H

h5vc (66)
hapFabia (52)
Harman (173)
Harshlight (48)
harshlight (0)
hca (21)
HCABrowser (32)
HCAExplorer (30)
HCAMatrixBrowser (32)
HCsnip (3)
HDF5Array (8146)
HDTD (53)
heatmaps (248)
Heatplus (473)
HelloRanges (93)
HELP (57)
HEM (50)
Herper (83)
hexbin (0)
HGC (19)
hiAnnotator (71)
HIBAG (95)
HiCBricks (55)
hicbricks (0)
HiCcompare (127)
HiCDCPlus (26)
hicrep (24)
hierGWAS (58)
hierinf (48)
HilbertCurve (80)
HilbertVis (176)
HilbertVisGUI (36)
HiLDA (49)
hipathia (65)
HIPPO (48)
hiReadsProcessor (56)
HIREewas (49)
HiTC (136)
hmdbQuery (69)
HMMcopy (208)
hopach (193)
HPAanalyze (79)
hpar (249)
HPAStainR (41)
HPiP (0)
HTqPCR (210)
HTSanalyzeR (14)
HTSeqGenie (38)
htSeqTools (6)
htseqtools (0)
HTSFilter (187)
HubPub (16)
HumanTranscriptomeCompendium (48)
hummingbird (42)
HybridMTest (76)
hypeR (94)
hyperdraw (76)
hypergraph (103)

I

iASeq (51)
iasva (54)
iBBiG (89)
ibh (47)
iBMQ (39)
iCARE (91)
Icens (292)
icetea (49)
iCheck (48)
iChip (49)
iClusterPlus (253)
iCNV (56)
iCOBRA (116)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (81)
idiogram (51)
IdMappingAnalysis (4)
IdMappingRetrieval (4)
idpr (47)
idr2d (54)
iFlow (0)
iGC (51)
IgGeneUsage (39)
igvR (90)
IHW (694)
illuminaio (2294)
ILoReg (42)
imageHTS (56)
IMAS (50)
imcRtools (0)
Imetagene (28)
IMMAN (49)
ImmuneSpaceR (60)
immunoClust (56)
immunotation (16)
IMPCdata (49)
ImpulseDE (9)
ImpulseDE2 (34)
impute (7577)
INDEED (47)
infercnv (487)
infinityFlow (49)
Informeasure (42)
InPAS (57)
INPower (53)
inSilicoDb (5)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (62)
InTAD (50)
intansv (65)
interacCircos (21)
InteractionSet (617)
InteractiveComplexHeatmap (57)
interactiveDisplay (77)
interactiveDisplayBase (5928)
InterCellar (22)
IntEREst (61)
InterMineR (73)
IntramiRExploreR (32)
inveRsion (51)
inversion (0)
IONiseR (70)
iontree (2)
iPAC (58)
iPath (3)
ipdDb (50)
IPO (121)
IPPD (38)
IRanges (38819)
IRISFGM (20)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (41)
iSEE (308)
iSEEu (60)
iSeq (52)
iSNetwork (0)
isobar (122)
IsoCorrectoR (64)
IsoCorrectoRGUI (51)
IsoformSwitchAnalyzeR (218)
IsoGeneGUI (50)
ISoLDE (43)
isomiRs (69)
iSPlot (0)
ITALICS (48)
iterativeBMA (55)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (53)
iterClust (56)
iteremoval (49)
IVAS (54)
ivygapSE (48)
IWTomics (51)

J

JASPAR2018 (2)
jmosaics (1)
joda (8)
JunctionSeq (29)

K

karyoploteR (638)
KBoost (18)
KCsmart (50)
kebabs (116)
KEGGgraph (4112)
KEGGlincs (60)
keggorth (0)
keggorthology (70)
KEGGprofile (168)
KEGGREST (11431)
KEGGSOAP (0)
kimod (8)
KinSwingR (54)
kissDE (54)
kmknn (0)
KnowSeq (55)

L

LACE (44)
lapmix (48)
LBE (249)
ldblock (70)
LEA (324)
LedPred (49)
lefser (105)
les (53)
levi (47)
lfa (239)
limma (26642)
limmaGUI (80)
LINC (8)
LineagePulse (51)
LinkHD (44)
Linnorm (155)
lionessR (55)
lipidr (85)
LiquidAssociation (52)
lisaClust (18)
lmdme (61)
LMGene (13)
LOBSTAHS (49)
loci2path (47)
logicFS (91)
logitT (54)
Logolas (15)
lol (5)
LOLA (150)
LoomExperiment (297)
LowMACA (52)
LPE (60)
LPEadj (51)
lpNet (47)
lpsymphony (936)
LRBaseDbi (67)
LRcell (19)
lumi (1096)
LVSmiRNA (5)
LymphoSeq (67)

M

M3C (535)
M3D (11)
M3Drop (274)
m6Aboost (5)
maanova (69)
Maaslin2 (235)
macat (52)
maCorrPlot (59)
MACPET (50)
MACSQuantifyR (46)
MACSr (26)
maDB (0)
madb (0)
made4 (233)
MADSEQ (51)
maftools (1820)
MAGAR (19)
MAGeCKFlute (266)
MAI (2)
maigesPack (57)
MAIT (72)
makecdfenv (118)
makePlatformDesign (0)
MANOR (53)
manta (4)
MantelCorr (49)
mAPKL (51)
maPredictDSC (51)
mapscape (55)
marr (37)
marray (1552)
martini (58)
maser (85)
maSigPro (269)
maskBAD (53)
MassArray (55)
massarray (0)
massiR (56)
MassSpecWavelet (1263)
MAST (1185)
matchBox (53)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (24565)
MatrixQCvis (16)
MatrixRider (47)
matter (106)
MaxContrastProjection (8)
MBAmethyl (48)
MBASED (58)
MBCB (54)
mbkmeans (421)
mBPCR (51)
MBQN (47)
MBttest (50)
mcaGUI (26)
MCbiclust (52)
MCRestimate (6)
mCSEA (65)
mdgsa (56)
mdp (54)
mdqc (64)
MDTS (46)
MEAL (76)
MeasurementError.cor (51)
MEAT (51)
MEB (44)
MEDIPS (112)
MEDME (52)
megadepth (70)
MEIGOR (72)
Melissa (48)
memes (34)
MergeMaid (18)
mergemaid (0)
Mergeomics (66)
MeSHDbi (214)
meshes (134)
meshr (96)
MeSHSim (2)
MesKit (54)
messina (48)
metaArray (11)
metaarray (0)
Metab (55)
metabCombiner (40)
MetaboCoreUtils (29)
metabolomicsWorkbenchR (48)
metabomxtr (53)
MetaboSignal (73)
metaCCA (66)
MetaCyto (60)
metagene (63)
metagene2 (63)
metagenomeFeatures (42)
metagenomeSeq (739)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (50)
metaMS (88)
MetaNeighbor (68)
metapod (702)
metapone (1)
metaR (0)
metaSeq (68)
metaseqR (63)
metaseqR2 (53)
metavizr (51)
MetaVolcanoR (77)
metaX (3)
MetCirc (55)
MethCP (42)
methimpute (60)
methInheritSim (49)
MethPed (50)
MethReg (42)
methrix (56)
MethTargetedNGS (50)
methVisual (9)
methyAnalysis (90)
MethylAid (66)
methylCC (49)
methylclock (2)
methylGSA (90)
methylInheritance (45)
methylKit (527)
MethylMix (130)
methylMnM (54)
methylPipe (78)
methylscaper (18)
MethylSeekR (177)
methylSig (54)
methylumi (1306)
methyvim (27)
MetID (47)
MetNet (52)
mfa (67)
Mfuzz (407)
mfuzz (0)
MGFM (53)
MGFR (54)
mgsa (81)
mia (69)
miaSim (0)
miaViz (30)
MiChip (49)
microbiome (1037)
microbiomeDASim (49)
microbiomeExplorer (56)
microbiomeMarker (0)
MicrobiomeProfiler (0)
MicrobiotaProcess (141)
microRNA (141)
midasHLA (19)
MIGSA (55)
miloR (27)
mimager (52)
MIMOSA (53)
mina (22)
MineICA (68)
minet (493)
minfi (1784)
MinimumDistance (50)
MiPP (48)
miQC (21)
MIRA (58)
MiRaGE (57)
miRBaseConverter (118)
miRcomp (50)
mirIntegrator (52)
miRLAB (57)
miRmine (57)
miRNAmeConverter (72)
miRNApath (68)
miRNAtap (109)
miRSM (48)
miRsponge (2)
miRspongeR (58)
Mirsynergy (8)
mirTarRnaSeq (16)
missMethyl (855)
missRows (45)
mistyR (19)
mitch (63)
mitoClone2 (3)
mitoODE (8)
mixOmics (2084)
MLInterfaces (299)
mlm4omics (4)
MLP (76)
MLSeq (190)
MMAPPR2 (37)
MMDiff (1)
MMDiff2 (50)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (8)
MMUPHin (57)
mnem (80)
moanin (27)
MODA (63)
ModCon (19)
Modstrings (77)
MOFA (103)
MOFA2 (158)
MOGAMUN (43)
mogsa (93)
MOMA (53)
monaLisa (0)
monocle (2024)
MoonlightR (67)
MoPS (8)
mosaics (111)
mosbi (0)
MOSim (48)
motifbreakR (97)
motifcounter (59)
MotifDb (436)
motifmatchr (648)
motifRG (19)
motifStack (514)
MotIV (197)
MouseFM (24)
MPFE (49)
mpra (55)
MPRAnalyze (54)
MQmetrics (15)
mQTL.NMR (2)
msa (1045)
MsBackendMassbank (23)
MsBackendMgf (37)
MsBackendRawFileReader (0)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1266)
MSEADbi (36)
MsFeatures (38)
msgbsR (48)
MSGFgui (62)
MSGFplus (151)
msImpute (45)
msmsEDA (197)
msmsTests (189)
MSnbase (2339)
MSnID (188)
MSPrep (42)
msPurity (74)
msQC (0)
msqrob2 (25)
MSstats (360)
MSstatsConvert (116)
MSstatsLiP (0)
MSstatsLOBD (16)
MSstatsPTM (49)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (45)
MSstatsSampleSize (45)
MSstatsTMT (120)
MSstatsTMTPTM (39)
mtbls2 (0)
MTseeker (3)
Mulcom (111)
MultiAssayExperiment (1382)
MultiBaC (46)
multiClust (79)
multicrispr (45)
MultiDataSet (599)
multiGSEA (64)
multiHiCcompare (63)
MultiMed (54)
multiMiR (172)
multiOmicsViz (63)
multiscan (48)
multiSight (14)
multtest (8809)
mumosa (28)
MungeSumstats (21)
muscat (135)
muscle (184)
musicatk (43)
MutationalPatterns (331)
MVCClass (53)
mvGST (2)
MWASTools (79)
mygene (348)
myvariant (73)
mzID (2027)
mzR (2302)

N

NADfinder (51)
NanoMethViz (44)
NanoStringDiff (91)
NanoStringNCTools (36)
NanoStringQCPro (86)
nanotatoR (51)
NanoTube (4)
NarrowPeaks (9)
NBAMSeq (47)
NBSplice (50)
ncdfFlow (1228)
ncGTW (47)
NCIgraph (60)
ncRNAtools (41)
ndexr (70)
neaGUI (1)
nearBynding (40)
Nebulosa (163)
NeighborNet (47)
nem (12)
nempi (23)
netbenchmark (14)
netbiov (79)
netboost (43)
netboxr (47)
NetCRG (0)
netDx (55)
nethet (52)
netOmics (0)
NetPathMiner (69)
netprioR (49)
netReg (23)
netresponse (69)
NetSAM (54)
netSmooth (65)
networkBMA (58)
NeuCA (3)
NewWave (66)
NGScopy (2)
ngsReports (71)
nnNorm (51)
NOISeq (635)
nondetects (126)
NoRCE (45)
normalize450K (49)
NormalyzerDE (86)
NormqPCR (236)
normr (141)
NPARC (54)
npGSEA (57)
NTW (48)
nucleoSim (51)
nucleR (70)
nucler (0)
nuCpos (47)
nudge (2)
nullranges (0)
NuPoP (58)

O

occugene (49)
OCplus (120)
ODER (0)
odseq (58)
OGSA (7)
oligo (1627)
oligoClasses (1686)
OLIN (54)
OLINgui (48)
OmaDB (65)
omicade4 (88)
OmicCircos (264)
omiccircos (0)
omicplotR (52)
omicRexposome (48)
OmicsLonDA (47)
OmicsMarkeR (15)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (57)
omicsPrint (51)
Omixer (45)
OmnipathR (150)
Onassis (43)
oncomix (52)
OncoScore (54)
OncoSimulR (68)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (49)
onlineFDR (57)
ontoCAT (2)
ontoProc (86)
ontoTools (0)
openCyto (1035)
openPrimeR (109)
openPrimeRui (65)
OpenStats (47)
OperaMate (2)
oposSOM (68)
oppar (52)
oppti (42)
optimalFlow (44)
OPWeight (54)
OrderedList (87)
ORFhunteR (21)
ORFik (117)
Organism.dplyr (393)
OrganismDbi (2761)
orthogene (0)
OSAT (63)
OSCA (4)
OSCA.advanced (3)
OSCA.basic (3)
OSCA.intro (6)
OSCA.multisample (2)
OSCA.workflows (8)
Oscope (60)
OTUbase (49)
OutlierD (43)
OUTRIDER (123)
OVESEG (43)

P

PAA (63)
packFinder (46)
padma (38)
PADOG (202)
pageRank (37)
PAIRADISE (73)
paircompviz (58)
pairkat (0)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (67)
panelcn.mops (81)
PAnnBuilder (2)
panp (55)
PANR (52)
PanVizGenerator (56)
PAPi (8)
parglms (52)
parody (65)
PAST (53)
Path2PPI (63)
pathifier (209)
PathNet (55)
PathoStat (61)
pathprint (7)
pathRender (51)
pathVar (50)
pathview (3915)
pathwayPCA (82)
PathwaySplice (11)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (84)
Pbase (5)
pbcmc (2)
pcaExplorer (394)
pcaGoPromoter (11)
pcaMethods (3909)
PCAN (56)
PCAtools (798)
pcot2 (80)
PCpheno (30)
pcxn (51)
PDATK (19)
pdInfoBuilder (102)
pdmclass (2)
PeacoQC (38)
peakPantheR (55)
PECA (68)
peco (47)
pengls (0)
PepsNMR (76)
pepStat (53)
pepXMLTab (59)
PERFect (54)
periodicDNA (43)
perturbatr (50)
PFP (22)
PGA (26)
pga (0)
pgca (50)
PGSEA (58)
pgUtils (0)
phantasus (73)
PharmacoGx (166)
phemd (47)
phenoDist (2)
PhenoGeneRanker (17)
phenopath (76)
phenoTest (86)
PhenStat (59)
philr (131)
PhIPData (25)
phosphonormalizer (44)
PhosR (53)
PhyloProfile (52)
phyloseq (3810)
Pi (80)
piano (321)
pickgene (49)
PICS (117)
Pigengene (76)
PING (53)
pint (4)
pipeComp (45)
pipeFrame (96)
pkgDepTools (65)
planet (23)
plateCore (3)
plethy (49)
plgem (75)
plier (160)
PloGO2 (53)
plotgardener (5)
plotGrouper (52)
PLPE (51)
plrs (8)
plw (7)
plyranges (515)
pmm (50)
pmp (90)
PoDCall (21)
podkat (57)
pogos (49)
polyester (123)
Polyfit (30)
POMA (56)
POST (28)
PoTRA (47)
PowerExplorer (6)
powerTCR (202)
POWSC (19)
ppcseq (17)
PPInfer (66)
ppiStats (54)
pqsfinder (74)
prada (87)
pram (49)
prebs (51)
preciseTAD (40)
PrecisionTrialDrawer (43)
PREDA (81)
predictionet (48)
preprocessCore (11779)
primirTSS (46)
PrInCE (49)
Prize (8)
proActiv (48)
proBAMr (49)
proBatch (69)
PROcess (101)
procoil (55)
ProCoNA (2)
proDA (117)
proFIA (47)
profileplyr (91)
profileScoreDist (50)
progeny (218)
projectR (61)
pRoloc (246)
pRolocGUI (81)
PROMISE (49)
PROPER (90)
PROPS (53)
Prostar (67)
prostar (0)
prot2D (3)
proteinProfiles (48)
ProteoDisco (1)
ProteomicsAnnotationHubData (47)
ProteoMM (62)
proteoQC (7)
ProtGenerics (8008)
PSEA (55)
psichomics (80)
PSICQUIC (64)
psygenet2r (54)
ptairMS (18)
PubScore (45)
pulsedSilac (46)
puma (123)
PureCN (143)
pvac (53)
pvca (222)
Pviz (54)
PWMEnrich (93)
pwOmics (54)
pwrEWAS (63)
pxr (0)

Q

qckitfastq (64)
qcmetrics (61)
QDNAseq (238)
QFeatures (108)
qpcrNorm (57)
qpgraph (112)
qPLEXanalyzer (48)
qrqc (140)
qsea (58)
qsmooth (61)
QSutils (60)
qtbase (0)
Qtlizer (51)
qtpaint (0)
QUALIFIER (5)
quantiseqr (22)
quantro (113)
quantsmooth (464)
QuartPAC (43)
QuasR (343)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (93)
qusage (317)
qvalue (10614)

R

R3CPET (49)
r3Cseq (119)
R453Plus1Toolbox (58)
R4RNA (96)
RadioGx (44)
RaggedExperiment (612)
rain (76)
rama (56)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (25)
ramwas (74)
RandomWalkRestartMH (67)
randPack (59)
randRotation (45)
RankProd (295)
RareVariantVis (54)
Rariant (33)
rawrr (39)
RbcBook1 (51)
Rbec (14)
RBGL (9418)
RBioinf (73)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (170)
RBM (53)
Rbowtie (371)
Rbowtie2 (210)
rbsurv (76)
Rcade (75)
RCAS (66)
RCASPAR (51)
rcellminer (63)
rCGH (83)
Rchemcpp (4)
RchyOptimyx (29)
RcisTarget (609)
RCM (57)
RConferoMapping (0)
Rcpi (134)
RCSL (17)
Rcwl (50)
RcwlPipelines (41)
RCy3 (650)
RCyjs (65)
RCytoscape (5)
RDAVIDWebService (219)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (80)
Rdisop (291)
RDRToolbox (107)
ReactomeContentService4R (29)
ReactomeGraph4R (16)
ReactomeGSA (170)
ReactomePA (1423)
readat (20)
ReadqPCR (246)
reb (7)
REBET (45)
rebook (69)
receptLoss (43)
reconsi (45)
recount (438)
recount3 (86)
recountmethylation (41)
recoup (50)
RedeR (154)
REDseq (112)
RefNet (9)
RefPlus (55)
RegEnrich (45)
regioneR (1538)
regionReport (124)
regsplice (50)
regutools (45)
REMP (61)
Repitools (234)
ReportingTools (876)
reposTools (0)
RepViz (55)
ReQON (56)
ResidualMatrix (1345)
Resourcerer (0)
restfulSE (53)
rexposome (70)
rfaRm (47)
Rfastp (51)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (50)
rGADEM (475)
RGalaxy (59)
rGenomeTracks (1)
Rgin (52)
RGMQL (37)
RGraph2js (52)
Rgraphviz (9671)
rGREAT (258)
RGSEA (80)
rgsepd (51)
rhdf5 (13501)
rhdf5client (63)
rhdf5filters (10512)
Rhdf5lib (15880)
Rhisat2 (314)
Rhtslib (15751)
rHVDM (2)
RiboCrypt (0)
RiboDiPA (23)
RiboProfiling (75)
ribor (46)
riboSeq (0)
riboSeqR (73)
ribosomeProfilingQC (50)
RImmPort (52)
Ringo (258)
Rintact (0)
RIPAT (42)
RIPSeeker (19)
Risa (63)
RITAN (60)
RIVER (51)
RJMCMCNucleosomes (48)
RLassoCox (26)
RLMM (54)
RMAGEML (0)
Rmagpie (52)
RMAPPER (0)
RMassBank (85)
rMAT (3)
rmelting (62)
RmiR (55)
rmir (0)
Rmmquant (45)
rmspc (1)
RNAAgeCalc (56)
RNAdecay (44)
rnaEditr (35)
RNAinteract (45)
RNAither (28)
rnaither (0)
RNAmodR (51)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (45)
RNAmodR.ML (42)
RNAmodR.RiboMethSeq (44)
RNAprobR (32)
RNAsense (44)
rnaseqcomp (54)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (30)
RNASeqPower (155)
RNASeqR (59)
RnaSeqSampleSize (84)
RnBeads (278)
Rnits (53)
roar (68)
ROC (1116)
ROCpAI (44)
Roleswitch (13)
Rolexa (1)
rols (271)
roma (0)
ROntoTools (96)
ropls (544)
ROSeq (45)
ROTS (143)
RPA (58)
RProtoBufLib (1647)
RpsiXML (63)
rpx (259)
Rqc (197)
rqt (48)
rqubic (68)
rRDP (49)
Rredland (0)
RRHO (95)
rrvgo (133)
Rsamtools (16556)
rsbml (90)
rScudo (49)
rsemmed (43)
RSeqAn (64)
rSFFreader (3)
RSNPper (0)
Rsubread (1784)
RSVSim (58)
rSWeeP (45)
rTANDEM (35)
RTCA (52)
RTCGA (548)
RTCGAToolbox (398)
RTN (116)
RTNduals (63)
RTNsurvival (59)
RTools4TB (0)
RTopper (50)
Rtpca (43)
rtracklayer (17226)
Rtreemix (54)
rTRM (62)
rTRMui (48)
runibic (66)
Ruuid (0)
RUVcorr (57)
RUVnormalize (67)
RUVSeq (810)
RVS (49)
RWebServices (1)
rWikiPathways (257)

S

S4Vectors (39946)
safe (396)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (49)
SAGx (112)
SAIGEgds (71)
samExploreR (23)
sampleClassifier (39)
SamSPECTRAL (114)
sangeranalyseR (104)
sangerseqR (282)
SANTA (27)
sapFinder (21)
saps (1)
sarks (45)
satuRn (22)
savR (79)
SBGNview (56)
sbgr (1)
SBMLR (52)
SC3 (421)
Scale4C (48)
ScaledMatrix (1793)
scAlign (52)
SCAN.UPC (126)
scanMiR (5)
scanMiRApp (3)
scAnnotatR (1)
SCANVIS (54)
SCArray (23)
SCATE (39)
scater (4272)
scatterHatch (0)
scBFA (44)
SCBN (60)
scCB2 (44)
scClassifR (25)
scClassify (54)
scDataviz (52)
scDblFinder (284)
scDD (127)
scde (329)
scds (186)
SCFA (45)
scFeatureFilter (47)
scfind (10)
scGPS (45)
schex (119)
scHOT (54)
ScISI (58)
scMAGeCK (54)
scmap (175)
scMerge (154)
scmeth (53)
SCnorm (135)
scone (136)
Sconify (50)
SCOPE (48)
scoreInvHap (47)
scp (49)
scPCA (73)
scPipe (83)
scran (3017)
scReClassify (0)
scRecover (57)
scRepertoire (128)
scruff (62)
scry (73)
scShapes (4)
scsR (7)
scTensor (62)
scTGIF (41)
scTHI (46)
scTreeViz (0)
scuttle (4261)
SDAMS (51)
sechm (17)
segmenter (4)
segmentSeq (112)
selectKSigs (44)
SELEX (57)
SemDist (48)
semisup (50)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (51)
seq2pathway (57)
SeqArray (588)
seqbias (59)
seqCAT (53)
seqCNA (67)
seqcombo (56)
SeqGate (44)
SeqGSEA (120)
seqLogo (1585)
Seqnames (0)
seqPattern (422)
seqplots (78)
seqsetvis (59)
SeqSQC (49)
seqTools (112)
SeqVarTools (382)
sesame (313)
SEtools (55)
sevenbridges (83)
sevenC (52)
SGSeq (395)
SharedObject (86)
shinyepico (25)
shinyMethyl (94)
shinyTANDEM (25)
ShortRead (4994)
shortread (0)
SIAMCAT (101)
SICtools (45)
sidap (0)
sigaR (18)
SigCheck (51)
sigFeature (102)
SigFuge (49)
siggenes (2151)
sights (56)
signatureSearch (93)
signeR (77)
signet (7)
sigPathway (141)
SigsPack (48)
sigsquared (49)
SIM (50)
SIMAT (52)
SimBindProfiles (52)
SIMD (45)
SimFFPE (46)
similaRpeak (53)
SIMLR (209)
simpleaffy (445)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (124)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (33)
sincell (59)
SingleCellExperiment (7471)
SingleCellSignalR (140)
singleCellTK (100)
SingleMoleculeFootprinting (15)
SingleR (1695)
SingleRBook (2)
singscore (491)
SISPA (51)
sitadela (18)
sitePath (43)
sizepower (57)
SJava (1)
skewr (48)
slalom (54)
SLGI (52)
slingshot (793)
slinky (56)
SLqPCR (63)
SMAD (49)
SMAP (49)
SMITE (55)
SNAData (0)
SNAGEE (46)
snapCGH (58)
snapcount (45)
snifter (63)
snm (141)
snpAssoc (0)
SNPchip (42)
SNPediaR (50)
SNPhood (49)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1143)
snpStats (1311)
soGGi (149)
sojourner (40)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (164)
SOMNiBUS (20)
SpacePAC (51)
spade (2)
Spaniel (64)
sparrow (0)
sparseDOSSA (51)
sparseMatrixStats (6717)
sparsenetgls (43)
SparseSignatures (53)
SpatialCPie (61)
spatialDE (2)
SpatialDecon (48)
SpatialExperiment (223)
spatialHeatmap (37)
spatzie (3)
specL (54)
SpeCond (109)
Spectra (147)
SpectralTAD (59)
SPEM (74)
SPIA (473)
spicyR (39)
SpidermiR (71)
spikeLI (47)
spiky (5)
spkTools (53)
splatter (369)
splicegear (4)
spliceR (6)
spliceSites (3)
SplicingFactory (23)
SplicingGraphs (110)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (75)
SPLINTER (50)
splots (127)
SPONGE (55)
spotSegmentation (7)
spqn (48)
SPsimSeq (45)
SQLDataFrame (48)
SQUADD (45)
sRACIPE (49)
SRAdb (398)
sRAP (7)
SRGnet (35)
srnadiff (41)
sscore (52)
sscu (52)
sSeq (200)
ssize (77)
SSPA (343)
ssPATHS (45)
ssrch (49)
ssviz (55)
stageR (148)
stam (0)
STAN (56)
staRank (48)
StarBioTrek (55)
Starr (8)
STATegRa (58)
statTarget (107)
stepNorm (50)
stepwiseCM (2)
strandCheckR (47)
Streamer (53)
STRINGdb (696)
STROMA4 (51)
struct (94)
Structstrings (65)
structToolbox (69)
StructuralVariantAnnotation (135)
SubCellBarCode (47)
subSeq (67)
SummarizedBenchmark (55)
SummarizedExperiment (28645)
Summix (19)
supersigs (15)
supraHex (267)
surfaltr (0)
survcomp (703)
survtype (51)
Sushi (267)
sva (5146)
svaNUMT (3)
SVAPLSseq (7)
svaRetro (1)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (65)
SwathXtend (60)
swfdr (52)
SwimR (42)
switchBox (89)
switchde (61)
synapsis (0)
synapter (92)
synergyfinder (144)
SynExtend (44)
synlet (46)
SynMut (47)
systemPipeR (1207)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (47)
systemPipeTools (17)

T

TADCompare (49)
tanggle (1)
TAPseq (52)
target (50)
TargetDecoy (0)
TargetScore (55)
TargetSearch (59)
targetsearch (0)
TarSeqQC (57)
TBSignatureProfiler (44)
TCC (303)
TCGAbiolinks (2365)
TCGAbiolinksGUI (118)
TCGAutils (576)
TCseq (127)
TDARACNE (52)
tdaracne (0)
tenXplore (47)
TEQC (73)
ternarynet (48)
TFARM (45)
TFBSTools (982)
TFEA.ChIP (68)
TFHAZ (43)
TFutils (46)
tidybulk (133)
tidySingleCellExperiment (65)
tidySummarizedExperiment (90)
tiger (0)
tigre (56)
TileDBArray (45)
tilingArray (78)
timecourse (67)
timeOmics (56)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (60)
TimiRGeN (39)
TIN (52)
TissueEnrich (98)
TitanCNA (86)
tkWidgets (567)
tLOH (15)
TMixClust (70)
TNBC.CMS (46)
TnT (54)
TOAST (74)
tofsims (58)
tomoda (40)
ToPASeq (39)
topconfects (95)
topdownr (47)
topGO (2840)
topicmodels (0)
ToxicoGx (42)
TPP (88)
TPP2D (52)
tracktables (89)
trackViewer (279)
tradeSeq (282)
TrajectoryGeometry (18)
TrajectoryUtils (230)
transcriptogramer (49)
transcriptR (54)
transformGamPoi (0)
transite (54)
tRanslatome (48)
transomics2cytoscape (41)
TransView (50)
TraRe (20)
traseR (50)
Travel (14)
traviz (2)
TreeAndLeaf (52)
treeio (5354)
treekoR (15)
TreeSummarizedExperiment (210)
TReNA (1)
trena (47)
Trendy (60)
TRESS (0)
tricycle (23)
triform (5)
trigger (52)
trio (92)
triplex (52)
tripr (0)
tRNA (67)
tRNAdbImport (52)
tRNAscanImport (53)
TRONCO (72)
TSCAN (214)
tscR (50)
tspair (53)
TSRchitect (54)
TSSi (2)
ttgsea (23)
TTMap (46)
TurboNorm (51)
TVTB (59)
tweeDEseq (92)
twilight (93)
twoddpcr (52)
txcutr (0)
tximeta (992)
tximport (2652)
TxRegInfra (26)
TypeInfo (48)

U

Ularcirc (47)
UMI4Cats (42)
uncoverappLib (37)
UNDO (57)
unifiedWMWqPCR (54)
UniProt.ws (266)
Uniquorn (45)
universalmotif (238)
uSORT (47)

V

VAExprs (3)
VanillaICE (64)
VarCon (21)
variancePartition (357)
VariantAnnotation (6301)
VariantExperiment (44)
VariantFiltering (60)
VariantTools (99)
vasp (28)
VaSP (27)
vbmp (67)
VCFArray (46)
Vega (8)
VegaMC (47)
velociraptor (81)
veloviz (2)
VennDetail (112)
VERSO (40)
vidger (103)
viper (422)
virtualArray (0)
ViSEAGO (172)
vissE (23)
VplotR (43)
vsn (4049)
vtpnet (46)
vulcan (45)

W

waddR (54)
wateRmelon (738)
wavClusteR (56)
waveTiling (4)
weaver (62)
webbioc (58)
weitrix (45)
widgetInvoke (0)
widgetTools (576)
wiggleplotr (97)
wpm (49)
wppi (19)
Wrench (699)

X

XBSeq (37)
XCIR (44)
xcms (1289)
XDE (53)
Xeva (57)
XINA (48)
xmapbridge (48)
xmapcore (0)
XNAString (16)
xps (37)
XVector (33184)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (51)
YAPSA (87)
yaqcaffy (42)
yarn (67)

Z

zellkonverter (216)
zFPKM (120)
zinbwave (648)
zlibbioc (34578)