See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2020-07-10 13:22:40 -0400 (Fri, 10 Jul 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (34509)
2BiocGenerics (33528)
3S4Vectors (32377)
4IRanges (31338)
5Biobase (29293)
6zlibbioc (25133)
7AnnotationDbi (24285)
8BiocParallel (24260)
9XVector (23333)
10GenomeInfoDb (22440)
11GenomicRanges (22314)
12SummarizedExperiment (21685)
13DelayedArray (21570)
14limma (21319)
15Biostrings (18999)
16Rsamtools (16297)
17biomaRt (16050)
18annotate (15703)
19genefilter (14841)
20GenomicAlignments (14069)
21rtracklayer (13852)
22Rhtslib (13442)
23graph (13271)
24edgeR (13265)
25GenomicFeatures (12436)
26DESeq2 (11700)
27geneplotter (11659)
28Rhdf5lib (11401)
29rhdf5 (10642)
30preprocessCore (9833)
31BiocFileCache (9491)
32multtest (8941)
33qvalue (8232)
34Rgraphviz (8057)
35RBGL (7515)
36BiocInstaller (7471)
37BSgenome (7016)
38fgsea (7004)
39affyio (6911)
40affy (6833)
41clusterProfiler (6525)
42impute (6504)
43DOSE (6439)
44GOSemSim (6315)
45HDF5Array (6168)
46enrichplot (5987)
47ProtGenerics (5899)
48ShortRead (5665)
49ensembldb (5549)
50VariantAnnotation (5457)
51GEOquery (5359)
52sva (5065)
53AnnotationFilter (5037)
54ComplexHeatmap (5005)
55DelayedMatrixStats (4994)
56GSEABase (4764)
57KEGGREST (4607)
58SingleCellExperiment (4407)
59AnnotationHub (4258)
60DESeq (3939)
61interactiveDisplayBase (3907)
62beachmat (3821)
63biovizBase (3793)
64scater (3486)
65vsn (3451)
66KEGGgraph (3439)
67pathview (3315)
68phyloseq (3190)
69Gviz (3134)
70pcaMethods (3116)
71BiocNeighbors (3046)
72BiocSingular (3002)
73biomformat (2978)
74BiocStyle (2813)
75topGO (2810)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (71)
a4Base (100)
a4Classif (74)
a4Core (124)
a4Preproc (117)
a4Reporting (73)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (73)
ABarray (63)
abseqR (47)
ABSSeq (66)
acde (71)
ACE (58)
aCGH (128)
ACME (77)
ADaCGH2 (58)
ADAM (47)
ADAMgui (42)
adaptest (46)
adductomicsR (43)
adSplit (60)
AffiXcan (42)
affxparser (1521)
affy (6833)
affycomp (90)
AffyCompatible (89)
affyContam (61)
affycoretools (349)
affydata (1)
AffyExpress (61)
affyILM (56)
affyio (6911)
affylmGUI (94)
affyPara (62)
affypdnn (58)
affyPLM (1309)
affyqcreport (0)
affyQCReport (194)
AffyRNADegradation (59)
AffyTiling (3)
AGDEX (56)
Agi4x44PreProcess (1)
agilp (158)
AgiMicroRna (104)
agimicrorna (0)
AIMS (358)
ALDEx2 (314)
alevinQC (51)
AllelicImbalance (72)
AlphaBeta (29)
alpine (70)
ALPS (34)
alsace (64)
altcdfenvs (67)
AMARETTO (46)
AMOUNTAIN (66)
amplican (71)
ampliQueso (11)
AnalysisPageServer (47)
anamiR (46)
Anaquin (56)
AneuFinder (79)
ANF (54)
animalcules (48)
annaffy (419)
AnnBuilder (1)
annmap (49)
annotate (15703)
AnnotationDbi (24285)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (5037)
AnnotationForge (2631)
AnnotationFuncs (85)
AnnotationHub (4258)
AnnotationHubData (112)
annotationTools (102)
annotatr (271)
anota (63)
anota2seq (64)
antiProfiles (51)
AnVIL (28)
APAlyzer (32)
apcluster (0)
apComplex (72)
apcomplex (0)
apeglm (1539)
applera (0)
appreci8R (47)
aroma.light (2791)
ArrayExpress (595)
ArrayExpressHTS (41)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (50)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (68)
arrayQualityMetrics (521)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (96)
ArrayTV (55)
ARRmNormalization (53)
artMS (69)
ASAFE (48)
ASEB (54)
ASGSCA (56)
ASICS (69)
asmn (1)
ASpediaFI (26)
ASpli (78)
AssessORF (41)
ASSET (69)
ASSIGN (69)
ATACseqQC (254)
AtlasRDF (4)
atSNP (45)
attract (51)
AUCell (499)
Autotuner (41)
AWFisher (29)

B

BaalChIP (50)
BAC (53)
bacon (82)
BADER (54)
BadRegionFinder (50)
BAGS (52)
ballgown (743)
bamsignals (581)
BANDITS (47)
banocc (53)
basecallQC (67)
BaseSpaceR (66)
Basic4Cseq (60)
BASiCS (100)
BasicSTARRseq (52)
basilisk (23)
basilisk.utils (24)
batchelor (1111)
BatchQC (110)
BayesKnockdown (47)
BayesPeak (85)
bayNorm (76)
baySeq (521)
BBCAnalyzer (50)
BCRANK (67)
bcSeq (47)
BDMMAcorrect (46)
beachmat (3821)
beadarray (730)
beadarraySNP (62)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (673)
BeadExplorer (0)
BEARscc (47)
BEAT (49)
BEclear (63)
betr (5)
bgafun (47)
BgeeCall (13)
BgeeDB (90)
BGmix (42)
bgx (58)
BHC (152)
BicARE (97)
BiFET (55)
BiGGR (55)
BigMatrix (0)
bigmelon (62)
bigmemoryExtras (53)
bigPint (60)
bim (1)
bioassayR (63)
biobase (0)
Biobase (29293)
biobroom (180)
biobtreeR (14)
bioCancer (54)
BiocCaseStudies (60)
BiocCheck (550)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (9)
BiocFileCache (9491)
BiocGenerics (33528)
biocGraph (226)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (7471)
biocLite (0)
BiocNeighbors (3046)
BiocOncoTK (49)
Bioconductor (0)
BioCor (56)
BiocParallel (24260)
BiocPkgTools (75)
BiocSet (32)
BiocSingular (3002)
BiocSklearn (454)
BiocStyle (2813)
BiocVersion (34509)
biocViews (2191)
BiocWorkflowTools (67)
bioDist (233)
biomaRt (16050)
BioMedR (1)
biomformat (2978)
BioMM (42)
BioMVCClass (50)
biomvRCNS (49)
BioNet (218)
bionet (0)
BioNetStat (61)
BioQC (108)
BioSeqClass (104)
biosigner (67)
biostrings (0)
Biostrings (18999)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (48)
BioTIP (23)
biotmle (53)
biovizBase (3793)
BiRewire (68)
birta (60)
birte (14)
biscuiteer (28)
BiSeq (105)
BitSeq (78)
blacksheepr (24)
blima (50)
BLMA (66)
bnbc (49)
BPRMeth (63)
BRAIN (132)
brainflowprobes (22)
brainImageR (15)
BrainSABER (3)
BrainStars (49)
branchpointer (48)
breakpointR (45)
brendaDb (27)
BRGenomics (10)
bridge (52)
BridgeDbR (64)
BrowserViz (89)
BrowserVizDemo (5)
BSgenome (7016)
bsseq (929)
BubbleTree (53)
BufferedMatrix (59)
BufferedMatrixMethods (55)
BUMHMM (46)
bumphunter (1892)
BUS (52)
BUScorrect (39)
BUSpaRse (101)
BuxcoR (0)

C

CAFE (43)
CAGEfightR (66)
CAGEr (102)
CALIB (46)
calm (23)
CAMERA (530)
CAMTHC (40)
canceR (63)
cancerclass (55)
CancerInSilico (48)
CancerMutationAnalysis (53)
CancerSubtypes (137)
CAnD (46)
caOmicsV (50)
Cardinal (117)
CARNIVAL (11)
casper (55)
CATALYST (295)
Category (2658)
categoryCompare (52)
CausalR (57)
cbaf (46)
cBioPortalData (19)
ccfindR (57)
ccmap (77)
CCPROMISE (45)
ccrepe (67)
celaref (78)
celda (112)
cellbaseR (51)
CellBench (55)
cellGrowth (44)
cellHTS (2)
cellHTS2 (178)
cellity (58)
CellMapper (52)
CellMixS (47)
CellNOptR (104)
cellscape (64)
CellScore (42)
CellTrails (43)
cellTree (59)
CEMiTool (168)
ceRNAnetsim (14)
CeTF (23)
CexoR (48)
CFAssay (56)
CGEN (77)
CGHbase (254)
CGHcall (225)
cghMCR (62)
CGHnormaliter (49)
CGHregions (60)
ChAMP (524)
CHARGE (41)
charm (31)
ChemmineOB (600)
ChemmineR (416)
chemminer (0)
CHETAH (89)
ChIC (42)
Chicago (82)
chimera (60)
chimeraviz (79)
ChIPanalyser (45)
ChIPComp (58)
chipenrich (85)
ChIPexoQual (47)
ChIPpeakAnno (827)
ChIPQC (268)
ChIPseeker (1102)
chipseq (492)
ChIPseqR (131)
ChIPSeqSpike (53)
ChIPsim (130)
ChIPXpress (39)
chopsticks (123)
chroGPS (39)
chromDraw (53)
ChromHeatMap (74)
ChromoViz (1)
chromPlot (97)
chromstaR (68)
chromswitch (47)
chromVAR (287)
CHRONOS (52)
cicero (166)
cindex (1)
CINdex (49)
circRNAprofiler (33)
cisPath (57)
CiteFuse (11)
ClassifyR (61)
cleanUpdTSeq (51)
cleaver (144)
clippda (56)
clipper (70)
cliqueMS (37)
Clomial (51)
Clonality (58)
clonotypeR (51)
clst (55)
clstutils (47)
CluMSID (50)
clustComp (50)
clusterExperiment (510)
ClusterJudge (43)
clusterProfiler (6525)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (48)
ClusterSignificance (50)
clusterStab (133)
clustifyr (14)
CMA (137)
cmapR (21)
cn.farms (52)
cn.mops (152)
CNAnorm (64)
cnanorm (0)
CNEr (618)
CNORdt (54)
CNORfeeder (53)
CNORfuzzy (49)
CNORode (82)
CNPBayes (21)
CNTools (151)
CNVfilteR (25)
cnvGSA (53)
CNVPanelizer (65)
CNVRanger (63)
CNVrd2 (51)
CNVtools (66)
cnvtools (0)
cobindR (48)
CoCiteStats (54)
COCOA (44)
codelink (58)
CODEX (118)
coexnet (58)
CoGAPS (108)
cogena (75)
coGPS (48)
COHCAP (65)
cola (44)
combi (10)
coMET (73)
compartmap (41)
COMPASS (66)
compcodeR (65)
compEpiTools (64)
CompGO (67)
ComplexHeatmap (5005)
condcomp (13)
CONFESS (43)
consensus (41)
ConsensusClusterPlus (2495)
consensusDE (47)
consensusOV (51)
consensusSeekeR (53)
contiBAIT (44)
conumee (98)
convert (132)
copa (56)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (298)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (51)
CopywriteR (90)
coRdon (80)
CoRegFlux (34)
CoRegNet (71)
CoreGx (27)
Cormotif (48)
CorMut (50)
coRNAi (3)
corral (1)
CORREP (50)
coseq (83)
cosmiq (55)
cosmo (1)
cosmoGUI (0)
COSNet (49)
CountClust (91)
countsimQC (53)
covEB (43)
CoverageView (72)
covRNA (44)
cpvSNP (50)
cqn (193)
CRImage (72)
CRISPRseek (95)
crisprseekplus (46)
CrispRVariants (82)
crlmm (145)
CrossICC (25)
crossmeta (68)
CSAR (138)
csaw (278)
CSSP (49)
CSSQ (14)
ctc (268)
CTDquerier (33)
ctgGEM (9)
cTRAP (48)
ctsGE (55)
cummeRbund (504)
cummerbund (0)
customProDB (90)
CVE (38)
cycle (50)
cydar (81)
CytoDx (53)
cytofast (53)
cytofkit (80)
cytolib (1051)
cytomapper (9)
CytoML (613)

D

dada2 (1471)
dagLogo (50)
daMA (47)
DAMEfinder (12)
DaMiRseq (75)
DAPAR (94)
DART (52)
DASC (2)
DASiR (2)
DAVIDQuery (2)
DBChIP (89)
dcanr (49)
dcGSA (46)
DChIPRep (47)
ddCt (101)
ddgraph (4)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (43)
dearseq (15)
debCAM (26)
debrowser (224)
DECIPHER (1033)
deco (44)
DEComplexDisease (44)
decompTumor2Sig (44)
DeconRNASeq (177)
decontam (200)
DEDS (72)
DeepBlueR (65)
deepSNV (94)
DEFormats (195)
DegNorm (2)
DEGraph (50)
DEGreport (332)
DEGseq (261)
DelayedArray (21570)
DelayedDataFrame (40)
DelayedMatrixStats (4994)
deltaCaptureC (23)
deltaGseg (51)
DeMAND (53)
DeMixT (65)
DEP (253)
DepecheR (50)
DEqMS (60)
derfinder (456)
derfinderHelper (415)
derfinderPlot (94)
DEScan2 (47)
deseq (0)
DESeq (3939)
DESeq2 (11700)
DEsingle (156)
destiny (795)
DEsubs (49)
DEWSeq (27)
DEXSeq (597)
dexus (53)
DFP (48)
DIAlignR (11)
DiffBind (724)
diffcoexp (52)
diffcyt (196)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (48)
diffHic (88)
DiffLogo (59)
diffloop (101)
diffuStats (64)
diggit (51)
Director (39)
DirichletMultinomial (1106)
discordant (49)
DiscoRhythm (42)
distinct (9)
dittoSeq (16)
divergence (37)
dks (46)
DMCFB (24)
DMCHMM (47)
DMRcaller (85)
DMRcate (664)
DMRforPairs (47)
DMRScan (46)
dmrseq (86)
DNABarcodeCompatibility (40)
DNABarcodes (103)
DNAcopy (2192)
DNaseR (1)
DNAshapeR (81)
domainsignatures (5)
DominoEffect (47)
doppelgangR (50)
DOQTL (31)
Doscheda (44)
DOSE (6439)
doseR (38)
dpeak (9)
drawProteins (87)
DRIMSeq (243)
DriverNet (56)
DropletUtils (752)
DrugVsDisease (54)
dSimer (18)
DSS (740)
DTA (49)
dualKS (49)
Dune (11)
DupChecker (46)
dupRadar (93)
dyebias (50)
DynDoc (491)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (94)
easyreporting (14)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (88)
EBarrays (118)
EBcoexpress (54)
EBImage (2447)
EBSEA (46)
EBSeq (425)
EBSeqHMM (72)
ecolitk (52)
EDASeq (2565)
edd (1)
EDDA (57)
edge (116)
edger (0)
edgeR (13265)
eegc (46)
EGAD (56)
EGSEA (204)
eiR (49)
eisa (64)
eisaR (16)
ELBOW (48)
ELMER (305)
EMDomics (56)
EmpiricalBrownsMethod (78)
ENCODExplorer (77)
EnhancedVolcano (1410)
EnMCB (16)
ENmix (140)
EnrichedHeatmap (153)
EnrichmentBrowser (248)
enrichplot (5987)
enrichTF (43)
ensembldb (5549)
ensemblVEP (120)
ENVISIONQuery (45)
EpiCluster (0)
EpiDISH (134)
epigenomix (53)
epihet (41)
epiNEM (49)
EpiTxDb (11)
epivizr (65)
epivizrChart (44)
epivizrData (69)
epivizrServer (70)
epivizrStandalone (56)
erccdashboard (66)
erma (148)
ERSSA (40)
esATAC (122)
esetVis (66)
eudysbiome (45)
evaluomeR (38)
EventPointer (59)
EWCE (2)
ExCluster (34)
ExiMiR (49)
exomeCopy (216)
exomecopy (0)
exomePeak (60)
exomePeak2 (11)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (2066)
ExperimentHubData (71)
explorase (32)
ExploreModelMatrix (12)
ExpressionAtlas (81)
ExpressionView (53)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (115)
facopy (6)
factDesign (54)
FamAgg (60)
farms (58)
fastLiquidAssociation (47)
FastqCleaner (71)
fastseg (589)
fbat (1)
FCBF (56)
fCCAC (44)
fCI (50)
fcoex (26)
fcScan (25)
fdrame (51)
FELLA (95)
FEM (424)
ffpe (58)
FGNet (91)
fgsea (7004)
FindMyFriends (73)
FISHalyseR (48)
fishpond (77)
FitHiC (61)
flagme (52)
flipflop (14)
flowAI (295)
flowBeads (48)
flowBin (50)
flowcatchR (48)
flowCHIC (48)
flowCL (85)
flowClean (141)
flowClust (705)
flowCore (1633)
flowCut (3)
flowCyBar (50)
flowDensity (145)
flowFit (50)
flowFlowJo (1)
flowFP (79)
flowMap (52)
flowMatch (51)
flowMeans (141)
flowMerge (75)
flowPeaks (84)
flowPhyto (1)
flowPloidy (50)
flowPlots (50)
flowq (0)
flowQ (7)
flowQB (21)
FlowRepositoryR (55)
FlowSOM (801)
flowSpecs (27)
flowSpy (28)
flowStats (698)
flowTime (47)
flowTrans (70)
flowType (61)
flowUtils (502)
flowViz (947)
flowVS (59)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (911)
fmcsR (169)
fmrs (1)
focalCall (44)
FoldGO (44)
FourCSeq (60)
FRASER (10)
frenchFISH (9)
FRGEpistasis (53)
frma (129)
frmaTools (54)
FunChIP (43)
FunciSNP (55)
funtooNorm (43)

G

GA4GHclient (48)
ga4ghclient (1)
GA4GHshiny (44)
gaga (60)
gage (858)
gaggle (46)
gaia (157)
GAPGOM (36)
GAprediction (45)
garfield (55)
GARS (45)
GateFinder (43)
gaucho (6)
gcapc (46)
gcatest (46)
gCMAP (52)
gCMAPWeb (32)
gCrisprTools (54)
gcrma (1690)
GCSConnection (10)
GCSscore (23)
GDCRNATools (308)
GDSArray (72)
gdsfmt (1224)
geecc (43)
GEM (51)
gemini (26)
genArise (54)
genbankr (165)
GENE.E (4)
gene2pathway (0)
GeneAccord (38)
GeneAnswers (90)
geneAttribution (46)
GeneBreak (46)
geneClassifiers (46)
GeneExpressionSignature (62)
genefilter (14841)
genefu (392)
GeneGA (44)
GeneGeneInteR (51)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (78)
GeneNetworkBuilder (73)
GeneOverlap (242)
geneplast (48)
geneplotter (11659)
GeneR (1)
geneRecommender (53)
GeneRegionScan (48)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (48)
GeneSelectMMD (57)
GeneSelector (14)
GENESIS (183)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (55)
geNetClassifier (83)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (59)
GeneticsPed (107)
GeneTonic (13)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (48)
GENIE3 (379)
genoCN (51)
GenoGAM (50)
genomation (379)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (165)
GenomeInfoDb (22440)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (221)
genomeintervals (0)
genomes (72)
GenomicAlignments (14069)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (775)
GenomicFeatures (12436)
GenomicFiles (747)
GenomicInteractions (176)
GenomicOZone (26)
GenomicRanges (22314)
GenomicScores (316)
GenomicTuples (50)
Genominator (47)
genoset (147)
genotypeeval (49)
GenoView (2)
genphen (48)
GenRank (45)
GenVisR (343)
GEOmetadb (223)
GEOquery (5359)
GEOsearch (3)
GEOsubmission (48)
gep2pep (46)
gespeR (64)
getDEE2 (2)
GEWIST (44)
gff3Plotter (0)
GGBase (99)
ggbio (1740)
ggcyto (748)
GGPA (8)
GGtools (90)
ggtree (2264)
GIGSEA (38)
girafe (132)
GISPA (47)
GLAD (243)
GladiaTOX (35)
Glimma (1067)
glmGamPoi (9)
glmSparseNet (45)
GlobalAncova (317)
globalSeq (48)
globaltest (980)
gmapR (76)
GmicR (30)
gmoviz (10)
GMRP (48)
GNET2 (38)
goCluster (0)
GOexpress (106)
GOfuncR (119)
GOFunction (60)
GoogleGenomics (9)
GOpro (51)
goProfiles (108)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (6315)
goseq (1112)
GOSim (121)
goSTAG (52)
gostats (0)
GOstats (2445)
GOsummaries (87)
GOTHiC (59)
goTools (79)
gotools (0)
GPA (8)
gpart (57)
gpls (106)
gprege (58)
gpuMagic (18)
gQTLBase (128)
gQTLstats (132)
gramm4R (29)
graper (39)
graph (13271)
GraphAlignment (55)
GraphAT (50)
graphite (1357)
GraphPAC (53)
GRENITS (58)
GreyListChIP (52)
GRmetrics (129)
groHMM (62)
GRridge (51)
GSALightning (48)
GSAR (155)
GSCA (51)
gscreend (25)
GSEABase (4764)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (57)
GSEAlm (94)
gsean (49)
GSReg (52)
GSRI (49)
GSVA (1751)
gtrellis (135)
GUIDEseq (53)
Guitar (87)
Gviz (3134)
gwascat (391)
GWASTools (409)
gwasurvivr (58)

H

h5vc (63)
hapFabia (50)
Harman (189)
Harshlight (48)
harshlight (0)
HCABrowser (41)
HCAExplorer (25)
HCAMatrixBrowser (2)
HCsnip (5)
HDF5Array (6168)
HDTD (48)
heatmaps (239)
Heatplus (530)
HelloRanges (80)
HELP (52)
HEM (50)
hexbin (1)
hiAnnotator (70)
HIBAG (91)
HiCBricks (43)
hicbricks (1)
HiCcompare (102)
hicrep (74)
hierGWAS (54)
hierinf (38)
HilbertCurve (76)
HilbertVis (188)
HilbertVisGUI (33)
HiLDA (27)
hipathia (56)
HIPPO (10)
hiReadsProcessor (48)
HIREewas (41)
HiTC (150)
hmdbQuery (65)
HMMcopy (189)
hopach (230)
HPAanalyze (54)
hpar (233)
HTqPCR (143)
HTSanalyzeR (101)
HTSeqGenie (31)
htseqtools (0)
htSeqTools (59)
HTSFilter (197)
HumanTranscriptomeCompendium (48)
HybridMTest (71)
hypeR (64)
hyperdraw (71)
hypergraph (107)

I

iASeq (45)
iasva (41)
iBBiG (93)
ibh (46)
iBMQ (38)
iCARE (57)
Icens (272)
icetea (40)
iCheck (49)
iChip (46)
iClusterPlus (168)
iCNV (52)
iCOBRA (95)
ideal (74)
ideogram (0)
IdeoViz (78)
idiogram (49)
IdMappingAnalysis (34)
IdMappingRetrieval (36)
idr2d (27)
iFlow (1)
iGC (46)
IgGeneUsage (26)
igvR (65)
IHW (859)
illuminaio (2394)
imageHTS (53)
IMAS (45)
Imetagene (45)
IMMAN (47)
ImmuneSpaceR (56)
immunoClust (51)
IMPCdata (44)
ImpulseDE (51)
ImpulseDE2 (93)
impute (6504)
INDEED (40)
infercnv (241)
InPAS (47)
INPower (46)
inSilicoDb (8)
inSilicoMerging (9)
insilicomerging (0)
INSPEcT (57)
InTAD (48)
intansv (60)
InteractionSet (369)
interactiveDisplay (94)
interactiveDisplayBase (3907)
IntEREst (57)
InterMineR (75)
IntramiRExploreR (39)
inversion (0)
inveRsion (49)
IONiseR (61)
iontree (4)
iPAC (58)
ipdDb (39)
IPO (122)
IPPD (113)
IRanges (31338)
IrisSpatialFeatures (4)
iSEE (245)
iSEEu (17)
iSeq (49)
iSNetwork (0)
isobar (119)
IsoCorrectoR (52)
IsoCorrectoRGUI (42)
IsoformSwitchAnalyzeR (168)
IsoGeneGUI (46)
ISoLDE (44)
isomiRs (64)
iSPlot (0)
ITALICS (44)
iterativeBMA (53)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (49)
iterClust (48)
iteremoval (41)
IVAS (51)
ivygapSE (46)
IWTomics (45)

J

JASPAR2018 (7)
jmosaics (2)
joda (43)
JunctionSeq (94)

K

karyoploteR (510)
KCsmart (48)
kebabs (114)
KEGGgraph (3439)
KEGGlincs (56)
keggorth (1)
keggorthology (74)
KEGGprofile (207)
KEGGREST (4607)
KEGGSOAP (1)
kimod (46)
KinSwingR (44)
kissDE (48)
kmknn (0)
KnowSeq (32)

L

LACE (8)
lapmix (46)
LBE (149)
ldblock (77)
LEA (315)
LedPred (47)
les (49)
levi (39)
lfa (195)
limma (21319)
limmaGUI (85)
LINC (40)
LineagePulse (44)
LinkHD (24)
Linnorm (114)
lionessR (25)
lipidr (53)
LiquidAssociation (50)
lmdme (52)
LMGene (58)
LOBSTAHS (53)
loci2path (41)
logicFS (109)
logitT (52)
Logolas (63)
lol (37)
LOLA (133)
LoomExperiment (79)
LowMACA (47)
LPE (65)
LPEadj (49)
lpNet (46)
lpsymphony (903)
LRBaseDbi (62)
lumi (1064)
LVSmiRNA (41)
LymphoSeq (64)

M

M3C (316)
M3D (55)
M3Drop (240)
maanova (69)
Maaslin2 (68)
macat (50)
maCorrPlot (50)
MACPET (41)
MACSQuantifyR (22)
maDB (1)
madb (0)
made4 (278)
MADSEQ (42)
maftools (1387)
MAGeCKFlute (223)
maigesPack (54)
MAIT (76)
makecdfenv (135)
makePlatformDesign (1)
MANOR (44)
manta (38)
MantelCorr (46)
mAPKL (49)
maPredictDSC (47)
mapscape (48)
marray (1417)
martini (45)
maser (63)
maSigPro (273)
maskBAD (47)
MassArray (54)
massarray (0)
massiR (53)
MassSpecWavelet (1002)
MAST (893)
matchBox (46)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixGenerics (17)
MatrixRider (47)
matter (107)
MaxContrastProjection (43)
MBAmethyl (43)
MBASED (52)
MBCB (47)
mbkmeans (55)
mBPCR (47)
MBQN (16)
MBttest (43)
mcaGUI (47)
MCbiclust (50)
MCRestimate (43)
mCSEA (53)
mdgsa (68)
mdp (45)
mdqc (54)
MDTS (42)
MEAL (59)
MeasurementError.cor (46)
MEAT (10)
MEB (21)
MEDIPS (104)
MEDME (47)
MEIGOR (71)
Melissa (40)
mergemaid (0)
MergeMaid (74)
Mergeomics (56)
MeSHDbi (188)
meshes (96)
meshr (101)
MeSHSim (3)
messina (46)
metaArray (63)
metaarray (0)
Metab (57)
metabomxtr (54)
MetaboSignal (64)
metaCCA (57)
MetaCyto (60)
metagene (73)
metagene2 (44)
metagenomeFeatures (53)
metagenomeSeq (611)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (48)
metaMS (98)
MetaNeighbor (62)
metaR (0)
metaSeq (58)
metaseqR (92)
metaseqR2 (9)
metavizr (50)
MetaVolcanoR (49)
metaX (2)
MetCirc (52)
MethCP (22)
methimpute (47)
methInheritSim (45)
MethPed (43)
methrix (28)
MethTargetedNGS (46)
methVisual (52)
methyAnalysis (106)
MethylAid (67)
methylCC (26)
methylGSA (84)
methylInheritance (47)
methylKit (439)
MethylMix (115)
methylMnM (52)
methylPipe (73)
MethylSeekR (118)
methylSig (9)
methylumi (1237)
methyvim (44)
MetID (38)
MetNet (44)
mfa (59)
Mfuzz (300)
mfuzz (0)
MGFM (53)
MGFR (56)
mgsa (79)
MiChip (46)
microbiome (634)
microbiomeDASim (25)
MicrobiotaProcess (13)
microRNA (136)
MIGSA (51)
mimager (44)
MIMOSA (54)
MineICA (62)
minet (550)
minfi (1751)
MinimumDistance (43)
MiPP (48)
MIRA (56)
MiRaGE (49)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (45)
mirIntegrator (49)
miRLAB (64)
miRmine (48)
miRNAmeConverter (56)
miRNApath (64)
miRNAtap (113)
miRSM (40)
miRsponge (21)
miRspongeR (50)
Mirsynergy (43)
missMethyl (778)
missRows (41)
mitch (18)
mitoODE (43)
mixOmics (1735)
MLInterfaces (381)
mlm4omics (33)
MLP (78)
MLSeq (176)
MMAPPR2 (19)
MMDiff (2)
MMDiff2 (45)
mmgmos (1)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (46)
MMUPHin (26)
mnem (40)
MODA (58)
Modstrings (59)
MOFA (121)
mogsa (66)
MOMA (8)
monocle (1768)
MoonlightR (57)
MoPS (43)
mosaics (74)
MOSim (24)
motifbreakR (77)
motifcounter (54)
MotifDb (353)
motifmatchr (391)
motifRG (122)
motifStack (446)
MotIV (454)
MouseFM (2)
MPFE (41)
mpra (47)
MPRAnalyze (45)
mQTL.NMR (7)
msa (965)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (17)
msgbsR (42)
MSGFgui (92)
MSGFplus (226)
msmsEDA (134)
msmsTests (134)
MSnbase (1572)
MSnID (197)
msPurity (72)
msQC (0)
MSstats (302)
MSstatsQC (54)
MSstatsQCgui (47)
MSstatsSampleSize (23)
MSstatsTMT (83)
mtbls2 (0)
MTseeker (26)
Mulcom (130)
MultiAssayExperiment (1152)
multiClust (84)
multicrispr (2)
MultiDataSet (318)
multiGSEA (2)
multiHiCcompare (54)
MultiMed (46)
multiMiR (125)
multiOmicsViz (52)
multiscan (46)
multtest (8941)
muscat (52)
muscle (168)
MutationalPatterns (254)
MVCClass (48)
mvGST (4)
MWASTools (77)
mygene (334)
myvariant (79)
mzID (1455)
mzR (1698)

N

NADfinder (44)
NanoStringDiff (88)
NanoStringQCPro (76)
nanotatoR (38)
NarrowPeaks (50)
NBAMSeq (38)
NBSplice (41)
ncdfFlow (841)
ncGTW (26)
NCIgraph (54)
ndexr (59)
neaGUI (2)
NeighborNet (36)
nem (82)
netbenchmark (52)
netbiov (82)
netboost (30)
netboxr (14)
NetCRG (0)
netDx (15)
nethet (53)
NetPathMiner (67)
netprioR (43)
netReg (44)
netresponse (58)
NetSAM (47)
netSmooth (46)
networkBMA (55)
NGScopy (23)
ngsReports (62)
nnNorm (47)
NOISeq (610)
nondetects (61)
NoRCE (10)
normalize450K (43)
NormalyzerDE (71)
NormqPCR (257)
normr (81)
NPARC (14)
npGSEA (52)
NTW (43)
nucleoSim (46)
nucleR (69)
nucler (0)
nuCpos (38)
nudge (7)
NuPoP (54)

O

occugene (44)
OCplus (129)
odseq (52)
OGSA (41)
oligo (1559)
oligoClasses (1662)
OLIN (51)
OLINgui (45)
OmaDB (57)
omicade4 (83)
omiccircos (0)
OmicCircos (241)
omicplotR (53)
omicRexposome (45)
OmicsLonDA (44)
omicsmarker (1)
OmicsMarkeR (70)
OMICsPCA (37)
omicsPrint (43)
OmnipathR (44)
Onassis (49)
oncomix (47)
OncoScore (49)
OncoSimulR (59)
oneChannelGUI (5)
oneSENSE (41)
onlineFDR (42)
ontoCAT (6)
ontoProc (68)
ontoTools (1)
openCyto (659)
openPrimeR (86)
openPrimeRui (53)
OpenStats (8)
OperaMate (3)
oposSOM (64)
oppar (46)
oppti (21)
optimalFlow (6)
OPWeight (52)
OrderedList (102)
ORFik (86)
Organism.dplyr (415)
OrganismDbi (2500)
OSAT (59)
Oscope (60)
OTUbase (48)
OutlierD (62)
OUTRIDER (92)
OVESEG (35)

P

PAA (60)
packFinder (10)
PADOG (234)
PAIRADISE (38)
paircompviz (55)
pairseqsim (0)
pamr (1)
PAN (0)
pandaR (68)
panelcn.mops (59)
PAnnBuilder (6)
panp (56)
PANR (50)
PanVizGenerator (52)
PAPi (46)
parglms (44)
parody (64)
PAST (48)
Path2PPI (62)
pathifier (216)
PathNet (39)
PathoStat (58)
pathprint (42)
pathRender (49)
pathVar (47)
pathview (3315)
pathwayPCA (57)
PathwaySplice (48)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (85)
Pbase (40)
pbcmc (5)
pcaExplorer (359)
pcaGoPromoter (73)
pcaMethods (3116)
PCAN (49)
PCAtools (331)
pcot2 (124)
PCpheno (49)
pcxn (43)
pdInfoBuilder (115)
pdmclass (3)
PeacoQC (2)
peakPantheR (27)
PECA (58)
peco (9)
PepsNMR (61)
pepStat (50)
pepXMLTab (55)
PERFect (23)
perturbatr (42)
PGA (57)
pga (1)
pgca (51)
PGSEA (216)
pgUtils (0)
phantasus (65)
PharmacoGx (162)
phemd (42)
phenoDist (6)
phenopath (66)
phenoTest (97)
PhenStat (54)
philr (134)
phosphonormalizer (46)
PhyloProfile (34)
phyloseq (3190)
Pi (67)
piano (294)
pickgene (46)
PICS (125)
Pigengene (70)
PING (46)
pint (36)
pipeComp (1)
pipeFrame (49)
pkgDepTools (73)
plateCore (26)
plethy (45)
plgem (71)
plier (178)
PloGO2 (9)
plotGrouper (46)
PLPE (51)
plrs (45)
plw (45)
plyranges (371)
pmm (43)
pmp (17)
podkat (51)
pogos (45)
polyester (124)
Polyfit (47)
POST (43)
PoTRA (36)
PowerExplorer (44)
powerTCR (59)
PPInfer (63)
ppiStats (60)
pqsfinder (63)
prada (302)
pram (36)
prebs (46)
PrecisionTrialDrawer (37)
PREDA (72)
predictionet (39)
preprocessCore (9833)
primirTSS (38)
PrInCE (41)
Prize (48)
proBAMr (47)
proBatch (50)
PROcess (116)
procoil (51)
ProCoNA (6)
proDA (33)
proFIA (54)
profileplyr (50)
profileScoreDist (42)
progeny (99)
projectR (53)
pRoloc (264)
pRolocGUI (71)
PROMISE (47)
PROPER (69)
PROPS (43)
Prostar (78)
prostar (1)
prot2D (9)
proteinProfiles (46)
ProteomicsAnnotationHubData (47)
ProteoMM (47)
proteoQC (41)
ProtGenerics (5899)
PSEA (49)
psichomics (78)
PSICQUIC (71)
psygenet2r (50)
PubScore (14)
pulsedSilac (23)
puma (126)
PureCN (131)
pvac (49)
pvca (202)
Pviz (57)
PWMEnrich (88)
pwOmics (50)
pwrEWAS (32)
pxr (0)

Q

qckitfastq (40)
qcmetrics (58)
QDNAseq (210)
qpcrNorm (56)
qpgraph (112)
qPLEXanalyzer (49)
qrqc (150)
qsea (56)
qsmooth (49)
QSutils (48)
qtbase (0)
Qtlizer (25)
qtpaint (0)
QUALIFIER (40)
quantro (114)
quantsmooth (419)
QuartPAC (47)
QuasR (290)
QuaternaryProd (72)
QUBIC (95)
qusage (233)
qvalue (8232)

R

R3CPET (46)
r3Cseq (124)
R453Plus1Toolbox (52)
R4RNA (56)
RadioGx (3)
RaggedExperiment (542)
rain (81)
rama (54)
ramigo (0)
RamiGO (15)
ramwas (66)
RandomWalkRestartMH (55)
randPack (52)
randRotation (7)
RankProd (361)
RareVariantVis (50)
Rariant (45)
RbcBook1 (52)
RBGL (7515)
RBioinf (63)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (140)
RBM (46)
Rbowtie (309)
Rbowtie2 (206)
rbsurv (85)
Rcade (63)
RCAS (58)
RCASPAR (50)
rcellminer (63)
rCGH (70)
Rchemcpp (38)
RchyOptimyx (54)
RcisTarget (367)
RCM (46)
RConferoMapping (0)
Rcpi (121)
Rcwl (44)
RcwlPipelines (34)
RCy3 (523)
RCyjs (58)
RCytoscape (14)
RDAVIDWebService (341)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (63)
Rdisop (262)
RDRToolbox (135)
ReactomeGSA (27)
ReactomePA (1211)
readat (63)
ReadqPCR (268)
reb (42)
REBET (36)
receptLoss (9)
reconsi (10)
recount (377)
recoup (46)
RedeR (144)
REDseq (119)
RefNet (43)
RefPlus (50)
regioneR (1435)
regionReport (121)
regsplice (46)
regutools (9)
REMP (62)
Repitools (223)
ReportingTools (884)
reposTools (1)
RepViz (40)
ReQON (45)
Resourcerer (1)
restfulSE (67)
rexposome (59)
rfaRm (8)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (47)
rGADEM (517)
RGalaxy (55)
Rgin (42)
RGMQL (38)
RGraph2js (45)
Rgraphviz (8057)
rGREAT (202)
RGSEA (91)
rgsepd (55)
rhdf5 (10642)
rhdf5client (70)
rhdf5filters (80)
Rhdf5lib (11401)
Rhisat2 (252)
Rhtslib (13442)
rHVDM (18)
RiboProfiling (72)
ribor (10)
riboSeq (0)
riboSeqR (64)
ribosomeProfilingQC (11)
RImmPort (47)
Ringo (257)
Rintact (0)
RIPSeeker (91)
Risa (53)
RITAN (65)
RIVER (47)
RJMCMCNucleosomes (43)
RLMM (47)
RMAGEML (1)
Rmagpie (49)
RMAPPER (1)
RMassBank (82)
rMAT (28)
rmelting (43)
RmiR (49)
rmir (0)
Rmmquant (32)
RNAAgeCalc (10)
RNAdecay (36)
RNAinteract (46)
RNAither (46)
rnaither (0)
RNAmodR (29)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (26)
RNAmodR.ML (26)
RNAmodR.RiboMethSeq (27)
RNAprobR (46)
RNAsense (20)
rnaseqcomp (50)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (51)
RNASeqPower (121)
RNASeqR (46)
RnaSeqSampleSize (68)
RnBeads (251)
Rnits (49)
roar (61)
ROC (1003)
ROCpAI (10)
Roleswitch (63)
Rolexa (1)
rols (268)
roma (0)
ROntoTools (93)
ropls (484)
ROSeq (8)
ROTS (147)
RPA (59)
RProtoBufLib (861)
RpsiXML (67)
rpx (272)
Rqc (132)
rqt (43)
rqubic (87)
rRDP (51)
Rredland (1)
RRHO (78)
rrvgo (11)
Rsamtools (16297)
rsbml (85)
rScudo (44)
RSeqAn (49)
rSFFreader (15)
RSNPper (1)
Rsubread (1523)
RSVSim (64)
rSWeeP (10)
rTANDEM (136)
RTCA (49)
RTCGA (593)
RTCGAToolbox (473)
RTN (113)
RTNduals (59)
RTNsurvival (56)
RTools4TB (0)
RTopper (48)
Rtpca (1)
rtracklayer (13852)
Rtreemix (50)
rTRM (58)
rTRMui (44)
runibic (69)
Ruuid (1)
RUVcorr (55)
RUVnormalize (62)
RUVSeq (767)
RVS (45)
RWebServices (1)
rWikiPathways (164)

S

S4Vectors (32377)
safe (391)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (44)
SAGx (163)
SAIGEgds (28)
samExploreR (37)
sampleClassifier (40)
SamSPECTRAL (72)
sangeranalyseR (7)
sangerseqR (256)
SANTA (41)
sapFinder (47)
saps (1)
sarks (10)
savR (66)
SBGNview (30)
sbgr (1)
SBMLR (56)
SC3 (419)
Scale4C (43)
scAlign (53)
SCAN.UPC (117)
SCANVIS (26)
scater (3486)
scBFA (28)
SCBN (43)
scClassify (8)
scDblFinder (48)
scDD (117)
scde (325)
scds (83)
scFeatureFilter (40)
scfind (59)
scGPS (28)
schex (62)
scHOT (8)
ScISI (63)
scMAGeCK (14)
scmap (159)
scMerge (93)
scmeth (43)
SCnorm (157)
scone (155)
Sconify (45)
SCOPE (10)
scoreInvHap (43)
scPCA (27)
scPipe (91)
scran (1808)
scRecover (50)
scruff (57)
scry (10)
scsR (41)
scTensor (66)
scTGIF (24)
scTHI (10)
scuttle (42)
SDAMS (47)
segmentSeq (119)
selectKSigs (14)
SELEX (51)
SemDist (43)
semisup (42)
SemSim (1)
SEPA (20)
SEPIRA (41)
seq2pathway (58)
SeqArray (449)
seqbias (61)
seqCAT (51)
seqCNA (54)
seqcombo (61)
SeqGSEA (168)
seqLogo (1309)
Seqnames (0)
seqPattern (364)
seqplots (109)
seqsetvis (53)
SeqSQC (48)
seqTools (97)
SeqVarTools (359)
sesame (465)
SEtools (27)
sevenbridges (79)
sevenC (50)
SGSeq (340)
SharedObject (24)
shinyMethyl (97)
shinyTANDEM (56)
ShortRead (5665)
shortread (0)
SIAMCAT (65)
SICtools (36)
sidap (0)
sigaR (61)
SigCheck (52)
sigFeature (74)
SigFuge (45)
siggenes (1931)
sights (52)
signatureSearch (37)
signeR (84)
signet (42)
sigPathway (148)
SigsPack (28)
sigsquared (44)
SIM (48)
SIMAT (50)
SimBindProfiles (43)
SIMD (38)
SimFFPE (10)
similaRpeak (47)
SIMLR (114)
simpleaffy (562)
simplifyEnrichment (2)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (48)
sincell (64)
SingleCellExperiment (4407)
SingleCellSignalR (13)
singleCellTK (89)
SingleR (631)
singscore (461)
SISPA (49)
sitePath (37)
sizepower (58)
SJava (2)
skewr (45)
slalom (56)
SLGI (49)
slingshot (595)
slinky (49)
SLqPCR (61)
SMAD (40)
SMAP (48)
SMITE (54)
SNAData (0)
SNAGEE (44)
snapCGH (58)
snapcount (9)
snm (142)
snpAssoc (0)
SNPchip (199)
SNPediaR (45)
SNPhood (43)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1014)
snpStats (1275)
soGGi (131)
sojourner (24)
SomatiCA (2)
SomaticSignatures (171)
SpacePAC (52)
spade (5)
Spaniel (26)
sparseDOSSA (45)
sparseMatrixStats (8)
sparsenetgls (39)
SparseSignatures (45)
SpatialCPie (40)
specL (49)
SpeCond (119)
SpectralTAD (42)
SPEM (71)
SPIA (438)
spicyR (8)
SpidermiR (81)
spikeLI (44)
spkTools (46)
splatter (346)
splicegear (35)
spliceR (14)
spliceSites (21)
SplicingGraphs (118)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (65)
SPLINTER (45)
splots (191)
SPONGE (50)
spotSegmentation (42)
spqn (8)
SPsimSeq (2)
SQLDataFrame (29)
SQUADD (43)
sRACIPE (39)
SRAdb (473)
sRAP (45)
SRGnet (44)
srnadiff (39)
sscore (48)
sscu (48)
sSeq (200)
ssize (79)
SSPA (324)
ssPATHS (22)
ssrch (49)
ssviz (50)
stageR (104)
stam (1)
STAN (52)
staRank (44)
StarBioTrek (47)
Starr (49)
STATegRa (51)
statTarget (86)
stepNorm (49)
stepwiseCM (3)
strandCheckR (37)
Streamer (50)
STRINGdb (493)
STROMA4 (44)
struct (12)
Structstrings (54)
structToolbox (11)
StructuralVariantAnnotation (88)
SubCellBarCode (38)
subSeq (73)
SummarizedBenchmark (47)
SummarizedExperiment (21685)
supraHex (272)
survcomp (719)
survtype (40)
Sushi (278)
sva (5065)
SVAPLSseq (42)
SVM2CRM (19)
SWATH2stats (67)
SwathXtend (45)
swfdr (47)
SwimR (46)
switchBox (57)
switchde (53)
synapter (116)
synergyfinder (134)
SynExtend (7)
synlet (42)
SynMut (37)
systemPipeR (898)
systemPipeRdata (0)

T

TADCompare (3)
TAPseq (11)
target (22)
TargetScore (54)
TargetSearch (57)
targetsearch (0)
TarSeqQC (46)
TBSignatureProfiler (9)
TCC (258)
TCGAbiolinks (2125)
TCGAbiolinksGUI (146)
TCGAutils (510)
TCseq (104)
TDARACNE (52)
tdaracne (0)
tenXplore (43)
TEQC (64)
ternarynet (45)
TFARM (42)
TFBSTools (640)
TFEA.ChIP (56)
TFHAZ (39)
TFutils (44)
tidybulk (14)
tiger (0)
tigre (49)
tilingArray (78)
timecourse (73)
timeOmics (9)
TimerQuant (0)
timescape (78)
TimeSeriesExperiment (52)
TIN (44)
TissueEnrich (90)
TitanCNA (95)
tkWidgets (472)
TMixClust (68)
TNBC.CMS (36)
TnT (51)
TOAST (40)
tofsims (54)
ToPASeq (64)
topconfects (67)
topdownr (48)
topGO (2810)
topicmodels (0)
ToxicoGx (3)
TPP (90)
TPP2D (39)
tracktables (79)
trackViewer (234)
tradeSeq (72)
transcriptogramer (45)
transcriptR (52)
transite (43)
tRanslatome (49)
TransView (49)
traseR (45)
TreeAndLeaf (10)
treeio (1964)
TreeSummarizedExperiment (39)
trena (40)
TReNA (1)
Trendy (57)
triform (40)
trigger (47)
trio (79)
triplex (51)
tRNA (54)
tRNAdbImport (39)
tRNAscanImport (47)
TRONCO (79)
TSCAN (162)
tscR (10)
tspair (53)
TSRchitect (52)
TSSi (20)
TTMap (45)
TurboNorm (45)
TVTB (53)
tweeDEseq (95)
twilight (109)
twoddpcr (48)
tximeta (566)
tximport (2513)
TxRegInfra (49)
TypeInfo (46)

U

Ularcirc (45)
UNDO (50)
unifiedWMWqPCR (48)
UniProt.ws (287)
Uniquorn (43)
universalmotif (106)
uSORT (43)

V

VanillaICE (70)
variancePartition (261)
VariantAnnotation (5457)
VariantExperiment (26)
VariantFiltering (57)
VariantTools (98)
vasp (10)
vbmp (72)
VCFArray (38)
Vega (46)
VegaMC (44)
VennDetail (67)
vidger (82)
viper (250)
virtualArray (2)
ViSEAGO (77)
vsn (3451)
vtpnet (39)
vulcan (49)

W

waddR (27)
wateRmelon (682)
wavClusteR (52)
waveTiling (35)
weaver (60)
webbioc (49)
weitrix (7)
widgetInvoke (1)
widgetTools (476)
wiggleplotr (73)
Wrench (417)

X

XBSeq (53)
XCIR (26)
xcms (1156)
XDE (47)
Xeva (42)
XINA (40)
xmapbridge (42)
xmapcore (0)
xps (60)
XVector (23333)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (51)
YAPSA (81)
yaqcaffy (61)
yarn (64)

Z

zFPKM (94)
zinbwave (633)
zlibbioc (25133)