See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2020-02-25 13:18:56 -0500 (Tue, 25 Feb 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (29717)
2IRanges (27373)
3BiocVersion (27226)
4S4Vectors (26794)
5Biobase (25974)
6zlibbioc (21979)
7BiocParallel (21962)
8AnnotationDbi (21812)
9XVector (20193)
10GenomicRanges (19261)
11GenomeInfoDb (19135)
12SummarizedExperiment (18342)
13limma (18265)
14Biostrings (17378)
15DelayedArray (17274)
16annotate (14981)
17BiocInstaller (14616)
18Rsamtools (14497)
19biomaRt (13515)
20genefilter (13433)
21rtracklayer (13088)
22GenomicAlignments (12981)
23GenomicFeatures (12016)
24graph (11617)
25edgeR (11347)
26DESeq2 (10505)
27geneplotter (10262)
28Rhdf5lib (10013)
29preprocessCore (9455)
30rhdf5 (8877)
31Rhtslib (8432)
32RBGL (7333)
33qvalue (7219)
34multtest (7157)
35Rgraphviz (6941)
36affyio (6661)
37affy (6604)
38BSgenome (6453)
39impute (6107)
40VariantAnnotation (5853)
41ensembldb (5620)
42fgsea (5609)
43DOSE (5393)
44ProtGenerics (5241)
45clusterProfiler (5190)
46ShortRead (5064)
47GEOquery (4968)
48GOSemSim (4775)
49sva (4687)
50enrichplot (4650)
51HDF5Array (4454)
52AnnotationFilter (4383)
53ComplexHeatmap (4313)
54GSEABase (4190)
55KEGGREST (3971)
56BiocFileCache (3955)
57DelayedMatrixStats (3933)
58AnnotationHub (3910)
59DESeq (3873)
60biovizBase (3642)
61SingleCellExperiment (3364)
62vsn (3300)
63phyloseq (3138)
64interactiveDisplayBase (3123)
65pathview (3066)
66Gviz (3051)
67KEGGgraph (3009)
68biomformat (2890)
69Category (2854)
70pcaMethods (2833)
71beachmat (2819)
72aroma.light (2561)
73scater (2559)
74topGO (2544)
75AnnotationForge (2530)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (83)
a4Base (106)
a4Classif (85)
a4Core (131)
a4Preproc (124)
a4Reporting (84)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (82)
ABarray (86)
abseqR (44)
ABSSeq (76)
acde (80)
ACE (55)
aCGH (143)
ACME (92)
ADaCGH2 (69)
ADAM (36)
ADAMgui (28)
adaptest (56)
adductomicsR (34)
adSplit (70)
AffiXcan (39)
affxparser (1535)
affy (6604)
affycomp (112)
AffyCompatible (92)
affyContam (73)
affycoretools (383)
affydata (1)
AffyExpress (74)
affyILM (69)
affyio (6661)
affylmGUI (114)
affyPara (70)
affypdnn (87)
affyPLM (1328)
affyqcreport (0)
affyQCReport (233)
AffyRNADegradation (73)
AffyTiling (4)
AGDEX (70)
Agi4x44PreProcess (2)
agilp (165)
AgiMicroRna (110)
agimicrorna (0)
AIMS (312)
ALDEx2 (287)
alevinQC (33)
AllelicImbalance (79)
AlphaBeta (10)
alpine (74)
ALPS (13)
alsace (77)
altcdfenvs (77)
AMARETTO (33)
AMOUNTAIN (72)
amplican (106)
ampliQueso (36)
AnalysisPageServer (61)
anamiR (67)
Anaquin (94)
AneuFinder (119)
ANF (63)
animalcules (30)
annaffy (451)
AnnBuilder (1)
annmap (60)
annotate (14981)
AnnotationDbi (21812)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4383)
AnnotationForge (2530)
AnnotationFuncs (101)
AnnotationHub (3910)
AnnotationHubData (118)
annotationTools (120)
annotatr (253)
anota (75)
anota2seq (100)
antiProfiles (64)
APAlyzer (9)
apcluster (0)
apComplex (115)
apcomplex (0)
apeglm (1346)
applera (0)
appreci8R (44)
aroma.light (2561)
ArrayExpress (549)
ArrayExpressHTS (45)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (61)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (83)
arrayQualityMetrics (514)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (105)
ArrayTV (70)
ARRmNormalization (65)
artMS (82)
ASAFE (60)
ASEB (69)
ASGSCA (69)
ASICS (81)
asmn (1)
ASpediaFI (7)
ASpli (119)
AssessORF (41)
ASSET (78)
ASSIGN (77)
ATACseqQC (227)
AtlasRDF (7)
atSNP (34)
attract (88)
AUCell (434)
Autotuner (15)
AWFisher (10)

B

BaalChIP (60)
BAC (65)
bacon (115)
BADER (66)
BadRegionFinder (60)
BAGS (64)
ballgown (858)
bamsignals (495)
BANDITS (30)
banocc (62)
basecallQC (67)
BaseSpaceR (79)
Basic4Cseq (99)
BASiCS (137)
BasicSTARRseq (61)
batchelor (523)
BatchQC (113)
BayesKnockdown (57)
BayesPeak (107)
bayNorm (87)
baySeq (472)
BBCAnalyzer (61)
BCRANK (82)
bcSeq (84)
BDMMAcorrect (69)
beachmat (2819)
beadarray (671)
beadarraySNP (77)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (657)
BeadExplorer (0)
BEARscc (84)
BEAT (73)
BEclear (76)
betr (6)
bgafun (62)
BgeeCall (1)
BgeeDB (97)
BGmix (45)
bgx (65)
BHC (159)
BicARE (109)
BiFET (87)
BiGGR (73)
BigMatrix (0)
bigmelon (70)
bigmemoryExtras (58)
bigPint (37)
bim (1)
bioassayR (101)
biobase (0)
Biobase (25974)
biobroom (179)
biobtreeR (2)
bioCancer (89)
BiocCaseStudies (73)
BiocCheck (281)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (3955)
BiocGenerics (29717)
biocGraph (237)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (14616)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1843)
BiocOncoTK (86)
Bioconductor (0)
BioCor (93)
BiocParallel (21962)
BiocPkgTools (95)
BiocSet (9)
BiocSingular (1523)
BiocSklearn (189)
BiocStyle (2193)
BiocVersion (27226)
biocViews (1945)
BiocWorkflowTools (76)
bioDist (235)
biomaRt (13515)
BioMedR (1)
biomformat (2890)
BioMM (29)
BioMVCClass (61)
biomvRCNS (59)
BioNet (240)
bionet (0)
BioNetStat (69)
BioQC (109)
BioSeqClass (145)
biosigner (78)
biostrings (0)
Biostrings (17378)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (64)
BioTIP (7)
biotmle (62)
biovizBase (3642)
BiRewire (81)
birta (71)
birte (38)
biscuiteer (8)
BiSeq (122)
BitSeq (125)
blacksheepr (7)
blima (60)
BLMA (70)
bnbc (57)
BPRMeth (73)
BRAIN (158)
brainflowprobes (7)
brainImageR (29)
BrainStars (61)
branchpointer (56)
breakpointR (41)
brendaDb (9)
bridge (63)
BridgeDbR (80)
BrowserViz (96)
BrowserVizDemo (14)
BSgenome (6453)
bsseq (871)
BubbleTree (64)
BufferedMatrix (69)
BufferedMatrixMethods (65)
BUMHMM (82)
bumphunter (1803)
BUS (62)
BUScorrect (37)
BUSpaRse (30)
BuxcoR (0)

C

CAFE (55)
CAGEfightR (68)
CAGEr (116)
CALIB (69)
calm (8)
CAMERA (577)
CAMTHC (41)
canceR (74)
cancerclass (67)
CancerInSilico (59)
CancerMutationAnalysis (66)
CancerSubtypes (130)
CAnD (58)
caOmicsV (62)
Cardinal (156)
casper (92)
CATALYST (272)
Category (2854)
categoryCompare (63)
CausalR (74)
cbaf (76)
ccfindR (90)
ccmap (87)
CCPROMISE (56)
ccrepe (76)
celaref (87)
celda (56)
cellbaseR (68)
CellBench (35)
cellGrowth (67)
cellHTS (3)
cellHTS2 (224)
cellity (96)
CellMapper (63)
CellMixS (29)
CellNOptR (138)
cellscape (73)
CellScore (52)
CellTrails (71)
cellTree (103)
CEMiTool (190)
ceRNAnetsim (2)
CeTF (1)
CexoR (62)
CFAssay (69)
CGEN (98)
CGHbase (243)
CGHcall (220)
cghMCR (74)
CGHnormaliter (60)
CGHregions (72)
ChAMP (530)
CHARGE (51)
charm (62)
ChemmineOB (330)
ChemmineR (431)
chemminer (0)
CHETAH (58)
ChIC (49)
Chicago (93)
chimera (76)
chimeraviz (119)
ChIPanalyser (53)
ChIPComp (68)
chipenrich (122)
ChIPexoQual (56)
ChIPpeakAnno (795)
ChIPQC (279)
ChIPseeker (1042)
chipseq (462)
ChIPseqR (135)
ChIPSeqSpike (89)
ChIPsim (136)
ChIPXpress (50)
chopsticks (134)
chroGPS (60)
chromDraw (64)
ChromHeatMap (79)
ChromoViz (1)
chromPlot (104)
chromstaR (78)
chromswitch (66)
chromVAR (226)
CHRONOS (77)
cicero (156)
CINdex (59)
circRNAprofiler (11)
cisPath (70)
ClassifyR (87)
cleanUpdTSeq (70)
cleaver (156)
clippda (68)
clipper (85)
cliqueMS (13)
Clomial (64)
Clonality (68)
clonotypeR (62)
clst (67)
clstutils (60)
CluMSID (38)
clustComp (61)
clusterExperiment (456)
ClusterJudge (52)
clusterProfiler (5190)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (57)
ClusterSignificance (59)
clusterStab (140)
CMA (142)
cn.farms (64)
cn.mops (175)
CNAnorm (71)
cnanorm (0)
CNEr (538)
CNORdt (78)
CNORfeeder (92)
CNORfuzzy (61)
CNORode (117)
CNPBayes (49)
CNTools (169)
CNVfilteR (8)
cnvGSA (65)
CNVPanelizer (76)
CNVRanger (42)
CNVrd2 (61)
CNVtools (80)
cnvtools (0)
cobindR (61)
CoCiteStats (67)
COCOA (62)
codelink (68)
CODEX (156)
coexnet (66)
CoGAPS (134)
cogena (83)
coGPS (60)
COHCAP (77)
cola (29)
coMET (84)
compartmap (64)
COMPASS (104)
compcodeR (106)
compEpiTools (75)
CompGO (78)
ComplexHeatmap (4313)
condcomp (26)
CONFESS (53)
consensus (56)
ConsensusClusterPlus (2479)
consensusDE (72)
consensusOV (60)
consensusSeekeR (60)
contiBAIT (80)
conumee (105)
convert (149)
copa (70)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (292)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (30)
CopywriteR (129)
coRdon (87)
CoRegFlux (24)
CoRegNet (80)
Cormotif (60)
CorMut (66)
coRNAi (6)
CORREP (60)
coseq (109)
cosmiq (66)
cosmo (1)
cosmoGUI (1)
COSNet (58)
CountClust (120)
countsimQC (70)
covEB (78)
CoverageView (108)
covRNA (54)
cpvSNP (61)
cqn (223)
CRImage (85)
CRISPRseek (127)
crisprseekplus (55)
CrispRVariants (117)
crlmm (150)
CrossICC (7)
crossmeta (78)
CSAR (141)
csaw (256)
CSSP (62)
CSSQ (2)
ctc (281)
CTDquerier (51)
cTRAP (45)
ctsGE (93)
cummeRbund (591)
cummerbund (0)
customProDB (131)
CVE (61)
cycle (63)
cydar (118)
CytoDx (60)
cytofast (40)
cytofkit (124)
cytolib (676)
CytoML (273)

D

dada2 (1365)
dagLogo (58)
daMA (58)
DAMEfinder (0)
DaMiRseq (86)
DAPAR (133)
DART (64)
DASC (4)
DASiR (3)
DAVIDQuery (3)
DBChIP (101)
dcanr (31)
dcGSA (81)
DChIPRep (59)
ddCt (120)
ddgraph (7)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (51)
dearseq (2)
debCAM (7)
debrowser (227)
DECIPHER (1033)
deco (35)
DEComplexDisease (51)
decompTumor2Sig (32)
DeconRNASeq (160)
decontam (170)
DEDS (101)
DeepBlueR (85)
deepSNV (99)
DEFormats (213)
DEGraph (63)
DEGreport (274)
DEGseq (277)
DelayedArray (17274)
DelayedDataFrame (35)
DelayedMatrixStats (3933)
deltaCaptureC (7)
deltaGseg (62)
DeMAND (64)
DeMixT (46)
DEP (258)
DepecheR (36)
DEqMS (78)
derfinder (434)
derfinderHelper (388)
derfinderPlot (95)
DEScan2 (81)
deseq (0)
DESeq (3873)
DESeq2 (10505)
DEsingle (137)
destiny (787)
DEsubs (61)
DEWSeq (7)
DEXSeq (674)
dexus (75)
DFP (59)
DIAlignR (0)
DiffBind (682)
diffcoexp (59)
diffcyt (188)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (60)
diffHic (94)
DiffLogo (69)
diffloop (106)
diffuStats (66)
diggit (64)
Director (51)
DirichletMultinomial (773)
discordant (82)
DiscoRhythm (26)
divergence (26)
dks (59)
DMCFB (7)
DMCHMM (56)
DMRcaller (123)
DMRcate (617)
DMRforPairs (57)
DMRScan (56)
dmrseq (126)
DNABarcodeCompatibility (30)
DNABarcodes (115)
DNAcopy (2401)
DNaseR (1)
DNAshapeR (92)
domainsignatures (7)
DominoEffect (62)
doppelgangR (71)
DOQTL (62)
Doscheda (81)
DOSE (5393)
doseR (27)
drawProteins (83)
DRIMSeq (264)
DriverNet (73)
DropletUtils (653)
DrugVsDisease (65)
dSimer (38)
DSS (752)
DTA (60)
dualKS (59)
DupChecker (60)
dupRadar (103)
dyebias (61)
DynDoc (525)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (105)
easyreporting (1)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (147)
EBarrays (133)
EBcoexpress (64)
EBImage (2068)
EBSEA (56)
EBSeq (493)
EBSeqHMM (109)
ecolitk (63)
EDASeq (2435)
edd (1)
EDDA (76)
edge (127)
edger (0)
edgeR (11347)
eegc (56)
EGAD (66)
EGSEA (231)
eiR (59)
eisa (77)
ELBOW (62)
ELMER (372)
EMDomics (65)
EmpiricalBrownsMethod (88)
ENCODExplorer (88)
EnhancedVolcano (903)
EnMCB (1)
ENmix (163)
EnrichedHeatmap (151)
EnrichmentBrowser (286)
enrichplot (4650)
enrichTF (28)
ensembldb (5620)
ensemblVEP (139)
ENVISIONQuery (59)
EpiCluster (0)
EpiDISH (123)
epigenomix (65)
epihet (30)
epiNEM (58)
epivizr (82)
epivizrChart (52)
epivizrData (82)
epivizrServer (84)
epivizrStandalone (70)
erccdashboard (103)
erma (174)
ERSSA (65)
esATAC (183)
esetVis (71)
eudysbiome (56)
evaluomeR (25)
EventPointer (69)
EWCE (3)
ExCluster (58)
ExiMiR (61)
exomeCopy (237)
exomecopy (0)
exomePeak (101)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (1583)
ExperimentHubData (74)
explorase (42)
ExpressionAtlas (89)
ExpressionView (64)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (126)
facopy (18)
factDesign (68)
FamAgg (85)
farms (68)
fastLiquidAssociation (60)
FastqCleaner (55)
fastseg (596)
fbat (1)
FCBF (60)
fCCAC (53)
fCI (65)
fcoex (8)
fcScan (10)
fdrame (62)
FELLA (98)
FEM (419)
ffpe (68)
FGNet (107)
fgsea (5609)
FindMyFriends (86)
FISHalyseR (59)
fishpond (37)
FitHiC (72)
flagme (61)
flipflop (39)
flowAI (264)
flowBeads (86)
flowBin (86)
flowcatchR (56)
flowCHIC (85)
flowCL (121)
flowClean (136)
flowClust (471)
flowCore (1571)
flowCyBar (62)
flowDensity (177)
flowFit (63)
flowFlowJo (2)
flowFP (122)
flowMap (62)
flowMatch (88)
flowMeans (170)
flowMerge (90)
flowPeaks (121)
flowPhyto (1)
flowPloidy (62)
flowPlots (63)
flowq (0)
flowQ (18)
flowQB (49)
FlowRepositoryR (66)
FlowSOM (744)
flowSpecs (8)
flowSpy (8)
flowStats (452)
flowTime (81)
flowTrans (105)
flowType (77)
flowUtils (677)
flowViz (773)
flowVS (71)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (675)
fmcsR (171)
focalCall (57)
FoldGO (44)
FourCSeq (76)
FRGEpistasis (64)
frma (180)
frmaTools (67)
FunChIP (53)
FunciSNP (66)
funtooNorm (51)

G

GA4GHclient (56)
GA4GHshiny (53)
gaga (98)
gage (902)
gaggle (57)
gaia (169)
GAPGOM (27)
GAprediction (55)
garfield (64)
GARS (50)
GateFinder (80)
gaucho (18)
gcapc (57)
gcatest (59)
gCMAP (59)
gCMAPWeb (39)
gCrisprTools (93)
gcrma (1711)
GCSscore (7)
GDCRNATools (274)
GDSArray (75)
gdsfmt (1170)
geecc (58)
GEM (61)
gemini (8)
genArise (64)
genbankr (140)
GENE.E (7)
gene2pathway (1)
GeneAccord (34)
GeneAnswers (109)
geneAttribution (56)
GeneBreak (56)
geneClassifiers (55)
GeneExpressionSignature (73)
genefilter (13433)
genefu (289)
GeneGA (54)
GeneGeneInteR (59)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (89)
GeneNetworkBuilder (87)
GeneOverlap (240)
geneplast (58)
geneplotter (10262)
GeneR (1)
geneRecommender (64)
GeneRegionScan (59)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (59)
GeneSelectMMD (67)
GeneSelector (46)
GENESIS (206)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (87)
geNetClassifier (92)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (77)
GeneticsPed (122)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (59)
GENIE3 (361)
genoCN (62)
GenoGAM (75)
genomation (343)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (209)
GenomeInfoDb (19135)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (231)
genomeintervals (0)
genomes (83)
GenomicAlignments (12981)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (692)
GenomicFeatures (12016)
GenomicFiles (690)
GenomicInteractions (144)
GenomicOZone (9)
GenomicRanges (19261)
GenomicScores (287)
GenomicTuples (62)
Genominator (72)
genoset (156)
genotypeeval (59)
GenoView (2)
genphen (75)
GenRank (57)
GenVisR (350)
GEOmetadb (242)
GEOquery (4968)
GEOsearch (5)
GEOsubmission (60)
gep2pep (53)
gespeR (103)
GEWIST (54)
gff3Plotter (0)
GGBase (112)
ggbio (1713)
ggcyto (476)
GGtools (99)
ggtree (1869)
GIGSEA (36)
girafe (135)
GISPA (60)
GLAD (224)
GladiaTOX (21)
Glimma (941)
glmSparseNet (40)
GlobalAncova (304)
globalSeq (57)
globaltest (926)
gmapR (106)
GmicR (8)
GMRP (57)
GNET2 (25)
goCluster (0)
GOexpress (149)
GOfuncR (109)
GOFunction (74)
GoogleGenomics (30)
GOpro (60)
goProfiles (120)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4775)
goseq (1055)
GOSim (118)
goSTAG (62)
gostats (0)
GOstats (2391)
GOsummaries (102)
GOTHiC (98)
goTools (90)
gotools (0)
gpart (68)
gpls (131)
gprege (61)
gpuMagic (8)
gQTLBase (164)
gQTLstats (200)
gramm4R (10)
graper (29)
graph (11617)
GraphAlignment (65)
GraphAT (60)
graphite (1323)
GraphPAC (67)
GRENITS (70)
GreyListChIP (63)
GRmetrics (130)
groHMM (73)
GRridge (62)
GSALightning (58)
GSAR (157)
GSCA (62)
gscreend (7)
GSEABase (4190)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (83)
GSEAlm (115)
gsean (76)
GSReg (61)
GSRI (60)
GSVA (1332)
gtrellis (137)
GUIDEseq (89)
Guitar (107)
Gviz (3051)
gwascat (283)
GWASTools (377)
gwasurvivr (52)

H

h5vc (68)
hapFabia (61)
Harman (181)
Harshlight (58)
harshlight (0)
HCABrowser (28)
HCAExplorer (8)
HCsnip (8)
HDF5Array (4454)
HDTD (58)
heatmaps (211)
Heatplus (528)
HelloRanges (86)
HELP (63)
HEM (59)
hexbin (2)
hiAnnotator (79)
HIBAG (99)
HiCBricks (39)
HiCcompare (101)
hicrep (84)
hierGWAS (63)
hierinf (35)
HilbertCurve (90)
HilbertVis (208)
HilbertVisGUI (41)
HiLDA (10)
hipathia (90)
hiReadsProcessor (55)
HIREewas (38)
HiTC (166)
hmdbQuery (71)
HMMcopy (192)
hopach (233)
HPAanalyze (46)
hpar (239)
HTqPCR (159)
HTSanalyzeR (155)
HTSeqGenie (37)
htseqtools (0)
htSeqTools (121)
HTSFilter (202)
HumanTranscriptomeCompendium (35)
HybridMTest (83)
hypeR (37)
hyperdraw (86)
hypergraph (124)

I

iASeq (57)
iasva (64)
iBBiG (108)
ibh (56)
iBMQ (47)
iCARE (65)
Icens (281)
icetea (61)
iCheck (58)
iChip (57)
iClusterPlus (161)
iCNV (71)
iCOBRA (104)
ideal (103)
ideogram (0)
IdeoViz (94)
idiogram (59)
IdMappingAnalysis (54)
IdMappingRetrieval (56)
idr2d (8)
iFlow (1)
iGC (57)
IgGeneUsage (9)
igvR (67)
IHW (773)
illuminaio (2507)
imageHTS (90)
IMAS (79)
Imetagene (54)
IMMAN (59)
ImmuneSpaceR (96)
immunoClust (60)
IMPCdata (55)
ImpulseDE (62)
ImpulseDE2 (127)
impute (6107)
INDEED (39)
infercnv (142)
InPAS (64)
INPower (56)
inSilicoDb (15)
inSilicoMerging (15)
insilicomerging (0)
INSPEcT (91)
InTAD (77)
intansv (67)
InteractionSet (329)
interactiveDisplay (117)
interactiveDisplayBase (3123)
IntEREst (92)
InterMineR (83)
IntramiRExploreR (48)
inversion (0)
inveRsion (60)
IONiseR (74)
iontree (6)
iPAC (72)
ipdDb (35)
IPO (137)
IPPD (128)
IRanges (27373)
IrisSpatialFeatures (14)
iSEE (232)
iSeq (62)
iSNetwork (0)
isobar (163)
IsoCorrectoR (50)
IsoCorrectoRGUI (33)
IsoformSwitchAnalyzeR (168)
IsoGeneGUI (57)
ISoLDE (55)
isomiRs (99)
iSPlot (0)
ITALICS (56)
iterativeBMA (62)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (60)
iterClust (58)
iteremoval (49)
IVAS (89)
ivygapSE (54)
IWTomics (54)

J

JASPAR2018 (11)
jmosaics (3)
joda (57)
JunctionSeq (137)

K

karyoploteR (476)
KCsmart (59)
kebabs (127)
KEGGgraph (3009)
KEGGlincs (64)
keggorth (1)
keggorthology (82)
KEGGprofile (202)
KEGGREST (3971)
KEGGSOAP (2)
kimod (59)
KinSwingR (41)
kissDE (56)
kmknn (0)
KnowSeq (15)

L

lapmix (57)
LBE (103)
ldblock (100)
LEA (311)
LedPred (57)
les (61)
levi (36)
lfa (193)
limma (18265)
limmaGUI (93)
LINC (52)
LineagePulse (78)
LinkHD (7)
Linnorm (151)
lionessR (7)
lipidr (30)
LiquidAssociation (62)
lmdme (63)
LMGene (70)
LOBSTAHS (67)
loci2path (50)
logicFS (158)
logitT (61)
Logolas (72)
lol (59)
LOLA (132)
LoomExperiment (83)
LowMACA (73)
LPE (79)
LPEadj (62)
lpNet (57)
lpsymphony (762)
LRBaseDbi (56)
lumi (1011)
LVSmiRNA (63)
LymphoSeq (74)

M

M3C (197)
M3D (66)
M3Drop (231)
maanova (80)
Maaslin2 (17)
macat (62)
maCorrPlot (60)
MACPET (50)
MACSQuantifyR (6)
maDB (1)
madb (0)
made4 (324)
MADSEQ (60)
maftools (1309)
MAGeCKFlute (174)
maigesPack (65)
MAIT (102)
makecdfenv (151)
makePlatformDesign (1)
MANOR (56)
manta (85)
MantelCorr (57)
mAPKL (58)
maPredictDSC (58)
mapscape (58)
marray (1393)
martini (55)
maser (55)
maSigPro (272)
maskBAD (58)
MassArray (65)
massarray (0)
massiR (62)
MassSpecWavelet (1068)
MAST (771)
matchBox (56)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (55)
matter (141)
MaxContrastProjection (80)
MBAmethyl (54)
MBASED (64)
MBCB (59)
mbkmeans (42)
mBPCR (57)
MBQN (2)
MBttest (53)
mcaGUI (57)
MCbiclust (88)
MCRestimate (64)
mCSEA (86)
mdgsa (75)
mdp (78)
mdqc (66)
MDTS (50)
MEAL (64)
MeasurementError.cor (56)
MEB (7)
MEDIPS (118)
MEDME (56)
MEIGOR (82)
Melissa (29)
mergemaid (0)
MergeMaid (92)
Mergeomics (65)
MeSHDbi (177)
meshes (85)
meshr (107)
MeSHSim (5)
messina (56)
metaArray (83)
metaarray (0)
Metab (69)
metabomxtr (93)
MetaboSignal (72)
metaCCA (66)
MetaCyto (76)
metagene (82)
metagene2 (26)
metagenomeFeatures (95)
metagenomeSeq (614)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (57)
metaMS (110)
MetaNeighbor (97)
metaR (0)
metaSeq (69)
metaseqR (103)
metavizr (68)
MetaVolcanoR (21)
metaX (3)
MetCirc (65)
MethCP (6)
methimpute (56)
methInheritSim (56)
MethPed (79)
methrix (9)
MethTargetedNGS (56)
methVisual (63)
methyAnalysis (116)
MethylAid (77)
methylCC (8)
methylGSA (89)
methylInheritance (55)
methylKit (439)
MethylMix (125)
methylMnM (61)
methylPipe (82)
MethylSeekR (100)
methylumi (1161)
methyvim (53)
MetID (35)
MetNet (67)
mfa (93)
Mfuzz (294)
mfuzz (0)
MGFM (65)
MGFR (91)
mgsa (86)
MiChip (58)
microbiome (539)
microbiomeDASim (8)
microRNA (140)
MIGSA (61)
mimager (53)
MIMOSA (75)
MineICA (72)
minet (545)
minfi (1831)
MinimumDistance (55)
MiPP (59)
MIRA (97)
MiRaGE (85)
miRBaseConverter (83)
miRcomp (57)
mirIntegrator (59)
miRLAB (72)
miRmine (53)
miRNAmeConverter (67)
miRNApath (74)
miRNAtap (125)
miRSM (39)
miRsponge (67)
miRspongeR (36)
Mirsynergy (58)
missMethyl (705)
missRows (49)
mitch (3)
mitoODE (57)
mixOmics (1509)
MLInterfaces (404)
mlm4omics (33)
MLP (84)
MLSeq (173)
MMAPPR2 (10)
MMDiff (3)
MMDiff2 (57)
mmgmos (0)
mmnet (3)
MmPalateMiRNA (58)
MMUPHin (7)
mnem (26)
MODA (65)
Modstrings (31)
MOFA (73)
mogsa (72)
monocle (1758)
MoonlightR (66)
MoPS (57)
mosaics (94)
MOSim (6)
motifbreakR (82)
motifcounter (63)
MotifDb (322)
motifmatchr (324)
motifRG (115)
motifStack (428)
MotIV (438)
MPFE (55)
mpra (58)
MPRAnalyze (66)
mQTL.NMR (19)
msa (829)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (76)
MSGFgui (121)
MSGFplus (228)
msmsEDA (174)
msmsTests (140)
MSnbase (1551)
MSnID (201)
msPurity (111)
msQC (0)
MSstats (295)
MSstatsQC (65)
MSstatsQCgui (57)
MSstatsSampleSize (7)
MSstatsTMT (98)
mtbls2 (0)
MTseeker (35)
Mulcom (137)
MultiAssayExperiment (1091)
multiClust (99)
MultiDataSet (176)
multiHiCcompare (47)
MultiMed (58)
multiMiR (112)
multiOmicsViz (58)
multiscan (56)
multtest (7157)
muscat (17)
muscle (168)
MutationalPatterns (239)
MVCClass (60)
mvGST (7)
MWASTools (88)
mygene (339)
myvariant (89)
mzID (1444)
mzR (1718)

N

NADfinder (66)
NanoStringDiff (101)
NanoStringQCPro (85)
nanotatoR (25)
NarrowPeaks (63)
NBAMSeq (24)
NBSplice (65)
ncdfFlow (650)
ncGTW (10)
NCIgraph (64)
ndexr (93)
neaGUI (3)
NeighborNet (34)
nem (113)
netbenchmark (64)
netbiov (98)
netboost (22)
netboxr (3)
NetCRG (0)
netDx (0)
nethet (63)
NetPathMiner (80)
netprioR (53)
netReg (63)
netresponse (67)
NetSAM (57)
netSmooth (55)
networkBMA (62)
NGScopy (51)
ngsReports (39)
nnNorm (58)
NOISeq (619)
nondetects (69)
normalize450K (52)
NormalyzerDE (62)
NormqPCR (268)
normr (70)
NPARC (2)
npGSEA (62)
NTW (55)
nucleoSim (55)
nucleR (84)
nucler (0)
nuCpos (34)
nudge (19)
NuPoP (64)

O

occugene (55)
OCplus (136)
odseq (57)
OGSA (54)
oligo (1566)
oligoClasses (1685)
OLIN (62)
OLINgui (57)
OmaDB (89)
omicade4 (93)
omiccircos (0)
OmicCircos (240)
omicplotR (83)
omicRexposome (81)
OmicsLonDA (33)
OmicsMarkeR (86)
OMICsPCA (38)
omicsPrint (61)
OmnipathR (14)
Onassis (56)
oncomix (56)
OncoScore (58)
OncoSimulR (68)
oneChannelGUI (10)
oneSENSE (75)
onlineFDR (37)
ontoCAT (9)
ontoProc (70)
ontoTools (1)
openCyto (425)
openPrimeR (88)
openPrimeRui (59)
OperaMate (5)
oposSOM (77)
oppar (56)
oppti (7)
OPWeight (87)
OrderedList (120)
ORFik (104)
Organism.dplyr (361)
OrganismDbi (2328)
OSAT (71)
Oscope (93)
OTUbase (61)
OutlierD (74)
OUTRIDER (91)
OVESEG (27)

P

PAA (74)
packFinder (1)
PADOG (224)
PAIRADISE (27)
paircompviz (64)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (77)
panelcn.mops (68)
PAnnBuilder (20)
panp (67)
PANR (71)
PanVizGenerator (63)
PAPi (94)
parglms (55)
parody (81)
PAST (30)
Path2PPI (71)
pathifier (224)
PathNet (59)
PathoStat (69)
pathprint (55)
pathRender (59)
pathVar (58)
pathview (3066)
pathwayPCA (44)
PathwaySplice (86)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (101)
Pbase (63)
pbcmc (17)
pcaExplorer (350)
pcaGoPromoter (97)
pcaMethods (2833)
PCAN (56)
PCAtools (141)
pcot2 (130)
PCpheno (62)
pcxn (54)
pdInfoBuilder (126)
pdmclass (8)
peakPantheR (8)
PECA (69)
PepsNMR (76)
pepStat (62)
pepXMLTab (66)
PERFect (7)
perturbatr (51)
PGA (68)
pgca (60)
PGSEA (229)
pgUtils (1)
phantasus (63)
PharmacoGx (159)
phemd (32)
phenoDist (18)
phenopath (89)
phenoTest (106)
PhenStat (72)
philr (124)
phosphonormalizer (57)
PhyloProfile (13)
phyloseq (3138)
Pi (71)
piano (303)
pickgene (56)
PICS (131)
Pigengene (107)
PING (55)
pint (56)
pipeFrame (28)
pkgDepTools (81)
plateCore (57)
plethy (58)
plgem (110)
plier (200)
plotGrouper (42)
PLPE (62)
plrs (57)
plw (59)
plyranges (274)
pmm (53)
pmp (1)
podkat (59)
pogos (79)
polyester (134)
Polyfit (69)
POST (51)
PoTRA (25)
PowerExplorer (56)
powerTCR (55)
PPInfer (66)
ppiStats (76)
pqsfinder (85)
prada (300)
pram (26)
prebs (83)
PrecisionTrialDrawer (29)
PREDA (81)
predictionet (41)
preprocessCore (9455)
primirTSS (36)
PrInCE (30)
Prize (58)
proBAMr (86)
proBatch (34)
PROcess (143)
procoil (63)
ProCoNA (18)
proDA (11)
proFIA (65)
profileplyr (30)
profileScoreDist (52)
progeny (114)
projectR (37)
pRoloc (303)
pRolocGUI (80)
PROMISE (59)
PROPER (93)
PROPS (51)
Prostar (116)
prot2D (31)
proteinProfiles (57)
ProteomicsAnnotationHubData (58)
ProteoMM (68)
proteoQC (61)
ProtGenerics (5241)
PSEA (60)
psichomics (104)
PSICQUIC (84)
psygenet2r (59)
PubScore (2)
pulsedSilac (7)
puma (134)
PureCN (137)
pvac (62)
pvca (190)
Pviz (71)
PWMEnrich (101)
pwOmics (60)
pwrEWAS (11)
pxr (0)

Q

qckitfastq (28)
qcmetrics (97)
QDNAseq (203)
qpcrNorm (68)
qpgraph (133)
qPLEXanalyzer (54)
qrqc (154)
qsea (66)
qsmooth (34)
QSutils (45)
qtbase (0)
Qtlizer (8)
qtpaint (0)
QUALIFIER (89)
quantro (112)
quantsmooth (390)
QuartPAC (59)
QuasR (278)
QuaternaryProd (76)
QUBIC (105)
qusage (250)
qvalue (7219)

R

R3CPET (55)
r3Cseq (127)
R453Plus1Toolbox (63)
R4RNA (63)
RaggedExperiment (526)
rain (90)
rama (65)
ramigo (0)
RamiGO (31)
ramwas (66)
RandomWalkRestartMH (62)
randPack (63)
RankProd (359)
RareVariantVis (58)
Rariant (54)
RbcBook1 (65)
RBGL (7333)
RBioinf (74)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (149)
RBM (56)
Rbowtie (292)
Rbowtie2 (173)
rbsurv (92)
Rcade (77)
RCAS (66)
RCASPAR (64)
rcellminer (74)
rCGH (78)
Rchemcpp (93)
RchyOptimyx (64)
RcisTarget (331)
RCM (30)
RConferoMapping (0)
Rcpi (144)
Rcwl (38)
RcwlPipelines (27)
RCy3 (508)
RCyjs (68)
RCytoscape (26)
RDAVIDWebService (353)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (68)
Rdisop (276)
RDRToolbox (149)
ReactomeGSA (8)
ReactomePA (1088)
readat (87)
ReadqPCR (275)
reb (54)
REBET (32)
reconsi (0)
recount (395)
recoup (81)
RedeR (150)
REDseq (119)
RefNet (55)
RefPlus (61)
regioneR (1259)
regionReport (135)
regsplice (81)
REMP (69)
Repitools (228)
ReportingTools (966)
reposTools (1)
RepViz (25)
ReQON (56)
Resourcerer (1)
restfulSE (106)
rexposome (61)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (58)
rGADEM (522)
RGalaxy (65)
Rgin (51)
RGMQL (49)
RGraph2js (54)
Rgraphviz (6941)
rGREAT (194)
RGSEA (106)
rgsepd (90)
rhdf5 (8877)
rhdf5client (113)
Rhdf5lib (10013)
Rhisat2 (151)
Rhtslib (8432)
rHVDM (44)
RiboProfiling (83)
riboSeq (0)
riboSeqR (77)
RImmPort (57)
Ringo (263)
Rintact (1)
RIPSeeker (110)
Risa (61)
RITAN (74)
RIVER (57)
RJMCMCNucleosomes (51)
RLMM (58)
RMAGEML (1)
Rmagpie (62)
RMAPPER (1)
RMassBank (93)
rMAT (53)
rmelting (28)
RmiR (59)
rmir (0)
Rmmquant (59)
RNAdecay (47)
RNAinteract (82)
RNAither (82)
rnaither (0)
RNAmodR (13)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (11)
RNAmodR.ML (11)
RNAmodR.RiboMethSeq (12)
RNAprobR (55)
RNAsense (6)
rnaseqcomp (59)
RnaSeqGeneEdgeRQL (4)
rnaSeqMap (90)
RNASeqPower (140)
RNASeqR (44)
RnaSeqSampleSize (114)
RnBeads (267)
Rnits (60)
roar (71)
ROC (917)
Roleswitch (75)
Rolexa (3)
rols (287)
roma (0)
ROntoTools (93)
ropls (485)
ROTS (182)
RPA (76)
RProtoBufLib (579)
RpsiXML (84)
rpx (309)
Rqc (124)
rqt (52)
rqubic (99)
rRDP (87)
Rredland (1)
RRHO (82)
Rsamtools (14497)
rsbml (93)
rScudo (33)
RSeqAn (55)
rSFFreader (34)
RSNPper (1)
Rsubread (1368)
RSVSim (74)
rSWeeP (1)
rTANDEM (158)
RTCA (85)
RTCGA (551)
RTCGAToolbox (455)
RTN (153)
RTNduals (79)
RTNsurvival (75)
RTools4TB (0)
RTopper (61)
rtracklayer (13088)
Rtreemix (59)
rTRM (68)
rTRMui (53)
runibic (76)
Ruuid (1)
RUVcorr (68)
RUVnormalize (70)
RUVSeq (815)
RVS (81)
RWebServices (2)
rWikiPathways (169)

S

S4Vectors (26794)
safe (392)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (56)
SAGx (169)
SAIGEgds (8)
samExploreR (72)
sampleClassifier (78)
SamSPECTRAL (115)
sangerseqR (247)
SANTA (63)
sapFinder (59)
saps (2)
savR (79)
SBGNview (13)
sbgr (2)
SBMLR (68)
SC3 (496)
Scale4C (51)
scAlign (34)
SCAN.UPC (127)
SCANVIS (10)
scater (2559)
scBFA (9)
SCBN (39)
scDblFinder (11)
scDD (158)
scde (351)
scds (44)
scFeatureFilter (48)
scfind (103)
scGPS (11)
schex (20)
ScISI (77)
scMAGeCK (1)
scmap (200)
scMerge (56)
scmeth (77)
SCnorm (198)
scone (179)
Sconify (84)
scoreInvHap (49)
scPCA (8)
scPipe (113)
scran (1500)
scRecover (34)
scruff (62)
scsR (54)
scTensor (52)
scTGIF (8)
SDAMS (81)
segmentSeq (124)
selectKSigs (3)
SELEX (63)
SemDist (53)
semisup (50)
SemSim (1)
SEPA (45)
SEPIRA (49)
seq2pathway (68)
SeqArray (461)
seqbias (72)
seqCAT (85)
seqCNA (64)
seqcombo (89)
SeqGSEA (202)
seqLogo (1216)
Seqnames (0)
seqPattern (333)
seqplots (147)
seqsetvis (83)
SeqSQC (54)
seqTools (107)
SeqVarTools (378)
sesame (753)
SEtools (9)
sevenbridges (102)
sevenC (54)
SGSeq (248)
SharedObject (8)
shinyMethyl (113)
shinyTANDEM (69)
ShortRead (5064)
shortread (0)
SIAMCAT (94)
SICtools (41)
sidap (0)
sigaR (75)
SigCheck (62)
sigFeature (63)
SigFuge (54)
siggenes (1847)
sights (89)
signatureSearch (10)
signeR (93)
signet (57)
sigPathway (149)
SigsPack (10)
sigsquared (52)
SIM (58)
SIMAT (87)
SimBindProfiles (53)
SIMD (35)
SimFFPE (0)
similaRpeak (57)
SIMLR (111)
simpleaffy (638)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (57)
sincell (74)
SingleCellExperiment (3364)
singleCellTK (92)
SingleR (201)
singscore (390)
SISPA (60)
sitePath (23)
sizepower (70)
SJava (2)
skewr (52)
slalom (75)
SLGI (62)
slingshot (389)
slinky (66)
SLqPCR (72)
SMAD (31)
SMAP (58)
SMITE (89)
SNAData (0)
SNAGEE (56)
snapCGH (70)
snm (144)
snpAssoc (0)
SNPchip (229)
SNPediaR (58)
SNPhood (50)
snpMatrix (2)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (984)
snpStats (1221)
soGGi (133)
sojourner (7)
SomatiCA (3)
SomaticSignatures (186)
SpacePAC (65)
spade (12)
Spaniel (7)
sparseDOSSA (53)
sparsenetgls (37)
SparseSignatures (53)
SpatialCPie (25)
specL (61)
SpeCond (124)
SpectralTAD (28)
SPEM (78)
SPIA (466)
SpidermiR (118)
spikeLI (54)
spkTools (55)
splatter (304)
splicegear (54)
spliceR (31)
spliceSites (48)
SplicingGraphs (148)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (64)
SPLINTER (83)
splots (200)
SPONGE (57)
spotSegmentation (55)
SQLDataFrame (16)
SQUADD (53)
sRACIPE (24)
SRAdb (486)
sRAP (58)
SRGnet (51)
srnadiff (75)
sscore (58)
sscu (55)
sSeq (202)
ssize (92)
SSPA (329)
ssPATHS (6)
ssrch (36)
ssviz (86)
stageR (105)
stam (1)
STAN (87)
staRank (64)
StarBioTrek (56)
Starr (62)
STATegRa (62)
statTarget (117)
stepNorm (58)
stepwiseCM (4)
strandCheckR (34)
Streamer (78)
STRINGdb (479)
STROMA4 (78)
struct (0)
Structstrings (29)
StructuralVariantAnnotation (49)
SubCellBarCode (26)
subSeq (106)
SummarizedBenchmark (81)
SummarizedExperiment (18342)
supraHex (283)
survcomp (574)
survtype (26)
Sushi (285)
sva (4687)
SVAPLSseq (64)
SVM2CRM (43)
SWATH2stats (79)
SwathXtend (53)
swfdr (56)
SwimR (56)
switchBox (69)
switchde (89)
synapter (126)
synergyfinder (128)
synlet (76)
SynMut (23)
systemPipeR (927)
systemPipeRdata (0)

T

target (6)
TargetScore (65)
TargetSearch (89)
targetsearch (0)
TarSeqQC (60)
TCC (246)
TCGAbiolinks (1931)
TCGAbiolinksGUI (199)
TCGAutils (512)
TCseq (138)
TDARACNE (62)
tdaracne (0)
tenXplore (76)
TEQC (78)
ternarynet (55)
TFARM (49)
TFBSTools (555)
TFEA.ChIP (90)
TFHAZ (48)
TFutils (58)
tiger (0)
tigre (57)
tilingArray (93)
timecourse (86)
TimerQuant (0)
timescape (82)
TimeSeriesExperiment (76)
TIN (52)
TissueEnrich (92)
TitanCNA (115)
tkWidgets (502)
TMixClust (73)
TNBC.CMS (22)
TnT (58)
TOAST (18)
tofsims (76)
ToPASeq (97)
topconfects (44)
topdownr (58)
topGO (2544)
topicmodels (0)
TPP (112)
TPP2D (27)
tracktables (87)
trackViewer (257)
tradeSeq (12)
transcriptogramer (57)
transcriptR (88)
transite (60)
tRanslatome (58)
TransView (85)
traseR (53)
treeio (1696)
TreeSummarizedExperiment (25)
trena (48)
TReNA (2)
Trendy (80)
triform (56)
trigger (56)
trio (90)
triplex (61)
tRNA (41)
tRNAdbImport (33)
tRNAscanImport (50)
TRONCO (90)
TSCAN (183)
tspair (65)
TSRchitect (64)
TSSi (47)
TTMap (52)
TurboNorm (55)
TVTB (61)
tweeDEseq (116)
twilight (126)
twoddpcr (57)
tximeta (260)
tximport (2247)
TxRegInfra (73)
TypeInfo (55)

U

Ularcirc (41)
UNDO (62)
unifiedWMWqPCR (58)
UniProt.ws (285)
Uniquorn (76)
universalmotif (93)
uSORT (79)

V

VanillaICE (81)
variancePartition (255)
VariantAnnotation (5853)
VariantExperiment (10)
VariantFiltering (65)
VariantTools (105)
vbmp (88)
VCFArray (34)
Vega (60)
VegaMC (53)
VennDetail (33)
vidger (117)
viper (242)
virtualArray (7)
ViSEAGO (26)
vsn (3300)
vtpnet (48)
vulcan (54)

W

waddR (8)
wateRmelon (645)
wavClusteR (89)
waveTiling (53)
weaver (73)
webbioc (60)
widgetInvoke (1)
widgetTools (510)
wiggleplotr (100)
Wrench (275)

X

XBSeq (89)
XCIR (12)
xcms (1191)
XDE (57)
Xeva (26)
XINA (64)
xmapbridge (54)
xmapcore (1)
xps (69)
XVector (20193)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (62)
YAPSA (84)
yaqcaffy (77)
yarn (88)

Z

zFPKM (123)
zinbwave (636)
zlibbioc (21979)