See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2022-06-21 16:50:48 -0400 (Tue, 21 Jun 2022).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month).


Top 75

1BiocGenerics (49607)
2S4Vectors (47463)
3BiocVersion (47415)
4GenomeInfoDb (43025)
5IRanges (42497)
6Biobase (41764)
7zlibbioc (40852)
8XVector (39425)
9Biostrings (34567)
10BiocParallel (34329)
11GenomicRanges (32914)
12DelayedArray (32776)
13SummarizedExperiment (31556)
14MatrixGenerics (31212)
15limma (30405)
16AnnotationDbi (29608)
17KEGGREST (23943)
18annotate (19472)
19genefilter (19379)
20biomaRt (18517)
21BiocFileCache (17872)
22Rhtslib (17452)
23Rsamtools (17374)
24edgeR (17197)
25rtracklayer (16974)
26GenomicAlignments (16728)
27graph (16355)
28Rhdf5lib (16222)
29DESeq2 (15066)
30geneplotter (14746)
31GenomicFeatures (14512)
32rhdf5 (13874)
33rhdf5filters (12618)
34qvalue (11725)
35preprocessCore (11660)
36ggtree (11320)
37treeio (11026)
38enrichplot (10978)
39BiocIO (10925)
40fgsea (10787)
41clusterProfiler (10711)
42DOSE (10690)
43GOSemSim (10158)
44DelayedMatrixStats (10101)
45sparseMatrixStats (9245)
46RBGL (9150)
47GEOquery (9100)
48beachmat (8954)
49multtest (8932)
50Rgraphviz (8928)
51SingleCellExperiment (8599)
52BSgenome (8462)
53ComplexHeatmap (8285)
54ProtGenerics (8231)
55AnnotationHub (8081)
56ensembldb (7910)
57HDF5Array (7890)
58impute (7763)
59affyio (7671)
60BiocSingular (7425)
61affy (7395)
62AnnotationFilter (6867)
63interactiveDisplayBase (6732)
64GSEABase (6309)
65VariantAnnotation (6225)
66ScaledMatrix (5982)
67BiocNeighbors (5549)
68sva (5260)
69scuttle (5203)
70BiocStyle (5099)
71ShortRead (5080)
72vsn (4521)
73ExperimentHub (4446)
74biovizBase (4166)
75KEGGgraph (4085)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (67)
a4Base (87)
a4Classif (70)
a4Core (100)
a4Preproc (106)
a4Reporting (70)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (56)
ABarray (54)
abseqR (56)
ABSSeq (77)
acde (70)
ACE (69)
aCGH (122)
ACME (68)
ADaCGH2 (51)
ADAM (52)
ADAMgui (51)
adaptest (3)
adductomicsR (51)
ADImpute (51)
adSplit (56)
AffiXcan (49)
affxparser (1581)
affy (7395)
affycomp (69)
AffyCompatible (74)
affyContam (60)
affycoretools (347)
affydata (0)
AffyExpress (7)
affyILM (48)
affyio (7671)
affylmGUI (64)
affyPara (28)
affypdnn (5)
affyPLM (1096)
affyQCReport (24)
affyqcreport (0)
AffyRNADegradation (53)
AffyTiling (1)
AGDEX (51)
aggregateBioVar (51)
Agi4x44PreProcess (0)
agilp (137)
AgiMicroRna (144)
agimicrorna (0)
AIMS (346)
airpart (44)
ALDEx2 (532)
alevinQC (68)
AllelicImbalance (76)
AlphaBeta (50)
alpine (79)
ALPS (25)
AlpsNMR (55)
alsace (57)
altcdfenvs (60)
AMARETTO (50)
AMOUNTAIN (74)
amplican (71)
ampliQueso (2)
AnalysisPageServer (4)
anamiR (4)
Anaquin (53)
ANCOMBC (421)
AneuFinder (84)
ANF (54)
animalcules (81)
annaffy (238)
AnnBuilder (0)
annmap (50)
annotate (19472)
AnnotationDbi (29608)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (6867)
AnnotationForge (2638)
AnnotationFuncs (12)
AnnotationHub (8081)
AnnotationHubData (182)
annotationTools (84)
annotatr (346)
anota (62)
anota2seq (61)
antiProfiles (51)
AnVIL (568)
AnVILBilling (42)
AnVILPublish (50)
APAlyzer (62)
apcluster (0)
apComplex (56)
apcomplex (0)
apeglm (2806)
APL (4)
applera (0)
appreci8R (49)
aroma.light (1729)
ArrayExpress (539)
ArrayExpressHTS (45)
arrayMagic (0)
arrayMvout (44)
arraymvout (0)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (62)
arrayQualityMetrics (471)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (16)
ArrayTV (5)
ARRmNormalization (53)
artMS (75)
ASAFE (58)
ASEB (57)
ASGSCA (53)
ASICS (66)
asmn (0)
ASpediaFI (48)
ASpli (83)
AssessORF (49)
ASSET (67)
ASSIGN (68)
ASURAT (6)
ATACseqQC (259)
atena (28)
AtlasRDF (2)
atSNP (53)
attract (52)
AUCell (1054)
autonomics (46)
Autotuner (48)
AWFisher (49)
awst (43)

B

BaalChIP (60)
BAC (57)
bacon (94)
BADER (61)
BadRegionFinder (49)
BAGS (50)
ballgown (568)
bambu (78)
bamsignals (776)
BANDITS (56)
bandle (6)
banocc (49)
barcodetrackR (41)
basecallQC (54)
BaseSpaceR (58)
Basic4Cseq (54)
BASiCS (100)
BasicSTARRseq (52)
basilisk (788)
basilisk.utils (787)
batchelor (2253)
BatchQC (120)
BayesKnockdown (46)
BayesPeak (9)
BayesSpace (152)
bayNorm (77)
baySeq (533)
BBCAnalyzer (44)
BCRANK (61)
bcSeq (52)
BDMMAcorrect (52)
beachmat (8954)
beadarray (604)
beadarraySNP (55)
BeadDataPackR (616)
beaddatapackr (0)
BeadExplorer (0)
BEARscc (49)
BEAT (46)
BEclear (70)
beer (8)
benchdamic (23)
BentoBox (2)
betr (2)
bgafun (4)
BgeeCall (52)
BgeeDB (89)
BGmix (48)
bgx (59)
BHC (124)
BicARE (85)
BiFET (58)
BiGGR (50)
BigMatrix (0)
bigmelon (64)
bigmemoryExtras (13)
bigPint (77)
bim (0)
BindingSiteFinder (26)
bioassayR (66)
Biobase (41764)
biobase (0)
biobroom (168)
biobtreeR (53)
bioCancer (68)
BiocBaseUtils (1)
BiocCaseStudies (7)
BiocCheck (1793)
biocDatasets (0)
BiocDockerManager (53)
BiocFileCache (17872)
BiocGenerics (49607)
biocGraph (108)
BiocInstaller (1235)
Biocinstaller (0)
biocinstaller (0)
BiocIO (10925)
biocLite (0)
BiocNeighbors (5549)
BiocOncoTK (62)
Bioconductor (0)
BioCor (64)
BiocParallel (34329)
BiocPkgTools (91)
BiocSet (174)
BiocSingular (7425)
BiocSklearn (66)
BiocStyle (5099)
biocthis (127)
BiocVersion (47415)
biocViews (3670)
BiocWorkflowTools (173)
biodb (58)
biodbChebi (21)
biodbExpasy (6)
biodbHmdb (21)
biodbKegg (22)
biodbLipidmaps (17)
biodbMirbase (5)
biodbNcbi (5)
biodbNci (5)
biodbUniprot (19)
bioDist (199)
biomaRt (18517)
BioMedR (1)
biomformat (3944)
BioMM (54)
BioMVCClass (48)
biomvRCNS (51)
BioNERO (69)
BioNet (238)
bionet (0)
BioNetStat (60)
BioPlex (25)
BioQC (122)
BioSeqClass (10)
biosigner (68)
Biostrings (34567)
biostrings (0)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (4)
BioTIP (53)
biotmle (52)
biovizBase (4166)
BiRewire (89)
birta (5)
birte (2)
biscuiteer (57)
BiSeq (76)
BitSeq (60)
blacksheepr (51)
blima (57)
BLMA (55)
BloodGen3Module (47)
bluster (2533)
bnbc (52)
bnem (44)
BOBaFIT (10)
borealis (4)
BPRMeth (59)
BRAIN (119)
brainflowprobes (46)
brainImageR (1)
BrainSABER (44)
BrainStars (11)
branchpointer (59)
breakpointR (52)
brendaDb (51)
BRGenomics (89)
bridge (48)
BridgeDbR (68)
BrowserViz (101)
BrowserVizDemo (2)
BSgenome (8462)
bsseq (1106)
BubbleTree (54)
BufferedMatrix (60)
BufferedMatrixMethods (49)
bugsigdbr (36)
BUMHMM (45)
bumphunter (2012)
BumpyMatrix (205)
BUS (53)
BUScorrect (49)
BUSpaRse (201)
BUSseq (24)
BuxcoR (0)

C

CAEN (40)
CAFE (48)
CAGEfightR (71)
cageminer (24)
CAGEr (84)
CALIB (4)
calm (45)
CAMERA (388)
CAMTHC (3)
canceR (57)
cancerclass (57)
CancerInSilico (50)
CancerMutationAnalysis (6)
CancerSubtypes (198)
CAnD (50)
caOmicsV (47)
Cardinal (101)
CARNIVAL (115)
casper (57)
CATALYST (343)
Category (2266)
categoryCompare (50)
CausalR (55)
cbaf (54)
CBEA (6)
cBioPortalData (183)
cbpManager (44)
ccfindR (88)
ccmap (77)
CCPROMISE (46)
ccrepe (130)
celaref (76)
celda (258)
CellaRepertorium (49)
CellBarcode (21)
cellbaseR (58)
CellBench (80)
cellGrowth (5)
cellHTS (1)
cellHTS2 (118)
CelliD (101)
cellity (53)
CellMapper (53)
cellmigRation (41)
CellMixS (63)
CellNOptR (83)
cellscape (50)
CellScore (47)
CellTrails (53)
cellTree (56)
cellxgenedp (6)
CEMiTool (168)
censcyt (40)
Cepo (33)
ceRNAnetsim (43)
CeTF (61)
CexoR (28)
CFAssay (66)
cfDNAPro (27)
CGEN (61)
CGHbase (266)
CGHcall (239)
cghMCR (61)
CGHnormaliter (48)
CGHregions (53)
ChAMP (592)
CHARGE (3)
charm (3)
ChemmineOB (166)
ChemmineR (432)
chemminer (0)
CHETAH (77)
ChIC (59)
Chicago (77)
chimera (8)
chimeraviz (84)
ChIPanalyser (46)
ChIPComp (58)
chipenrich (106)
ChIPexoQual (49)
ChIPpeakAnno (893)
ChIPQC (284)
ChIPseeker (1417)
chipseq (471)
ChIPseqR (103)
ChIPSeqSpike (8)
ChIPsim (102)
ChIPXpress (44)
chopsticks (84)
chroGPS (4)
chromDraw (50)
ChromHeatMap (58)
ChromoViz (0)
chromPlot (86)
ChromSCape (45)
chromstaR (72)
chromswitch (49)
chromVAR (700)
CHRONOS (57)
cicero (187)
CIMICE (42)
CINdex (59)
cindex (0)
circRNAprofiler (59)
cisPath (56)
CiteFuse (78)
ClassifyR (61)
cleanUpdTSeq (51)
cleaver (185)
clippda (50)
clipper (78)
cliProfiler (22)
cliqueMS (62)
Clomial (50)
Clonality (57)
clonotypeR (65)
clst (60)
clstutils (54)
CluMSID (58)
clustComp (53)
clusterExperiment (341)
ClusterJudge (47)
clusterProfiler (10711)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (44)
ClusterSignificance (52)
clusterStab (101)
clustifyr (128)
CMA (134)
cmapR (213)
cn.farms (49)
cn.mops (191)
CNAnorm (54)
cnanorm (0)
CNEr (1135)
CNORdt (51)
CNORfeeder (50)
CNORfuzzy (51)
CNORode (67)
CNPBayes (2)
CNTools (95)
CNVfilteR (52)
CNVgears (45)
cnvGSA (50)
CNViz (39)
CNVMetrics (12)
CNVPanelizer (61)
CNVRanger (75)
CNVrd2 (48)
CNVtools (5)
cnvtools (0)
cobindR (4)
CoCiteStats (44)
COCOA (48)
codelink (57)
CODEX (84)
coexnet (48)
CoGAPS (110)
cogena (90)
cogeqc (5)
Cogito (20)
coGPS (57)
COHCAP (56)
cola (121)
comapr (11)
combi (47)
coMET (71)
coMethDMR (11)
compartmap (52)
COMPASS (68)
compcodeR (75)
compEpiTools (56)
CompGO (31)
ComplexHeatmap (8285)
CompoundDb (10)
ComPrAn (39)
conclus (38)
condcomp (1)
condiments (61)
CONFESS (44)
consensus (45)
ConsensusClusterPlus (2523)
consensusDE (49)
consensusOV (53)
consensusSeekeR (54)
CONSTANd (52)
contiBAIT (48)
conumee (123)
convert (121)
copa (48)
COPDSexualDimorphism (0)
copynumber (379)
CopyNumber450k (1)
CopyNumberPlots (82)
CopywriteR (72)
coRdon (119)
CoRegFlux (3)
CoRegNet (66)
CoreGx (157)
Cormotif (46)
CorMut (4)
coRNAi (1)
corral (74)
CORREP (52)
coseq (90)
cosmiq (50)
cosmo (0)
cosmoGUI (0)
cosmosR (56)
COSNet (56)
COTAN (10)
CountClust (60)
countsimQC (61)
covEB (47)
CoverageView (72)
covRNA (49)
cpvSNP (50)
cqn (271)
CRImage (70)
crisprBase (11)
crisprBowtie (8)
crisprBwa (4)
crisprScore (11)
CRISPRseek (95)
crisprseekplus (44)
CrispRVariants (85)
crlmm (108)
CrossICC (3)
crossmeta (77)
CSAR (101)
csaw (316)
csawBook (4)
csdR (25)
CSSP (58)
CSSQ (41)
ctc (241)
CTDquerier (47)
ctgGEM (39)
cTRAP (50)
ctsGE (51)
cummeRbund (289)
cummerbund (0)
customCMPdb (46)
customProDB (70)
CVE (4)
cyanoFilter (42)
cycle (44)
cydar (85)
CytoDx (54)
cytofast (9)
cytofkit (24)
CyTOFpower (20)
CytoGLMM (47)
cytoKernel (19)
cytolib (2165)
cytomapper (111)
cytoMEM (5)
CytoML (1054)
CytoTree (80)

D

dada2 (1997)
dagLogo (58)
daMA (46)
DAMEfinder (43)
DaMiRseq (77)
DAPAR (90)
DART (52)
DASC (1)
DASiR (1)
dasper (56)
DAVIDQuery (1)
DBChIP (16)
dcanr (65)
dce (62)
dcGSA (47)
DChIPRep (3)
ddCt (97)
ddgraph (2)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (45)
dearseq (56)
debCAM (54)
debrowser (148)
DECIPHER (1537)
deco (48)
DEComplexDisease (47)
decompTumor2Sig (71)
DeconRNASeq (174)
decontam (493)
deconvR (21)
decoupleR (77)
DEDS (4)
DeepBlueR (56)
DeepPINCS (41)
deepSNV (95)
DEFormats (209)
DegNorm (46)
DEGraph (50)
DEGreport (462)
DEGseq (212)
DelayedArray (32776)
DelayedDataFrame (51)
DelayedMatrixStats (10101)
DelayedRandomArray (44)
DelayedTensor (27)
deltaCaptureC (42)
deltaGseg (46)
DeMAND (51)
DeMixT (63)
densvis (77)
DEP (361)
DepecheR (60)
DepInfeR (5)
DEqMS (143)
derfinder (426)
derfinderHelper (423)
derfinderPlot (84)
DEScan2 (48)
DESeq (597)
deseq (0)
DESeq2 (15066)
DEsingle (251)
destiny (447)
DEsubs (49)
DEWSeq (48)
DExMA (44)
DEXSeq (678)
dexus (6)
DFP (48)
DIAlignR (50)
DiffBind (980)
diffcoexp (70)
diffcyt (221)
DifferentialRegulation (4)
diffGeneAnalysis (47)
diffgeneanalysis (0)
diffHic (109)
DiffLogo (61)
diffloop (122)
diffuStats (65)
diffUTR (42)
diggit (53)
Dino (26)
dir.expiry (663)
Director (42)
DirichletMultinomial (1486)
discordant (111)
DiscoRhythm (65)
distinct (60)
dittoSeq (509)
divergence (43)
dks (48)
DMCFB (43)
DMCHMM (45)
DMRcaller (78)
DMRcate (803)
DMRforPairs (46)
DMRScan (44)
dmrseq (120)
DNABarcodeCompatibility (45)
DNABarcodes (115)
DNAcopy (2477)
DNaseR (0)
DNAshapeR (75)
domainsignatures (2)
DominoEffect (42)
doppelgangR (54)
DOQTL (4)
Doscheda (42)
DOSE (10690)
doseR (47)
dpeak (42)
drawProteins (125)
DRIMSeq (308)
DriverNet (60)
DropletUtils (1737)
drugTargetInteractions (42)
DrugVsDisease (52)
dSimer (2)
DSS (948)
dStruct (25)
DTA (50)
dualKS (35)
Dune (44)
DupChecker (4)
dupRadar (100)
dyebias (49)
DynDoc (676)
dyndoc (0)

E

easier (25)
EasyqpcR (13)
easyreporting (43)
easyRNASeq (64)
easyrnaseq (0)
EBarrays (115)
EBcoexpress (54)
EBImage (2110)
EBSEA (45)
EBSeq (365)
EBSeqHMM (64)
ecolitk (46)
EDASeq (1565)
edd (0)
EDDA (5)
edge (103)
edgeR (17197)
edger (0)
eegc (49)
EGAD (67)
EGSEA (164)
eiR (52)
eisa (8)
eisaR (91)
ELBOW (6)
ELMER (227)
EMDomics (57)
EmpiricalBrownsMethod (80)
ENCODExplorer (11)
EnhancedVolcano (2668)
enhancerHomologSearch (24)
EnMCB (44)
ENmix (168)
EnrichedHeatmap (344)
EnrichmentBrowser (279)
enrichplot (10978)
enrichTF (64)
ensembldb (7910)
ensemblVEP (112)
ENVISIONQuery (6)
epialleleR (42)
EpiCluster (0)
EpiCompare (5)
epidecodeR (40)
EpiDISH (173)
epigenomix (50)
epigraHMM (42)
epihet (46)
epimutacions (5)
epiNEM (68)
epistack (22)
EpiTxDb (48)
epivizr (67)
epivizrChart (45)
epivizrData (67)
epivizrServer (68)
epivizrStandalone (53)
erccdashboard (65)
erma (79)
ERSSA (43)
esATAC (94)
escape (177)
esetVis (76)
eudysbiome (46)
evaluomeR (46)
EventPointer (53)
EWCE (76)
ExCluster (42)
ExiMiR (50)
exomeCopy (234)
exomecopy (0)
exomePeak (12)
exomePeak2 (93)
exonfindR (0)
exonmap (0)
ExperimentHub (4446)
ExperimentHubData (149)
ExperimentSubset (43)
explorase (4)
ExploreModelMatrix (85)
ExpressionAtlas (92)
ExpressionView (5)
exprExternal (0)
externalVector (0)
extraChIPs (5)

F

fabia (122)
facopy (2)
factDesign (47)
FamAgg (66)
famat (38)
farms (61)
fastLiquidAssociation (47)
FastqCleaner (88)
fastreeR (7)
fastseg (639)
fbat (0)
FCBF (78)
fCCAC (47)
fCI (48)
fcoex (59)
fcScan (48)
fdrame (54)
FEAST (66)
fedup (41)
FELLA (122)
FEM (72)
ffpe (71)
fgga (45)
FGNet (77)
fgsea (10787)
FilterFFPE (42)
FindIT2 (27)
FindMyFriends (53)
FISHalyseR (49)
fishpond (264)
FitHiC (60)
flagme (49)
FLAMES (26)
flipflop (2)
flowAI (503)
flowBeads (47)
flowBin (48)
flowcatchR (49)
flowCHIC (51)
flowCL (60)
flowClean (231)
flowClust (1163)
flowCore (2124)
flowCut (59)
flowCyBar (51)
flowDensity (172)
flowFit (5)
flowFlowJo (0)
flowFP (72)
flowGraph (42)
flowMap (52)
flowMatch (51)
flowMeans (122)
flowMerge (60)
flowPeaks (130)
flowPhyto (0)
flowPloidy (52)
flowPlots (60)
flowQ (2)
flowq (0)
flowQB (2)
FlowRepositoryR (40)
FlowSOM (945)
flowSpecs (52)
flowSpy (5)
flowStats (1144)
flowTime (51)
flowTrans (61)
flowType (5)
flowUtils (167)
flowViz (1336)
flowVS (77)
flowWorkspace (1436)
flowworkspace (0)
fmcsR (183)
fmrs (47)
fobitools (43)
focalCall (3)
FoldGO (49)
FourCSeq (9)
FRASER (93)
frenchFISH (39)
FRGEpistasis (54)
frma (106)
frmaTools (52)
FScanR (48)
FunChIP (49)
FunciSNP (5)
funtooNorm (46)

G

GA4GHclient (54)
ga4ghclient (0)
GA4GHshiny (42)
gaga (60)
gage (952)
gaggle (46)
gaia (137)
GAPGOM (46)
GAprediction (49)
garfield (62)
GARS (51)
GateFinder (45)
gaucho (2)
GBScleanR (12)
gcapc (53)
gcatest (48)
gCMAP (5)
gCMAPWeb (3)
gCrisprTools (51)
gcrma (1408)
GCSConnection (36)
GCSFilesystem (51)
GCSscore (47)
GDCRNATools (316)
GDSArray (82)
gdsfmt (1613)
geecc (4)
GEM (52)
gemini (47)
genArise (54)
genbankr (182)
GENE.E (2)
gene2pathway (0)
GeneAccord (43)
GeneAnswers (50)
geneAttribution (47)
GeneBreak (49)
geneClassifiers (48)
GeneExpressionSignature (58)
genefilter (19379)
genefu (355)
GeneGA (50)
GeneGeneInteR (50)
GeneGroupAnalysis (0)
GeneMeta (63)
GeneNetworkBuilder (62)
GeneOverlap (222)
geneplast (59)
geneplotter (14746)
GeneR (0)
geneRecommender (48)
GeneRegionScan (50)
GeneRfold (0)
geneRxCluster (49)
GeneSelectMMD (52)
GeneSelector (2)
GENESIS (280)
GeneSpring (0)
GeneStructureTools (61)
geNetClassifier (87)
genetics (0)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (5)
GeneticsPed (90)
GeneTonic (105)
GeneTraffic (0)
GeneTS (0)
geneXtendeR (52)
GENIE3 (698)
genoCN (57)
GenoGAM (39)
genomation (431)
GenomeBase (0)
GenomeGraphs (15)
GenomeInfoDb (43025)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (150)
genomeintervals (0)
genomes (58)
GenomicAlignments (16728)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (839)
GenomicDistributions (56)
GenomicFeatures (14512)
GenomicFiles (726)
genomicInstability (20)
GenomicInteractionNodes (5)
GenomicInteractions (165)
GenomicOZone (45)
GenomicRanges (32914)
GenomicScores (353)
GenomicSuperSignature (45)
GenomicTuples (49)
Genominator (4)
genoset (35)
genotypeeval (51)
GenoView (1)
genphen (48)
GenProSeq (5)
GenRank (3)
GenVisR (369)
GeoDiff (28)
GEOexplorer (28)
GEOfastq (45)
GEOmetadb (201)
GeomxTools (105)
GEOquery (9100)
GEOsearch (1)
GEOsubmission (51)
gep2pep (50)
gespeR (67)
getDEE2 (49)
geva (41)
GEWIST (43)
gff3Plotter (0)
GGBase (12)
ggbio (1683)
ggcyto (1217)
ggmanh (12)
ggmsa (131)
GGPA (43)
ggspavis (33)
GGtools (11)
ggtree (11320)
ggtreeExtra (433)
GIGSEA (45)
girafe (105)
GISPA (54)
GLAD (227)
GladiaTOX (44)
Glimma (1212)
glmGamPoi (941)
glmSparseNet (81)
GlobalAncova (442)
globalSeq (56)
globaltest (1140)
gmapR (67)
GmicR (54)
gmoviz (42)
GMRP (48)
GNET2 (52)
goCluster (0)
GOexpress (109)
GOfuncR (154)
GOFunction (5)
GoogleGenomics (2)
GOpro (54)
goProfiles (81)
goprofiles (0)
GOSemSim (10158)
gosemsim (0)
goseq (1242)
GOSim (115)
goSTAG (58)
GOstats (2130)
gostats (0)
GOsummaries (71)
GOTHiC (52)
goTools (59)
gotools (0)
GPA (43)
gpart (58)
gpls (92)
gprege (60)
gpuMagic (44)
gQTLBase (13)
gQTLstats (12)
gramm4R (9)
GRaNIE (5)
granulator (65)
graper (46)
graph (16355)
GraphAlignment (59)
GraphAT (50)
graphite (1829)
GraphPAC (49)
GRENITS (50)
GreyListChIP (666)
GRmetrics (83)
groHMM (72)
GRridge (59)
GSALightning (55)
GSAR (118)
GSCA (52)
gscreend (56)
GSEABase (6309)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (61)
GSEAlm (72)
GSEAmining (44)
gsean (49)
GSgalgoR (44)
GSReg (49)
GSRI (47)
GSVA (3323)
gtrellis (121)
GUIDEseq (57)
Guitar (111)
Gviz (3078)
GWAS.BAYES (37)
gwascat (374)
GWASTools (432)
gwasurvivr (66)
GWENA (82)

H

h5vc (62)
hapFabia (43)
Harman (144)
Harshlight (45)
harshlight (0)
hca (50)
HCABrowser (4)
HCAExplorer (3)
HCAMatrixBrowser (5)
HCsnip (2)
HDF5Array (7890)
HDTD (50)
heatmaps (210)
Heatplus (394)
HelloRanges (85)
HELP (45)
HEM (49)
hermes (12)
Herper (94)
hexbin (0)
HGC (52)
hiAnnotator (69)
HIBAG (85)
HiCBricks (49)
hicbricks (0)
HiCcompare (114)
HiCDCPlus (61)
hicrep (13)
hierGWAS (51)
hierinf (42)
HilbertCurve (77)
HilbertVis (162)
HilbertVisGUI (27)
HiLDA (44)
hipathia (64)
HIPPO (47)
hiReadsProcessor (53)
HIREewas (44)
HiTC (123)
hmdbQuery (68)
HMMcopy (201)
hopach (175)
HPAanalyze (84)
hpar (248)
HPAStainR (41)
HPiP (19)
HTqPCR (139)
HTSanalyzeR (8)
HTSeqGenie (31)
htSeqTools (4)
htseqtools (0)
HTSFilter (178)
HubPub (60)
HumanTranscriptomeCompendium (42)
hummingbird (42)
HybridMTest (67)
hypeR (98)
hyperdraw (67)
hypergraph (93)

I

iASeq (51)
iasva (47)
iBBiG (77)
ibh (43)
iBMQ (36)
iCARE (83)
Icens (295)
icetea (47)
iCheck (45)
iChip (44)
iClusterPlus (255)
iCNV (52)
iCOBRA (117)
ideal (87)
ideogram (0)
IdeoViz (73)
idiogram (51)
IdMappingAnalysis (3)
IdMappingRetrieval (3)
idpr (54)
idr2d (47)
iFlow (0)
iGC (48)
IgGeneUsage (38)
igvR (85)
IHW (635)
illuminaio (2295)
ILoReg (41)
imageHTS (53)
IMAS (48)
imcRtools (42)
Imetagene (5)
IMMAN (50)
ImmuneSpaceR (58)
immunoClust (51)
immunotation (40)
IMPCdata (45)
ImpulseDE (4)
ImpulseDE2 (20)
impute (7763)
INDEED (44)
infercnv (606)
infinityFlow (50)
Informeasure (44)
InPAS (54)
INPower (47)
inSilicoDb (2)
inSilicoMerging (2)
insilicomerging (0)
INSPEcT (57)
InTAD (47)
intansv (59)
interacCircos (51)
InteractionSet (891)
InteractiveComplexHeatmap (154)
interactiveDisplay (74)
interactiveDisplayBase (6732)
InterCellar (58)
IntEREst (57)
InterMineR (64)
IntramiRExploreR (30)
inveRsion (44)
inversion (0)
IONiseR (65)
iontree (2)
iPAC (54)
iPath (22)
ipdDb (46)
IPO (100)
IPPD (12)
IRanges (42497)
IRISFGM (44)
IrisSpatialFeatures (1)
ISAnalytics (48)
iSEE (244)
iSEEu (63)
iSeq (54)
iSNetwork (0)
isobar (100)
IsoCorrectoR (56)
IsoCorrectoRGUI (45)
IsoformSwitchAnalyzeR (228)
IsoGeneGUI (47)
ISoLDE (52)
isomiRs (55)
iSPlot (0)
ITALICS (46)
iterativeBMA (52)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (47)
iterClust (52)
iteremoval (40)
IVAS (53)
ivygapSE (43)
IWTomics (46)

J

JASPAR2018 (1)
jmosaics (1)
joda (3)
JunctionSeq (13)

K

karyoploteR (654)
KBoost (52)
KCsmart (46)
kebabs (130)
KEGGgraph (4085)
KEGGlincs (53)
keggorth (0)
keggorthology (69)
KEGGprofile (45)
KEGGREST (23943)
KEGGSOAP (0)
kimod (3)
KinSwingR (48)
kissDE (50)
kmknn (0)
KnowSeq (52)

L

LACE (41)
lapmix (43)
LBE (262)
ldblock (59)
LEA (371)
LedPred (42)
lefser (155)
les (49)
levi (41)
lfa (297)
limma (30405)
limmaGUI (67)
LINC (3)
LineagePulse (45)
lineagespot (8)
LinkHD (43)
Linnorm (148)
LinTInd (8)
lionessR (53)
lipidr (85)
LiquidAssociation (46)
lisaClust (39)
lmdme (61)
LMGene (5)
LOBSTAHS (48)
loci2path (45)
logicFS (73)
logitT (46)
Logolas (7)
lol (4)
LOLA (148)
LoomExperiment (331)
LowMACA (45)
LPE (65)
LPEadj (42)
lpNet (45)
lpsymphony (926)
LRBaseDbi (60)
LRcell (42)
lumi (1095)
LVSmiRNA (3)
LymphoSeq (62)

M

M3C (638)
M3D (5)
M3Drop (343)
m6Aboost (26)
maanova (64)
Maaslin2 (311)
Macarron (4)
macat (47)
maCorrPlot (50)
MACPET (46)
MACSQuantifyR (41)
MACSr (61)
maDB (0)
madb (0)
made4 (238)
MADSEQ (48)
maftools (2217)
MAGAR (42)
MAGeCKFlute (252)
MAI (23)
maigesPack (55)
MAIT (66)
makecdfenv (106)
makePlatformDesign (0)
MANOR (49)
manta (3)
MantelCorr (53)
mAPKL (48)
maPredictDSC (46)
mapscape (49)
marr (40)
marray (1568)
martini (53)
maser (85)
maSigPro (255)
maskBAD (45)
MassArray (57)
massarray (0)
massiR (52)
MassSpecWavelet (1195)
MAST (1302)
matchBox (54)
matchprobes (0)
Matrix (0)
MatrixGenerics (31212)
MatrixQCvis (45)
MatrixRider (43)
matter (98)
MaxContrastProjection (4)
MBAmethyl (47)
MBASED (54)
MBCB (48)
MBECS (7)
mbkmeans (486)
mbOmic (4)
mBPCR (45)
MBQN (43)
MBttest (44)
mcaGUI (4)
MCbiclust (47)
MCRestimate (4)
mCSEA (57)
mdgsa (14)
mdp (53)
mdqc (53)
MDTS (45)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (50)
MEAT (46)
MEB (41)
MEDIPS (104)
MEDME (47)
megadepth (100)
MEIGOR (65)
Melissa (45)
memes (111)
MergeMaid (8)
mergemaid (0)
Mergeomics (69)
MeSHDbi (199)
meshes (134)
meshr (90)
MeSHSim (1)
MesKit (66)
messina (47)
metaArray (5)
metaarray (0)
Metab (51)
metabCombiner (43)
MetaboAnnotation (13)
MetaboCoreUtils (80)
metabolomicsWorkbenchR (50)
metabomxtr (50)
MetaboSignal (78)
metaCCA (64)
MetaCyto (58)
metagene (63)
metagene2 (64)
metagenomeFeatures (6)
metagenomeSeq (781)
MetaGxOvarian (1)
metahdep (53)
metaMS (84)
MetaNeighbor (64)
metapod (2138)
metapone (22)
metaR (0)
metaSeq (60)
metaseqR (21)
metaseqR2 (59)
metavizr (47)
MetaVolcanoR (73)
metaX (3)
MetCirc (47)
MethCP (31)
methimpute (54)
methInheritSim (44)
MethPed (47)
MethReg (47)
methrix (57)
MethTargetedNGS (45)
methVisual (4)
methyAnalysis (43)
MethylAid (61)
methylCC (57)
methylclock (48)
methylGSA (91)
methylInheritance (44)
methylKit (489)
MethylMix (110)
methylMnM (47)
methylPipe (62)
methylscaper (40)
MethylSeekR (149)
methylSig (56)
methylumi (1316)
methyvim (4)
MetID (48)
MetNet (55)
mfa (71)
Mfuzz (491)
mfuzz (0)
MGFM (47)
MGFR (50)
mgsa (86)
mia (285)
miaSim (22)
miaViz (96)
MiChip (42)
microbiome (1237)
microbiomeDASim (46)
microbiomeExplorer (57)
microbiomeMarker (78)
MicrobiomeProfiler (26)
MicrobiotaProcess (227)
microRNA (136)
midasHLA (43)
MIGSA (51)
miloR (101)
mimager (46)
MIMOSA (51)
mina (39)
MineICA (61)
minet (487)
minfi (1774)
MinimumDistance (45)
MiPP (44)
miQC (69)
MIRA (52)
MiRaGE (50)
miRBaseConverter (114)
miRcomp (47)
mirIntegrator (48)
miRLAB (56)
miRmine (45)
miRNAmeConverter (65)
miRNApath (64)
miRNAtap (106)
miRSM (46)
miRsponge (2)
miRspongeR (55)
Mirsynergy (3)
mirTarRnaSeq (37)
missMethyl (865)
missRows (44)
mistyR (48)
mitch (55)
mitoClone2 (23)
mitoODE (3)
mixOmics (2017)
MLInterfaces (292)
mlm4omics (3)
MLP (74)
MLSeq (154)
MMAPPR2 (37)
MMDiff (1)
MMDiff2 (43)
mmgmos (0)
mmnet (2)
MmPalateMiRNA (3)
MMUPHin (61)
mnem (68)
moanin (50)
MobilityTransformR (6)
MODA (57)
ModCon (40)
Modstrings (103)
MOFA (23)
MOFA2 (255)
MOGAMUN (47)
mogsa (107)
MOMA (50)
monaLisa (33)
monocle (2069)
MoonlightR (57)
MoPS (4)
mosaics (116)
mosbi (23)
MOSim (48)
Motif2Site (8)
motifbreakR (91)
motifcounter (55)
MotifDb (401)
motifmatchr (787)
motifRG (9)
motifStack (522)
MotIV (77)
MouseFM (20)
MPFE (49)
mpra (48)
MPRAnalyze (49)
MQmetrics (37)
mQTL.NMR (2)
msa (1057)
MSA2dist (9)
MsBackendMassbank (53)
MsBackendMgf (102)
MsBackendMsp (8)
MsBackendRawFileReader (22)
msbase (0)
mscalib (0)
MsCoreUtils (1966)
MSEADbi (18)
MsFeatures (465)
msgbsR (46)
MSGFgui (44)
MSGFplus (99)
msImpute (48)
msmsEDA (178)
msmsTests (170)
MSnbase (2457)
MSnID (160)
MSPrep (49)
msPurity (70)
msQC (0)
msqrob2 (67)
MSstats (352)
MSstatsConvert (270)
MSstatsLiP (19)
MSstatsLOBD (39)
MSstatsPTM (59)
MSstatsQC (47)
MSstatsQCgui (42)
MSstatsSampleSize (39)
MSstatsTMT (153)
MSstatsTMTPTM (29)
mtbls2 (0)
MTseeker (2)
MuData (7)
Mulcom (96)
MultiAssayExperiment (1663)
MultiBaC (49)
multiClust (70)
multicrispr (46)
MultiDataSet (664)
multiGSEA (75)
multiHiCcompare (58)
MultiMed (59)
multiMiR (172)
multiOmicsViz (55)
multiscan (42)
multiSight (37)
multtest (8932)
mumosa (54)
MungeSumstats (92)
muscat (171)
muscle (188)
musicatk (56)
MutationalPatterns (351)
MVCClass (54)
mvGST (1)
MWASTools (84)
mygene (316)
myvariant (70)
mzID (2084)
mzR (2296)

N

NADfinder (47)
NanoMethViz (56)
NanoStringDiff (90)
NanoStringNCTools (110)
NanoStringQCPro (89)
nanotatoR (50)
NanoTube (30)
NarrowPeaks (4)
NBAMSeq (43)
NBSplice (48)
ncdfFlow (1428)
ncGTW (42)
NCIgraph (52)
ncRNAtools (44)
ndexr (72)
neaGUI (1)
nearBynding (39)
Nebulosa (304)
NeighborNet (42)
nem (7)
nempi (46)
netbenchmark (5)
netbiov (69)
netboost (39)
netboxr (44)
NetCRG (0)
netDx (52)
nethet (46)
netOmics (23)
NetPathMiner (62)
netprioR (44)
netReg (5)
netresponse (64)
NetSAM (50)
netSmooth (59)
networkBMA (52)
netZooR (12)
NeuCA (25)
NewWave (81)
NGScopy (2)
ngsReports (72)
nnNorm (47)
nnSVG (9)
NOISeq (540)
nondetects (64)
NoRCE (49)
normalize450K (44)
NormalyzerDE (97)
NormqPCR (201)
normr (133)
NPARC (49)
npGSEA (51)
NTW (44)
nucleoSim (46)
nucleR (66)
nucler (0)
nuCpos (51)
nudge (2)
nullranges (24)
NuPoP (58)
NxtIRFcore (22)

O

occugene (47)
OCplus (103)
ODER (22)
odseq (57)
OGRE (8)
OGSA (3)
oligo (1470)
oligoClasses (1584)
OLIN (49)
OLINgui (43)
OmaDB (71)
omicade4 (99)
OmicCircos (243)
omiccircos (0)
omicplotR (48)
omicRexposome (47)
OmicsLonDA (43)
OmicsMarkeR (5)
omicsmarker (0)
OMICsPCA (45)
omicsPrint (49)
omicsViewer (5)
Omixer (43)
OmnipathR (215)
ompBAM (7)
Onassis (18)
oncomix (47)
OncoScore (49)
OncoSimulR (62)
oneChannelGUI (3)
oneSENSE (42)
onlineFDR (50)
ontoCAT (1)
ontoProc (95)
ontoTools (0)
openCyto (1118)
openPrimeR (99)
openPrimeRui (58)
OpenStats (45)
OperaMate (1)
oposSOM (70)
oppar (47)
oppti (41)
optimalFlow (40)
OPWeight (43)
OrderedList (86)
ORFhunteR (40)
ORFik (119)
Organism.dplyr (365)
OrganismDbi (2482)
orthogene (67)
OSAT (67)
OSCA (6)
OSCA.advanced (11)
OSCA.basic (11)
OSCA.intro (31)
OSCA.multisample (8)
OSCA.workflows (21)
Oscope (57)
OTUbase (46)
OutlierD (6)
OUTRIDER (128)
OVESEG (41)

P

PAA (56)
packFinder (49)
padma (40)
PADOG (180)
pageRank (44)
PAIRADISE (72)
paircompviz (51)
pairkat (19)
pairseqsim (0)
pamr (0)
PAN (0)
pandaR (83)
panelcn.mops (64)
PAnnBuilder (2)
PanomiR (9)
panp (50)
PANR (45)
PanViz (1)
PanVizGenerator (42)
PAPi (5)
pareg (6)
parglms (44)
parody (63)
PAST (44)
Path2PPI (57)
pathifier (174)
PathNet (58)
PathoStat (59)
pathprint (3)
pathRender (50)
pathVar (45)
pathview (3625)
pathwayPCA (81)
PathwaySplice (4)
PatientGeneSets (0)
paxtoolsr (69)
Pbase (3)
pbcmc (2)
pcaExplorer (390)
pcaGoPromoter (6)
pcaMethods (3846)
PCAN (59)
PCAtools (896)
pcot2 (13)
PCpheno (5)
pcxn (46)
PDATK (42)
pdInfoBuilder (98)
pdmclass (1)
PeacoQC (56)
peakPantheR (56)
PECA (66)
peco (42)
pengls (19)
PepsNMR (68)
pepStat (48)
pepXMLTab (52)
PERFect (57)
periodicDNA (41)
perturbatr (34)
PFP (40)
PGA (7)
pga (0)
pgca (50)
PGSEA (30)
pgUtils (0)
phantasus (69)
PharmacoGx (143)
phemd (37)
phenoDist (1)
PhenoGeneRanker (39)
phenopath (75)
phenoTest (79)
PhenStat (50)
philr (159)
PhIPData (48)
phosphonormalizer (43)
PhosR (64)
PhyloProfile (59)
phyloseq (3907)
Pi (70)
piano (292)
pickgene (46)
PICS (98)
Pigengene (72)
PING (49)
pint (4)
pipeComp (45)
pipeFrame (107)
pkgDepTools (59)
planet (55)
plateCore (2)
plethy (47)
plgem (70)
plier (132)
PloGO2 (55)
plotgardener (70)
plotGrouper (45)
PLPE (47)
plrs (3)
plw (3)
plyranges (630)
pmm (47)
pmp (93)
PoDCall (40)
podkat (52)
pogos (47)
polyester (113)
Polyfit (5)
POMA (60)
POST (4)
PoTRA (45)
PowerExplorer (3)
powerTCR (239)
POWSC (46)
ppcseq (39)
PPInfer (68)
ppiStats (48)
pqsfinder (68)
prada (32)
pram (46)
prebs (46)
preciseTAD (44)
PrecisionTrialDrawer (40)
PREDA (79)
predictionet (36)
preprocessCore (11660)
primirTSS (42)
PrInCE (48)
Prize (4)
proActiv (52)
proBAMr (43)
proBatch (74)
PROcess (91)
procoil (50)
ProCoNA (2)
proDA (120)
proFIA (46)
profileplyr (143)
profileScoreDist (47)
progeny (281)
projectR (62)
pRoloc (240)
pRolocGUI (77)
PROMISE (43)
PROPER (84)
PROPS (48)
Prostar (68)
prostar (0)
prot2D (2)
proteinProfiles (50)
ProteoDisco (22)
ProteomicsAnnotationHubData (37)
ProteoMM (58)
proteoQC (4)
protGear (5)
ProtGenerics (8231)
PSEA (50)
psichomics (78)
PSICQUIC (61)
PSMatch (7)
psygenet2r (51)
ptairMS (42)
PubScore (41)
pulsedSilac (40)
puma (99)
PureCN (156)
pvac (48)
pvca (215)
Pviz (52)
PWMEnrich (89)
pwOmics (50)
pwrEWAS (62)
pxr (0)

Q

qckitfastq (62)
qcmetrics (55)
QDNAseq (238)
QFeatures (161)
qmtools (6)
qpcrNorm (50)
qpgraph (114)
qPLEXanalyzer (49)
qrqc (116)
qsea (56)
qsmooth (59)
QSutils (54)
qsvaR (6)
qtbase (0)
Qtlizer (49)
qtpaint (0)
QUALIFIER (3)
quantiseqr (70)
quantro (117)
quantsmooth (465)
QuartPAC (42)
QuasR (293)
QuaternaryProd (71)
QUBIC (96)
qusage (333)
qvalue (11725)

R

R3CPET (46)
r3Cseq (106)
R453Plus1Toolbox (54)
R4RNA (282)
RadioGx (43)
RaggedExperiment (629)
rain (75)
rama (54)
RamiGO (3)
ramigo (0)
ramr (47)
ramwas (63)
RandomWalkRestartMH (67)
randPack (52)
randRotation (45)
RankProd (262)
RAREsim (5)
RareVariantVis (46)
Rariant (4)
rawrr (156)
RbcBook1 (48)
Rbec (37)
RBGL (9150)
RBioinf (55)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (138)
RBM (50)
Rbowtie (333)
Rbowtie2 (208)
rbsurv (65)
Rbwa (5)
Rcade (75)
RCAS (65)
RCASPAR (50)
rcellminer (56)
rCGH (75)
Rchemcpp (3)
RchyOptimyx (6)
RcisTarget (690)
RCM (55)
RConferoMapping (0)
Rcpi (113)
RCSL (42)
Rcwl (46)
RcwlPipelines (39)
RCX (11)
RCy3 (671)
RCyjs (59)
RCytoscape (4)
RDAVIDWebService (66)
Rdbi (0)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (76)
Rdisop (298)
RDRToolbox (86)
ReactomeContentService4R (60)
ReactomeGraph4R (38)
ReactomeGSA (202)
ReactomePA (1559)
readat (11)
ReadqPCR (211)
reb (3)
REBET (43)
rebook (97)
receptLoss (37)
reconsi (43)
recount (363)
recount3 (137)
recountmethylation (45)
recoup (47)
RedeR (183)
REDseq (95)
RefNet (3)
RefPlus (58)
RegEnrich (50)
regioneR (1587)
regionReport (115)
regsplice (43)
regutools (44)
REMP (53)
Repitools (648)
ReportingTools (788)
reposTools (0)
RepViz (48)
ReQON (53)
ResidualMatrix (1930)
Resourcerer (0)
restfulSE (50)
rexposome (67)
rfaRm (46)
Rfastp (78)
rfcdmin (0)
rflowcyt (0)
rfPred (45)
rGADEM (363)
RGalaxy (49)
rGenomeTracks (20)
Rgin (47)
RGMQL (32)
RgnTX (0)
rgoslin (6)
RGraph2js (47)
Rgraphviz (8928)
rGREAT (312)
RGSEA (73)
rgsepd (50)
rhdf5 (13874)
rhdf5client (57)
rhdf5filters (12618)
Rhdf5lib (16222)
Rhisat2 (181)
Rhtslib (17452)
rHVDM (2)
RiboCrypt (19)
RiboDiPA (44)
RiboProfiling (65)
ribor (45)
riboSeq (0)
riboSeqR (68)
ribosomeProfilingQC (52)
rifi (4)
RImmPort (44)
Ringo (666)
Rintact (0)
RIPAT (43)
RIPSeeker (14)
Risa (57)
RITAN (52)
RIVER (45)
RJMCMCNucleosomes (42)
RLassoCox (45)
RLMM (48)
RLSeq (21)
RMAGEML (0)
Rmagpie (47)
RMAPPER (0)
RMassBank (77)
rMAT (2)
rmelting (63)
RmiR (38)
rmir (0)
Rmmquant (43)
rmspc (24)
RNAAgeCalc (59)
RNAdecay (42)
rnaEditr (38)
RNAinteract (48)
RNAither (6)
rnaither (0)
RNAmodR (59)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (46)
RNAmodR.ML (42)
RNAmodR.RiboMethSeq (45)
RNAprobR (5)
RNAsense (41)
rnaseqcomp (53)
RnaSeqGeneEdgeRQL (1)
rnaSeqMap (6)
RNASeqPower (156)
RNASeqR (49)
RnaSeqSampleSize (95)
RnBeads (221)
Rnits (48)
roar (59)
ROC (1164)
ROCpAI (39)
RolDE (5)
Roleswitch (5)
Rolexa (1)
rols (278)
roma (0)
ROntoTools (89)
ropls (618)
ROSeq (42)
ROTS (162)
RPA (55)
rprimer (12)
RProtoBufLib (2013)
RpsiXML (56)
rpx (277)
Rqc (181)
rqt (48)
rqubic (60)
rRDP (46)
Rredland (0)
RRHO (81)
rrvgo (206)
Rsamtools (17374)
rsbml (84)
rScudo (45)
rsemmed (39)
RSeqAn (65)
rSFFreader (2)
RSNPper (0)
Rsubread (1773)
RSVSim (56)
rSWeeP (43)
rTANDEM (13)
RTCA (48)
RTCGA (514)
RTCGAToolbox (414)
RTN (122)
RTNduals (54)
RTNsurvival (53)
RTools4TB (0)
RTopper (51)
Rtpca (41)
rtracklayer (16974)
Rtreemix (51)
rTRM (56)
rTRMui (43)
runibic (63)
Ruuid (0)
RUVcorr (52)
RUVnormalize (53)
RUVSeq (758)
RVS (47)
RWebServices (1)
rWikiPathways (246)

S

S4Vectors (47463)
safe (384)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (44)
SAGx (24)
SAIGEgds (75)
samExploreR (3)
sampleClassifier (43)
SamSPECTRAL (137)
sangeranalyseR (126)
sangerseqR (306)
SANTA (49)
sapFinder (4)
saps (1)
sarks (40)
satuRn (46)
savR (65)
SBGNview (68)
sbgr (1)
SBMLR (48)
SC3 (406)
Scale4C (44)
ScaledMatrix (5982)
scAlign (51)
SCAN.UPC (118)
scanMiR (28)
scanMiRApp (23)
scAnnotatR (34)
SCANVIS (54)
SCArray (43)
SCATE (39)
scater (4041)
scatterHatch (18)
scBFA (43)
SCBN (62)
scCB2 (44)
scClassifR (42)
scClassify (65)
sccomp (10)
scDataviz (60)
scDblFinder (452)
scDD (126)
scDDboost (1)
scde (317)
scds (262)
SCFA (42)
scFeatureFilter (44)
scfind (3)
scGPS (45)
schex (113)
scHOT (63)
ScISI (38)
scMAGeCK (47)
scmap (202)
scMerge (237)
scmeth (45)
SCnorm (114)
scone (132)
Sconify (43)
SCOPE (51)
scoreInvHap (43)
scp (48)
scPCA (69)
scPipe (85)
scran (2913)
scReClassify (19)
scRecover (56)
ScreenR (0)
scRepertoire (197)
scruff (55)
scry (76)
scShapes (24)
scsR (3)
scTensor (58)
scTGIF (40)
scTHI (44)
scTreeViz (22)
scuttle (5203)
SDAMS (47)
sechm (55)
segmenter (26)
segmentSeq (101)
selectKSigs (39)
SELEX (49)
SemDist (44)
semisup (45)
SemSim (0)
SEPA (2)
SEPIRA (46)
seq2pathway (53)
seqArchR (6)
SeqArray (666)
seqbias (56)
seqCAT (47)
seqCNA (51)
seqcombo (52)
SeqGate (38)
SeqGSEA (74)
seqLogo (1726)
Seqnames (0)
seqPattern (422)
seqplots (18)
seqsetvis (63)
SeqSQC (48)
seqTools (108)
SeqVarTools (395)
sesame (357)
SEtools (63)
sevenbridges (74)
sevenC (45)
SGSeq (248)
SharedObject (88)
shinyepico (48)
shinyMethyl (81)
shinyTANDEM (5)
ShortRead (5080)
shortread (0)
SIAMCAT (113)
SICtools (40)
sidap (0)
sigaR (7)
SigCheck (49)
sigFeature (109)
SigFuge (46)
siggenes (2169)
sights (51)
signatureSearch (87)
signeR (66)
signet (3)
sigPathway (135)
SigsPack (44)
sigsquared (46)
SIM (50)
SIMAT (48)
SimBindProfiles (45)
SIMD (43)
SimFFPE (42)
similaRpeak (56)
SIMLR (198)
simpleaffy (187)
simpleSingleCell (0)
simplifyEnrichment (162)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (5)
sincell (56)
single (5)
SingleCellExperiment (8599)
SingleCellSignalR (145)
singleCellTK (113)
SingleMoleculeFootprinting (38)
SingleR (2098)
SingleRBook (4)
singscore (579)
SISPA (42)
sitadela (42)
sitePath (48)
sizepower (56)
SJava (1)
skewr (43)
slalom (52)
SLGI (39)
slingshot (815)
slinky (40)
SLqPCR (61)
SMAD (43)
SMAP (48)
SMITE (50)
SNAData (0)
SNAGEE (43)
snapCGH (54)
snapcount (53)
snifter (92)
snm (131)
snpAssoc (0)
SNPchip (22)
SNPediaR (46)
SNPhood (45)
snpMatrix (0)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (1188)
snpStats (1348)
soGGi (199)
sojourner (46)
SomatiCA (1)
SomaticSignatures (145)
SOMNiBUS (40)
SpacePAC (47)
spade (1)
Spaniel (80)
sparrow (33)
sparseDOSSA (48)
sparseMatrixStats (9245)
sparsenetgls (41)
SparseSignatures (49)
SpatialCPie (71)
spatialDE (34)
SpatialDecon (72)
SpatialExperiment (420)
spatialHeatmap (40)
spatzie (26)
specL (51)
SpeCond (93)
Spectra (240)
SpectralTAD (55)
SPEM (70)
SPIA (431)
spicyR (43)
SpidermiR (61)
spikeLI (51)
spiky (29)
spkTools (45)
splatter (334)
splicegear (3)
spliceR (4)
spliceSites (3)
SplicingFactory (40)
SplicingGraphs (97)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (63)
SPLINTER (44)
splots (122)
SPONGE (53)
SpotClean (1)
SPOTlight (10)
spotSegmentation (3)
spqn (44)
SPsimSeq (47)
SQLDataFrame (46)
SQUADD (43)
sRACIPE (44)
SRAdb (343)
sRAP (4)
SRGnet (8)
srnadiff (46)
sscore (45)
sscu (49)
sSeq (166)
ssize (70)
sSNAPPY (4)
SSPA (157)
ssPATHS (39)
ssrch (46)
ssviz (51)
stageR (143)
stam (0)
STAN (52)
standR (5)
staRank (44)
StarBioTrek (46)
Starr (4)
STATegRa (56)
statTarget (100)
STdeconvolve (6)
stepNorm (47)
stepwiseCM (1)
strandCheckR (44)
Streamer (50)
STRINGdb (728)
STROMA4 (45)
struct (95)
Structstrings (78)
structToolbox (68)
StructuralVariantAnnotation (138)
SubCellBarCode (47)
subSeq (64)
SUITOR (1)
SummarizedBenchmark (53)
SummarizedExperiment (31556)
Summix (37)
supersigs (40)
supraHex (268)
surfaltr (21)
survcomp (748)
survtype (49)
Sushi (260)
sva (5260)
svaNUMT (24)
SVAPLSseq (3)
svaRetro (22)
SVM2CRM (2)
SWATH2stats (59)
SwathXtend (55)
swfdr (57)
SwimR (21)
switchBox (77)
switchde (51)
synapsis (21)
synapter (35)
synergyfinder (152)
SynExtend (46)
synlet (44)
SynMut (44)
systemPipeR (1161)
systemPipeRdata (0)
systemPipeShiny (55)
systemPipeTools (42)

T

TADCompare (51)
tanggle (27)
TAPseq (47)
target (46)
TargetDecoy (21)
TargetScore (50)
TargetSearch (55)
targetsearch (0)
TarSeqQC (50)
TBSignatureProfiler (46)
TCC (293)
TCGAbiolinks (2654)
TCGAbiolinksGUI (107)
TCGAutils (558)
TCseq (123)
TDARACNE (47)
tdaracne (0)
TEKRABber (7)
tenXplore (41)
TEQC (65)
ternarynet (46)
terraTCGAdata (5)
TFARM (41)
TFBSTools (1145)
TFEA.ChIP (60)
TFHAZ (41)
TFutils (48)
tidybulk (118)
tidySingleCellExperiment (81)
tidySummarizedExperiment (93)
tiger (0)
tigre (48)
TileDBArray (44)
tilingArray (72)
timecourse (67)
timeOmics (59)
TimerQuant (0)
timescape (69)
TimeSeriesExperiment (56)
TimiRGeN (42)
TIN (47)
TissueEnrich (93)
TitanCNA (74)
tkWidgets (668)
tLOH (38)
TMixClust (67)
TNBC.CMS (44)
TnT (48)
TOAST (98)
tofsims (43)
tomoda (38)
tomoseqr (5)
ToPASeq (6)
topconfects (98)
topdownr (46)
topGO (2733)
topicmodels (0)
ToxicoGx (40)
TPP (83)
TPP2D (56)
tracktables (86)
trackViewer (257)
tradeSeq (333)
TrajectoryGeometry (37)
TrajectoryUtils (702)
transcriptogramer (47)
transcriptR (51)
transformGamPoi (23)
transite (49)
tRanslatome (47)
transomics2cytoscape (42)
TransView (48)
TraRe (40)
traseR (44)
Travel (27)
traviz (25)
TreeAndLeaf (66)
treeio (11026)
treekoR (43)
TreeSummarizedExperiment (358)
TREG (6)
TReNA (1)
trena (47)
Trendy (54)
TRESS (22)
tricycle (72)
triform (3)
trigger (48)
trio (80)
triplex (49)
tripr (23)
tRNA (85)
tRNAdbImport (55)
tRNAscanImport (61)
TRONCO (76)
TSCAN (241)
tscR (49)
tspair (46)
TSRchitect (36)
TSSi (2)
ttgsea (45)
TTMap (44)
TurboNorm (47)
TVTB (58)
tweeDEseq (92)
twilight (89)
twoddpcr (48)
txcutr (21)
tximeta (928)
tximport (2790)
TxRegInfra (4)
TypeInfo (51)

U

UCell (27)
Ularcirc (44)
UMI4Cats (42)
uncoverappLib (39)
UNDO (51)
unifiedWMWqPCR (50)
UniProt.ws (248)
Uniquorn (42)
universalmotif (307)
updateObject (7)
uSORT (42)

V

VAExprs (24)
VanillaICE (60)
VarCon (37)
variancePartition (402)
VariantAnnotation (6225)
VariantExperiment (44)
VariantFiltering (56)
VariantTools (85)
vasp (2)
VaSP (41)
vbmp (69)
VCFArray (45)
Vega (3)
VegaMC (43)
velociraptor (96)
veloviz (28)
VennDetail (129)
VERSO (38)
vidger (98)
viper (536)
virtualArray (0)
ViSEAGO (154)
vissE (60)
VplotR (44)
vsn (4521)
vtpnet (45)
vulcan (46)

W

waddR (57)
wateRmelon (760)
wavClusteR (53)
waveTiling (3)
weaver (53)
webbioc (50)
weitrix (41)
widgetInvoke (0)
widgetTools (684)
wiggleplotr (113)
wpm (50)
wppi (42)
Wrench (776)

X

XBSeq (6)
XCIR (31)
xcms (1156)
xcore (7)
XDE (52)
Xeva (55)
XINA (47)
xmapbridge (52)
xmapcore (0)
XNAString (43)
xps (8)
XVector (39425)
xvector (0)

Y

y2hStat (0)
yamss (51)
YAPSA (86)
yaqcaffy (6)
yarn (82)

Z

zellkonverter (358)
zFPKM (119)
zinbwave (615)
zlibbioc (40852)