See download stats for:    Bioconductor annotation packages    Bioconductor experiment packages    Bioconductor workflow packages

Download stats for Bioconductor software packages

This page was generated on 2019-09-17 08:44:09 -0400 (Tue, 17 Sep 2019).

The number reported next to each package name is the download score, that is, the average number of distinct IPs that “hit” the package each month for the last 12 months (not counting the current month). Packages in bold are the default Bioconductor packages (i.e. the BiocInstaller package + the packages that get installed the first time biocLite() is called with no arguments).


Top 75

1BiocGenerics (29474)
2IRanges (26205)
3Biobase (25855)
4S4Vectors (25069)
5BiocInstaller (23534)
6zlibbioc (21372)
7AnnotationDbi (21277)
8BiocParallel (20841)
9BiocVersion (20592)
10XVector (19504)
11limma (18542)
12GenomeInfoDb (18481)
13GenomicRanges (18288)
14Biostrings (17470)
15SummarizedExperiment (16805)
16DelayedArray (16467)
17annotate (14589)
18Rsamtools (13330)
19genefilter (13066)
20GenomicAlignments (12710)
21rtracklayer (12602)
22biomaRt (12348)
23GenomicFeatures (11841)
24graph (11602)
25edgeR (11353)
26DESeq2 (10236)
27geneplotter (9812)
28preprocessCore (9624)
29Rhdf5lib (8389)
30rhdf5 (7847)
31RBGL (7267)
32affy (6878)
33affyio (6865)
34qvalue (6855)
35Rgraphviz (6597)
36BSgenome (6468)
37multtest (6425)
38VariantAnnotation (6197)
39impute (5992)
40ensembldb (5234)
41GEOquery (5155)
42ProtGenerics (4986)
43DOSE (4866)
44ShortRead (4831)
45fgsea (4695)
46sva (4591)
47clusterProfiler (4526)
48GOSemSim (4328)
49AnnotationFilter (4157)
50GSEABase (4070)
51DESeq (4013)
52ComplexHeatmap (3831)
53biovizBase (3817)
54enrichplot (3809)
55AnnotationHub (3639)
56Rhtslib (3631)
57KEGGREST (3594)
58HDF5Array (3566)
59vsn (3284)
60phyloseq (3077)
61DelayedMatrixStats (3059)
62Gviz (3019)
63Category (2947)
64pathview (2912)
65interactiveDisplayBase (2867)
66KEGGgraph (2830)
67biomformat (2794)
68pcaMethods (2734)
69SingleCellExperiment (2641)
70AnnotationForge (2635)
71GOstats (2491)
72aroma.light (2478)
73topGO (2478)
74illuminaio (2475)
75tximport (2473)

All software packages

All software package stats in one file: bioc_pkg_stats.tab

All software package download scores in one file: bioc_pkg_scores.tab

See Download stats for Bioconductor software repository (all packages combined)

A

a4 (102)
a4Base (122)
a4Classif (100)
a4Core (148)
a4Preproc (141)
a4Reporting (101)
a4reporting (0)
ABAEnrichment (96)
ABarray (101)
abseqR (37)
ABSSeq (93)
acde (94)
ACE (45)
aCGH (163)
ACME (112)
ADaCGH2 (84)
ADAM (21)
ADAMgui (14)
adaptest (67)
adductomicsR (19)
adSplit (83)
AffiXcan (33)
affxparser (1691)
affy (6878)
affycomp (139)
AffyCompatible (97)
affyContam (85)
affycoretools (412)
affydata (1)
AffyExpress (90)
affyILM (82)
affyio (6865)
affylmGUI (138)
affyPara (85)
affypdnn (109)
affyPLM (1383)
affyqcreport (0)
affyQCReport (281)
AffyRNADegradation (85)
AffyTiling (6)
AGDEX (85)
Agi4x44PreProcess (3)
agilp (176)
AgiMicroRna (122)
agimicrorna (0)
AIMS (322)
ALDEx2 (272)
alevinQC (17)
AllelicImbalance (90)
AlphaBeta (1)
alpine (88)
alsace (91)
altcdfenvs (91)
AMARETTO (16)
AMOUNTAIN (91)
amplican (120)
ampliQueso (64)
AnalysisPageServer (76)
anamiR (84)
Anaquin (111)
AneuFinder (136)
ANF (75)
animalcules (14)
annaffy (505)
AnnBuilder (1)
annmap (74)
annotate (14589)
AnnotationDbi (21277)
annotationdbi (0)
AnnotationFilter (4157)
AnnotationForge (2635)
AnnotationFuncs (121)
AnnotationHub (3639)
AnnotationHubData (131)
annotationTools (136)
annotatr (249)
anota (90)
anota2seq (113)
antiProfiles (78)
APAlyzer (1)
apcluster (0)
apComplex (136)
apcomplex (0)
apeglm (1308)
applera (0)
appreci8R (38)
aroma.light (2478)
ArrayExpress (531)
ArrayExpressHTS (55)
arrayMagic (0)
arraymvout (0)
arrayMvout (76)
arrayQCplot (0)
arrayQuality (114)
arrayQualityMetrics (518)
arrayqualitymetrics (0)
ArrayTools (126)
ArrayTV (86)
ARRmNormalization (78)
artMS (75)
ASAFE (73)
ASEB (85)
ASGSCA (83)
ASICS (89)
asmn (1)
ASpli (141)
AssessORF (36)
ASSET (90)
ASSIGN (90)
ATACseqQC (244)
AtlasRDF (9)
atSNP (17)
attract (106)
AUCell (404)
Autotuner (1)
AWFisher (2)

B

BaalChIP (77)
BAC (80)
bacon (132)
BADER (82)
BadRegionFinder (75)
BAGS (77)
ballgown (944)
bamsignals (388)
BANDITS (14)
banocc (74)
basecallQC (82)
BaseSpaceR (97)
Basic4Cseq (120)
BASiCS (157)
BasicSTARRseq (77)
batchelor (59)
BatchQC (127)
BayesKnockdown (70)
BayesPeak (124)
bayNorm (71)
baySeq (518)
BBCAnalyzer (77)
BCRANK (105)
bcSeq (101)
BDMMAcorrect (64)
beachmat (2168)
beadarray (697)
beadarraySNP (95)
beaddatapackr (0)
BeadDataPackR (680)
BeadExplorer (0)
BEARscc (97)
BEAT (92)
BEclear (90)
betr (9)
bgafun (78)
BgeeDB (116)
BGmix (54)
bgx (83)
BHC (170)
BicARE (125)
BiFET (99)
BiGGR (89)
BigMatrix (0)
bigmelon (82)
bigmemoryExtras (72)
bigPint (18)
bim (1)
bioassayR (124)
biobase (0)
Biobase (25855)
biobroom (188)
bioCancer (107)
BiocCaseStudies (86)
BiocCheck (294)
biocDatasets (0)
BiocFileCache (1386)
BiocGenerics (29474)
biocGraph (253)
biocinstaller (0)
Biocinstaller (0)
BiocInstaller (23534)
biocLite (0)
BiocNeighbors (1041)
BiocOncoTK (105)
Bioconductor (0)
BioCor (108)
BiocParallel (20841)
BiocPkgTools (87)
BiocSingular (479)
BiocSklearn (74)
BiocStyle (2127)
BiocVersion (20592)
biocViews (1914)
BiocWorkflowTools (95)
bioDist (247)
biomaRt (12348)
BioMedR (4)
biomformat (2794)
BioMM (15)
BioMVCClass (76)
biomvRCNS (74)
BioNet (271)
bionet (0)
BioNetStat (78)
BioQC (106)
BioSeqClass (147)
biosigner (91)
biostrings (0)
Biostrings (17470)
BiostringsCinterfaceDemo (0)
biosvd (79)
biotmle (76)
biovizBase (3817)
BiRewire (103)
birta (83)
birte (64)
BiSeq (151)
BitSeq (160)
blima (75)
BLMA (81)
bnbc (70)
BPRMeth (87)
BRAIN (192)
brainImageR (35)
BrainStars (77)
branchpointer (71)
breakpointR (35)
brendaDb (1)
bridge (77)
BridgeDbR (98)
BrowserViz (109)
BrowserVizDemo (27)
BSgenome (6468)
bsseq (875)
BubbleTree (79)
BufferedMatrix (85)
BufferedMatrixMethods (80)
BUMHMM (101)
bumphunter (1887)
BUS (78)
BUScorrect (34)
BUSpaRse (1)
BuxcoR (0)

C

CAFE (71)
CAGEfightR (75)
CAGEr (132)
CALIB (87)
calm (0)
CAMERA (544)
CAMTHC (44)
canceR (89)
cancerclass (83)
CancerInSilico (75)
CancerMutationAnalysis (86)
CancerSubtypes (138)
CAnD (72)
caOmicsV (77)
Cardinal (174)
casper (109)
CATALYST (224)
Category (2947)
categoryCompare (79)
CausalR (93)
cbaf (89)
ccfindR (106)
ccmap (96)
CCPROMISE (71)
ccrepe (91)
celaref (74)
celda (20)
cellbaseR (80)
CellBench (16)
cellGrowth (84)
cellHTS (5)
cellHTS2 (256)
cellity (115)
CellMapper (76)
CellMixS (14)
CellNOptR (159)
cellscape (86)
CellScore (64)
CellTrails (69)
cellTree (132)
CEMiTool (205)
CexoR (78)
CFAssay (84)
CGEN (112)
CGHbase (250)
CGHcall (230)
cghMCR (97)
CGHnormaliter (74)
CGHregions (89)
ChAMP (545)
CHARGE (63)
charm (85)
ChemmineOB (216)
ChemmineR (437)
chemminer (0)
CHETAH (21)
ChIC (56)
Chicago (106)
chimera (96)
chimeraviz (143)
ChIPanalyser (65)
ChIPComp (81)
chipenrich (138)
ChIPexoQual (71)
ChIPpeakAnno (860)
ChIPQC (286)
ChIPseeker (1024)
chipseq (482)
ChIPseqR (146)
ChIPSeqSpike (104)
ChIPsim (149)
ChIPXpress (61)
chopsticks (150)
chroGPS (77)
chromDraw (78)
ChromHeatMap (89)
ChromoViz (1)
chromPlot (116)
chromstaR (101)
chromswitch (82)
chromVAR (181)
CHRONOS (93)
cicero (125)
CINdex (76)
circRNAprofiler (2)
cisPath (84)
ClassifyR (114)
cleanUpdTSeq (85)
cleaver (187)
clippda (86)
clipper (107)
Clomial (79)
Clonality (81)
clonotypeR (75)
clst (85)
clstutils (77)
CluMSID (24)
clustComp (75)
clusterExperiment (370)
ClusterJudge (65)
clusterProfiler (4526)
clusterprofiler (0)
clusterSeq (71)
ClusterSignificance (73)
clusterStab (150)
CMA (144)
cn.farms (79)
cn.mops (198)
CNAnorm (88)
cnanorm (0)
CNEr (490)
CNORdt (99)
CNORfeeder (112)
CNORfuzzy (78)
CNORode (136)
CNPBayes (72)
CNTools (194)
cnvGSA (78)
CNVPanelizer (91)
CNVRanger (20)
CNVrd2 (77)
CNVtools (95)
cnvtools (0)
cobindR (79)
CoCiteStats (82)
COCOA (57)
codelink (86)
CODEX (170)
coexnet (77)
CoGAPS (139)
cogena (104)
coGPS (75)
COHCAP (95)
cola (15)
coMET (103)
compartmap (63)
COMPASS (125)
compcodeR (128)
compEpiTools (91)
CompGO (91)
ComplexHeatmap (3831)
condcomp (31)
CONFESS (67)
consensus (52)
ConsensusClusterPlus (2204)
consensusDE (68)
consensusOV (73)
consensusSeekeR (76)
contiBAIT (98)
conumee (118)
convert (172)
copa (85)
COPDSexualDimorphism (1)
copynumber (291)
CopyNumber450k (3)
CopyNumberPlots (14)
CopywriteR (145)
coRdon (76)
CoRegFlux (13)
CoRegNet (98)
Cormotif (74)
CorMut (84)
coRNAi (8)
CORREP (74)
coseq (130)
cosmiq (80)
cosmo (2)
cosmoGUI (1)
COSNet (71)
CountClust (139)
countsimQC (67)
covEB (94)
CoverageView (125)
covRNA (69)
cpvSNP (75)
cqn (236)
CRImage (101)
CRISPRseek (147)
crisprseekplus (69)
CrispRVariants (138)
crlmm (170)
crossmeta (91)
CSAR (153)
csaw (272)
CSSP (77)
ctc (303)
CTDquerier (65)
cTRAP (37)
ctsGE (114)
cummeRbund (707)
cummerbund (0)
customProDB (155)
CVE (79)
cycle (78)
cydar (131)
CytoDx (71)
cytofast (20)
cytofkit (197)
cytolib (526)
CytoML (136)

D

dada2 (1320)
dagLogo (71)
daMA (73)
DaMiRseq (97)
DAPAR (140)
DART (83)
DASC (5)
DASiR (3)
DAVIDQuery (4)
DBChIP (114)
dcanr (16)
dcGSA (97)
DChIPRep (73)
ddCt (140)
ddgraph (10)
DDiGGER (0)
ddPCRclust (63)
debrowser (225)
DECIPHER (1016)
deco (23)
DEComplexDisease (64)
decompTumor2Sig (21)
DeconRNASeq (154)
decontam (140)
DEDS (120)
DeepBlueR (101)
deepSNV (117)
DEFormats (237)
DEGraph (76)
DEGreport (257)
DEGseq (327)
DelayedArray (16467)
DelayedDataFrame (23)
DelayedMatrixStats (3059)
deltaCaptureC (0)
deltaGseg (76)
DeMAND (78)
DeMixT (21)
DEP (252)
DepecheR (15)
DEqMS (75)
derfinder (423)
derfinderHelper (402)
derfinderPlot (107)
DEScan2 (94)
deseq (0)
DESeq (4013)
DESeq2 (10236)
DEsingle (115)
destiny (827)
DEsubs (81)
DEXSeq (733)
dexus (93)
DFP (76)
DiffBind (684)
diffcoexp (70)
diffcyt (162)
diffgeneanalysis (0)
diffGeneAnalysis (74)
diffHic (106)
DiffLogo (82)
diffloop (123)
diffuStats (79)
diggit (79)
Director (68)
DirichletMultinomial (610)
discordant (100)
DiscoRhythm (12)
divergence (14)
dks (72)
DMCHMM (68)
DMRcaller (145)
DMRcate (585)
DMRforPairs (72)
DMRScan (71)
dmrseq (144)
DNABarcodeCompatibility (17)
DNABarcodes (127)
DNAcopy (2366)
DNaseR (1)
DNAshapeR (106)
domainsignatures (16)
DominoEffect (73)
doppelgangR (88)
DOQTL (88)
Doscheda (98)
DOSE (4866)
doseR (15)
drawProteins (94)
DRIMSeq (271)
DriverNet (88)
DropletUtils (565)
DrugVsDisease (78)
dSimer (70)
DSS (762)
DTA (75)
dualKS (73)
DupChecker (74)
dupRadar (107)
dyebias (77)
DynDoc (607)
dyndoc (0)

E

EasyqpcR (129)
easyrnaseq (0)
easyRNASeq (180)
EBarrays (153)
EBcoexpress (81)
EBImage (2031)
EBSEA (68)
EBSeq (578)
EBSeqHMM (132)
ecolitk (77)
EDASeq (2423)
edd (1)
EDDA (94)
edge (137)
edger (0)
edgeR (11353)
eegc (69)
EGAD (82)
EGSEA (256)
eiR (76)
eisa (93)
ELBOW (78)
ELMER (376)
EMDomics (77)
EmpiricalBrownsMethod (101)
ENCODExplorer (103)
EnhancedVolcano (499)
ENmix (164)
EnrichedHeatmap (158)
EnrichmentBrowser (302)
enrichplot (3809)
enrichTF (13)
ensembldb (5234)
ensemblVEP (151)
ENVISIONQuery (77)
EpiCluster (0)
EpiDISH (124)
epigenomix (82)
epihet (17)
epiNEM (70)
epivizr (101)
epivizrChart (65)
epivizrData (101)
epivizrServer (101)
epivizrStandalone (82)
erccdashboard (124)
erma (232)
ERSSA (63)
esATAC (226)
esetVis (84)
eudysbiome (70)
evaluomeR (12)
EventPointer (81)
EWCE (6)
ExCluster (57)
ExiMiR (78)
exomeCopy (261)
exomecopy (0)
exomePeak (123)
exonfindR (0)
exonmap (1)
ExperimentHub (1091)
ExperimentHubData (84)
explorase (54)
ExpressionAtlas (99)
ExpressionView (78)
exprExternal (0)
externalVector (1)

F

fabia (146)
facopy (36)
factDesign (82)
FamAgg (99)
farms (84)
fastLiquidAssociation (73)
FastqCleaner (46)
fastseg (645)
fbat (1)
FCBF (52)
fCCAC (70)
fCI (80)
fcScan (1)
fdrame (78)
FELLA (95)
FEM (420)
ffpe (84)
FGNet (128)
fgsea (4695)
FindMyFriends (101)
FISHalyseR (74)
fishpond (16)
FitHiC (90)
flagme (80)
flipflop (77)
flowAI (240)
flowBeads (103)
flowBin (104)
flowcatchR (72)
flowCHIC (104)
flowCL (146)
flowClean (146)
flowClust (382)
flowCore (1566)
flowCyBar (76)
flowDensity (192)
flowFit (78)
flowFlowJo (2)
flowFP (142)
flowMap (78)
flowMatch (107)
flowMeans (209)
flowMerge (116)
flowPeaks (151)
flowPhyto (2)
flowPloidy (76)
flowPlots (78)
flowq (0)
flowQ (37)
flowQB (71)
FlowRepositoryR (84)
FlowSOM (695)
flowStats (368)
flowTime (98)
flowTrans (124)
flowType (97)
flowUtils (712)
flowViz (726)
flowVS (84)
flowworkspace (0)
flowWorkspace (611)
fmcsR (181)
focalCall (70)
FoldGO (38)
FourCSeq (92)
FRGEpistasis (79)
frma (219)
frmaTools (83)
FunChIP (72)
FunciSNP (82)
funtooNorm (65)

G

GA4GHclient (68)
GA4GHshiny (65)
gaga (115)
gage (966)
gaggle (76)
gaia (183)
GAPGOM (15)
GAprediction (69)
garfield (73)
GARS (60)
GateFinder (95)
gaucho (35)
gcapc (71)
gcatest (72)
gCMAP (70)
gCMAPWeb (48)
gCrisprTools (111)
gcrma (1823)
GDCRNATools (270)
GDSArray (76)
gdsfmt (1156)
geecc (72)
GEM (74)
gemini (2)
genArise (77)
genbankr (144)
GENE.E (10)
gene2pathway (1)
GeneAccord (33)
GeneAnswers (132)
geneAttribution (69)
GeneBreak (71)
geneClassifiers (66)
GeneExpressionSignature (87)
genefilter (13066)
genefu (289)
GeneGA (67)
GeneGeneInteR (73)
GeneGroupAnalysis (1)
GeneMeta (107)
GeneNetworkBuilder (99)
GeneOverlap (243)
geneplast (73)
geneplotter (9812)
GeneR (1)
geneRecommender (77)
GeneRegionScan (74)
GeneRfold (1)
geneRxCluster (72)
GeneSelectMMD (79)
GeneSelector (80)
GENESIS (221)
GeneSpring (1)
GeneStructureTools (95)
geNetClassifier (111)
GeneticsBase (0)
GeneticsDesign (93)
GeneticsPed (135)
GeneTraffic (0)
GeneTS (1)
geneXtendeR (74)
GENIE3 (352)
genoCN (75)
GenoGAM (92)
genomation (335)
GenomeBase (1)
GenomeGraphs (234)
GenomeInfoDb (18481)
genomeinfodb (0)
genomeIntervals (235)
genomeintervals (0)
genomes (95)
GenomicAlignments (12710)
genomicalignments (0)
GenomicDataCommons (652)
GenomicFeatures (11841)
GenomicFiles (737)
GenomicInteractions (150)
GenomicOZone (1)
GenomicRanges (18288)
GenomicScores (285)
GenomicTuples (76)
Genominator (91)
genoset (172)
genotypeeval (72)
GenoView (3)
genphen (86)
GenRank (72)
GenVisR (337)
GEOmetadb (265)
GEOquery (5155)
GEOsearch (8)
GEOsubmission (75)
gep2pep (63)
gespeR (125)
GEWIST (69)
gff3Plotter (0)
GGBase (133)
ggbio (1838)
ggcyto (393)
GGtools (122)
ggtree (1788)
GIGSEA (31)
girafe (149)
GISPA (72)
GLAD (246)
GladiaTOX (10)
Glimma (925)
glmSparseNet (40)
GlobalAncova (312)
globalSeq (71)
globaltest (950)
gmapR (121)
GMRP (70)
GNET2 (12)
goCluster (0)
GOexpress (174)
GOfuncR (114)
GOFunction (91)
GoogleGenomics (59)
GOpro (74)
goProfiles (152)
goprofiles (0)
gosemsim (0)
GOSemSim (4328)
goseq (1088)
GOSim (131)
goSTAG (77)
gostats (0)
GOstats (2491)
GOsummaries (127)
GOTHiC (122)
goTools (108)
gotools (0)
gpart (58)
gpls (150)
gprege (73)
gpuMagic (4)
gQTLBase (216)
gQTLstats (252)
gramm4R (0)
graper (18)
graph (11602)
GraphAlignment (79)
GraphAT (74)
graphite (1370)
GraphPAC (83)
GRENITS (83)
GreyListChIP (78)
GRmetrics (131)
groHMM (88)
GRridge (76)
GSALightning (70)
GSAR (164)
GSCA (76)
GSEABase (4070)
gseabase (0)
GSEABenchmarkeR (97)
GSEAlm (139)
gsean (85)
GSReg (73)
GSRI (75)
GSVA (1075)
gtrellis (137)
GUIDEseq (108)
Guitar (118)
Gviz (3019)
gwascat (260)
GWASTools (375)
gwasurvivr (45)

H

h5vc (81)
hapFabia (77)
Harman (182)
Harshlight (72)
harshlight (0)
HCABrowser (13)
HCsnip (11)
HDF5Array (3566)
HDTD (71)
heatmaps (198)
Heatplus (584)
HelloRanges (101)
HELP (76)
HEM (73)
hexbin (3)
hiAnnotator (96)
HIBAG (107)
HiCBricks (32)
HiCcompare (109)
hicrep (94)
hierGWAS (76)
hierinf (30)
HilbertCurve (115)
HilbertVis (238)
HilbertVisGUI (58)
HiLDA (1)
hipathia (101)
hiReadsProcessor (66)
HIREewas (31)
HiTC (190)
hmdbQuery (81)
HMMcopy (194)
hopach (243)
HPAanalyze (41)
hpar (255)
HTqPCR (181)
HTSanalyzeR (183)
HTSeqGenie (46)
htseqtools (0)
htSeqTools (156)
HTSFilter (212)
HumanTranscriptomeCompendium (18)
HybridMTest (92)
hypeR (17)
hyperdraw (100)
hypergraph (140)

I

iASeq (70)
iasva (62)
iBBiG (122)
ibh (68)
iBMQ (62)
iCARE (78)
Icens (294)
icetea (61)
iCheck (71)
iChip (71)
iClusterPlus (171)
iCNV (82)
iCOBRA (120)
ideal (114)
ideogram (0)
IdeoViz (117)
idiogram (76)
IdMappingAnalysis (69)
IdMappingRetrieval (68)
iFlow (1)
iGC (71)
IgGeneUsage (1)
igvR (73)
IHW (699)
illuminaio (2475)
imageHTS (109)
IMAS (95)
Imetagene (65)
IMMAN (69)
ImmuneSpaceR (113)
immunoClust (77)
IMPCdata (67)
ImpulseDE (74)
ImpulseDE2 (145)
impute (5992)
INDEED (37)
infercnv (48)
InPAS (78)
INPower (68)
inSilicoDb (18)
inSilicoMerging (20)
insilicomerging (0)
INSPEcT (109)
InTAD (85)
intansv (79)
InteractionSet (315)
interactiveDisplay (168)
interactiveDisplayBase (2867)
IntEREst (107)
InterMineR (101)
IntramiRExploreR (62)
inversion (0)
inveRsion (74)
IONiseR (95)
iontree (13)
iPAC (89)
ipdDb (31)
IPO (148)
IPPD (148)
IRanges (26205)
IrisSpatialFeatures (28)
iSEE (210)
iSeq (76)
iSNetwork (0)
isobar (197)
IsoCorrectoR (42)
IsoCorrectoRGUI (21)
IsoformSwitchAnalyzeR (175)
IsoGeneGUI (74)
ISoLDE (67)
isomiRs (109)
iSPlot (0)
ITALICS (69)
iterativeBMA (82)
iterativebma (0)
iterativeBMAsurv (75)
iterClust (69)
iteremoval (61)
IVAS (106)
ivygapSE (64)
IWTomics (73)

J

JASPAR2018 (21)
jmosaics (4)
joda (70)
JunctionSeq (160)

K

karyoploteR (427)
KCsmart (72)
kebabs (142)
KEGGgraph (2830)
KEGGlincs (77)
keggorth (1)
keggorthology (96)
KEGGprofile (212)
KEGGREST (3594)
KEGGSOAP (3)
kimod (71)
KinSwingR (34)
kissDE (66)
kmknn (13)
KnowSeq (5)

L

lapmix (71)
LBE (112)
ldblock (120)
LEA (285)
LedPred (73)
les (77)
levi (32)
lfa (200)
limma (18542)
limmaGUI (114)
LINC (68)
LineagePulse (90)
Linnorm (168)
lipidr (13)
LiquidAssociation (76)
lmdme (78)
LMGene (86)
LOBSTAHS (83)
loci2path (61)
logicFS (201)
logitT (72)
Logolas (84)
lol (74)
LOLA (135)
LoomExperiment (71)
LowMACA (82)
LPE (94)
LPEadj (78)
lpNet (69)
lpsymphony (666)
LRBaseDbi (42)
lumi (1007)
LVSmiRNA (77)
LymphoSeq (85)

M

M3C (114)
M3D (78)
M3Drop (237)
maanova (98)
Maaslin2 (1)
macat (74)
maCorrPlot (73)
MACPET (60)
maDB (1)
madb (0)
made4 (365)
MADSEQ (74)
maftools (1142)
MAGeCKFlute (143)
maigesPack (79)
MAIT (121)
makecdfenv (169)
makePlatformDesign (1)
MANOR (71)
manta (107)
MantelCorr (70)
mAPKL (70)
maPredictDSC (72)
mapscape (70)
marray (1453)
martini (74)
maser (50)
maSigPro (294)
maskBAD (71)
MassArray (78)
massarray (0)
massiR (75)
MassSpecWavelet (1055)
MAST (644)
matchBox (69)
matchprobes (1)
Matrix (0)
MatrixRider (68)
matter (159)
MaxContrastProjection (95)
MBAmethyl (65)
MBASED (80)
MBCB (75)
mbkmeans (21)
mBPCR (71)
MBttest (66)
mcaGUI (70)
MCbiclust (105)
MCRestimate (77)
mCSEA (95)
mdgsa (92)
mdp (94)
mdqc (78)
MDTS (60)
MEAL (72)
MeasurementError.cor (68)
MEDIPS (132)
MEDME (69)
MEIGOR (95)
Melissa (15)
mergemaid (0)
MergeMaid (112)
Mergeomics (79)
MeSHDbi (183)
meshes (93)
meshr (113)
MeSHSim (6)
messina (68)
metaArray (101)
metaarray (0)
Metab (85)
metabomxtr (110)
MetaboSignal (84)
metaCCA (76)
MetaCyto (91)
metagene (93)
metagene2 (12)
metagenomeFeatures (114)
metagenomeSeq (613)
MetaGxOvarian (5)
metahdep (70)
metaMS (123)
MetaNeighbor (109)
metaR (0)
metaSeq (87)
metaseqR (113)
metavizr (83)
MetaVolcanoR (7)
metaX (4)
MetCirc (78)
methimpute (73)
methInheritSim (68)
MethPed (95)
MethTargetedNGS (69)
methVisual (78)
methyAnalysis (134)
MethylAid (90)
methylGSA (74)
methylInheritance (69)
methylKit (547)
MethylMix (139)
methylMnM (75)
methylPipe (100)
MethylSeekR (98)
methylumi (1156)
methyvim (66)
MetID (29)
MetNet (66)
mfa (107)
Mfuzz (302)
mfuzz (0)
MGFM (77)
MGFR (108)
mgsa (99)
MiChip (71)
microbiome (507)
microRNA (156)
MIGSA (73)
mimager (65)
MIMOSA (93)
MineICA (84)
minet (594)
minfi (1926)
MinimumDistance (69)
MiPP (72)
MIRA (112)
MiRaGE (104)
miRBaseConverter (89)
miRcomp (70)
mirIntegrator (73)
miRLAB (86)
miRmine (64)
miRNAmeConverter (79)
miRNApath (86)
miRNAtap (135)
miRSM (34)
miRsponge (87)
miRspongeR (17)
Mirsynergy (73)
missMethyl (662)
missRows (57)
mitoODE (69)
mixOmics (1089)
MLInterfaces (403)
mlm4omics (28)
MLP (99)
MLSeq (181)
MMAPPR2 (3)
MMDiff (4)
MMDiff2 (71)
mmgmos (0)
mmnet (7)
MmPalateMiRNA (71)
mnem (13)
MODA (78)
Modstrings (15)
MOFA (27)
mogsa (82)
monocle (1642)
MoonlightR (81)
MoPS (70)
mosaics (118)
MOSim (1)
motifbreakR (97)
motifcounter (85)
MotifDb (330)
motifmatchr (266)
motifRG (122)
motifStack (443)
MotIV (454)
MPFE (67)
mpra (71)
MPRAnalyze (62)
mQTL.NMR (39)
msa (769)
msbase (0)
mscalib (0)
msgbsR (93)
MSGFgui (146)
MSGFplus (237)
msmsEDA (198)
msmsTests (160)
MSnbase (1556)
MSnID (219)
msPurity (122)
msQC (0)
MSstats (306)
MSstatsQC (77)
MSstatsQCgui (66)
MSstatsTMT (87)
mtbls2 (0)
MTseeker (31)
Mulcom (147)
MultiAssayExperiment (985)
multiClust (118)
MultiDataSet (114)
multiHiCcompare (39)
MultiMed (71)
multiMiR (117)
multiOmicsViz (69)
multiscan (69)
multtest (6425)
muscat (0)
muscle (174)
MutationalPatterns (234)
MVCClass (74)
mvGST (9)
MWASTools (100)
mygene (362)
myvariant (97)
mzID (1401)
mzR (1601)

N

NADfinder (78)
NanoStringDiff (114)
NanoStringQCPro (107)
nanotatoR (12)
NarrowPeaks (82)
NBAMSeq (12)
NBSplice (65)
ncdfFlow (577)
ncGTW (1)
NCIgraph (78)
ndexr (107)
neaGUI (5)
NeighborNet (30)
nem (128)
netbenchmark (78)
netbiov (114)
netboost (13)
NetCRG (0)
nethet (79)
NetPathMiner (97)
netprioR (64)
netReg (75)
netresponse (81)
NetSAM (70)
netSmooth (71)
networkBMA (78)
NGScopy (72)
ngsReports (18)
nnNorm (72)
NOISeq (632)
nondetects (82)
normalize450K (65)
NormalyzerDE (55)
NormqPCR (285)
normr (81)
npGSEA (78)
NTW (68)
nucleoSim (67)
nucleR (97)
nucler (0)
nuCpos (30)
nudge (33)
NuPoP (76)

O

occugene (68)
OCplus (153)
odseq (66)
OGSA (69)
oligo (1711)
oligoClasses (1840)
OLIN (75)
OLINgui (71)
OmaDB (98)
omicade4 (103)
omiccircos (0)
OmicCircos (238)
omicplotR (94)
omicRexposome (95)
OmicsLonDA (17)
OmicsMarkeR (97)
OMICsPCA (35)
omicsPrint (75)
Onassis (75)
oncomix (65)
OncoScore (70)
OncoSimulR (82)
oneChannelGUI (15)
oneSENSE (87)
onlineFDR (30)
ontoCAT (15)
ontoProc (79)
ontoTools (1)
openCyto (319)
openPrimeR (95)
openPrimeRui (68)
OperaMate (8)
oposSOM (99)
oppar (71)
OPWeight (103)
OrderedList (152)
ORFik (107)
Organism.dplyr (323)
OrganismDbi (2312)
OSAT (86)
Oscope (109)
OTUbase (77)
OutlierD (90)
OUTRIDER (74)
OVESEG (15)

P

PAA (92)
PADOG (234)
PAIRADISE (15)
paircompviz (76)
pairseqsim (0)
pamr (3)
PAN (0)
pandaR (92)
panelcn.mops (76)
PAnnBuilder (39)
panp (83)
PANR (89)
PanVizGenerator (76)
PAPi (112)
parglms (67)
parody (105)
PAST (15)
Path2PPI (84)
pathifier (224)
PathNet (81)
PathoStat (83)
pathprint (66)
pathRender (74)
pathVar (71)
pathview (2912)
pathwayPCA (22)
PathwaySplice (101)
PatientGeneSets (1)
paxtoolsr (121)
Pbase (84)
pbcmc (35)
pcaExplorer (350)
pcaGoPromoter (119)
pcaMethods (2734)
PCAN (69)
PCAtools (52)
pcot2 (140)
PCpheno (76)
pcxn (65)
pdInfoBuilder (140)
pdmclass (10)
PECA (84)
PepsNMR (64)
pepStat (76)
pepXMLTab (79)
perturbatr (62)
PGA (84)
pgca (70)
PGSEA (246)
pgUtils (1)
phantasus (69)
PharmacoGx (161)
phemd (18)
phenoDist (35)
phenopath (98)
phenoTest (123)
PhenStat (88)
philr (123)
phosphonormalizer (69)
PhyloProfile (1)
phyloseq (3077)
Pi (78)
piano (346)
pickgene (69)
PICS (150)
Pigengene (119)
PING (71)
pint (71)
pipeFrame (14)
pkgDepTools (93)
plateCore (81)
plethy (70)
plgem (127)
plier (225)
plotGrouper (39)
PLPE (77)
plrs (70)
plw (71)
plyranges (186)
pmm (66)
podkat (73)
pogos (92)
polyester (149)
Polyfit (86)
POST (64)
PoTRA (12)
PowerExplorer (68)
powerTCR (63)
PPInfer (81)
ppiStats (89)
pqsfinder (95)
prada (298)
pram (13)
prebs (102)
PrecisionTrialDrawer (18)
PREDA (94)
predictionet (53)
preprocessCore (9624)
primirTSS (32)
PrInCE (15)
Prize (73)
proBAMr (106)
proBatch (18)
PROcess (159)
procoil (78)
ProCoNA (37)
proDA (1)
proFIA (76)
profileplyr (14)
profileScoreDist (62)
progeny (120)
projectR (16)
pRoloc (321)
pRolocGUI (91)
PROMISE (73)
PROPER (109)
PROPS (64)
Prostar (125)
prot2D (60)
proteinProfiles (68)
ProteomicsAnnotationHubData (72)
ProteoMM (64)
proteoQC (75)
ProtGenerics (4986)
PSEA (76)
psichomics (121)
PSICQUIC (101)
psygenet2r (76)
puma (151)
PureCN (143)
pvac (74)
pvca (182)
Pviz (88)
PWMEnrich (127)
pwOmics (74)
pxr (0)

Q

qckitfastq (13)
qcmetrics (117)
QDNAseq (209)
qpcrNorm (83)
qpgraph (161)
qPLEXanalyzer (49)
qrqc (168)
qsea (76)
qsmooth (17)
QSutils (38)
qtbase (0)
Qtlizer (0)
qtpaint (0)
QUALIFIER (113)
quantro (121)
quantsmooth (401)
QuartPAC (74)
QuasR (295)
QuaternaryProd (86)
QUBIC (117)
qusage (272)
qvalue (6855)

R

R3CPET (68)
r3Cseq (140)
R453Plus1Toolbox (77)
R4RNA (75)
RaggedExperiment (521)
rain (100)
rama (78)
ramigo (0)
RamiGO (53)
ramwas (78)
RandomWalkRestartMH (70)
randPack (76)
RankProd (398)
RareVariantVis (71)
Rariant (69)
RbcBook1 (92)
RBGL (7267)
RBioinf (88)
rbioinf (0)
rBiopaxParser (159)
RBM (70)
Rbowtie (304)
Rbowtie2 (199)
rbsurv (108)
Rcade (95)
RCAS (79)
RCASPAR (77)
rcellminer (86)
rCGH (94)
Rchemcpp (117)
RchyOptimyx (78)
RcisTarget (312)
RCM (18)
RConferoMapping (0)
Rcpi (157)
Rcwl (21)
RcwlPipelines (14)
RCy3 (464)
RCyjs (83)
RCytoscape (46)
RDAVIDWebService (405)
Rdbi (2)
RdbiPgSQL (0)
rDGIdb (79)
Rdisop (301)
RDRToolbox (166)
ReactomePA (1022)
readat (107)
ReadqPCR (290)
reb (68)
REBET (29)
recount (381)
recoup (99)
RedeR (161)
REDseq (129)
RefNet (69)
RefPlus (75)
regioneR (1079)
regionReport (153)
regsplice (99)
REMP (79)
Repitools (246)
ReportingTools (1062)
reposTools (1)
RepViz (11)
ReQON (71)
Resourcerer (1)
restfulSE (126)
rexposome (70)
rfcdmin (1)
rflowcyt (1)
rfPred (71)
rGADEM (552)
RGalaxy (78)
Rgin (65)
RGMQL (64)
RGraph2js (67)
Rgraphviz (6597)
rGREAT (172)
RGSEA (120)
rgsepd (106)
rhdf5 (7847)
rhdf5client (134)
Rhdf5lib (8389)
Rhisat2 (68)
Rhtslib (3631)
rHVDM (66)
RiboProfiling (100)
riboSeq (0)
riboSeqR (93)
RImmPort (72)
Ringo (281)
Rintact (1)
RIPSeeker (125)
Risa (75)
RITAN (80)
RIVER (70)
RJMCMCNucleosomes (70)
RLMM (71)
RMAGEML (1)
Rmagpie (76)
RMAPPER (1)
RMassBank (105)
rMAT (78)
rmelting (14)
RmiR (71)
rmir (0)
Rmmquant (61)
RNAdecay (59)
RNAinteract (99)
RNAither (100)
rnaither (0)
RNAmodR (4)
RNAmodR.AlkAnilineSeq (3)
RNAmodR.ML (3)
RNAmodR.RiboMethSeq (3)
RNAprobR (68)
rnaseqcomp (74)
RnaSeqGeneEdgeRQL (8)
rnaSeqMap (110)
RNASeqPower (164)
RNASeqR (36)
RnaSeqSampleSize (132)
RnBeads (283)
Rnits (74)
roar (87)
ROC (928)
Roleswitch (89)
Rolexa (3)
rols (304)
roma (0)
ROntoTools (101)
ropls (462)
ROTS (201)
RPA (98)
RProtoBufLib (481)
RpsiXML (103)
rpx (319)
Rqc (125)
rqt (68)
rqubic (113)
rRDP (104)
Rredland (1)
RRHO (96)
Rsamtools (13330)
rsbml (114)
rScudo (22)
RSeqAn (64)
rSFFreader (53)
RSNPper (1)
Rsubread (1288)
RSVSim (85)
rTANDEM (184)
RTCA (104)
RTCGA (563)
RTCGAToolbox (486)
RTN (159)
RTNduals (89)
RTNsurvival (85)
RTools4TB (1)
RTopper (74)
rtracklayer (12602)
Rtreemix (73)
rTRM (83)
rTRMui (67)
runibic (93)
Ruuid (1)
RUVcorr (83)
RUVnormalize (83)
RUVSeq (877)
RVS (96)
RWebServices (2)
rWikiPathways (147)

S

S4Vectors (25069)
safe (417)
SAGElyzer (0)
sagenhaft (73)
SAGx (176)
samExploreR (85)
sampleClassifier (94)
SamSPECTRAL (138)
sangerseqR (245)
SANTA (82)
sapFinder (75)
saps (3)
savR (96)
SBGNview (4)
sbgr (2)
SBMLR (82)
SC3 (546)
Scale4C (62)
scAlign (13)
SCAN.UPC (201)
SCANVIS (2)
scater (2013)
scBFA (1)
SCBN (32)
scDD (174)
scde (394)
scds (15)
scFeatureFilter (58)
scfind (123)
scGPS (2)
ScISI (93)
scmap (210)
scMerge (29)
scmeth (90)
SCnorm (217)
scone (195)
Sconify (100)
scoreInvHap (60)
scPipe (132)
scran (1332)
scRecover (17)
scruff (48)
scsR (68)
scTensor (26)
SDAMS (95)
segmentSeq (136)
SELEX (78)
SemDist (67)
semisup (64)
SemSim (1)
SEPA (66)
SEPIRA (61)
seq2pathway (82)
SeqArray (427)
seqbias (85)
seqCAT (98)
seqCNA (81)
seqcombo (103)
SeqGSEA (226)
seqLogo (1191)
Seqnames (0)
seqPattern (328)
seqplots (170)
seqsetvis (91)
SeqSQC (66)
seqTools (121)
SeqVarTools (348)
sesame (569)
sevenbridges (118)
sevenC (64)
SGSeq (203)
shinyMethyl (139)
shinyTANDEM (84)
ShortRead (4831)
shortread (0)
SIAMCAT (103)
SICtools (50)
sidap (0)
sigaR (85)
SigCheck (76)
sigFeature (52)
SigFuge (68)
siggenes (1911)
sights (106)
signeR (108)
signet (67)
sigPathway (160)
SigsPack (1)
sigsquared (64)
SIM (73)
SIMAT (105)
SimBindProfiles (69)
SIMD (30)
similaRpeak (70)
SIMLR (136)
simpleaffy (746)
simulatorAPMS (0)
simulatorZ (71)
sincell (92)
SingleCellExperiment (2641)
singleCellTK (99)
SingleR (0)
singscore (239)
SISPA (71)
sitePath (10)
sizepower (85)
SJava (3)
skewr (65)
slalom (91)
SLGI (78)
slingshot (218)
slinky (60)
SLqPCR (87)
SMAD (18)
SMAP (70)
SMITE (107)
SNAData (0)
SNAGEE (68)
snapCGH (89)
snm (157)
snpAssoc (0)
SNPchip (246)
SNPediaR (75)
SNPhood (65)
snpMatrix (4)
snpMatrix2 (0)
SNPRelate (947)
snpStats (1281)
soGGi (130)
sojourner (1)
SomatiCA (6)
SomaticSignatures (218)
SpacePAC (79)
spade (17)
sparseDOSSA (66)
sparsenetgls (35)
SparseSignatures (65)
SpatialCPie (12)
specL (76)
SpeCond (135)
SpectralTAD (14)
SPEM (92)
SPIA (535)
SpidermiR (127)
spikeLI (67)
spkTools (70)
splatter (266)
splicegear (69)
spliceR (58)
spliceSites (73)
SplicingGraphs (163)
splineTCDiffExpr (1)
splineTimeR (73)
SPLINTER (99)
splots (221)
SPONGE (66)
spotSegmentation (68)
SQLDataFrame (8)
SQUADD (67)
sRACIPE (11)
SRAdb (508)
sRAP (74)
SRGnet (63)
srnadiff (88)
sscore (72)
sscu (67)
sSeq (213)
ssize (109)
SSPA (341)
ssrch (20)
ssviz (101)
stageR (106)
stam (1)
STAN (105)
staRank (82)
StarBioTrek (71)
Starr (77)
STATegRa (80)
statTarget (138)
stepNorm (70)
stepwiseCM (7)
strandCheckR (30)
Streamer (90)
STRINGdb (491)
STROMA4 (93)
Structstrings (13)
StructuralVariantAnnotation (18)
SubCellBarCode (13)
subSeq (124)
SummarizedBenchmark (95)
SummarizedExperiment (16805)
supraHex (311)
survcomp (562)
survtype (12)
Sushi (316)
sva (4591)
SVAPLSseq (80)
SVM2CRM (63)
SWATH2stats (96)
SwathXtend (68)
swfdr (67)
SwimR (69)
switchBox (86)
switchde (107)
synapter (151)
synergyfinder (132)
synlet (95)
SynMut (11)
systemPipeR (967)
systemPipeRdata (0)

T

TargetScore (85)
TargetSearch (103)
targetsearch (0)
TarSeqQC (77)
TCC (253)
TCGAbiolinks (1743)
TCGAbiolinksGUI (224)
TCGAutils (432)
TCseq (150)
TDARACNE (75)
tdaracne (0)
tenXplore (90)
TEQC (94)
ternarynet (68)
TFARM (60)
TFBSTools (506)
TFEA.ChIP (100)
TFHAZ (60)
TFutils (70)
tiger (0)
tigre (73)
tilingArray (113)
timecourse (101)
TimerQuant (0)
timescape (85)
TimeSeriesExperiment (71)
TIN (67)
TissueEnrich (101)
TitanCNA (128)
tkWidgets (582)
TMixClust (82)
TNBC.CMS (11)
TnT (70)
TOAST (4)
tofsims (89)
ToPASeq (111)
topconfects (22)
topdownr (70)
topGO (2478)
topicmodels (0)
TPP (130)
TPP2D (14)
tracktables (99)
trackViewer (258)
transcriptogramer (72)
transcriptR (106)
transite (53)
tRanslatome (73)
TransView (104)
traseR (69)
treeio (1588)
TreeSummarizedExperiment (11)
trena (58)
TReNA (3)
Trendy (91)
triform (69)
trigger (70)
trio (100)
triplex (74)
tRNA (36)
tRNAdbImport (27)
tRNAscanImport (59)
TRONCO (107)
TSCAN (200)
tspair (80)
TSRchitect (76)
TSSi (70)
TTMap (60)
TurboNorm (69)
TVTB (71)
tweeDEseq (126)
twilight (158)
twoddpcr (72)
tximeta (111)
tximport (2473)
TxRegInfra (82)
TypeInfo (66)

U

Ularcirc (36)
UNDO (74)
unifiedWMWqPCR (69)
UniProt.ws (289)
Uniquorn (92)
universalmotif (73)
uSORT (96)

V

VanillaICE (99)
variancePartition (222)
VariantAnnotation (6197)
VariantExperiment (1)
VariantFiltering (83)
VariantTools (126)
vbmp (105)
VCFArray (23)
Vega (72)
VegaMC (68)
VennDetail (14)
vidger (135)
viper (247)
virtualArray (9)
ViSEAGO (3)
vsn (3284)
vtpnet (62)
vulcan (61)

W

wateRmelon (623)
wavClusteR (105)
waveTiling (68)
weaver (92)
webbioc (75)
widgetInvoke (1)
widgetTools (593)
wiggleplotr (116)
Wrench (132)

X

XBSeq (106)
XCIR (5)
xcms (1138)
XDE (71)
Xeva (13)
XINA (64)
xmapbridge (66)
xmapcore (1)
xps (88)
XVector (19504)
xvector (0)

Y

y2hStat (1)
yamss (75)
YAPSA (96)
yaqcaffy (96)
yarn (104)

Z

zFPKM (131)
zinbwave (563)
zlibbioc (21372)