See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2020-09-18 17:17:26 -0400 (Fri, 18 Sep 2020).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocVersion (36367)
2BiocGenerics (35007)
3S4Vectors (34101)
4IRanges (32617)
5Biobase (30644)
6zlibbioc (26377)
7AnnotationDbi (25823)
8BiocParallel (24641)
9XVector (24594)
10GenomeInfoDb (23945)
11GenomicRanges (23504)
12DelayedArray (23302)
13SummarizedExperiment (22866)
14limma (21952)
15Biostrings (19672)
16Rsamtools (16786)
17biomaRt (16336)
18annotate (16181)
19genefilter (15348)
20GenomicAlignments (14323)
21Rhtslib (14280)
22graph (14030)
23rtracklayer (13952)
24edgeR (13616)
25GenomicFeatures (12700)
26Rhdf5lib (12212)
27DESeq2 (12152)
28geneplotter (12048)
29BiocFileCache (11731)
30rhdf5 (11391)
31preprocessCore (10061)
32multtest (9300)
33qvalue (8696)
34Rgraphviz (8510)
35RBGL (7812)
36fgsea (7387)
37BSgenome (7238)
38clusterProfiler (7030)
39affyio (7025)
40affy (6943)
41GOSemSim (6935)
42DOSE (6744)
43impute (6697)
44HDF5Array (6552)
45enrichplot (6423)
46BiocInstaller (6339)
47ProtGenerics (6152)
48ensembldb (5704)
49ShortRead (5635)
50GEOquery (5556)
51VariantAnnotation (5497)
52DelayedMatrixStats (5428)
53ComplexHeatmap (5304)
54AnnotationFilter (5238)
55sva (5139)
56GSEABase (4958)
57KEGGREST (4798)
58AnnotationHub (4784)
59SingleCellExperiment (4756)
60interactiveDisplayBase (4329)
61beachmat (4193)
62DESeq (3849)
63scater (3847)
64biovizBase (3845)
65KEGGgraph (3615)
66pathview (3512)
67vsn (3496)
68BiocSingular (3418)
69BiocNeighbors (3392)
70phyloseq (3265)
71BiocStyle (3243)
72pcaMethods (3225)
73Gviz (3131)
74biomformat (3044)
75topGO (2841)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (69)
a4Base (97)
a4Classif (71)
a4Core (119)
a4Preproc (114)
a4Reporting (69)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (69)
ABarray (60)
abseqR (47)
ABSSeq (64)
acde (68)
ACE (57)
aCGH (124)
ACME (73)
ADaCGH2 (54)
ADAM (47)
ADAMgui (42)
adaptest (40)
adductomicsR (42)
adSplit (56)
AffiXcan (43)
affxparser (1512)
affy (6943)
affycomp (83)
AffyCompatible (87)
affyContam (58)
affycoretools (341)
affydata (0)
AffyExpress (58)
affyILM (53)
affyio (7025)
affylmGUI (86)
affyPara (58)
affypdnn (47)
affyPLM (1301)
affyqcreport (0)
affyQCReport (190)
AffyRNADegradation (56)
AffyTiling (2)
AGDEX (53)
Agi4x44PreProcess (1)
agilp (156)
AgiMicroRna (109)
agimicrorna (0)
AIMS (385)
ALDEx2 (334)
alevinQC (54)
AllelicImbalance (72)
AlphaBeta (36)
alpine (74)
ALPS (43)
alsace (61)
altcdfenvs (63)
AMARETTO (47)
AMOUNTAIN (64)
amplican (68)
ampliQueso (8)
AnalysisPageServer (43)
anamiR (37)
Anaquin (53)
AneuFinder (75)
ANF (51)
animalcules (49)
annaffy (410)
AnnBuilder (0)
annmap (46)
annotate (16181)
AnnotationDbi (25823)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (5238)
AnnotationForge (2626)
AnnotationFuncs (79)
AnnotationHub (4784)
AnnotationHubData (114)
annotationTools (98)
annotatr (277)
anota (60)
anota2seq (61)
antiProfiles (50)
AnVIL (62)
APAlyzer (40)
apcluster (0)
apComplex (66)
apcomplex (0)
apeglm (1625)
applera (0)
appreci8R (45)
aroma.light (2707)
ArrayExpress (604)
ArrayExpressHTS (39)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (47)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (65)
arrayQualityMetrics (521)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (97)
ArrayTV (49)
ARRmNormalization (50)
artMS (68)
ASAFE (46)
ASEB (50)
ASGSCA (54)
ASICS (67)
asmn (1)
ASpediaFI (33)
ASpli (76)
AssessORF (40)
ASSET (66)
ASSIGN (67)
ATACseqQC (254)
AtlasRDF (3)
atSNP (45)
attract (50)
AUCell (525)
Autotuner (50)
AWFisher (34)

B

BaalChIP (49)
BAC (50)
bacon (81)
BADER (51)
BadRegionFinder (49)
BAGS (49)
ballgown (719)
bamsignals (616)
BANDITS (47)
banocc (52)
basecallQC (64)
BaseSpaceR (62)
Basic4Cseq (57)
BASiCS (95)
BasicSTARRseq (50)
basilisk (80)
basilisk.utils (82)
batchelor (1330)
BatchQC (117)
BayesKnockdown (43)
BayesPeak (78)
bayNorm (75)
baySeq (534)
BBCAnalyzer (47)
BCRANK (65)
bcSeq (45)
BDMMAcorrect (44)
beachmat (4193)
beadarray (733)
beadarraySNP (57)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (666)
BeadExplorer (0)
BEARscc (45)
BEAT (47)
BEclear (60)
betr (5)
bgafun (41)
BgeeCall (20)
BgeeDB (87)
BGmix (39)
bgx (54)
BHC (150)
BicARE (98)
BiFET (52)
BiGGR (52)
BigMatrix (0)
bigmelon (63)
bigmemoryExtras (53)
bigPint (64)
bim (0)
bioassayR (60)
biobase (0)
Biobase (30644)
biobroom (180)
biobtreeR (21)
bioCancer (52)
BiocCaseStudies (58)
BiocCheck (841)
biocDatasets (1)
BiocDockerManager (15)
BiocFileCache (11731)
BiocGenerics (35007)
biocGraph (228)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (6339)
BiocIO (1)
biocLite (0)
BiocNeighbors (3392)
BiocOncoTK (49)
Bioconductor (0)
BioCor (54)
BiocParallel (24641)
BiocPkgTools (78)
BiocSet (42)
BiocSingular (3418)
BiocSklearn (485)
BiocStyle (3243)
BiocVersion (36367)
biocViews (2486)
BiocWorkflowTools (64)
bioDist (226)
biomaRt (16336)
BioMedR (1)
biomformat (3044)
BioMM (42)
BioMVCClass (48)
biomvRCNS (48)
BioNet (201)
bionet (0)
BioNetStat (59)
BioQC (106)
BioSeqClass (81)
biosigner (64)
biostrings (0)
Biostrings (19672)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (42)
BioTIP (30)
biotmle (51)
biovizBase (3845)
BiRewire (64)
birta (55)
birte (10)
biscuiteer (36)
BiSeq (94)
BitSeq (73)
blacksheepr (31)
blima (48)
BLMA (68)
bluster (38)
bnbc (48)
BPRMeth (60)
BRAIN (130)
brainflowprobes (28)
brainImageR (9)
BrainSABER (6)
BrainStars (46)
branchpointer (48)
breakpointR (45)
brendaDb (34)
BRGenomics (20)
bridge (48)
BridgeDbR (61)
BrowserViz (90)
BrowserVizDemo (3)
BSgenome (7238)
bsseq (965)
BubbleTree (52)
BufferedMatrix (56)
BufferedMatrixMethods (51)
BUMHMM (43)
bumphunter (1935)
BUS (50)
BUScorrect (40)
BUSpaRse (125)
BuxcoR (0)

C

CAFE (41)
CAGEfightR (66)
CAGEr (100)
CALIB (35)
calm (28)
CAMERA (496)
CAMTHC (36)
canceR (60)
cancerclass (50)
CancerInSilico (47)
CancerMutationAnalysis (51)
CancerSubtypes (143)
CAnD (43)
caOmicsV (47)
Cardinal (113)
CARNIVAL (20)
casper (52)
CATALYST (304)
Category (2619)
categoryCompare (48)
CausalR (52)
cbaf (44)
cBioPortalData (45)
ccfindR (55)
ccmap (74)
CCPROMISE (43)
ccrepe (67)
celaref (81)
celda (119)
cellbaseR (50)
CellBench (57)
cellGrowth (35)
cellHTS (2)
cellHTS2 (169)
cellity (53)
CellMapper (49)
CellMixS (49)
CellNOptR (98)
cellscape (60)
CellScore (40)
CellTrails (42)
cellTree (59)
CEMiTool (171)
ceRNAnetsim (21)
CeTF (33)
CexoR (46)
CFAssay (53)
CGEN (69)
CGHbase (260)
CGHcall (228)
cghMCR (59)
CGHnormaliter (47)
CGHregions (57)
ChAMP (539)
CHARGE (36)
charm (20)
ChemmineOB (620)
ChemmineR (405)
chemminer (0)
CHETAH (90)
ChIC (42)
Chicago (75)
chimera (56)
chimeraviz (77)
ChIPanalyser (43)
ChIPComp (56)
chipenrich (83)
ChIPexoQual (46)
ChIPpeakAnno (821)
ChIPQC (271)
ChIPseeker (1118)
chipseq (489)
ChIPseqR (129)
ChIPSeqSpike (52)
ChIPsim (129)
ChIPXpress (36)
chopsticks (120)
chroGPS (31)
chromDraw (50)
ChromHeatMap (73)
ChromoViz (0)
chromPlot (94)
chromstaR (66)
chromswitch (45)
chromVAR (311)
CHRONOS (50)
cicero (169)
cindex (1)
CINdex (47)
circRNAprofiler (40)
cisPath (51)
CiteFuse (20)
ClassifyR (57)
cleanUpdTSeq (48)
cleaver (143)
clippda (49)
clipper (68)
cliqueMS (43)
Clomial (48)
Clonality (54)
clonotypeR (48)
clst (51)
clstutils (46)
CluMSID (50)
clustComp (48)
clusterExperiment (488)
ClusterJudge (42)
clusterProfiler (7030)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (47)
ClusterSignificance (47)
clusterStab (130)
clustifyr (26)
CMA (133)
cmapR (41)
cn.farms (51)
cn.mops (145)
CNAnorm (63)
cnanorm (0)
CNEr (641)
CNORdt (49)
CNORfeeder (48)
CNORfuzzy (47)
CNORode (76)
CNPBayes (13)
CNTools (142)
CNVfilteR (31)
cnvGSA (49)
CNVPanelizer (62)
CNVRanger (67)
CNVrd2 (47)
CNVtools (58)
cnvtools (0)
cobindR (43)
CoCiteStats (51)
COCOA (46)
codelink (55)
CODEX (112)
coexnet (57)
CoGAPS (105)
cogena (74)
coGPS (46)
COHCAP (62)
cola (46)
combi (16)
coMET (72)
compartmap (42)
COMPASS (62)
compcodeR (61)
compEpiTools (61)
CompGO (61)
ComplexHeatmap (5304)
condcomp (7)
CONFESS (41)
consensus (39)
ConsensusClusterPlus (2404)
consensusDE (45)
consensusOV (49)
consensusSeekeR (50)
contiBAIT (43)
conumee (97)
convert (127)
copa (51)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (290)
CopyNumber450k (2)
CopyNumberPlots (53)
CopywriteR (87)
coRdon (86)
CoRegFlux (33)
CoRegNet (68)
CoreGx (50)
Cormotif (45)
CorMut (45)
coRNAi (3)
corral (8)
CORREP (47)
coseq (80)
cosmiq (52)
cosmo (1)
cosmoGUI (0)
COSNet (46)
CountClust (88)
countsimQC (53)
covEB (41)
CoverageView (72)
covRNA (43)
cpvSNP (47)
cqn (195)
CRImage (69)
CRISPRseek (95)
crisprseekplus (44)
CrispRVariants (83)
crlmm (141)
CrossICC (33)
crossmeta (66)
CSAR (136)
csaw (283)
CSSP (46)
CSSQ (20)
ctc (261)
CTDquerier (24)
ctgGEM (16)
cTRAP (47)
ctsGE (52)
cummeRbund (475)
cummerbund (0)
customProDB (83)
CVE (29)
cycle (47)
cydar (78)
CytoDx (51)
cytofast (55)
cytofkit (69)
cytolib (1188)
cytomapper (16)
CytoML (723)
CytoTree (4)

D

dada2 (1492)
dagLogo (51)
daMA (44)
DAMEfinder (19)
DaMiRseq (72)
DAPAR (89)
DART (49)
DASC (2)
DASiR (2)
DAVIDQuery (2)
DBChIP (89)
dcanr (50)
dcGSA (44)
DChIPRep (43)
ddCt (95)
ddgraph (4)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (42)
dearseq (21)
debCAM (34)
debrowser (223)
DECIPHER (1067)
deco (43)
DEComplexDisease (42)
decompTumor2Sig (45)
DeconRNASeq (180)
decontam (204)
DEDS (55)
DeepBlueR (62)
deepSNV (91)
DEFormats (197)
DegNorm (6)
DEGraph (48)
DEGreport (352)
DEGseq (258)
DelayedArray (23302)
DelayedDataFrame (40)
DelayedMatrixStats (5428)
deltaCaptureC (30)
deltaGseg (46)
DeMAND (50)
DeMixT (62)
DEP (257)
DepecheR (51)
DEqMS (65)
derfinder (467)
derfinderHelper (434)
derfinderPlot (94)
DEScan2 (45)
deseq (0)
DESeq (3849)
DESeq2 (12152)
DEsingle (169)
destiny (786)
DEsubs (47)
DEWSeq (34)
DEXSeq (630)
dexus (50)
DFP (45)
DIAlignR (18)
DiffBind (724)
diffcoexp (49)
diffcyt (203)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (45)
diffHic (84)
DiffLogo (58)
diffloop (101)
diffuStats (62)
diggit (47)
Director (36)
DirichletMultinomial (1167)
discordant (46)
DiscoRhythm (43)
distinct (15)
dittoSeq (33)
divergence (37)
dks (45)
DMCFB (31)
DMCHMM (45)
DMRcaller (81)
DMRcate (690)
DMRforPairs (44)
DMRScan (45)
dmrseq (86)
DNABarcodeCompatibility (39)
DNABarcodes (99)
DNAcopy (2116)
DNaseR (1)
DNAshapeR (78)
domainsignatures (4)
DominoEffect (43)
doppelgangR (49)
DOQTL (22)
Doscheda (40)
DOSE (6744)
doseR (37)
dpeak (16)
drawProteins (85)
DRIMSeq (258)
DriverNet (54)
DropletUtils (774)
DrugVsDisease (52)
dSimer (12)
DSS (750)
DTA (45)
dualKS (46)
Dune (18)
DupChecker (40)
dupRadar (88)
dyebias (47)
DynDoc (482)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (91)
easyreporting (21)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (80)
EBarrays (114)
EBcoexpress (51)
EBImage (2514)
EBSEA (42)
EBSeq (413)
EBSeqHMM (70)
ecolitk (47)
EDASeq (2488)
edd (0)
EDDA (54)
edge (115)
edger (0)
edgeR (13616)
eegc (43)
EGAD (56)
EGSEA (205)
eiR (47)
eisa (59)
eisaR (26)
ELBOW (46)
ELMER (291)
EMDomics (54)
EmpiricalBrownsMethod (73)
ENCODExplorer (73)
EnhancedVolcano (1563)
EnMCB (24)
ENmix (138)
EnrichedHeatmap (153)
EnrichmentBrowser (245)
enrichplot (6423)
enrichTF (43)
ensembldb (5704)
ensemblVEP (116)
ENVISIONQuery (40)
EpiCluster (0)
EpiDISH (134)
epigenomix (50)
epihet (42)
epiNEM (47)
EpiTxDb (18)
epivizr (61)
epivizrChart (42)
epivizrData (66)
epivizrServer (67)
epivizrStandalone (53)
erccdashboard (62)
erma (142)
ERSSA (40)
esATAC (116)
escape (2)
esetVis (65)
eudysbiome (43)
evaluomeR (39)
EventPointer (57)
EWCE (2)
ExCluster (33)
ExiMiR (48)
exomeCopy (214)
exomecopy (0)
exomePeak (44)
exomePeak2 (21)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (2443)
ExperimentHubData (76)
explorase (31)
ExploreModelMatrix (20)
ExpressionAtlas (79)
ExpressionView (49)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (115)
facopy (4)
factDesign (51)
FamAgg (57)
farms (54)
fastLiquidAssociation (44)
FastqCleaner (75)
fastseg (588)
fbat (0)
FCBF (56)
fCCAC (43)
fCI (45)
fcoex (33)
fcScan (31)
fdrame (47)
FELLA (90)
FEM (435)
ffpe (56)
FGNet (87)
fgsea (7387)
FindMyFriends (72)
FISHalyseR (45)
fishpond (87)
FitHiC (58)
flagme (49)
flipflop (10)
flowAI (319)
flowBeads (45)
flowBin (46)
flowcatchR (47)
flowCHIC (47)
flowCL (77)
flowClean (148)
flowClust (796)
flowCore (1658)
flowCut (6)
flowCyBar (49)
flowDensity (148)
flowFit (46)
flowFlowJo (1)
flowFP (78)
flowMap (50)
flowMatch (49)
flowMeans (139)
flowMerge (72)
flowPeaks (79)
flowPhyto (1)
flowPloidy (49)
flowPlots (48)
flowq (0)
flowQ (4)
flowQB (12)
FlowRepositoryR (54)
FlowSOM (817)
flowSpecs (34)
flowSpy (36)
flowStats (784)
flowTime (44)
flowTrans (71)
flowType (56)
flowUtils (426)
flowViz (1011)
flowVS (57)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (1006)
fmcsR (162)
fmrs (6)
focalCall (39)
FoldGO (45)
FourCSeq (57)
FRASER (15)
frenchFISH (15)
FRGEpistasis (51)
frma (114)
frmaTools (51)
FScanR (0)
FunChIP (42)
FunciSNP (50)
funtooNorm (41)

G

GA4GHclient (45)
ga4ghclient (1)
GA4GHshiny (43)
gaga (57)
gage (881)
gaggle (43)
gaia (155)
GAPGOM (37)
GAprediction (43)
garfield (52)
GARS (43)
GateFinder (41)
gaucho (4)
gcapc (43)
gcatest (45)
gCMAP (48)
gCMAPWeb (28)
gCrisprTools (53)
gcrma (1713)
GCSConnection (16)
GCSscore (28)
GDCRNATools (347)
GDSArray (70)
gdsfmt (1268)
geecc (38)
GEM (48)
gemini (30)
genArise (51)
genbankr (168)
GENE.E (3)
gene2pathway (0)
GeneAccord (38)
GeneAnswers (87)
geneAttribution (45)
GeneBreak (44)
geneClassifiers (43)
GeneExpressionSignature (59)
genefilter (15348)
genefu (424)
GeneGA (41)
GeneGeneInteR (49)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (72)
GeneNetworkBuilder (72)
GeneOverlap (240)
geneplast (46)
geneplotter (12048)
GeneR (0)
geneRecommender (50)
GeneRegionScan (45)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (45)
GeneSelectMMD (53)
GeneSelector (9)
GENESIS (195)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (54)
geNetClassifier (79)
genetics (1)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (54)
GeneticsPed (104)
GeneTonic (20)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (46)
GENIE3 (399)
genoCN (49)
GenoGAM (47)
genomation (391)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (141)
GenomeInfoDb (23945)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (217)
genomeintervals (0)
genomes (68)
GenomicAlignments (14323)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (830)
GenomicFeatures (12700)
GenomicFiles (784)
GenomicInteractions (180)
GenomicOZone (31)
GenomicRanges (23504)
GenomicScores (317)
GenomicTuples (47)
Genominator (38)
genoset (141)
genotypeeval (46)
GenoView (1)
genphen (44)
GenRank (39)
GenVisR (332)
GEOmetadb (211)
GEOquery (5556)
GEOsearch (2)
GEOsubmission (45)
gep2pep (43)
gespeR (62)
getDEE2 (5)
GEWIST (43)
gff3Plotter (0)
GGBase (97)
ggbio (1733)
ggcyto (841)
GGPA (13)
GGtools (90)
ggtree (2391)
ggtreeExtra (2)
GIGSEA (39)
girafe (131)
GISPA (45)
GLAD (240)
GladiaTOX (36)
Glimma (1096)
glmGamPoi (15)
glmSparseNet (45)
GlobalAncova (351)
globalSeq (45)
globaltest (1024)
gmapR (69)
GmicR (37)
gmoviz (16)
GMRP (46)
GNET2 (38)
goCluster (0)
GOexpress (99)
GOfuncR (118)
GOFunction (55)
GoogleGenomics (6)
GOpro (49)
goProfiles (99)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (6935)
goseq (1154)
GOSim (122)
goSTAG (50)
gostats (0)
GOstats (2431)
GOsummaries (83)
GOTHiC (56)
goTools (74)
gotools (0)
GPA (14)
gpart (56)
gpls (98)
gprege (60)
gpuMagic (21)
gQTLBase (119)
gQTLstats (121)
gramm4R (35)
graper (38)
graph (14030)
GraphAlignment (50)
GraphAT (48)
graphite (1392)
GraphPAC (46)
GRENITS (52)
GreyListChIP (53)
GRmetrics (127)
groHMM (58)
GRridge (49)
GSALightning (46)
GSAR (157)
GSCA (47)
gscreend (32)
GSEABase (4958)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (56)
GSEAlm (89)
GSEAmining (3)
gsean (47)
GSReg (47)
GSRI (46)
GSVA (1878)
gtrellis (131)
GUIDEseq (53)
Guitar (85)
Gviz (3131)
gwascat (415)
GWASTools (426)
gwasurvivr (62)
GWENA (3)

H

h5vc (62)
hapFabia (47)
Harman (189)
Harshlight (44)
harshlight (0)
HCABrowser (39)
HCAExplorer (31)
HCAMatrixBrowser (4)
HCsnip (4)
HDF5Array (6552)
HDTD (46)
heatmaps (247)
Heatplus (526)
HelloRanges (78)
HELP (49)
HEM (46)
hexbin (1)
hiAnnotator (67)
HIBAG (88)
HiCBricks (43)
hicbricks (1)
HiCcompare (110)
hicrep (67)
hierGWAS (51)
hierinf (37)
HilbertCurve (72)
HilbertVis (180)
HilbertVisGUI (30)
HiLDA (33)
hipathia (54)
HIPPO (16)
hiReadsProcessor (47)
HIREewas (40)
HiTC (144)
hmdbQuery (60)
HMMcopy (191)
hopach (222)
HPAanalyze (53)
hpar (233)
HPAStainR (1)
HTqPCR (140)
HTSanalyzeR (83)
HTSeqGenie (32)
htseqtools (0)
htSeqTools (41)
HTSFilter (194)
HumanTranscriptomeCompendium (44)
hummingbird (1)
HybridMTest (68)
hypeR (64)
hyperdraw (68)
hypergraph (102)

I

iASeq (43)
iasva (41)
iBBiG (91)
ibh (44)
iBMQ (36)
iCARE (55)
Icens (267)
icetea (39)
iCheck (46)
iChip (43)
iClusterPlus (168)
iCNV (52)
iCOBRA (92)
ideal (76)
ideogram (0)
IdeoViz (75)
idiogram (47)
IdMappingAnalysis (26)
IdMappingRetrieval (28)
idpr (0)
idr2d (33)
iFlow (1)
iGC (44)
IgGeneUsage (32)
igvR (67)
IHW (839)
illuminaio (2372)
ILoReg (1)
imageHTS (55)
IMAS (43)
Imetagene (44)
IMMAN (42)
ImmuneSpaceR (52)
immunoClust (50)
IMPCdata (41)
ImpulseDE (44)
ImpulseDE2 (89)
impute (6697)
INDEED (39)
infercnv (260)
infinityFlow (2)
InPAS (44)
INPower (43)
inSilicoDb (7)
inSilicoMerging (6)
insilicomerging (0)
INSPEcT (55)
InTAD (46)
intansv (61)
InteractionSet (393)
interactiveDisplay (87)
interactiveDisplayBase (4329)
IntEREst (53)
InterMineR (70)
IntramiRExploreR (38)
inversion (0)
inveRsion (46)
IONiseR (57)
iontree (3)
iPAC (51)
ipdDb (38)
IPO (116)
IPPD (106)
IRanges (32617)
IrisSpatialFeatures (2)
ISAnalytics (0)
iSEE (264)
iSEEu (28)
iSeq (45)
iSNetwork (0)
isobar (118)
IsoCorrectoR (50)
IsoCorrectoRGUI (40)
IsoformSwitchAnalyzeR (172)
IsoGeneGUI (43)
ISoLDE (38)
isomiRs (62)
iSPlot (0)
ITALICS (43)
iterativeBMA (48)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (46)
iterClust (45)
iteremoval (37)
IVAS (48)
ivygapSE (45)
IWTomics (43)

J

JASPAR2018 (6)
jmosaics (2)
joda (37)
JunctionSeq (87)

K

karyoploteR (527)
KCsmart (45)
kebabs (108)
KEGGgraph (3615)
KEGGlincs (54)
keggorth (0)
keggorthology (71)
KEGGprofile (199)
KEGGREST (4798)
KEGGSOAP (1)
kimod (40)
KinSwingR (42)
kissDE (48)
kmknn (0)
KnowSeq (36)

L

LACE (14)
lapmix (43)
LBE (176)
ldblock (71)
LEA (318)
LedPred (44)
les (46)
levi (37)
lfa (194)
limma (21952)
limmaGUI (83)
LINC (35)
LineagePulse (42)
LinkHD (31)
Linnorm (108)
lionessR (32)
lipidr (55)
LiquidAssociation (46)
lmdme (49)
LMGene (54)
LOBSTAHS (46)
loci2path (39)
logicFS (99)
logitT (47)
Logolas (59)
lol (29)
LOLA (131)
LoomExperiment (91)
LowMACA (44)
LPE (59)
LPEadj (43)
lpNet (41)
lpsymphony (897)
LRBaseDbi (60)
lumi (1076)
LVSmiRNA (31)
LymphoSeq (62)

M

M3C (354)
M3D (45)
M3Drop (234)
maanova (65)
Maaslin2 (100)
macat (47)
maCorrPlot (46)
MACPET (38)
MACSQuantifyR (28)
maDB (0)
madb (0)
made4 (264)
MADSEQ (40)
maftools (1401)
MAGeCKFlute (230)
maigesPack (50)
MAIT (71)
makecdfenv (131)
makePlatformDesign (0)
MANOR (41)
manta (28)
MantelCorr (43)
mAPKL (47)
maPredictDSC (43)
mapscape (47)
marray (1433)
martini (43)
maser (67)
maSigPro (272)
maskBAD (45)
MassArray (51)
massarray (0)
massiR (50)
MassSpecWavelet (1011)
MAST (916)
matchBox (43)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (35)
MatrixRider (44)
matter (104)
MaxContrastProjection (36)
MBAmethyl (40)
MBASED (51)
MBCB (46)
mbkmeans (54)
mBPCR (46)
MBQN (22)
MBttest (41)
mcaGUI (43)
MCbiclust (47)
MCRestimate (34)
mCSEA (50)
mdgsa (67)
mdp (42)
mdqc (51)
MDTS (39)
MEAL (61)
MeasurementError.cor (44)
MEAT (18)
MEB (27)
MEDIPS (97)
MEDME (45)
MEIGOR (70)
Melissa (41)
mergemaid (0)
MergeMaid (68)
Mergeomics (55)
MeSHDbi (192)
meshes (100)
meshr (95)
MeSHSim (3)
MesKit (2)
messina (42)
metaArray (57)
metaarray (0)
Metab (53)
metabolomicsWorkbenchR (0)
metabomxtr (50)
MetaboSignal (61)
metaCCA (53)
MetaCyto (58)
metagene (72)
metagene2 (48)
metagenomeFeatures (51)
metagenomeSeq (596)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (45)
metaMS (88)
MetaNeighbor (60)
metaR (0)
metaSeq (57)
metaseqR (90)
metaseqR2 (16)
metavizr (47)
MetaVolcanoR (54)
metaX (2)
MetCirc (48)
MethCP (28)
methimpute (46)
methInheritSim (42)
MethPed (41)
methrix (35)
MethTargetedNGS (42)
methVisual (45)
methyAnalysis (100)
MethylAid (64)
methylCC (33)
methylGSA (86)
methylInheritance (44)
methylKit (446)
MethylMix (117)
methylMnM (48)
methylPipe (70)
MethylSeekR (124)
methylSig (16)
methylumi (1245)
methyvim (41)
MetID (36)
MetNet (43)
mfa (55)
Mfuzz (299)
mfuzz (0)
MGFM (49)
MGFR (53)
mgsa (75)
MiChip (43)
microbiome (669)
microbiomeDASim (31)
MicrobiotaProcess (27)
microRNA (130)
MIGSA (48)
mimager (41)
MIMOSA (50)
MineICA (59)
minet (537)
minfi (1752)
MinimumDistance (41)
MiPP (45)
MIRA (55)
MiRaGE (45)
miRBaseConverter (86)
miRcomp (43)
mirIntegrator (46)
miRLAB (59)
miRmine (47)
miRNAmeConverter (56)
miRNApath (62)
miRNAtap (108)
miRSM (38)
miRsponge (11)
miRspongeR (51)
Mirsynergy (37)
missMethyl (791)
missRows (39)
mitch (29)
mitoODE (38)
mixOmics (1785)
MLInterfaces (370)
mlm4omics (22)
MLP (76)
MLSeq (189)
MMAPPR2 (21)
MMDiff (2)
MMDiff2 (42)
mmgmos (1)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (40)
MMUPHin (33)
mnem (41)
MODA (56)
Modstrings (68)
MOFA (127)
mogsa (67)
MOMA (15)
monocle (1795)
MoonlightR (58)
MoPS (37)
mosaics (70)
MOSim (31)
motifbreakR (77)
motifcounter (51)
MotifDb (362)
motifmatchr (400)
motifRG (125)
motifStack (466)
MotIV (451)
MouseFM (5)
MPFE (35)
mpra (45)
MPRAnalyze (44)
mQTL.NMR (4)
msa (978)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (52)
msgbsR (42)
MSGFgui (81)
MSGFplus (222)
msmsEDA (132)
msmsTests (132)
MSnbase (1622)
MSnID (188)
msPurity (65)
msQC (0)
MSstats (304)
MSstatsQC (48)
MSstatsQCgui (42)
MSstatsSampleSize (30)
MSstatsTMT (83)
mtbls2 (0)
MTseeker (18)
Mulcom (128)
MultiAssayExperiment (1183)
MultiBaC (2)
multiClust (81)
multicrispr (6)
MultiDataSet (373)
multiGSEA (5)
multiHiCcompare (57)
MultiMed (44)
multiMiR (135)
multiOmicsViz (53)
multiscan (43)
multtest (9300)
muscat (68)
muscle (172)
MutationalPatterns (259)
MVCClass (44)
mvGST (3)
MWASTools (73)
mygene (328)
myvariant (76)
mzID (1502)
mzR (1761)

N

NADfinder (42)
NanoStringDiff (86)
NanoStringQCPro (75)
nanotatoR (38)
NarrowPeaks (44)
NBAMSeq (38)
NBSplice (39)
ncdfFlow (918)
ncGTW (31)
NCIgraph (51)
ndexr (55)
neaGUI (2)
Nebulosa (1)
NeighborNet (35)
nem (69)
netbenchmark (47)
netbiov (76)
netboost (29)
netboxr (20)
NetCRG (0)
netDx (23)
nethet (49)
NetPathMiner (62)
netprioR (40)
netReg (39)
netresponse (53)
NetSAM (44)
netSmooth (45)
networkBMA (52)
NGScopy (14)
ngsReports (62)
nnNorm (43)
NOISeq (614)
nondetects (61)
NoRCE (17)
normalize450K (41)
NormalyzerDE (70)
NormqPCR (250)
normr (94)
NPARC (21)
npGSEA (49)
NTW (41)
nucleoSim (43)
nucleR (64)
nucler (0)
nuCpos (36)
nudge (4)
NuPoP (51)

O

occugene (41)
OCplus (129)
odseq (49)
OGSA (35)
oligo (1594)
oligoClasses (1693)
OLIN (46)
OLINgui (43)
OmaDB (56)
omicade4 (79)
omiccircos (0)
OmicCircos (248)
omicplotR (51)
omicRexposome (41)
OmicsLonDA (41)
omicsmarker (1)
OmicsMarkeR (65)
OMICsPCA (36)
omicsPrint (42)
Omixer (1)
OmnipathR (59)
Onassis (47)
oncomix (47)
OncoScore (46)
OncoSimulR (59)
oneChannelGUI (5)
oneSENSE (41)
onlineFDR (43)
ontoCAT (5)
ontoProc (67)
ontoTools (0)
openCyto (752)
openPrimeR (89)
openPrimeRui (53)
OpenStats (13)
OperaMate (3)
oposSOM (59)
oppar (43)
oppti (27)
optimalFlow (9)
OPWeight (50)
OrderedList (94)
ORFik (87)
Organism.dplyr (412)
OrganismDbi (2503)
OSAT (57)
Oscope (58)
OTUbase (43)
OutlierD (58)
OUTRIDER (97)
OVESEG (35)

P

PAA (55)
packFinder (15)
padma (3)
PADOG (235)
PAIRADISE (42)
paircompviz (51)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (66)
panelcn.mops (56)
PAnnBuilder (4)
panp (52)
PANR (47)
PanVizGenerator (49)
PAPi (36)
parglms (41)
parody (59)
PAST (47)
Path2PPI (57)
pathifier (210)
PathNet (35)
PathoStat (57)
pathprint (36)
pathRender (46)
pathVar (44)
pathview (3512)
pathwayPCA (57)
PathwaySplice (41)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (80)
Pbase (29)
pbcmc (3)
pcaExplorer (360)
pcaGoPromoter (60)
pcaMethods (3225)
PCAN (49)
PCAtools (393)
pcot2 (121)
PCpheno (43)
pcxn (40)
pdInfoBuilder (109)
pdmclass (3)
PeacoQC (5)
peakPantheR (34)
PECA (53)
peco (14)
PepsNMR (59)
pepStat (47)
pepXMLTab (50)
PERFect (29)
perturbatr (38)
PGA (52)
pga (1)
pgca (46)
PGSEA (208)
pgUtils (0)
phantasus (64)
PharmacoGx (165)
phemd (40)
phenoDist (4)
phenopath (61)
phenoTest (94)
PhenStat (52)
philr (135)
phosphonormalizer (39)
PhyloProfile (42)
phyloseq (3265)
Pi (74)
piano (285)
pickgene (41)
PICS (122)
Pigengene (65)
PING (43)
pint (28)
pipeComp (4)
pipeFrame (54)
pkgDepTools (69)
plateCore (15)
plethy (43)
plgem (65)
plier (177)
PloGO2 (15)
plotGrouper (46)
PLPE (45)
plrs (38)
plw (38)
plyranges (383)
pmm (39)
pmp (24)
podkat (48)
pogos (41)
polyester (122)
Polyfit (44)
POMA (0)
POST (40)
PoTRA (37)
PowerExplorer (35)
powerTCR (68)
PPInfer (60)
ppiStats (54)
pqsfinder (62)
prada (287)
pram (37)
prebs (43)
PrecisionTrialDrawer (37)
PREDA (68)
predictionet (37)
preprocessCore (10061)
primirTSS (37)
PrInCE (39)
Prize (43)
proBAMr (44)
proBatch (49)
PROcess (105)
procoil (45)
ProCoNA (4)
proDA (41)
proFIA (51)
profileplyr (53)
profileScoreDist (39)
progeny (108)
projectR (54)
pRoloc (256)
pRolocGUI (71)
PROMISE (43)
PROPER (67)
PROPS (40)
Prostar (75)
prostar (1)
prot2D (6)
proteinProfiles (43)
ProteomicsAnnotationHubData (43)
ProteoMM (46)
proteoQC (32)
ProtGenerics (6152)
PSEA (47)
psichomics (74)
PSICQUIC (68)
psygenet2r (47)
PubScore (20)
pulsedSilac (28)
puma (124)
PureCN (132)
pvac (46)
pvca (199)
Pviz (51)
PWMEnrich (82)
pwOmics (47)
pwrEWAS (38)
pxr (0)

Q

qckitfastq (40)
qcmetrics (54)
QDNAseq (218)
QFeatures (1)
qpcrNorm (51)
qpgraph (106)
qPLEXanalyzer (45)
qrqc (148)
qsea (53)
qsmooth (50)
QSutils (45)
qtbase (0)
Qtlizer (31)
qtpaint (0)
QUALIFIER (31)
quantro (110)
quantsmooth (434)
QuartPAC (42)
QuasR (301)
QuaternaryProd (69)
QUBIC (90)
qusage (231)
qvalue (8696)

R

R3CPET (44)
r3Cseq (124)
R453Plus1Toolbox (48)
R4RNA (52)
RadioGx (7)
RaggedExperiment (547)
rain (74)
rama (48)
ramigo (0)
RamiGO (11)
ramwas (65)
RandomWalkRestartMH (50)
randPack (47)
randRotation (13)
RankProd (354)
RareVariantVis (47)
Rariant (42)
RbcBook1 (48)
RBGL (7812)
RBioinf (60)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (141)
RBM (43)
Rbowtie (330)
Rbowtie2 (211)
rbsurv (81)
Rcade (60)
RCAS (55)
RCASPAR (45)
rcellminer (59)
rCGH (68)
Rchemcpp (23)
RchyOptimyx (52)
RcisTarget (381)
RCM (47)
RConferoMapping (0)
Rcpi (115)
Rcwl (48)
RcwlPipelines (38)
RCy3 (540)
RCyjs (54)
RCytoscape (11)
RDAVIDWebService (333)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (62)
Rdisop (254)
RDRToolbox (125)
ReactomeGSA (36)
ReactomePA (1239)
readat (49)
ReadqPCR (259)
reb (36)
REBET (36)
rebook (1)
receptLoss (14)
reconsi (16)
recount (394)
recoup (42)
RedeR (135)
REDseq (118)
RefNet (38)
RefPlus (46)
RegEnrich (2)
regioneR (1490)
regionReport (118)
regsplice (42)
regutools (15)
REMP (60)
Repitools (216)
ReportingTools (845)
reposTools (0)
RepViz (40)
ReQON (45)
Resourcerer (1)
restfulSE (56)
rexposome (56)
rfaRm (15)
Rfastp (0)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (44)
rGADEM (510)
RGalaxy (53)
Rgin (39)
RGMQL (34)
RGraph2js (43)
Rgraphviz (8510)
rGREAT (204)
RGSEA (85)
rgsepd (52)
rhdf5 (11391)
rhdf5client (61)
rhdf5filters (298)
Rhdf5lib (12212)
Rhisat2 (274)
Rhtslib (14280)
rHVDM (10)
RiboProfiling (68)
ribor (16)
riboSeq (0)
riboSeqR (58)
ribosomeProfilingQC (19)
RImmPort (43)
Ringo (249)
Rintact (0)
RIPAT (0)
RIPSeeker (77)
Risa (51)
RITAN (56)
RIVER (43)
RJMCMCNucleosomes (42)
RLMM (45)
RMAGEML (0)
Rmagpie (46)
RMAPPER (1)
RMassBank (77)
rMAT (20)
rmelting (44)
RmiR (46)
rmir (0)
Rmmquant (33)
RNAAgeCalc (17)
RNAdecay (32)
RNAinteract (44)
RNAither (42)
rnaither (0)
RNAmodR (34)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (31)
RNAmodR.ML (30)
RNAmodR.RiboMethSeq (30)
RNAprobR (43)
RNAsense (26)
rnaseqcomp (47)
RnaSeqGeneEdgeRQL (2)
rnaSeqMap (49)
RNASeqPower (116)
RNASeqR (47)
RnaSeqSampleSize (56)
RnBeads (241)
Rnits (47)
roar (56)
ROC (1021)
ROCpAI (16)
Roleswitch (56)
Rolexa (1)
rols (277)
roma (0)
ROntoTools (95)
ropls (492)
ROSeq (13)
ROTS (140)
RPA (55)
RProtoBufLib (974)
RpsiXML (65)
rpx (256)
Rqc (135)
rqt (41)
rqubic (81)
rRDP (46)
Rredland (0)
RRHO (77)
rrvgo (21)
Rsamtools (16786)
rsbml (81)
rScudo (42)
RSeqAn (47)
rSFFreader (9)
RSNPper (0)
Rsubread (1587)
RSVSim (59)
rSWeeP (16)
rTANDEM (123)
RTCA (47)
RTCGA (589)
RTCGAToolbox (481)
RTN (111)
RTNduals (56)
RTNsurvival (53)
RTools4TB (0)
RTopper (45)
Rtpca (3)
rtracklayer (13952)
Rtreemix (47)
rTRM (56)
rTRMui (41)
runibic (64)
Ruuid (0)
RUVcorr (53)
RUVnormalize (58)
RUVSeq (754)
RVS (43)
RWebServices (1)
rWikiPathways (167)

S

S4Vectors (34101)
safe (396)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (40)
SAGx (162)
SAIGEgds (37)
samExploreR (36)
sampleClassifier (35)
SamSPECTRAL (69)
sangeranalyseR (13)
sangerseqR (253)
SANTA (31)
sapFinder (41)
saps (1)
sarks (16)
savR (62)
SBGNview (34)
sbgr (1)
SBMLR (53)
SC3 (413)
Scale4C (41)
scAlign (49)
SCAN.UPC (111)
SCANVIS (30)
SCATE (0)
scater (3847)
scBFA (33)
SCBN (44)
scCB2 (3)
scClassify (15)
scDataviz (2)
scDblFinder (61)
scDD (109)
scde (327)
scds (89)
scFeatureFilter (38)
scfind (52)
scGPS (32)
schex (77)
scHOT (16)
ScISI (58)
scMAGeCK (21)
scmap (157)
scMerge (94)
scmeth (41)
SCnorm (152)
scone (149)
Sconify (42)
SCOPE (17)
scoreInvHap (42)
scPCA (38)
scPipe (85)
scran (1896)
scRecover (47)
scruff (56)
scry (20)
scsR (36)
scTensor (67)
scTGIF (31)
scTHI (17)
scuttle (180)
SDAMS (44)
segmentSeq (119)
selectKSigs (19)
SELEX (46)
SemDist (41)
semisup (40)
SemSim (0)
SEPA (11)
SEPIRA (38)
seq2pathway (54)
SeqArray (468)
seqbias (57)
seqCAT (49)
seqCNA (52)
seqcombo (54)
SeqGSEA (163)
seqLogo (1332)
Seqnames (0)
seqPattern (374)
seqplots (105)
seqsetvis (49)
SeqSQC (47)
seqTools (93)
SeqVarTools (379)
sesame (410)
SEtools (34)
sevenbridges (60)
sevenC (48)
SGSeq (365)
SharedObject (41)
shinyMethyl (93)
shinyTANDEM (51)
ShortRead (5635)
shortread (0)
SIAMCAT (66)
SICtools (34)
sidap (0)
sigaR (54)
SigCheck (45)
sigFeature (75)
SigFuge (42)
siggenes (1981)
sights (49)
signatureSearch (48)
signeR (80)
signet (36)
sigPathway (147)
SigsPack (35)
sigsquared (41)
SIM (46)
SIMAT (47)
SimBindProfiles (40)
SIMD (36)
SimFFPE (16)
similaRpeak (46)
SIMLR (127)
simpleaffy (561)
simpleSingleCell (1)
simplifyEnrichment (6)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (45)
sincell (58)
SingleCellExperiment (4756)
SingleCellSignalR (28)
singleCellTK (85)
SingleR (818)
singscore (441)
SISPA (45)
sitePath (37)
sizepower (54)
SJava (1)
skewr (41)
slalom (52)
SLGI (45)
slingshot (636)
slinky (50)
SLqPCR (57)
SMAD (37)
SMAP (43)
SMITE (50)
SNAData (0)
SNAGEE (41)
snapCGH (53)
snapcount (15)
snifter (1)
snm (141)
snpAssoc (0)
SNPchip (175)
SNPediaR (42)
SNPhood (42)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1023)
snpStats (1286)
soGGi (128)
sojourner (29)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (169)
SpacePAC (47)
spade (3)
Spaniel (33)
sparseDOSSA (45)
sparseMatrixStats (18)
sparsenetgls (36)
SparseSignatures (42)
SpatialCPie (41)
SpatialExperiment (2)
specL (48)
SpeCond (118)
Spectra (0)
SpectralTAD (46)
SPEM (67)
SPIA (440)
spicyR (15)
SpidermiR (76)
spikeLI (40)
spkTools (43)
splatter (365)
splicegear (26)
spliceR (10)
spliceSites (13)
SplicingGraphs (118)
splineTCDiffExpr (0)
splineTimeR (65)
SPLINTER (43)
splots (179)
SPONGE (47)
spotSegmentation (37)
spqn (13)
SPsimSeq (5)
SQLDataFrame (33)
SQUADD (40)
sRACIPE (40)
SRAdb (460)
sRAP (39)
SRGnet (41)
srnadiff (35)
sscore (44)
sscu (44)
sSeq (207)
ssize (73)
SSPA (359)
ssPATHS (28)
ssrch (43)
ssviz (46)
stageR (107)
stam (0)
STAN (49)
staRank (42)
StarBioTrek (46)
Starr (42)
STATegRa (49)
statTarget (84)
stepNorm (46)
stepwiseCM (2)
strandCheckR (36)
Streamer (46)
STRINGdb (496)
STROMA4 (42)
struct (19)
Structstrings (58)
structToolbox (18)
StructuralVariantAnnotation (98)
SubCellBarCode (36)
subSeq (69)
SummarizedBenchmark (45)
SummarizedExperiment (22866)
supraHex (272)
survcomp (760)
survtype (39)
Sushi (271)
sva (5139)
SVAPLSseq (37)
SVM2CRM (11)
SWATH2stats (62)
SwathXtend (41)
swfdr (46)
SwimR (43)
switchBox (54)
switchde (50)
synapter (117)
synergyfinder (133)
SynExtend (13)
synlet (40)
SynMut (36)
systemPipeR (897)
systemPipeRdata (0)

T

TADCompare (8)
TAPseq (19)
target (29)
TargetScore (52)
TargetSearch (53)
targetsearch (0)
TarSeqQC (43)
TBSignatureProfiler (15)
TCC (268)
TCGAbiolinks (2193)
TCGAbiolinksGUI (138)
TCGAutils (526)
TCseq (101)
TDARACNE (49)
tdaracne (0)
tenXplore (42)
TEQC (60)
ternarynet (41)
TFARM (41)
TFBSTools (663)
TFEA.ChIP (54)
TFHAZ (39)
TFutils (38)
tidybulk (32)
tiger (0)
tigre (46)
tilingArray (74)
timecourse (69)
timeOmics (17)
TimerQuant (0)
timescape (75)
TimeSeriesExperiment (51)
TIN (42)
TissueEnrich (87)
TitanCNA (92)
tkWidgets (463)
TMixClust (65)
TNBC.CMS (37)
TnT (48)
TOAST (45)
tofsims (53)
ToPASeq (60)
topconfects (71)
topdownr (44)
topGO (2841)
topicmodels (0)
ToxicoGx (7)
TPP (88)
TPP2D (38)
tracktables (76)
trackViewer (234)
tradeSeq (104)
transcriptogramer (42)
transcriptR (49)
transite (42)
tRanslatome (46)
transomics2cytoscape (1)
TransView (45)
traseR (42)
TreeAndLeaf (16)
treeio (2067)
TreeSummarizedExperiment (43)
trena (37)
TReNA (1)
Trendy (53)
triform (33)
trigger (44)
trio (76)
triplex (47)
tRNA (58)
tRNAdbImport (39)
tRNAscanImport (46)
TRONCO (73)
TSCAN (154)
tscR (17)
tspair (51)
TSRchitect (47)
TSSi (11)
TTMap (40)
TurboNorm (42)
TVTB (52)
tweeDEseq (94)
twilight (100)
twoddpcr (46)
tximeta (647)
tximport (2558)
TxRegInfra (40)
TypeInfo (42)

U

Ularcirc (44)
UMI4Cats (1)
uncoverappLib (1)
UNDO (47)
unifiedWMWqPCR (45)
UniProt.ws (284)
Uniquorn (40)
universalmotif (116)
uSORT (41)

V

VanillaICE (67)
variancePartition (279)
VariantAnnotation (5497)
VariantExperiment (31)
VariantFiltering (54)
VariantTools (94)
vasp (16)
vbmp (67)
VCFArray (38)
Vega (39)
VegaMC (41)
VennDetail (76)
vidger (77)
viper (254)
virtualArray (2)
ViSEAGO (93)
VplotR (1)
vsn (3496)
vtpnet (36)
vulcan (48)

W

waddR (34)
wateRmelon (690)
wavClusteR (49)
waveTiling (26)
weaver (57)
webbioc (45)
weitrix (12)
widgetInvoke (0)
widgetTools (466)
wiggleplotr (75)
wpm (3)
Wrench (441)

X

XBSeq (51)
XCIR (29)
xcms (1170)
XDE (42)
Xeva (42)
XINA (36)
xmapbridge (40)
xmapcore (0)
xps (49)
XVector (24594)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (49)
YAPSA (81)
yaqcaffy (57)
yarn (61)

Z

zellkonverter (1)
zFPKM (93)
zinbwave (606)
zlibbioc (26377)