See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-12-13 13:08:36 -0500 (Fri, 13 Dec 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (29734)
2IRanges (26959)
3S4Vectors (26227)
4Biobase (26007)
5BiocVersion (25783)
6BiocParallel (21926)
7AnnotationDbi (21896)
8zlibbioc (21893)
9XVector (20072)
10GenomicRanges (19069)
11GenomeInfoDb (19049)
12limma (18495)
13SummarizedExperiment (17813)
14Biostrings (17725)
15BiocInstaller (17702)
16DelayedArray (16710)
17annotate (15006)
18Rsamtools (14281)
19genefilter (13460)
20biomaRt (13326)
21GenomicAlignments (13164)
22rtracklayer (13135)
23GenomicFeatures (11991)
24edgeR (11631)
25graph (11528)
26DESeq2 (10568)
27geneplotter (10163)
28Rhdf5lib (9772)
29preprocessCore (9586)
30rhdf5 (8582)
31RBGL (7415)
32qvalue (7219)
33Rhtslib (6795)
34affyio (6785)
35Rgraphviz (6781)
36affy (6735)
37BSgenome (6524)
38multtest (6506)
39VariantAnnotation (6169)
40impute (6126)
41ensembldb (5554)
42fgsea (5356)
43DOSE (5280)
44ProtGenerics (5198)
45GEOquery (5137)
46ShortRead (4951)
47clusterProfiler (4939)
48sva (4728)
49GOSemSim (4614)
50AnnotationFilter (4334)
51enrichplot (4332)
52HDF5Array (4232)
53ComplexHeatmap (4177)
54GSEABase (4174)
55DESeq (3996)
56KEGGREST (3841)
57AnnotationHub (3840)
58biovizBase (3734)
59DelayedMatrixStats (3706)
60vsn (3313)
61SingleCellExperiment (3175)
62phyloseq (3144)
63Gviz (3128)
64pathview (3067)
65interactiveDisplayBase (2987)
66KEGGgraph (2961)
67Category (2905)
68biomformat (2902)
69pcaMethods (2799)
70beachmat (2605)
71BiocFileCache (2583)
72AnnotationForge (2579)
73aroma.light (2546)
74illuminaio (2513)
75topGO (2501)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (90)
a4Base (111)
a4Classif (90)
a4Core (135)
a4Preproc (129)
a4Reporting (90)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (89)
ABarray (91)
abseqR (42)
ABSSeq (82)
acde (85)
ACE (52)
aCGH (152)
ACME (99)
ADaCGH2 (74)
ADAM (31)
ADAMgui (23)
adaptest (61)
adductomicsR (28)
adSplit (75)
AffiXcan (38)
affxparser (1602)
affy (6735)
affycomp (124)
AffyCompatible (93)
affyContam (76)
affycoretools (386)
affydata (1)
AffyExpress (79)
affyILM (73)
affyio (6785)
affylmGUI (117)
affyPara (75)
affypdnn (96)
affyPLM (1358)
affyqcreport (0)
affyQCReport (250)
AffyRNADegradation (76)
AffyTiling (5)
AGDEX (75)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (170)
AgiMicroRna (113)
agimicrorna (0)
AIMS (321)
ALDEx2 (289)
alevinQC (26)
AllelicImbalance (83)
AlphaBeta (5)
alpine (80)
ALPS (6)
alsace (83)
altcdfenvs (82)
AMARETTO (25)
AMOUNTAIN (83)
amplican (114)
ampliQueso (47)
AnalysisPageServer (67)
anamiR (72)
Anaquin (103)
AneuFinder (131)
ANF (69)
animalcules (23)
annaffy (468)
AnnBuilder (1)
annmap (65)
annotate (15006)
AnnotationDbi (21896)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4334)
AnnotationForge (2579)
AnnotationFuncs (111)
AnnotationHub (3840)
AnnotationHubData (124)
annotationTools (127)
annotatr (253)
anota (80)
anota2seq (109)
antiProfiles (70)
APAlyzer (4)
apcluster (0)
apComplex (127)
apcomplex (0)
apeglm (1353)
applera (0)
appreci8R (43)
aroma.light (2546)
ArrayExpress (549)
ArrayExpressHTS (50)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (67)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (96)
arrayQualityMetrics (522)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (115)
ArrayTV (75)
ARRmNormalization (70)
artMS (83)
ASAFE (66)
ASEB (76)
ASGSCA (74)
ASICS (86)
asmn (1)
ASpediaFI (3)
ASpli (130)
AssessORF (41)
ASSET (83)
ASSIGN (82)
ATACseqQC (238)
AtlasRDF (7)
atSNP (28)
attract (95)
AUCell (433)
Autotuner (9)
AWFisher (5)

B

BaalChIP (66)
BAC (71)
bacon (124)
BADER (73)
BadRegionFinder (66)
BAGS (69)
ballgown (912)
bamsignals (471)
BANDITS (25)
banocc (68)
basecallQC (72)
BaseSpaceR (87)
Basic4Cseq (110)
BASiCS (148)
BasicSTARRseq (68)
batchelor (322)
BatchQC (119)
BayesKnockdown (63)
BayesPeak (115)
bayNorm (84)
baySeq (493)
BBCAnalyzer (68)
BCRANK (91)
bcSeq (95)
BDMMAcorrect (71)
beachmat (2605)
beadarray (686)
beadarraySNP (84)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (672)
BeadExplorer (0)
BEARscc (93)
BEAT (82)
BEclear (82)
betr (7)
bgafun (68)
BgeeDB (104)
BGmix (50)
bgx (76)
BHC (164)
BicARE (116)
BiFET (94)
BiGGR (79)
BigMatrix (0)
bigmelon (75)
bigmemoryExtras (67)
bigPint (29)
bim (1)
bioassayR (114)
biobase (0)
Biobase (26007)
biobroom (183)
bioCancer (97)
BiocCaseStudies (79)
BiocCheck (280)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (2583)
BiocGenerics (29734)
biocGraph (248)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (17702)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1584)
BiocOncoTK (96)
Bioconductor (0)
BioCor (99)
BiocParallel (21926)
BiocPkgTools (97)
BiocSet (3)
BiocSingular (1077)
BiocSklearn (82)
BiocStyle (2125)
BiocVersion (25783)
biocViews (1975)
BiocWorkflowTools (83)
bioDist (241)
biomaRt (13326)
BioMedR (2)
biomformat (2902)
BioMM (23)
BioMVCClass (68)
biomvRCNS (65)
BioNet (251)
bionet (0)
BioNetStat (77)
BioQC (107)
BioSeqClass (151)
biosigner (84)
biostrings (0)
Biostrings (17725)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (70)
BioTIP (3)
biotmle (68)
biovizBase (3734)
BiRewire (89)
birta (76)
birte (49)
biscuiteer (3)
BiSeq (133)
BitSeq (142)
blacksheepr (2)
blima (66)
BLMA (76)
bnbc (63)
BPRMeth (80)
BRAIN (180)
brainflowprobes (2)
brainImageR (34)
BrainStars (68)
branchpointer (62)
breakpointR (40)
brendaDb (5)
bridge (69)
BridgeDbR (89)
BrowserViz (102)
BrowserVizDemo (18)
BSgenome (6524)
bsseq (877)
BubbleTree (69)
BufferedMatrix (77)
BufferedMatrixMethods (73)
BUMHMM (92)
bumphunter (1885)
BUS (69)
BUScorrect (37)
BUSpaRse (16)
BuxcoR (0)

C

CAFE (61)
CAGEfightR (70)
CAGEr (123)
CALIB (76)
calm (4)
CAMERA (581)
CAMTHC (46)
canceR (80)
cancerclass (73)
CancerInSilico (67)
CancerMutationAnalysis (74)
CancerSubtypes (134)
CAnD (64)
caOmicsV (69)
Cardinal (166)
casper (100)
CATALYST (258)
Category (2905)
categoryCompare (70)
CausalR (83)
cbaf (82)
ccfindR (103)
ccmap (91)
CCPROMISE (62)
ccrepe (83)
celaref (84)
celda (37)
cellbaseR (73)
CellBench (28)
cellGrowth (75)
cellHTS (4)
cellHTS2 (243)
cellity (107)
CellMapper (69)
CellMixS (23)
CellNOptR (150)
cellscape (79)
CellScore (57)
CellTrails (74)
cellTree (115)
CEMiTool (201)
ceRNAnetsim (0)
CexoR (67)
CFAssay (76)
CGEN (103)
CGHbase (248)
CGHcall (225)
cghMCR (83)
CGHnormaliter (65)
CGHregions (78)
ChAMP (531)
CHARGE (56)
charm (73)
ChemmineOB (229)
ChemmineR (444)
chemminer (0)
CHETAH (45)
ChIC (52)
Chicago (100)
chimera (83)
chimeraviz (129)
ChIPanalyser (58)
ChIPComp (71)
chipenrich (130)
ChIPexoQual (63)
ChIPpeakAnno (833)
ChIPQC (277)
ChIPseeker (1026)
chipseq (470)
ChIPseqR (140)
ChIPSeqSpike (98)
ChIPsim (141)
ChIPXpress (54)
chopsticks (139)
chroGPS (67)
chromDraw (69)
ChromHeatMap (83)
ChromoViz (1)
chromPlot (109)
chromstaR (91)
chromswitch (75)
chromVAR (212)
CHRONOS (83)
cicero (150)
CINdex (65)
circRNAprofiler (6)
cisPath (76)
ClassifyR (99)
cleanUpdTSeq (75)
cleaver (171)
clippda (76)
clipper (93)
cliqueMS (4)
Clomial (71)
Clonality (74)
clonotypeR (67)
clst (74)
clstutils (66)
CluMSID (35)
clustComp (66)
clusterExperiment (435)
ClusterJudge (58)
clusterProfiler (4939)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (62)
ClusterSignificance (64)
clusterStab (145)
CMA (139)
cn.farms (69)
cn.mops (186)
CNAnorm (77)
cnanorm (0)
CNEr (521)
CNORdt (88)
CNORfeeder (102)
CNORfuzzy (67)
CNORode (128)
CNPBayes (60)
CNTools (180)
CNVfilteR (3)
cnvGSA (70)
CNVPanelizer (81)
CNVRanger (33)
CNVrd2 (67)
CNVtools (87)
cnvtools (0)
cobindR (68)
CoCiteStats (73)
COCOA (62)
codelink (73)
CODEX (164)
coexnet (70)
CoGAPS (138)
cogena (90)
coGPS (65)
COHCAP (83)
cola (22)
coMET (91)
compartmap (68)
COMPASS (113)
compcodeR (115)
compEpiTools (80)
CompGO (82)
ComplexHeatmap (4177)
condcomp (30)
CONFESS (58)
consensus (55)
ConsensusClusterPlus (2396)
consensusDE (74)
consensusOV (65)
consensusSeekeR (68)
contiBAIT (89)
conumee (109)
convert (157)
copa (76)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (291)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (22)
CopywriteR (138)
coRdon (86)
CoRegFlux (19)
CoRegNet (85)
Cormotif (64)
CorMut (73)
coRNAi (6)
CORREP (65)
coseq (120)
cosmiq (72)
cosmo (1)
cosmoGUI (1)
COSNet (64)
CountClust (131)
countsimQC (72)
covEB (86)
CoverageView (117)
covRNA (60)
cpvSNP (66)
cqn (230)
CRImage (91)
CRISPRseek (138)
crisprseekplus (60)
CrispRVariants (127)
crlmm (156)
CrossICC (3)
crossmeta (83)
CSAR (146)
csaw (264)
CSSP (68)
ctc (289)
CTDquerier (57)
cTRAP (43)
ctsGE (102)
cummeRbund (626)
cummerbund (0)
customProDB (144)
CVE (68)
cycle (68)
cydar (128)
CytoDx (65)
cytofast (31)
cytofkit (142)
cytolib (605)
CytoML (201)

D

dada2 (1370)
dagLogo (63)
daMA (63)
DaMiRseq (91)
DAPAR (137)
DART (70)
DASC (4)
DASiR (3)
DAVIDQuery (3)
DBChIP (107)
dcanr (25)
dcGSA (88)
DChIPRep (65)
ddCt (129)
ddgraph (8)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (55)
debCAM (2)
debrowser (237)
DECIPHER (1048)
deco (31)
DEComplexDisease (57)
decompTumor2Sig (29)
DeconRNASeq (158)
decontam (165)
DEDS (109)
DeepBlueR (91)
deepSNV (105)
DEFormats (230)
DEGraph (68)
DEGreport (267)
DEGseq (302)
DelayedArray (16710)
DelayedDataFrame (31)
DelayedMatrixStats (3706)
deltaCaptureC (3)
deltaGseg (67)
DeMAND (69)
DeMixT (36)
DEP (266)
DepecheR (29)
DEqMS (81)
derfinder (447)
derfinderHelper (404)
derfinderPlot (101)
DEScan2 (89)
deseq (0)
DESeq (3996)
DESeq2 (10568)
DEsingle (130)
destiny (798)
DEsubs (68)
DEWSeq (3)
DEXSeq (701)
dexus (83)
DFP (65)
DiffBind (684)
diffcoexp (64)
diffcyt (179)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (65)
diffHic (97)
DiffLogo (73)
diffloop (111)
diffuStats (70)
diggit (70)
Director (58)
DirichletMultinomial (663)
discordant (93)
DiscoRhythm (21)
divergence (21)
dks (64)
DMCFB (3)
DMCHMM (61)
DMRcaller (135)
DMRcate (599)
DMRforPairs (62)
DMRScan (62)
dmrseq (135)
DNABarcodeCompatibility (26)
DNABarcodes (120)
DNAcopy (2388)
DNaseR (1)
DNAshapeR (98)
domainsignatures (7)
DominoEffect (67)
doppelgangR (80)
DOQTL (75)
Doscheda (89)
DOSE (5280)
doseR (22)
drawProteins (87)
DRIMSeq (273)
DriverNet (79)
DropletUtils (633)
DrugVsDisease (70)
dSimer (55)
DSS (780)
DTA (65)
dualKS (64)
DupChecker (65)
dupRadar (104)
dyebias (67)
DynDoc (556)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (115)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (164)
EBarrays (140)
EBcoexpress (71)
EBImage (1976)
EBSEA (61)
EBSeq (542)
EBSeqHMM (121)
ecolitk (68)
EDASeq (2500)
edd (1)
EDDA (85)
edge (126)
edger (0)
edgeR (11631)
eegc (61)
EGAD (72)
EGSEA (248)
eiR (66)
eisa (83)
ELBOW (68)
ELMER (384)
EMDomics (70)
EmpiricalBrownsMethod (94)
ENCODExplorer (95)
EnhancedVolcano (754)
ENmix (167)
EnrichedHeatmap (150)
EnrichmentBrowser (300)
enrichplot (4332)
enrichTF (22)
ensembldb (5554)
ensemblVEP (141)
ENVISIONQuery (68)
EpiCluster (0)
EpiDISH (127)
epigenomix (71)
epihet (24)
epiNEM (64)
epivizr (89)
epivizrChart (57)
epivizrData (89)
epivizrServer (91)
epivizrStandalone (75)
erccdashboard (113)
erma (195)
ERSSA (68)
esATAC (199)
esetVis (74)
eudysbiome (61)
evaluomeR (20)
EventPointer (74)
EWCE (4)
ExCluster (61)
ExiMiR (67)
exomeCopy (248)
exomecopy (0)
exomePeak (112)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (1381)
ExperimentHubData (76)
explorase (47)
ExpressionAtlas (94)
ExpressionView (69)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (133)
facopy (23)
factDesign (73)
FamAgg (90)
farms (74)
fastLiquidAssociation (65)
FastqCleaner (53)
fastseg (625)
fbat (1)
FCBF (61)
fCCAC (61)
fCI (71)
fcoex (3)
fcScan (5)
fdrame (69)
FELLA (99)
FEM (416)
ffpe (73)
FGNet (116)
fgsea (5356)
FindMyFriends (92)
FISHalyseR (65)
fishpond (28)
FitHiC (79)
flagme (68)
flipflop (55)
flowAI (263)
flowBeads (95)
flowBin (95)
flowcatchR (63)
flowCHIC (95)
flowCL (133)
flowClean (141)
flowClust (431)
flowCore (1573)
flowCyBar (68)
flowDensity (188)
flowFit (70)
flowFlowJo (2)
flowFP (134)
flowMap (69)
flowMatch (98)
flowMeans (190)
flowMerge (103)
flowPeaks (141)
flowPhyto (1)
flowPloidy (68)
flowPlots (70)
flowq (0)
flowQ (23)
flowQB (59)
FlowRepositoryR (74)
FlowSOM (737)
flowSpecs (2)
flowSpy (3)
flowStats (414)
flowTime (90)
flowTrans (116)
flowType (86)
flowUtils (720)
flowViz (757)
flowVS (76)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (634)
fmcsR (176)
focalCall (62)
FoldGO (44)
FourCSeq (81)
FRGEpistasis (70)
frma (197)
frmaTools (73)
FunChIP (63)
FunciSNP (72)
funtooNorm (57)

G

GA4GHclient (61)
GA4GHshiny (58)
gaga (106)
gage (938)
gaggle (66)
gaia (174)
GAPGOM (22)
GAprediction (60)
garfield (69)
GARS (54)
GateFinder (88)
gaucho (22)
gcapc (62)
gcatest (64)
gCMAP (65)
gCMAPWeb (41)
gCrisprTools (102)
gcrma (1770)
GCSscore (2)
GDCRNATools (282)
GDSArray (75)
gdsfmt (1191)
geecc (64)
GEM (68)
gemini (4)
genArise (70)
genbankr (140)
GENE.E (8)
gene2pathway (1)
GeneAccord (35)
GeneAnswers (118)
geneAttribution (62)
GeneBreak (61)
geneClassifiers (60)
GeneExpressionSignature (77)
genefilter (13460)
genefu (289)
GeneGA (60)
GeneGeneInteR (64)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (95)
GeneNetworkBuilder (92)
GeneOverlap (247)
geneplast (64)
geneplotter (10163)
GeneR (1)
geneRecommender (69)
GeneRegionScan (64)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (64)
GeneSelectMMD (71)
GeneSelector (59)
GENESIS (215)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (93)
geNetClassifier (100)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (84)
GeneticsPed (125)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (65)
GENIE3 (362)
genoCN (68)
GenoGAM (82)
genomation (338)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (216)
GenomeInfoDb (19049)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (235)
genomeintervals (0)
genomes (90)
GenomicAlignments (13164)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (689)
GenomicFeatures (11991)
GenomicFiles (711)
GenomicInteractions (146)
GenomicOZone (5)
GenomicRanges (19069)
GenomicScores (289)
GenomicTuples (68)
Genominator (79)
genoset (165)
genotypeeval (64)
GenoView (3)
genphen (79)
GenRank (64)
GenVisR (353)
GEOmetadb (250)
GEOquery (5137)
GEOsearch (6)
GEOsubmission (65)
gep2pep (57)
gespeR (114)
GEWIST (60)
gff3Plotter (0)
GGBase (121)
ggbio (1769)
ggcyto (434)
GGtools (107)
ggtree (1871)
GIGSEA (36)
girafe (141)
GISPA (65)
GLAD (236)
GladiaTOX (16)
Glimma (954)
glmSparseNet (45)
GlobalAncova (310)
globalSeq (62)
globaltest (937)
gmapR (113)
GmicR (3)
GMRP (63)
GNET2 (19)
goCluster (0)
GOexpress (160)
GOfuncR (116)
GOFunction (81)
GoogleGenomics (42)
GOpro (66)
goProfiles (140)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4614)
goseq (1092)
GOSim (122)
goSTAG (69)
gostats (0)
GOstats (2444)
GOsummaries (112)
GOTHiC (109)
goTools (98)
gotools (0)
gpart (66)
gpls (140)
gprege (66)
gpuMagic (6)
gQTLBase (185)
gQTLstats (221)
gramm4R (4)
graper (26)
graph (11528)
GraphAlignment (71)
GraphAT (65)
graphite (1367)
GraphPAC (73)
GRENITS (76)
GreyListChIP (70)
GRmetrics (138)
groHMM (77)
GRridge (68)
GSALightning (63)
GSAR (161)
GSCA (68)
gscreend (2)
GSEABase (4174)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (91)
GSEAlm (128)
gsean (80)
GSReg (66)
GSRI (66)
GSVA (1246)
gtrellis (137)
GUIDEseq (98)
Guitar (115)
Gviz (3128)
gwascat (271)
GWASTools (380)
gwasurvivr (51)

H

h5vc (73)
hapFabia (67)
Harman (192)
Harshlight (64)
harshlight (0)
HCABrowser (23)
HCAExplorer (3)
HCsnip (9)
HDF5Array (4232)
HDTD (64)
heatmaps (205)
Heatplus (556)
HelloRanges (92)
HELP (69)
HEM (65)
hexbin (3)
hiAnnotator (85)
HIBAG (105)
HiCBricks (38)
HiCcompare (104)
hicrep (87)
hierGWAS (69)
hierinf (34)
HilbertCurve (99)
HilbertVis (218)
HilbertVisGUI (53)
HiLDA (5)
hipathia (96)
hiReadsProcessor (60)
HIREewas (38)
HiTC (171)
hmdbQuery (76)
HMMcopy (194)
hopach (237)
HPAanalyze (46)
hpar (248)
HTqPCR (168)
HTSanalyzeR (168)
HTSeqGenie (41)
htseqtools (0)
htSeqTools (141)
HTSFilter (210)
HumanTranscriptomeCompendium (30)
HybridMTest (87)
hypeR (30)
hyperdraw (92)
hypergraph (132)

I

iASeq (63)
iasva (67)
iBBiG (115)
ibh (61)
iBMQ (56)
iCARE (71)
Icens (287)
icetea (64)
iCheck (64)
iChip (63)
iClusterPlus (169)
iCNV (79)
iCOBRA (110)
ideal (107)
ideogram (0)
IdeoViz (102)
idiogram (65)
IdMappingAnalysis (60)
IdMappingRetrieval (61)
idr2d (3)
iFlow (1)
iGC (63)
IgGeneUsage (4)
igvR (69)
IHW (754)
illuminaio (2513)
imageHTS (100)
IMAS (87)
Imetagene (58)
IMMAN (64)
ImmuneSpaceR (107)
immunoClust (68)
IMPCdata (60)
ImpulseDE (66)
ImpulseDE2 (137)
impute (6126)
INDEED (41)
infercnv (104)
InPAS (70)
INPower (61)
inSilicoDb (16)
inSilicoMerging (17)
insilicomerging (0)
INSPEcT (98)
InTAD (81)
intansv (70)
InteractionSet (325)
interactiveDisplay (129)
interactiveDisplayBase (2987)
IntEREst (99)
InterMineR (91)
IntramiRExploreR (54)
inversion (0)
inveRsion (66)
IONiseR (79)
iontree (7)
iPAC (78)
ipdDb (36)
IPO (144)
IPPD (139)
IRanges (26959)
IrisSpatialFeatures (18)
iSEE (231)
iSeq (69)
iSNetwork (0)
isobar (183)
IsoCorrectoR (50)
IsoCorrectoRGUI (31)
IsoformSwitchAnalyzeR (173)
IsoGeneGUI (63)
ISoLDE (62)
isomiRs (105)
iSPlot (0)
ITALICS (61)
iterativeBMA (73)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (67)
iterClust (64)
iteremoval (55)
IVAS (98)
ivygapSE (59)
IWTomics (66)

J

JASPAR2018 (12)
jmosaics (3)
joda (62)
JunctionSeq (150)

K

karyoploteR (461)
KCsmart (64)
kebabs (136)
KEGGgraph (2961)
KEGGlincs (68)
keggorth (1)
keggorthology (86)
KEGGprofile (209)
KEGGREST (3841)
KEGGSOAP (2)
kimod (64)
KinSwingR (41)
kissDE (61)
kmknn (0)
KnowSeq (10)

L

lapmix (63)
LBE (105)
ldblock (105)
LEA (308)
LedPred (63)
les (68)
levi (37)
lfa (192)
limma (18495)
limmaGUI (99)
LINC (58)
LineagePulse (86)
LinkHD (3)
Linnorm (163)
lionessR (3)
lipidr (24)
LiquidAssociation (67)
lmdme (69)
LMGene (75)
LOBSTAHS (74)
loci2path (55)
logicFS (176)
logitT (65)
Logolas (77)
lol (66)
LOLA (134)
LoomExperiment (82)
LowMACA (76)
LPE (86)
LPEadj (69)
lpNet (61)
lpsymphony (724)
LRBaseDbi (52)
lumi (1016)
LVSmiRNA (69)
LymphoSeq (80)

M

M3C (166)
M3D (72)
M3Drop (243)
maanova (86)
Maaslin2 (9)
macat (66)
maCorrPlot (65)
MACPET (55)
MACSQuantifyR (2)
maDB (1)
madb (0)
made4 (338)
MADSEQ (65)
maftools (1242)
MAGeCKFlute (162)
maigesPack (71)
MAIT (112)
makecdfenv (160)
makePlatformDesign (1)
MANOR (63)
manta (96)
MantelCorr (62)
mAPKL (62)
maPredictDSC (64)
mapscape (63)
marray (1412)
martini (68)
maser (54)
maSigPro (280)
maskBAD (63)
MassArray (71)
massarray (0)
massiR (67)
MassSpecWavelet (1089)
MAST (738)
matchBox (61)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (60)
matter (152)
MaxContrastProjection (89)
MBAmethyl (59)
MBASED (71)
MBCB (66)
mbkmeans (36)
mBPCR (63)
MBQN (0)
MBttest (58)
mcaGUI (62)
MCbiclust (97)
MCRestimate (70)
mCSEA (93)
mdgsa (82)
mdp (87)
mdqc (71)
MDTS (54)
MEAL (68)
MeasurementError.cor (61)
MEB (2)
MEDIPS (125)
MEDME (62)
MEIGOR (87)
Melissa (24)
mergemaid (0)
MergeMaid (99)
Mergeomics (71)
MeSHDbi (178)
meshes (85)
meshr (110)
MeSHSim (5)
messina (61)
metaArray (90)
metaarray (0)
Metab (75)
metabomxtr (103)
MetaboSignal (79)
metaCCA (71)
MetaCyto (84)
metagene (83)
metagene2 (20)
metagenomeFeatures (105)
metagenomeSeq (632)
MetaGxOvarian (2)
metahdep (63)
metaMS (119)
MetaNeighbor (106)
metaR (0)
metaSeq (76)
metaseqR (109)
metavizr (75)
MetaVolcanoR (14)
metaX (4)
MetCirc (72)
MethCP (2)
methimpute (68)
methInheritSim (62)
MethPed (86)
methrix (4)
MethTargetedNGS (61)
methVisual (70)
methyAnalysis (123)
MethylAid (84)
methylCC (2)
methylGSA (85)
methylInheritance (62)
methylKit (476)
MethylMix (131)
methylMnM (67)
methylPipe (88)
MethylSeekR (96)
methylumi (1171)
methyvim (59)
MetID (34)
MetNet (70)
mfa (102)
Mfuzz (299)
mfuzz (0)
MGFM (69)
MGFR (102)
mgsa (91)
MiChip (63)
microbiome (530)
microbiomeDASim (3)
microRNA (146)
MIGSA (66)
mimager (59)
MIMOSA (85)
MineICA (76)
minet (566)
minfi (1909)
MinimumDistance (61)
MiPP (64)
MIRA (107)
MiRaGE (94)
miRBaseConverter (87)
miRcomp (62)
mirIntegrator (65)
miRLAB (76)
miRmine (58)
miRNAmeConverter (72)
miRNApath (79)
miRNAtap (127)
miRSM (38)
miRsponge (78)
miRspongeR (28)
Mirsynergy (65)
missMethyl (679)
missRows (53)
mitch (0)
mitoODE (63)
mixOmics (1443)
MLInterfaces (404)
mlm4omics (32)
MLP (88)
MLSeq (178)
MMAPPR2 (7)
MMDiff (4)
MMDiff2 (62)
mmgmos (0)
mmnet (5)
MmPalateMiRNA (63)
MMUPHin (3)
mnem (21)
MODA (69)
Modstrings (23)
MOFA (53)
mogsa (76)
monocle (1755)
MoonlightR (72)
MoPS (62)
mosaics (106)
MOSim (3)
motifbreakR (87)
motifcounter (76)
MotifDb (324)
motifmatchr (307)
motifRG (117)
motifStack (431)
MotIV (445)
MPFE (60)
mpra (64)
MPRAnalyze (69)
mQTL.NMR (23)
msa (804)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (85)
MSGFgui (137)
MSGFplus (241)
msmsEDA (190)
msmsTests (153)
MSnbase (1578)
MSnID (214)
msPurity (121)
msQC (0)
MSstats (297)
MSstatsQC (71)
MSstatsQCgui (61)
MSstatsSampleSize (3)
MSstatsTMT (101)
mtbls2 (0)
MTseeker (36)
Mulcom (144)
MultiAssayExperiment (1043)
multiClust (105)
MultiDataSet (143)
multiHiCcompare (45)
MultiMed (64)
multiMiR (116)
multiOmicsViz (62)
multiscan (61)
multtest (6506)
muscat (8)
muscle (169)
MutationalPatterns (242)
MVCClass (65)
mvGST (7)
MWASTools (95)
mygene (352)
myvariant (93)
mzID (1466)
mzR (1729)

N

NADfinder (70)
NanoStringDiff (107)
NanoStringQCPro (94)
nanotatoR (20)
NarrowPeaks (74)
NBAMSeq (19)
NBSplice (69)
ncdfFlow (623)
ncGTW (5)
NCIgraph (69)
ndexr (101)
neaGUI (4)
NeighborNet (34)
nem (119)
netbenchmark (70)
netbiov (106)
netboost (19)
netboxr (1)
NetCRG (0)
nethet (72)
NetPathMiner (87)
netprioR (58)
netReg (69)
netresponse (74)
NetSAM (63)
netSmooth (62)
networkBMA (69)
NGScopy (62)
ngsReports (30)
nnNorm (63)
NOISeq (627)
nondetects (74)
normalize450K (57)
NormalyzerDE (63)
NormqPCR (278)
normr (77)
npGSEA (69)
NTW (61)
nucleoSim (60)
nucleR (89)
nucler (0)
nuCpos (34)
nudge (22)
NuPoP (70)

O

occugene (61)
OCplus (143)
odseq (62)
OGSA (60)
oligo (1626)
oligoClasses (1750)
OLIN (66)
OLINgui (62)
OmaDB (96)
omicade4 (96)
omiccircos (0)
OmicCircos (246)
omicplotR (91)
omicRexposome (89)
OmicsLonDA (27)
OmicsMarkeR (92)
OMICsPCA (38)
omicsPrint (69)
OmnipathR (5)
Onassis (68)
oncomix (61)
OncoScore (62)
OncoSimulR (74)
oneChannelGUI (11)
oneSENSE (83)
onlineFDR (35)
ontoCAT (10)
ontoProc (75)
ontoTools (1)
openCyto (372)
openPrimeR (90)
openPrimeRui (64)
OperaMate (6)
oposSOM (86)
oppar (62)
oppti (3)
OPWeight (97)
OrderedList (133)
ORFik (106)
Organism.dplyr (352)
OrganismDbi (2362)
OSAT (76)
Oscope (103)
OTUbase (67)
OutlierD (80)
OUTRIDER (88)
OVESEG (22)

P

PAA (82)
PADOG (231)
PAIRADISE (23)
paircompviz (70)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (83)
panelcn.mops (73)
PAnnBuilder (24)
panp (72)
PANR (81)
PanVizGenerator (68)
PAPi (104)
parglms (60)
parody (89)
PAST (24)
Path2PPI (77)
pathifier (224)
PathNet (69)
PathoStat (73)
pathprint (60)
pathRender (65)
pathVar (64)
pathview (3067)
pathwayPCA (35)
PathwaySplice (95)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (108)
Pbase (72)
pbcmc (21)
pcaExplorer (358)
pcaGoPromoter (106)
pcaMethods (2799)
PCAN (61)
PCAtools (101)
pcot2 (136)
PCpheno (67)
pcxn (60)
pdInfoBuilder (131)
pdmclass (8)
peakPantheR (4)
PECA (75)
PepsNMR (76)
pepStat (68)
pepXMLTab (73)
PERFect (3)
perturbatr (56)
PGA (74)
pgca (65)
PGSEA (235)
pgUtils (1)
phantasus (65)
PharmacoGx (159)
phemd (27)
phenoDist (22)
phenopath (93)
phenoTest (111)
PhenStat (81)
philr (127)
phosphonormalizer (63)
PhyloProfile (6)
phyloseq (3144)
Pi (73)
piano (311)
pickgene (61)
PICS (139)
Pigengene (115)
PING (61)
pint (63)
pipeFrame (23)
pkgDepTools (87)
plateCore (70)
plethy (63)
plgem (119)
plier (212)
plotGrouper (43)
PLPE (68)
plrs (62)
plw (63)
plyranges (242)
pmm (58)
podkat (65)
pogos (87)
polyester (140)
Polyfit (78)
POST (57)
PoTRA (19)
PowerExplorer (63)
powerTCR (60)
PPInfer (73)
ppiStats (81)
pqsfinder (90)
prada (304)
pram (21)
prebs (93)
PrecisionTrialDrawer (26)
PREDA (86)
predictionet (48)
preprocessCore (9586)
primirTSS (36)
PrInCE (25)
Prize (66)
proBAMr (96)
proBatch (28)
PROcess (153)
procoil (69)
ProCoNA (21)
proDA (5)
proFIA (70)
profileplyr (24)
profileScoreDist (56)
progeny (119)
projectR (30)
pRoloc (314)
pRolocGUI (83)
PROMISE (65)
PROPER (100)
PROPS (57)
Prostar (120)
prot2D (43)
proteinProfiles (62)
ProteomicsAnnotationHubData (64)
ProteoMM (70)
proteoQC (67)
ProtGenerics (5198)
PSEA (67)
psichomics (112)
PSICQUIC (91)
psygenet2r (65)
pulsedSilac (2)
puma (143)
PureCN (143)
pvac (67)
pvca (192)
Pviz (78)
PWMEnrich (110)
pwOmics (66)
pwrEWAS (5)
pxr (0)

Q

qckitfastq (22)
qcmetrics (107)
QDNAseq (207)
qpcrNorm (74)
qpgraph (145)
qPLEXanalyzer (53)
qrqc (160)
qsea (70)
qsmooth (27)
QSutils (45)
qtbase (0)
Qtlizer (4)
qtpaint (0)
QUALIFIER (102)
quantro (115)
quantsmooth (396)
QuartPAC (65)
QuasR (292)
QuaternaryProd (80)
QUBIC (109)
qusage (268)
qvalue (7219)

R

R3CPET (61)
r3Cseq (133)
R453Plus1Toolbox (69)
R4RNA (68)
RaggedExperiment (535)
rain (93)
rama (70)
ramigo (0)
RamiGO (39)
ramwas (73)
RandomWalkRestartMH (68)
randPack (68)
RankProd (380)
RareVariantVis (63)
Rariant (59)
RbcBook1 (78)
RBGL (7415)
RBioinf (80)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (154)
RBM (61)
Rbowtie (301)
Rbowtie2 (183)
rbsurv (99)
Rcade (84)
RCAS (71)
RCASPAR (70)
rcellminer (78)
rCGH (84)
Rchemcpp (107)
RchyOptimyx (70)
RcisTarget (323)
RCM (25)
RConferoMapping (0)
Rcpi (149)
Rcwl (32)
RcwlPipelines (22)
RCy3 (492)
RCyjs (74)
RCytoscape (33)
RDAVIDWebService (377)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (74)
Rdisop (293)
RDRToolbox (158)
ReactomeGSA (4)
ReactomePA (1066)
readat (95)
ReadqPCR (280)
reb (60)
REBET (33)
recount (399)
recoup (90)
RedeR (155)
REDseq (125)
RefNet (60)
RefPlus (67)
regioneR (1216)
regionReport (145)
regsplice (90)
REMP (74)
Repitools (231)
ReportingTools (1034)
reposTools (1)
RepViz (20)
ReQON (62)
Resourcerer (1)
restfulSE (117)
rexposome (67)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (63)
rGADEM (536)
RGalaxy (69)
Rgin (58)
RGMQL (56)
RGraph2js (60)
Rgraphviz (6781)
rGREAT (189)
RGSEA (112)
rgsepd (100)
rhdf5 (8582)
rhdf5client (125)
Rhdf5lib (9772)
Rhisat2 (115)
Rhtslib (6795)
rHVDM (54)
RiboProfiling (90)
riboSeq (0)
riboSeqR (81)
RImmPort (63)
Ringo (265)
Rintact (1)
RIPSeeker (114)
Risa (65)
RITAN (79)
RIVER (63)
RJMCMCNucleosomes (63)
RLMM (64)
RMAGEML (1)
Rmagpie (68)
RMAPPER (1)
RMassBank (98)
rMAT (68)
rmelting (23)
RmiR (64)
rmir (0)
Rmmquant (62)
RNAdecay (54)
RNAinteract (92)
RNAither (91)
rnaither (0)
RNAmodR (8)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (6)
RNAmodR.ML (7)
RNAmodR.RiboMethSeq (7)
RNAprobR (60)
RNAsense (2)
rnaseqcomp (65)
RnaSeqGeneEdgeRQL (5)
rnaSeqMap (101)
RNASeqPower (151)
RNASeqR (42)
RnaSeqSampleSize (124)
RnBeads (278)
Rnits (66)
roar (78)
ROC (925)
Roleswitch (80)
Rolexa (3)
rols (302)
roma (0)
ROntoTools (97)
ropls (486)
ROTS (192)
RPA (85)
RProtoBufLib (527)
RpsiXML (92)
rpx (325)
Rqc (122)
rqt (60)
rqubic (106)
rRDP (97)
Rredland (1)
RRHO (87)
Rsamtools (14281)
rsbml (103)
rScudo (30)
RSeqAn (60)
rSFFreader (43)
RSNPper (1)
Rsubread (1342)
RSVSim (80)
rTANDEM (175)
RTCA (94)
RTCGA (567)
RTCGAToolbox (465)
RTN (160)
RTNduals (85)
RTNsurvival (81)
RTools4TB (1)
RTopper (67)
rtracklayer (13135)
Rtreemix (65)
rTRM (75)
rTRMui (59)
runibic (88)
Ruuid (1)
RUVcorr (75)
RUVnormalize (76)
RUVSeq (870)
RVS (90)
RWebServices (2)
rWikiPathways (164)

S

S4Vectors (26227)
safe (412)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (63)
SAGx (174)
SAIGEgds (3)
samExploreR (79)
sampleClassifier (87)
SamSPECTRAL (130)
sangerseqR (251)
SANTA (72)
sapFinder (66)
saps (2)
savR (89)
SBGNview (8)
sbgr (2)
SBMLR (73)
SC3 (537)
Scale4C (56)
scAlign (26)
SCAN.UPC (135)
SCANVIS (6)
scater (2340)
scBFA (5)
SCBN (39)
scDblFinder (4)
scDD (171)
scde (379)
scds (32)
scFeatureFilter (53)
scfind (116)
scGPS (6)
schex (8)
ScISI (83)
scmap (211)
scMerge (45)
scmeth (85)
SCnorm (216)
scone (195)
Sconify (93)
scoreInvHap (54)
scPCA (4)
scPipe (124)
scran (1476)
scRecover (27)
scruff (59)
scsR (60)
scTensor (44)
scTGIF (3)
SDAMS (90)
segmentSeq (129)
selectKSigs (0)
SELEX (71)
SemDist (59)
semisup (56)
SemSim (1)
SEPA (56)
SEPIRA (54)
seq2pathway (73)
SeqArray (451)
seqbias (77)
seqCAT (94)
seqCNA (72)
seqcombo (97)
SeqGSEA (218)
seqLogo (1209)
Seqnames (0)
seqPattern (331)
seqplots (161)
seqsetvis (87)
SeqSQC (59)
seqTools (114)
SeqVarTools (369)
sesame (697)
SEtools (4)
sevenbridges (108)
sevenC (60)
SGSeq (229)
SharedObject (4)
shinyMethyl (124)
shinyTANDEM (76)
ShortRead (4951)
shortread (0)
SIAMCAT (100)
SICtools (46)
sidap (0)
sigaR (80)
SigCheck (68)
sigFeature (60)
SigFuge (60)
siggenes (1885)
sights (98)
signatureSearch (4)
signeR (101)
signet (62)
sigPathway (154)
SigsPack (5)
sigsquared (57)
SIM (65)
SIMAT (96)
SimBindProfiles (60)
SIMD (35)
similaRpeak (62)
SIMLR (121)
simpleaffy (682)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (62)
sincell (82)
SingleCellExperiment (3175)
singleCellTK (96)
SingleR (99)
singscore (341)
SISPA (65)
sitePath (19)
sizepower (77)
SJava (2)
skewr (58)
slalom (86)
SLGI (68)
slingshot (326)
slinky (65)
SLqPCR (79)
SMAD (27)
SMAP (65)
SMITE (98)
SNAData (0)
SNAGEE (61)
snapCGH (78)
snm (147)
snpAssoc (0)
SNPchip (236)
SNPediaR (64)
SNPhood (57)
snpMatrix (2)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (984)
snpStats (1249)
soGGi (132)
sojourner (3)
SomatiCA (4)
SomaticSignatures (204)
SpacePAC (72)
spade (14)
Spaniel (3)
sparseDOSSA (59)
sparsenetgls (40)
SparseSignatures (58)
SpatialCPie (20)
specL (69)
SpeCond (129)
SpectralTAD (22)
SPEM (83)
SPIA (494)
SpidermiR (120)
spikeLI (60)
spkTools (62)
splatter (301)
splicegear (61)
spliceR (37)
spliceSites (60)
SplicingGraphs (156)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (68)
SPLINTER (92)
splots (208)
SPONGE (62)
spotSegmentation (61)
SQLDataFrame (12)
SQUADD (59)
sRACIPE (19)
SRAdb (491)
sRAP (65)
SRGnet (56)
srnadiff (84)
sscore (63)
sscu (60)
sSeq (211)
ssize (99)
SSPA (342)
ssPATHS (2)
ssrch (31)
ssviz (94)
stageR (105)
stam (1)
STAN (96)
staRank (74)
StarBioTrek (62)
Starr (68)
STATegRa (69)
statTarget (129)
stepNorm (62)
stepwiseCM (5)
strandCheckR (34)
Streamer (84)
STRINGdb (480)
STROMA4 (87)
Structstrings (21)
StructuralVariantAnnotation (36)
SubCellBarCode (21)
subSeq (116)
SummarizedBenchmark (89)
SummarizedExperiment (17813)
supraHex (287)
survcomp (568)
survtype (20)
Sushi (289)
sva (4728)
SVAPLSseq (72)
SVM2CRM (52)
SWATH2stats (85)
SwathXtend (59)
swfdr (60)
SwimR (62)
switchBox (75)
switchde (99)
synapter (138)
synergyfinder (129)
synlet (86)
SynMut (18)
systemPipeR (962)
systemPipeRdata (0)

T

target (2)
TargetScore (72)
TargetSearch (95)
targetsearch (0)
TarSeqQC (67)
TCC (252)
TCGAbiolinks (1906)
TCGAbiolinksGUI (207)
TCGAutils (490)
TCseq (146)
TDARACNE (67)
tdaracne (0)
tenXplore (85)
TEQC (83)
ternarynet (61)
TFARM (54)
TFBSTools (540)
TFEA.ChIP (97)
TFHAZ (53)
TFutils (64)
tiger (0)
tigre (64)
tilingArray (101)
timecourse (91)
TimerQuant (0)
timescape (84)
TimeSeriesExperiment (78)
TIN (58)
TissueEnrich (95)
TitanCNA (124)
tkWidgets (533)
TMixClust (78)
TNBC.CMS (17)
TnT (63)
TOAST (12)
tofsims (85)
ToPASeq (105)
topconfects (35)
topdownr (63)
topGO (2501)
topicmodels (0)
TPP (121)
TPP2D (21)
tracktables (91)
trackViewer (259)
tradeSeq (4)
transcriptogramer (64)
transcriptR (98)
transite (59)
tRanslatome (64)
TransView (96)
traseR (59)
treeio (1680)
TreeSummarizedExperiment (20)
trena (53)
TReNA (3)
Trendy (86)
triform (61)
trigger (62)
trio (96)
triplex (66)
tRNA (40)
tRNAdbImport (33)
tRNAscanImport (54)
TRONCO (99)
TSCAN (194)
tspair (72)
TSRchitect (69)
TSSi (58)
TTMap (57)
TurboNorm (61)
TVTB (65)
tweeDEseq (121)
twilight (140)
twoddpcr (62)
tximeta (185)
tximport (2322)
TxRegInfra (78)
TypeInfo (61)

U

Ularcirc (41)
UNDO (67)
unifiedWMWqPCR (62)
UniProt.ws (285)
Uniquorn (84)
universalmotif (85)
uSORT (88)

V

VanillaICE (88)
variancePartition (241)
VariantAnnotation (6169)
VariantExperiment (6)
VariantFiltering (72)
VariantTools (113)
vbmp (95)
VCFArray (31)
Vega (66)
VegaMC (60)
VennDetail (26)
vidger (128)
viper (245)
virtualArray (8)
ViSEAGO (13)
vsn (3313)
vtpnet (53)
vulcan (58)

W

waddR (3)
wateRmelon (637)
wavClusteR (97)
waveTiling (59)
weaver (81)
webbioc (66)
widgetInvoke (1)
widgetTools (540)
wiggleplotr (108)
Wrench (225)

X

XBSeq (98)
XCIR (8)
xcms (1197)
XDE (64)
Xeva (20)
XINA (67)
xmapbridge (59)
xmapcore (1)
xps (77)
XVector (20072)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (68)
YAPSA (89)
yaqcaffy (86)
yarn (94)

Z

zFPKM (131)
zinbwave (640)
zlibbioc (21893)