See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-05-20 22:14:13 -0400 (Fri, 20 May 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (49361)
2S4Vectors (46302)
3BiocVersion (46259)
4GenomeInfoDb (41975)
5IRanges (41771)
6Biobase (41061)
7zlibbioc (39910)
8XVector (38506)
9BiocParallel (33602)
10Biostrings (33397)
11DelayedArray (32502)
12GenomicRanges (32363)
13SummarizedExperiment (31002)
14MatrixGenerics (30507)
15limma (29553)
16AnnotationDbi (29164)
17KEGGREST (22425)
18annotate (19169)
19genefilter (19126)
20biomaRt (18391)
21BiocFileCache (17564)
22Rsamtools (17129)
23Rhtslib (17095)
24rtracklayer (17054)
25edgeR (16835)
26GenomicAlignments (16495)
27graph (16261)
28Rhdf5lib (15997)
29DESeq2 (14919)
30geneplotter (14511)
31GenomicFeatures (14456)
32rhdf5 (13604)
33rhdf5filters (12708)
34preprocessCore (11532)
35qvalue (11486)
36ggtree (10652)
37enrichplot (10644)
38fgsea (10516)
39clusterProfiler (10494)
40DOSE (10435)
41treeio (10340)
42BiocIO (10052)
43GOSemSim (9904)
44DelayedMatrixStats (9844)
45RBGL (9161)
46Rgraphviz (8975)
47sparseMatrixStats (8919)
48GEOquery (8905)
49multtest (8861)
50beachmat (8660)
51BSgenome (8406)
52SingleCellExperiment (8380)
53ProtGenerics (8147)
54ComplexHeatmap (8035)
55AnnotationHub (8007)
56ensembldb (7903)
57HDF5Array (7823)
58impute (7646)
59affyio (7597)
60affy (7335)
61BiocSingular (7132)
62AnnotationFilter (6768)
63interactiveDisplayBase (6570)
64GSEABase (6213)
65VariantAnnotation (6204)
66BiocNeighbors (5424)
67ScaledMatrix (5409)
68sva (5175)
69BiocStyle (5076)
70scuttle (5069)
71ShortRead (5024)
72vsn (4452)
73ExperimentHub (4377)
74biovizBase (4152)
75KEGGgraph (4046)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (68)
a4Base (88)
a4Classif (71)
a4Core (101)
a4Preproc (107)
a4Reporting (72)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (61)
ABarray (55)
abseqR (57)
ABSSeq (76)
acde (71)
ACE (70)
aCGH (124)
ACME (70)
ADaCGH2 (51)
ADAM (52)
ADAMgui (49)
adaptest (3)
adductomicsR (50)
ADImpute (50)
adSplit (56)
AffiXcan (49)
affxparser (1569)
affy (7335)
affycomp (71)
AffyCompatible (76)
affyContam (61)
affycoretools (343)
affydata (0)
AffyExpress (11)
affyILM (49)
affyio (7597)
affylmGUI (66)
affyPara (33)
affypdnn (5)
affyPLM (1102)
affyQCReport (34)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (54)
AffyTiling (1)
AGDEX (52)
aggregateBioVar (50)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (138)
AgiMicroRna (140)
agimicrorna (0)
AIMS (354)
airpart (43)
ALDEx2 (511)
alevinQC (68)
AllelicImbalance (76)
AlphaBeta (51)
alpine (76)
ALPS (30)
AlpsNMR (55)
alsace (63)
altcdfenvs (60)
AMARETTO (51)
AMOUNTAIN (75)
amplican (74)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (4)
anamiR (4)
Anaquin (54)
ANCOMBC (400)
AneuFinder (85)
ANF (56)
animalcules (80)
annaffy (242)
AnnBuilder (0)
annmap (51)
annotate (19169)
AnnotationDbi (29164)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6768)
AnnotationForge (2695)
AnnotationFuncs (17)
AnnotationHub (8007)
AnnotationHubData (177)
annotationTools (86)
annotatr (342)
anota (63)
anota2seq (62)
antiProfiles (52)
AnVIL (567)
AnVILBilling (43)
AnVILPublish (51)
APAlyzer (63)
apcluster (0)
apComplex (58)
apcomplex (0)
apeglm (2770)
APL (1)
applera (0)
appreci8R (51)
aroma.light (1729)
ArrayExpress (535)
ArrayExpressHTS (45)
arrayMagic (0)
arrayMvout (46)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (63)
arrayQualityMetrics (483)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (21)
ArrayTV (5)
ARRmNormalization (55)
artMS (79)
ASAFE (60)
ASEB (59)
ASGSCA (54)
ASICS (67)
asmn (0)
ASpediaFI (49)
ASpli (85)
AssessORF (50)
ASSET (67)
ASSIGN (68)
ASURAT (1)
ATACseqQC (257)
atena (24)
AtlasRDF (2)
atSNP (54)
attract (54)
AUCell (1012)
autonomics (44)
Autotuner (54)
AWFisher (51)
awst (41)

B

BaalChIP (60)
BAC (59)
bacon (94)
BADER (62)
BadRegionFinder (49)
BAGS (52)
ballgown (574)
bambu (77)
bamsignals (771)
BANDITS (56)
bandle (1)
banocc (47)
barcodetrackR (40)
basecallQC (56)
BaseSpaceR (60)
Basic4Cseq (56)
BASiCS (103)
BasicSTARRseq (54)
basilisk (743)
basilisk.utils (744)
batchelor (2244)
BatchQC (122)
BayesKnockdown (47)
BayesPeak (10)
BayesSpace (149)
bayNorm (78)
baySeq (522)
BBCAnalyzer (45)
BCRANK (62)
bcSeq (52)
BDMMAcorrect (53)
beachmat (8660)
beadarray (615)
beadarraySNP (56)
BeadDataPackR (625)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (51)
BEAT (47)
BEclear (71)
beer (4)
benchdamic (20)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (4)
BgeeCall (52)
BgeeDB (90)
BGmix (49)
bgx (61)
BHC (126)
BicARE (86)
BiFET (59)
BiGGR (51)
BigMatrix (0)
bigmelon (64)
bigmemoryExtras (18)
bigPint (79)
bim (0)
BindingSiteFinder (23)
bioassayR (68)
Biobase (41061)
biobase (0)
biobroom (168)
biobtreeR (55)
bioCancer (69)
BiocBaseUtils (0)
BiocCaseStudies (11)
BiocCheck (1795)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (53)
BiocFileCache (17564)
BiocGenerics (49361)
biocGraph (115)
BiocInstaller (1390)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (10052)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5424)
BiocOncoTK (64)
Bioconductor (0)
BioCor (64)
BiocParallel (33602)
BiocPkgTools (95)
BiocSet (164)
BiocSingular (7132)
BiocSklearn (67)
BiocStyle (5076)
biocthis (128)
BiocVersion (46259)
biocViews (3652)
BiocWorkflowTools (171)
biodb (54)
biodbChebi (17)
biodbExpasy (2)
biodbHmdb (17)
biodbKegg (18)
biodbLipidmaps (15)
biodbMirbase (2)
biodbNcbi (2)
biodbNci (2)
biodbUniprot (17)
bioDist (203)
biomaRt (18391)
BioMedR (1)
biomformat (3907)
BioMM (55)
BioMVCClass (50)
biomvRCNS (52)
BioNERO (67)
BioNet (232)
bionet (0)
BioNetStat (62)
BioPlex (22)
BioQC (124)
BioSeqClass (10)
biosigner (69)
Biostrings (33397)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (4)
BioTIP (54)
biotmle (53)
biovizBase (4152)
BiRewire (88)
birta (6)
birte (3)
biscuiteer (57)
BiSeq (83)
BitSeq (63)
blacksheepr (52)
blima (59)
BLMA (57)
BloodGen3Module (45)
bluster (2475)
bnbc (54)
bnem (43)
BOBaFIT (7)
borealis (1)
BPRMeth (63)
BRAIN (122)
brainflowprobes (47)
brainImageR (1)
BrainSABER (44)
BrainStars (15)
branchpointer (60)
breakpointR (53)
brendaDb (53)
BRGenomics (87)
bridge (51)
BridgeDbR (69)
BrowserViz (101)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8406)
bsseq (1093)
BubbleTree (56)
BufferedMatrix (62)
BufferedMatrixMethods (51)
bugsigdbr (32)
BUMHMM (48)
bumphunter (2007)
BumpyMatrix (189)
BUS (54)
BUScorrect (51)
BUSpaRse (196)
BUSseq (20)
BuxcoR (0)

C

CAEN (39)
CAFE (49)
CAGEfightR (72)
cageminer (21)
CAGEr (85)
CALIB (4)
calm (46)
CAMERA (391)
CAMTHC (3)
canceR (57)
cancerclass (58)
CancerInSilico (52)
CancerMutationAnalysis (10)
CancerSubtypes (194)
CAnD (52)
caOmicsV (50)
Cardinal (104)
CARNIVAL (113)
casper (59)
CATALYST (351)
Category (2329)
categoryCompare (52)
CausalR (57)
cbaf (55)
CBEA (2)
cBioPortalData (183)
cbpManager (42)
ccfindR (87)
ccmap (77)
CCPROMISE (47)
ccrepe (127)
celaref (77)
celda (248)
CellaRepertorium (50)
CellBarcode (17)
cellbaseR (59)
CellBench (80)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (116)
CelliD (98)
cellity (55)
CellMapper (55)
cellmigRation (40)
CellMixS (64)
CellNOptR (86)
cellscape (54)
CellScore (50)
CellTrails (54)
cellTree (57)
cellxgenedp (3)
CEMiTool (176)
censcyt (39)
Cepo (28)
ceRNAnetsim (45)
CeTF (60)
CexoR (28)
CFAssay (68)
cfDNAPro (28)
CGEN (60)
CGHbase (266)
CGHcall (239)
cghMCR (62)
CGHnormaliter (48)
CGHregions (56)
ChAMP (582)
CHARGE (3)
charm (3)
ChemmineOB (166)
ChemmineR (422)
chemminer (0)
CHETAH (87)
ChIC (60)
Chicago (77)
chimera (11)
chimeraviz (83)
ChIPanalyser (48)
ChIPComp (60)
chipenrich (104)
ChIPexoQual (50)
ChIPpeakAnno (907)
ChIPQC (287)
ChIPseeker (1411)
chipseq (471)
ChIPseqR (104)
ChIPSeqSpike (13)
ChIPsim (105)
ChIPXpress (45)
chopsticks (87)
chroGPS (5)
chromDraw (51)
ChromHeatMap (61)
ChromoViz (0)
chromPlot (87)
ChromSCape (47)
chromstaR (75)
chromswitch (47)
chromVAR (693)
CHRONOS (58)
cicero (190)
CIMICE (42)
CINdex (59)
cindex (0)
circRNAprofiler (61)
cisPath (58)
CiteFuse (78)
ClassifyR (61)
cleanUpdTSeq (52)
cleaver (186)
clippda (51)
clipper (79)
cliProfiler (18)
cliqueMS (64)
Clomial (52)
Clonality (60)
clonotypeR (67)
clst (61)
clstutils (55)
CluMSID (59)
clustComp (54)
clusterExperiment (349)
ClusterJudge (49)
clusterProfiler (10494)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (45)
ClusterSignificance (54)
clusterStab (103)
clustifyr (129)
CMA (134)
cmapR (208)
cn.farms (51)
cn.mops (194)
CNAnorm (56)
cnanorm (0)
CNEr (1112)
CNORdt (52)
CNORfeeder (52)
CNORfuzzy (52)
CNORode (68)
CNPBayes (2)
CNTools (96)
CNVfilteR (53)
CNVgears (45)
cnvGSA (51)
CNViz (38)
CNVMetrics (8)
CNVPanelizer (63)
CNVRanger (77)
CNVrd2 (49)
CNVtools (5)
cnvtools (0)
cobindR (5)
CoCiteStats (46)
COCOA (49)
codelink (57)
CODEX (88)
coexnet (54)
CoGAPS (104)
cogena (91)
cogeqc (1)
Cogito (17)
coGPS (58)
COHCAP (57)
cola (113)
comapr (7)
combi (48)
coMET (71)
coMethDMR (7)
compartmap (54)
COMPASS (69)
compcodeR (79)
compEpiTools (57)
CompGO (36)
ComplexHeatmap (8035)
CompoundDb (5)
ComPrAn (39)
conclus (38)
condcomp (1)
condiments (62)
CONFESS (46)
consensus (47)
ConsensusClusterPlus (2478)
consensusDE (51)
consensusOV (55)
consensusSeekeR (55)
CONSTANd (52)
contiBAIT (50)
conumee (124)
convert (123)
copa (50)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (381)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (84)
CopywriteR (74)
coRdon (119)
CoRegFlux (6)
CoRegNet (67)
CoreGx (161)
Cormotif (48)
CorMut (5)
coRNAi (2)
corral (75)
CORREP (53)
coseq (91)
cosmiq (52)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (53)
COSNet (58)
COTAN (6)
CountClust (67)
countsimQC (62)
covEB (48)
CoverageView (73)
covRNA (51)
cpvSNP (52)
cqn (270)
CRImage (72)
crisprBase (7)
crisprBowtie (4)
crisprBwa (1)
crisprScore (6)
CRISPRseek (91)
crisprseekplus (47)
CrispRVariants (82)
crlmm (109)
CrossICC (3)
crossmeta (77)
CSAR (103)
csaw (312)
csawBook (4)
csdR (21)
CSSP (60)
CSSQ (43)
ctc (244)
CTDquerier (46)
ctgGEM (40)
cTRAP (52)
ctsGE (53)
cummeRbund (300)
cummerbund (0)
customCMPdb (48)
customProDB (71)
CVE (4)
cyanoFilter (41)
cycle (46)
cydar (86)
CytoDx (57)
cytofast (12)
cytofkit (27)
CyTOFpower (17)
CytoGLMM (46)
cytoKernel (16)
cytolib (2136)
cytomapper (110)
cytoMEM (1)
CytoML (1045)
CytoTree (80)

D

dada2 (1950)
dagLogo (58)
daMA (48)
DAMEfinder (45)
DaMiRseq (78)
DAPAR (88)
DART (54)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (58)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (18)
dcanr (66)
dce (61)
dcGSA (48)
DChIPRep (3)
ddCt (100)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (46)
dearseq (56)
debCAM (54)
debrowser (155)
DECIPHER (1473)
deco (50)
DEComplexDisease (48)
decompTumor2Sig (72)
DeconRNASeq (176)
decontam (463)
deconvR (18)
decoupleR (56)
DEDS (4)
DeepBlueR (59)
DeepPINCS (40)
deepSNV (95)
DEFormats (212)
DegNorm (47)
DEGraph (50)
DEGreport (454)
DEGseq (213)
DelayedArray (32502)
DelayedDataFrame (53)
DelayedMatrixStats (9844)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (24)
deltaCaptureC (44)
deltaGseg (48)
DeMAND (52)
DeMixT (63)
densvis (77)
DEP (354)
DepecheR (59)
DepInfeR (1)
DEqMS (137)
derfinder (439)
derfinderHelper (436)
derfinderPlot (87)
DEScan2 (49)
DESeq (641)
deseq (0)
DESeq2 (14919)
DEsingle (242)
destiny (446)
DEsubs (48)
DEWSeq (49)
DExMA (42)
DEXSeq (655)
dexus (10)
DFP (51)
DIAlignR (52)
DiffBind (990)
diffcoexp (70)
diffcyt (219)
DifferentialRegulation (1)
diffGeneAnalysis (49)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (106)
DiffLogo (63)
diffloop (123)
diffuStats (66)
diffUTR (41)
diggit (54)
Dino (23)
dir.expiry (601)
Director (43)
DirichletMultinomial (1436)
discordant (110)
DiscoRhythm (63)
distinct (60)
dittoSeq (504)
divergence (45)
dks (50)
DMCFB (45)
DMCHMM (47)
DMRcaller (80)
DMRcate (794)
DMRforPairs (47)
DMRScan (45)
dmrseq (118)
DNABarcodeCompatibility (46)
DNABarcodes (115)
DNAcopy (2206)
DNaseR (0)
DNAshapeR (76)
domainsignatures (2)
DominoEffect (43)
doppelgangR (55)
DOQTL (5)
Doscheda (44)
DOSE (10435)
doseR (49)
dpeak (44)
drawProteins (123)
DRIMSeq (311)
DriverNet (61)
DropletUtils (1691)
drugTargetInteractions (41)
DrugVsDisease (54)
dSimer (3)
DSS (941)
dStruct (22)
DTA (52)
dualKS (40)
Dune (47)
DupChecker (4)
dupRadar (99)
dyebias (51)
DynDoc (663)
dyndoc (0)

E

easier (20)
EasyqpcR (18)
easyreporting (44)
easyRNASeq (64)
easyrnaseq (0)
EBarrays (117)
EBcoexpress (56)
EBImage (2116)
EBSEA (47)
EBSeq (360)
EBSeqHMM (65)
ecolitk (48)
EDASeq (1561)
edd (0)
EDDA (7)
edge (104)
edgeR (16835)
edger (0)
eegc (51)
EGAD (68)
EGSEA (165)
eiR (52)
eisa (12)
eisaR (90)
ELBOW (9)
ELMER (228)
EMDomics (59)
EmpiricalBrownsMethod (81)
ENCODExplorer (17)
EnhancedVolcano (2605)
enhancerHomologSearch (20)
EnMCB (46)
ENmix (170)
EnrichedHeatmap (336)
EnrichmentBrowser (282)
enrichplot (10644)
enrichTF (66)
ensembldb (7903)
ensemblVEP (116)
ENVISIONQuery (8)
epialleleR (41)
EpiCluster (0)
EpiCompare (1)
epidecodeR (39)
EpiDISH (171)
epigenomix (51)
epigraHMM (40)
epihet (47)
epimutacions (1)
epiNEM (69)
epistack (18)
EpiTxDb (48)
epivizr (69)
epivizrChart (47)
epivizrData (68)
epivizrServer (70)
epivizrStandalone (55)
erccdashboard (66)
erma (82)
ERSSA (44)
esATAC (98)
escape (177)
esetVis (76)
eudysbiome (48)
evaluomeR (48)
EventPointer (55)
EWCE (73)
ExCluster (43)
ExiMiR (51)
exomeCopy (237)
exomecopy (0)
exomePeak (13)
exomePeak2 (92)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4377)
ExperimentHubData (143)
ExperimentSubset (43)
explorase (5)
ExploreModelMatrix (85)
ExpressionAtlas (95)
ExpressionView (8)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (1)

F

fabia (122)
facopy (2)
factDesign (49)
FamAgg (68)
famat (40)
farms (62)
fastLiquidAssociation (48)
FastqCleaner (93)
fastreeR (2)
fastseg (637)
fbat (0)
FCBF (80)
fCCAC (48)
fCI (49)
fcoex (61)
fcScan (49)
fdrame (56)
FEAST (61)
fedup (40)
FELLA (127)
FEM (76)
ffpe (70)
fgga (43)
FGNet (79)
fgsea (10516)
FilterFFPE (44)
FindIT2 (24)
FindMyFriends (61)
FISHalyseR (50)
fishpond (246)
FitHiC (62)
flagme (51)
FLAMES (23)
flipflop (2)
flowAI (493)
flowBeads (49)
flowBin (49)
flowcatchR (52)
flowCHIC (53)
flowCL (63)
flowClean (233)
flowClust (1159)
flowCore (2108)
flowCut (60)
flowCyBar (52)
flowDensity (172)
flowFit (6)
flowFlowJo (0)
flowFP (73)
flowGraph (42)
flowMap (54)
flowMatch (52)
flowMeans (126)
flowMerge (62)
flowPeaks (131)
flowPhyto (0)
flowPloidy (53)
flowPlots (62)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (46)
FlowSOM (951)
flowSpecs (52)
flowSpy (10)
flowStats (1137)
flowTime (53)
flowTrans (64)
flowType (5)
flowUtils (174)
flowViz (1334)
flowVS (78)
flowWorkspace (1421)
flowworkspace (0)
fmcsR (183)
fmrs (48)
fobitools (41)
focalCall (3)
FoldGO (51)
FourCSeq (12)
FRASER (90)
frenchFISH (40)
FRGEpistasis (56)
frma (109)
frmaTools (54)
FScanR (50)
FunChIP (50)
FunciSNP (6)
funtooNorm (48)

G

GA4GHclient (55)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (43)
gaga (62)
gage (989)
gaggle (48)
gaia (143)
GAPGOM (47)
GAprediction (51)
garfield (63)
GARS (52)
GateFinder (46)
gaucho (2)
GBScleanR (8)
gcapc (55)
gcatest (50)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (52)
gcrma (1429)
GCSConnection (40)
GCSFilesystem (53)
GCSscore (48)
GDCRNATools (315)
GDSArray (86)
gdsfmt (1580)
geecc (4)
GEM (54)
gemini (48)
genArise (56)
genbankr (184)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (45)
GeneAnswers (55)
geneAttribution (48)
GeneBreak (51)
geneClassifiers (49)
GeneExpressionSignature (57)
genefilter (19126)
genefu (366)
GeneGA (51)
GeneGeneInteR (52)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (66)
GeneNetworkBuilder (64)
GeneOverlap (222)
geneplast (59)
geneplotter (14511)
GeneR (0)
geneRecommender (49)
GeneRegionScan (51)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (52)
GeneSelectMMD (53)
GeneSelector (2)
GENESIS (277)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (61)
geNetClassifier (86)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (91)
GeneTonic (102)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (53)
GENIE3 (676)
genoCN (59)
GenoGAM (44)
genomation (430)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (17)
GenomeInfoDb (41975)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (151)
genomeintervals (0)
genomes (59)
GenomicAlignments (16495)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (823)
GenomicDistributions (54)
GenomicFeatures (14456)
GenomicFiles (729)
genomicInstability (16)
GenomicInteractionNodes (1)
GenomicInteractions (164)
GenomicOZone (46)
GenomicRanges (32363)
GenomicScores (349)
GenomicSuperSignature (43)
GenomicTuples (50)
Genominator (4)
genoset (41)
genotypeeval (52)
GenoView (1)
genphen (48)
GenProSeq (1)
GenRank (3)
GenVisR (360)
GeoDiff (24)
GEOexplorer (23)
GEOfastq (45)
GEOmetadb (203)
GeomxTools (96)
GEOquery (8905)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (53)
gep2pep (50)
gespeR (65)
getDEE2 (49)
geva (40)
GEWIST (44)
gff3Plotter (0)
GGBase (17)
ggbio (1692)
ggcyto (1209)
ggmanh (8)
ggmsa (98)
GGPA (45)
ggspavis (27)
GGtools (16)
ggtree (10652)
ggtreeExtra (397)
GIGSEA (46)
girafe (106)
GISPA (56)
GLAD (237)
GladiaTOX (46)
Glimma (1211)
glmGamPoi (877)
glmSparseNet (82)
GlobalAncova (440)
globalSeq (58)
globaltest (1131)
gmapR (71)
GmicR (55)
gmoviz (43)
GMRP (49)
GNET2 (54)
goCluster (0)
GOexpress (113)
GOfuncR (151)
GOFunction (5)
GoogleGenomics (2)
GOpro (55)
goProfiles (86)
goprofiles (0)
GOSemSim (9904)
gosemsim (0)
goseq (1241)
GOSim (119)
goSTAG (58)
GOstats (2198)
gostats (0)
GOsummaries (73)
GOTHiC (54)
goTools (61)
gotools (0)
GPA (44)
gpart (60)
gpls (94)
gprege (62)
gpuMagic (45)
gQTLBase (19)
gQTLstats (16)
gramm4R (11)
GRaNIE (1)
granulator (60)
graper (47)
graph (16261)
GraphAlignment (61)
GraphAT (51)
graphite (1806)
GraphPAC (50)
GRENITS (51)
GreyListChIP (655)
GRmetrics (88)
groHMM (74)
GRridge (60)
GSALightning (55)
GSAR (121)
GSCA (54)
gscreend (51)
GSEABase (6213)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (55)
GSEAlm (74)
GSEAmining (45)
gsean (50)
GSgalgoR (46)
GSReg (52)
GSRI (49)
GSVA (3196)
gtrellis (118)
GUIDEseq (58)
Guitar (113)
Gviz (3066)
GWAS.BAYES (38)
gwascat (379)
GWASTools (430)
gwasurvivr (67)
GWENA (83)

H

h5vc (63)
hapFabia (45)
Harman (147)
Harshlight (46)
harshlight (0)
hca (49)
HCABrowser (7)
HCAExplorer (6)
HCAMatrixBrowser (9)
HCsnip (2)
HDF5Array (7823)
HDTD (50)
heatmaps (212)
Heatplus (403)
HelloRanges (88)
HELP (48)
HEM (50)
hermes (7)
Herper (99)
hexbin (0)
HGC (49)
hiAnnotator (69)
HIBAG (87)
HiCBricks (50)
hicbricks (0)
HiCcompare (115)
HiCDCPlus (59)
hicrep (13)
hierGWAS (52)
hierinf (44)
HilbertCurve (78)
HilbertVis (163)
HilbertVisGUI (30)
HiLDA (46)
hipathia (65)
HIPPO (49)
hiReadsProcessor (54)
HIREewas (45)
HiTC (124)
hmdbQuery (69)
HMMcopy (197)
hopach (175)
HPAanalyze (83)
hpar (247)
HPAStainR (43)
HPiP (16)
HTqPCR (141)
HTSanalyzeR (8)
HTSeqGenie (33)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (179)
HubPub (56)
HumanTranscriptomeCompendium (43)
hummingbird (43)
HybridMTest (69)
hypeR (96)
hyperdraw (68)
hypergraph (95)

I

iASeq (54)
iasva (48)
iBBiG (79)
ibh (44)
iBMQ (37)
iCARE (84)
Icens (294)
icetea (47)
iCheck (46)
iChip (46)
iClusterPlus (254)
iCNV (53)
iCOBRA (118)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (74)
idiogram (51)
IdMappingAnalysis (3)
IdMappingRetrieval (3)
idpr (55)
idr2d (48)
iFlow (0)
iGC (50)
IgGeneUsage (39)
igvR (88)
IHW (628)
illuminaio (2281)
ILoReg (42)
imageHTS (53)
IMAS (49)
imcRtools (35)
Imetagene (6)
IMMAN (51)
ImmuneSpaceR (60)
immunoClust (52)
immunotation (38)
IMPCdata (46)
ImpulseDE (4)
ImpulseDE2 (21)
impute (7646)
INDEED (46)
infercnv (581)
infinityFlow (52)
Informeasure (45)
InPAS (56)
INPower (49)
inSilicoDb (2)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (59)
InTAD (48)
intansv (60)
interacCircos (50)
InteractionSet (861)
InteractiveComplexHeatmap (143)
interactiveDisplay (75)
interactiveDisplayBase (6570)
InterCellar (55)
IntEREst (59)
InterMineR (65)
IntramiRExploreR (28)
inveRsion (47)
inversion (0)
IONiseR (66)
iontree (2)
iPAC (54)
iPath (20)
ipdDb (48)
IPO (106)
IPPD (13)
IRanges (41771)
IRISFGM (43)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (49)
iSEE (249)
iSEEu (61)
iSeq (56)
iSNetwork (0)
isobar (103)
IsoCorrectoR (57)
IsoCorrectoRGUI (46)
IsoformSwitchAnalyzeR (231)
IsoGeneGUI (48)
ISoLDE (53)
isomiRs (56)
iSPlot (0)
ITALICS (46)
iterativeBMA (53)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (48)
iterClust (54)
iteremoval (43)
IVAS (54)
ivygapSE (44)
IWTomics (48)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (3)
JunctionSeq (14)

K

karyoploteR (651)
KBoost (50)
KCsmart (47)
kebabs (126)
KEGGgraph (4046)
KEGGlincs (56)
keggorth (0)
keggorthology (70)
KEGGprofile (58)
KEGGREST (22425)
KEGGSOAP (0)
kimod (3)
KinSwingR (49)
kissDE (51)
kmknn (0)
KnowSeq (52)

L

LACE (42)
lapmix (44)
LBE (261)
ldblock (61)
LEA (358)
LedPred (43)
lefser (151)
les (50)
levi (43)
lfa (289)
limma (29553)
limmaGUI (72)
LINC (3)
LineagePulse (47)
lineagespot (4)
LinkHD (44)
Linnorm (147)
LinTInd (4)
lionessR (55)
lipidr (86)
LiquidAssociation (48)
lisaClust (38)
lmdme (63)
LMGene (5)
LOBSTAHS (48)
loci2path (46)
logicFS (75)
logitT (48)
Logolas (7)
lol (4)
LOLA (148)
LoomExperiment (339)
LowMACA (48)
LPE (66)
LPEadj (44)
lpNet (46)
lpsymphony (925)
LRBaseDbi (63)
LRcell (42)
lumi (1082)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (63)

M

M3C (619)
M3D (5)
M3Drop (328)
m6Aboost (23)
maanova (66)
Maaslin2 (298)
Macarron (1)
macat (49)
maCorrPlot (52)
MACPET (49)
MACSQuantifyR (42)
MACSr (57)
maDB (0)
madb (0)
made4 (230)
MADSEQ (49)
maftools (2133)
MAGAR (40)
MAGeCKFlute (256)
MAI (20)
maigesPack (56)
MAIT (69)
makecdfenv (107)
makePlatformDesign (0)
MANOR (50)
manta (3)
MantelCorr (54)
mAPKL (49)
maPredictDSC (47)
mapscape (50)
marr (42)
marray (1571)
martini (55)
maser (86)
maSigPro (252)
maskBAD (47)
MassArray (58)
massarray (0)
massiR (53)
MassSpecWavelet (1215)
MAST (1266)
matchBox (56)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (30507)
MatrixQCvis (43)
MatrixRider (44)
matter (100)
MaxContrastProjection (4)
MBAmethyl (49)
MBASED (55)
MBCB (49)
MBECS (3)
mbkmeans (490)
mbOmic (1)
mBPCR (46)
MBQN (44)
MBttest (45)
mcaGUI (5)
MCbiclust (48)
MCRestimate (4)
mCSEA (57)
mdgsa (19)
mdp (54)
mdqc (55)
MDTS (46)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (51)
MEAT (47)
MEB (42)
MEDIPS (104)
MEDME (48)
megadepth (98)
MEIGOR (67)
Melissa (46)
memes (104)
MergeMaid (8)
mergemaid (0)
Mergeomics (69)
MeSHDbi (200)
meshes (134)
meshr (93)
MeSHSim (2)
MesKit (67)
messina (48)
metaArray (5)
metaarray (0)
Metab (53)
metabCombiner (45)
MetaboAnnotation (7)
MetaboCoreUtils (75)
metabolomicsWorkbenchR (55)
metabomxtr (52)
MetaboSignal (78)
metaCCA (65)
MetaCyto (59)
metagene (62)
metagene2 (65)
metagenomeFeatures (10)
metagenomeSeq (764)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (54)
metaMS (85)
MetaNeighbor (65)
metapod (1958)
metapone (19)
metaR (0)
metaSeq (62)
metaseqR (25)
metaseqR2 (60)
metavizr (48)
MetaVolcanoR (73)
metaX (3)
MetCirc (49)
MethCP (36)
methimpute (55)
methInheritSim (44)
MethPed (49)
MethReg (47)
methrix (57)
MethTargetedNGS (47)
methVisual (4)
methyAnalysis (50)
MethylAid (62)
methylCC (56)
methylclock (40)
methylGSA (89)
methylInheritance (45)
methylKit (486)
MethylMix (114)
methylMnM (48)
methylPipe (63)
methylscaper (39)
MethylSeekR (156)
methylSig (57)
methylumi (1303)
methyvim (7)
MetID (47)
MetNet (55)
mfa (73)
Mfuzz (479)
mfuzz (0)
MGFM (48)
MGFR (51)
mgsa (84)
mia (250)
miaSim (18)
miaViz (88)
MiChip (44)
microbiome (1213)
microbiomeDASim (46)
microbiomeExplorer (58)
microbiomeMarker (58)
MicrobiomeProfiler (22)
MicrobiotaProcess (216)
microRNA (142)
midasHLA (42)
MIGSA (53)
miloR (94)
mimager (48)
MIMOSA (52)
mina (39)
MineICA (62)
minet (487)
minfi (1756)
MinimumDistance (46)
MiPP (45)
miQC (65)
MIRA (53)
MiRaGE (52)
miRBaseConverter (115)
miRcomp (48)
mirIntegrator (49)
miRLAB (56)
miRmine (46)
miRNAmeConverter (66)
miRNApath (67)
miRNAtap (107)
miRSM (47)
miRsponge (2)
miRspongeR (56)
Mirsynergy (3)
mirTarRnaSeq (37)
missMethyl (860)
missRows (45)
mistyR (45)
mitch (56)
mitoClone2 (20)
mitoODE (3)
mixOmics (2036)
MLInterfaces (293)
mlm4omics (3)
MLP (75)
MLSeq (155)
MMAPPR2 (39)
MMDiff (1)
MMDiff2 (44)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (3)
MMUPHin (60)
mnem (66)
moanin (48)
MobilityTransformR (2)
MODA (57)
ModCon (39)
Modstrings (95)
MOFA (32)
MOFA2 (248)
MOGAMUN (48)
mogsa (105)
MOMA (50)
monaLisa (27)
monocle (2049)
MoonlightR (61)
MoPS (4)
mosaics (116)
mosbi (19)
MOSim (50)
Motif2Site (4)
motifbreakR (93)
motifcounter (57)
MotifDb (401)
motifmatchr (780)
motifRG (10)
motifStack (522)
MotIV (86)
MouseFM (19)
MPFE (50)
mpra (50)
MPRAnalyze (51)
MQmetrics (36)
mQTL.NMR (2)
msa (1041)
MSA2dist (6)
MsBackendMassbank (51)
MsBackendMgf (94)
MsBackendMsp (4)
MsBackendRawFileReader (18)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1894)
MSEADbi (22)
MsFeatures (399)
msgbsR (47)
MSGFgui (50)
MSGFplus (110)
msImpute (48)
msmsEDA (181)
msmsTests (173)
MSnbase (2450)
MSnID (163)
MSPrep (49)
msPurity (70)
msQC (0)
msqrob2 (63)
MSstats (363)
MSstatsConvert (257)
MSstatsLiP (16)
MSstatsLOBD (38)
MSstatsPTM (61)
MSstatsQC (49)
MSstatsQCgui (44)
MSstatsSampleSize (42)
MSstatsTMT (156)
MSstatsTMTPTM (34)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
MuData (4)
Mulcom (97)
MultiAssayExperiment (1611)
MultiBaC (50)
multiClust (72)
multicrispr (47)
MultiDataSet (663)
multiGSEA (75)
multiHiCcompare (60)
MultiMed (60)
multiMiR (169)
multiOmicsViz (57)
multiscan (44)
multiSight (36)
multtest (8861)
mumosa (52)
MungeSumstats (81)
muscat (167)
muscle (188)
musicatk (56)
MutationalPatterns (340)
MVCClass (55)
mvGST (2)
MWASTools (84)
mygene (321)
myvariant (70)
mzID (2081)
mzR (2299)

N

NADfinder (47)
NanoMethViz (55)
NanoStringDiff (92)
NanoStringNCTools (102)
NanoStringQCPro (90)
nanotatoR (52)
NanoTube (26)
NarrowPeaks (3)
NBAMSeq (45)
NBSplice (49)
ncdfFlow (1412)
ncGTW (44)
NCIgraph (52)
ncRNAtools (45)
ndexr (75)
neaGUI (1)
nearBynding (40)
Nebulosa (278)
NeighborNet (44)
nem (7)
nempi (46)
netbenchmark (5)
netbiov (72)
netboost (40)
netboxr (46)
NetCRG (0)
netDx (53)
nethet (48)
netOmics (18)
NetPathMiner (64)
netprioR (45)
netReg (7)
netresponse (66)
NetSAM (51)
netSmooth (61)
networkBMA (54)
netZooR (8)
NeuCA (21)
NewWave (82)
NGScopy (2)
ngsReports (70)
nnNorm (48)
nnSVG (2)
NOISeq (541)
nondetects (65)
NoRCE (48)
normalize450K (45)
NormalyzerDE (95)
NormqPCR (212)
normr (132)
NPARC (50)
npGSEA (52)
NTW (45)
nucleoSim (47)
nucleR (68)
nucler (0)
nuCpos (52)
nudge (2)
nullranges (20)
NuPoP (60)
NxtIRFcore (19)

O

occugene (50)
OCplus (104)
ODER (17)
odseq (53)
OGRE (4)
OGSA (3)
oligo (1470)
oligoClasses (1576)
OLIN (51)
OLINgui (44)
OmaDB (70)
omicade4 (92)
OmicCircos (248)
omiccircos (0)
omicplotR (48)
omicRexposome (48)
OmicsLonDA (45)
OmicsMarkeR (5)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (47)
omicsPrint (49)
omicsViewer (1)
Omixer (44)
OmnipathR (204)
ompBAM (1)
Onassis (22)
oncomix (49)
OncoScore (51)
OncoSimulR (63)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (43)
onlineFDR (52)
ontoCAT (1)
ontoProc (94)
ontoTools (0)
openCyto (1111)
openPrimeR (100)
openPrimeRui (58)
OpenStats (46)
OperaMate (1)
oposSOM (70)
oppar (48)
oppti (41)
optimalFlow (41)
OPWeight (45)
OrderedList (85)
ORFhunteR (40)
ORFik (120)
Organism.dplyr (365)
OrganismDbi (2485)
orthogene (55)
OSAT (68)
OSCA (6)
OSCA.advanced (9)
OSCA.basic (9)
OSCA.intro (28)
OSCA.multisample (8)
OSCA.workflows (20)
Oscope (57)
OTUbase (48)
OutlierD (9)
OUTRIDER (126)
OVESEG (42)

P

PAA (59)
packFinder (49)
padma (42)
PADOG (182)
pageRank (44)
PAIRADISE (73)
paircompviz (53)
pairkat (17)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (83)
panelcn.mops (66)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (5)
panp (52)
PANR (46)
PanVizGenerator (47)
PAPi (5)
pareg (1)
parglms (45)
parody (65)
PAST (46)
Path2PPI (59)
pathifier (187)
PathNet (58)
PathoStat (60)
pathprint (3)
pathRender (50)
pathVar (45)
pathview (3612)
pathwayPCA (83)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (69)
Pbase (3)
pbcmc (2)
pcaExplorer (385)
pcaGoPromoter (6)
pcaMethods (3829)
PCAN (60)
PCAtools (871)
pcot2 (18)
PCpheno (8)
pcxn (48)
PDATK (42)
pdInfoBuilder (101)
pdmclass (1)
PeacoQC (55)
peakPantheR (56)
PECA (67)
peco (42)
pengls (16)
PepsNMR (68)
pepStat (50)
pepXMLTab (53)
PERFect (57)
periodicDNA (43)
perturbatr (39)
PFP (39)
PGA (8)
pga (0)
pgca (52)
PGSEA (32)
pgUtils (0)
phantasus (69)
PharmacoGx (148)
phemd (41)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (38)
phenopath (79)
phenoTest (80)
PhenStat (52)
philr (156)
PhIPData (48)
phosphonormalizer (44)
PhosR (63)
PhyloProfile (59)
phyloseq (3889)
Pi (72)
piano (299)
pickgene (47)
PICS (100)
Pigengene (74)
PING (49)
pint (4)
pipeComp (46)
pipeFrame (109)
pkgDepTools (62)
planet (51)
plateCore (2)
plethy (48)
plgem (71)
plier (133)
PloGO2 (55)
plotgardener (61)
plotGrouper (47)
PLPE (48)
plrs (3)
plw (3)
plyranges (610)
pmm (47)
pmp (94)
PoDCall (40)
podkat (53)
pogos (48)
polyester (111)
Polyfit (7)
POMA (66)
POST (7)
PoTRA (46)
PowerExplorer (3)
powerTCR (235)
POWSC (44)
ppcseq (39)
PPInfer (67)
ppiStats (51)
pqsfinder (71)
prada (35)
pram (47)
prebs (47)
preciseTAD (43)
PrecisionTrialDrawer (42)
PREDA (79)
predictionet (40)
preprocessCore (11532)
primirTSS (43)
PrInCE (49)
Prize (4)
proActiv (53)
proBAMr (44)
proBatch (75)
PROcess (93)
procoil (52)
ProCoNA (2)
proDA (123)
proFIA (47)
profileplyr (138)
profileScoreDist (49)
progeny (276)
projectR (62)
pRoloc (240)
pRolocGUI (76)
PROMISE (44)
PROPER (87)
PROPS (49)
Prostar (67)
prostar (0)
prot2D (2)
proteinProfiles (51)
ProteoDisco (18)
ProteomicsAnnotationHubData (42)
ProteoMM (59)
proteoQC (4)
protGear (2)
ProtGenerics (8147)
PSEA (51)
psichomics (79)
PSICQUIC (62)
PSMatch (2)
psygenet2r (51)
ptairMS (41)
PubScore (43)
pulsedSilac (42)
puma (101)
PureCN (158)
pvac (50)
pvca (220)
Pviz (53)
PWMEnrich (89)
pwOmics (51)
pwrEWAS (62)
pxr (0)

Q

qckitfastq (63)
qcmetrics (57)
QDNAseq (238)
QFeatures (150)
qmtools (1)
qpcrNorm (51)
qpgraph (116)
qPLEXanalyzer (49)
qrqc (119)
qsea (57)
qsmooth (59)
QSutils (55)
qsvaR (2)
qtbase (0)
Qtlizer (50)
qtpaint (0)
QUALIFIER (3)
quantiseqr (66)
quantro (118)
quantsmooth (463)
QuartPAC (44)
QuasR (289)
QuaternaryProd (72)
QUBIC (96)
qusage (332)
qvalue (11486)

R

R3CPET (46)
r3Cseq (107)
R453Plus1Toolbox (55)
R4RNA (246)
RadioGx (44)
RaggedExperiment (631)
rain (75)
rama (56)
RamiGO (4)
ramigo (0)
ramr (46)
ramwas (64)
RandomWalkRestartMH (66)
randPack (53)
randRotation (47)
RankProd (271)
RAREsim (1)
RareVariantVis (48)
Rariant (8)
rawrr (146)
RbcBook1 (50)
Rbec (36)
RBGL (9161)
RBioinf (59)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (144)
RBM (50)
Rbowtie (329)
Rbowtie2 (210)
rbsurv (67)
Rbwa (2)
Rcade (75)
RCAS (66)
RCASPAR (52)
rcellminer (57)
rCGH (77)
Rchemcpp (3)
RchyOptimyx (7)
RcisTarget (673)
RCM (56)
RConferoMapping (0)
Rcpi (113)
RCSL (41)
Rcwl (49)
RcwlPipelines (40)
RCX (7)
RCy3 (657)
RCyjs (62)
RCytoscape (4)
RDAVIDWebService (83)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (77)
Rdisop (290)
RDRToolbox (88)
ReactomeContentService4R (57)
ReactomeGraph4R (37)
ReactomeGSA (203)
ReactomePA (1543)
readat (12)
ReadqPCR (224)
reb (3)
REBET (44)
rebook (93)
receptLoss (39)
reconsi (43)
recount (373)
recount3 (127)
recountmethylation (47)
recoup (49)
RedeR (179)
REDseq (96)
RefNet (3)
RefPlus (59)
RegEnrich (50)
regioneR (1566)
regionReport (119)
regsplice (44)
regutools (46)
REMP (56)
Repitools (584)
ReportingTools (804)
reposTools (0)
RepViz (50)
ReQON (53)
ResidualMatrix (1863)
Resourcerer (0)
restfulSE (51)
rexposome (66)
rfaRm (47)
Rfastp (76)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (47)
rGADEM (370)
RGalaxy (54)
rGenomeTracks (17)
Rgin (47)
RGMQL (34)
rgoslin (2)
RGraph2js (48)
Rgraphviz (8975)
rGREAT (303)
RGSEA (73)
rgsepd (51)
rhdf5 (13604)
rhdf5client (59)
rhdf5filters (12708)
Rhdf5lib (15997)
Rhisat2 (189)
Rhtslib (17095)
rHVDM (2)
RiboCrypt (16)
RiboDiPA (44)
RiboProfiling (66)
ribor (45)
riboSeq (0)
riboSeqR (68)
ribosomeProfilingQC (52)
rifi (1)
RImmPort (47)
Ringo (603)
Rintact (0)
RIPAT (44)
RIPSeeker (15)
Risa (59)
RITAN (53)
RIVER (47)
RJMCMCNucleosomes (43)
RLassoCox (44)
RLMM (51)
RLSeq (18)
RMAGEML (0)
Rmagpie (48)
RMAPPER (0)
RMassBank (79)
rMAT (2)
rmelting (65)
RmiR (45)
rmir (0)
Rmmquant (44)
rmspc (20)
RNAAgeCalc (60)
RNAdecay (43)
rnaEditr (39)
RNAinteract (48)
RNAither (7)
rnaither (0)
RNAmodR (58)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (46)
RNAmodR.ML (43)
RNAmodR.RiboMethSeq (45)
RNAprobR (9)
RNAsense (42)
rnaseqcomp (54)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (7)
RNASeqPower (157)
RNASeqR (54)
RnaSeqSampleSize (97)
RnBeads (234)
Rnits (49)
roar (61)
ROC (1152)
ROCpAI (40)
RolDE (1)
Roleswitch (5)
Rolexa (1)
rols (276)
roma (0)
ROntoTools (88)
ropls (601)
ROSeq (43)
ROTS (159)
RPA (56)
rprimer (8)
RProtoBufLib (1983)
RpsiXML (59)
rpx (281)
Rqc (180)
rqt (49)
rqubic (61)
rRDP (47)
Rredland (0)
RRHO (83)
rrvgo (188)
Rsamtools (17129)
rsbml (84)
rScudo (46)
rsemmed (42)
RSeqAn (66)
rSFFreader (2)
RSNPper (0)
Rsubread (1747)
RSVSim (57)
rSWeeP (44)
rTANDEM (15)
RTCA (49)
RTCGA (509)
RTCGAToolbox (407)
RTN (124)
RTNduals (57)
RTNsurvival (55)
RTools4TB (0)
RTopper (52)
Rtpca (42)
rtracklayer (17054)
Rtreemix (51)
rTRM (59)
rTRMui (45)
runibic (66)
Ruuid (0)
RUVcorr (53)
RUVnormalize (56)
RUVSeq (757)
RVS (48)
RWebServices (1)
rWikiPathways (248)

S

S4Vectors (46302)
safe (383)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (47)
SAGx (32)
SAIGEgds (77)
samExploreR (6)
sampleClassifier (45)
SamSPECTRAL (133)
sangeranalyseR (124)
sangerseqR (308)
SANTA (48)
sapFinder (5)
saps (1)
sarks (41)
satuRn (45)
savR (67)
SBGNview (69)
sbgr (1)
SBMLR (47)
SC3 (410)
Scale4C (45)
ScaledMatrix (5409)
scAlign (54)
SCAN.UPC (119)
scanMiR (25)
scanMiRApp (20)
scAnnotatR (28)
SCANVIS (54)
SCArray (42)
SCATE (40)
scater (3999)
scatterHatch (15)
scBFA (44)
SCBN (63)
scCB2 (45)
scClassifR (44)
scClassify (65)
sccomp (7)
scDataviz (58)
scDblFinder (421)
scDD (126)
scde (313)
scds (249)
SCFA (44)
scFeatureFilter (46)
scfind (3)
scGPS (45)
schex (112)
scHOT (62)
ScISI (44)
scMAGeCK (48)
scmap (199)
scMerge (225)
scmeth (46)
SCnorm (119)
scone (135)
Sconify (45)
SCOPE (53)
scoreInvHap (45)
scp (49)
scPCA (70)
scPipe (85)
scran (2924)
scReClassify (16)
scRecover (56)
scRepertoire (191)
scruff (58)
scry (78)
scShapes (20)
scsR (3)
scTensor (59)
scTGIF (40)
scTHI (46)
scTreeViz (18)
scuttle (5069)
SDAMS (48)
sechm (47)
segmenter (22)
segmentSeq (101)
selectKSigs (40)
SELEX (50)
SemDist (46)
semisup (46)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (48)
seq2pathway (54)
seqArchR (2)
SeqArray (635)
seqbias (56)
seqCAT (49)
seqCNA (53)
seqcombo (52)
SeqGate (40)
SeqGSEA (74)
seqLogo (1707)
Seqnames (0)
seqPattern (418)
seqplots (25)
seqsetvis (65)
SeqSQC (50)
seqTools (112)
SeqVarTools (392)
sesame (352)
SEtools (58)
sevenbridges (79)
sevenC (46)
SGSeq (256)
SharedObject (90)
shinyepico (47)
shinyMethyl (84)
shinyTANDEM (6)
ShortRead (5024)
shortread (0)
SIAMCAT (110)
SICtools (42)
sidap (0)
sigaR (7)
SigCheck (50)
sigFeature (106)
SigFuge (47)
siggenes (2143)
sights (52)
signatureSearch (87)
signeR (69)
signet (3)
sigPathway (135)
SigsPack (46)
sigsquared (48)
SIM (51)
SIMAT (50)
SimBindProfiles (47)
SIMD (44)
SimFFPE (44)
similaRpeak (56)
SIMLR (200)
simpleaffy (219)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (153)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (6)
sincell (55)
single (2)
SingleCellExperiment (8380)
SingleCellSignalR (146)
singleCellTK (110)
SingleMoleculeFootprinting (37)
SingleR (2004)
SingleRBook (4)
singscore (550)
SISPA (44)
sitadela (41)
sitePath (48)
sizepower (57)
SJava (1)
skewr (44)
slalom (53)
SLGI (44)
slingshot (801)
slinky (45)
SLqPCR (62)
SMAD (45)
SMAP (50)
SMITE (51)
SNAData (0)
SNAGEE (44)
snapCGH (54)
snapcount (54)
snifter (90)
snm (130)
snpAssoc (0)
SNPchip (24)
SNPediaR (48)
SNPhood (47)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1192)
snpStats (1325)
soGGi (194)
sojourner (46)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (147)
SOMNiBUS (40)
SpacePAC (47)
spade (1)
Spaniel (79)
sparrow (22)
sparseDOSSA (50)
sparseMatrixStats (8919)
sparsenetgls (42)
SparseSignatures (50)
SpatialCPie (71)
spatialDE (29)
SpatialDecon (68)
SpatialExperiment (399)
spatialHeatmap (39)
spatzie (23)
specL (53)
SpeCond (94)
Spectra (234)
SpectralTAD (57)
SPEM (73)
SPIA (434)
spicyR (42)
SpidermiR (63)
spikeLI (52)
spiky (26)
spkTools (48)
splatter (332)
splicegear (3)
spliceR (4)
spliceSites (4)
SplicingFactory (39)
SplicingGraphs (98)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (67)
SPLINTER (46)
splots (122)
SPONGE (53)
SPOTlight (2)
spotSegmentation (3)
spqn (45)
SPsimSeq (48)
SQLDataFrame (47)
SQUADD (44)
sRACIPE (45)
SRAdb (346)
sRAP (3)
SRGnet (11)
srnadiff (47)
sscore (47)
sscu (51)
sSeq (167)
ssize (73)
sSNAPPY (1)
SSPA (178)
ssPATHS (40)
ssrch (48)
ssviz (52)
stageR (142)
stam (0)
STAN (53)
standR (1)
staRank (44)
StarBioTrek (48)
Starr (4)
STATegRa (57)
statTarget (101)
STdeconvolve (1)
stepNorm (49)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (45)
Streamer (51)
STRINGdb (719)
STROMA4 (47)
struct (98)
Structstrings (75)
structToolbox (67)
StructuralVariantAnnotation (138)
SubCellBarCode (49)
subSeq (66)
SummarizedBenchmark (54)
SummarizedExperiment (31002)
Summix (37)
supersigs (39)
supraHex (275)
surfaltr (18)
survcomp (751)
survtype (50)
Sushi (265)
sva (5175)
svaNUMT (21)
SVAPLSseq (3)
svaRetro (19)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (60)
SwathXtend (56)
swfdr (57)
SwimR (24)
switchBox (79)
switchde (53)
synapsis (17)
synapter (43)
synergyfinder (152)
SynExtend (44)
synlet (44)
SynMut (45)
systemPipeR (1192)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (56)
systemPipeTools (41)

T

TADCompare (51)
tanggle (23)
TAPseq (48)
target (47)
TargetDecoy (18)
TargetScore (51)
TargetSearch (57)
targetsearch (0)
TarSeqQC (53)
TBSignatureProfiler (45)
TCC (288)
TCGAbiolinks (2564)
TCGAbiolinksGUI (107)
TCGAutils (558)
TCseq (124)
TDARACNE (48)
tdaracne (0)
TEKRABber (4)
tenXplore (43)
TEQC (67)
ternarynet (47)
terraTCGAdata (1)
TFARM (42)
TFBSTools (1126)
TFEA.ChIP (62)
TFHAZ (42)
TFutils (48)
tidybulk (121)
tidySingleCellExperiment (82)
tidySummarizedExperiment (92)
tiger (0)
tigre (49)
TileDBArray (46)
tilingArray (73)
timecourse (69)
timeOmics (59)
TimerQuant (0)
timescape (71)
TimeSeriesExperiment (58)
TimiRGeN (42)
TIN (48)
TissueEnrich (94)
TitanCNA (76)
tkWidgets (654)
tLOH (37)
TMixClust (69)
TNBC.CMS (45)
TnT (50)
TOAST (94)
tofsims (50)
tomoda (40)
tomoseqr (1)
ToPASeq (10)
topconfects (98)
topdownr (47)
topGO (2717)
topicmodels (0)
ToxicoGx (42)
TPP (83)
TPP2D (57)
tracktables (87)
trackViewer (258)
tradeSeq (330)
TrajectoryGeometry (36)
TrajectoryUtils (641)
transcriptogramer (48)
transcriptR (52)
transformGamPoi (19)
transite (52)
tRanslatome (47)
transomics2cytoscape (43)
TransView (49)
TraRe (40)
traseR (44)
Travel (27)
traviz (22)
TreeAndLeaf (63)
treeio (10340)
treekoR (41)
TreeSummarizedExperiment (336)
TREG (2)
TReNA (1)
trena (49)
Trendy (56)
TRESS (19)
tricycle (67)
triform (3)
trigger (49)
trio (84)
triplex (50)
tripr (19)
tRNA (84)
tRNAdbImport (56)
tRNAscanImport (61)
TRONCO (76)
TSCAN (227)
tscR (50)
tspair (49)
TSRchitect (41)
TSSi (2)
ttgsea (45)
TTMap (45)
TurboNorm (49)
TVTB (60)
tweeDEseq (94)
twilight (88)
twoddpcr (50)
txcutr (17)
tximeta (939)
tximport (2737)
TxRegInfra (6)
TypeInfo (52)

U

UCell (7)
Ularcirc (46)
UMI4Cats (43)
uncoverappLib (40)
UNDO (51)
unifiedWMWqPCR (51)
UniProt.ws (250)
Uniquorn (43)
universalmotif (308)
updateObject (4)
uSORT (42)

V

VAExprs (21)
VanillaICE (61)
VarCon (37)
variancePartition (386)
VariantAnnotation (6204)
VariantExperiment (45)
VariantFiltering (57)
VariantTools (86)
vasp (5)
VaSP (42)
vbmp (70)
VCFArray (46)
Vega (3)
VegaMC (45)
velociraptor (94)
veloviz (24)
VennDetail (126)
VERSO (40)
vidger (99)
viper (520)
virtualArray (0)
ViSEAGO (157)
vissE (57)
VplotR (45)
vsn (4452)
vtpnet (47)
vulcan (46)

W

waddR (58)
wateRmelon (758)
wavClusteR (53)
waveTiling (3)
weaver (55)
webbioc (52)
weitrix (43)
widgetInvoke (0)
widgetTools (669)
wiggleplotr (110)
wpm (51)
wppi (41)
Wrench (757)

X

XBSeq (9)
XCIR (35)
xcms (1181)
xcore (3)
XDE (52)
Xeva (56)
XINA (47)
xmapbridge (52)
xmapcore (0)
XNAString (41)
xps (12)
XVector (38506)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (53)
YAPSA (89)
yaqcaffy (10)
yarn (81)

Z

zellkonverter (334)
zFPKM (116)
zinbwave (612)
zlibbioc (39910)