Download stats for Bioconductor annotation packages    Download stats for Bioconductor experiment packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2018-07-17 07:30:03 -0400 (Tue, 17 Jul 2018).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocInstaller (31146)
2BiocGenerics (24929)
3IRanges (22034)
4S4Vectors (21872)
5Biobase (20703)
6AnnotationDbi (18649)
7zlibbioc (17062)
8GenomicRanges (16350)
9limma (15702)
10XVector (15057)
11GenomeInfoDb (14009)
12Biostrings (13711)
13BiocParallel (13345)
14SummarizedExperiment (13332)
15annotate (11076)
16GenomicAlignments (10425)
17biomaRt (10316)
18rtracklayer (10116)
19DelayedArray (10060)
20genefilter (9878)
21Rsamtools (9750)
22graph (8859)
23GenomicFeatures (8727)
24edgeR (8388)
25preprocessCore (7657)
26DESeq2 (7545)
27geneplotter (7349)
28affy (5980)
29BSgenome (5890)
30affyio (5657)
31rhdf5 (5476)
32RBGL (5285)
33multtest (5260)
34Rgraphviz (5141)
35impute (4832)
36VariantAnnotation (4745)
37qvalue (4474)
38GEOquery (4177)
39ShortRead (4055)
40AnnotationHub (4010)
41ensembldb (3825)
42ProtGenerics (3660)
43interactiveDisplayBase (3525)
44GSEABase (3313)
45DESeq (3198)
46biovizBase (3082)
47sva (2964)
48DNAcopy (2917)
49AnnotationFilter (2805)
50KEGGREST (2718)
51vsn (2711)
52Gviz (2640)
53GOSemSim (2638)
54fgsea (2633)
55DOSE (2576)
56clusterProfiler (2525)
57AnnotationForge (2334)
58Category (2319)
59pcaMethods (2303)
60ComplexHeatmap (2243)
61topGO (2202)
62phyloseq (2116)
63OrganismDbi (2114)
64GOstats (2062)
65EBImage (2053)
66BiocStyle (2039)
67pathview (2022)
68KEGGgraph (1976)
69tximport (1970)
70aroma.light (1813)
71illuminaio (1802)
72biomformat (1785)
73Rsubread (1738)
74ggbio (1716)
75gcrma (1654)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

Download stats for Bioconductor software repository

A

a4 (126)
a4Base (148)
a4Classif (121)
a4Core (167)
a4Preproc (162)
a4Reporting (123)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (112)
ABarray (121)
ABSSeq (124)
acde (105)
aCGH (186)
ACME (128)
ADaCGH2 (105)
adaptest (13)
adSplit (108)
affxparser (1354)
affy (5980)
affycomp (178)
AffyCompatible (114)
affyContam (110)
affycoretools (451)
affydata (0)
AffyExpress (114)
affyILM (103)
affyio (5657)
affylmGUI (167)
affyPara (111)
affypdnn (143)
affyPLM (1214)
affyqcreport (0)
affyQCReport (315)
AffyRNADegradation (103)
AffyTiling (14)
AGDEX (98)
Agi4x44PreProcess (6)
agilp (175)
AgiMicroRna (144)
agimicrorna (0)
AIMS (225)
ALDEx2 (177)
AllelicImbalance (113)
alpine (106)
alsace (103)
altcdfenvs (116)
AMOUNTAIN (94)
amplican (57)
ampliQueso (94)
AnalysisPageServer (94)
anamiR (97)
Anaquin (93)
AneuFinder (111)
ANF (50)
annaffy (514)
AnnBuilder (1)
annmap (83)
annotate (11076)
AnnotationDbi (18649)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (2805)
AnnotationForge (2334)
AnnotationFuncs (140)
AnnotationHub (4010)
AnnotationHubData (131)
annotationTools (149)
annotatr (176)
anota (108)
anota2seq (54)
antiProfiles (98)
apcluster (0)
apComplex (117)
apcomplex (0)
apeglm (252)
applera (1)
aroma.light (1813)
ArrayExpress (443)
ArrayExpressHTS (63)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (97)
arrayQCplot (1)
arrayQuality (128)
arrayQualityMetrics (449)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (153)
ArrayTV (102)
ARRmNormalization (99)
ASAFE (82)
ASEB (98)
ASGSCA (99)
ASICS (11)
asmn (2)
ASpli (121)
ASSET (104)
ASSIGN (97)
ATACseqQC (177)
AtlasRDF (65)
attract (97)
AUCell (112)

B

BaalChIP (87)
BAC (96)
bacon (104)
BADER (99)
BadRegionFinder (86)
BAGS (91)
ballgown (859)
bamsignals (178)
banocc (75)
basecallQC (83)
BaseSpaceR (121)
Basic4Cseq (104)
BASiCS (86)
BasicSTARRseq (88)
BatchQC (143)
BayesKnockdown (79)
BayesPeak (145)
baySeq (494)
BBCAnalyzer (90)
BCRANK (115)
bcSeq (20)
beachmat (753)
beadarray (627)
beadarraySNP (113)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (598)
BeadExplorer (1)
BEARscc (15)
BEAT (95)
BEclear (94)
betr (27)
bgafun (95)
BgeeDB (128)
BGmix (56)
bgx (92)
BHC (162)
BicARE (152)
BiFET (14)
BiGGR (107)
BigMatrix (0)
bigmelon (87)
bigmemoryExtras (86)
bim (0)
bioassayR (119)
biobase (0)
Biobase (20703)
biobroom (196)
bioCancer (97)
BiocCaseStudies (98)
BiocCheck (433)
biocDatasets (1)
BiocFileCache (277)
BiocGenerics (24929)
biocGraph (207)
biocinstaller (1)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (31146)
biocLite (0)
BiocOncoTK (10)
Bioconductor (0)
BioCor (88)
BiocParallel (13345)
BiocSklearn (47)
BiocStyle (2039)
BiocVersion (17)
biocViews (889)
BiocWorkflowTools (104)
bioDist (289)
biomaRt (10316)
BioMedR (75)
biomformat (1785)
BioMVCClass (92)
biomvRCNS (94)
BioNet (299)
bionet (0)
BioNetStat (11)
BioQC (93)
BioSeqClass (109)
biosigner (98)
biostrings (0)
Biostrings (13711)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (92)
biotmle (86)
biovizBase (3082)
BiRewire (135)
birta (101)
birte (90)
BiSeq (177)
BitSeq (196)
blima (94)
BLMA (82)
bnbc (48)
BPRMeth (84)
BRAIN (182)
BrainStars (95)
branchpointer (76)
bridge (96)
BridgeDbR (114)
BrowserViz (87)
BrowserVizDemo (59)
BSgenome (5890)
bsseq (737)
BubbleTree (96)
BufferedMatrix (105)
BufferedMatrixMethods (100)
BUMHMM (76)
bumphunter (1611)
BUS (90)
BuxcoR (0)

C

CAFE (89)
CAGEfightR (13)
CAGEr (137)
CALIB (105)
CAMERA (425)
CAMTHC (2)
canceR (95)
cancerclass (98)
CancerInSilico (81)
CancerMutationAnalysis (104)
CancerSubtypes (146)
CAnD (86)
caOmicsV (86)
Cardinal (136)
casper (97)
CATALYST (94)
Category (2319)
categoryCompare (87)
CausalR (97)
cbaf (47)
ccfindR (10)
ccmap (100)
CCPROMISE (79)
ccrepe (104)
cellbaseR (80)
cellGrowth (98)
cellHTS (12)
cellHTS2 (222)
cellity (98)
CellMapper (84)
CellNOptR (143)
cellscape (92)
CellScore (14)
CellTrails (2)
cellTree (108)
CEMiTool (86)
CexoR (92)
CFAssay (94)
CGEN (109)
CGHbase (211)
CGHcall (191)
cghMCR (148)
CGHnormaliter (92)
CGHregions (112)
ChAMP (411)
CHARGE (14)
charm (109)
ChemmineOB (193)
ChemmineR (434)
chemminer (0)
ChIC (9)
Chicago (107)
chimera (131)
chimeraviz (114)
ChIPanalyser (48)
ChIPComp (98)
chipenrich (125)
ChIPexoQual (81)
ChIPpeakAnno (748)
ChIPQC (214)
ChIPseeker (773)
chipseq (435)
ChIPseqR (148)
ChIPSeqSpike (17)
ChIPsim (141)
ChIPXpress (73)
chopsticks (262)
chroGPS (92)
chromDraw (94)
ChromHeatMap (104)
ChromoViz (1)
chromPlot (108)
chromstaR (92)
chromswitch (49)
chromVAR (69)
CHRONOS (94)
CINdex (77)
cisPath (97)
ClassifyR (105)
cleanUpdTSeq (92)
cleaver (203)
clippda (100)
clipper (142)
Clomial (94)
Clonality (96)
clonotypeR (96)
clst (99)
clstutils (88)
clustComp (87)
clusterExperiment (182)
ClusterJudge (48)
clusterProfiler (2525)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (79)
ClusterSignificance (95)
clusterStab (141)
CMA (157)
cn.farms (96)
cn.mops (203)
CNAnorm (113)
cnanorm (0)
CNEr (361)
CNORdt (96)
CNORfeeder (93)
CNORfuzzy (93)
CNORode (116)
CNPBayes (87)
CNTools (253)
cnvGSA (92)
CNVPanelizer (103)
CNVrd2 (97)
CNVtools (109)
cnvtools (0)
cobindR (89)
CoCiteStats (97)
codelink (105)
CODEX (147)
coexnet (57)
CoGAPS (103)
cogena (130)
coGPS (89)
COHCAP (108)
coMET (122)
COMPASS (106)
compcodeR (105)
compEpiTools (112)
CompGO (104)
ComplexHeatmap (2243)
CONFESS (79)
ConsensusClusterPlus (1351)
consensusOV (57)
consensusSeekeR (88)
contiBAIT (81)
conumee (121)
convert (200)
copa (96)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (242)
CopyNumber450k (9)
CopywriteR (133)
CoRegNet (113)
Cormotif (92)
CorMut (92)
coRNAi (51)
CORREP (93)
coseq (93)
cosmiq (98)
cosmo (5)
cosmoGUI (2)
COSNet (91)
CountClust (121)
covEB (76)
CoverageView (110)
covRNA (78)
cpvSNP (88)
cqn (192)
CRImage (121)
CRISPRseek (141)
crisprseekplus (84)
CrispRVariants (115)
crlmm (196)
crossmeta (101)
CSAR (149)
csaw (244)
CSSP (95)
ctc (335)
CTDquerier (13)
ctsGE (93)
cummeRbund (1028)
cummerbund (0)
customProDB (129)
CVE (90)
cycle (95)
cydar (93)
CytoDx (10)
cytofkit (308)
cytolib (252)
CytoML (98)

D

dada2 (711)
dagLogo (87)
daMA (91)
DaMiRseq (85)
DAPAR (129)
DART (97)
DASC (33)
DASiR (7)
DAVIDQuery (9)
DBChIP (130)
dcGSA (77)
DChIPRep (92)
ddCt (149)
ddgraph (72)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (14)
debrowser (125)
DECIPHER (523)
DEComplexDisease (15)
DeconRNASeq (121)
decontam (14)
DEDS (120)
DeepBlueR (103)
deepSNV (125)
DEFormats (197)
DEGraph (91)
DEGreport (140)
DEGseq (289)
DelayedArray (10060)
DelayedMatrixStats (359)
deltaGseg (86)
DeMAND (93)
DEP (78)
derfinder (329)
derfinderHelper (279)
derfinderPlot (131)
DEScan2 (12)
deseq (0)
DESeq (3198)
DESeq2 (7545)
DEsingle (16)
destiny (746)
DEsubs (99)
DEXSeq (675)
dexus (98)
DFP (90)
DiffBind (594)
diffcoexp (14)
diffcyt (14)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (86)
diffHic (126)
DiffLogo (89)
diffloop (105)
diffuStats (54)
diggit (88)
Director (80)
DirichletMultinomial (375)
discordant (79)
dks (87)
DMCHMM (49)
DMRcaller (97)
DMRcate (460)
DMRforPairs (93)
DMRScan (75)
dmrseq (19)
DNABarcodes (113)
DNAcopy (2917)
DNaseR (3)
DNAshapeR (104)
domainsignatures (87)
DominoEffect (15)
doppelgangR (82)
DOQTL (116)
Doscheda (46)
DOSE (2576)
drawProteins (22)
DRIMSeq (131)
DriverNet (105)
DropletUtils (59)
DrugVsDisease (88)
dSimer (79)
DSS (530)
DTA (86)
dualKS (88)
DupChecker (86)
dupRadar (969)
dyebias (94)
DynDoc (573)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (144)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (193)
EBarrays (167)
EBcoexpress (95)
EBImage (2053)
EBSEA (78)
EBSeq (532)
EBSeqHMM (114)
ecolitk (93)
EDASeq (1493)
edd (2)
EDDA (95)
edge (140)
edger (0)
edgeR (8388)
eegc (80)
EGAD (95)
EGSEA (187)
eiR (62)
eisa (113)
ELBOW (84)
ELMER (259)
EMDomics (89)
EmpiricalBrownsMethod (100)
ENCODExplorer (110)
ENmix (129)
EnrichedHeatmap (159)
EnrichmentBrowser (237)
enrichplot (362)
ensembldb (3825)
ensemblVEP (140)
ENVISIONQuery (85)
EpiCluster (0)
EpiDISH (60)
epigenomix (99)
epiNEM (73)
epivizr (123)
epivizrChart (50)
epivizrData (115)
epivizrServer (111)
epivizrStandalone (93)
erccdashboard (117)
erma (200)
esATAC (101)
esetVis (84)
eudysbiome (78)
EventPointer (85)
EWCE (33)
ExiMiR (94)
exomeCopy (261)
exomecopy (0)
exomePeak (127)
exonfindR (0)
exonmap (4)
ExperimentHub (221)
ExperimentHubData (85)
explorase (78)
ExpressionAtlas (100)
ExpressionView (87)
exprExternal (1)
externalVector (2)

F

fabia (176)
facopy (82)
factDesign (99)
FamAgg (91)
farms (105)
fastLiquidAssociation (86)
FastqCleaner (2)
fastseg (352)
fbat (1)
fCCAC (76)
fCI (83)
fdrame (92)
FELLA (12)
FEM (320)
ffpe (105)
FGNet (158)
fgsea (2633)
FindMyFriends (112)
FISHalyseR (86)
FitHiC (101)
flagme (91)
flipflop (100)
flowAI (131)
flowBeads (86)
flowBin (84)
flowcatchR (87)
flowCHIC (85)
flowCL (134)
flowClean (127)
flowClust (301)
flowCore (1264)
flowCyBar (89)
flowDensity (144)
flowFit (90)
flowFlowJo (4)
flowFP (110)
flowMap (90)
flowMatch (89)
flowMeans (198)
flowMerge (135)
flowPeaks (141)
flowPhyto (3)
flowPloidy (85)
flowPlots (90)
flowq (0)
flowQ (117)
flowQB (89)
FlowRepositoryR (92)
FlowSOM (384)
flowStats (322)
flowTime (69)
flowTrans (112)
flowType (113)
flowUtils (424)
flowViz (585)
flowVS (90)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (539)
fmcsR (184)
focalCall (87)
FourCSeq (103)
FRGEpistasis (92)
frma (236)
frmaTools (107)
FunChIP (76)
FunciSNP (104)
funtooNorm (69)

G

GA4GHclient (76)
GA4GHshiny (54)
gaga (98)
gage (915)
gaggle (86)
gaia (174)
GAprediction (72)
garfield (76)
GARS (11)
GateFinder (12)
gaucho (79)
gcapc (81)
gcatest (80)
gCMAP (71)
gCMAPWeb (54)
gCrisprTools (79)
gcrma (1654)
GDCRNATools (35)
GDSArray (11)
gdsfmt (844)
geecc (79)
GEM (80)
genArise (97)
genbankr (141)
GENE.E (45)
gene2pathway (2)
GeneAnswers (155)
geneAttribution (74)
GeneBreak (83)
geneClassifiers (69)
GeneExpressionSignature (97)
genefilter (9878)
genefu (234)
GeneGA (73)
GeneGeneInteR (85)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (121)
GeneNetworkBuilder (102)
GeneOverlap (159)
geneplast (79)
geneplotter (7349)
GeneR (3)
geneRecommender (90)
GeneRegionScan (86)
GeneRfold (2)
geneRxCluster (79)
GeneSelectMMD (96)
GeneSelector (124)
GENESIS (154)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (12)
geNetClassifier (122)
GeneticsBase (1)
GeneticsDesign (112)
GeneticsPed (147)
GeneTraffic (1)
GeneTS (1)
geneXtendeR (84)
GENIE3 (157)
genoCN (90)
GenoGAM (88)
genomation (310)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (243)
GenomeInfoDb (14009)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (335)
genomeintervals (0)
genomes (109)
GenomicAlignments (10425)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (193)
GenomicFeatures (8727)
GenomicFiles (612)
GenomicInteractions (159)
GenomicRanges (16350)
GenomicScores (222)
GenomicTuples (90)
Genominator (104)
genoset (220)
genotypeeval (84)
GenoView (6)
genphen (73)
GenRank (82)
GenVisR (281)
GEOmetadb (249)
GEOquery (4177)
GEOsearch (61)
GEOsubmission (90)
gep2pep (16)
gespeR (100)
GEWIST (80)
gff3Plotter (1)
GGBase (142)
ggbio (1716)
ggcyto (303)
GGtools (135)
ggtree (1183)
GIGSEA (1)
girafe (140)
GISPA (68)
GLAD (207)
Glimma (610)
GlobalAncova (196)
globalSeq (82)
globaltest (558)
gmapR (90)
GMRP (68)
goCluster (0)
GOexpress (150)
GOfuncR (18)
GOFunction (106)
GoogleGenomics (95)
GOpro (87)
goProfiles (142)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (2638)
goseq (942)
GOSim (140)
goSTAG (75)
gostats (0)
GOstats (2062)
GOsummaries (138)
GOTHiC (112)
goTools (125)
gotools (0)
gpls (172)
gprege (82)
gQTLBase (200)
gQTLstats (204)
graph (8859)
GraphAlignment (97)
GraphAT (88)
graphite (820)
GraphPAC (96)
GRENITS (88)
GreyListChIP (91)
GRmetrics (115)
groHMM (103)
GRridge (73)
GSALightning (75)
GSAR (157)
GSCA (85)
GSEABase (3313)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (23)
GSEAlm (145)
gsean (15)
GSReg (85)
GSRI (85)
GSVA (575)
gtrellis (127)
GUIDEseq (92)
Guitar (97)
Gviz (2640)
gwascat (195)
GWASTools (315)
gwasurvivr (3)

H

h5vc (95)
hapFabia (93)
Harman (87)
Harshlight (90)
harshlight (0)
HCsnip (71)
HDF5Array (1326)
HDTD (82)
heatmaps (123)
Heatplus (634)
HelloRanges (98)
HELP (92)
HEM (89)
hexbin (5)
hiAnnotator (101)
HIBAG (109)
HiCcompare (55)
hicrep (83)
hierGWAS (83)
HilbertCurve (122)
HilbertVis (296)
HilbertVisGUI (75)
hipathia (11)
hiReadsProcessor (68)
HiTC (212)
hmdbQuery (17)
HMMcopy (157)
hopach (221)
hpar (223)
HTqPCR (213)
HTSanalyzeR (149)
HTSeqGenie (61)
htseqtools (0)
htSeqTools (158)
HTSFilter (168)
HybridMTest (91)
hyperdraw (119)
hypergraph (154)

I

iASeq (82)
iasva (2)
iBBiG (140)
ibh (83)
iBMQ (77)
iCARE (81)
Icens (316)
icetea (2)
iCheck (90)
iChip (84)
iClusterPlus (148)
iCNV (13)
iCOBRA (90)
ideal (86)
ideogram (0)
IdeoViz (121)
idiogram (86)
IdMappingAnalysis (79)
IdMappingRetrieval (80)
iFlow (3)
iGC (80)
igvR (11)
IHW (431)
illuminaio (1802)
imageHTS (97)
IMAS (72)
Imetagene (79)
IMMAN (11)
ImmuneSpaceR (88)
immunoClust (86)
IMPCdata (76)
ImpulseDE (82)
ImpulseDE2 (84)
impute (4832)
InPAS (82)
INPower (80)
inSilicoDb (32)
inSilicoMerging (31)
insilicomerging (0)
INSPEcT (89)
InTAD (10)
intansv (101)
InteractionSet (203)
interactiveDisplay (261)
interactiveDisplayBase (3525)
IntEREst (76)
InterMineR (52)
IntramiRExploreR (46)
inversion (0)
inveRsion (81)
IONiseR (113)
iontree (83)
iPAC (103)
ipdDb (0)
IPO (147)
IPPD (155)
IRanges (22034)
IrisSpatialFeatures (40)
iSEE (21)
iSeq (90)
iSNetwork (1)
isobar (183)
IsoformSwitchAnalyzeR (88)
IsoGeneGUI (87)
ISoLDE (76)
isomiRs (86)
iSPlot (1)
ITALICS (88)
iterativeBMA (94)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (88)
iterClust (48)
iteremoval (17)
IVAS (84)
ivygapSE (40)
IWTomics (66)

J

JASPAR2018 (67)
jmosaics (9)
joda (87)
JunctionSeq (136)

K

karyoploteR (231)
KCsmart (83)
kebabs (153)
KEGGgraph (1976)
KEGGlincs (84)
keggorth (1)
keggorthology (114)
KEGGprofile (195)
KEGGREST (2718)
KEGGSOAP (4)
kimod (77)
kissDE (16)
kmknn (1)

L

lapmix (85)
LBE (133)
ldblock (183)
LEA (267)
LedPred (77)
les (88)
lfa (204)
limma (15702)
limmaGUI (142)
LINC (80)
LineagePulse (18)
Linnorm (122)
LiquidAssociation (86)
lmdme (92)
LMGene (101)
LOBSTAHS (92)
loci2path (19)
logicFS (219)
logitT (86)
Logolas (112)
lol (81)
LOLA (147)
LowMACA (81)
LPE (104)
LPEadj (85)
lpNet (82)
lpsymphony (489)
lumi (897)
LVSmiRNA (89)
LymphoSeq (90)

M

M3C (42)
M3D (85)
M3Drop (170)
maanova (113)
macat (86)
maCorrPlot (90)
MACPET (13)
maDB (2)
madb (0)
made4 (351)
MADSEQ (79)
maftools (604)
MAGeCKFlute (15)
maigesPack (93)
MAIT (119)
makecdfenv (217)
makePlatformDesign (1)
MANOR (88)
manta (87)
MantelCorr (85)
mAPKL (79)
maPredictDSC (86)
mapscape (70)
marray (1184)
martini (10)
maser (2)
maSigPro (273)
maskBAD (83)
MassArray (92)
massarray (0)
massiR (84)
MassSpecWavelet (790)
MAST (421)
matchBox (80)
matchprobes (2)
Matrix (0)
MatrixRider (82)
matter (118)
MaxContrastProjection (67)
MBAmethyl (74)
MBASED (89)
MBCB (89)
mBPCR (88)
MBttest (65)
mcaGUI (88)
MCbiclust (77)
MCRestimate (90)
mCSEA (15)
mdgsa (95)
mdp (11)
mdqc (93)
MDTS (11)
MEAL (82)
MeasurementError.cor (85)
MEDIPS (153)
MEDME (83)
MEIGOR (100)
mergemaid (0)
MergeMaid (132)
Mergeomics (82)
MeSHDbi (171)
meshes (90)
meshr (122)
MeSHSim (35)
messina (78)
metaArray (117)
metaarray (0)
Metab (98)
metabomxtr (90)
MetaboSignal (83)
metaCCA (84)
MetaCyto (45)
metagene (113)
metagenomeFeatures (89)
metagenomeSeq (558)
MetaGxOvarian (6)
metahdep (81)
metaMS (110)
MetaNeighbor (14)
metaR (0)
metaSeq (94)
metaseqR (110)
metavizr (82)
metaX (9)
MetCirc (81)
methimpute (43)
methInheritSim (50)
MethPed (73)
MethTargetedNGS (76)
methVisual (89)
methyAnalysis (170)
MethylAid (97)
methylGSA (0)
methylInheritance (71)
methylKit (378)
MethylMix (111)
methylMnM (81)
methylPipe (123)
MethylSeekR (102)
methylumi (1007)
methyvim (47)
mfa (56)
Mfuzz (293)
mfuzz (0)
MGFM (81)
MGFR (76)
mgsa (106)
MiChip (82)
microbiome (182)
microRNA (167)
MIGSA (78)
mimager (67)
MIMOSA (87)
MineICA (91)
minet (753)
minfi (1559)
MinimumDistance (84)
MiPP (88)
MIRA (48)
MiRaGE (87)
miRBaseConverter (55)
miRcomp (76)
mirIntegrator (84)
miRLAB (97)
miRmine (41)
miRNAmeConverter (84)
miRNApath (103)
miRNAtap (133)
miRsponge (46)
Mirsynergy (89)
missMethyl (487)
missRows (10)
mitoODE (77)
MLInterfaces (340)
mlm4omics (1)
MLP (101)
MLSeq (123)
MMDiff (9)
MMDiff2 (78)
mmgmos (1)
mmnet (38)
MmPalateMiRNA (87)
MODA (82)
mogsa (91)
monocle (949)
MoonlightR (83)
MoPS (80)
mosaics (146)
motifbreakR (106)
motifcounter (69)
MotifDb (305)
motifmatchr (76)
motifRG (123)
motifStack (407)
MotIV (375)
MPFE (77)
mpra (48)
mQTL.NMR (93)
msa (699)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (67)
MSGFgui (151)
MSGFplus (189)
msmsEDA (175)
msmsTests (169)
MSnbase (1187)
MSnID (179)
msPurity (83)
msQC (0)
MSstats (262)
MSstatsQC (50)
MSstatsQCgui (10)
mtbls2 (0)
Mulcom (133)
MultiAssayExperiment (450)
multiClust (123)
MultiDataSet (105)
MultiMed (78)
multiMiR (72)
multiOmicsViz (71)
multiscan (83)
multtest (5260)
muscle (173)
MutationalPatterns (159)
MVCClass (89)
mvGST (74)
MWASTools (90)
mygene (348)
myvariant (103)
mzID (1045)
mzR (1296)

N

NADfinder (69)
NanoStringDiff (117)
NanoStringQCPro (110)
NarrowPeaks (87)
ncdfFlow (467)
NCIgraph (97)
ndexr (53)
neaGUI (14)
nem (151)
netbenchmark (91)
netbiov (107)
NetCRG (0)
nethet (84)
NetPathMiner (106)
netprioR (73)
netReg (70)
netresponse (93)
NetSAM (81)
netSmooth (12)
networkBMA (93)
NGScopy (82)
nnNorm (89)
NOISeq (511)
nondetects (93)
normalize450K (73)
NormqPCR (267)
normr (81)
npGSEA (93)
NTW (81)
nucleoSim (80)
nucleR (100)
nucler (0)
nudge (82)
NuPoP (88)

O

occugene (80)
OCplus (142)
odseq (74)
OGSA (77)
oligo (1456)
oligoClasses (1497)
OLIN (93)
OLINgui (86)
OmaDB (7)
omicade4 (108)
omiccircos (0)
OmicCircos (271)
omicplotR (12)
omicRexposome (31)
OmicsMarkeR (101)
omicsPrint (14)
Onassis (37)
oncomix (43)
OncoScore (90)
OncoSimulR (96)
oneChannelGUI (80)
oneSENSE (44)
onlineFDR (1)
ontoCAT (91)
ontoProc (42)
ontoTools (1)
openCyto (231)
openPrimeR (52)
openPrimeRui (40)
OperaMate (61)
oposSOM (103)
oppar (72)
OPWeight (55)
OrderedList (251)
ORFik (12)
Organism.dplyr (152)
OrganismDbi (2114)
OSAT (97)
Oscope (89)
OTUbase (88)
OutlierD (103)

P

PAA (105)
PADOG (186)
paircompviz (88)
pairseqsim (1)
pamr (4)
PAN (0)
pandaR (98)
panelcn.mops (47)
PAnnBuilder (101)
panp (106)
PANR (86)
PanVizGenerator (81)
PAPi (97)
parglms (75)
parody (155)
Path2PPI (92)
pathifier (222)
PathNet (102)
PathoStat (99)
pathprint (66)
pathRender (88)
pathVar (78)
pathview (2022)
PathwaySplice (46)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (137)
Pbase (99)
pbcmc (79)
pcaExplorer (243)
pcaGoPromoter (137)
pcaMethods (2303)
PCAN (75)
pcot2 (126)
PCpheno (84)
pcxn (43)
pdInfoBuilder (171)
pdmclass (59)
PECA (91)
pepStat (88)
pepXMLTab (88)
perturbatr (12)
PGA (91)
pgca (67)
PGSEA (211)
pgUtils (2)
phantasus (11)
PharmacoGx (128)
phenoDist (81)
phenopath (56)
phenoTest (120)
PhenStat (85)
philr (92)
phosphonormalizer (71)
phyloseq (2116)
Pi (84)
piano (337)
pickgene (87)
PICS (143)
Pigengene (83)
PING (86)
pint (89)
pkgDepTools (114)
plateCore (92)
plethy (80)
plgem (98)
plier (220)
PLPE (87)
plrs (81)
plw (82)
plyranges (16)
pmm (74)
podkat (85)
pogos (14)
polyester (153)
Polyfit (82)
POST (64)
PowerExplorer (13)
powerTCR (13)
PPInfer (81)
ppiStats (95)
pqsfinder (86)
prada (252)
prebs (82)
PREDA (91)
predictionet (52)
preprocessCore (7657)
Prize (78)
proBAMr (91)
PROcess (180)
procoil (88)
ProCoNA (81)
proFIA (83)
profileScoreDist (69)
progeny (51)
pRoloc (235)
pRolocGUI (99)
PROMISE (84)
PROPER (101)
PROPS (42)
Prostar (113)
prot2D (86)
proteinProfiles (80)
ProteomicsAnnotationHubData (84)
proteoQC (98)
ProtGenerics (3660)
PSEA (82)
psichomics (94)
PSICQUIC (107)
psygenet2r (93)
puma (143)
PureCN (126)
pvac (91)
pvca (150)
Pviz (97)
PWMEnrich (138)
pwOmics (85)
pxr (0)

Q

qcmetrics (91)
QDNAseq (173)
qpcrNorm (95)
qpgraph (203)
qPLEXanalyzer (1)
qrqc (167)
qsea (80)
qtbase (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (96)
quantro (114)
quantsmooth (348)
QuartPAC (81)
QuasR (299)
QuaternaryProd (75)
QUBIC (116)
qusage (181)
qvalue (4474)

R

R3CPET (77)
r3Cseq (137)
R453Plus1Toolbox (87)
R4RNA (83)
RaggedExperiment (301)
rain (101)
rama (93)
ramigo (0)
RamiGO (125)
ramwas (74)
RandomWalkRestartMH (11)
randPack (85)
RankProd (388)
RareVariantVis (80)
Rariant (87)
RbcBook1 (99)
RBGL (5285)
RBioinf (91)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (156)
RBM (75)
Rbowtie (303)
Rbowtie2 (99)
rbsurv (107)
Rcade (94)
RCAS (84)
RCASPAR (81)
rcellminer (100)
rCGH (100)
Rchemcpp (94)
RchyOptimyx (97)
RcisTarget (32)
RConferoMapping (0)
Rcpi (131)
RCy3 (201)
RCyjs (83)
RCytoscape (245)
RDAVIDWebService (375)
Rdbi (1)
RdbiPgSQL (1)
rDGIdb (89)
Rdisop (263)
RDRToolbox (181)
ReactomePA (703)
readat (96)
ReadqPCR (277)
reb (80)
recount (252)
recoup (79)
RedeR (174)
REDseq (126)
RefNet (80)
RefPlus (88)
regioneR (790)
regionReport (161)
regsplice (78)
REMP (88)
Repitools (257)
ReportingTools (798)
reposTools (1)
ReQON (80)
Resourcerer (3)
restfulSE (51)
rexposome (44)
rfcdmin (0)
rflowcyt (2)
rfPred (86)
rGADEM (451)
RGalaxy (93)
Rgin (11)
RGMQL (16)
RGraph2js (73)
Rgraphviz (5141)
rGREAT (134)
RGSEA (111)
rgsepd (81)
rhdf5 (5476)
rhdf5client (54)
Rhdf5lib (1515)
Rhtslib (606)
rHVDM (78)
RiboProfiling (109)
riboSeq (0)
riboSeqR (103)
RImmPort (82)
Ringo (294)
Rintact (1)
RIPSeeker (146)
Risa (96)
RITAN (68)
RIVER (76)
RJMCMCNucleosomes (75)
RLMM (84)
RMAGEML (1)
Rmagpie (85)
RMAPPER (2)
RMassBank (113)
rMAT (78)
RmiR (84)
rmir (0)
Rmmquant (2)
RNAdecay (9)
RNAinteract (84)
RNAither (87)
rnaither (0)
RNAprobR (79)
rnaseqcomp (85)
RnaSeqGeneEdgeRQL (90)
rnaSeqMap (91)
RNASeqPower (162)
RnaSeqSampleSize (111)
RnBeads (251)
Rnits (85)
roar (99)
ROC (749)
Roleswitch (106)
Rolexa (8)
rols (217)
roma (4)
ROntoTools (107)
ropls (315)
ROTS (152)
RPA (123)
RProtoBufLib (276)
RpsiXML (108)
rpx (298)
Rqc (126)
rqt (72)
rqubic (131)
rRDP (80)
Rredland (1)
RRHO (103)
Rsamtools (9750)
rsbml (134)
RSeqAn (9)
rSFFreader (56)
RSNPper (1)
Rsubread (1738)
RSVSim (93)
rTANDEM (194)
RTCA (92)
RTCGA (390)
RTCGAToolbox (412)
RTN (132)
RTNduals (73)
RTNsurvival (48)
RTools4TB (2)
RTopper (90)
rtracklayer (10116)
Rtreemix (88)
rTRM (93)
rTRMui (83)
runibic (51)
Ruuid (2)
RUVcorr (91)
RUVnormalize (103)
RUVSeq (531)
RVS (44)
RWebServices (5)
rWikiPathways (13)

S

S4Vectors (21872)
safe (330)
SAGElyzer (1)
sagenhaft (83)
SAGx (160)
samExploreR (60)
sampleClassifier (70)
SamSPECTRAL (125)
sangerseqR (242)
SANTA (91)
sapFinder (79)
saps (6)
savR (101)
sbgr (4)
SBMLR (103)
SC3 (478)
Scale4C (43)
SCAN.UPC (161)
scater (1408)
scDD (129)
scde (368)
scFeatureFilter (14)
scfind (66)
ScISI (98)
scmap (95)
scmeth (11)
SCnorm (110)
scone (146)
Sconify (11)
scoreInvHap (46)
scPipe (59)
scran (917)
scsR (76)
SDAMS (10)
segmentSeq (134)
SELEX (82)
SemDist (79)
semisup (71)
SemSim (1)
SEPA (78)
SEPIRA (10)
seq2pathway (90)
SeqArray (214)
seqbias (97)
seqCAT (41)
seqCNA (91)
seqcombo (50)
SeqGSEA (189)
seqLogo (929)
Seqnames (0)
seqPattern (293)
seqplots (154)
seqsetvis (10)
SeqSQC (41)
seqTools (105)
SeqVarTools (169)
sesame (1)
sevenbridges (107)
sevenC (9)
SGSeq (146)
shinyMethyl (149)
shinyTANDEM (90)
ShortRead (4055)
shortread (0)
SIAMCAT (9)
SICtools (47)
sidap (0)
sigaR (98)
SigCheck (81)
sigFeature (2)
SigFuge (80)
siggenes (1626)
sights (75)
signeR (106)
signet (18)
sigPathway (158)
sigsquared (76)
SIM (85)
SIMAT (86)
SimBindProfiles (78)
similaRpeak (84)
SIMLR (188)
simpleaffy (792)
simulatorAPMS (1)
simulatorZ (81)
sincell (109)
SingleCellExperiment (867)
singleCellTK (15)
singscore (10)
SISPA (75)
sizepower (102)
SJava (5)
skewr (72)
slalom (52)
SLGI (86)
slingshot (2)
slinky (1)
SLqPCR (101)
SMAP (80)
SMITE (88)
SNAData (1)
SNAGEE (83)
snapCGH (103)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (243)
SNPediaR (88)
SNPhood (86)
snpMatrix (7)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (704)
snpStats (928)
soGGi (89)
SomatiCA (14)
SomaticSignatures (232)
SpacePAC (85)
spade (28)
sparseDOSSA (67)
SparseSignatures (11)
specL (92)
SpeCond (124)
SPEM (89)
SPIA (444)
SpidermiR (117)
spikeLI (78)
spkTools (86)
splatter (166)
splicegear (84)
spliceR (149)
spliceSites (83)
SplicingGraphs (132)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (79)
SPLINTER (76)
splots (218)
SPONGE (42)
spotSegmentation (89)
SQUADD (81)
SRAdb (534)
sRAP (84)
SRGnet (69)
srnadiff (14)
sscore (88)
sscu (74)
sSeq (114)
ssize (120)
SSPA (223)
ssviz (84)
stageR (47)
stam (1)
STAN (92)
staRank (81)
StarBioTrek (79)
Starr (90)
STATegRa (93)
statTarget (123)
stepNorm (87)
stepwiseCM (36)
Streamer (84)
STRINGdb (413)
STROMA4 (69)
subSeq (97)
SummarizedBenchmark (12)
SummarizedExperiment (13332)
supraHex (440)
survcomp (469)
Sushi (256)
sva (2964)
SVAPLSseq (72)
SVM2CRM (74)
SWATH2stats (100)
SwathXtend (73)
swfdr (67)
SwimR (76)
switchBox (93)
switchde (82)
synapter (163)
synergyfinder (112)
synlet (72)
systemPipeR (691)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (91)
TargetSearch (88)
targetsearch (0)
TarSeqQC (90)
TCC (198)
TCGAbiolinks (1087)
TCGAbiolinksGUI (165)
TCGAutils (13)
TCseq (86)
TDARACNE (88)
tdaracne (0)
tenXplore (41)
TEQC (116)
ternarynet (77)
TFARM (42)
TFBSTools (385)
TFEA.ChIP (15)
TFHAZ (42)
TFutils (13)
tiger (0)
tigre (93)
tilingArray (127)
timecourse (123)
TimerQuant (0)
timescape (72)
TIN (76)
TissueEnrich (12)
TitanCNA (115)
tkWidgets (547)
TMixClust (54)
TnT (48)
tofsims (80)
ToPASeq (62)
topdownr (44)
topGO (2202)
topicmodels (0)
TPP (99)
tracktables (87)
trackViewer (207)
transcriptogramer (44)
transcriptR (80)
tRanslatome (83)
TransView (86)
traseR (82)
treeio (862)
trena (38)
TReNA (29)
Trendy (16)
triform (77)
trigger (81)
trio (109)
triplex (89)
tRNAscanImport (10)
TRONCO (117)
TSCAN (187)
tspair (100)
TSRchitect (79)
TSSi (84)
TTMap (12)
TurboNorm (82)
TVTB (73)
tweeDEseq (113)
twilight (246)
twoddpcr (75)
tximport (1970)
TxRegInfra (8)
TypeInfo (80)

U

Ularcirc (2)
UNDO (81)
unifiedWMWqPCR (79)
UniProt.ws (244)
Uniquorn (72)
uSORT (72)

V

VanillaICE (118)
variancePartition (138)
VariantAnnotation (4745)
VariantFiltering (126)
VariantTools (126)
vbmp (137)
Vega (81)
VegaMC (79)
vidger (13)
viper (158)
virtualArray (13)
vsn (2711)
vtpnet (76)
vulcan (42)

W

wateRmelon (516)
wavClusteR (89)
waveTiling (83)
weaver (111)
webbioc (90)
widgetInvoke (1)
widgetTools (562)
wiggleplotr (78)

X

XBSeq (91)
xcms (982)
XDE (79)
xmapbridge (81)
xmapcore (2)
xps (95)
XVector (15057)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (86)
YAPSA (85)
yaqcaffy (113)
yarn (87)

Z

zFPKM (54)
zinbwave (147)
zlibbioc (17062)