See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-07-16 08:42:52 -0400 (Tue, 16 Jul 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (28988)
2BiocInstaller (26611)
3IRanges (25727)
4Biobase (25427)
5S4Vectors (24726)
6AnnotationDbi (20925)
7zlibbioc (20867)
8BiocParallel (19827)
9XVector (18998)
10GenomicRanges (18269)
11limma (18069)
12GenomeInfoDb (17999)
13Biostrings (17083)
14DelayedArray (16345)
15BiocVersion (16278)
16SummarizedExperiment (15995)
17annotate (14242)
18Rsamtools (13207)
19genefilter (12751)
20GenomicAlignments (12273)
21rtracklayer (12123)
22biomaRt (11641)
23GenomicFeatures (11385)
24graph (11377)
25edgeR (10890)
26DESeq2 (9974)
27preprocessCore (9561)
28geneplotter (9536)
29Rhdf5lib (7782)
30rhdf5 (7578)
31RBGL (7075)
32affy (6908)
33affyio (6850)
34qvalue (6576)
35Rgraphviz (6428)
36BSgenome (6417)
37multtest (6351)
38VariantAnnotation (6233)
39impute (5849)
40ensembldb (5128)
41GEOquery (5127)
42ProtGenerics (4864)
43ShortRead (4711)
44DOSE (4513)
45sva (4481)
46fgsea (4291)
47clusterProfiler (4239)
48GOSemSim (4134)
49AnnotationFilter (4034)
50DESeq (3995)
51GSEABase (3940)
52biovizBase (3903)
53ComplexHeatmap (3628)
54AnnotationHub (3620)
55KEGGREST (3527)
56enrichplot (3410)
57HDF5Array (3262)
58vsn (3236)
59phyloseq (3039)
60Gviz (2989)
61Category (2920)
62interactiveDisplayBase (2873)
63pathview (2796)
64DelayedMatrixStats (2741)
65KEGGgraph (2721)
66biomformat (2700)
67AnnotationForge (2692)
68pcaMethods (2685)
69tximport (2562)
70GOstats (2476)
71topGO (2422)
72illuminaio (2421)
73aroma.light (2410)
74EDASeq (2378)
75SingleCellExperiment (2329)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (106)
a4Base (126)
a4Classif (103)
a4Core (153)
a4Preproc (146)
a4Reporting (104)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (96)
ABarray (103)
abseqR (29)
ABSSeq (97)
acde (96)
ACE (36)
aCGH (166)
ACME (115)
ADaCGH2 (87)
ADAM (13)
ADAMgui (6)
adaptest (67)
adductomicsR (11)
adSplit (85)
AffiXcan (26)
affxparser (1739)
affy (6908)
affycomp (144)
AffyCompatible (100)
affyContam (87)
affycoretools (425)
affydata (0)
AffyExpress (92)
affyILM (85)
affyio (6850)
affylmGUI (143)
affyPara (88)
affypdnn (112)
affyPLM (1370)
affyqcreport (0)
affyQCReport (288)
AffyRNADegradation (87)
AffyTiling (7)
AGDEX (87)
Agi4x44PreProcess (4)
agilp (174)
AgiMicroRna (124)
agimicrorna (0)
AIMS (314)
ALDEx2 (260)
alevinQC (9)
AllelicImbalance (92)
alpine (91)
alsace (93)
altcdfenvs (93)
AMARETTO (9)
AMOUNTAIN (91)
amplican (118)
ampliQueso (72)
AnalysisPageServer (79)
anamiR (87)
Anaquin (111)
AneuFinder (136)
ANF (76)
animalcules (7)
annaffy (513)
AnnBuilder (0)
annmap (77)
annotate (14242)
AnnotationDbi (20925)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4034)
AnnotationForge (2692)
AnnotationFuncs (122)
AnnotationHub (3620)
AnnotationHubData (126)
annotationTools (139)
annotatr (240)
anota (92)
anota2seq (112)
antiProfiles (82)
apcluster (0)
apComplex (135)
apcomplex (0)
apeglm (1256)
applera (0)
appreci8R (30)
aroma.light (2410)
ArrayExpress (512)
ArrayExpressHTS (56)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (78)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (118)
arrayQualityMetrics (508)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (131)
ArrayTV (90)
ARRmNormalization (81)
artMS (62)
ASAFE (74)
ASEB (86)
ASGSCA (85)
ASICS (84)
asmn (1)
ASpli (144)
AssessORF (27)
ASSET (92)
ASSIGN (89)
ATACseqQC (236)
AtlasRDF (11)
atSNP (10)
attract (108)
AUCell (375)
AWFisher (0)

B

BaalChIP (80)
BAC (82)
bacon (132)
BADER (83)
BadRegionFinder (77)
BAGS (79)
ballgown (948)
bamsignals (343)
BANDITS (6)
banocc (76)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (102)
Basic4Cseq (123)
BASiCS (156)
BasicSTARRseq (80)
batchelor (23)
BatchQC (130)
BayesKnockdown (72)
BayesPeak (128)
bayNorm (60)
baySeq (526)
BBCAnalyzer (77)
BCRANK (107)
bcSeq (101)
BDMMAcorrect (56)
beachmat (1942)
beadarray (689)
beadarraySNP (98)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (669)
BeadExplorer (0)
BEARscc (96)
BEAT (93)
BEclear (91)
betr (10)
bgafun (79)
BgeeDB (118)
BGmix (52)
bgx (85)
BHC (168)
BicARE (127)
BiFET (95)
BiGGR (88)
BigMatrix (0)
bigmelon (83)
bigmemoryExtras (73)
bigPint (10)
bim (0)
bioassayR (126)
biobase (0)
Biobase (25427)
biobroom (190)
bioCancer (108)
BiocCaseStudies (89)
BiocCheck (302)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (1005)
BiocGenerics (28988)
biocGraph (262)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (26611)
biocLite (0)
BiocNeighbors (738)
BiocOncoTK (108)
Bioconductor (0)
BioCor (108)
BiocParallel (19827)
BiocPkgTools (74)
BiocSingular (220)
BiocSklearn (75)
BiocStyle (2132)
BiocVersion (16278)
biocViews (1839)
BiocWorkflowTools (96)
bioDist (246)
biomaRt (11641)
BioMedR (6)
biomformat (2700)
BioMM (8)
BioMVCClass (78)
biomvRCNS (77)
BioNet (278)
bionet (0)
BioNetStat (78)
BioQC (100)
BioSeqClass (132)
biosigner (94)
biostrings (0)
Biostrings (17083)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (81)
biotmle (76)
biovizBase (3903)
BiRewire (107)
birta (84)
birte (71)
BiSeq (152)
BitSeq (170)
blima (78)
BLMA (80)
bnbc (71)
BPRMeth (88)
BRAIN (194)
brainImageR (29)
BrainStars (79)
branchpointer (72)
breakpointR (28)
bridge (79)
BridgeDbR (99)
BrowserViz (110)
BrowserVizDemo (32)
BSgenome (6417)
bsseq (873)
BubbleTree (82)
BufferedMatrix (86)
BufferedMatrixMethods (81)
BUMHMM (102)
bumphunter (1896)
BUS (80)
BUScorrect (28)
BuxcoR (0)

C

CAFE (75)
CAGEfightR (72)
CAGEr (133)
CALIB (91)
CAMERA (513)
CAMTHC (38)
canceR (92)
cancerclass (84)
CancerInSilico (77)
CancerMutationAnalysis (89)
CancerSubtypes (137)
CAnD (75)
caOmicsV (78)
Cardinal (169)
casper (111)
CATALYST (205)
Category (2920)
categoryCompare (80)
CausalR (93)
cbaf (90)
ccfindR (103)
ccmap (96)
CCPROMISE (74)
ccrepe (94)
celaref (63)
celda (8)
cellbaseR (79)
CellBench (8)
cellGrowth (88)
cellHTS (6)
cellHTS2 (256)
cellity (114)
CellMapper (75)
CellMixS (7)
CellNOptR (159)
cellscape (85)
CellScore (62)
CellTrails (63)
cellTree (137)
CEMiTool (198)
CexoR (79)
CFAssay (86)
CGEN (111)
CGHbase (244)
CGHcall (223)
cghMCR (105)
CGHnormaliter (76)
CGHregions (91)
ChAMP (539)
CHARGE (61)
charm (88)
ChemmineOB (212)
ChemmineR (436)
chemminer (0)
CHETAH (7)
ChIC (56)
Chicago (104)
chimera (100)
chimeraviz (147)
ChIPanalyser (66)
ChIPComp (84)
chipenrich (140)
ChIPexoQual (74)
ChIPpeakAnno (849)
ChIPQC (276)
ChIPseeker (1015)
chipseq (467)
ChIPseqR (146)
ChIPSeqSpike (103)
ChIPsim (149)
ChIPXpress (63)
chopsticks (158)
chroGPS (79)
chromDraw (79)
ChromHeatMap (92)
ChromoViz (0)
chromPlot (115)
chromstaR (104)
chromswitch (82)
chromVAR (164)
CHRONOS (95)
cicero (101)
CINdex (78)
cisPath (84)
ClassifyR (117)
cleanUpdTSeq (89)
cleaver (187)
clippda (85)
clipper (115)
Clomial (80)
Clonality (82)
clonotypeR (77)
clst (85)
clstutils (80)
CluMSID (15)
clustComp (76)
clusterExperiment (335)
ClusterJudge (65)
clusterProfiler (4239)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (73)
ClusterSignificance (76)
clusterStab (149)
CMA (141)
cn.farms (81)
cn.mops (201)
CNAnorm (91)
cnanorm (0)
CNEr (465)
CNORdt (99)
CNORfeeder (112)
CNORfuzzy (81)
CNORode (134)
CNPBayes (74)
CNTools (202)
cnvGSA (79)
CNVPanelizer (94)
CNVRanger (11)
CNVrd2 (79)
CNVtools (97)
cnvtools (0)
cobindR (80)
CoCiteStats (84)
COCOA (49)
codelink (89)
CODEX (168)
coexnet (78)
CoGAPS (136)
cogena (107)
coGPS (77)
COHCAP (97)
cola (9)
coMET (105)
compartmap (56)
COMPASS (128)
compcodeR (129)
compEpiTools (94)
CompGO (92)
ComplexHeatmap (3628)
condcomp (26)
CONFESS (69)
consensus (43)
ConsensusClusterPlus (2072)
consensusDE (58)
consensusOV (73)
consensusSeekeR (76)
contiBAIT (99)
conumee (119)
convert (178)
copa (86)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (279)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (6)
CopywriteR (145)
coRdon (66)
CoRegFlux (7)
CoRegNet (99)
Cormotif (76)
CorMut (85)
coRNAi (10)
CORREP (76)
coseq (129)
cosmiq (81)
cosmo (1)
cosmoGUI (1)
COSNet (73)
CountClust (137)
countsimQC (58)
covEB (97)
CoverageView (129)
covRNA (71)
cpvSNP (79)
cqn (234)
CRImage (103)
CRISPRseek (150)
crisprseekplus (71)
CrispRVariants (139)
crlmm (175)
crossmeta (93)
CSAR (152)
csaw (273)
CSSP (77)
ctc (311)
CTDquerier (64)
cTRAP (29)
ctsGE (115)
cummeRbund (759)
cummerbund (0)
customProDB (156)
CVE (81)
cycle (81)
cydar (127)
CytoDx (69)
cytofast (12)
cytofkit (231)
cytolib (504)
CytoML (119)

D

dada2 (1267)
dagLogo (73)
daMA (75)
DaMiRseq (95)
DAPAR (139)
DART (86)
DASC (6)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (118)
dcanr (8)
dcGSA (98)
DChIPRep (76)
ddCt (143)
ddgraph (13)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (63)
debrowser (210)
DECIPHER (972)
deco (13)
DEComplexDisease (63)
decompTumor2Sig (14)
DeconRNASeq (149)
decontam (120)
DEDS (120)
DeepBlueR (102)
deepSNV (117)
DEFormats (235)
DEGraph (80)
DEGreport (245)
DEGseq (334)
DelayedArray (16345)
DelayedDataFrame (16)
DelayedMatrixStats (2741)
deltaGseg (75)
DeMAND (80)
DeMixT (9)
DEP (238)
DepecheR (8)
DEqMS (65)
derfinder (408)
derfinderHelper (392)
derfinderPlot (109)
DEScan2 (92)
deseq (0)
DESeq (3995)
DESeq2 (9974)
DEsingle (104)
destiny (822)
DEsubs (85)
DEXSeq (735)
dexus (96)
DFP (79)
DiffBind (661)
diffcoexp (68)
diffcyt (147)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (76)
diffHic (107)
DiffLogo (83)
diffloop (121)
diffuStats (76)
diggit (82)
Director (71)
DirichletMultinomial (576)
discordant (101)
DiscoRhythm (5)
divergence (7)
dks (75)
DMCHMM (71)
DMRcaller (148)
DMRcate (577)
DMRforPairs (75)
DMRScan (71)
dmrseq (144)
DNABarcodeCompatibility (10)
DNABarcodes (126)
DNAcopy (2244)
DNaseR (1)
DNAshapeR (106)
domainsignatures (26)
DominoEffect (70)
doppelgangR (89)
DOQTL (92)
Doscheda (96)
DOSE (4513)
doseR (8)
drawProteins (93)
DRIMSeq (261)
DriverNet (96)
DropletUtils (515)
DrugVsDisease (79)
dSimer (74)
DSS (746)
DTA (77)
dualKS (74)
DupChecker (76)
dupRadar (102)
dyebias (79)
DynDoc (616)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (131)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (186)
EBarrays (156)
EBcoexpress (84)
EBImage (2097)
EBSEA (70)
EBSeq (583)
EBSeqHMM (133)
ecolitk (80)
EDASeq (2378)
edd (1)
EDDA (94)
edge (139)
edger (0)
edgeR (10890)
eegc (71)
EGAD (86)
EGSEA (256)
eiR (79)
eisa (95)
ELBOW (80)
ELMER (376)
EMDomics (77)
EmpiricalBrownsMethod (101)
ENCODExplorer (106)
EnhancedVolcano (344)
ENmix (162)
EnrichedHeatmap (155)
EnrichmentBrowser (313)
enrichplot (3410)
enrichTF (6)
ensembldb (5128)
ensemblVEP (151)
ENVISIONQuery (78)
EpiCluster (0)
EpiDISH (120)
epigenomix (85)
epihet (9)
epiNEM (71)
epivizr (104)
epivizrChart (66)
epivizrData (103)
epivizrServer (102)
epivizrStandalone (83)
erccdashboard (126)
erma (242)
ERSSA (57)
esATAC (231)
esetVis (85)
eudysbiome (71)
evaluomeR (6)
EventPointer (82)
EWCE (7)
ExCluster (51)
ExiMiR (81)
exomeCopy (262)
exomecopy (0)
exomePeak (123)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (937)
ExperimentHubData (83)
explorase (57)
ExpressionAtlas (97)
ExpressionView (81)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (153)
facopy (45)
factDesign (84)
FamAgg (100)
farms (89)
fastLiquidAssociation (76)
FastqCleaner (38)
fastseg (610)
fbat (0)
FCBF (43)
fCCAC (73)
fCI (79)
fdrame (80)
FELLA (85)
FEM (416)
ffpe (86)
FGNet (129)
fgsea (4291)
FindMyFriends (103)
FISHalyseR (77)
fishpond (8)
FitHiC (94)
flagme (83)
flipflop (85)
flowAI (225)
flowBeads (105)
flowBin (106)
flowcatchR (74)
flowCHIC (106)
flowCL (147)
flowClean (144)
flowClust (367)
flowCore (1541)
flowCyBar (78)
flowDensity (194)
flowFit (80)
flowFlowJo (2)
flowFP (145)
flowMap (81)
flowMatch (109)
flowMeans (209)
flowMerge (118)
flowPeaks (157)
flowPhyto (2)
flowPloidy (78)
flowPlots (80)
flowq (0)
flowQ (47)
flowQB (75)
FlowRepositoryR (87)
FlowSOM (651)
flowStats (354)
flowTime (99)
flowTrans (124)
flowType (101)
flowUtils (675)
flowViz (719)
flowVS (85)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (604)
fmcsR (176)
focalCall (72)
FoldGO (31)
FourCSeq (96)
FRGEpistasis (83)
frma (220)
frmaTools (86)
FunChIP (74)
FunciSNP (84)
funtooNorm (67)

G

GA4GHclient (69)
GA4GHshiny (66)
gaga (116)
gage (968)
gaggle (79)
gaia (187)
GAPGOM (9)
GAprediction (69)
garfield (74)
GARS (59)
GateFinder (95)
gaucho (42)
gcapc (72)
gcatest (73)
gCMAP (71)
gCMAPWeb (49)
gCrisprTools (112)
gcrma (1815)
GDCRNATools (259)
GDSArray (72)
gdsfmt (1120)
geecc (74)
GEM (76)
gemini (0)
genArise (82)
genbankr (145)
GENE.E (10)
gene2pathway (1)
GeneAccord (27)
GeneAnswers (136)
geneAttribution (70)
GeneBreak (73)
geneClassifiers (66)
GeneExpressionSignature (88)
genefilter (12751)
genefu (283)
GeneGA (69)
GeneGeneInteR (75)
GeneGroupAnalysis (2)
GeneMeta (107)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (231)
geneplast (76)
geneplotter (9536)
GeneR (1)
geneRecommender (80)
GeneRegionScan (77)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (75)
GeneSelectMMD (81)
GeneSelector (90)
GENESIS (218)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (91)
geNetClassifier (114)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (97)
GeneticsPed (137)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (74)
GENIE3 (345)
genoCN (78)
GenoGAM (93)
genomation (326)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (237)
GenomeInfoDb (17999)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (242)
genomeintervals (0)
genomes (96)
GenomicAlignments (12273)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (613)
GenomicFeatures (11385)
GenomicFiles (744)
GenomicInteractions (144)
GenomicRanges (18269)
GenomicScores (272)
GenomicTuples (77)
Genominator (93)
genoset (175)
genotypeeval (73)
GenoView (3)
genphen (86)
GenRank (73)
GenVisR (325)
GEOmetadb (262)
GEOquery (5127)
GEOsearch (11)
GEOsubmission (78)
gep2pep (61)
gespeR (127)
GEWIST (71)
gff3Plotter (0)
GGBase (138)
ggbio (1894)
ggcyto (389)
GGtools (127)
ggtree (1729)
GIGSEA (26)
girafe (150)
GISPA (72)
GLAD (242)
GladiaTOX (5)
Glimma (896)
glmSparseNet (32)
GlobalAncova (303)
globalSeq (71)
globaltest (934)
gmapR (116)
GMRP (72)
GNET2 (6)
goCluster (0)
GOexpress (177)
GOfuncR (106)
GOFunction (94)
GoogleGenomics (68)
GOpro (75)
goProfiles (149)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4134)
goseq (1086)
GOSim (130)
goSTAG (79)
gostats (0)
GOstats (2476)
GOsummaries (132)
GOTHiC (126)
goTools (113)
gotools (0)
gpart (48)
gpls (154)
gprege (76)
gpuMagic (2)
gQTLBase (228)
gQTLstats (262)
graper (11)
graph (11377)
GraphAlignment (79)
GraphAT (78)
graphite (1334)
GraphPAC (83)
GRENITS (80)
GreyListChIP (81)
GRmetrics (130)
groHMM (90)
GRridge (78)
GSALightning (71)
GSAR (164)
GSCA (76)
GSEABase (3940)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (106)
GSEAlm (142)
gsean (84)
GSReg (74)
GSRI (78)
GSVA (954)
gtrellis (136)
GUIDEseq (111)
Guitar (116)
Gviz (2989)
gwascat (244)
GWASTools (372)
gwasurvivr (36)

H

h5vc (83)
hapFabia (79)
Harman (166)
Harshlight (74)
harshlight (0)
HCABrowser (6)
HCsnip (14)
HDF5Array (3262)
HDTD (73)
heatmaps (190)
Heatplus (597)
HelloRanges (104)
HELP (79)
HEM (74)
hexbin (3)
hiAnnotator (97)
HIBAG (105)
HiCBricks (25)
HiCcompare (108)
hicrep (92)
hierGWAS (79)
hierinf (24)
HilbertCurve (121)
HilbertVis (245)
HilbertVisGUI (61)
hipathia (100)
hiReadsProcessor (67)
HIREewas (24)
HiTC (194)
hmdbQuery (76)
HMMcopy (185)
hopach (240)
HPAanalyze (31)
hpar (258)
HTqPCR (185)
HTSanalyzeR (184)
HTSeqGenie (48)
htseqtools (0)
htSeqTools (158)
HTSFilter (208)
HumanTranscriptomeCompendium (6)
HybridMTest (92)
hypeR (7)
hyperdraw (100)
hypergraph (139)

I

iASeq (72)
iasva (56)
iBBiG (122)
ibh (72)
iBMQ (65)
iCARE (80)
Icens (289)
icetea (55)
iCheck (73)
iChip (73)
iClusterPlus (165)
iCNV (82)
iCOBRA (117)
ideal (115)
ideogram (0)
IdeoViz (123)
idiogram (77)
IdMappingAnalysis (71)
IdMappingRetrieval (71)
iFlow (2)
iGC (73)
igvR (72)
IHW (647)
illuminaio (2421)
imageHTS (113)
IMAS (98)
Imetagene (67)
IMMAN (65)
ImmuneSpaceR (114)
immunoClust (79)
IMPCdata (69)
ImpulseDE (74)
ImpulseDE2 (143)
impute (5849)
INDEED (29)
infercnv (17)
InPAS (80)
INPower (71)
inSilicoDb (21)
inSilicoMerging (22)
insilicomerging (0)
INSPEcT (113)
InTAD (83)
intansv (82)
InteractionSet (300)
interactiveDisplay (188)
interactiveDisplayBase (2873)
IntEREst (107)
InterMineR (98)
IntramiRExploreR (63)
inversion (0)
inveRsion (76)
IONiseR (97)
iontree (21)
iPAC (90)
ipdDb (26)
IPO (147)
IPPD (147)
IRanges (25727)
IrisSpatialFeatures (35)
iSEE (182)
iSeq (78)
iSNetwork (0)
isobar (200)
IsoCorrectoR (31)
IsoCorrectoRGUI (13)
IsoformSwitchAnalyzeR (168)
IsoGeneGUI (76)
ISoLDE (68)
isomiRs (110)
iSPlot (0)
ITALICS (72)
iterativeBMA (84)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (77)
iterClust (69)
iteremoval (59)
IVAS (108)
ivygapSE (64)
IWTomics (75)

J

JASPAR2018 (30)
jmosaics (5)
joda (71)
JunctionSeq (160)

K

karyoploteR (399)
KCsmart (73)
kebabs (142)
KEGGgraph (2721)
KEGGlincs (79)
keggorth (0)
keggorthology (98)
KEGGprofile (209)
KEGGREST (3527)
KEGGSOAP (3)
kimod (71)
KinSwingR (25)
kissDE (65)
kmknn (33)
KnowSeq (1)

L

lapmix (73)
LBE (113)
ldblock (127)
LEA (280)
LedPred (74)
les (79)
levi (24)
lfa (199)
limma (18069)
limmaGUI (118)
LINC (71)
LineagePulse (89)
Linnorm (165)
lipidr (6)
LiquidAssociation (79)
lmdme (81)
LMGene (90)
LOBSTAHS (79)
loci2path (60)
logicFS (213)
logitT (72)
Logolas (85)
lol (76)
LOLA (133)
LoomExperiment (61)
LowMACA (83)
LPE (95)
LPEadj (77)
lpNet (71)
lpsymphony (608)
LRBaseDbi (31)
lumi (999)
LVSmiRNA (78)
LymphoSeq (87)

M

M3C (105)
M3D (74)
M3Drop (224)
maanova (101)
macat (76)
maCorrPlot (74)
MACPET (58)
maDB (1)
madb (0)
made4 (367)
MADSEQ (76)
maftools (1059)
MAGeCKFlute (122)
maigesPack (82)
MAIT (124)
makecdfenv (174)
makePlatformDesign (1)
MANOR (72)
manta (109)
MantelCorr (72)
mAPKL (71)
maPredictDSC (74)
mapscape (71)
marray (1455)
martini (70)
maser (43)
maSigPro (289)
maskBAD (74)
MassArray (79)
massarray (0)
massiR (77)
MassSpecWavelet (1017)
MAST (585)
matchBox (71)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixRider (69)
matter (155)
MaxContrastProjection (94)
MBAmethyl (67)
MBASED (81)
MBCB (78)
mbkmeans (11)
mBPCR (74)
MBttest (67)
mcaGUI (70)
MCbiclust (104)
MCRestimate (80)
mCSEA (93)
mdgsa (93)
mdp (92)
mdqc (79)
MDTS (59)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (71)
MEDIPS (131)
MEDME (71)
MEIGOR (96)
Melissa (9)
mergemaid (0)
MergeMaid (112)
Mergeomics (82)
MeSHDbi (181)
meshes (92)
meshr (114)
MeSHSim (7)
messina (70)
metaArray (104)
metaarray (0)
Metab (87)
metabomxtr (111)
MetaboSignal (84)
metaCCA (76)
MetaCyto (92)
metagene (95)
metagene2 (6)
metagenomeFeatures (114)
metagenomeSeq (580)
MetaGxOvarian (6)
metahdep (72)
metaMS (117)
MetaNeighbor (106)
metaR (0)
metaSeq (89)
metaseqR (113)
metavizr (85)
MetaVolcanoR (2)
metaX (5)
MetCirc (77)
methimpute (74)
methInheritSim (70)
MethPed (96)
MethTargetedNGS (70)
methVisual (80)
methyAnalysis (139)
MethylAid (90)
methylGSA (62)
methylInheritance (70)
methylKit (536)
MethylMix (139)
methylMnM (75)
methylPipe (103)
MethylSeekR (99)
methylumi (1139)
methyvim (67)
MetID (23)
MetNet (58)
mfa (107)
Mfuzz (294)
mfuzz (0)
MGFM (78)
MGFR (109)
mgsa (99)
MiChip (73)
microbiome (481)
microRNA (155)
MIGSA (73)
mimager (65)
MIMOSA (93)
MineICA (87)
minet (616)
minfi (1942)
MinimumDistance (71)
MiPP (74)
MIRA (111)
MiRaGE (105)
miRBaseConverter (85)
miRcomp (70)
mirIntegrator (75)
miRLAB (86)
miRmine (65)
miRNAmeConverter (80)
miRNApath (88)
miRNAtap (134)
miRSM (26)
miRsponge (88)
miRspongeR (9)
Mirsynergy (75)
missMethyl (647)
missRows (56)
mitoODE (71)
mixOmics (867)
MLInterfaces (398)
mlm4omics (18)
MLP (100)
MLSeq (182)
MMAPPR2 (2)
MMDiff (4)
MMDiff2 (73)
mmgmos (0)
mmnet (8)
MmPalateMiRNA (73)
mnem (6)
MODA (80)
Modstrings (7)
MOFA (15)
mogsa (82)
monocle (1562)
MoonlightR (87)
MoPS (71)
mosaics (129)
motifbreakR (99)
motifcounter (86)
MotifDb (328)
motifmatchr (231)
motifRG (123)
motifStack (453)
MotIV (450)
MPFE (68)
mpra (72)
MPRAnalyze (53)
mQTL.NMR (49)
msa (763)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (95)
MSGFgui (146)
MSGFplus (233)
msmsEDA (199)
msmsTests (161)
MSnbase (1547)
MSnID (211)
msPurity (117)
msQC (0)
MSstats (311)
MSstatsQC (74)
MSstatsQCgui (63)
MSstatsTMT (73)
mtbls2 (0)
MTseeker (23)
Mulcom (145)
MultiAssayExperiment (951)
multiClust (122)
MultiDataSet (110)
multiHiCcompare (30)
MultiMed (73)
multiMiR (114)
multiOmicsViz (69)
multiscan (70)
multtest (6351)
muscle (178)
MutationalPatterns (226)
MVCClass (76)
mvGST (12)
MWASTools (99)
mygene (370)
myvariant (98)
mzID (1361)
mzR (1567)

N

NADfinder (80)
NanoStringDiff (116)
NanoStringQCPro (117)
nanotatoR (5)
NarrowPeaks (84)
NBAMSeq (5)
NBSplice (59)
ncdfFlow (562)
NCIgraph (79)
ndexr (107)
neaGUI (6)
NeighborNet (23)
nem (131)
netbenchmark (80)
netbiov (115)
netboost (7)
NetCRG (0)
nethet (81)
NetPathMiner (99)
netprioR (65)
netReg (75)
netresponse (82)
NetSAM (73)
netSmooth (71)
networkBMA (80)
NGScopy (74)
ngsReports (7)
nnNorm (73)
NOISeq (623)
nondetects (83)
normalize450K (66)
NormalyzerDE (43)
NormqPCR (283)
normr (83)
npGSEA (81)
NTW (71)
nucleoSim (68)
nucleR (99)
nucler (0)
nuCpos (23)
nudge (41)
NuPoP (77)

O

occugene (71)
OCplus (154)
odseq (67)
OGSA (72)
oligo (1762)
oligoClasses (1891)
OLIN (76)
OLINgui (74)
OmaDB (95)
omicade4 (102)
omiccircos (0)
OmicCircos (243)
omicplotR (92)
omicRexposome (93)
OmicsLonDA (8)
OmicsMarkeR (97)
OMICsPCA (26)
omicsPrint (74)
Onassis (74)
oncomix (65)
OncoScore (74)
OncoSimulR (85)
oneChannelGUI (18)
oneSENSE (88)
onlineFDR (25)
ontoCAT (19)
ontoProc (73)
ontoTools (0)
openCyto (301)
openPrimeR (95)
openPrimeRui (69)
OperaMate (10)
oposSOM (101)
oppar (71)
OPWeight (104)
OrderedList (166)
ORFik (104)
Organism.dplyr (288)
OrganismDbi (2254)
OSAT (89)
Oscope (111)
OTUbase (79)
OutlierD (92)
OUTRIDER (61)
OVESEG (9)

P

PAA (91)
PADOG (229)
PAIRADISE (9)
paircompviz (77)
pairseqsim (0)
pamr (2)
PAN (0)
pandaR (95)
panelcn.mops (76)
PAnnBuilder (49)
panp (85)
PANR (90)
PanVizGenerator (78)
PAPi (113)
parglms (69)
parody (113)
PAST (6)
Path2PPI (82)
pathifier (222)
PathNet (85)
PathoStat (85)
pathprint (67)
pathRender (77)
pathVar (73)
pathview (2796)
pathwayPCA (13)
PathwaySplice (100)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (124)
Pbase (85)
pbcmc (44)
pcaExplorer (330)
pcaGoPromoter (122)
pcaMethods (2685)
PCAN (70)
PCAtools (24)
pcot2 (139)
PCpheno (75)
pcxn (66)
pdInfoBuilder (142)
pdmclass (13)
PECA (84)
PepsNMR (52)
pepStat (77)
pepXMLTab (80)
perturbatr (60)
PGA (83)
pgca (68)
PGSEA (245)
pgUtils (1)
phantasus (65)
PharmacoGx (159)
phemd (9)
phenoDist (44)
phenopath (95)
phenoTest (124)
PhenStat (89)
philr (118)
phosphonormalizer (67)
phyloseq (3039)
Pi (74)
piano (342)
pickgene (70)
PICS (149)
Pigengene (117)
PING (73)
pint (74)
pipeFrame (6)
pkgDepTools (96)
plateCore (83)
plethy (72)
plgem (125)
plier (224)
plotGrouper (31)
PLPE (76)
plrs (71)
plw (73)
plyranges (162)
pmm (68)
podkat (74)
pogos (90)
polyester (150)
Polyfit (87)
POST (65)
PoTRA (6)
PowerExplorer (66)
powerTCR (60)
PPInfer (80)
ppiStats (90)
pqsfinder (97)
prada (284)
pram (6)
prebs (103)
PrecisionTrialDrawer (11)
PREDA (93)
predictionet (53)
preprocessCore (9561)
primirTSS (25)
PrInCE (7)
Prize (74)
proBAMr (109)
proBatch (8)
PROcess (159)
procoil (78)
ProCoNA (47)
proFIA (77)
profileplyr (6)
profileScoreDist (64)
progeny (118)
projectR (8)
pRoloc (310)
pRolocGUI (91)
PROMISE (76)
PROPER (110)
PROPS (65)
Prostar (129)
prot2D (69)
proteinProfiles (70)
ProteomicsAnnotationHubData (71)
ProteoMM (54)
proteoQC (77)
ProtGenerics (4864)
PSEA (78)
psichomics (119)
PSICQUIC (104)
psygenet2r (79)
puma (151)
PureCN (149)
pvac (77)
pvca (177)
Pviz (88)
PWMEnrich (130)
pwOmics (77)
pxr (0)

Q

qckitfastq (6)
qcmetrics (116)
QDNAseq (206)
qpcrNorm (86)
qpgraph (171)
qPLEXanalyzer (40)
qrqc (166)
qsea (76)
qsmooth (8)
QSutils (29)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (114)
quantro (120)
quantsmooth (397)
QuartPAC (74)
QuasR (298)
QuaternaryProd (85)
QUBIC (115)
qusage (269)
qvalue (6576)

R

R3CPET (70)
r3Cseq (141)
R453Plus1Toolbox (80)
R4RNA (75)
RaggedExperiment (524)
rain (97)
rama (78)
ramigo (0)
RamiGO (63)
ramwas (77)
RandomWalkRestartMH (66)
randPack (77)
RankProd (402)
RareVariantVis (72)
Rariant (71)
RbcBook1 (94)
RBGL (7075)
RBioinf (90)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (155)
RBM (71)
Rbowtie (304)
Rbowtie2 (199)
rbsurv (111)
Rcade (97)
RCAS (79)
RCASPAR (75)
rcellminer (89)
rCGH (96)
Rchemcpp (115)
RchyOptimyx (80)
RcisTarget (293)
RCM (10)
RConferoMapping (0)
Rcpi (153)
Rcwl (13)
RcwlPipelines (8)
RCy3 (452)
RCyjs (87)
RCytoscape (57)
RDAVIDWebService (405)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (81)
Rdisop (291)
RDRToolbox (167)
ReactomePA (985)
readat (103)
ReadqPCR (289)
reb (70)
REBET (23)
recount (367)
recoup (99)
RedeR (158)
REDseq (130)
RefNet (70)
RefPlus (77)
regioneR (1042)
regionReport (153)
regsplice (98)
REMP (81)
Repitools (245)
ReportingTools (1061)
reposTools (0)
RepViz (4)
ReQON (74)
Resourcerer (1)
restfulSE (124)
rexposome (69)
rfcdmin (0)
rflowcyt (1)
rfPred (74)
rGADEM (546)
RGalaxy (81)
Rgin (63)
RGMQL (63)
RGraph2js (68)
Rgraphviz (6428)
rGREAT (161)
RGSEA (118)
rgsepd (107)
rhdf5 (7578)
rhdf5client (135)
Rhdf5lib (7782)
Rhisat2 (40)
Rhtslib (2265)
rHVDM (70)
RiboProfiling (102)
riboSeq (0)
riboSeqR (92)
RImmPort (73)
Ringo (280)
Rintact (1)
RIPSeeker (125)
Risa (79)
RITAN (74)
RIVER (71)
RJMCMCNucleosomes (72)
RLMM (71)
RMAGEML (0)
Rmagpie (78)
RMAPPER (1)
RMassBank (104)
rMAT (78)
rmelting (7)
RmiR (73)
rmir (0)
Rmmquant (55)
RNAdecay (59)
RNAinteract (101)
RNAither (103)
rnaither (0)
RNAmodR (1)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (1)
RNAmodR.ML (1)
RNAmodR.RiboMethSeq (1)
RNAprobR (70)
rnaseqcomp (75)
RnaSeqGeneEdgeRQL (12)
rnaSeqMap (113)
RNASeqPower (163)
RNASeqR (28)
RnaSeqSampleSize (133)
RnBeads (273)
Rnits (75)
roar (89)
ROC (923)
Roleswitch (91)
Rolexa (4)
rols (296)
roma (0)
ROntoTools (100)
ropls (449)
ROTS (195)
RPA (102)
RProtoBufLib (465)
RpsiXML (104)
rpx (313)
Rqc (126)
rqt (69)
rqubic (115)
rRDP (104)
Rredland (1)
RRHO (98)
Rsamtools (13207)
rsbml (115)
rScudo (13)
RSeqAn (61)
rSFFreader (54)
RSNPper (0)
Rsubread (1225)
RSVSim (85)
rTANDEM (183)
RTCA (107)
RTCGA (550)
RTCGAToolbox (507)
RTN (162)
RTNduals (90)
RTNsurvival (86)
RTools4TB (1)
RTopper (74)
rtracklayer (12123)
Rtreemix (75)
rTRM (84)
rTRMui (68)
runibic (90)
Ruuid (1)
RUVcorr (86)
RUVnormalize (85)
RUVSeq (864)
RVS (97)
RWebServices (2)
rWikiPathways (130)

S

S4Vectors (24726)
safe (420)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (75)
SAGx (175)
samExploreR (85)
sampleClassifier (97)
SamSPECTRAL (143)
sangerseqR (244)
SANTA (83)
sapFinder (74)
saps (3)
savR (98)
SBGNview (1)
sbgr (2)
SBMLR (85)
SC3 (546)
Scale4C (62)
scAlign (4)
SCAN.UPC (261)
scater (1927)
SCBN (25)
scDD (170)
scde (402)
scds (8)
scFeatureFilter (57)
scfind (124)
ScISI (93)
scmap (205)
scMerge (13)
scmeth (89)
SCnorm (214)
scone (199)
Sconify (99)
scoreInvHap (61)
scPipe (128)
scran (1261)
scRecover (6)
scruff (39)
scsR (70)
scTensor (16)
SDAMS (93)
segmentSeq (137)
SELEX (79)
SemDist (69)
semisup (64)
SemSim (0)
SEPA (70)
SEPIRA (59)
seq2pathway (83)
SeqArray (391)
seqbias (86)
seqCAT (97)
seqCNA (82)
seqcombo (99)
SeqGSEA (228)
seqLogo (1165)
Seqnames (0)
seqPattern (320)
seqplots (175)
seqsetvis (88)
SeqSQC (66)
seqTools (122)
SeqVarTools (321)
sesame (469)
sevenbridges (102)
sevenC (62)
SGSeq (180)
shinyMethyl (144)
shinyTANDEM (84)
ShortRead (4711)
shortread (0)
SIAMCAT (101)
SICtools (49)
sidap (0)
sigaR (86)
SigCheck (74)
sigFeature (43)
SigFuge (69)
siggenes (1915)
sights (106)
signeR (108)
signet (66)
sigPathway (159)
sigsquared (65)
SIM (76)
SIMAT (105)
SimBindProfiles (70)
SIMD (23)
similaRpeak (72)
SIMLR (143)
simpleaffy (762)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (72)
sincell (92)
SingleCellExperiment (2329)
singleCellTK (95)
singscore (160)
SISPA (71)
sitePath (5)
sizepower (87)
SJava (3)
skewr (65)
slalom (92)
SLGI (77)
slingshot (152)
slinky (53)
SLqPCR (89)
SMAD (9)
SMAP (70)
SMITE (108)
SNAData (0)
SNAGEE (69)
snapCGH (91)
snm (162)
snpAssoc (0)
SNPchip (249)
SNPediaR (80)
SNPhood (68)
snpMatrix (5)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (898)
snpStats (1267)
soGGi (117)
SomatiCA (7)
SomaticSignatures (225)
SpacePAC (79)
spade (19)
sparseDOSSA (67)
sparsenetgls (27)
SparseSignatures (66)
SpatialCPie (6)
specL (78)
SpeCond (136)
SpectralTAD (8)
SPEM (92)
SPIA (561)
SpidermiR (127)
spikeLI (68)
spkTools (72)
splatter (264)
splicegear (71)
spliceR (73)
spliceSites (76)
SplicingGraphs (165)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (75)
SPLINTER (101)
splots (219)
SPONGE (65)
spotSegmentation (73)
SQLDataFrame (6)
SQUADD (70)
sRACIPE (5)
SRAdb (514)
sRAP (77)
SRGnet (64)
srnadiff (86)
sscore (74)
sscu (70)
sSeq (212)
ssize (110)
SSPA (334)
ssrch (7)
ssviz (103)
stageR (104)
stam (0)
STAN (107)
staRank (84)
StarBioTrek (73)
Starr (78)
STATegRa (82)
statTarget (137)
stepNorm (72)
stepwiseCM (8)
strandCheckR (24)
Streamer (93)
STRINGdb (473)
STROMA4 (95)
Structstrings (6)
StructuralVariantAnnotation (8)
SubCellBarCode (5)
subSeq (124)
SummarizedBenchmark (95)
SummarizedExperiment (15995)
supraHex (317)
survcomp (555)
survtype (6)
Sushi (313)
sva (4481)
SVAPLSseq (81)
SVM2CRM (65)
SWATH2stats (102)
SwathXtend (68)
swfdr (68)
SwimR (70)
switchBox (87)
switchde (108)
synapter (153)
synergyfinder (129)
synlet (97)
SynMut (5)
systemPipeR (932)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (89)
TargetSearch (103)
targetsearch (0)
TarSeqQC (79)
TCC (253)
TCGAbiolinks (1629)
TCGAbiolinksGUI (229)
TCGAutils (378)
TCseq (147)
TDARACNE (76)
tdaracne (0)
tenXplore (89)
TEQC (98)
ternarynet (68)
TFARM (61)
TFBSTools (478)
TFEA.ChIP (96)
TFHAZ (61)
TFutils (71)
tiger (0)
tigre (75)
tilingArray (114)
timecourse (102)
TimerQuant (0)
timescape (84)
TimeSeriesExperiment (60)
TIN (69)
TissueEnrich (95)
TitanCNA (129)
tkWidgets (590)
TMixClust (80)
TNBC.CMS (5)
TnT (69)
TOAST (1)
tofsims (91)
ToPASeq (112)
topconfects (12)
topdownr (66)
topGO (2422)
topicmodels (0)
TPP (130)
TPP2D (6)
tracktables (95)
trackViewer (244)
transcriptogramer (72)
transcriptR (106)
transite (45)
tRanslatome (74)
TransView (106)
traseR (72)
treeio (1543)
TreeSummarizedExperiment (5)
trena (58)
TReNA (5)
Trendy (88)
triform (70)
trigger (72)
trio (102)
triplex (76)
tRNA (28)
tRNAdbImport (21)
tRNAscanImport (58)
TRONCO (107)
TSCAN (196)
tspair (82)
TSRchitect (77)
TSSi (73)
TTMap (57)
TurboNorm (71)
TVTB (71)
tweeDEseq (128)
twilight (169)
twoddpcr (72)
tximeta (83)
tximport (2562)
TxRegInfra (74)
TypeInfo (68)

U

Ularcirc (28)
UNDO (75)
unifiedWMWqPCR (70)
UniProt.ws (284)
Uniquorn (94)
universalmotif (61)
uSORT (98)

V

VanillaICE (103)
variancePartition (203)
VariantAnnotation (6233)
VariantFiltering (88)
VariantTools (126)
vbmp (110)
VCFArray (15)
Vega (72)
VegaMC (69)
VennDetail (7)
vidger (129)
viper (236)
virtualArray (10)
ViSEAGO (0)
vsn (3236)
vtpnet (64)
vulcan (62)

W

wateRmelon (613)
wavClusteR (107)
waveTiling (70)
weaver (98)
webbioc (76)
widgetInvoke (0)
widgetTools (604)
wiggleplotr (115)
Wrench (73)

X

XBSeq (109)
XCIR (2)
xcms (1116)
XDE (73)
Xeva (6)
XINA (55)
xmapbridge (69)
xmapcore (1)
xps (82)
XVector (18998)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (75)
YAPSA (95)
yaqcaffy (98)
yarn (104)

Z

zFPKM (127)
zinbwave (507)
zlibbioc (20867)