See download stats for:     Bioconductor annotation packages     Bioconductor experiment packages     Bioconductor workflow packages    

Download stats for Bioconductor software packages

Data as of Fri. 01 May 2026.

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that "hit" the package each month for the last 12 months (not counting the current month).

Top 75

1 BiocVersion (71140) 26 edgeR (27757) 51 preprocessCore (16702)
2 BiocGenerics (69243) 27 Rhdf5lib (26874) 52 assorthead (16251)
3 S4Vectors (65240) 28 enrichplot (26643) 53 BiocSingular (15585)
4 IRanges (63347) 29 Rhtslib (26290) 54 ScaledMatrix (14833)
5 BiocParallel (60800) 30 rhdf5 (26154) 55 AnnotationHub (13874)
6 XVector (59262) 31 clusterProfiler (25826) 56 genefilter (13857)
7 Biobase (58775) 32 DOSE (25387) 57 BSgenome (13841)
8 SparseArray (54436) 33 Seqinfo (25236) 58 BiocNeighbors (13370)
9 Biostrings (53393) 34 zlibbioc (25231) 59 GEOquery (13098)
10 GenomicRanges (52397) 35 GenomicAlignments (25110) 60 multtest (13022)
11 GenomeInfoDb (51057) 36 qvalue (24596) 61 impute (12750)
12 DelayedArray (50767) 37 rhdf5filters (24521) 62 ProtGenerics (12621)
13 S4Arrays (49222) 38 biomaRt (23911) 63 AnnotationFilter (12359)
14 SummarizedExperiment (48901) 39 GOSemSim (23871) 64 h5mread (11784)
15 MatrixGenerics (48468) 40 rtracklayer (23763) 65 GSEABase (11381)
16 AnnotationDbi (43018) 41 graph (23321) 66 scuttle (11149)
17 KEGGREST (42757) 42 BiocIO (21459) 67 BiocBaseUtils (11070)
18 limma (40206) 43 ComplexHeatmap (21260) 68 ensembldb (10519)
19 UCSC.utils (35530) 44 SingleCellExperiment (20770) 69 Rgraphviz (10402)
20 ggtree (31029) 45 annotate (20151) 70 RBGL (10021)
21 DESeq2 (29333) 46 beachmat (19230) 71 GSVA (9981)
22 BiocFileCache (29162) 47 GenomicFeatures (18777) 72 VariantAnnotation (9718)
23 Rsamtools (28863) 48 sparseMatrixStats (18245) 73 sva (9631)
24 fgsea (28571) 49 DelayedMatrixStats (17499) 74 ExperimentHub (9622)
25 treeio (28414) 50 HDF5Array (17320) 75 affyio (9334)

All software packages

All software package stats in one file:  bioc_pkg_stats.tab

All software download scores in one file:  bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (332)

a4Base (389)

a4Classif (319)

a4Core (366)

a4Preproc (472)

a4Reporting (277)

ABAEnrichment (122)

ABarray (379)

abseqR (251)

ABSSeq (391)

acde (333)

ACE (280)

aCGH (567)

ACME (554)

ADaCGH2 (382)

ADAM (254)

ADAMgui (227)

ADAPT (101)

adaptest (38)

adductomicsR (229)

ADImpute (259)

adSplit (413)

adverSCarial (158)

Aerith (39)

AffiXcan (245)

affxparser (2387)

affy (9119)

affycomp (410)

AffyCompatible (178)

affyContam (342)

affycoretools (683)

AffyExpress (158)

affyILM (332)

affyio (9334)

affylmGUI (451)

affyPara (189)

affypdnn (197)

affyPLM (1471)

affyQCReport (145)

AffyRNADegradation (287)

AffyTiling (88)

AGDEX (323)

aggregateBioVar (263)

Agi4x44PreProcess (63)

agilp (244)

AgiMicroRna (431)

AHMassBank (167)

AIMS (693)

airpart (210)

alabaster (175)

alabaster.base (4990)

alabaster.bumpy (173)

alabaster.files (171)

alabaster.mae (188)

alabaster.matrix (4646)

alabaster.ranges (4595)

alabaster.sce (1404)

alabaster.schemas (4502)

alabaster.se (4565)

alabaster.sfe (98)

alabaster.spatial (190)

alabaster.string (187)

alabaster.vcf (173)

ALDEx2 (1720)

alevinQC (257)

AllelicImbalance (362)

AlphaBeta (252)

AlphaMissenseR (197)

alpine (183)

ALPS (35)

AlpsNMR (283)

alsace (103)

altcdfenvs (421)

AMARETTO (274)

AMOUNTAIN (268)

amplican (354)

ampliQueso (101)

AnalysisPageServer (66)

anamiR (52)

anansi (71)

Anaquin (253)

ANCOMBC (2029)

AneuFinder (290)

ANF (246)

anglemania (83)

animalcules (371)

annaffy (559)

AnnBuilder (40)

anndataR (527)

annmap (319)

annoLinker (26)

annotate (20151)

AnnotationDbi (43018)

AnnotationFilter (12359)

AnnotationForge (2276)

AnnotationFuncs (109)

AnnotationHub (13874)

AnnotationHubData (739)

annotationTools (366)

annotatr (895)

anota (323)

anota2seq (346)

antiProfiles (253)

AnVIL (832)

AnVILAz (152)

AnVILBase (626)

AnVILBilling (194)

AnVILGCP (169)

AnVILPublish (191)

AnVILWorkflow (166)

APAlyzer (218)

apComplex (394)

apeglm (5873)

APL (203)

applera (21)

appreci8R (280)

aroma.light (2018)

ArrayExpress (646)

ArrayExpressHTS (119)

arrayMagic (102)

arrayMvout (382)

arrayQCplot (17)

arrayQuality (464)

arrayQualityMetrics (699)

ArrayTools (177)

ArrayTV (136)

ARRmNormalization (252)

artMS (309)

ASAFE (200)

ASEB (232)

ASGSCA (257)

ASICS (360)

asmn (16)

ASpediaFI (71)

ASpli (415)

AssessORF (278)

ASSET (325)

ASSIGN (392)

assorthead (16251)

ASURAT (247)

asuri (38)

ATACCoGAPS (44)

atacInferCnv (3)

ATACseqQC (673)

ATACseqTFEA (228)

atena (231)

AtlasRDF (38)

atSNP (299)

attract (404)

AUCell (3658)

autonomics (260)

Autotuner (40)

AWAggregator (82)

AWFisher (230)

awst (213)

B

BaalChIP (300)

BAC (155)

bacon (399)

BADER (267)

BadRegionFinder (270)

BAGS (272)

ballgown (1835)

bambu (515)

bamsignals (1436)

BANDITS (262)

bandle (234)

Banksy (523)

banocc (207)

barbieQ (144)

barcodetrackR (159)

basecallQC (279)

BaseSpaceR (279)

Basic4Cseq (325)

BASiCS (470)

BASiCStan (180)

BasicSTARRseq (245)

basilisk (4508)

basilisk.utils (3497)

batchCorr (102)

BatChef (2)

batchelor (4803)

BatchQC (354)

BatchSVG (167)

Battlefield (8)

BayesKnockdown (225)

BayesPeak (130)

BayesSpace (596)

bayNorm (282)

baySeq (781)

BBCAnalyzer (319)

BCRANK (479)

bcSeq (214)

BDMMAcorrect (82)

beachmat (19230)

beachmat.hdf5 (290)

beachmat.tiledb (119)

beadarray (887)

beadarraySNP (208)

BeadDataPackR (750)

BeadExplorer (21)

BEARscc (120)

BEAT (380)

BEclear (259)

bedbaser (168)

beer (219)

benchdamic (138)

BERT (150)

betaHMM (156)

betr (110)

betterChromVAR (6)

bettr (169)

BG2 (169)

bgafun (148)

BgeeCall (269)

BgeeDB (298)

BGmix (170)

bgx (271)

BHC (169)

BicARE (383)

BiFET (223)

BiGGR (209)

bigmelon (333)

bigmemoryExtras (84)

bigPint (106)

bim (20)

BindingSiteFinder (246)

bioassayR (323)

Biobase (58775)

biobroom (452)

biobtreeR (176)

Bioc.gff (78)

bioCancer (304)

BioCartaImage (157)

BiocBaseUtils (11070)

BiocBook (192)

BiocBuildReporter (6)

BiocCaseStudies (181)

BiocCheck (2184)

biocDatasets (10)

BiocDockerManager (52)

BiocFHIR (192)

BiocFileCache (29162)

BiocGenerics (69243)

biocGraph (428)

BiocHail (117)

BiocHubsShiny (188)

BiocInstaller (199)

BiocIO (21459)

BiocMaintainerApp (8)

biocmake (1415)

BiocNeighbors (13370)

BiocOncoTK (147)

BioCor (314)

BiocParallel (60800)

BiocPkgDash (8)

BiocPkgTools (436)

biocroxytest (142)

BiocSet (611)

BiocSingular (15585)

BiocSklearn (281)

BiocStyle (7263)

biocthis (676)

BiocVersion (71140)

biocViews (5169)

BiocWorkflowTools (303)

biodb (339)

biodbChebi (204)

biodbExpasy (43)

biodbHmdb (137)

biodbKegg (74)

biodbLipidmaps (50)

biodbMirbase (35)

biodbNcbi (132)

biodbNci (121)

biodbUniprot (122)

bioDist (487)

BioGA (137)

biomaRt (23911)

BioMedR (16)

biomformat (7058)

BioMM (83)

BioMVCClass (318)

biomvRCNS (317)

BioNAR (216)

BioNERO (396)

BioNet (603)

BioNetStat (103)

BioQC (377)

BioSeqClass (126)

biosigner (293)

Biostrings (53393)

biosvd (96)

BioTIP (229)

biotmle (269)

biovizBase (6210)

BiRewire (341)

birta (114)

birte (77)

biscuiteer (271)

BiSeq (434)

BitSeq (252)

blacksheepr (238)

blase (74)

blima (287)

BLMA (337)

BloodGen3Module (226)

bluster (7972)

bnbc (278)

bnem (222)

BOBaFIT (208)

borealis (199)

BPRMeth (319)

BRAIN (398)

brainflowprobes (86)

brainImageR (17)

BrainSABER (63)

BrainStars (107)

branchpointer (278)

breakpointR (275)

BreastSubtypeR (162)

brendaDb (232)

BREW3R.r (165)

BRGenomics (179)

bridge (172)

BridgeDbR (299)

broadSeq (118)

BrowserViz (318)

BrowserVizDemo (21)

BSgenome (13841)

BSgenomeForge (327)

bsseq (1877)

BubbleTree (270)

BufferedMatrix (261)

BufferedMatrixMethods (283)

bugsigdbr (685)

BulkSignalR (251)

BUMHMM (263)

bumphunter (2955)

BumpyMatrix (770)

BUS (321)

BUScorrect (253)

BUSpaRse (430)

BUSseq (257)

C

CaDrA (161)

CAEN (193)

CAFE (391)

CAGEfightR (421)

cageminer (225)

CAGEr (541)

CALIB (150)

CalibraCurve (73)

calm (171)

CAMERA (856)

CAMTHC (36)

CaMutQC (161)

canceR (318)

cancerclass (581)

CancerInSilico (96)

CancerMutationAnalysis (131)

CancerSubtypes (186)

CAnD (114)

caOmicsV (167)

cardelino (235)

Cardinal (588)

CardinalIO (299)

CARDspa (203)

carnation (12)

CARNIVAL (353)

casper (370)

CATALYST (737)

Category (1659)

categoryCompare (390)

CatsCradle (160)

CausalR (273)

cbaf (255)

CBEA (70)

cBioPortalData (710)

CBN2Path (68)

CBNplot (238)

cbpManager (225)

CCAFE (167)

ccfindR (239)

ccImpute (207)

ccmap (198)

CCPlotR (213)

CCPROMISE (250)

ccrepe (327)

CDI (185)

celaref (285)

celda (1178)

CellaRepertorium (89)

CellBarcode (243)

cellbaseR (305)

CellBench (329)

cellGrowth (114)

cellHTS (176)

cellHTS2 (331)

CelliD (383)

cellity (294)

CellMapper (253)

CellMentor (30)

cellmig (91)

cellmigRation (201)

CellMixS (391)

CellNOptR (435)

cellscape (192)

CellScore (148)

CellTrails (284)

cellTree (199)

cellxgenedp (225)

CEMiTool (373)

censcyt (202)

Cepo (346)

ceRNAnetsim (188)

CeTF (288)

CexoR (361)

CFAssay (210)

cfdnakit (217)

cfDNAPro (274)

cfTools (158)

CGEN (254)

CGHbase (723)

CGHcall (690)

cghMCR (407)

CGHnormaliter (319)

CGHregions (328)

ChAMP (993)

CHARGE (32)

charm (146)

ChemmineOB (570)

ChemmineR (1169)

CHETAH (275)

chevreulPlot (152)

chevreulProcess (159)

chevreulShiny (131)

ChIC (69)

Chicago (327)

chihaya (238)

chimera (166)

chimeraviz (370)

ChIPanalyser (306)

ChIPComp (283)

chipenrich (389)

ChIPexoQual (298)

ChIPpeakAnno (1351)

ChIPQC (559)

ChIPseeker (2896)

chipseq (941)

ChIPseqR (414)

ChIPSeqSpike (53)

ChIPsim (367)

ChIPXpress (286)

chopsticks (290)

chroGPS (152)

Chromatograms (89)

chromDraw (255)

ChromHeatMap (332)

ChromoViz (48)

chromPlot (339)

ChromSCape (243)

chromstaR (269)

chromswitch (111)

chromVAR (1520)

CHRONOS (276)

cicero (544)

cigarillo (7949)

CIMICE (198)

CINdex (241)

circRNAprofiler (314)

CircSeqAlignTk (185)

cisPath (161)

CiteFuse (263)

ClassifyR (546)

cleanUpdTSeq (398)

CleanUpRNAseq (175)

cleaver (494)

clevRvis (172)

clippda (308)

clipper (452)

cliProfiler (195)

cliqueMS (263)

Clomial (248)

Clonality (150)

ClonalSim (1)

clonotypeR (102)

clst (301)

clstutils (288)

CluMSID (248)

ClustAll (162)

clustComp (253)

clusterExperiment (582)

ClusterFoldSimilarity (161)

ClusterGVis (41)

ClusterJudge (237)

clusterProfiler (25826)

clusterSeq (248)

ClusterSignificance (249)

clusterStab (324)

clustifyr (379)

ClustIRR (167)

clustSIGNAL (157)

CMA (409)

cmapR (695)

cn.farms (357)

cn.mops (555)

CNAnorm (281)

CNEr (2235)

CNORdt (259)

CNORfeeder (326)

CNORfuzzy (318)

CNORode (304)

CNPBayes (97)

CNTools (375)

CNVfilteR (228)

CNVgears (70)

cnvGSA (273)

CNViz (166)

CNVMetrics (202)

CNVPanelizer (306)

CNVRanger (287)

CNVrd2 (327)

CNVtools (83)

cobindR (124)

CoCiteStats (278)

COCOA (322)

codelink (468)

CODEX (405)

coexnet (92)

CoGAPS (475)

cogena (367)

cogeqc (235)

Cogito (210)

coGPS (280)

COHCAP (147)

cola (474)

comapr (166)

combi (217)

coMET (245)

coMethDMR (213)

compartmap (120)

COMPASS (364)

compcodeR (453)

CompensAID (26)

compEpiTools (324)

CompGO (111)

ComplexHeatmap (21260)

CompoundDb (547)

ComPrAn (170)

compSPOT (146)

conclus (48)

concordexR (191)

condcomp (10)

condiments (294)

CONFESS (319)

consensus (219)

ConsensusClusterPlus (3307)

consensusDE (251)

consensusOV (292)

consensusSeekeR (295)

consICA (205)

CONSTANd (202)

contiBAIT (213)

conumee (439)

convert (433)

copa (336)

COPDSexualDimorphism (18)

copynumber (323)

CopyNumber450k (54)

CopyNumberPlots (262)

CopywriteR (188)

Coralysis (133)

coRdon (445)

CoRegFlux (28)

CoRegNet (177)

CoreGx (583)

Cormotif (313)

CorMut (78)

coRNAi (95)

corral (255)

CORREP (146)

coseq (368)

CoSIA (174)

cosmiq (293)

cosmo (87)

cosmoGUI (37)

cosmosR (285)

COSNet (248)

COTAN (241)

CountClust (97)

countsimQC (429)

covEB (248)

CoverageView (336)

covRNA (250)

CPSM (144)

cpvSNP (314)

cqn (549)

CrcBiomeScreen (4)

CRImage (401)

CRISPRball (130)

crisprBase (289)

crisprBowtie (268)

crisprBwa (166)

crisprDesign (286)

crisprScore (299)

CRISPRseek (427)

crisprseekplus (110)

crisprShiny (134)

CrispRVariants (390)

crisprVerse (202)

crisprViz (282)

crlmm (608)

CrossICC (19)

crossmeta (200)

crumblr (152)

crupR (154)

CSAR (372)

csaw (794)

csdR (175)

CSOA (77)

CSSP (98)

CSSQ (230)

ctc (518)

CTdata (184)

CTDquerier (395)

CTexploreR (168)

ctgGEM (41)

cTRAP (279)

ctsGE (262)

CTSV (177)

cummeRbund (484)

CuratedAtlasQueryR (191)

customCMPdb (218)

customProDB (316)

CVE (53)

cyanoFilter (206)

cycle (339)

cydar (344)

cypress (176)

CytoDx (216)

cytofast (39)

cytofkit (80)

CyTOFpower (157)

cytofQC (147)

CytoGLMM (203)

cytoKernel (200)

cytolib (2995)

cytomapper (559)

CytoMDS (163)

cytoMEM (217)

CytoML (855)

CytoPipeline (203)

CytoPipelineGUI (159)

CytoTree (56)

cytoviewer (215)

D

dada2 (3203)

dagLogo (411)

daMA (342)

DAMEfinder (296)

damidBind (34)

DaMiRseq (345)

Damsel (167)

dandelionR (147)

DAPAR (380)

dar (171)

DART (328)

DASC (4)

DASiR (58)

dasper (65)

DAVIDQuery (56)

DBChIP (144)

dcanr (393)

DCATS (176)

dce (153)

dcGSA (216)

DChIPRep (129)

ddCt (379)

ddgraph (83)

ddPCRclust (256)

dearseq (300)

debCAM (193)

debrowser (378)

decemedip (29)

DECIPHER (3662)

deco (94)

DEComplexDisease (99)

decompTumor2Sig (250)

DeconRNASeq (443)

decontam (2059)

decontX (538)

DeconvoBuddies (157)

deconvR (237)

decoupleR (2327)

DEDS (188)

DeeDeeExperiment (84)

DeepBlueR (143)

DeepPINCS (199)

deepSNV (498)

DeepTarget (153)

DEFormats (513)

DegCre (184)

DegNorm (244)

DEGraph (254)

DEGreport (817)

DEGseq (483)

DelayedArray (50767)

DelayedDataFrame (259)

DelayedMatrixStats (17499)

DelayedRandomArray (198)

DelayedTensor (202)

DELocal (159)

deltaCaptureC (195)

deltaGseg (247)

DeMAND (200)

DeMixT (280)

demuxmix (241)

demuxSNP (192)

DenoIST (22)

densvis (786)

DEP (987)

DepecheR (257)

DepInfeR (185)

DeProViR (24)

DEqMS (517)

derfinder (869)

derfinderHelper (744)

derfinderPlot (401)

DEScan2 (301)

DESeq (451)

DESeq2 (29333)

DEsingle (402)

DESpace (241)

destiny (1240)

DEsubs (322)

DEWSeq (271)

DExMA (234)

DEXSeq (2058)

dexus (122)

DFP (316)

DFplyr (151)

DIAlignR (93)

DiffBind (1594)

diffcoexp (263)

diffcyt (592)

DifferentialRegulation (201)

diffGeneAnalysis (252)

diffHic (428)

DiffLogo (281)

diffloop (227)

diffuStats (272)

diffUTR (236)

diggit (249)

Dino (218)

dinoR (168)

dir.expiry (6539)

Director (103)

DirichletMultinomial (5069)

discordant (286)

DiscoRhythm (276)

distinct (315)

dittoSeq (1487)

divergence (204)

dks (228)

DMCFB (236)

DMCHMM (242)

dmGsea (124)

DMRcaller (378)

DMRcate (1288)

DMRforPairs (155)

DMRScan (303)

dmrseq (474)

DNABarcodeCompatibility (178)

DNABarcodes (330)

DNAcopy (4385)

DNAcycP2 (150)

DNAfusion (210)

DNaseR (25)

DNAshapeR (428)

DNEA (111)

domainsignatures (84)

dominatR (41)

DominoEffect (226)

dominoSignal (170)

doppelgangR (299)

DOQTL (123)

Doscheda (262)

DOSE (25387)

doseR (276)

DOtools (57)

DOTSeq (30)

doubletrouble (242)

dpeak (69)

drawProteins (320)

dreamlet (334)

DRIMSeq (625)

DriverNet (258)

DropletUtils (2931)

drugfindR (27)

drugTargetInteractions (210)

DrugVsDisease (306)

dSimer (73)

DspikeIn (81)

DSS (1029)

dStruct (189)

DTA (251)

dualKS (167)

Dune (206)

DupChecker (61)

DuplexDiscovereR (149)

dupRadar (330)

dyebias (365)

DynDoc (1863)

E

easier (312)

EasyCellType (220)

easylift (172)

EasyqpcR (116)

easyreporting (230)

easyRNASeq (420)

EBarrays (577)

EBcoexpress (306)

EBImage (3335)

EBSEA (228)

EBSeq (695)

EBSeqHMM (145)

ecolitk (401)

EDASeq (1943)

edd (80)

EDDA (108)

edge (340)

edgeR (27757)

EDIRquery (172)

eds (352)

eegc (135)

EGAD (337)

EGSEA (454)

eiR (297)

eisa (228)

eisaR (332)

ELBOW (114)

ELMER (490)

ELViS (156)

EMDomics (331)

EmpiricalBrownsMethod (281)

ENCODExplorer (90)

EnhancedVolcano (7174)

enhancerHomologSearch (222)

EnMCB (217)

ENmix (565)

EnrichDO (165)

EnrichedHeatmap (1258)

EnrichmentBrowser (755)

enrichplot (26643)

enrichTF (100)

enrichViewNet (191)

ensembldb (10519)

ensemblVEP (203)

ENVISIONQuery (75)

epialleleR (248)

EpiCompare (222)

epidecodeR (206)

EpiDISH (1039)

epigenomix (310)

epigraHMM (289)

epihet (55)

EpiMix (224)

epimutacions (239)

epiNEM (302)

EpipwR (146)

epiregulon (169)

epiregulon.extra (172)

epiRomics (2)

epiSeeker (13)

epistack (233)

epistasisGA (179)

EpiTxDb (283)

epivizr (434)

epivizrChart (287)

epivizrData (317)

epivizrServer (272)

epivizrStandalone (310)

erccdashboard (306)

erma (271)

ERSSA (249)

esATAC (267)

escape (609)

escheR (288)

esetVis (301)

eudysbiome (327)

evaluomeR (258)

EventPointer (333)

EWCE (368)

ExCluster (207)

ExiMiR (356)

exomeCopy (416)

exomePeak (168)

exomePeak2 (154)

exonmap (52)

ExperimentHub (9622)

ExperimentHubData (608)

ExperimentSubset (230)

explorase (81)

ExploreModelMatrix (390)

ExpoRiskR (8)

ExpressionAtlas (313)

ExpressionView (138)

exprExternal (20)

externalVector (30)

extraChIPs (266)

F

fabia (399)

facopy (145)

factDesign (354)

factR (158)

faers (235)

FamAgg (297)

famat (248)

farms (204)

fastLiquidAssociation (265)

FastqCleaner (284)

fastRanges (4)

fastreeR (205)

fastseg (1235)

fbat (53)

FCBF (116)

fCCAC (309)

fCI (259)

fcoex (107)

fcScan (284)

fdrame (279)

FEAST (362)

FeatSeekR (161)

fedup (209)

FELLA (371)

FEM (104)

fenr (182)

ffpe (337)

fgga (207)

FGNet (342)

fgsea (28571)

FilterFFPE (240)

findIPs (154)

FindIT2 (253)

FindMyFriends (100)

FinfoMDS (70)

FISHalyseR (225)

fishpond (708)

FitHiC (228)

flagme (280)

FLAMES (248)

flipflop (89)

flowAI (712)

flowBeads (320)

flowBin (274)

flowcatchR (340)

flowCHIC (278)

flowCL (105)

flowClean (405)

flowClust (1351)

flowCore (3367)

flowCut (296)

flowCyBar (208)

flowDensity (527)

flowFit (95)

flowFlowJo (68)

flowFP (489)

flowGate (220)

flowGraph (198)

flowMap (199)

flowMatch (325)

flowMeans (478)

flowMerge (351)

flowPeaks (371)

flowPhyto (62)

flowPloidy (236)

flowPlots (227)

flowQ (143)

flowQB (106)

FlowRepositoryR (94)

FlowSOM (1370)

flowSpecs (265)

flowSpy (36)

flowStats (1024)

flowTime (287)

flowTrans (337)

flowType (154)

flowUtils (234)

flowViz (1532)

flowVS (355)

flowWorkspace (1806)

fmcsR (519)

fmrs (204)

fobitools (221)

focalCall (77)

FoldGO (149)

FourCSeq (153)

fourSynergy (14)

fRagmentomics (16)

fraq (11)

FRASER (347)

frenchFISH (154)

FRGEpistasis (203)

frma (446)

frmaTools (355)

FScanR (43)

FunChIP (153)

FunciSNP (157)

funOmics (142)

funtooNorm (272)

FuseSOM (214)

G

G4SNVHunter (168)

GA4GHclient (250)

GA4GHshiny (239)

gaga (388)

gage (1173)

gaggle (198)

gaia (122)

GAPGOM (60)

GAprediction (196)

garfield (195)

GARS (236)

GateFinder (220)

gatom (219)

gaucho (66)

GBScleanR (189)

gcapc (352)

gcatest (235)

gCMAP (134)

gCMAPWeb (136)

GCPtools (218)

gCrisprTools (330)

gcrma (1559)

GCSConnection (30)

GCSFilesystem (25)

GCSscore (92)

GDCRNATools (413)

gDNAx (185)

gDR (151)

gDRcore (179)

gDRimport (185)

gDRstyle (176)

gDRutils (172)

GDSArray (258)

gdsfmt (2734)

GeDi (185)

geecc (86)

GEM (222)

gemini (195)

gemma.R (242)

genArise (303)

genbankr (271)

GENE.E (43)

gene2pathway (28)

GeneAccord (71)

GeneAnswers (195)

geneAttribution (281)

GeneBreak (298)

geneClassifiers (244)

GeneExpressionSignature (341)

genefilter (13857)

genefu (745)

GeneGA (204)

GeneGeneInteR (165)

GeneGroupAnalysis (20)

GeneMeta (502)

GeneNetworkBuilder (366)

GeneOverlap (1076)

geneplast (318)

geneplotter (4122)

GeneR (63)

geneRecommender (292)

GeneRegionScan (372)

GeneRfold (18)

geneRxCluster (268)

GeneSelectMMD (334)

GeneSelector (119)

GENESIS (701)

GeneSpring (53)

GeneStructureTools (294)

geNetClassifier (358)

GeneticsBase (48)

GeneticsDesign (83)

GeneticsPed (290)

GeneTonic (350)

GeneTraffic (43)

GeneTS (40)

geneXtendeR (304)

GENIE3 (1793)

genoCN (157)

GenoGAM (119)

genomation (1100)

GenomAutomorphism (209)

GenomeBase (14)

GenomeGraphs (148)

GenomeInfoDb (51057)

genomeIntervals (403)

genomes (280)

GenomicAlignments (25110)

GenomicCoordinates (9)

GenomicDataCommons (1210)

GenomicDistributions (282)

GenomicFeatures (18777)

GenomicFiles (1228)

genomicInstability (208)

GenomicInteractionNodes (187)

GenomicInteractions (669)

GenomicOZone (220)

GenomicPlot (222)

GenomicRanges (52397)

GenomicScores (912)

GenomicSuperSignature (256)

GenomicTuples (294)

Genominator (142)

genoset (155)

genotypeeval (117)

GenoView (29)

genphen (131)

GenProSeq (174)

GenRank (43)

GenVisR (498)

GeoDiff (209)

GEOexplorer (155)

GEOfastq (189)

GEOmetadb (518)

geomeTriD (181)

GeomxTools (592)

GEOquery (13098)

GEOsearch (44)

GEOsubmission (289)

GeoTcgaData (231)

gep2pep (221)

gespeR (184)

getDEE2 (210)

geva (204)

GEWIST (218)

geyser (148)

gff3Plotter (20)

gg4way (184)

GGBase (209)

ggbio (2979)

ggcyto (1349)

ggkegg (555)

ggmanh (255)

ggmsa (806)

GGPA (204)

ggsc (225)

ggseqalign (126)

ggspavis (491)

GGtools (280)

ggtree (31029)

ggtreeDendro (181)

ggtreeExtra (2040)

ggtreeSpace (146)

GIGSEA (220)

ginmappeR (139)

gINTomics (137)

girafe (370)

GISPA (141)

GLAD (533)

GladiaTOX (224)

Glimma (1161)

glmGamPoi (6526)

glmSparseNet (306)

GlobalAncova (1379)

globalSeq (240)

globaltest (2150)

GloScope (175)

glycoTraitR (21)

gmapR (337)

GmicR (224)

gmoviz (262)

GMRP (290)

GNET2 (214)

GNOSIS (172)

GOaGO (2)

goatea (37)

goCluster (17)

GOexpress (412)

GOfan (16)

GOfuncR (414)

GOFunction (151)

GoogleGenomics (71)

GOpro (324)

goProfiles (457)

GOSemSim (23871)

goseq (1741)

GOSim (204)

goSorensen (185)

goSTAG (324)

GOstats (1686)

GOsummaries (164)

GOTHiC (479)

goTools (338)

GPA (183)

gpart (113)

gpls (475)

gprege (115)

gpuMagic (172)

gQTLBase (107)

gQTLstats (130)

GrafGen (162)

gramm4R (23)

GRaNIE (254)

granulator (185)

graper (215)

graph (23321)

GraphAlignment (245)

GraphAT (372)

GraphExperiment (2)

graphite (5247)

GraphPAC (180)

GRENITS (248)

GreyListChIP (1390)

GRmetrics (305)

groHMM (366)

GRridge (128)

GSABenchmark (8)

GSALightning (213)

GSAR (352)

GSCA (285)

gscreend (221)

GSEABase (11381)

GSEABenchmarkeR (299)

GSEAlm (409)

GSEAmining (236)

gsean (258)

GSgalgoR (223)

GSReg (279)

GSRI (326)

GSVA (9981)

gtrellis (392)

GUIDEseq (399)

Guitar (406)

gVenn (93)

Gviz (3738)

GWAS.BAYES (222)

gwascat (873)

GWASTools (927)

gwasurvivr (248)

GWENA (258)

gypsum (4427)

H

h5mread (11784)

h5vc (486)

hammers (8)

hapFabia (312)

Harman (415)

HarmonizR (204)

Harshlight (280)

hca (146)

HCABrowser (43)

HCAExplorer (21)

HCAMatrixBrowser (12)

HCsnip (95)

HDF5Array (17320)

HDTD (207)

hdxmsqc (161)

heatmaps (488)

Heatplus (554)

HelloRanges (442)

HELP (328)

HEM (331)

hermes (307)

HERON (179)

Herper (208)

hexbin (100)

HGC (191)

hiAnnotator (290)

HIBAG (368)

HicAggR (166)

HiCaptuRe (83)

HiCBricks (339)

HiCcompare (541)

HiCDCPlus (247)

HiCDOC (229)

HiCExperiment (270)

HiContacts (271)

HiCool (122)

HiCParser (129)

HiCPotts (84)

hicrep (34)

hicVennDiagram (177)

hierGWAS (265)

hierinf (178)

HilbertCurve (362)

HilbertVis (416)

HilbertVisGUI (157)

HiLDA (264)

hipathia (291)

HIPPO (199)

hiReadsProcessor (238)

HIREewas (250)

HiSpaR (10)

HistoImagePlot (5)

HiTC (468)

hmdbQuery (250)

HMMcopy (581)

HoloFoodR (154)

hoodscanR (229)

hopach (700)

HPAanalyze (372)

hpar (652)

HPAStainR (36)

HPiP (188)

HTqPCR (457)

HTSanalyzeR (146)

HTSeqGenie (85)

htSeqTools (148)

HTSFilter (544)

HuBMAPR (144)

HubPub (591)

HumanTranscriptomeCompendium (110)

hummingbird (204)

HVP (100)

HybridExpress (165)

HybridMTest (301)

hypeR (252)

hyperdraw (356)

hypergraph (412)

I

iASeq (212)

iasva (261)

iBBiG (292)

Ibex (60)

ibh (274)

iBMQ (202)

iCARE (248)

Icens (643)

icetea (257)

iCheck (278)

iChip (323)

iClusterPlus (558)

iCNV (212)

iCOBRA (576)

ideal (385)

IdeoViz (318)

idiogram (405)

IdMappingAnalysis (110)

IdMappingRetrieval (86)

idpr (235)

idr2d (284)

IFAA (175)

iFlow (32)

igblastr (146)

iGC (254)

IgGeneUsage (222)

igvR (309)

igvShiny (223)

IHW (1245)

illuminaio (3258)

ILoReg (241)

ImageArray (5)

imageFeatureTCGA (4)

imageHTS (199)

imageTCGA (132)

imageTCGAutils (6)

IMAS (208)

imcRtools (381)

Imetagene (91)

IMMAN (215)

immApex (393)

immLynx (1)

immReferent (43)

ImmuneSpaceR (151)

immunoClust (273)

immunogenViewer (119)

immunotation (227)

iModMix (73)

IMPCdata (199)

ImpulseDE (32)

ImpulseDE2 (57)

impute (12750)

INDEED (183)

iNETgrate (157)

infercnv (1928)

infinityFlow (214)

Informeasure (172)

InPAS (395)

INPower (277)

inSilicoDb (101)

inSilicoMerging (54)

INSPEcT (405)

INTACT (169)

InTAD (262)

intansv (341)

interacCircos (166)

InteractionSet (1980)

InteractiveComplexHeatmap (670)

interactiveDisplay (482)

interactiveDisplayBase (2968)

InterCellar (252)

IntEREst (305)

InterMineR (171)

IntOMICS (33)

IntramiRExploreR (242)

inveRsion (90)

IONiseR (447)

iontree (61)

iPAC (210)

iPath (166)

ipdDb (229)

IPO (326)

IPPD (109)

IRanges (63347)

IRISFGM (59)

IrisSpatialFeatures (16)

ISAnalytics (224)

iscream (75)

iSEE (712)

iSEEde (201)

iSEEfier (166)

iSEEhex (218)

iSEEhub (213)

iSEEindex (182)

iSEEpathways (190)

iSEEtree (158)

iSEEu (313)

iSeq (250)

ISLET (195)

islify (142)

iSNetwork (25)

isobar (412)

IsoBayes (175)

IsoCorrectoR (246)

IsoCorrectoRGUI (181)

IsoformSwitchAnalyzeR (651)

IsoGeneGUI (197)

ISoLDE (204)

isomiRs (320)

iSPlot (28)

ITALICS (336)

iterativeBMA (286)

iterativeBMAsurv (227)

iterClust (84)

iteremoval (64)

IVAS (304)

ivygapSE (248)

IWTomics (295)

J

jazzPanda (158)

jmosaics (56)

joda (113)

JunctionSeq (90)

jvecfor (5)

K

karyoploteR (1314)

katdetectr (211)

KBoost (161)

KCsmart (353)

kebabs (412)

KEGGgraph (6536)

KEGGlincs (290)

keggorth (26)

keggorthology (441)

KEGGprofile (118)

KEGGREST (42757)

KEGGSOAP (64)

kimod (49)

KinSwingR (231)

kissDE (244)

kmcut (139)

KnowSeq (276)

knowYourCG (170)

koinar (160)

L

LACE (279)

LACHESIS (42)

lapmix (188)

LBE (406)

lcmsPlot (20)

ldblock (310)

LEA (932)

leapR (17)

LedPred (213)

lefser (701)

lemur (202)

les (329)

levi (200)

lfa (392)

Lheuristic (122)

limma (40206)

limmaGUI (359)

limpa (210)

limpca (155)

LimROTS (153)

LINC (62)

LineagePulse (86)

lineagespot (195)

LinkHD (232)

linkSet (78)

Linnorm (438)

LinTInd (212)

lionessR (261)

lipidr (335)

LipidTrend (102)

LiquidAssociation (279)

lisaClust (316)

lmdme (288)

LMGene (185)

lncRna (2)

LOBSTAHS (245)

loci2path (227)

logicFS (345)

logitT (155)

Logolas (57)

lol (69)

LOLA (493)

looking4clusters (72)

LoomExperiment (712)

LowMACA (131)

LPE (353)

LPEadj (154)

lpNet (250)

lpsymphony (1413)

LRBaseDbi (221)

LRcell (211)

LRDE (4)

lumi (1504)

lute (100)

LVSmiRNA (123)

LymphoSeq (296)

M

M3C (714)

M3D (113)

M3Drop (620)

m6Aboost (194)

maanova (224)

Maaslin2 (1133)

maaslin3 (402)

Macarron (138)

macat (253)

maCorrPlot (307)

MACPET (95)

MACSQuantifyR (186)

MACSr (232)

maDB (92)

made4 (592)

MADSEQ (211)

maftools (3045)

MAGAR (217)

MAGeCKFlute (282)

magpie (222)

magrene (182)

MAI (217)

maigesPack (262)

MAIT (282)

makecdfenv (508)

makePlatformDesign (23)

MANOR (336)

manta (153)

MantelCorr (267)

MAPFX (161)

mAPKL (143)

maPredictDSC (263)

mapscape (212)

mariner (196)

markeR (74)

marr (236)

marray (2318)

martini (260)

maser (329)

maSigPro (660)

maskBAD (310)

MassArray (232)

massiR (335)

MassSpecWavelet (2208)

MAST (2721)

mastR (227)

matchBox (238)

matchprobes (52)

MatrixGenerics (48468)

MatrixQCvis (224)

MatrixRider (298)

matter (507)

MaxContrastProjection (49)

MBAmethyl (203)

MBASED (357)

MBCB (262)

MBECS (207)

mbkmeans (753)

mbOmic (27)

mBPCR (335)

MBQN (249)

mbQTL (134)

MBttest (280)

mcaGUI (110)

MCbiclust (305)

MCRestimate (117)

mCSEA (314)

mdgsa (121)

mdp (280)

mdqc (335)

MDSvis (9)

MDTS (226)

MEAL (360)

MeasurementError.cor (243)

MEAT (271)

MEB (247)

MEDIPS (461)

MEDME (326)

megadepth (272)

MEIGOR (291)

Melissa (180)

MeLSI (6)

memes (384)

MergeMaid (190)

Mergeomics (272)

MeSHDbi (444)

meshes (376)

meshr (386)

MeSHSim (29)

MesKit (305)

messina (314)

metaArray (155)

Metab (138)

metabCombiner (257)

metabinR (184)

MetaboAnnotation (349)

MetaboAnnotatoR (5)

MetaboCoreUtils (3219)

MetaboDynamics (159)

metabolomicsWorkbenchR (272)

metabom8 (2)

metabomxtr (262)

MetaboSignal (357)

metaCCA (216)

MetaCyto (247)

MetaDICT (76)

metagene (246)

metagene2 (319)

metagenomeFeatures (86)

metagenomeSeq (2173)

metahdep (273)

metaMS (361)

MetaNeighbor (304)

MetaPhOR (202)

metapod (6616)

metapone (209)

MetaProViz (14)

metaSeq (305)

metaseqR (157)

metaseqR2 (291)

metavizr (114)

MetaVolcanoR (104)

metaX (26)

MetCirc (280)

MethCP (78)

methimpute (279)

methInheritSim (245)

methodical (156)

MethPed (288)

MethReg (263)

methrix (359)

MethTargetedNGS (235)

methVisual (133)

methyAnalysis (159)

MethylAid (349)

methylCC (282)

methylclock (397)

methylGSA (335)

methyLImp2 (167)

methylInheritance (281)

methylKit (1148)

MethylMix (352)

methylMnM (320)

methylPipe (376)

methylscaper (220)

MethylSeekR (471)

methylSig (308)

methylumi (1824)

methyvim (52)

MetID (227)

MetMashR (125)

MetNet (306)

mfa (271)

Mfuzz (1617)

MGFM (294)

MGFR (252)

MGnifyR (173)

mgsa (330)

mia (1899)

miaDash (145)

miaSim (224)

miaTime (100)

miaViz (507)

MiChip (299)

microbiome (2520)

microbiomeDASim (183)

microbiomeExplorer (213)

microbiomeMarker (451)

MicrobiomeProfiler (235)

MicrobiotaProcess (640)

microRNA (805)

microSTASIS (110)

MICSQTL (176)

midasHLA (193)

MIGSA (133)

miloR (1098)

mimager (268)

MIMOSA (158)

mina (173)

MineICA (420)

minet (985)

minfi (2771)

MinimumDistance (374)

MiPP (336)

miQC (337)

MIRA (299)

MiRaGE (413)

miRBaseConverter (414)

miRcomp (292)

mirIntegrator (290)

MIRit (187)

miRLAB (313)

miRmine (162)

miRNAmeConverter (224)

miRNApath (245)

miRNAtap (353)

miRSM (271)

miRsponge (28)

miRspongeR (259)

Mirsynergy (74)

mirTarRnaSeq (235)

missMethyl (1340)

missRows (226)

mist (128)

mistyR (309)

mitch (299)

mitoClone2 (205)

mitology (177)

mitoODE (72)

mixOmics (4431)

MLInterfaces (818)

mlm4omics (16)

MLP (473)

MLSeq (377)

MMAPPR2 (53)

MMDiff (97)

MMDiff2 (326)

mmgmos (22)

mmnet (64)

MmPalateMiRNA (134)

MMUPHin (319)

mnem (298)

moanin (216)

mobileRNA (170)

MobilityTransformR (45)

MODA (237)

ModCon (173)

Modstrings (313)

MOFA (37)

MOFA2 (1258)

MOGAMUN (210)

mogsa (458)

MoleculeExperiment (195)

MOMA (242)

monaLisa (357)

monocle (3926)

Moonlight2R (189)

MoonlightR (305)

MoPS (80)

mosaics (472)

mosbi (220)

MOSClip (156)

mosdef (387)

MOSim (260)

Motif2Site (205)

motifbreakR (479)

motifcounter (241)

MotifDb (1090)

motifmatchr (1816)

MotifPeeker (145)

motifRG (135)

motifStack (1138)

motifTestR (188)

MotIV (164)

MouseFM (192)

MPAC (137)

MPFE (200)

mpra (318)

MPRAnalyze (251)

MQmetrics (57)

mQTL.NMR (89)

msa (2589)

MSA2dist (228)

MsBackendMassbank (231)

MsBackendMetaboLights (180)

MsBackendMgf (780)

MsBackendMsp (414)

MsBackendRawFileReader (246)

MsBackendSql (224)

MsCoreUtils (4328)

MsDataHub (279)

MSEADbi (12)

MsExperiment (1610)

MsFeatures (1857)

msgbsR (279)

MSGFgui (127)

MSGFplus (99)

msImpute (243)

mslp (138)

msmsEDA (435)

msmsTests (462)

MSnbase (4224)

MSnID (534)

mspms (186)

MSPrep (187)

msPurity (345)

msqrob2 (339)

MsQuality (191)

MSstats (919)

MSstatsBig (182)

MSstatsBioNet (163)

MSstatsConvert (766)

MSstatsLiP (276)

MSstatsLOBD (167)

MSstatsPTM (408)

MSstatsQC (263)

MSstatsQCgui (183)

MSstatsResponse (81)

MSstatsSampleSize (78)

MSstatsShiny (241)

MSstatsTMT (523)

MSstatsTMTPTM (19)

MTseeker (29)

MuData (227)

Mulcom (320)

MultiAssayExperiment (7796)

MultiBaC (233)

multiClust (303)

multicrispr (240)

MultiDataSet (1969)

multiGSEA (318)

multiHiCcompare (349)

MultiMed (267)

multiMiR (817)

MultimodalExperiment (191)

multiOmicsViz (123)

MultiRNAflow (183)

multiscan (299)

multiSight (57)

multistateQTL (151)

multiWGCNA (198)

multtest (13022)

mumosa (244)

MungeSumstats (811)

muscat (969)

muscle (593)

musicatk (262)

MutationalPatterns (613)

mutscan (83)

MutSeqR (32)

MVCClass (319)

mvGST (68)

MWASTools (342)

mygene (603)

myvariant (358)

mzID (3868)

mzR (4414)

N

NADfinder (302)

NanoMethViz (279)

NanoStringDiff (278)

NanoStringNCTools (607)

NanoStringQCPro (139)

nanotatoR (81)

NanoTube (261)

NarrowPeaks (116)

NBAMSeq (223)

NBSplice (81)

ncdfFlow (1672)

ncGTW (207)

NCIgraph (222)

ncRNAtools (219)

ndexr (230)

neaGUI (60)

nearBynding (245)

Nebulosa (1527)

NeighborNet (74)

nem (260)

nempi (215)

NetActivity (187)

netbenchmark (60)

netbiov (155)

netboost (213)

netboxr (57)

netDx (84)

nethet (279)

netOmics (81)

NetPathMiner (285)

netprioR (208)

netReg (42)

netresponse (319)

NetSAM (292)

netSmooth (284)

networkBMA (124)

netZooR (128)

NeuCA (91)

NewWave (241)

NGScopy (78)

ngsReports (283)

nipalsMCIA (192)

nnNorm (334)

nnSVG (255)

NOISeq (796)

nondetects (298)

NoRCE (250)

normalize450K (248)

NormalyzerDE (427)

NormqPCR (387)

normr (360)

notame (94)

notameStats (69)

notameViz (85)

NPARC (241)

npGSEA (331)

NTW (233)

nucleoSim (268)

nucleR (425)

nuCpos (222)

nudge (114)

nullranges (358)

NuPoP (314)

NxtIRFcore (73)

O

OAtools (9)

occugene (239)

OCplus (334)

octad (227)

ODER (50)

odseq (242)

OGRE (202)

OGSA (80)

oligo (3340)

oligoClasses (2385)

OLIN (409)

OLINgui (343)

omada (143)

OmaDB (343)

omicade4 (425)

OmicCircos (395)

omicplotR (217)

omicRexposome (273)

omicsGMF (71)

OmicsLonDA (83)

OmicsMarkeR (82)

OmicsMLRepoR (102)

OMICsPCA (301)

omicsPrint (285)

omicsViewer (230)

Omixer (212)

OmnipathR (1507)

ompBAM (223)

omXplore (195)

Onassis (74)

oncomix (236)

oncoscanR (196)

OncoScore (256)

OncoSimulR (314)

oneChannelGUI (148)

oneSENSE (83)

onlineFDR (177)

ontoCAT (85)

ontoProc (402)

ontoTools (82)

openCyto (1182)

openPrimeR (304)

openPrimeRui (96)

OpenStats (165)

OperaMate (39)

oposSOM (349)

oppar (294)

oppti (102)

optimalFlow (201)

OPWeight (251)

OrderedList (334)

ORFhunteR (222)

ORFik (497)

Organism.dplyr (431)

OrganismDbi (3387)

orthogene (809)

orthos (178)

OSAT (295)

Oscope (343)

OSTA.data (214)

OTUbase (364)

OutlierD (147)

OUTRIDER (448)

OutSplice (190)

OVESEG (230)

P

PAA (340)

packFinder (251)

padma (244)

PADOG (477)

pageRank (205)

PAIRADISE (264)

paircompviz (264)

pairedGSEA (177)

pairkat (202)

pairseqsim (12)

pamr (84)

pandaR (333)

panelcn.mops (319)

PAnnBuilder (93)

PanomiR (208)

panp (431)

PANR (296)

PanViz (97)

PanVizGenerator (92)

PAPi (125)

parati (5)

pareg (51)

parglms (296)

parody (348)

partCNV (163)

PAST (271)

Path2PPI (279)

pathifier (282)

pathlinkR (184)

pathMED (100)

PathNet (279)

PathoStat (280)

pathprint (51)

pathRender (346)

pathVar (147)

pathview (5519)

pathwayPCA (285)

PathwaySplice (95)

PatientGeneSets (25)

paxtoolsr (182)

Pbase (113)

pbcmc (56)

pcaExplorer (532)

pcaGoPromoter (93)

pcaMethods (6320)

PCAN (311)

PCAtools (1370)

pcot2 (205)

PCpheno (222)

pcxn (82)

PDATK (233)

pdInfoBuilder (467)

pdmclass (171)

PeacoQC (479)

peakCombiner (74)

peakPantheR (230)

PECA (328)

peco (236)

Pedixplorer (185)

pengls (171)

PepSetTest (145)

PepsNMR (293)

pepStat (334)

pepXMLTab (257)

PERFect (82)

periodicDNA (284)

perturbatr (47)

pfamAnalyzeR (393)

PFP (48)

PGA (174)

pgca (182)

PGSEA (279)

pgUtils (47)

pgxRpi (149)

phantasus (281)

phantasusLite (171)

PharmacoGx (613)

phemd (122)

phenoDist (92)

PhenoGeneRanker (163)

phenomis (210)

phenopath (412)

phenoTest (431)

PhenStat (239)

philr (473)

PhIPData (235)

phosphonormalizer (203)

PhosR (385)

PhyloProfile (300)

phyloseq (7237)

Pi (150)

piano (779)

PICB (149)

pickgene (272)

PICS (315)

Pigengene (292)

PING (280)

pint (79)

pipeComp (262)

pipeFrame (286)

PIPETS (153)

Pirat (133)

PIUMA (143)

pkgDepTools (204)

plaid (26)

planet (366)

planttfhunter (178)

plasmut (152)

plateCore (176)

plethy (170)

plgem (445)

plier (437)

PlinkMatrix (4)

PloGO2 (86)

plotgardener (410)

plotGrouper (213)

PLPE (297)

plrs (153)

PLSDAbatch (164)

plw (147)

plyinteractions (188)

plyranges (1460)

plyxp (208)

pmm (189)

pmp (325)

PMScanR (77)

PoDCall (182)

podkat (401)

poem (150)

pogos (244)

polyester (270)

Polyfit (88)

PolySTest (143)

Polytect (146)

POMA (327)

posDemux (11)

POST (51)

postNet (6)

PoTRA (53)

PowerExplorer (39)

powerTCR (464)

POWSC (207)

ppcseq (213)

PPInfer (302)

ppiStats (264)

pqsfinder (447)

prada (191)

pram (251)

prebs (340)

preciseTAD (305)

PrecisionTrialDrawer (54)

PREDA (394)

predictionet (111)

preprocessCore (16702)

primirTSS (255)

PrInCE (234)

Prize (42)

proActiv (320)

proBAMr (289)

proBatch (136)

PROcess (354)

procoil (392)

ProCoNA (93)

proDA (420)

proFIA (112)

profileplyr (378)

profileScoreDist (232)

progeny (1003)

projectR (275)

pRoloc (787)

pRolocGUI (362)

PROMISE (307)

PRONE (173)

PROPER (345)

PROPS (248)

Prostar (290)

prot2D (112)

proteasy (53)

proteinProfiles (203)

ProteoDisco (253)

ProteomicsAnnotationHubData (87)

ProteoMM (266)

proteoQC (90)

protGear (220)

ProtGenerics (12621)

PSEA (162)

psichomics (313)

PSICQUIC (135)

PSMatch (3162)

psygenet2r (166)

ptairMS (275)

PTMods (41)

PubScore (52)

pulsedSilac (48)

puma (428)

PureCN (487)

pvac (305)

pvca (556)

Pviz (309)

pwalign (8459)

PWMEnrich (568)

pwOmics (259)

pwrEWAS (61)

Q

qckitfastq (131)

qcmetrics (393)

QDNAseq (710)

QFeatures (3657)

qmtools (213)

qpcrNorm (304)

qpgraph (583)

qPLEXanalyzer (267)

qrqc (188)

QRscore (156)

qsea (320)

qsmooth (296)

QSutils (298)

qsvaR (201)

QTLExperiment (175)

Qtlizer (231)

QUALIFIER (139)

quantiseqr (1020)

quantro (519)

quantsmooth (839)

QuartPAC (147)

QuasR (760)

QuaternaryProd (222)

QUBIC (304)

queeems (1)

qusage (622)

qvalue (24596)

R

R3CPET (318)

r3Cseq (392)

R453Plus1Toolbox (332)

R4RNA (912)

RadioGx (256)

raer (215)

RaggedExperiment (1162)

RAIDS (152)

rain (353)

rama (183)

RamiGO (72)

ramr (223)

ramwas (342)

RandomWalkRestartMH (113)

randPack (283)

randRotation (182)

RankMap (3)

RankProd (581)

RAREsim (171)

RareVariantVis (327)

Rariant (168)

Rarr (450)

rawDiag (155)

rawrr (327)

RbcBook1 (540)

Rbec (150)

RBedMethyl (15)

RBGL (10021)

RBioFormats (417)

RBioinf (258)

rBiopaxParser (683)

rBLAST (295)

RBM (264)

Rbowtie (647)

Rbowtie2 (503)

RbowtieCuda (92)

rbsurv (305)

Rbwa (166)

Rcade (258)

RCAS (366)

RCASPAR (209)

rcellminer (350)

rCGH (499)

Rchemcpp (134)

RchyOptimyx (102)

RcisTarget (1667)

RCM (275)

Rcollectl (90)

Rcpi (383)

RCSL (197)

Rcwl (262)

RcwlPipelines (203)

RCX (204)

RCy3 (1174)

RCyjs (314)

RCytoscape (77)

RDAVIDWebService (145)

Rdbi (63)

RdbiPgSQL (25)

rDGIdb (119)

Rdisop (927)

RDRToolbox (351)

ReactomeContentService4R (73)

ReactomeGraph4R (45)

ReactomeGSA (378)

ReactomePA (5047)

readat (65)

ReadqPCR (384)

reb (203)

REBET (210)

rebook (270)

receptLoss (122)

reconsi (184)

recount (668)

recount3 (881)

recountmethylation (260)

recoup (407)

RedeR (535)

RedisParam (166)

REDseq (331)

ReducedExperiment (162)

RefNet (110)

RefPlus (284)

Rega (3)

RegEnrich (332)

regionalpcs (129)

RegionalST (165)

regioneR (2398)

regioneReloaded (198)

regionReport (447)

regsplice (257)

regutools (255)

REMP (302)

Repitools (482)

ReportingTools (946)

reposTools (22)

RepViz (197)

ReQON (195)

ResidualMatrix (4742)

RESOLVE (178)

Resourcerer (65)

restfulSE (159)

retrofit (177)

ReUseData (156)

rexposome (347)

rfaRm (228)

Rfastp (267)

RFGeneRank (2)

RFLOMICS (144)

rflowcyt (96)

rfPred (329)

rGADEM (464)

RGalaxy (132)

rGenomeTracks (181)

Rgin (48)

RGMQL (72)

RgnTX (158)

rgoslin (272)

RGraph2js (281)

Rgraphviz (10402)

rGREAT (1022)

RGSEA (302)

rgsepd (309)

rhdf5 (26154)

rhdf5client (308)

rhdf5filters (24521)

Rhdf5lib (26874)

rhinotypeR (145)

Rhisat2 (319)

Rhtslib (26290)

rHVDM (189)

RiboCrypt (241)

RiboDiPA (240)

RiboProfiling (328)

ribor (224)

riboSeqR (348)

ribosomeProfilingQC (277)

rifi (173)

rifiComparative (163)

Rigraphlib (1270)

rigvf (139)

RImmPort (216)

Ringo (400)

Rintact (38)

RIPAT (76)

RIPSeeker (152)

Risa (260)

RITAN (216)

RIVER (282)

RJMCMCNucleosomes (263)

RLassoCox (178)

RLMM (267)

RLSeq (61)

RMAGEML (25)

Rmagpie (288)

RMAPPER (47)

RMassBank (468)

rMAT (117)

rmelting (219)

RmiR (127)

Rmmquant (243)

rmspc (215)

RNAAgeCalc (287)

RNAdecay (175)

rnaEditr (220)

RNAinteract (164)

RNAither (174)

RNAmodR (265)

RNAmodR.AlkAnilineSeq (231)

RNAmodR.ML (260)

RNAmodR.RiboMethSeq (216)

RNAprobR (88)

RNAsense (219)

rnaseqcomp (296)

RNAseqCovarImpute (159)

rnaSeqMap (205)

RNASeqPower (384)

RNASeqR (64)

RnaSeqSampleSize (332)

RNAshapeQC (10)

RnBeads (634)

Rnits (292)

roar (347)

roastgsa (176)

ROC (1567)

ROCpAI (200)

RolDE (191)

Roleswitch (106)

Rolexa (90)

rols (795)

ROntoTools (465)

ropls (2015)

ROSeq (249)

ROTS (487)

RPA (366)

rprimer (219)

RProtoBufLib (2933)

RpsiXML (268)

rpx (756)

Rqc (543)

rqt (220)

rqubic (288)

rRDP (282)

Rredland (32)

RRHO (301)

rrvgo (861)

Rsamtools (28863)

rsbml (352)

rScudo (254)

rsemmed (187)

RSeqAn (216)

rSFFreader (114)

RSNPper (38)

Rsubread (2406)

RSVSim (357)

rSWeeP (230)

rTANDEM (125)

RTCA (272)

RTCGA (746)

RTCGAToolbox (796)

RTN (469)

RTNduals (249)

RTNsurvival (263)

RTools4TB (10)

RTopper (376)

Rtpca (239)

rtracklayer (23763)

Rtreemix (240)

rTRM (422)

rTRMui (291)

RUCova (172)

runibic (189)

Ruuid (59)

RUVcorr (258)

RUVnormalize (313)

RUVSeq (1223)

Rvisdiff (180)

RVS (230)

RWebServices (32)

rWikiPathways (599)

S

S4Arrays (49222)

S4Vectors (65240)

safe (870)

SAGElyzer (30)

sagenhaft (307)

SAGx (189)

SAIGEgds (236)

samExploreR (48)

sampleClassifier (219)

SamSPECTRAL (351)

sangeranalyseR (386)

sangerseqR (813)

SanityR (83)

SANTA (298)

sapFinder (110)

saps (25)

SARC (121)

sarks (210)

saseR (164)

satuRn (542)

savR (78)

SBGNview (295)

sbgr (9)

SBMLR (319)

SC3 (690)

scafari (103)

Scale4C (264)

ScaledMatrix (14833)

scAlign (88)

SCAN.UPC (425)

scanMiR (237)

scanMiRApp (211)

scAnnotatR (225)

SCANVIS (227)

SCArray (242)

SCArray.sat (161)

SCATE (55)

scater (9135)

scatterHatch (162)

scBFA (234)

SCBN (203)

scBubbletree (202)

scCB2 (223)

scClassifR (30)

scClassify (310)

sccomp (276)

scConform (6)

scDataviz (239)

scDblFinder (3215)

scDD (441)

scDDboost (193)

scde (669)

scDesign3 (206)

scDiagnostics (162)

scDotPlot (191)

scds (778)

scECODA (3)

SCFA (215)

scFeatureFilter (242)

scFeatures (207)

scfind (37)

scGPS (257)

scGraphVerse (69)

schex (307)

scHiCcompare (155)

scHOT (263)

scider (197)

scifer (199)

ScISI (250)

scLANE (71)

scLang (8)

scMAGeCK (41)

scmap (580)

scMerge (571)

scMET (199)

scmeth (277)

scMitoMut (155)

scMultiSim (194)

SCnorm (346)

scone (403)

Sconify (221)

SCOPE (269)

scoreInvHap (260)

scoup (144)

scp (373)

scPassport (8)

scPCA (283)

scPipe (356)

scQTLtools (110)

scran (6937)

scrapper (1352)

scReClassify (250)

scRecover (257)

screenCounter (176)

ScreenR (155)

scRepertoire (913)

scRNAseqApp (215)

scruff (286)

scry (521)

scShapes (162)

scsR (107)

scTensor (249)

scTGIF (276)

scTHI (211)

scToppR (5)

scTreeViz (204)

scTypeEval (3)

scuttle (11149)

scviR (150)

SDAMS (216)

seahtrue (177)

sechm (280)

segmenter (204)

segmentSeq (414)

selectKSigs (187)

SELEX (290)

SemDist (308)

semisup (202)

SEMPLR (13)

SemSim (34)

SEPA (49)

SEPIRA (126)

seq.hotSPOT (156)

seq2pathway (251)

seqArchR (170)

seqArchRplus (142)

SeqArray (1221)

seqbias (206)

seqCAT (269)

seqCNA (136)

seqcombo (192)

SeqGate (205)

SeqGSEA (374)

Seqinfo (25236)

seqLogo (3853)

seqPattern (1109)

seqplots (147)

seqsetvis (335)

SeqSQC (306)

Seqtometry (10)

seqTools (247)

SeqVarTools (748)

SEraster (154)

sesame (1073)

SETA (73)

SEtools (243)

sevenbridges (303)

sevenC (304)

sfi (12)

SGCP (201)

SGSeq (586)

SharedObject (316)

shiny.gosling (117)

shinybiocloader (76)

shinyDSP (162)

shinyepico (237)

shinyMethyl (364)

shinyTANDEM (81)

ShortRead (7019)

SIAMCAT (332)

SICtools (290)

sigaR (125)

SigCheck (295)

sigFeature (443)

SigFuge (284)

siggenes (3641)

sights (241)

signatureSearch (353)

signeR (329)

signet (28)

signifinder (208)

sigPathway (195)

SigsPack (240)

sigsquared (251)

SIM (323)

SIMAT (263)

SimBindProfiles (166)

SimBu (210)

SIMD (202)

SimFFPE (200)

similaRpeak (301)

SIMLR (420)

simona (920)

simPIC (153)

simpleaffy (233)

simpleSeg (311)

simplifyEnrichment (1378)

simulatorAPMS (32)

simulatorZ (128)

sincell (318)

singIST (12)

single (102)

SingleCellAlleleExperiment (177)

SingleCellExperiment (20770)

SingleCellSignalR (426)

singleCellTK (518)

SingleMoleculeFootprinting (208)

SingleR (5680)

singscore (2029)

SiPSiC (157)

SISPA (102)

sitadela (215)

Site2Target (132)

sitePath (256)

sizepower (291)

SJava (25)

sketchR (168)

skewr (280)

slalom (202)

SLGI (212)

slingshot (2918)

slinky (73)

SLqPCR (263)

SMAD (191)

SMAP (184)

smartid (157)

SmartPhos (39)

SMITE (309)

smoothclust (147)

smoppix (139)

SMTrackR (15)

SNAGEE (283)

snapCGH (281)

snapcount (220)

snifter (574)

snm (343)

SNPchip (225)

SNPediaR (217)

SNPhood (373)

snpMatrix (38)

SNPRelate (2323)

snpStats (2666)

soGGi (537)

sojourner (61)

SomatiCA (72)

SomaticSignatures (395)

SOMNiBUS (189)

sosta (180)

SpaceMarkers (159)

SpacePAC (223)

SpaceTrooper (124)

spacexr (442)

spade (63)

Spaniel (253)

SpaNorm (197)

spARI (82)

sparrow (503)

SparseArray (54436)

sparseDOSSA (93)

sparseMatrixStats (18245)

sparsenetgls (189)

SparseSignatures (290)

spaSim (194)

SpatialArtifacts (7)

SpatialCPie (234)

spatialDE (256)

SpatialDecon (339)

SpatialExperiment (8001)

SpatialExperimentIO (206)

spatialFDA (174)

SpatialFeatureExperiment (362)

spatialHeatmap (249)

SpatialOmicsOverlay (190)

spatialSimGP (134)

spatzie (152)

speckle (480)

specL (316)

SpeCond (312)

Spectra (3592)

SpectralTAD (277)

SpectraQL (140)

SpectriPy (76)

SPEM (273)

SPIA (1055)

SPIAT (263)

SPICEY (78)

spicyR (402)

SpidermiR (133)

SpiecEasi (12)

spikeLI (291)

spiky (217)

spillR (151)

spkTools (293)

splatter (740)

splicegear (152)

SpliceImpactR (7)

splicelogic (2)

spliceR (130)

spliceSites (94)

SpliceWiz (289)

SplicingFactory (185)

SplicingGraphs (390)

SplineDV (158)

splineTCDiffExpr (5)

splineTimeR (285)

SPLINTER (278)

splots (367)

SpNeigh (11)

SPONGE (284)

spoon (145)

SpotClean (228)

SPOTlight (504)

spotSegmentation (84)

SpotSweeper (270)

spqn (236)

SPsimSeq (252)

SQLDataFrame (169)

SQUADD (117)

squallms (144)

sRACIPE (270)

SRAdb (684)

sRAP (86)

SRGnet (52)

srnadiff (257)

sscore (228)

sscu (269)

sSeq (348)

ssize (310)

sSNAPPY (221)

SSPA (255)

ssPATHS (215)

ssrch (207)

ssviz (283)

StabMap (160)

STADyUM (78)

stageR (493)

stam (43)

STAN (156)

standR (331)

staRank (144)

StarBioTrek (123)

staRgate (29)

Starr (183)

STATegRa (392)

StatescopeR (10)

Statial (261)

statTarget (385)

STdeconvolve (96)

stepNorm (306)

stepwiseCM (72)

stJoincount (193)

stPipe (89)

strandCheckR (249)

Streamer (296)

STRINGdb (3164)

STROMA4 (166)

struct (360)

Structstrings (276)

structToolbox (278)

StructuralVariantAnnotation (400)

SubCellBarCode (228)

subSeq (338)

SUITOR (169)

SummarizedBenchmark (168)

SummarizedExperiment (48901)

Summix (164)

SuperCellCyto (82)

supersigs (257)

supraHex (353)

surfaltr (235)

SurfR (165)

survClust (137)

survcomp (1950)

survtype (215)

Sushi (220)

sva (9631)

svaNUMT (205)

SVAPLSseq (78)

svaRetro (201)

SVM2CRM (85)

SVMDO (183)

SVP (168)

SWATH2stats (261)

SwathXtend (214)

swfdr (297)

SwimR (90)

switchBox (268)

switchde (263)

synapsis (202)

synapter (297)

synergyfinder (399)

SynExtend (257)

synlet (231)

SynMut (211)

syntenet (294)

systemPipeR (1752)

systemPipeShiny (230)

systemPipeTools (210)

T

tadar (177)

TADCompare (261)

tanggle (243)

TAPseq (248)

target (255)

TargetDecoy (218)

TargetScore (279)

TargetSearch (288)

TarSeqQC (147)

TaxSEA (149)

TBSignatureProfiler (272)

TCC (560)

TCGAbiolinks (5962)

TCGAbiolinksGUI (84)

TCGAutils (964)

TCseq (733)

TDARACNE (137)

TDbasedUFE (181)

TDbasedUFEadv (216)

TEKRABber (199)

TENET (147)

TENxIO (323)

tenXplore (269)

TEQC (371)

terapadog (157)

ternarynet (238)

terraTCGAdata (180)

TFARM (221)

TFBSTools (3804)

TFEA.ChIP (346)

TFHAZ (298)

TFutils (306)

tidybulk (480)

tidyCoverage (179)

tidyexposomics (29)

tidyFlowCore (134)

tidyomics (174)

tidyprint (16)

tidysbml (147)

tidySingleCellExperiment (503)

tidySpatialExperiment (217)

tidySummarizedExperiment (399)

tidytof (85)

tigre (356)

TileDBArray (212)

tilingArray (458)

timecourse (468)

timeOmics (264)

timescape (202)

TimeSeriesExperiment (86)

TimiRGeN (80)

TIN (324)

TissueEnrich (395)

TitanCNA (251)

tkWidgets (1957)

tLOH (198)

TMixClust (248)

TMSig (149)

TNBC.CMS (80)

TnT (279)

TOAST (752)

tofsims (87)

tomoda (195)

tomoseqr (193)

TOP (175)

ToPASeq (90)

topconfects (342)

topdownr (295)

topGO (2731)

toppgene (4)

ToxicoGx (265)

TPP (392)

TPP2D (231)

tpSVG (155)

tracktables (446)

trackViewer (957)

tradeSeq (1215)

TrajectoryGeometry (164)

TrajectoryUtils (3031)

transcriptogramer (294)

transcriptR (328)

transformGamPoi (221)

transite (245)

tRanslatome (342)

transmogR (158)

transomics2cytoscape (215)

TransView (339)

TraRe (43)

traseR (337)

Travel (9)

traviz (95)

TreeAndLeaf (273)

treeclimbR (163)

treeio (28414)

treekoR (257)

TreeSummarizedExperiment (2666)

TREG (215)

trena (163)

TReNA (5)

Trendy (276)

TRESS (231)

tricycle (495)

TrIdent (130)

triform (95)

trigger (211)

trio (347)

triplex (405)

tripr (224)

tRNA (312)

tRNAdbImport (260)

tRNAscanImport (263)

TRONCO (417)

TSAR (144)

TSCAN (745)

tscR (60)

tspair (147)

TSRchitect (148)

TSSi (108)

ttgsea (178)

TTMap (286)

TurboNorm (353)

TVTB (353)

tweeDEseq (350)

twilight (423)

twoddpcr (268)

txcutr (201)

txdbmaker (6055)

tximeta (1782)

tximport (4848)

TxRegInfra (38)

TypeInfo (174)

U

UCell (2118)

UCSC.utils (35530)

Ularcirc (286)

UMI4Cats (268)

uncoverappLib (221)

UNDO (304)

unifiedWMWqPCR (253)

UniProt.ws (1034)

Uniquorn (302)

universalmotif (1494)

updateObject (195)

UPDhmm (154)

uSORT (314)

V

VAExprs (190)

VanillaICE (538)

VarCon (235)

variancePartition (1889)

VariantAnnotation (9718)

VariantExperiment (146)

VariantFiltering (387)

VariantTools (375)

vasp (21)

VaSP (266)

vbmp (368)

VCFArray (280)

VDJdive (191)

Vega (89)

VegaMC (350)

velociraptor (315)

veloviz (175)

VennDetail (380)

VERSO (192)

vidger (282)

viper (1340)

virtualArray (25)

ViSEAGO (335)

VisiumIO (282)

visiumStitched (151)

vissE (270)

VISTA (5)

vmrseq (143)

Voyager (319)

VplotR (262)

vsclust (200)

vsn (6468)

vtpnet (319)

vulcan (206)

W

waddR (152)

wateRmelon (1094)

wavClusteR (311)

waveTiling (139)

wavFeatExt (2)

weaver (278)

webbioc (392)

weitrix (287)

widgetInvoke (20)

widgetTools (1893)

wiggleplotr (344)

wpm (227)

wppi (166)

Wrench (2117)

X

XAItest (135)

XBSeq (172)

xCell2 (239)

XCIR (22)

xcms (2355)

xcore (210)

XDE (441)

XeniumIO (140)

xenLite (145)

Xeva (248)

XINA (230)

xmapbridge (266)

xmapcore (23)

XNAString (142)

xps (142)

XVector (59262)

Y

y2hStat (26)

yamss (343)

YAPSA (359)

yaqcaffy (239)

yarn (351)

Z

ZarrArray (35)

zellkonverter (3256)

zenith (295)

zFPKM (258)

zinbwave (1019)

zitools (146)

zlibbioc (25231)

ZygosityPredictor (178)