See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-10-04 21:24:58 -0400 (Tue, 04 Oct 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (50540)
2S4Vectors (48824)
3BiocVersion (47891)
4IRanges (44642)
5GenomeInfoDb (44593)
6Biobase (42744)
7zlibbioc (42271)
8XVector (40830)
9Biostrings (36633)
10BiocParallel (35315)
11GenomicRanges (33659)
12DelayedArray (33036)
13SummarizedExperiment (32168)
14MatrixGenerics (32143)
15limma (31319)
16AnnotationDbi (29990)
17KEGGREST (27606)
18annotate (19735)
19genefilter (19538)
20BiocFileCache (18306)
21Rhtslib (18000)
22edgeR (17987)
23biomaRt (17943)
24Rsamtools (17794)
25GenomicAlignments (17610)
26rtracklayer (16680)
27graph (16320)
28Rhdf5lib (16259)
29DESeq2 (15129)
30geneplotter (14846)
31GenomicFeatures (14447)
32rhdf5 (14242)
33rhdf5filters (12916)
34ggtree (12697)
35treeio (12517)
36BiocIO (12393)
37qvalue (12033)
38preprocessCore (11661)
39enrichplot (11582)
40fgsea (11208)
41DOSE (11033)
42clusterProfiler (11006)
43DelayedMatrixStats (10292)
44GOSemSim (10250)
45sparseMatrixStats (9747)
46beachmat (9313)
47SingleCellExperiment (9141)
48ComplexHeatmap (9059)
49multtest (8888)
50GEOquery (8884)
51RBGL (8859)
52Rgraphviz (8649)
53BSgenome (8625)
54HDF5Array (8589)
55ProtGenerics (8297)
56AnnotationHub (8039)
57BiocSingular (7959)
58impute (7740)
59ensembldb (7699)
60affyio (7445)
61affy (7302)
62ScaledMatrix (7235)
63AnnotationFilter (6870)
64interactiveDisplayBase (6825)
65GSEABase (6322)
66VariantAnnotation (6141)
67BiocNeighbors (5867)
68BiocStyle (5633)
69scuttle (5611)
70sva (5303)
71ShortRead (4963)
72ExperimentHub (4482)
73vsn (4473)
74KEGGgraph (4149)
75scater (4143)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (61)
a4Base (75)
a4Classif (60)
a4Core (85)
a4Preproc (91)
a4Reporting (60)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (34)
ABarray (49)
abseqR (51)
ABSSeq (71)
acde (63)
ACE (64)
aCGH (108)
ACME (61)
ADaCGH2 (46)
ADAM (47)
ADAMgui (46)
adaptest (3)
adductomicsR (45)
ADImpute (53)
adSplit (50)
AffiXcan (44)
affxparser (1420)
affy (7302)
affycomp (59)
AffyCompatible (64)
affyContam (51)
affycoretools (329)
affydata (0)
AffyExpress (5)
affyILM (44)
affyio (7445)
affylmGUI (57)
affyPara (13)
affypdnn (4)
affyPLM (1080)
affyQCReport (15)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (48)
AffyTiling (1)
AGDEX (45)
aggregateBioVar (46)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (116)
AgiMicroRna (133)
agimicrorna (0)
AIMS (325)
airpart (41)
ALDEx2 (565)
alevinQC (62)
AllelicImbalance (65)
AlphaBeta (43)
alpine (79)
ALPS (12)
AlpsNMR (55)
alsace (36)
altcdfenvs (52)
AMARETTO (47)
AMOUNTAIN (65)
amplican (65)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (3)
anamiR (3)
Anaquin (49)
ANCOMBC (489)
AneuFinder (74)
ANF (47)
animalcules (84)
annaffy (214)
AnnBuilder (0)
annmap (45)
annotate (19735)
AnnotationDbi (29990)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6870)
AnnotationForge (2386)
AnnotationFuncs (8)
AnnotationHub (8039)
AnnotationHubData (185)
annotationTools (70)
annotatr (328)
anota (54)
anota2seq (55)
antiProfiles (45)
AnVIL (597)
AnVILBilling (40)
AnVILPublish (42)
APAlyzer (57)
apcluster (0)
apComplex (47)
apcomplex (0)
apeglm (2781)
APL (18)
applera (0)
appreci8R (44)
aroma.light (1612)
ArrayExpress (516)
ArrayExpressHTS (40)
arrayMagic (0)
arrayMvout (41)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (59)
arrayQualityMetrics (427)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (10)
ArrayTV (4)
ARRmNormalization (45)
artMS (66)
ASAFE (49)
ASEB (51)
ASGSCA (45)
ASICS (59)
asmn (0)
ASpediaFI (43)
ASpli (69)
AssessORF (44)
ASSET (61)
ASSIGN (62)
ASURAT (19)
ATACCoGAPS (2)
ATACseqQC (244)
ATACseqTFEA (2)
atena (40)
AtlasRDF (1)
atSNP (50)
attract (45)
AUCell (1202)
autonomics (45)
Autotuner (28)
AWFisher (44)
awst (39)

B

BaalChIP (51)
BAC (52)
bacon (85)
BADER (56)
BadRegionFinder (44)
BAGS (44)
ballgown (521)
bambu (143)
bamsignals (749)
BANDITS (52)
bandle (15)
banocc (40)
barcodetrackR (37)
basecallQC (48)
BaseSpaceR (51)
Basic4Cseq (47)
BASiCS (99)
BASiCStan (2)
BasicSTARRseq (49)
basilisk (921)
basilisk.utils (899)
batchelor (2372)
BatchQC (108)
BayesKnockdown (39)
BayesPeak (6)
BayesSpace (123)
bayNorm (69)
baySeq (493)
BBCAnalyzer (39)
BCRANK (53)
bcSeq (45)
BDMMAcorrect (47)
beachmat (9313)
beadarray (551)
beadarraySNP (49)
BeadDataPackR (564)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (43)
BEAT (42)
BEclear (66)
beer (18)
benchdamic (35)
BentoBox (0)
betr (1)
bgafun (3)
BgeeCall (47)
BgeeDB (82)
BGmix (39)
bgx (49)
BHC (108)
BicARE (82)
BiFET (47)
BiGGR (42)
BigMatrix (0)
bigmelon (54)
bigmemoryExtras (7)
bigPint (70)
bim (0)
BindingSiteFinder (33)
bioassayR (61)
Biobase (42744)
biobase (0)
biobroom (158)
biobtreeR (46)
bioCancer (57)
BiocBaseUtils (22)
BiocCaseStudies (5)
BiocCheck (1753)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (46)
BiocFileCache (18306)
BiocGenerics (50540)
biocGraph (88)
BiocInstaller (746)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (12393)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5867)
BiocOncoTK (55)
Bioconductor (0)
BioCor (52)
BiocParallel (35315)
BiocPkgTools (84)
BiocSet (190)
BiocSingular (7959)
BiocSklearn (63)
BiocStyle (5633)
biocthis (128)
BiocVersion (47891)
biocViews (3611)
BiocWorkflowTools (156)
biodb (68)
biodbChebi (31)
biodbExpasy (13)
biodbHmdb (30)
biodbKegg (35)
biodbLipidmaps (26)
biodbMirbase (13)
biodbNcbi (14)
biodbNci (13)
biodbUniprot (30)
bioDist (183)
biomaRt (17943)
BioMedR (1)
biomformat (3873)
BioMM (47)
BioMVCClass (42)
biomvRCNS (44)
BioNERO (71)
BioNet (233)
bionet (0)
BioNetStat (56)
BioPlex (36)
BioQC (97)
BioSeqClass (7)
biosigner (65)
Biostrings (36633)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (3)
BioTIP (45)
biotmle (45)
biovizBase (4085)
BiRewire (78)
birta (4)
birte (2)
biscuiteer (52)
BiSeq (66)
BitSeq (53)
blacksheepr (45)
blima (49)
BLMA (47)
BloodGen3Module (45)
bluster (2719)
bnbc (48)
bnem (39)
BOBaFIT (19)
borealis (12)
BPRMeth (51)
BRAIN (108)
brainflowprobes (42)
brainImageR (1)
BrainSABER (41)
BrainStars (6)
branchpointer (55)
breakpointR (46)
brendaDb (46)
BRGenomics (96)
bridge (41)
BridgeDbR (59)
BrowserViz (103)
BrowserVizDemo (1)
BSgenome (8625)
bsseq (1071)
BubbleTree (47)
BufferedMatrix (55)
BufferedMatrixMethods (43)
bugsigdbr (49)
BUMHMM (39)
bumphunter (1959)
BumpyMatrix (226)
BUS (46)
BUScorrect (42)
BUSpaRse (186)
BUSseq (31)
BuxcoR (0)

C

CAEN (36)
CAFE (42)
CAGEfightR (66)
cageminer (32)
CAGEr (82)
CALIB (3)
calm (38)
CAMERA (391)
CAMTHC (2)
canceR (50)
cancerclass (52)
CancerInSilico (42)
CancerMutationAnalysis (4)
CancerSubtypes (185)
CAnD (41)
caOmicsV (38)
Cardinal (96)
CARNIVAL (108)
casper (49)
CATALYST (336)
Category (1924)
categoryCompare (44)
CausalR (48)
cbaf (44)
CBEA (15)
cBioPortalData (198)
cbpManager (41)
ccfindR (82)
ccmap (68)
CCPROMISE (40)
ccrepe (112)
celaref (65)
celda (271)
CellaRepertorium (44)
CellBarcode (30)
cellbaseR (55)
CellBench (83)
cellGrowth (3)
cellHTS (1)
cellHTS2 (104)
CelliD (97)
cellity (48)
CellMapper (45)
cellmigRation (39)
CellMixS (57)
CellNOptR (77)
cellscape (41)
CellScore (40)
CellTrails (47)
cellTree (48)
cellxgenedp (45)
CEMiTool (154)
censcyt (34)
Cepo (49)
ceRNAnetsim (38)
CeTF (57)
CexoR (35)
CFAssay (57)
cfDNAPro (34)
CGEN (54)
CGHbase (257)
CGHcall (227)
cghMCR (51)
CGHnormaliter (52)
CGHregions (49)
ChAMP (575)
CHARGE (2)
charm (2)
ChemmineOB (162)
ChemmineR (462)
chemminer (0)
CHETAH (61)
ChIC (46)
Chicago (72)
chimera (5)
chimeraviz (76)
ChIPanalyser (42)
ChIPComp (49)
chipenrich (91)
ChIPexoQual (43)
ChIPpeakAnno (831)
ChIPQC (272)
ChIPseeker (1394)
chipseq (439)
ChIPseqR (91)
ChIPSeqSpike (5)
ChIPsim (89)
ChIPXpress (41)
chopsticks (74)
chroGPS (3)
chromDraw (42)
ChromHeatMap (52)
ChromoViz (0)
chromPlot (77)
ChromSCape (42)
chromstaR (65)
chromswitch (44)
chromVAR (707)
CHRONOS (52)
cicero (168)
CIMICE (38)
CINdex (52)
cindex (0)
circRNAprofiler (50)
cisPath (50)
CiteFuse (78)
ClassifyR (56)
cleanUpdTSeq (45)
cleaver (175)
clippda (43)
clipper (69)
cliProfiler (32)
cliqueMS (62)
Clomial (40)
Clonality (50)
clonotypeR (57)
clst (52)
clstutils (49)
CluMSID (57)
clustComp (45)
clusterExperiment (287)
ClusterJudge (42)
clusterProfiler (11006)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (39)
ClusterSignificance (42)
clusterStab (89)
clustifyr (126)
CMA (118)
cmapR (215)
cn.farms (43)
cn.mops (168)
CNAnorm (46)
cnanorm (0)
CNEr (1200)
CNORdt (47)
CNORfeeder (47)
CNORfuzzy (47)
CNORode (60)
CNPBayes (1)
CNTools (86)
CNVfilteR (48)
CNVgears (39)
cnvGSA (43)
CNViz (35)
CNVMetrics (20)
CNVPanelizer (52)
CNVRanger (69)
CNVrd2 (42)
CNVtools (3)
cnvtools (0)
cobindR (3)
CoCiteStats (38)
COCOA (46)
codelink (49)
CODEX (71)
coexnet (30)
CoGAPS (111)
cogena (82)
cogeqc (16)
Cogito (29)
coGPS (51)
COHCAP (48)
cola (112)
comapr (19)
combi (41)
coMET (62)
coMethDMR (20)
compartmap (47)
COMPASS (59)
compcodeR (66)
compEpiTools (49)
CompGO (15)
ComplexHeatmap (9059)
CompoundDb (53)
ComPrAn (38)
conclus (33)
condcomp (1)
condiments (57)
CONFESS (40)
consensus (38)
ConsensusClusterPlus (2462)
consensusDE (44)
consensusOV (48)
consensusSeekeR (58)
consICA (1)
CONSTANd (47)
contiBAIT (43)
conumee (114)
convert (114)
copa (43)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (332)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (81)
CopywriteR (67)
coRdon (108)
CoRegFlux (2)
CoRegNet (59)
CoreGx (152)
Cormotif (42)
CorMut (3)
coRNAi (1)
corral (66)
CORREP (47)
coseq (86)
cosmiq (45)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (55)
COSNet (50)
COTAN (22)
CountClust (35)
countsimQC (59)
covEB (41)
CoverageView (60)
covRNA (41)
cpvSNP (44)
cqn (243)
CRImage (63)
crisprBase (25)
crisprBowtie (27)
crisprBwa (12)
crisprDesign (7)
crisprScore (32)
CRISPRseek (93)
crisprseekplus (41)
CrispRVariants (80)
crisprVerse (2)
crisprViz (1)
crlmm (100)
CrossICC (2)
crossmeta (68)
CSAR (91)
csaw (298)
csawBook (4)
csdR (33)
CSSP (49)
CSSQ (36)
ctc (241)
CTDquerier (41)
ctgGEM (35)
cTRAP (47)
ctsGE (46)
CTSV (6)
cummeRbund (243)
cummerbund (0)
customCMPdb (42)
customProDB (64)
CVE (2)
cyanoFilter (37)
cycle (39)
cydar (82)
CytoDx (47)
cytofast (5)
cytofkit (12)
CyTOFpower (26)
CytoGLMM (46)
cytoKernel (32)
cytolib (2129)
cytomapper (129)
cytoMEM (15)
CytoML (993)
CytoTree (78)

D

dada2 (1980)
dagLogo (53)
daMA (41)
DAMEfinder (40)
DaMiRseq (67)
DAPAR (91)
DART (45)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (47)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (11)
dcanr (58)
dce (44)
dcGSA (42)
DChIPRep (2)
ddCt (87)
ddgraph (1)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (38)
dearseq (58)
debCAM (52)
debrowser (130)
DECIPHER (1528)
deco (43)
DEComplexDisease (42)
decompTumor2Sig (68)
DeconRNASeq (159)
decontam (532)
deconvR (33)
decoupleR (140)
DEDS (3)
DeepBlueR (48)
DeepPINCS (39)
deepSNV (89)
DEFormats (197)
DegNorm (43)
DEGraph (46)
DEGreport (445)
DEGseq (186)
DelayedArray (33036)
DelayedDataFrame (47)
DelayedMatrixStats (10292)
DelayedRandomArray (42)
DelayedTensor (36)
deltaCaptureC (37)
deltaGseg (40)
DeMAND (42)
DeMixT (57)
demuxmix (1)
densvis (82)
DEP (370)
DepecheR (259)
DepInfeR (14)
DEqMS (156)
derfinder (404)
derfinderHelper (399)
derfinderPlot (77)
DEScan2 (43)
DESeq (410)
deseq (0)
DESeq2 (15129)
DEsingle (241)
destiny (475)
DEsubs (44)
DEWSeq (45)
DExMA (40)
DEXSeq (779)
dexus (4)
DFP (42)
DIAlignR (48)
DiffBind (935)
diffcoexp (65)
diffcyt (211)
DifferentialRegulation (14)
diffGeneAnalysis (40)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (98)
DiffLogo (57)
diffloop (112)
diffuStats (55)
diffUTR (39)
diggit (47)
Dino (34)
dir.expiry (808)
Director (36)
DirichletMultinomial (1585)
discordant (99)
DiscoRhythm (63)
distinct (74)
dittoSeq (524)
divergence (37)
dks (40)
DMCFB (39)
DMCHMM (40)
DMRcaller (68)
DMRcate (785)
DMRforPairs (41)
DMRScan (38)
dmrseq (115)
DNABarcodeCompatibility (38)
DNABarcodes (107)
DNAcopy (2792)
DNaseR (0)
DNAshapeR (66)
domainsignatures (1)
DominoEffect (37)
doppelgangR (48)
DOQTL (2)
Doscheda (37)
DOSE (11033)
doseR (41)
dpeak (40)
drawProteins (117)
DRIMSeq (308)
DriverNet (53)
DropletUtils (1720)
drugTargetInteractions (40)
DrugVsDisease (46)
dSimer (2)
DSS (901)
dStruct (30)
DTA (45)
dualKS (19)
Dune (40)
DupChecker (2)
dupRadar (89)
dyebias (43)
DynDoc (752)
dyndoc (0)

E

easier (37)
EasyCellType (2)
EasyqpcR (6)
easyreporting (38)
easyRNASeq (60)
easyrnaseq (0)
EBarrays (105)
EBcoexpress (50)
EBImage (2055)
EBSEA (40)
EBSeq (332)
EBSeqHMM (58)
ecolitk (41)
EDASeq (1445)
edd (0)
EDDA (4)
edge (97)
edgeR (17987)
edger (0)
eds (3)
eegc (44)
EGAD (59)
EGSEA (160)
eiR (45)
eisa (5)
eisaR (85)
ELBOW (4)
ELMER (212)
EMDomics (53)
EmpiricalBrownsMethod (71)
ENCODExplorer (7)
EnhancedVolcano (2789)
enhancerHomologSearch (32)
EnMCB (40)
ENmix (156)
EnrichedHeatmap (330)
EnrichmentBrowser (256)
enrichplot (11582)
enrichTF (63)
ensembldb (7699)
ensemblVEP (108)
ENVISIONQuery (4)
epialleleR (38)
EpiCluster (0)
EpiCompare (21)
epidecodeR (35)
EpiDISH (164)
epigenomix (43)
epigraHMM (40)
epihet (40)
EpiMix (3)
epimutacions (16)
epiNEM (61)
epistack (32)
EpiTxDb (46)
epivizr (57)
epivizrChart (40)
epivizrData (59)
epivizrServer (62)
epivizrStandalone (46)
erccdashboard (56)
erma (66)
ERSSA (38)
esATAC (83)
escape (185)
esetVis (72)
eudysbiome (39)
evaluomeR (41)
EventPointer (51)
EWCE (79)
ExCluster (37)
ExiMiR (44)
exomeCopy (204)
exomecopy (0)
exomePeak (7)
exomePeak2 (92)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4482)
ExperimentHubData (151)
ExperimentSubset (43)
explorase (2)
ExploreModelMatrix (89)
ExpressionAtlas (79)
ExpressionView (3)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (15)

F

fabia (117)
facopy (1)
factDesign (42)
factR (2)
FamAgg (62)
famat (36)
farms (58)
fastLiquidAssociation (42)
FastqCleaner (79)
fastreeR (17)
fastseg (573)
fbat (0)
FCBF (72)
fCCAC (43)
fCI (46)
fcoex (56)
fcScan (42)
fdrame (48)
FEAST (65)
fedup (36)
FELLA (102)
FEM (45)
ffpe (67)
fgga (41)
FGNet (67)
fgsea (11208)
FilterFFPE (36)
FindIT2 (33)
FindMyFriends (30)
FISHalyseR (41)
fishpond (294)
FitHiC (49)
flagme (41)
FLAMES (36)
flipflop (1)
flowAI (451)
flowBeads (41)
flowBin (45)
flowcatchR (43)
flowCHIC (42)
flowCL (49)
flowClean (183)
flowClust (1095)
flowCore (2072)
flowCut (61)
flowCyBar (41)
flowDensity (171)
flowFit (3)
flowFlowJo (0)
flowFP (64)
flowGraph (36)
flowMap (44)
flowMatch (43)
flowMeans (106)
flowMerge (53)
flowPeaks (105)
flowPhyto (0)
flowPloidy (45)
flowPlots (51)
flowQ (1)
flowq (0)
flowQB (1)
FlowRepositoryR (18)
FlowSOM (846)
flowSpecs (47)
flowSpy (3)
flowStats (1101)
flowTime (42)
flowTrans (53)
flowType (3)
flowUtils (144)
flowViz (1277)
flowVS (74)
flowWorkspace (1391)
flowworkspace (0)
fmcsR (177)
fmrs (40)
fobitools (40)
focalCall (2)
FoldGO (44)
FourCSeq (5)
FRASER (100)
frenchFISH (34)
FRGEpistasis (46)
frma (93)
frmaTools (46)
FScanR (42)
FunChIP (42)
FunciSNP (3)
funtooNorm (42)

G

GA4GHclient (46)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (37)
gaga (53)
gage (922)
gaggle (39)
gaia (111)
GAPGOM (38)
GAprediction (41)
garfield (53)
GARS (45)
GateFinder (43)
gaucho (1)
GBScleanR (21)
gcapc (47)
gcatest (47)
gCMAP (3)
gCMAPWeb (2)
gCrisprTools (45)
gcrma (1355)
GCSConnection (28)
GCSFilesystem (45)
GCSscore (47)
GDCRNATools (285)
GDSArray (75)
gdsfmt (1565)
geecc (2)
GEM (44)
gemini (42)
genArise (47)
genbankr (169)
GENE.E (1)
gene2pathway (0)
GeneAccord (37)
GeneAnswers (46)
geneAttribution (40)
GeneBreak (49)
geneClassifiers (41)
GeneExpressionSignature (49)
genefilter (19538)
genefu (328)
GeneGA (42)
GeneGeneInteR (42)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (55)
GeneNetworkBuilder (54)
GeneOverlap (205)
geneplast (58)
geneplotter (14846)
GeneR (0)
geneRecommender (42)
GeneRegionScan (44)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (43)
GeneSelectMMD (45)
GeneSelector (1)
GENESIS (256)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (57)
geNetClassifier (80)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (3)
GeneticsPed (80)
GeneTonic (102)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (45)
GENIE3 (711)
genoCN (49)
GenoGAM (22)
genomation (426)
GenomAutomorphism (2)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (9)
GenomeInfoDb (44593)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (129)
genomeintervals (0)
genomes (49)
GenomicAlignments (17610)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (847)
GenomicDistributions (60)
GenomicFeatures (14447)
GenomicFiles (732)
genomicInstability (29)
GenomicInteractionNodes (14)
GenomicInteractions (162)
GenomicOZone (40)
GenomicRanges (33659)
GenomicScores (348)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (41)
Genominator (2)
genoset (21)
genotypeeval (44)
GenoView (1)
genphen (42)
GenProSeq (13)
GenRank (2)
GenVisR (349)
GeoDiff (46)
GEOexplorer (41)
GEOfastq (41)
GEOmetadb (176)
GeomxTools (152)
GEOquery (8884)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (44)
gep2pep (42)
gespeR (62)
getDEE2 (46)
geva (37)
GEWIST (37)
gff3Plotter (0)
GGBase (8)
ggbio (1654)
ggcyto (1162)
ggmanh (22)
ggmsa (215)
GGPA (43)
ggspavis (49)
GGtools (7)
ggtree (12697)
ggtreeExtra (518)
GIGSEA (40)
girafe (92)
GISPA (46)
GLAD (211)
GladiaTOX (39)
Glimma (1128)
glmGamPoi (1058)
glmSparseNet (81)
GlobalAncova (513)
globalSeq (49)
globaltest (1179)
gmapR (66)
GmicR (49)
gmoviz (39)
GMRP (40)
GNET2 (45)
goCluster (0)
GOexpress (93)
GOfuncR (156)
GOFunction (4)
GoogleGenomics (1)
GOpro (46)
goProfiles (72)
goprofiles (0)
GOSemSim (10250)
gosemsim (0)
goseq (1149)
GOSim (104)
goSorensen (3)
goSTAG (49)
GOstats (1776)
gostats (0)
GOsummaries (61)
GOTHiC (48)
goTools (52)
gotools (0)
GPA (38)
gpart (55)
gpls (86)
gprege (49)
gpuMagic (45)
gQTLBase (7)
gQTLstats (7)
gramm4R (5)
GRaNIE (18)
granulator (76)
graper (38)
graph (16320)
GraphAlignment (52)
GraphAT (43)
graphite (1829)
GraphPAC (42)
GRENITS (41)
GreyListChIP (664)
GRmetrics (74)
groHMM (61)
GRridge (49)
GSALightning (48)
GSAR (103)
GSCA (45)
gscreend (51)
GSEABase (6322)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (54)
GSEAlm (65)
GSEAmining (44)
gsean (44)
GSgalgoR (38)
GSReg (42)
GSRI (43)
GSVA (3618)
gtrellis (106)
GUIDEseq (54)
Guitar (98)
Gviz (2862)
GWAS.BAYES (38)
gwascat (356)
GWASTools (430)
gwasurvivr (63)
GWENA (77)

H

h5vc (58)
hapFabia (38)
Harman (130)
Harshlight (39)
harshlight (0)
hca (54)
HCABrowser (2)
HCAExplorer (2)
HCAMatrixBrowser (3)
HCsnip (1)
HDF5Array (8589)
HDTD (43)
heatmaps (190)
Heatplus (340)
HelloRanges (80)
HELP (39)
HEM (44)
hermes (27)
Herper (69)
hexbin (0)
HGC (49)
hiAnnotator (62)
HIBAG (79)
HiCBricks (44)
hicbricks (0)
HiCcompare (116)
HiCDCPlus (61)
HiCDOC (3)
HiContacts (1)
hicrep (9)
hierGWAS (44)
hierinf (36)
HilbertCurve (67)
HilbertVis (140)
HilbertVisGUI (22)
HiLDA (40)
hipathia (62)
HIPPO (43)
hiReadsProcessor (50)
HIREewas (37)
HiTC (109)
hmdbQuery (63)
HMMcopy (192)
hopach (169)
HPAanalyze (73)
hpar (218)
HPAStainR (37)
HPiP (32)
HTqPCR (132)
HTSanalyzeR (5)
HTSeqGenie (26)
htSeqTools (3)
htseqtools (0)
HTSFilter (165)
HubPub (63)
HumanTranscriptomeCompendium (37)
hummingbird (37)
HybridMTest (66)
hypeR (86)
hyperdraw (55)
hypergraph (76)

I

iASeq (44)
iasva (41)
iBBiG (74)
ibh (40)
iBMQ (30)
iCARE (78)
Icens (263)
icetea (41)
iCheck (38)
iChip (39)
iClusterPlus (252)
iCNV (46)
iCOBRA (120)
ideal (80)
ideogram (0)
IdeoViz (62)
idiogram (45)
IdMappingAnalysis (2)
IdMappingRetrieval (2)
idpr (49)
idr2d (46)
iFlow (0)
iGC (41)
IgGeneUsage (34)
igvR (79)
IHW (566)
illuminaio (2220)
ILoReg (41)
imageHTS (46)
IMAS (42)
imcRtools (69)
Imetagene (3)
IMMAN (46)
ImmuneSpaceR (56)
immunoClust (44)
immunotation (38)
IMPCdata (37)
ImpulseDE (3)
ImpulseDE2 (14)
impute (7740)
INDEED (38)
infercnv (604)
infinityFlow (44)
Informeasure (40)
InPAS (46)
INPower (40)
inSilicoDb (1)
inSilicoMerging (1)
insilicomerging (0)
INSPEcT (48)
InTAD (41)
intansv (52)
interacCircos (47)
InteractionSet (947)
InteractiveComplexHeatmap (170)
interactiveDisplay (69)
interactiveDisplayBase (6825)
InterCellar (59)
IntEREst (49)
InterMineR (55)
IntramiRExploreR (42)
inveRsion (38)
inversion (0)
IONiseR (57)
iontree (1)
iPAC (45)
iPath (29)
ipdDb (41)
IPO (106)
IPPD (8)
IRanges (44642)
IRISFGM (41)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (50)
iSEE (247)
iSEEhex (7)
iSEEhub (1)
iSEEu (66)
iSeq (48)
ISLET (1)
iSNetwork (0)
isobar (88)
IsoCorrectoR (49)
IsoCorrectoRGUI (38)
IsoformSwitchAnalyzeR (218)
IsoGeneGUI (38)
ISoLDE (45)
isomiRs (52)
iSPlot (0)
ITALICS (42)
iterativeBMA (48)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (42)
iterClust (45)
iteremoval (31)
IVAS (50)
ivygapSE (39)
IWTomics (39)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (2)
JunctionSeq (9)

K

karyoploteR (626)
katdetectr (4)
KBoost (46)
KCsmart (40)
kebabs (120)
KEGGgraph (4149)
KEGGlincs (48)
keggorth (0)
keggorthology (68)
KEGGprofile (25)
KEGGREST (27606)
KEGGSOAP (0)
kimod (2)
KinSwingR (44)
kissDE (43)
kmknn (0)
KnowSeq (47)

L

LACE (37)
lapmix (38)
LBE (267)
ldblock (48)
LEA (377)
LedPred (38)
lefser (160)
les (43)
levi (35)
lfa (307)
limma (31319)
limmaGUI (54)
LINC (2)
LineagePulse (41)
lineagespot (17)
LinkHD (37)
Linnorm (135)
LinTInd (17)
lionessR (48)
lipidr (88)
LiquidAssociation (42)
lisaClust (45)
lmdme (55)
LMGene (3)
LOBSTAHS (47)
loci2path (39)
logicFS (64)
logitT (41)
Logolas (5)
lol (2)
LOLA (142)
LoomExperiment (307)
LowMACA (37)
LPE (58)
LPEadj (37)
lpNet (38)
lpsymphony (885)
LRBaseDbi (51)
LRcell (38)
lumi (1029)
LVSmiRNA (2)
LymphoSeq (60)

M

M3C (754)
M3D (3)
M3Drop (351)
m6Aboost (30)
maanova (57)
Maaslin2 (337)
Macarron (12)
macat (42)
maCorrPlot (42)
MACPET (40)
MACSQuantifyR (35)
MACSr (57)
maDB (0)
madb (0)
made4 (221)
MADSEQ (42)
maftools (2216)
MAGAR (38)
MAGeCKFlute (247)
MAI (35)
maigesPack (49)
MAIT (60)
makecdfenv (94)
makePlatformDesign (0)
MANOR (42)
manta (2)
MantelCorr (45)
mAPKL (42)
maPredictDSC (42)
mapscape (41)
marr (36)
marray (1482)
martini (46)
maser (87)
maSigPro (234)
maskBAD (38)
MassArray (50)
massarray (0)
massiR (45)
MassSpecWavelet (1216)
MAST (1293)
matchBox (46)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (32143)
MatrixQCvis (46)
MatrixRider (37)
matter (96)
MaxContrastProjection (3)
MBAmethyl (41)
MBASED (48)
MBCB (42)
MBECS (15)
mbkmeans (389)
mbOmic (13)
mBPCR (40)
MBQN (39)
MBttest (37)
mcaGUI (2)
MCbiclust (42)
MCRestimate (3)
mCSEA (54)
mdgsa (9)
mdp (44)
mdqc (44)
MDTS (40)
MEAL (62)
MeasurementError.cor (43)
MEAT (39)
MEB (38)
MEDIPS (99)
MEDME (40)
megadepth (84)
MEIGOR (57)
Melissa (39)
memes (123)
MergeMaid (5)
mergemaid (0)
Mergeomics (58)
MeSHDbi (177)
meshes (117)
meshr (81)
MeSHSim (1)
MesKit (65)
messina (38)
metaArray (3)
metaarray (0)
Metab (47)
metabCombiner (41)
MetaboAnnotation (48)
MetaboCoreUtils (107)
metabolomicsWorkbenchR (47)
metabomxtr (44)
MetaboSignal (82)
metaCCA (54)
MetaCyto (52)
metagene (60)
metagene2 (55)
metagenomeFeatures (3)
metagenomeSeq (797)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (46)
metaMS (88)
MetaNeighbor (60)
metapod (2522)
metapone (34)
metaR (0)
metaSeq (54)
metaseqR (15)
metaseqR2 (58)
metavizr (41)
MetaVolcanoR (65)
metaX (2)
MetCirc (42)
MethCP (20)
methimpute (46)
methInheritSim (40)
MethPed (40)
MethReg (49)
methrix (56)
MethTargetedNGS (38)
methVisual (3)
methyAnalysis (19)
MethylAid (52)
methylCC (53)
methylclock (72)
methylGSA (91)
methylInheritance (45)
methylKit (442)
MethylMix (101)
methylMnM (40)
methylPipe (52)
methylscaper (35)
MethylSeekR (130)
methylSig (53)
methylumi (1237)
methyvim (3)
MetID (43)
MetNet (51)
mfa (69)
Mfuzz (580)
mfuzz (0)
MGFM (41)
MGFR (45)
mgsa (81)
mia (348)
miaSim (36)
miaViz (111)
MiChip (38)
microbiome (1273)
microbiomeDASim (39)
microbiomeExplorer (55)
microbiomeMarker (133)
MicrobiomeProfiler (45)
MicrobiotaProcess (250)
microRNA (116)
midasHLA (40)
MIGSA (45)
miloR (115)
mimager (41)
MIMOSA (46)
mina (36)
MineICA (54)
minet (489)
minfi (1710)
MinimumDistance (39)
MiPP (41)
miQC (71)
MIRA (50)
MiRaGE (42)
miRBaseConverter (115)
miRcomp (37)
mirIntegrator (40)
miRLAB (50)
miRmine (37)
miRNAmeConverter (53)
miRNApath (56)
miRNAtap (105)
miRSM (39)
miRsponge (1)
miRspongeR (52)
Mirsynergy (2)
mirTarRnaSeq (35)
missMethyl (800)
missRows (37)
mistyR (45)
mitch (51)
mitoClone2 (28)
mitoODE (2)
mixOmics (2077)
MLInterfaces (267)
mlm4omics (2)
MLP (67)
MLSeq (134)
MMAPPR2 (32)
MMDiff (1)
MMDiff2 (40)
mmgmos (0)
mmnet (1)
MmPalateMiRNA (2)
MMUPHin (67)
mnem (62)
moanin (47)
MobilityTransformR (13)
MODA (50)
ModCon (34)
Modstrings (100)
MOFA (15)
MOFA2 (257)
MOGAMUN (42)
mogsa (107)
MOMA (47)
monaLisa (51)
monocle (2046)
MoonlightR (50)
MoPS (2)
mosaics (95)
mosbi (34)
MOSim (42)
Motif2Site (16)
motifbreakR (77)
motifcounter (45)
MotifDb (387)
motifmatchr (796)
motifRG (6)
motifStack (493)
MotIV (50)
MouseFM (30)
MPFE (42)
mpra (42)
MPRAnalyze (43)
MQmetrics (33)
mQTL.NMR (1)
msa (1028)
MSA2dist (22)
MsBackendMassbank (55)
MsBackendMgf (124)
MsBackendMsp (26)
MsBackendRawFileReader (32)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (2121)
MSEADbi (6)
MsExperiment (1)
MsFeatures (849)
msgbsR (41)
MSGFgui (26)
MSGFplus (56)
msImpute (48)
mslp (4)
msmsEDA (152)
msmsTests (144)
MSnbase (2466)
MSnID (138)
MSPrep (47)
msPurity (62)
msQC (0)
msqrob2 (67)
MSstats (330)
MSstatsConvert (265)
MSstatsLiP (28)
MSstatsLOBD (34)
MSstatsPTM (58)
MSstatsQC (45)
MSstatsQCgui (40)
MSstatsSampleSize (37)
MSstatsTMT (152)
MSstatsTMTPTM (14)
mtbls2 (0)
MTseeker (1)
MuData (17)
Mulcom (84)
MultiAssayExperiment (1874)
MultiBaC (46)
multiClust (60)
multicrispr (41)
MultiDataSet (640)
multiGSEA (67)
multiHiCcompare (58)
MultiMed (50)
multiMiR (174)
multiOmicsViz (50)
multiscan (37)
multiSight (35)
multtest (8888)
mumosa (53)
MungeSumstats (123)
muscat (173)
muscle (176)
musicatk (54)
MutationalPatterns (323)
MVCClass (48)
mvGST (1)
MWASTools (82)
mygene (286)
myvariant (63)
mzID (2118)
mzR (2299)

N

NADfinder (41)
NanoMethViz (55)
NanoStringDiff (81)
NanoStringNCTools (151)
NanoStringQCPro (77)
nanotatoR (43)
NanoTube (37)
NarrowPeaks (2)
NBAMSeq (38)
NBSplice (42)
ncdfFlow (1420)
ncGTW (39)
NCIgraph (47)
ncRNAtools (39)
ndexr (60)
neaGUI (1)
nearBynding (37)
Nebulosa (404)
NeighborNet (37)
nem (4)
nempi (40)
netbenchmark (3)
netbiov (62)
netboost (34)
netboxr (38)
NetCRG (0)
netDx (46)
nethet (45)
netOmics (33)
NetPathMiner (55)
netprioR (38)
netReg (3)
netresponse (54)
NetSAM (43)
netSmooth (49)
networkBMA (48)
netZooR (24)
NeuCA (33)
NewWave (54)
NGScopy (1)
ngsReports (66)
nnNorm (40)
nnSVG (22)
NOISeq (496)
nondetects (63)
NoRCE (44)
normalize450K (37)
NormalyzerDE (92)
NormqPCR (154)
normr (118)
NPARC (44)
npGSEA (44)
NTW (37)
nucleoSim (41)
nucleR (56)
nucler (0)
nuCpos (44)
nudge (1)
nullranges (41)
NuPoP (51)
NxtIRFcore (33)

O

occugene (42)
OCplus (88)
ODER (30)
odseq (52)
OGRE (15)
OGSA (2)
oligo (1330)
oligoClasses (1442)
OLIN (44)
OLINgui (38)
omada (1)
OmaDB (67)
omicade4 (93)
OmicCircos (203)
omiccircos (0)
omicplotR (45)
omicRexposome (42)
OmicsLonDA (39)
OmicsMarkeR (3)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (40)
omicsPrint (43)
omicsViewer (14)
Omixer (38)
OmnipathR (236)
ompBAM (20)
Onassis (11)
oncomix (41)
oncoscanR (2)
OncoScore (42)
OncoSimulR (54)
oneChannelGUI (2)
oneSENSE (35)
onlineFDR (43)
ontoCAT (1)
ontoProc (99)
ontoTools (0)
openCyto (1081)
openPrimeR (86)
openPrimeRui (50)
OpenStats (45)
OperaMate (1)
oposSOM (63)
oppar (43)
oppti (36)
optimalFlow (35)
OPWeight (37)
OrderedList (80)
ORFhunteR (36)
ORFik (110)
Organism.dplyr (344)
OrganismDbi (2471)
orthogene (113)
OSAT (58)
OSCA (6)
OSCA.advanced (12)
OSCA.basic (13)
OSCA.intro (40)
OSCA.multisample (10)
OSCA.workflows (24)
Oscope (49)
OTUbase (41)
OutlierD (3)
OUTRIDER (137)
OVESEG (35)

P

PAA (50)
packFinder (43)
padma (37)
PADOG (170)
pageRank (41)
PAIRADISE (64)
paircompviz (44)
pairkat (27)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (95)
panelcn.mops (59)
PAnnBuilder (1)
PanomiR (18)
panp (43)
PANR (39)
PanViz (3)
PanVizGenerator (26)
PAPi (3)
pareg (15)
parglms (40)
parody (53)
PAST (40)
Path2PPI (49)
pathifier (124)
PathNet (50)
PathoStat (49)
pathprint (2)
pathRender (45)
pathVar (37)
pathview (3710)
pathwayPCA (78)
PathwaySplice (3)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (84)
Pbase (2)
pbcmc (1)
pcaExplorer (373)
pcaGoPromoter (3)
pcaMethods (3832)
PCAN (51)
PCAtools (879)
pcot2 (8)
PCpheno (3)
pcxn (40)
PDATK (38)
pdInfoBuilder (95)
pdmclass (1)
PeacoQC (67)
peakPantheR (49)
PECA (55)
peco (38)
pengls (28)
PepsNMR (59)
pepStat (42)
pepXMLTab (46)
PERFect (51)
periodicDNA (39)
perturbatr (19)
PFP (35)
PGA (4)
pga (0)
pgca (43)
PGSEA (21)
pgUtils (0)
phantasus (62)
PharmacoGx (134)
phemd (28)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (34)
phenomis (1)
phenopath (75)
phenoTest (69)
PhenStat (46)
philr (157)
PhIPData (42)
phosphonormalizer (35)
PhosR (69)
PhyloProfile (54)
phyloseq (3832)
Pi (67)
piano (294)
pickgene (40)
PICS (87)
Pigengene (65)
PING (42)
pint (4)
pipeComp (44)
pipeFrame (110)
pkgDepTools (51)
planet (67)
plateCore (1)
plethy (45)
plgem (58)
plier (124)
PloGO2 (52)
plotgardener (106)
plotGrouper (42)
PLPE (40)
plrs (2)
plw (2)
plyranges (637)
pmm (40)
pmp (80)
PoDCall (34)
podkat (47)
pogos (40)
polyester (102)
Polyfit (3)
POMA (56)
POST (3)
PoTRA (37)
PowerExplorer (2)
powerTCR (246)
POWSC (39)
ppcseq (34)
PPInfer (64)
ppiStats (38)
pqsfinder (60)
prada (21)
pram (39)
prebs (41)
preciseTAD (37)
PrecisionTrialDrawer (32)
PREDA (67)
predictionet (21)
preprocessCore (11661)
primirTSS (37)
PrInCE (44)
Prize (3)
proActiv (46)
proBAMr (39)
proBatch (73)
PROcess (82)
procoil (41)
ProCoNA (1)
proDA (117)
proFIA (43)
profileplyr (139)
profileScoreDist (40)
progeny (280)
projectR (57)
pRoloc (216)
pRolocGUI (66)
PROMISE (38)
PROPER (74)
PROPS (41)
Prostar (66)
prostar (0)
prot2D (1)
proteasy (3)
proteinProfiles (44)
ProteoDisco (31)
ProteomicsAnnotationHubData (22)
ProteoMM (53)
proteoQC (3)
protGear (15)
ProtGenerics (8297)
PSEA (42)
psichomics (73)
PSICQUIC (54)
PSMatch (31)
psygenet2r (46)
ptairMS (39)
PubScore (34)
pulsedSilac (32)
puma (90)
PureCN (146)
pvac (42)
pvca (206)
Pviz (48)
PWMEnrich (80)
pwOmics (48)
pwrEWAS (54)
pxr (0)

Q

qckitfastq (56)
qcmetrics (50)
QDNAseq (222)
QFeatures (213)
qmtools (15)
qpcrNorm (44)
qpgraph (104)
qPLEXanalyzer (46)
qrqc (103)
qsea (54)
qsmooth (52)
QSutils (46)
qsvaR (15)
qtbase (0)
Qtlizer (41)
qtpaint (0)
QUALIFIER (2)
quantiseqr (73)
quantro (120)
quantsmooth (447)
QuartPAC (46)
QuasR (282)
QuaternaryProd (60)
QUBIC (88)
qusage (314)
qvalue (12033)

R

R3CPET (41)
r3Cseq (94)
R453Plus1Toolbox (48)
R4RNA (345)
RadioGx (37)
RaggedExperiment (659)
rain (74)
rama (46)
RamiGO (2)
ramigo (0)
ramr (45)
ramwas (61)
RandomWalkRestartMH (68)
randPack (45)
randRotation (38)
RankProd (229)
RAREsim (12)
RareVariantVis (41)
Rariant (3)
rawrr (149)
RbcBook1 (47)
Rbec (39)
RBGL (8859)
RBioinf (50)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (126)
RBM (45)
Rbowtie (336)
Rbowtie2 (203)
rbsurv (55)
Rbwa (21)
Rcade (62)
RCAS (58)
RCASPAR (45)
rcellminer (52)
rCGH (64)
Rchemcpp (1)
RchyOptimyx (4)
RcisTarget (705)
RCM (49)
RConferoMapping (0)
Rcpi (103)
RCSL (37)
Rcwl (41)
RcwlPipelines (36)
RCX (25)
RCy3 (625)
RCyjs (50)
RCytoscape (2)
RDAVIDWebService (37)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (65)
Rdisop (336)
RDRToolbox (77)
ReactomeContentService4R (58)
ReactomeGraph4R (35)
ReactomeGSA (189)
ReactomePA (1545)
readat (3)
ReadqPCR (167)
reb (2)
REBET (38)
rebook (91)
receptLoss (33)
reconsi (37)
recount (329)
recount3 (154)
recountmethylation (42)
recoup (42)
RedeR (182)
RedisParam (3)
REDseq (83)
RefNet (2)
RefPlus (60)
RegEnrich (49)
regioneR (1543)
regioneReloaded (1)
regionReport (103)
regsplice (37)
regutools (40)
REMP (49)
Repitools (635)
ReportingTools (708)
reposTools (0)
RepViz (39)
ReQON (44)
ResidualMatrix (2207)
Resourcerer (0)
restfulSE (43)
rexposome (61)
rfaRm (38)
Rfastp (84)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (38)
rGADEM (322)
RGalaxy (30)
rGenomeTracks (28)
Rgin (49)
RGMQL (27)
RgnTX (4)
rgoslin (17)
RGraph2js (40)
Rgraphviz (8649)
rGREAT (305)
RGSEA (66)
rgsepd (42)
rhdf5 (14242)
rhdf5client (48)
rhdf5filters (12916)
Rhdf5lib (16259)
Rhisat2 (165)
Rhtslib (18000)
rHVDM (1)
RiboCrypt (28)
RiboDiPA (43)
RiboProfiling (57)
ribor (41)
riboSeq (0)
riboSeqR (56)
ribosomeProfilingQC (52)
rifi (11)
RImmPort (39)
Ringo (648)
Rintact (0)
RIPAT (37)
RIPSeeker (11)
Risa (47)
RITAN (43)
RIVER (38)
RJMCMCNucleosomes (38)
RLassoCox (40)
RLMM (41)
RLSeq (32)
RMAGEML (0)
Rmagpie (42)
RMAPPER (0)
RMassBank (69)
rMAT (1)
rmelting (55)
RmiR (22)
rmir (0)
Rmmquant (38)
rmspc (32)
RNAAgeCalc (56)
RNAdecay (37)
rnaEditr (35)
RNAinteract (43)
RNAither (4)
rnaither (0)
RNAmodR (60)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (42)
RNAmodR.ML (36)
RNAmodR.RiboMethSeq (39)
RNAprobR (3)
RNAsense (36)
rnaseqcomp (50)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (3)
RNASeqPower (133)
RNASeqR (34)
RnaSeqSampleSize (83)
RnBeads (194)
Rnits (38)
roar (50)
ROC (1057)
ROCpAI (35)
RolDE (13)
Roleswitch (3)
Rolexa (0)
rols (278)
roma (0)
ROntoTools (78)
ropls (628)
ROSeq (36)
ROTS (148)
RPA (44)
rprimer (24)
RProtoBufLib (1986)
RpsiXML (47)
rpx (274)
Rqc (173)
rqt (43)
rqubic (54)
rRDP (43)
Rredland (0)
RRHO (75)
rrvgo (238)
Rsamtools (17794)
rsbml (72)
rScudo (40)
rsemmed (34)
RSeqAn (59)
rSFFreader (1)
RSNPper (0)
Rsubread (1826)
RSVSim (48)
rSWeeP (38)
rTANDEM (9)
RTCA (42)
RTCGA (469)
RTCGAToolbox (405)
RTN (109)
RTNduals (49)
RTNsurvival (50)
RTools4TB (0)
RTopper (44)
Rtpca (35)
rtracklayer (16680)
Rtreemix (45)
rTRM (50)
rTRMui (37)
runibic (55)
Ruuid (0)
RUVcorr (46)
RUVnormalize (45)
RUVSeq (731)
RVS (39)
RWebServices (0)
rWikiPathways (241)

S

S4Vectors (48824)
safe (371)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (38)
SAGx (15)
SAIGEgds (56)
samExploreR (2)
sampleClassifier (38)
SamSPECTRAL (116)
sangeranalyseR (119)
sangerseqR (306)
SANTA (42)
sapFinder (2)
saps (1)
sarks (34)
satuRn (45)
savR (54)
SBGNview (67)
sbgr (0)
SBMLR (43)
SC3 (363)
Scale4C (38)
ScaledMatrix (7235)
scAlign (44)
SCAN.UPC (72)
scanMiR (35)
scanMiRApp (29)
scAnnotatR (49)
SCANVIS (48)
SCArray (39)
SCATE (36)
scater (4143)
scatterHatch (25)
scBFA (39)
SCBN (54)
scCB2 (43)
scClassifR (25)
scClassify (60)
sccomp (19)
scDataviz (58)
scDblFinder (583)
scDD (124)
scDDboost (4)
scde (286)
scds (371)
SCFA (38)
scFeatureFilter (38)
scfind (2)
scGPS (41)
schex (114)
scHOT (56)
scifer (1)
ScISI (21)
scMAGeCK (43)
scmap (286)
scMerge (255)
scMET (3)
scmeth (43)
SCnorm (97)
scone (111)
Sconify (36)
SCOPE (46)
scoreInvHap (39)
scp (52)
scPCA (65)
scPipe (73)
scran (3073)
scReClassify (29)
scRecover (47)
ScreenR (4)
scRepertoire (210)
scruff (50)
scry (77)
scShapes (29)
scsR (2)
scTensor (53)
scTGIF (39)
scTHI (38)
scTreeViz (30)
scuttle (5611)
SDAMS (41)
sechm (64)
segmenter (32)
segmentSeq (86)
selectKSigs (34)
SELEX (41)
SemDist (39)
semisup (38)
SemSim (0)
SEPA (1)
SEPIRA (38)
seq2pathway (45)
seqArchR (16)
SeqArray (674)
seqbias (49)
seqCAT (41)
seqCNA (48)
seqcombo (45)
SeqGate (32)
SeqGSEA (60)
seqLogo (1775)
Seqnames (0)
seqPattern (420)
seqplots (11)
seqsetvis (56)
SeqSQC (45)
seqTools (99)
SeqVarTools (376)
sesame (373)
SEtools (63)
sevenbridges (62)
sevenC (41)
SGSeq (238)
SharedObject (61)
shinyepico (46)
shinyMethyl (76)
shinyTANDEM (3)
ShortRead (4963)
shortread (0)
SIAMCAT (100)
SICtools (33)
sidap (0)
sigaR (5)
SigCheck (43)
sigFeature (113)
SigFuge (39)
siggenes (2179)
sights (45)
signatureSearch (76)
signeR (60)
signet (2)
sigPathway (116)
SigsPack (39)
sigsquared (40)
SIM (45)
SIMAT (41)
SimBindProfiles (37)
SimBu (1)
SIMD (36)
SimFFPE (38)
similaRpeak (50)
SIMLR (178)
simpleaffy (130)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (190)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (3)
sincell (48)
single (13)
SingleCellExperiment (9141)
SingleCellSignalR (135)
singleCellTK (120)
SingleMoleculeFootprinting (36)
SingleR (2249)
SingleRBook (4)
singscore (629)
SISPA (39)
sitadela (37)
sitePath (42)
sizepower (51)
SJava (1)
skewr (38)
slalom (44)
SLGI (23)
slingshot (895)
slinky (25)
SLqPCR (53)
SMAD (36)
SMAP (42)
SMITE (44)
SNAData (0)
SNAGEE (38)
snapCGH (49)
snapcount (48)
snifter (91)
snm (124)
snpAssoc (0)
SNPchip (16)
SNPediaR (40)
SNPhood (40)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1157)
snpStats (1448)
soGGi (198)
sojourner (39)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (132)
SOMNiBUS (35)
SpacePAC (40)
spade (1)
Spaniel (75)
sparrow (55)
sparseDOSSA (40)
sparseMatrixStats (9747)
sparsenetgls (35)
SparseSignatures (46)
spaSim (3)
SpatialCPie (65)
spatialDE (48)
SpatialDecon (91)
SpatialExperiment (494)
spatialHeatmap (40)
spatzie (32)
specL (47)
SpeCond (80)
Spectra (279)
SpectralTAD (51)
SPEM (60)
SPIA (397)
spicyR (52)
SpidermiR (55)
spikeLI (44)
spiky (37)
spkTools (38)
splatter (324)
splicegear (2)
spliceR (3)
spliceSites (2)
SpliceWiz (5)
SplicingFactory (35)
SplicingGraphs (85)
splineTCDiffExpr (0)
splineTimeR (54)
SPLINTER (38)
splots (110)
SPONGE (57)
SpotClean (7)
SPOTlight (35)
spotSegmentation (2)
spqn (38)
SPsimSeq (63)
SQLDataFrame (38)
SQUADD (36)
sRACIPE (39)
SRAdb (319)
sRAP (2)
SRGnet (4)
srnadiff (41)
sscore (40)
sscu (42)
sSeq (144)
ssize (57)
sSNAPPY (14)
SSPA (89)
ssPATHS (34)
ssrch (39)
ssviz (42)
stageR (137)
stam (0)
STAN (45)
standR (17)
staRank (37)
StarBioTrek (40)
Starr (2)
STATegRa (50)
statTarget (89)
STdeconvolve (21)
stepNorm (39)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (39)
Streamer (46)
STRINGdb (711)
STROMA4 (38)
struct (81)
Structstrings (75)
structToolbox (61)
StructuralVariantAnnotation (123)
SubCellBarCode (43)
subSeq (56)
SUITOR (3)
SummarizedBenchmark (45)
SummarizedExperiment (32168)
Summix (31)
supersigs (40)
supraHex (271)
surfaltr (29)
survcomp (720)
survtype (46)
Sushi (232)
sva (5303)
svaNUMT (29)
SVAPLSseq (2)
svaRetro (29)
SVM2CRM (1)
SWATH2stats (52)
SwathXtend (51)
swfdr (51)
SwimR (9)
switchBox (74)
switchde (44)
synapsis (29)
synapter (24)
synergyfinder (152)
SynExtend (43)
synlet (42)
SynMut (38)
syntenet (7)
systemPipeR (1050)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (50)
systemPipeTools (37)

T

TADCompare (49)
tanggle (38)
TAPseq (46)
target (39)
TargetDecoy (31)
TargetScore (43)
TargetSearch (50)
targetsearch (0)
TarSeqQC (41)
TBSignatureProfiler (41)
TCC (269)
TCGAbiolinks (2715)
TCGAbiolinksGUI (98)
TCGAutils (541)
TCseq (108)
TDARACNE (40)
tdaracne (0)
TEKRABber (16)
tenXplore (34)
TEQC (54)
ternarynet (39)
terraTCGAdata (12)
TFARM (35)
TFBSTools (1204)
TFEA.ChIP (55)
TFHAZ (36)
TFutils (43)
tidybulk (102)
tidySingleCellExperiment (81)
tidySummarizedExperiment (103)
tiger (0)
tigre (40)
TileDBArray (41)
tilingArray (65)
timecourse (56)
timeOmics (53)
TimerQuant (0)
timescape (59)
TimeSeriesExperiment (48)
TimiRGeN (41)
TIN (40)
TissueEnrich (86)
TitanCNA (65)
tkWidgets (747)
tLOH (35)
TMixClust (59)
TNBC.CMS (45)
TnT (41)
TOAST (91)
tofsims (28)
tomoda (34)
tomoseqr (12)
ToPASeq (3)
topconfects (94)
topdownr (43)
topGO (2610)
topicmodels (0)
ToxicoGx (35)
TPP (69)
TPP2D (46)
tracktables (81)
trackViewer (239)
tradeSeq (316)
TrajectoryGeometry (31)
TrajectoryUtils (880)
transcriptogramer (44)
transcriptR (47)
transformGamPoi (32)
transite (44)
tRanslatome (40)
transomics2cytoscape (36)
TransView (41)
TraRe (35)
traseR (38)
Travel (22)
traviz (31)
TreeAndLeaf (75)
treeio (12517)
treekoR (39)
TreeSummarizedExperiment (373)
TREG (14)
TReNA (0)
trena (42)
Trendy (48)
TRESS (30)
tricycle (74)
triform (2)
trigger (41)
trio (72)
triplex (43)
tripr (30)
tRNA (82)
tRNAdbImport (48)
tRNAscanImport (56)
TRONCO (69)
TSCAN (264)
tscR (46)
tspair (39)
TSRchitect (22)
TSSi (1)
ttgsea (43)
TTMap (37)
TurboNorm (39)
TVTB (49)
tweeDEseq (84)
twilight (84)
twoddpcr (42)
txcutr (28)
tximeta (938)
tximport (2662)
TxRegInfra (2)
TypeInfo (45)

U

UCell (131)
Ularcirc (41)
UMI4Cats (40)
uncoverappLib (35)
UNDO (44)
unifiedWMWqPCR (40)
UniProt.ws (236)
Uniquorn (38)
universalmotif (298)
updateObject (15)
uSORT (41)

V

VAExprs (31)
VanillaICE (54)
VarCon (36)
variancePartition (400)
VariantAnnotation (6141)
VariantExperiment (40)
VariantFiltering (48)
VariantTools (82)
vasp (2)
VaSP (38)
vbmp (60)
VCFArray (39)
VDJdive (1)
Vega (2)
VegaMC (38)
velociraptor (90)
veloviz (36)
VennDetail (136)
VERSO (33)
vidger (88)
viper (536)
virtualArray (0)
ViSEAGO (133)
vissE (53)
VplotR (41)
vsn (4473)
vtpnet (39)
vulcan (41)

W

waddR (52)
wateRmelon (705)
wavClusteR (45)
waveTiling (2)
weaver (44)
webbioc (42)
weitrix (37)
widgetInvoke (0)
widgetTools (759)
wiggleplotr (106)
wpm (46)
wppi (36)
Wrench (796)

X

XBSeq (3)
XCIR (17)
xcms (1193)
xcore (15)
XDE (47)
Xeva (42)
XINA (43)
xmapbridge (45)
xmapcore (0)
XNAString (41)
xps (6)
XVector (40830)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (45)
YAPSA (77)
yaqcaffy (4)
yarn (95)

Z

zellkonverter (417)
zenith (2)
zFPKM (94)
zinbwave (581)
zlibbioc (42271)